Stomach Adenocarcinoma: Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/Dana-Farber Cancer Institute/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 245 genes and 8 clinical features across 132 patients, 3 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • TRHDE mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • ZC3H13 mutation correlated to 'Time to Death'.

  • WDR47 mutation correlated to 'AGE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 245 genes and 8 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 3 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		PATHOLOGICSPREAD(M) NEOADJUVANT
THERAPY
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
TRHDE 10 (8%) 122 0.914
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.0886
(1.00) 		3.01e-05
(0.0575) 		0.717
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.432
(1.00)
ZC3H13 12 (9%) 120 5.17e-08
(9.88e-05) 		0.407
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.199
(1.00) 		1
(1.00)
WDR47 5 (4%) 127 8.36e-05
(0.16) 		1
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.395
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TP53 52 (39%) 80 0.221
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.112
(1.00)
ACVR2A 15 (11%) 117 0.134
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.073
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.608
(1.00) 		1
(1.00)
ARID1A 23 (17%) 109 0.225
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.0216
(1.00) 		0.352
(1.00)
CBWD1 17 (13%) 115 0.303
(1.00) 		0.0208
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.0009
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.594
(1.00)
RPL22 10 (8%) 122 0.478
(1.00) 		0.0186
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.0588
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.000928
(1.00) 		1
(1.00)
PIK3CA 21 (16%) 111 0.422
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.497
(1.00) 		1
(1.00)
PGM5 16 (12%) 116 0.871
(1.00) 		0.00103
(1.00) 		0.0268
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.0027
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.597
(1.00)
INO80E 9 (7%) 123 0.677
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.000819
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.192
(1.00) 		1
(1.00)
CDH1 12 (9%) 120 0.652
(1.00) 		0.104
(1.00) 		1
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.54
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PREX2 18 (14%) 114 0.773
(1.00) 		0.998
(1.00) 		1
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.0753
(1.00) 		0.343
(1.00) 		1
(1.00)
SOX1 6 (5%) 126 0.361
(1.00) 		0.444
(1.00) 		1
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.0865
(1.00) 		1
(1.00) 		0.284
(1.00)
CSMD3 30 (23%) 102 0.495
(1.00) 		0.00466
(1.00) 		0.0554
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.0225
(1.00) 		1
(1.00)
PCDH15 20 (15%) 112 0.452
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.287
(1.00)
RNF43 13 (10%) 119 0.0257
(1.00) 		0.0221
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.0982
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.579
(1.00) 		1
(1.00)
TTN 69 (52%) 63 0.436
(1.00) 		0.0431
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.0464
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00)
SPRYD5 8 (6%) 124 0.143
(1.00) 		0.126
(1.00) 		1
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.0509
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.0757
(1.00) 		1
(1.00)
FAT4 34 (26%) 98 0.362
(1.00) 		0.0673
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.19
(1.00)
CSMD1 27 (20%) 105 0.404
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.0803
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.0319
(1.00)
SPTA1 20 (15%) 112 0.921
(1.00) 		0.0449
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.594
(1.00)
CTNND2 15 (11%) 117 0.394
(1.00) 		0.0105
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DCLK1 10 (8%) 122 0.98
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.0886
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.441
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GRID1 14 (11%) 118 0.386
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.19
(1.00) 		1
(1.00)
FLG 26 (20%) 106 0.268
(1.00) 		0.00773
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.883
(1.00) 		1
(1.00)
HIST1H1B 7 (5%) 125 0.981
(1.00) 		0.306
(1.00) 		1
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		0.944
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
EDNRB 10 (8%) 122 0.517
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.0505
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.32
(1.00) 		1
(1.00)
PXDN 17 (13%) 115 0.591
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.0358
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00)
SULF1 12 (9%) 120 0.718
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.806
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TUSC3 8 (6%) 124 0.768
(1.00) 		0.531
(1.00) 		1
