Lung Adenocarcinoma: Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/Dana-Farber Cancer Institute/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 351 genes and 11 clinical features across 172 patients, 9 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • LRRIQ3 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • U2AF1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • GBA3 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • DACH1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • OR13G1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • AKR1B10 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • CRISP1 mutation correlated to 'AGE'.

  • GUCA1C mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • GPM6A mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 351 genes and 11 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 9 significant findings detected.

Clinical
Features
Time
to
Death
AGE GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE
HISTOLOGICAL
TYPE
PATHOLOGY
T
PATHOLOGY
N
PATHOLOGICSPREAD(M) TUMOR
STAGE
RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION
NEOADJUVANT
THERAPY
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test t-test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
LRRIQ3 10 (6%) 162 0.598
(1.00)
0.834
(1.00)
0.755
(1.00)
2.48e-05
(0.0871)
0.568
(1.00)
0.903
(1.00)
1
(1.00)
0.947
(1.00)
1
(1.00)
0.658
(1.00)
U2AF1 6 (3%) 166 0.4
(1.00)
0.894
(1.00)
0.22
(1.00)
1.18e-08
(4.15e-05)
0.856
(1.00)
0.0572
(1.00)
0.0949
(1.00)
0.0979
(1.00)
0.306
(1.00)
0.0501
(1.00)
GBA3 8 (5%) 164 0.428
(1.00)
0.0276
(1.00)
0.728
(1.00)
1.34e-06
(0.00471)
1
(1.00)
0.0409
(1.00)
1
(1.00)
0.087
(1.00)
1
(1.00)
0.36
(1.00)
DACH1 11 (6%) 161 0.498
(1.00)
0.483
(1.00)
0.349
(1.00)
4.58e-05
(0.161)
0.507
(1.00)
1
(1.00)
0.813
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.684
(1.00)
OR13G1 9 (5%) 163 0.253
(1.00)
0.213
(1.00)
1
(1.00)
1.08e-05
(0.0378)
1
(1.00)
0.14
(1.00)
1
(1.00)
0.205
(1.00)
1
(1.00)
0.358
(1.00)
AKR1B10 4 (2%) 168 0.616
(1.00)
0.00726
(1.00)
1
(1.00)
9.3e-06
(0.0327)
1
(1.00)
0.783
(1.00)
0.0113
(1.00)
0.85
(1.00)
0.215
(1.00)
0.498
(1.00)
CRISP1 4 (2%) 168 0.121
(1.00)
2.53e-05
(0.0888)
1
(1.00)
0.0185
(1.00)
0.0178
(1.00)
0.496
(1.00)
1
(1.00)
0.522
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
GUCA1C 3 (2%) 169 0.776
(1.00)
0.523
(1.00)
0.594
(1.00)
1.46e-08
(5.12e-05)
0.254
(1.00)
0.152
(1.00)
0.46
(1.00)
0.369
(1.00)
1
(1.00)
0.403
(1.00)
GPM6A 4 (2%) 168 0.386
(1.00)
0.984
(1.00)
1
(1.00)
9.3e-06
(0.0327)
1
(1.00)
0.815
(1.00)
0.561
(1.00)
0.719
(1.00)
1
(1.00)
0.117
(1.00)
KRTAP5-5 21 (12%) 151 0.366
(1.00)
0.849
(1.00)
0.351
(1.00)
0.259
(1.00)
0.562
(1.00)
0.63
(1.00)
0.52
(1.00)
0.942
(1.00)
0.613
(1.00)
0.535
(1.00)
STK11 20 (12%) 152 0.405
(1.00)
0.6
(1.00)
0.0941
(1.00)
0.979
(1.00)
0.595
(1.00)
0.851
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.743
(1.00)
KEAP1 32 (19%) 140 0.581
(1.00)
0.784
(1.00)
1
(1.00)
0.128
(1.00)
0.244
(1.00)
0.52
(1.00)
1
(1.00)
0.193
(1.00)
0.922
(1.00)
0.397
(1.00)
0.595
(1.00)
CDKN2A 8 (5%) 164 0.687
(1.00)
0.117
(1.00)
0.728
(1.00)
1
(1.00)
0.878
(1.00)
0.764
(1.00)
0.726
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.36
(1.00)
EGFR 22 (13%) 150 0.0145
(1.00)
0.149
(1.00)
0.176
(1.00)
0.708
(1.00)
0.731
(1.00)
0.467
(1.00)
0.581
(1.00)
0.296
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
KRAS 47 (27%) 125 0.322
(1.00)
0.955
(1.00)
0.493
(1.00)
0.428
(1.00)
0.907
(1.00)
0.0834
(1.00)
0.406
(1.00)
1
(1.00)
0.938
(1.00)
0.73
(1.00)
0.349
(1.00)
TP53 85 (49%) 87 0.436
(1.00)
0.102
(1.00)
0.444
(1.00)
0.74
(1.00)
0.232
(1.00)
0.633
(1.00)
0.977
(1.00)
0.783
(1.00)
1
(1.00)
0.209
(1.00)
0.209
(1.00)
NAV3 35 (20%) 137 0.88
(1.00)
0.736
(1.00)
0.261
(1.00)
0.548
(1.00)
0.774
(1.00)
0.313
(1.00)
0.466
(1.00)
0.69
(1.00)
0.948
(1.00)
0.427
(1.00)
1
(1.00)
MAGEC1 24 (14%) 148 0.988
(1.00)
0.639
(1.00)
1
(1.00)
0.669
(1.00)
0.504
(1.00)
0.0989
(1.00)
0.0822
(1.00)
0.171
(1.00)
0.361
(1.00)
0.376
(1.00)
MUC7 15 (9%) 157 0.234
(1.00)
0.39
(1.00)
0.0313
(1.00)
0.742
(1.00)
0.495
(1.00)
0.762
(1.00)
0.534
(1.00)
0.945
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
CDH10 33 (19%) 139 0.0896
(1.00)
0.496
(1.00)
0.442
(1.00)
0.693
(1.00)
0.0754
(1.00)
0.178
(1.00)
0.202
(1.00)
0.0707
(1.00)
1
(1.00)
0.113
(1.00)
ZNF676 16 (9%) 156 0.953
(1.00)
0.196
(1.00)
1
(1.00)
0.42
(1.00)
0.825
(1.00)
0.71
(1.00)
0.761
(1.00)
0.528
(1.00)
1
(1.00)
0.472
(1.00)
TMTC1 22 (13%) 150 0.327
(1.00)
0.297
(1.00)
0.0695
(1.00)
0.132
(1.00)
0.135
(1.00)
0.778
(1.00)
0.29
(1.00)
0.378
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR4C16 13 (8%) 159 0.912
(1.00)
0.421
(1.00)
0.774
(1.00)
0.00193
(1.00)
0.647
(1.00)
0.49
(1.00)
1
(1.00)
0.202
(1.00)
0.554
(1.00)
0.695
(1.00)
ELTD1 15 (9%) 157 0.0885
(1.00)
0.0391
(1.00)
0.788
(1.00)
0.143
(1.00)
0.033
(1.00)
0.127
(1.00)
0.534
(1.00)
0.0665
(1.00)
0.603
(1.00)
1
(1.00)
RIMS2 32 (19%) 140 0.696
(1.00)
0.716
(1.00)
0.239
(1.00)
0.953
(1.00)
0.815
(1.00)
0.546
(1.00)
0.895
(1.00)
0.661
(1.00)
0.943
(1.00)
1
(1.00)
0.419
(1.00)
EPHA6 22 (13%) 150 0.652
(1.00)
0.666
(1.00)
0.108
(1.00)
0.953
(1.00)
0.374
(1.00)
0.307
(1.00)
0.607
(1.00)
0.253
(1.00)
0.712
(1.00)
1
(1.00)
0.534
(1.00)
CNBD1 10 (6%) 162 0.728
(1.00)
0.692
(1.00)
