Lung Squamous Cell Carcinoma: Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/Dana-Farber Cancer Institute/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 186 genes and 11 clinical features across 178 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No gene mutations related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 186 genes and 11 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		PATHOLOGICSPREAD(M) TUMOR
STAGE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NEOADJUVANT
THERAPY
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
CDKN2A 26 (15%) 152 0.245
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.22
(1.00)
NFE2L2 27 (15%) 151 0.59
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.922
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PIK3CA 27 (15%) 151 0.111
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.482
(1.00) 		1
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.0916
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TP53 140 (79%) 38 0.121
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.0734
(1.00)
TPTE 24 (13%) 154 0.994
(1.00) 		0.627
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00616
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.0845
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.389
(1.00)
KEAP1 21 (12%) 157 0.258
(1.00) 		0.866
(1.00) 		1
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.901
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00974
(1.00)
PTEN 14 (8%) 164 0.02
(1.00) 		0.787
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.0371
(1.00) 		0.106
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SI 36 (20%) 142 0.94
(1.00) 		0.061
(1.00) 		0.0201
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.511
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TRIM58 15 (8%) 163 0.332
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.943
(1.00) 		1
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0151
(1.00)
ELTD1 18 (10%) 160 0.764
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.0796
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.0648
(1.00) 		1
(1.00) 		0.13
(1.00)
FAM5C 27 (15%) 151 0.667
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.0833
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.0794
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0506
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.695
(1.00)
OR5L2 13 (7%) 165 0.331
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.115
(1.00) 		1
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.264
(1.00) 		1
(1.00)
REG1B 11 (6%) 167 0.927
(1.00) 		0.155
(1.00) 		1
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.0976
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0796
(1.00) 		1
(1.00) 		0.577
(1.00)
ZBBX 17 (10%) 161 0.537
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.0777
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.0253
(1.00) 		0.0599
(1.00) 		1
(1.00) 		0.242
(1.00) 		1
(1.00) 		0.359
(1.00)
LRRC4C 17 (10%) 161 0.0578
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.0664
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CYP11B1 15 (8%) 163 0.0474
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		0.415
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0333
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.606
(1.00)
OR4M2 14 (8%) 164 0.688
(1.00) 		0.0466
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.281
(1.00) 		1
(1.00)
DPPA4 12 (7%) 166 0.975
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.707
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0973
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KRTAP5-5 9 (5%) 169 0.41
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.503
(1.00)
OR2G6 15 (8%) 163 0.148
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.0818
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.943
(1.00) 		1
(1.00) 		0.421
(1.00) 		1
(1.00) 		0.301
(1.00)
CRB1 23 (13%) 155 0.653
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.0729
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.953
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ASB5 9 (5%) 169 0.201
(1.00) 		0.159
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0308
(1.00) 		1
(1.00) 		0.527
(1.00) 		1
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PDYN 8 (4%) 170 0.908
(1.00) 		0.208
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00) 		0.091
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.462
(1.00)
OR6F1 13 (7%) 165 0.0519
(1.00) 		0.0989
(1.00) 		0.747
(1.00) 		1
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.521
(1.00) 		1
(1.00) 		0.316
(1.00) 		1
(1.00) 		0.603
(1.00)
ESRRG 12 (7%) 166 0.327
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.0378
(1.00) 		1
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.923
(1.00) 		1
(1.00) 		0.214
(1.00)
USP29 17 (10%) 161 0.278
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.348
(1.00) 		1
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00)
CFHR4 10 (6%) 168 0.854
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.459
(1.00) 		1
(1.00) 		0.104
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00)
C20ORF26 19 (11%) 159 0.158
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.24
(1.00) 		1
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.366
(1.00)
SLC13A1 12 (7%) 166 0.685
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.735
(1.00) 		1
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.605
(1.00)
REG3G 8 (4%) 170 0.145
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.462
(1.00)
CPS1 24 (13%) 154 0.615
(1.00) 		0.64
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0543
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.689
(1.00)
MAGEB2 9 (5%) 169 0.82
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR51B2 10 (6%) 168 0.715
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.696
(1.00) 		1
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PNLIPRP3 11 (6%) 167 0.562
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		1
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.248
(1.00) 		1
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.0359
(1.00)