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.361
(1.00)
PHF2 12 (9%) 120 0.445
(1.00) 		0.0157
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.00877
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.00232
(1.00) 		1
(1.00)
ASTN2 15 (11%) 117 0.525
(1.00) 		0.0624
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.579
(1.00)
LRP1B 29 (22%) 103 0.239
(1.00) 		0.0838
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.0248
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.347
(1.00)
DDI1 9 (7%) 123 0.71
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.424
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KCNH8 12 (9%) 120 0.819
(1.00) 		0.236
(1.00) 		1
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.54
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR4C16 7 (5%) 125 0.203
(1.00) 		0.0827
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.364
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PXDNL 16 (12%) 116 0.311
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.228
(1.00) 		1
(1.00)
CYP7B1 8 (6%) 124 1
(1.00) 		0.187
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0275
(1.00) 		1
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.0581
(1.00)
KRAS 7 (5%) 125 0.386
(1.00) 		0.469
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.0689
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00)
OR8H3 7 (5%) 125 0.291
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		1
(1.00) 		0.323
(1.00)
PLXNA4 19 (14%) 113 0.426
(1.00) 		0.0119
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.232
(1.00) 		1
(1.00)
SLC32A1 10 (8%) 122 0.482
(1.00) 		0.506
(1.00) 		1
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.0194
(1.00) 		0.222
(1.00) 		1
(1.00)
TPO 11 (8%) 121 0.462
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.429
(1.00) 		1
(1.00) 		0.164
(1.00) 		1
(1.00)
OPCML 7 (5%) 125 0.829
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.65
(1.00) 		1
(1.00) 		0.323
(1.00)
PRRG3 6 (5%) 126 0.331
(1.00) 		0.952
(1.00) 		1
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.0894
(1.00) 		1
(1.00) 		0.284
(1.00)
P2RY12 7 (5%) 125 0.347
(1.00) 		0.348
(1.00) 		1
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.749
(1.00) 		1
(1.00) 		0.628
(1.00) 		1
(1.00)
HLA-B 7 (5%) 125 0.478
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.0997
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00)
PID1 5 (4%) 127 0.361
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00)
ZBTB20 10 (8%) 122 0.165
(1.00) 		0.02
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.00871
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.32
(1.00) 		1
(1.00)
FMN2 13 (10%) 119 0.676
(1.00) 		0.0475
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.334
(1.00) 		1
(1.00) 		0.525
(1.00)
SOX7 8 (6%) 124 0.0563
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.0997
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.0497
(1.00) 		1
(1.00)
LIN7A 6 (5%) 126 0.471
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.284
(1.00)
KIAA0748 8 (6%) 124 0.337
(1.00) 		0.237
(1.00) 		1
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.516
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CADM1 8 (6%) 124 0.758
(1.00) 		0.806
(1.00) 		1
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.0866
(1.00) 		0.619
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PCLO 27 (20%) 105 0.813
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.343
(1.00) 		1
(1.00) 		0.344
(1.00)
ZNF804B 13 (10%) 119 0.533
(1.00) 		0.149
(1.00) 		1
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.139
(1.00) 		1
(1.00) 		0.525
(1.00)
SFRS12IP1 5 (4%) 127 0.00167
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.606
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HLA-A 7 (5%) 125 0.689
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.0874
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.446
(1.00) 		1
(1.00) 		0.323
(1.00)
FAM18A 5 (4%) 127 0.0174
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.00416
(1.00) 		0.098
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00)
PTPRM 14 (11%) 118 0.0561
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.0188
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.553
(1.00)
POM121L12 7 (5%) 125 0.943
(1.00) 		0.419
(1.00) 		1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00)
TLR4 9 (7%) 123 0.821
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.749
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0728
(1.00)
TUBA3C 6 (5%) 126 0.566
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.0206
(1.00) 		0.0648
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.284
(1.00)
NCKAP5 13 (10%) 119 0.112
(1.00) 		0.0962
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.312
(1.00) 		1
(1.00)
SMAD2 6 (5%) 126 0.386
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.57
(1.00) 		1
(1.00)
PCDHGA6 11 (8%) 121 0.19
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.322
(1.00) 		1
(1.00) 		0.457