0.111
(1.00)
8.55e-05
(0.3)
0.607
(1.00)
0.754
(1.00)
0.79
(1.00)
0.947
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
REG3A 14 (8%) 158 0.602
(1.00)
0.722
(1.00)
0.414
(1.00)
0.0283
(1.00)
0.649
(1.00)
0.729
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.7
(1.00)
CD5L 12 (7%) 160 0.949
(1.00)
0.928
(1.00)
0.229
(1.00)
0.653
(1.00)
0.119
(1.00)
0.922
(1.00)
1
(1.00)
0.668
(1.00)
1
(1.00)
0.694
(1.00)
KRTAP1-5 7 (4%) 165 0.00208
(1.00)
0.281
(1.00)
0.704
(1.00)
0.303
(1.00)
0.0853
(1.00)
0.764
(1.00)
0.363
(1.00)
0.0834
(1.00)
0.0548
(1.00)
0.0785
(1.00)
GABRB3 11 (6%) 161 0.256
(1.00)
0.992
(1.00)
0.349
(1.00)
0.659
(1.00)
0.611
(1.00)
0.64
(1.00)
0.11
(1.00)
0.0746
(1.00)
0.493
(1.00)
0.684
(1.00)
ZNF804A 30 (17%) 142 0.029
(1.00)
0.504
(1.00)
0.841
(1.00)
0.705
(1.00)
0.678
(1.00)
0.263
(1.00)
0.527
(1.00)
0.339
(1.00)
0.118
(1.00)
0.382
(1.00)
0.421
(1.00)
OR2T4 13 (8%) 159 0.00886
(1.00)
0.238
(1.00)
0.576
(1.00)
0.978
(1.00)
0.0822
(1.00)
0.605
(1.00)
1
(1.00)
0.593
(1.00)
0.554
(1.00)
0.225
(1.00)
BRAF 15 (9%) 157 0.966
(1.00)
0.5
(1.00)
0.287
(1.00)
0.996
(1.00)
0.183
(1.00)
0.659
(1.00)
0.233
(1.00)
0.499
(1.00)
0.603
(1.00)
0.471
(1.00)
OR2L3 13 (8%) 159 0.926
(1.00)
0.867
(1.00)
0.0229
(1.00)
0.725
(1.00)
0.744
(1.00)
0.119
(1.00)
0.475
(1.00)
0.96
(1.00)
1
(1.00)
0.225
(1.00)
OR4A5 12 (7%) 160 0.0375
(1.00)
0.831
(1.00)
0.0393
(1.00)
0.694
(1.00)
0.94
(1.00)
0.0467
(1.00)
0.226
(1.00)
0.0762
(1.00)
1
(1.00)
0.00415
(1.00)
REG1B 12 (7%) 160 0.285
(1.00)
0.0662
(1.00)
1
(1.00)
0.129
(1.00)
0.694
(1.00)
0.682
(1.00)
0.218
(1.00)
0.451
(1.00)
0.399
(1.00)
0.0238
(1.00)
1
(1.00)
BAGE2 9 (5%) 163 0.414
(1.00)
0.527
(1.00)
0.734
(1.00)
0.0389
(1.00)
0.165
(1.00)
0.585
(1.00)
0.465
(1.00)
0.497
(1.00)
1
(1.00)
0.358
(1.00)
TRIM58 8 (5%) 164 0.747
(1.00)
0.369
(1.00)
0.728
(1.00)
0.934
(1.00)
0.591
(1.00)
0.693
(1.00)
0.557
(1.00)
0.758
(1.00)
1
(1.00)
0.36
(1.00)
CRIPAK 11 (6%) 161 0.0962
(1.00)
0.547
(1.00)
0.115
(1.00)
0.00062
(1.00)
0.448
(1.00)
1
(1.00)
0.528
(1.00)
0.84
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR2L8 12 (7%) 160 0.166
(1.00)
0.418
(1.00)
0.229
(1.00)
0.996
(1.00)
0.471
(1.00)
0.172
(1.00)
1
(1.00)
0.399
(1.00)
1
(1.00)
0.694
(1.00)
SERPINB4 10 (6%) 162 0.0737
(1.00)
0.694
(1.00)
1
(1.00)
0.606
(1.00)
0.799
(1.00)
0.0961
(1.00)
1
(1.00)
0.253
(1.00)
0.46
(1.00)
1
(1.00)
ZNF492 8 (5%) 164 0.599
(1.00)
0.942
(1.00)
0.728
(1.00)
0.998
(1.00)
0.737
(1.00)
0.288
(1.00)
0.414
(1.00)
0.234
(1.00)
0.0708
(1.00)
1
(1.00)
C18ORF34 19 (11%) 153 0.989
(1.00)
0.359
(1.00)
0.628
(1.00)
0.705
(1.00)
0.61
(1.00)
0.533
(1.00)
0.167
(1.00)
0.266
(1.00)
0.654
(1.00)
0.304
(1.00)
0.741
(1.00)
PABPC3 9 (5%) 163 0.0777
(1.00)
0.413
(1.00)
0.51
(1.00)
0.976
(1.00)
0.839
(1.00)
0.585
(1.00)
0.115
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.634
(1.00)
ZNF268 5 (3%) 167 0.278
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
OR2T34 10 (6%) 162 0.806
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
NRG3 13 (8%) 159 0.908
(1.00)
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(1.00)
0.576
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.433
(1.00)
HEATR7B2 20 (12%) 152 0.787
(1.00)
0.711
(1.00)
1
(1.00)
0.359
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.791
(1.00)
0.6
(1.00)
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(1.00)
0.207
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.0049
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.51
(1.00)
0.53
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
LRRIQ1 21 (12%) 151 0.47
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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1
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(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.525
(1.00)
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(1.00)
SPANXN2 7 (4%) 165 0.396
(1.00)
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OR52E4 6 (3%) 166 0.793
(1.00)
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(1.00)
0.982
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.233
(1.00)
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(1.00)
0.767
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.999
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.594
(1.00)
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(1.00)
0.102
(1.00)
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(1.00)
0.754
(1.00)
0.813
(1.00)
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(1.00)
0.493
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.995
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
SYT4 11 (6%) 161 0.347
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.955
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.446
(1.00)
0.493
(1.00)
0.684
(1.00)
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(1.00)
0.607
(1.00)
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(1.00)
0.953
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.324
(1.00)
0.619
(1.00)
1
(1.00)
ODF1 4 (2%) 168 0.235
(1.00)
0.0199
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.51
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.424
(1.00)
1
(1.00)
PCK1 9 (5%) 163 0.0583
(1.00)
0.317
(1.00)
0.734
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.424