SPANXN1 5 (3%) 173 0.0158
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.288
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR10G8 10 (6%) 168 0.0741
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00)
RB1 12 (7%) 166 0.73
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.321
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MEF2D 3 (2%) 175 0.768
(1.00) 		0.743
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.011
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0536
(1.00) 		1
(1.00) 		0.205
(1.00)
ASCL4 6 (3%) 172 0.97
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00) 		0.478
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR2T33 13 (7%) 165 0.615
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.09
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CBLN4 5 (3%) 173 0.866
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.658
(1.00) 		1
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZEB2 15 (8%) 163 0.106
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.565
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR2T8 8 (4%) 170 0.358
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.648
(1.00) 		1
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.478
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00)
PRIM2 15 (8%) 163 0.877
(1.00) 		0.418
(1.00) 		1
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.498
(1.00) 		1
(1.00) 		0.606
(1.00)
PSG6 9 (5%) 169 0.959
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.115
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.276
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MTNR1B 10 (6%) 168 0.632
(1.00) 		0.0865
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.616
(1.00) 		1
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.541
(1.00)
CLSTN2 16 (9%) 162 0.219
(1.00) 		0.876
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.00259
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00) 		0.33
(1.00)
MS4A14 13 (7%) 165 0.835
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.87
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.057
(1.00)
OR2T2 7 (4%) 171 0.188
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RNF144A 7 (4%) 171 0.931
(1.00) 		0.499
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HIST2H2BE 3 (2%) 175 0.605
(1.00) 		0.39
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.136
(1.00) 		1
(1.00) 		0.054
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TGIF2LX 8 (4%) 170 0.925
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		1
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.462
(1.00)
REG3A 10 (6%) 168 0.358
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.725
(1.00) 		1
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.293
(1.00) 		1
(1.00) 		0.222
(1.00) 		1
(1.00) 		0.541
(1.00)
TEX13A 8 (4%) 170 0.872
(1.00) 		0.0789
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.0336
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.109
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HS6ST1 5 (3%) 173 0.528
(1.00) 		0.907
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.658
(1.00) 		1
(1.00) 		0.237
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SLC17A8 12 (7%) 166 0.458
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.00631
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.0481
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PARK2 10 (6%) 168 0.826
(1.00) 		0.324
(1.00) 		1
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.536
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.208
(1.00) 		1
(1.00)
SPHKAP 25 (14%) 153 0.404
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.037
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.914
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
REG1A 11 (6%) 167 0.995
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.0194
(1.00) 		0.542
(1.00) 		1
(1.00) 		0.451
(1.00) 		1
(1.00) 		0.186
(1.00)
OR5M9 8 (4%) 170 0.114
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.683
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CLVS2 9 (5%) 169 0.84
(1.00) 		0.0779
(1.00) 		0.246
(1.00) 		1
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.658
(1.00) 		1
(1.00) 		0.112
(1.00) 		1
(1.00) 		0.503
(1.00)
NUCB2 6 (3%) 172 0.0527
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.02
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.549
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PSG2 6 (3%) 172 0.244
(1.00) 		0.407
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.37
(1.00)
PYHIN1 11 (6%) 167 0.397
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.0696
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HLA-A 7 (4%) 171 0.729
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.0801
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.237
(1.00) 		1
(1.00) 		0.665
(1.00) 		1
(1.00) 		0.417
(1.00)
KCNJ3 11 (6%) 167 0.371
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.27
(1.00) 		1
(1.00) 		0.577
(1.00)
KCND2 12 (7%) 166 0.652
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.927
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR2A5 8 (4%) 170 0.851
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0234
(1.00) 		0.334
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
UXS1 4 (2%) 174 0.00956
(1.00) 		0.857
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.566
(1.00) 		1
(1.00) 		0.322
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR8K5 6 (3%) 172 0.151
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.624
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR2AK2 8 (4%) 170 0.555
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.301
(1.00) 		1
(1.00) 		0.376
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TRAT1 7 (4%) 171 0.251
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.383
(1.00) 		1
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FAM5B 14 (8%) 164 0.38
(1.00) 		0.468
(1.00) 		1
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.243
(1.00) 		1
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00) 		0.272
(1.00)
ZNF80 7 (4%) 171 0.728
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.0459
(1.00) 		1
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.149