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FAM5C 10 (8%) 122 0.819
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.00859
(1.00) 		1
(1.00)
SIPA1L2 15 (11%) 117 0.645
(1.00) 		0.076
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0224
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.785
(1.00) 		1
(1.00)
PTH2 3 (2%) 129 0.833
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00) 		0.418
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
AUTS2 13 (10%) 119 0.471
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.00871
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.0724
(1.00) 		0.525
(1.00)
CHST1 8 (6%) 124 0.603
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.0509
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00)
CNBD1 6 (5%) 126 0.0498
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.776
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FGF22 4 (3%) 128 0.0132
(1.00) 		1
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00)
FSHR 10 (8%) 122 0.393
(1.00) 		0.102
(1.00) 		1
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.0665
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.432
(1.00)
ABCC9 15 (11%) 117 0.566
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.608
(1.00) 		1
(1.00)
SOBP 8 (6%) 124 0.804
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.0166
(1.00) 		0.361
(1.00)
CR1 13 (10%) 119 0.4
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.0874
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.525
(1.00)
SYNE1 32 (24%) 100 0.913
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.0999
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.373
(1.00) 		1
(1.00)
C4ORF43 5 (4%) 127 0.516
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00)
CCDC153 4 (3%) 128 0.581
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DCC 14 (11%) 118 0.603
(1.00) 		0.0259
(1.00) 		0.081
(1.00) 		0.0781
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.00183
(1.00) 		0.553
(1.00)
FOLH1B 6 (5%) 126 0.694
(1.00) 		0.187
(1.00) 		1
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.57
(1.00) 		1
(1.00)
GABRG2 8 (6%) 124 0.668
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.0929
(1.00) 		1
(1.00) 		0.329
(1.00) 		1
(1.00) 		0.361
(1.00)
GGT1 7 (5%) 125 0.429
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.189
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GRIK2 10 (8%) 122 0.867
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.222
(1.00) 		1
(1.00)
OR4A15 7 (5%) 125 0.319
(1.00) 		0.802
(1.00) 		1
(1.00) 		0.906
(1.00) 		1
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.216
(1.00) 		1
(1.00)
RIMS2 14 (11%) 118 0.63
(1.00) 		0.017
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00)
OR4Q3 6 (5%) 126 0.344
(1.00) 		0.000703
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.0963
(1.00) 		0.0894
(1.00) 		1
(1.00)
SLIT2 13 (10%) 119 0.626
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.234
(1.00) 		1
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.021
(1.00)
BCLAF1 10 (8%) 122 0.24
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.0886
(1.00)
ZFHX4 21 (16%) 111 0.69
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.00439
(1.00) 		1
(1.00)
CRYGC 6 (5%) 126 0.173
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.57
(1.00) 		1
(1.00)
AKAP7 6 (5%) 126 0.876
(1.00) 		0.00152
(1.00) 		1
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00)
ELMO1 10 (8%) 122 0.135
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.32
(1.00) 		1
(1.00)
GPC5 8 (6%) 124 0.126
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.944
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KRTAP4-1 3 (2%) 129 0.291
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.752
(1.00) 		1
(1.00) 		0.296
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TBXA2R 6 (5%) 126 0.361
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00)
UPF3A 6 (5%) 126 0.0287
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.00588
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00)
ADAMTS5 11 (8%) 121 0.828
(1.00) 		0.19
(1.00) 		1
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.464
(1.00)
DOCK3 16 (12%) 116 0.244
(1.00) 		0.00129
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.597
(1.00)
CHST8 8 (6%) 124 0.64
(1.00) 		0.00277
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.841
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
AVP 3 (2%) 129 0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		0.953
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0196
(1.00) 		1
(1.00)
KIAA1211 10 (8%) 122 0.865
(1.00) 		0.363
(1.00) 		1
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.0634
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MYCT1 5 (4%) 127 0.0995
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00)
PCDHA9 12 (9%) 120 0.594
(1.00) 		0.0607
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.392
(1.00) 		1
(1.00)
ANKRD30A 10 (8%) 122 0.773
(1.00) 		0.587