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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OR6N2 7 (4%) 165 0.674
(1.00)
0.899
(1.00)
0.704
(1.00)
0.3
(1.00)
0.688
(1.00)
0.653
(1.00)
0.493
(1.00)
0.774
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
ASTN2 15 (9%) 157 0.738
(1.00)
0.753
(1.00)
0.788
(1.00)
0.0007
(1.00)
0.422
(1.00)
0.816
(1.00)
0.369
(1.00)
0.476
(1.00)
0.603
(1.00)
1
(1.00)
LIPI 7 (4%) 165 0.0959
(1.00)
0.867
(1.00)
1
(1.00)
0.999
(1.00)
1
(1.00)
0.325
(1.00)
1
(1.00)
0.317
(1.00)
0.348
(1.00)
0.598
(1.00)
ZIC4 13 (8%) 159 0.244
(1.00)
0.648
(1.00)
0.0229
(1.00)
0.725
(1.00)
0.24
(1.00)
1
(1.00)
0.168
(1.00)
0.26
(1.00)
0.554
(1.00)
0.433
(1.00)
PRR21 5 (3%) 167 0.765
(1.00)
0.642
(1.00)
0.063
(1.00)
0.999
(1.00)
0.663
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.699
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
PJA1 8 (5%) 164 0.181
(1.00)
0.365
(1.00)
0.728
(1.00)
0.231
(1.00)
0.451
(1.00)
0.693
(1.00)
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(1.00)
0.758
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
MAGEB18 5 (3%) 167 0.494
(1.00)
0.219
(1.00)
0.063
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.152
(1.00)
0.644
(1.00)
0.699
(1.00)
0.262
(1.00)
0.579
(1.00)
SEMA3A 10 (6%) 162 0.343
(1.00)
0.305
(1.00)
0.516
(1.00)
0.121
(1.00)
0.174
(1.00)
0.291
(1.00)
0.79
(1.00)
0.295
(1.00)
1
(1.00)
0.658
(1.00)
EPHB1 18 (10%) 154 0.244
(1.00)
0.27
(1.00)
0.805
(1.00)
0.316
(1.00)
0.563
(1.00)
1
(1.00)
0.883
(1.00)
0.894
(1.00)
0.281
(1.00)
0.742
(1.00)
SLC35F1 9 (5%) 163 0.507
(1.00)
0.364
(1.00)
0.0122
(1.00)
0.381
(1.00)
0.596
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.793
(1.00)
1
(1.00)
0.358
(1.00)
EPHA7 11 (6%) 161 0.347
(1.00)
0.888
(1.00)
0.115
(1.00)
0.994
(1.00)
0.686
(1.00)
0.152
(1.00)
1
(1.00)
0.398
(1.00)
0.493
(1.00)
0.217
(1.00)
OR5T2 8 (5%) 164 0.186
(1.00)
0.304
(1.00)
0.0712
(1.00)
0.998
(1.00)
0.814
(1.00)
0.339
(1.00)
0.414
(1.00)
0.0734
(1.00)
0.0708
(1.00)
1
(1.00)
ARHGAP36 13 (8%) 159 0.936
(1.00)
0.977
(1.00)
0.576
(1.00)
0.697
(1.00)
0.419
(1.00)
0.64
(1.00)
0.475
(1.00)
0.429
(1.00)
0.168
(1.00)
0.225
(1.00)
OR2T3 9 (5%) 163 0.196
(1.00)
0.0658
(1.00)
0.0819
(1.00)
0.471
(1.00)
0.375
(1.00)
0.101
(1.00)
1
(1.00)
0.0365
(1.00)
0.424
(1.00)
0.358
(1.00)
RBM10 12 (7%) 160 0.893
(1.00)
0.176
(1.00)
0.0676
(1.00)
0.996
(1.00)
0.00496
(1.00)
0.12
(1.00)
1
(1.00)
0.668
(1.00)
1
(1.00)
0.694
(1.00)
C7ORF58 17 (10%) 155 0.412
(1.00)
0.71
(1.00)
0.8
(1.00)
0.0764
(1.00)
0.426
(1.00)
0.233
(1.00)
0.88
(1.00)
0.314
(1.00)
1
(1.00)
0.312
(1.00)
OLAH 7 (4%) 165 0.566
(1.00)
0.255
(1.00)
0.704
(1.00)
0.2
(1.00)
0.0696
(1.00)
0.653
(1.00)
0.726
(1.00)
0.712
(1.00)
1
(1.00)
0.302
(1.00)
PTH 3 (2%) 169 0.0103
(1.00)
0.807
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.179
(1.00)
1
(1.00)
0.651
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
NHEDC1 9 (5%) 163 0.145
(1.00)
0.0899
(1.00)
0.734
(1.00)
0.000678
(1.00)
0.439
(1.00)
0.299
(1.00)
0.465
(1.00)
0.577
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
CTNNA2 20 (12%) 152 0.348
(1.00)
0.84
(1.00)
1
(1.00)
0.0052
(1.00)
1
(1.00)
0.647
(1.00)
0.186
(1.00)
0.743
(1.00)
0.328
(1.00)
1
(1.00)
TMEM195 11 (6%) 161 0.452
(1.00)
0.647
(1.00)
0.349
(1.00)
0.558
(1.00)
0.876
(1.00)
0.319
(1.00)
1
(1.00)
0.564
(1.00)
1
(1.00)
0.217
(1.00)
FGF14 7 (4%) 165 0.0078
(1.00)
0.911
(1.00)
0.049
(1.00)
0.875
(1.00)
0.0415
(1.00)
0.764
(1.00)
0.726
(1.00)
0.173
(1.00)
1
(1.00)
0.598
(1.00)
GPR174 6 (3%) 166 0.325
(1.00)
0.0533
(1.00)
0.22
(1.00)
0.00302
(1.00)
1
(1.00)
0.467
(1.00)
0.306
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
C1ORF49 6 (3%) 166 0.761
(1.00)
0.757
(1.00)
0.415
(1.00)
0.255
(1.00)
0.194
(1.00)
0.363
(1.00)
0.733
(1.00)
0.306
(1.00)
0.87
(1.00)
1
(1.00)
0.591
(1.00)
NTNG1 11 (6%) 161 0.256
(1.00)
0.432
(1.00)
0.551
(1.00)
0.664
(1.00)
0.399
(1.00)
0.152
(1.00)
1
(1.00)
0.564
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
PYHIN1 7 (4%) 165 0.666
(1.00)
0.572
(1.00)
0.704
(1.00)
9.21e-05
(0.323)
0.356
(1.00)
0.339
(1.00)
0.493
(1.00)
0.255
(1.00)
1
(1.00)
0.598
(1.00)
ZSWIM2 13 (8%) 159 0.101
(1.00)
0.331
(1.00)
0.386
(1.00)
0.994
(1.00)
0.261
(1.00)
0.514
(1.00)
1
(1.00)
0.872
(1.00)
0.168
(1.00)
0.225
(1.00)
TBX5 11 (6%) 161 0.676
(1.00)
0.0523
(1.00)
0.115
(1.00)
0.973
(1.00)
0.0587
(1.00)
0.478
(1.00)
1
(1.00)
0.687
(1.00)
1
(1.00)
0.217
(1.00)
APC 10 (6%) 162 0.00906
(1.00)
0.867
(1.00)
1
(1.00)
0.999
(1.00)
0.736
(1.00)
0.721
(1.00)
0.149
(1.00)
0.244
(1.00)
0.107
(1.00)
1
(1.00)
ANKRD7 6 (3%) 166 0.997
(1.00)
0.00346
(1.00)
0.688
(1.00)
0.194
(1.00)
0.363
(1.00)
0.467
(1.00)
0.192
(1.00)
0.527
(1.00)
1
(1.00)
0.238
(1.00)
OR5D16 7 (4%) 165 0.688
(1.00)
0.886
(1.00)
0.25
(1.00)
0.994
(1.00)
0.233
(1.00)
0.506
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.598
(1.00)
OR4L1 7 (4%) 165 0.141
(1.00)
0.527
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.32
(1.00)
1
(1.00)
0.0943
(1.00)
1
(1.00)
0.0548
(1.00)
1
(1.00)
KRTAP15-1 5 (3%) 167 0.532
(1.00)
0.392
(1.00)
0.662
(1.00)
0.934
(1.00)
0.0484
(1.00)
0.599
(1.00)
1
(1.00)
0.87
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
SATB2 15 (9%) 157 0.443
(1.00)
0.647
(1.00)
1
(1.00)
0.185
(1.00)
0.204
(1.00)
0.865
(1.00)
0.872
(1.00)
0.87
(1.00)
0.212