(1.00) 		1
(1.00)
TECRL 9 (5%) 169 0.664
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.0559
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0018
(1.00)
ZNF567 3 (2%) 175 0.727
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.171
(1.00) 		1
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.00209
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0214
(1.00) 		1
(1.00) 		0.205
(1.00)
OR10A4 8 (4%) 170 0.562
(1.00) 		0.604
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.0683
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.169
(1.00) 		1
(1.00)
ZFP42 8 (4%) 170 0.19
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.462
(1.00)
GPC5 11 (6%) 167 0.025
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KIRREL2 11 (6%) 167 0.325
(1.00) 		0.0919
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.0796
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.577
(1.00)
OR4M1 13 (7%) 165 0.488
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.399
(1.00) 		1
(1.00) 		0.399
(1.00) 		1
(1.00) 		0.243
(1.00)
POTEG 10 (6%) 168 0.394
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.0448
(1.00) 		0.497
(1.00) 		1
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PRR23B 9 (5%) 169 0.147
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.246
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.228
(1.00) 		1
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR5AC2 7 (4%) 171 0.878
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.857
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GP2 11 (6%) 167 0.187
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.0184
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.332
(1.00) 		1
(1.00) 		0.186
(1.00)
KRTAP10-7 7 (4%) 171 0.0467
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		1
(1.00) 		0.665
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR4C11 7 (4%) 171 0.714
(1.00) 		0.608
(1.00) 		1
(1.00) 		0.217
(1.00) 		1
(1.00) 		0.548
(1.00) 		1
(1.00) 		0.147
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SPOPL 6 (3%) 172 0.883
(1.00) 		0.0934
(1.00) 		0.343
(1.00) 		1
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.704
(1.00) 		1
(1.00) 		0.624
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TRHDE 14 (8%) 164 0.465
(1.00) 		0.056
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.0337
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.145
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
APOBEC1 7 (4%) 171 0.117
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.642
(1.00) 		1
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.149
(1.00) 		1
(1.00)
CALN1 8 (4%) 170 0.855
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.683
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.103
(1.00) 		1
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CD5L 8 (4%) 170 0.686
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.112
(1.00) 		1
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.45
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00)
GABRA2 12 (7%) 166 0.205
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.252
(1.00) 		1
(1.00) 		0.173
(1.00) 		1
(1.00) 		0.605
(1.00)
LEPROT 4 (2%) 174 0.0229
(1.00) 		0.332
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.441
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0876
(1.00) 		1
(1.00)
LIN37 3 (2%) 175 0.659
(1.00) 		0.373
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.466
(1.00) 		1
(1.00) 		0.165
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LRRTM3 8 (4%) 170 0.703
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.103
(1.00) 		1
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.462
(1.00)
OR6K3 8 (4%) 170 0.622
(1.00) 		0.253
(1.00) 		1
(1.00) 		0.244
(1.00) 		1
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SLC6A5 6 (3%) 172 0.988
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.343
(1.00) 		1
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.839
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0627
(1.00)
PRB2 7 (4%) 171 0.331
(1.00) 		0.706
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR52J3 7 (4%) 171 0.234
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.0185
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.417
(1.00)
OR8H2 10 (6%) 168 0.896
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.425
(1.00) 		1
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.541
(1.00)
TMEM90A 4 (2%) 174 0.124
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.574
(1.00) 		1
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.0202
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		1
(1.00) 		0.264
(1.00)
OR2T12 8 (4%) 170 0.73
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		0.395
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00)
OR8H1 7 (4%) 171 0.19
(1.00) 		0.545
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.417
(1.00)
GUCY1A2 11 (6%) 167 0.149
(1.00) 		0.0811
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.938
(1.00) 		1
(1.00) 		0.233
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.227
(1.00) 		1
(1.00)
DACH2 10 (6%) 168 0.0256
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.541
(1.00)
RTN1 12 (7%) 166 0.211
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.449
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HDAC9 14 (8%) 164 0.157
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00) 		0.072
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.341
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FRG2B 5 (3%) 173 0.799
(1.00) 		0.206
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.795
(1.00) 		1
(1.00) 		0.32
(1.00) 		1
(1.00) 		0.319
(1.00)
SNAI1 4 (2%) 174 0.12
(1.00) 		0.846
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.597
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.656
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SCN7A 14 (8%) 164 0.354
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.00681
(1.00) 		0.506
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.272
(1.00)
C6ORF97 12 (7%) 166 0.423
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.302
(1.00) 		1
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.214