(1.00) 		1
(1.00) 		0.135
(1.00) 		1
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.0477
(1.00) 		0.0886
(1.00)
HIST2H2AB 4 (3%) 128 0.236
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.348
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR4N4 5 (4%) 127 0.689
(1.00) 		0.694
(1.00) 		1
(1.00) 		0.876
(1.00) 		1
(1.00) 		0.706
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZC4H2 5 (4%) 127 0.432
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00)
LRP12 10 (8%) 122 0.853
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.0957
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.0363
(1.00) 		1
(1.00)
XIRP2 22 (17%) 110 0.705
(1.00) 		0.752
(1.00) 		1
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.33
(1.00)
NID1 12 (9%) 120 0.978
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.000308
(0.587) 		0.779
(1.00) 		1
(1.00) 		0.495
(1.00)
EPHA5 10 (8%) 122 0.377
(1.00) 		0.443
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0733
(1.00) 		0.606
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(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.432
(1.00)
TMBIM4 5 (4%) 127 0.149
(1.00) 		0.00928
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.843
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(1.00) 		1
(1.00)
IAPP 3 (2%) 129 0.555
(1.00) 		1
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.706
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GPR141 6 (5%) 126 0.685
(1.00) 		1
(1.00) 		0.368
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(1.00) 		0.284
(1.00)
HIST1H1A 5 (4%) 127 0.749
(1.00) 		0.306
(1.00) 		1
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.0616
(1.00) 		0.242
(1.00)
KRTAP5-5 4 (3%) 128 0.841
(1.00) 		0.808
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00331
(1.00) 		0.0127
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.0804
(1.00) 		1
(1.00)
PCDHA6 10 (8%) 122 0.201
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.865
(1.00) 		1
(1.00) 		0.432
(1.00)
PCDHA8 10 (8%) 122 0.656
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.222
(1.00) 		1
(1.00)
PDZRN4 8 (6%) 124 0.787
(1.00) 		0.724
(1.00) 		1
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.155
(1.00) 		1
(1.00)
SPTBN4 14 (11%) 118 0.156
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.0038
(1.00) 		0.553
(1.00)
RASA1 9 (7%) 123 0.449
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.0265
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.397
(1.00)
ADAMTS12 13 (10%) 119 0.2
(1.00) 		0.748
(1.00) 		1
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.00832
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.525
(1.00)
FAT3 25 (19%) 107 0.458
(1.00) 		0.00208
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.27
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF559 7 (5%) 125 0.184
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.0368
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.628
(1.00) 		1
(1.00)
PCDHB8 10 (8%) 122 0.364
(1.00) 		0.0182
(1.00) 		1
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.0477
(1.00) 		1
(1.00)
POU4F2 7 (5%) 125 0.576
(1.00) 		0.51
(1.00) 		1
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00)
COL12A1 19 (14%) 113 0.303
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.579
(1.00) 		1
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.572
(1.00) 		1
(1.00)
DRD5 7 (5%) 125 0.287
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.018
(1.00) 		1
(1.00)
F13B 8 (6%) 124 0.534
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.361
(1.00)
FAM9A 5 (4%) 127 0.228
(1.00) 		1
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.0186
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.00743
(1.00) 		1
(1.00)
FKBP3 5 (4%) 127 0.637
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.79
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FOXF1 6 (5%) 126 0.401
(1.00) 		0.0975
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00)
KCNJ12 7 (5%) 125 0.589
(1.00) 		1
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.097
(1.00) 		0.0558
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00)
KIAA0427 8 (6%) 124 0.541
(1.00) 		0.0408
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.00102
(1.00) 		1
(1.00)
MC5R 6 (5%) 126 0.629
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00)
NALCN 14 (11%) 118 0.569
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.161
(1.00)
RASSF4 7 (5%) 125 0.00119
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.216
(1.00) 		1
(1.00)
SETDB1 9 (7%) 123 0.0208
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IGFBP3 4 (3%) 128 0.144
(1.00) 		0.0787
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00)
FMOD 6 (5%) 126 0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.107
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ACTN2 10 (8%) 122 0.35
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.0886
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.549