(1.00)
1
(1.00)
SERPINB13 9 (5%) 163 0.0421
(1.00)
0.693
(1.00)
0.181
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.43
(1.00)
1
(1.00)
0.634
(1.00)
COL25A1 11 (6%) 161 0.205
(1.00)
0.99
(1.00)
1
(1.00)
0.0427
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR10K2 9 (5%) 163 0.517
(1.00)
0.00113
(1.00)
0.51
(1.00)
0.291
(1.00)
0.0646
(1.00)
0.458
(1.00)
0.465
(1.00)
0.548
(1.00)
0.424
(1.00)
0.151
(1.00)
OR14A16 12 (7%) 160 0.428
(1.00)
0.266
(1.00)
0.774
(1.00)
0.996
(1.00)
0.551
(1.00)
0.708
(1.00)
0.556
(1.00)
0.766
(1.00)
1
(1.00)
0.405
(1.00)
FAM48B1 10 (6%) 162 0.913
(1.00)
0.81
(1.00)
0.111
(1.00)
0.985
(1.00)
0.929
(1.00)
0.396
(1.00)
0.383
(1.00)
0.172
(1.00)
0.46
(1.00)
0.658
(1.00)
KRTAP11-1 6 (3%) 166 0.194
(1.00)
0.133
(1.00)
0.22
(1.00)
0.982
(1.00)
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(1.00)
0.393
(1.00)
0.306
(1.00)
0.899
(1.00)
1
(1.00)
0.591
(1.00)
FABP12 3 (2%) 169 0.594
(1.00)
1
(1.00)
0.461
(1.00)
0.397
(1.00)
1
(1.00)
0.651
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
BCHE 9 (5%) 163 0.968
(1.00)
0.505
(1.00)
0.734
(1.00)
1
(1.00)
0.706
(1.00)
0.585
(1.00)
0.336
(1.00)
0.173
(1.00)
1
(1.00)
0.634
(1.00)
C7 14 (8%) 158 0.143
(1.00)
0.863
(1.00)
0.0539
(1.00)
0.997
(1.00)
0.188
(1.00)
0.446
(1.00)
0.738
(1.00)
0.717
(1.00)
1
(1.00)
0.13
(1.00)
OR51A7 7 (4%) 165 0.151
(1.00)
0.185
(1.00)
0.455
(1.00)
0.999
(1.00)
0.481
(1.00)
1
(1.00)
0.726
(1.00)
0.917
(1.00)
0.348
(1.00)
1
(1.00)
PSG6 11 (6%) 161 0.123
(1.00)
0.562
(1.00)
0.349
(1.00)
0.959
(1.00)
0.232
(1.00)
0.236
(1.00)
0.334
(1.00)
0.464
(1.00)
0.493
(1.00)
0.217
(1.00)
PI15 7 (4%) 165 0.262
(1.00)
0.68
(1.00)
1
(1.00)
0.303
(1.00)
0.481
(1.00)
0.881
(1.00)
0.493
(1.00)
0.774
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
ADAMTS18 17 (10%) 155 0.314
(1.00)
0.713
(1.00)
0.31
(1.00)
0.195
(1.00)
0.296
(1.00)
0.576
(1.00)
0.273
(1.00)
0.975
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
MYL10 5 (3%) 167 0.659
(1.00)
0.423
(1.00)
1
(1.00)
0.934
(1.00)
0.0226
(1.00)
0.172
(1.00)
1
(1.00)
0.219
(1.00)
0.262
(1.00)
0.579
(1.00)
OR10G8 8 (5%) 164 0.289
(1.00)
0.993
(1.00)
0.145
(1.00)
0.971
(1.00)
0.2
(1.00)
0.331
(1.00)
0.745
(1.00)
0.502
(1.00)
1
(1.00)
0.36
(1.00)
SAMD7 6 (3%) 166 0.923
(1.00)
0.928
(1.00)
0.688
(1.00)
0.172
(1.00)
1
(1.00)
0.325
(1.00)
1
(1.00)
0.621
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
PRIM2 10 (6%) 162 0.348
(1.00)
0.134
(1.00)
0.0452
(1.00)
0.551
(1.00)
0.184
(1.00)
0.487
(1.00)
0.505
(1.00)
0.354
(1.00)
1
(1.00)
0.366
(1.00)
CNGA2 11 (6%) 161 0.432
(1.00)
0.344
(1.00)
0.349
(1.00)
0.157
(1.00)
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(1.00)
0.0678
(1.00)
1
(1.00)
0.587
(1.00)
0.493
(1.00)
1
(1.00)
MFAP1 3 (2%) 169 0.848
(1.00)
0.0726
(1.00)
0.594
(1.00)
0.00172
(1.00)
0.122
(1.00)
0.397
(1.00)
0.46
(1.00)
0.369
(1.00)
0.165
(1.00)
0.403
(1.00)
OR2T27 8 (5%) 164 0.36
(1.00)
0.665
(1.00)
0.728
(1.00)
0.997
(1.00)
0.814
(1.00)
0.693
(1.00)
1
(1.00)
0.758
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
C1ORF94 8 (5%) 164 0.565
(1.00)
0.475
(1.00)
1
(1.00)
0.997
(1.00)
0.451
(1.00)
0.376
(1.00)
0.414
(1.00)
0.22
(1.00)
0.0708
(1.00)
0.613
(1.00)
UGT2B10 11 (6%) 161 0.859
(1.00)
0.0284
(1.00)
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(1.00)
0.314
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.414
(1.00)
1
(1.00)
0.0732
(1.00)
NRXN1 25 (15%) 147 0.211
(1.00)
0.852
(1.00)
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(1.00)
0.953
(1.00)
0.397
(1.00)
0.317
(1.00)
0.485
(1.00)
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(1.00)
0.729
(1.00)
0.361
(1.00)
1
(1.00)
VN1R2 7 (4%) 165 0.58
(1.00)
0.212
(1.00)
0.704
(1.00)
0.875
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.348
(1.00)
0.598
(1.00)
MAGEC2 8 (5%) 164 0.976
(1.00)
0.371
(1.00)
0.728
(1.00)
0.428
(1.00)
0.415
(1.00)
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(1.00)
0.557
(1.00)
0.565
(1.00)
0.387
(1.00)
0.36
(1.00)
KCNS2 7 (4%) 165 0.531
(1.00)
0.000819
(1.00)
0.25
(1.00)
0.945
(1.00)
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(1.00)
0.392
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.598
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.87
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
OR2M4 11 (6%) 161 0.839
(1.00)
0.621
(1.00)
1
(1.00)
0.798
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.66
(1.00)
0.521
(1.00)
0.126
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.169
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
NELL1 14 (8%) 158 0.0393
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
CYLC1 6 (3%) 166 0.0191
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
TTK 8 (5%) 164 0.457
(1.00)
0.34
(1.00)
1
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1
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(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.999
(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
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1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.08
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
POTEA 7 (4%) 165 0.072
(1.00)
0.19
(1.00)
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(1.00)
1
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1