(1.00)
GBA3 9 (5%) 169 0.827
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.0308
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.444
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		1
(1.00) 		0.503
(1.00)
RIMS2 22 (12%) 156 0.15
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.0622
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.665
(1.00)
RPL10L 7 (4%) 171 0.0249
(1.00) 		0.0847
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.237
(1.00) 		1
(1.00) 		0.22
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR5AS1 7 (4%) 171 0.00862
(1.00) 		0.899
(1.00) 		1
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CUL3 11 (6%) 167 0.316
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.843
(1.00) 		1
(1.00) 		0.173
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
UGT3A2 10 (6%) 168 0.756
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.333
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C8ORF34 9 (5%) 169 0.682
(1.00) 		0.0731
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		1
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.176
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR8K3 7 (4%) 171 0.519
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.141
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0372
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR4N4 8 (4%) 170 0.191
(1.00) 		0.956
(1.00) 		1
(1.00) 		0.061
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.0336
(1.00) 		1
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SMPD4 8 (4%) 170 0.0959
(1.00) 		0.138
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.334
(1.00) 		1
(1.00) 		0.107
(1.00)
PYGL 3 (2%) 175 0.181
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.567
(1.00) 		1
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.0373
(1.00) 		1
(1.00) 		0.254
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SLCO1B1 13 (7%) 165 0.0101
(1.00) 		0.0968
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.0976
(1.00) 		1
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZIC1 16 (9%) 162 0.916
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.831
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0917
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.0203
(1.00) 		0.583
(1.00) 		1
(1.00) 		0.33
(1.00)
OR2M7 8 (4%) 170 0.108
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.0139
(1.00)
COL6A6 19 (11%) 159 1
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.854
(1.00) 		1
(1.00) 		0.682
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR10Q1 7 (4%) 171 0.023
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.0516
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.0077
(1.00) 		1
(1.00)
KCNN2 10 (6%) 168 0.89
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.541
(1.00)
ACSM2B 13 (7%) 165 0.647
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.772
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.603
(1.00)
EIF3E 5 (3%) 173 0.18
(1.00) 		0.0795
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0734
(1.00) 		0.151
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GABRG3 10 (6%) 168 0.44
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.725
(1.00) 		1
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.387
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00)
LYPLA1 3 (2%) 175 0.805
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.567
(1.00) 		1
(1.00) 		0.136
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZCCHC3 4 (2%) 174 0.255
(1.00) 		0.971
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		1
(1.00) 		0.237
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CHRNB2 5 (3%) 173 0.201
(1.00) 		0.314
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.0115
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.319
(1.00)
CSRNP3 6 (3%) 172 0.178
(1.00) 		0.445
(1.00) 		1
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.502
(1.00) 		1
(1.00) 		0.242
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FYB 10 (6%) 168 0.209
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.109
(1.00) 		1
(1.00) 		0.541
(1.00)
MAGEA6 8 (4%) 170 0.303
(1.00) 		0.0416
(1.00) 		0.0311
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.604
(1.00) 		1
(1.00) 		0.234
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00)
PNLIP 10 (6%) 168 0.409
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.0647
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.497
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00)
HAO1 7 (4%) 171 0.171
(1.00) 		0.187
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.48
(1.00) 		1
(1.00) 		0.508
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PCDHB10 12 (7%) 166 0.84
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		0.593
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
VN1R5 9 (5%) 169 0.258
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0323
(1.00) 		0.0136
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0354
(1.00) 		1
(1.00) 		0.503
(1.00)
OR4D5 8 (4%) 170 0.445
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.0243
(1.00) 		1
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00) 		0.45
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
AMAC1L2 6 (3%) 172 0.538
(1.00) 		0.241
(1.00) 		1
(1.00) 		0.938
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0473
(1.00) 		0.502
(1.00) 		1
(1.00) 		0.624
(1.00) 		1
(1.00) 		0.37
(1.00)
ASAH2 5 (3%) 173 0.966
(1.00) 		0.788
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.0745
(1.00) 		1
(1.00) 		0.827
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0436
(1.00)
CASD1 8 (4%) 170 0.798
(1.00) 		0.47
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.228
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00)
OR11L1 11 (6%) 167 0.328
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.783
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C3ORF59 9 (5%) 169 0.286
(1.00) 		0.0551
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.811
(1.00) 		1
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FCAR 8 (4%) 170 0.736
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.0243
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.604