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ACTRT2 6 (5%) 126 0.386
(1.00) 		0.00739
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ALX4 5 (4%) 127 0.0859
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.59
(1.00) 		1
(1.00) 		0.242
(1.00)
CXORF56 5 (4%) 127 0.127
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.00928
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00)
RYR2 27 (20%) 105 0.86
(1.00) 		0.00338
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.0899
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.0472
(1.00) 		0.0272
(1.00) 		1
(1.00)
PTPRD 14 (11%) 118 0.292
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.553
(1.00)
CDH8 9 (7%) 123 0.809
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.285
(1.00) 		1
(1.00)
CECR1 7 (5%) 125 0.205
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.755
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CRTAC1 8 (6%) 124 0.345
(1.00) 		0.00709
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.155
(1.00) 		1
(1.00)
ERBB4 11 (8%) 121 0.347
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.72
(1.00) 		1
(1.00)
FCRL3 8 (6%) 124 0.515
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.679
(1.00) 		1
(1.00)
FZD10 7 (5%) 125 0.523
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.628
(1.00) 		1
(1.00)
LHX1 6 (5%) 126 0.665
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00)
LRRN3 9 (7%) 123 0.664
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.697
(1.00) 		1
(1.00)
RGS6 6 (5%) 126 0.339
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.768
(1.00) 		1
(1.00) 		0.344
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SLC3A2 6 (5%) 126 0.188
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.57
(1.00) 		1
(1.00)
SLITRK6 9 (7%) 123 0.231
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.416
(1.00) 		1
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.285
(1.00) 		1
(1.00)
COL14A1 11 (8%) 121 0.114
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.00759
(1.00) 		0.062
(1.00) 		1
(1.00)
CHRM2 6 (5%) 126 0.329
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.0577
(1.00) 		0.583
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.284
(1.00)
COL1A2 12 (9%) 120 0.175
(1.00) 		0.452
(1.00) 		1
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.558
(1.00) 		1
(1.00)
CDK14 7 (5%) 125 0.251
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.919
(1.00) 		1
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.323
(1.00)
MLL4 14 (11%) 118 0.00896
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.62
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CCDC73 9 (7%) 123 0.332
(1.00) 		1
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.285
(1.00) 		1
(1.00)
BCOR 10 (8%) 122 0.134
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.132
(1.00) 		1
(1.00)
FLG2 14 (11%) 118 0.348
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.553
(1.00)
RERE 11 (8%) 121 0.309
(1.00) 		0.0398
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.00871
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.164
(1.00) 		1
(1.00)
SAMHD1 7 (5%) 125 0.97
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.0425
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.628
(1.00) 		1
(1.00)
SLITRK1 8 (6%) 124 0.722
(1.00) 		0.155
(1.00) 		1
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.619
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FAR2 7 (5%) 125 0.337
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.796
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.216
(1.00) 		1
(1.00)
BLK 7 (5%) 125 0.855
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.323
(1.00)
C4ORF50 4 (3%) 128 0.683
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.937
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0704
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CDH20 9 (7%) 123 0.534
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.697
(1.00) 		1
(1.00)
HMCN1 25 (19%) 107 0.855
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.0624
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.548
(1.00) 		1
(1.00)
OR5W2 5 (4%) 127 0.636
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.097
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00)
CACNA1C 15 (11%) 117 0.206
(1.00) 		0.0349
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.0425
(1.00) 		1
(1.00)
CTNNB1 7 (5%) 125 0.666
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.619
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SSTR4 6 (5%) 126 0.0889
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00)
P4HA2 6 (5%) 126 0.472
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.0866
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.57
(1.00) 		1
(1.00)
PTEN 5 (4%) 127 0.522
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.707
(1.00) 		1
(1.00) 		0.242
(1.00)
ACTG2 6 (5%) 126 0.131
(1.00) 		0.248
(1.00) 		1
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.0894
(1.00) 		1
(1.00)
FSTL5 8 (6%) 124 0.544