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(1.00)
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(1.00)
0.598
(1.00)
GPR65 3 (2%) 169 0.373
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.578
(1.00)
1
(1.00)
0.508
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR5H1 4 (2%) 168 0.556
(1.00)
0.99
(1.00)
0.626
(1.00)
0.0241
(1.00)
0.601
(1.00)
0.651
(1.00)
0.561
(1.00)
0.85
(1.00)
1
(1.00)
0.498
(1.00)
DEFB112 4 (2%) 168 0.977
(1.00)
0.0831
(1.00)
0.334
(1.00)
0.0185
(1.00)
1
(1.00)
0.651
(1.00)
0.273
(1.00)
0.269
(1.00)
0.215
(1.00)
0.117
(1.00)
NOVA1 10 (6%) 162 0.766
(1.00)
0.321
(1.00)
0.346
(1.00)
0.581
(1.00)
0.0963
(1.00)
0.211
(1.00)
1
(1.00)
0.383
(1.00)
1
(1.00)
0.366
(1.00)
SLITRK2 19 (11%) 153 0.486
(1.00)
0.743
(1.00)
0.628
(1.00)
0.00116
(1.00)
0.0117
(1.00)
0.943
(1.00)
0.788
(1.00)
0.864
(1.00)
0.604
(1.00)
0.0464
(1.00)
ZBBX 10 (6%) 162 0.883
(1.00)
0.941
(1.00)
0.516
(1.00)
0.958
(1.00)
0.461
(1.00)
0.897
(1.00)
0.636
(1.00)
0.274
(1.00)
0.46
(1.00)
0.658
(1.00)
OR10T2 7 (4%) 165 0.906
(1.00)
0.93
(1.00)
1
(1.00)
0.994
(1.00)
0.164
(1.00)
0.24
(1.00)
0.726
(1.00)
0.548
(1.00)
0.348
(1.00)
0.302
(1.00)
TLR4 23 (13%) 149 0.606
(1.00)
0.837
(1.00)
1
(1.00)
0.651
(1.00)
0.048
(1.00)
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(1.00)
0.343
(1.00)
0.404
(1.00)
0.625
(1.00)
0.132
(1.00)
CYP2C19 7 (4%) 165 0.732
(1.00)
0.246
(1.00)
1
(1.00)
0.00511
(1.00)
0.208
(1.00)
1
(1.00)
0.493
(1.00)
0.664
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
FSTL5 16 (9%) 156 0.485
(1.00)
0.724
(1.00)
0.294
(1.00)
0.791
(1.00)
0.402
(1.00)
0.865
(1.00)
0.872
(1.00)
0.506
(1.00)
0.235
(1.00)
0.72
(1.00)
OR5L2 13 (8%) 159 0.894
(1.00)
0.0423
(1.00)
0.386
(1.00)
0.0364
(1.00)
0.141
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.932
(1.00)
0.554
(1.00)
1
(1.00)
GPR101 9 (5%) 163 0.337
(1.00)
0.446
(1.00)
0.51
(1.00)
0.793
(1.00)
0.318
(1.00)
0.254
(1.00)
0.169
(1.00)
0.257
(1.00)
0.424
(1.00)
0.358
(1.00)
IRX1 7 (4%) 165 0.927
(1.00)
0.843
(1.00)
0.25
(1.00)
1
(1.00)
0.878
(1.00)
0.177
(1.00)
0.493
(1.00)
0.255
(1.00)
0.348
(1.00)
0.598
(1.00)
GALNT13 7 (4%) 165 0.896
(1.00)
0.932
(1.00)
0.704
(1.00)
0.994
(1.00)
0.00192
(1.00)
0.764
(1.00)
0.726
(1.00)
0.204
(1.00)
1
(1.00)
0.598
(1.00)
ATXN3L 3 (2%) 169 0.0484
(1.00)
0.644
(1.00)
0.594
(1.00)
0.00172
(1.00)
0.079
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.0403
(1.00)
0.165
(1.00)
0.0646
(1.00)
LOC440563 7 (4%) 165 0.863
(1.00)
0.327
(1.00)
0.455
(1.00)
0.945
(1.00)
0.114
(1.00)
0.708
(1.00)
0.363
(1.00)
0.295
(1.00)
1
(1.00)
0.598
(1.00)
SERPINB5 3 (2%) 169 0.747
(1.00)
0.171
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.397
(1.00)
1
(1.00)
0.651
(1.00)
1
(1.00)
0.403
(1.00)
MBD1 6 (3%) 166 0.474
(1.00)
0.22
(1.00)
1
(1.00)
0.977
(1.00)
0.145
(1.00)
0.622
(1.00)
1
(1.00)
0.193
(1.00)
0.306
(1.00)
1
(1.00)
SERPINB7 6 (3%) 166 0.635
(1.00)
0.502
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.479
(1.00)
0.544
(1.00)
1
(1.00)
0.214
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
DOCK3 5 (3%) 167 0.789
(1.00)
0.645
(1.00)
1
(1.00)
0.0921
(1.00)
0.192
(1.00)
0.401
(1.00)
0.35
(1.00)
0.426
(1.00)
0.262
(1.00)
0.176
(1.00)
OR51I1 6 (3%) 166 0.131
(1.00)
0.296
(1.00)
1
(1.00)
0.883
(1.00)
0.126
(1.00)
0.85
(1.00)
1
(1.00)
0.624
(1.00)
1
(1.00)
0.591
(1.00)
OR8K3 5 (3%) 167 0.538
(1.00)
0.332
(1.00)
0.376
(1.00)
0.999
(1.00)
0.229
(1.00)
0.401
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR10A2 7 (4%) 165 0.172
(1.00)
0.649
(1.00)
0.704
(1.00)
0.00511
(1.00)
0.773
(1.00)
0.24
(1.00)
0.493
(1.00)
0.255
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR5K3 7 (4%) 165 0.353
(1.00)
0.714
(1.00)
0.704
(1.00)
0.943
(1.00)
0.287
(1.00)
0.339
(1.00)
1
(1.00)
0.366
(1.00)
0.348
(1.00)
0.598
(1.00)
PIP 5 (3%) 167 0.621
(1.00)
0.862
(1.00)
0.662
(1.00)
0.468
(1.00)
0.0276
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.699
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
RERGL 5 (3%) 167 0.0476
(1.00)
0.822
(1.00)
1
(1.00)
0.844
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.23
(1.00)
0.624
(1.00)
1
(1.00)
0.579
(1.00)
SCN7A 8 (5%) 164 0.967
(1.00)
0.145
(1.00)
1
(1.00)
0.644
(1.00)
0.382
(1.00)
0.604
(1.00)
0.557
(1.00)
0.565
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
STAC3 3 (2%) 169 0.00472
(1.00)
0.958
(1.00)
1
(1.00)
0.969
(1.00)
0.00698
(1.00)
0.235
(1.00)
0.0471
(1.00)
0.184
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR4K13 5 (3%) 167 0.975
(1.00)
0.0787
(1.00)
1
(1.00)
0.934
(1.00)
0.464
(1.00)
0.401
(1.00)
1
(1.00)
0.152
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
SULT1B1 7 (4%) 165 0.499
(1.00)
0.617
(1.00)
0.704
(1.00)
0.875
(1.00)
0.0061
(1.00)
0.881
(1.00)
0.363
(1.00)
0.34
(1.00)
1
(1.00)
0.598
(1.00)
OR13C4 6 (3%) 166 0.969
(1.00)
0.288
(1.00)
0.415
(1.00)
0.982
(1.00)
0.419
(1.00)
0.544
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.306
(1.00)
0.238
(1.00)
OR2L2 9 (5%) 163 0.828
(1.00)
0.894
(1.00)
1
(1.00)
0.471
(1.00)
0.117
(1.00)
0.33
(1.00)
0.336
(1.00)
0.43
(1.00)
1
(1.00)
0.358
(1.00)
SLC10A2 7 (4%) 165 0.281
(1.00)
0.918
(1.00)
0.704
(1.00)
0.00511
(1.00)
0.773
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.844
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
FGB 11 (6%) 161 0.213
(1.00)
0.583
(1.00)
1
(1.00)
0.988
(1.00)
0.044
(1.00)
0.913
(1.00)
1
(1.00)
0.354
(1.00)
1
(1.00)
0.217
(1.00)
KLHL38 9 (5%) 163 0.571
(1.00)
0.49
(1.00)
0.0122
(1.00)
0.471
(1.00)
0.0947
(1.00)
0.458
(1.00)
0.0642
(1.00)
0.151
(1.00)
1
(1.00)
0.358
(1.00)
EYA4 10 (6%) 162 0.93
(1.00)
0.501
(1.00)
0.755
(1.00)
0.00657
(1.00)
0.0126
(1.00)
0.291
(1.00)
0.116
(1.00)
0.106
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
GABRA5 11 (6%) 161 0.785
(1.00)
0.848
(1.00)
0.756
(1.00)
0.997
(1.00)
0.937
(1.00)
0.64
(1.00)
0.66
(1.00)
0.383
(1.00)
0.493
(1.00)
1
(1.00)
SAGE1 10 (6%) 162 0.567
(1.00)
0.48
(1.00)
0.346
(1.00)
0.999
(1.00)
0.596
(1.00)
0.363
(1.00)
1
(1.00)
0.859
(1.00)
0.46
(1.00)
0.658
(1.00)
OR2T8 8 (5%) 164 0.771
(1.00)
0.901
(1.00)
0.728
(1.00)
0.391
(1.00)
0.663
(1.00)
0.29
(1.00)
1
(1.00)
0.32
(1.00)
0.0708
(1.00)
1
(1.00)
NLRP14 18 (10%) 154 0.241
(1.00)
0.769
(1.00)
0.805
(1.00)
0.989
(1.00)
0.752
(1.00)
0.143
(1.00)
0.518
(1.00)
0.296
(1.00)
0.602
(1.00)
0.742
(1.00)
KLHL4 10 (6%) 162 0.599
(1.00)
0.0212
(1.00)
0.189
(1.00)
0.989
(1.00)
0.4
(1.00)
0.613
(1.00)
0.79
(1.00)
0.676
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
ST6GALNAC3 8 (5%) 164 0.35
(1.00)
0.904
(1.00)
0.728
(1.00)
0.644
(1.00)
0.184
(1.00)
1
(1.00)
0.745
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.613
(1.00)
CACNA2D3 11 (6%) 161 0.283
(1.00)
0.132
(1.00)
0.551
(1.00)
0.558
(1.00)
0.448
(1.00)
0.319
(1.00)
0.813
(1.00)
0.715
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
KCNH8 13 (8%) 159 0.78
(1.00)
0.353
(1.00)
0.262
(1.00)
0.586
(1.00)
0.419
(1.00)
0.0314
(1.00)
1
(1.00)
0.581
(1.00)
0.168
(1.00)
0.433
(1.00)
SERPINI2 7 (4%) 165 0.864
(1.00)
0.111
(1.00)
1
(1.00)
0.999
(1.00)
0.481
(1.00)
0.288
(1.00)
1
(1.00)
0.483
(1.00)
0.348
(1.00)
0.598
(1.00)
TGFB2 6 (3%) 166 0.562
(1.00)
0.749
(1.00)
1
(1.00)
0.172
(1.00)
0.109
(1.00)
0.622
(1.00)
1
(1.00)
0.673
(1.00)
1
(1.00)
0.591
(1.00)
CMA1 4 (2%) 168 0.115
(1.00)
1
(1.00)
0.689
(1.00)
0.00972
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.451
(1.00)
1
(1.00)
0.498
(1.00)
TRIM48 5 (3%) 167 0.0181
(1.00)
0.457
(1.00)
0.662
(1.00)
1
(1.00)
0.0226
(1.00)
0.497
(1.00)
0.644
(1.00)
0.219
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
PDE10A 12 (7%) 160 0.0406
(1.00)
0.821
(1.00)
0.229
(1.00)
0.896
(1.00)
0.095
(1.00)
0.514
(1.00)
0.451
(1.00)
0.623
(1.00)
0.525
(1.00)
0.694
(1.00)
CHM 6 (3%) 166 0.0734
(1.00)
0.553
(1.00)
0.688
(1.00)
0.127
(1.00)
0.419
(1.00)
1
(1.00)
0.0417
(1.00)
0.065
(1.00)
0.306
(1.00)
0.238
(1.00)
FCRL1 6 (3%) 166 0.386
(1.00)
0.274
(1.00)
1
(1.00)
0.127
(1.00)
0.547
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.306
(1.00)
1
(1.00)
MAGEE2 6 (3%) 166 0.991
(1.00)
0.728
(1.00)
0.22
(1.00)
1
(1.00)
0.718
(1.00)
0.229
(1.00)
0.192
(1.00)
0.175
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR4M1 8 (5%) 164 0.895
(1.00)
0.716
(1.00)
0.728
(1.00)
0.428
(1.00)
0.2
(1.00)
0.0134
(1.00)
1
(1.00)
0.194
(1.00)
0.387
(1.00)
1
(1.00)
POT1 8 (5%) 164 0.773
(1.00)
0.856
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.2
(1.00)
0.693
(1.00)
0.745
(1.00)
0.931
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
TCEAL5 5 (3%) 167 0.174
(1.00)
0.127
(1.00)
1
(1.00)
0.989
(1.00)
0.0806
(1.00)
0.824
(1.00)
0.23
(1.00)
0.48
(1.00)
0.262
(1.00)
0.579
(1.00)
NLGN1 15 (9%) 157 0.57
(1.00)
0.705
(1.00)
0.596
(1.00)
0.777
(1.00)
1
(1.00)
0.178
(1.00)
0.233
(1.00)
0.209
(1.00)
0.603
(1.00)
0.132
(1.00)
GLIPR1 6 (3%) 166 0.0254
(1.00)
0.244
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.419
(1.00)
0.0732
(1.00)
0.192
(1.00)
0.0979
(1.00)
1
(1.00)
0.238
(1.00)
WT1 7 (4%) 165 0.122
(1.00)
0.601
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.529
(1.00)
1
(1.00)
0.726
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.598
(1.00)
NLRP13 14 (8%) 158 0.378
(1.00)
0.315
(1.00)
1
(1.00)
0.675
(1.00)
0.441
(1.00)
0.417
(1.00)
0.416
(1.00)
0.311
(1.00)
0.582
(1.00)
1
(1.00)
OR5M10 6 (3%) 166 0.528
(1.00)
0.374
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.314
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.731
(1.00)
0.306
(1.00)
0.238
(1.00)
G3BP1 8 (5%) 164 0.78
(1.00)
0.681
(1.00)
0.728
(1.00)
0.955
(1.00)
0.00665
(1.00)
0.792
(1.00)
0.745
(1.00)
0.808
(1.00)
1
(1.00)
0.36
(1.00)
KRT71 4 (2%) 168 0.407
(1.00)
0.154
(1.00)
0.334
(1.00)
0.0241
(1.00)
0.757
(1.00)
0.394
(1.00)
1
(1.00)
0.719
(1.00)
0.215
(1.00)
1
(1.00)
ZNF804B 20 (12%) 152 0.485
(1.00)
0.319
(1.00)
0.476
(1.00)
0.0273
(1.00)
0.518
(1.00)
0.467
(1.00)
1
(1.00)
0.488
(1.00)
0.328
(1.00)
0.525
(1.00)
ANKRD44 9 (5%) 163 0.147
(1.00)
0.571
(1.00)
0.734
(1.00)
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(1.00)
0.51
(1.00)
1
(1.00)
0.465
(1.00)
0.283
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
TAAR2 5 (3%) 167 0.846
(1.00)
0.604
(1.00)
1
(1.00)
0.013
(1.00)
0.809
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.551
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
GTDC1 7 (4%) 165 0.534
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.348
(1.00)
1
(1.00)
BLID 4 (2%) 168 0.00667
(1.00)
0.751
(1.00)
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(1.00)
0.776
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
C8ORF37 6 (3%) 166 0.929
(1.00)
0.0941
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.306
(1.00)
0.591
(1.00)
CRNN 9 (5%) 163 0.347