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.00672
(1.00) 		0.000555
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.361
(1.00)
PRRT2 5 (4%) 127 0.277
(1.00) 		1
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.00291
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF43 8 (6%) 124 0.501
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.0997
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00)
OR51Q1 5 (4%) 127 0.461
(1.00) 		1
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00)
PRR21 4 (3%) 128 0.165
(1.00) 		0.566
(1.00) 		1
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.0804
(1.00) 		1
(1.00)
APC 16 (12%) 116 0.0037
(1.00) 		0.0881
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.597
(1.00)
LRRC4B 8 (6%) 124 0.199
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.965
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00)
GPR123 6 (5%) 126 0.264
(1.00) 		0.561
(1.00) 		1
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.0127
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00)
HIST2H2AC 4 (3%) 128 0.0918
(1.00) 		0.0242
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.705
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NDN 6 (5%) 126 0.264
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.589
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PALM2-AKAP2 12 (9%) 120 0.607
(1.00) 		0.000652
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.281
(1.00) 		1
(1.00)
PTPRS 15 (11%) 117 0.999
(1.00) 		0.00323
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.0481
(1.00) 		0.058
(1.00) 		1
(1.00)
REG1A 4 (3%) 128 0.486
(1.00) 		1
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.162
(1.00) 		1
(1.00)
KCNA5 8 (6%) 124 0.0224
(1.00) 		0.656
(1.00) 		1
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.717
(1.00) 		1
(1.00) 		0.155
(1.00) 		1
(1.00)
PRICKLE2 10 (8%) 122 0.691
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.32
(1.00) 		1
(1.00)
C1QTNF1 5 (4%) 127 0.828
(1.00) 		0.11
(1.00) 		1
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.124
(1.00) 		1
(1.00)
FOXG1 6 (5%) 126 0.368
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.284
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ARHGEF6 8 (6%) 124 0.477
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.132
(1.00) 		1
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00)
OR5D14 5 (4%) 127 0.722
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.242
(1.00)
ENY2 4 (3%) 128 0.849
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00)
IRF2 6 (5%) 126 0.74
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.0381
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.0127
(1.00) 		0.423
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RXFP3 7 (5%) 125 0.681
(1.00) 		0.0145
(1.00) 		1
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.216
(1.00) 		1
(1.00)
KRTAP19-3 3 (2%) 129 0.528
(1.00) 		1
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.00366
(1.00) 		1
(1.00)
RHOA 3 (2%) 129 0.0768
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00) 		0.843
(1.00) 		1
(1.00) 		0.152
(1.00)
KLHL14 8 (6%) 124 0.192
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.367
(1.00) 		1
(1.00) 		0.155
(1.00) 		1
(1.00)
MAP2K7 7 (5%) 125 0.000873
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.216
(1.00) 		1
(1.00)
TLE4 8 (6%) 124 0.428
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00)
UNC13C 15 (11%) 117 0.768
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.0981
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.49
(1.00) 		1
(1.00)
KCNN2 5 (4%) 127 0.134
(1.00) 		1
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.271
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
EPHA3 9 (7%) 123 0.11
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.397
(1.00)
UGT3A1 6 (5%) 126 0.773
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.445
(1.00) 		1
(1.00) 		0.284
(1.00)
ACSM2A 6 (5%) 126 0.484
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.417
(1.00) 		1
(1.00) 		0.284
(1.00)
ATP1A2 10 (8%) 122 0.287
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.32
(1.00) 		1
(1.00)
EPB41L3 9 (7%) 123 0.629
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.397
(1.00)
FAM55D 6 (5%) 126 0.78
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.79
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KCNA1 7 (5%) 125 0.619
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.0413
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.346
(1.00) 		1
(1.00) 		0.323
(1.00)
OR6K3 6 (5%) 126 0.63
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.0832
(1.00) 		0.392
(1.00) 		1
(1.00) 		0.172
(1.00) 		1
(1.00)
PHF20 10 (8%) 122 0.101
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.0997
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.0477
(1.00) 		1
(1.00)
MXRA8 5 (4%) 127 0.614
(1.00) 		0.039
(1.00) 		1
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.0616
(1.00) 		1
(1.00)
OR10R2 5 (4%) 127 0.144
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.00928
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.0865
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00)
PCYT1A 6 (5%) 126 0.786
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.57
(1.00) 		1
(1.00)
MBD6 9 (7%) 123 0.174
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.0174
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.285
(1.00) 		1
(1.00)
PYCARD 4 (3%) 128 0.232
(1.00) 		1
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.097
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CHRNA6 6 (5%) 126 0.883
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0295
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0514
(1.00) 		1
(1.00) 		0.284
(1.00)
UNC5C 8 (6%) 124 0.279
(1.00) 		0.524
(1.00) 		1
(1.00) 		0.169
(1.00) 		1
(1.00) 		0.261
(1.00) 		1
(1.00) 		0.361
(1.00)
NRG3 7 (5%) 125 0.347
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.018
(1.00) 		0.323
(1.00)
ADHFE1 6 (5%) 126 0.213
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.0186
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DNAH7 21 (16%) 111 0.45
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.726
(1.00) 		1
(1.00)
HS3ST2 6 (5%) 126 0.0109
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.349
(1.00) 		1
(1.00) 		0.57
(1.00) 		1
(1.00)
KIR2DL4 3 (2%) 129 0.754
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00) 		0.447
(1.00) 		1
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.341
(1.00) 		1
(1.00)
KRT72 5 (4%) 127 0.97
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.0616
(1.00) 		1
(1.00)
KIAA1486 8 (6%) 124 0.577
(1.00) 		0.0379
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.155
(1.00) 		1
(1.00)
SCG2 7 (5%) 125 0.7
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00)
DPYD 11 (8%) 121 0.771
(1.00) 		0.0921
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.00451
(1.00) 		0.961
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LCP2 6 (5%) 126 0.749
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SALL1 11 (8%) 121 0.157
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.0404
(1.00) 		0.961
(1.00) 		1
(1.00) 		0.464
(1.00)
C9ORF129 4 (3%) 128 0.539
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.000977
(1.00) 		1
(1.00)
PTPRC 11 (8%) 121 0.674
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.356
(1.00) 		1
(1.00)
NELL1 8 (6%) 124 0.465
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.825
(1.00) 		1
(1.00) 		0.361
(1.00)
YEATS4 4 (3%) 128 0.00697
(1.00) 		0.0242
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.843
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BAI3 11 (8%) 121 0.323
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.464
(1.00)
OR10X1 4 (3%) 128 0.809
(1.00) 		1
(1.00) 		0.937
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
'TRHDE MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 3.01e-05 (Chi-square test), Q value = 0.058

Table S1.  Gene #182: 'TRHDE MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #4: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients STOMACH ADENOCARCINOMA - DIFFUSE TYPE STOMACH ADENOCARCINOMA - NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA - MUCINOUS TYPE STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA - PAPILLARY TYPE STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA - TUBULAR TYPE STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA - TYPE NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS)
ALL 13 73 5 2 10 24
TRHDE MUTATED 0 5 0 2 0 2
TRHDE WILD-TYPE 13 68 5 0 10 22

Figure S1.  Get High-res Image Gene #182: 'TRHDE MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #4: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'ZC3H13 MUTATION STATUS' versus 'Time to Death'

P value = 5.17e-08 (logrank test), Q value = 9.9e-05

Table S2.  Gene #228: 'ZC3H13 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 85 14 0.1 - 70.1 (4.0)
ZC3H13 MUTATED 3 2 0.9 - 4.0 (1.0)
ZC3H13 WILD-TYPE 82 12 0.1 - 70.1 (4.1)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #228: 'ZC3H13 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

'WDR47 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 8.36e-05 (t-test), Q value = 0.16

Table S3.  Gene #243: 'WDR47 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 130 67.8 (10.8)
WDR47 MUTATED 5 78.2 (2.9)
WDR47 WILD-TYPE 125 67.4 (10.8)

Figure S3.  Get High-res Image Gene #243: 'WDR47 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = STAD.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = STAD.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 132

  • Number of significantly mutated genes = 245

  • Number of selected clinical features = 8

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

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References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[5] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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