(1.00)
0.575
(1.00)
0.51
(1.00)
0.793
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.885
(1.00)
0.424
(1.00)
1
(1.00)
KRTAP9-4 5 (3%) 167 0.93
(1.00)
0.736
(1.00)
1
(1.00)
0.000113
(0.396)
0.809
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
KIAA0748 3 (2%) 169 0.588
(1.00)
0.46
(1.00)
1
(1.00)
0.999
(1.00)
0.711
(1.00)
0.783
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
DIO2 6 (3%) 166 0.358
(1.00)
0.931
(1.00)
0.688
(1.00)
0.913
(1.00)
0.856
(1.00)
0.105
(1.00)
0.138
(1.00)
0.131
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
BHMT 5 (3%) 167 0.0601
(1.00)
0.454
(1.00)
0.662
(1.00)
1
(1.00)
0.192
(1.00)
0.599
(1.00)
0.35
(1.00)
0.426
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
PDZRN3 10 (6%) 162 0.82
(1.00)
0.128
(1.00)
1
(1.00)
0.458
(1.00)
0.607
(1.00)
0.213
(1.00)
0.505
(1.00)
0.383
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
TRIM72 6 (3%) 166 0.202
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.419
(1.00)
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(1.00)
0.35
(1.00)
0.37
(1.00)
0.0404
(1.00)
0.0501
(1.00)
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(1.00)
0.343
(1.00)
0.831
(1.00)
0.877
(1.00)
0.761
(1.00)
0.688
(1.00)
0.0202
(1.00)
0.302
(1.00)
1
(1.00)
0.378
(1.00)
ZNF711 6 (3%) 166 0.843
(1.00)
0.567
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.718
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.426
(1.00)
0.306
(1.00)
0.591
(1.00)
NTRK1 7 (4%) 165 0.823
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.2
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
CDH12 17 (10%) 155 0.727
(1.00)
0.137
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.0468
(1.00)
0.0819
(1.00)
0.625
(1.00)
0.0625
(1.00)
1
(1.00)
DCLK3 10 (6%) 162 0.409
(1.00)
0.175
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.79
(1.00)
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(1.00)
0.46
(1.00)
0.366
(1.00)
ZNF623 7 (4%) 165 0.0213
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.994
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.442
(1.00)
1
(1.00)
0.598
(1.00)
SGIP1 11 (6%) 161 0.235
(1.00)
0.0402
(1.00)
1
(1.00)
0.525
(1.00)
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(1.00)
0.913
(1.00)
0.813
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
HAS2 10 (6%) 162 0.492
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OLFM3 7 (4%) 165 0.904
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
OR52K1 6 (3%) 166 0.43
(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
1
(1.00)
PNLIP 5 (3%) 167 0.506
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.544
(1.00)
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(1.00)
0.622
(1.00)
0.348
(1.00)
1
(1.00)
SDK1 14 (8%) 158 0.411
(1.00)
0.675
(1.00)
0.786
(1.00)
0.00175
(1.00)
0.111
(1.00)
0.805
(1.00)
0.738
(1.00)
0.969
(1.00)
0.582
(1.00)
1
(1.00)
SMAD4 7 (4%) 165 0.666
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
PNLIPRP2 4 (2%) 168 0.0812
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
ASCL3 3 (2%) 169 0.0409
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.302
(1.00)
HAX1 4 (2%) 168 0.912
(1.00)
0.759
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
TUBA3C 7 (4%) 165 0.762
(1.00)
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1
(1.00)
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(1.00)
DTNA 11 (6%) 161 0.565
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1
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
0.267
(1.00)
0.254
(1.00)
0.745
(1.00)
0.32
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
CD226 7 (4%) 165 0.233
(1.00)
0.529
(1.00)
0.704
(1.00)
0.303
(1.00)
0.000197
(0.689)
0.764
(1.00)
0.139
(1.00)
0.173
(1.00)
0.348
(1.00)
0.302
(1.00)
TTLL7 7 (4%) 165 0.187
(1.00)
0.982
(1.00)
0.455
(1.00)
0.994
(1.00)
0.773
(1.00)
1
(1.00)
0.726
(1.00)
0.844
(1.00)
1
(1.00)
0.302
(1.00)
TAS2R1 6 (3%) 166 0.744
(1.00)
0.961
(1.00)
0.415
(1.00)
0.172
(1.00)
0.718
(1.00)
0.325
(1.00)
1
(1.00)
0.899
(1.00)
1
(1.00)
0.591
(1.00)
SVOP 7 (4%) 165 0.926
(1.00)
0.468
(1.00)
0.704
(1.00)
0.875
(1.00)
0.32
(1.00)
0.135
(1.00)
1
(1.00)
0.442
(1.00)
1
(1.00)
0.598
(1.00)
PNKP 3 (2%) 169 0.0352
(1.00)
0.88
(1.00)
1
(1.00)
0.387
(1.00)
0.0252
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
GRM8 10 (6%) 162 0.343
(1.00)
0.935
(1.00)
1
(1.00)
0.987
(1.00)
0.4
(1.00)
1
(1.00)
0.383
(1.00)
0.78
(1.00)
0.46
(1.00)
0.658
(1.00)
TMEFF1 4 (2%) 168 0.0948
(1.00)
0.505
(1.00)
0.126
(1.00)
0.997
(1.00)
0.757
(1.00)
0.496
(1.00)
1
(1.00)
0.719
(1.00)
1
(1.00)
0.498
(1.00)
CLVS2 5 (3%) 167 0.394
(1.00)
0.605
(1.00)
1
(1.00)
0.743
(1.00)
0.014
(1.00)
0.497
(1.00)
1
(1.00)
0.314
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
CXCR7 4 (2%) 168 0.972
(1.00)
0.0427
(1.00)
1
(1.00)
0.367
(1.00)
0.815
(1.00)
0.561
(1.00)
0.719
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
ZWINT 6 (3%) 166 0.254
(1.00)
0.209
(1.00)
0.688
(1.00)
0.219
(1.00)
0.856
(1.00)
0.00113
(1.00)
1
(1.00)
0.00197
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR56A1 5 (3%) 167 0.979
(1.00)
0.658
(1.00)
0.376
(1.00)
0.999
(1.00)
0.192
(1.00)
0.401
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.579
(1.00)
'LRRIQ3 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 2.48e-05 (Chi-square test), Q value = 0.087

Table S1.  Gene #30: 'LRRIQ3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
LRRIQ3 MUTATED 2 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0
LRRIQ3 WILD-TYPE 0 34 111 1 2 2 2 2 5 1 2

Figure S1.  Get High-res Image Gene #30: 'LRRIQ3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'U2AF1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.18e-08 (Chi-square test), Q value = 4.2e-05

Table S2.  Gene #58: 'U2AF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
U2AF1 MUTATED 0 2 2 0 0 2 0 0 0 0 0
U2AF1 WILD-TYPE 2 37 112 1 2 0 2 2 5 1 2

Figure S2.  Get High-res Image Gene #58: 'U2AF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'GBA3 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.34e-06 (Chi-square test), Q value = 0.0047

Table S3.  Gene #61: 'GBA3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
GBA3 MUTATED 0 0 5 0 2 0 0 0 1 0 0
GBA3 WILD-TYPE 2 39 109 1 0 2 2 2 4 1 2

Figure S3.  Get High-res Image Gene #61: 'GBA3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'DACH1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 4.58e-05 (Chi-square test), Q value = 0.16

Table S4.  Gene #86: 'DACH1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
DACH1 MUTATED 0 3 5 0 2 1 0 0 0 0 0
DACH1 WILD-TYPE 2 36 109 1 0 1 2 2 5 1 2

Figure S4.  Get High-res Image Gene #86: 'DACH1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'OR13G1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.08e-05 (Chi-square test), Q value = 0.038

Table S5.  Gene #134: 'OR13G1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
OR13G1 MUTATED 0 3 3 0 2 0 0 0 1 0 0
OR13G1 WILD-TYPE 2 36 111 1 0 2 2 2 4 1 2

Figure S5.  Get High-res Image Gene #134: 'OR13G1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'AKR1B10 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 9.3e-06 (Chi-square test), Q value = 0.033

Table S6.  Gene #181: 'AKR1B10 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
AKR1B10 MUTATED 0 0 2 0 1 1 0 0 0 0 0
AKR1B10 WILD-TYPE 2 39 112 1 1 1 2 2 5 1 2

Figure S6.  Get High-res Image Gene #181: 'AKR1B10 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'CRISP1 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 2.53e-05 (t-test), Q value = 0.089

Table S7.  Gene #294: 'CRISP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 155 65.4 (10.1)
CRISP1 MUTATED 3 58.7 (1.2)
CRISP1 WILD-TYPE 152 65.5 (10.2)

Figure S7.  Get High-res Image Gene #294: 'CRISP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

'GUCA1C MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.46e-08 (Chi-square test), Q value = 5.1e-05

Table S8.  Gene #345: 'GUCA1C MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
GUCA1C MUTATED 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0
GUCA1C WILD-TYPE 2 38 114 1 1 1 2 2 5 1 2

Figure S8.  Get High-res Image Gene #345: 'GUCA1C MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'GPM6A MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 9.3e-06 (Chi-square test), Q value = 0.033

Table S9.  Gene #350: 'GPM6A MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
GPM6A MUTATED 0 0 2 0 1 0 1 0 0 0 0
GPM6A WILD-TYPE 2 39 112 1 1 2 1 2 5 1 2

Figure S9.  Get High-res Image Gene #350: 'GPM6A MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

Methods & Data
Input
  • Mutation data file = LUAD.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = LUAD.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 172

  • Number of significantly mutated genes = 351

  • Number of selected clinical features = 11

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[5] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)