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0506
(1.00) 		1
(1.00) 		0.107
(1.00)
PLA2G5 3 (2%) 175 0.377
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.171
(1.00) 		1
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF268 3 (2%) 175 0.807
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.567
(1.00) 		1
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.0929
(1.00) 		0.054
(1.00) 		0.254
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZSCAN5B 8 (4%) 170 0.981
(1.00) 		0.835
(1.00) 		1
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.182
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CPXCR1 6 (3%) 172 0.68
(1.00) 		0.0334
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0215
(1.00) 		0.0276
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0627
(1.00)
OR2T3 6 (3%) 172 0.267
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.502
(1.00) 		1
(1.00) 		0.408
(1.00) 		1
(1.00) 		0.37
(1.00)
SNTG2 7 (4%) 171 0.42
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.383
(1.00) 		1
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.572
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0841
(1.00)
CCDC85A 9 (5%) 169 0.00876
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.898
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR2L13 11 (6%) 167 0.922
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF254 9 (5%) 169 0.814
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.938
(1.00) 		1
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.729
(1.00) 		1
(1.00) 		0.525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.503
(1.00)
ZNF835 9 (5%) 169 0.0177
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.0554
(1.00) 		0.381
(1.00) 		1
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		0.503
(1.00)
CNKSR2 12 (7%) 166 0.187
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.701
(1.00) 		1
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.452
(1.00) 		1
(1.00) 		0.106
(1.00) 		1
(1.00) 		0.605
(1.00)
OR4N2 9 (5%) 169 0.901
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.448
(1.00) 		1
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.371
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR14A16 8 (4%) 170 0.363
(1.00) 		0.674
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0243
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.0938
(1.00) 		1
(1.00) 		0.116
(1.00) 		1
(1.00) 		0.107
(1.00)
ADCY2 14 (8%) 164 0.131
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.36
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0982
(1.00) 		0.553
(1.00) 		1
(1.00) 		0.421
(1.00) 		1
(1.00) 		0.272
(1.00)
IRF6 6 (3%) 172 0.395
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		0.857
(1.00) 		1
(1.00) 		0.37
(1.00)
NCOA2 12 (7%) 166 0.349
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.108
(1.00) 		1
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.245
(1.00) 		1
(1.00)
C1ORF125 11 (6%) 167 0.463
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.227
(1.00) 		1
(1.00)
SLC18A3 8 (4%) 170 0.202
(1.00) 		0.119
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.028
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.109
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF98 8 (4%) 170 0.421
(1.00) 		0.0114
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00)
TYR 9 (5%) 169 0.00426
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.902
(1.00) 		1
(1.00) 		0.169
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TAS2R60 7 (4%) 171 0.0749
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.0185
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.163
(1.00) 		1
(1.00) 		0.23
(1.00) 		1
(1.00) 		0.417
(1.00)
OLFM3 7 (4%) 171 0.519
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.642
(1.00) 		1
(1.00) 		0.23
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RUNX1T1 10 (6%) 168 0.33
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.11
(1.00) 		1
(1.00) 		0.335
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR4K2 6 (3%) 172 0.89
(1.00) 		0.733
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.129
(1.00) 		1
(1.00)
EPB41L3 18 (10%) 160 0.464
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.0475
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.0333
(1.00) 		0.944
(1.00) 		1
(1.00) 		0.625
(1.00)
FYTTD1 4 (2%) 174 0.806
(1.00) 		0.973
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.749
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR6K2 7 (4%) 171 0.792
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.146
(1.00) 		1
(1.00) 		0.417
(1.00)
OR10R2 7 (4%) 171 0.343
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.0801
(1.00) 		1
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.642
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C8ORF22 4 (2%) 174 0.705
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.247
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0734
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
UBAP2L 3 (2%) 175 0.091
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.567
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.307
(1.00) 		1
(1.00) 		0.165
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR5K1 7 (4%) 171 0.747
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.642
(1.00) 		1
(1.00) 		0.857
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PRSS23 5 (3%) 173 0.178
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.247
(1.00) 		1
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NAP1L2 6 (3%) 172 0.443
(1.00) 		0.0202
(1.00) 		0.189
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.704
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RSRC1 7 (4%) 171 0.875
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		0.578
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.149
(1.00) 		1
(1.00)
OR5M3 5 (3%) 173 0.902
(1.00) 		0.324
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0241
(1.00) 		0.535
(1.00) 		1
(1.00) 		0.114
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ABCC12 15 (8%) 163 0.716
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.00587
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0354
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.606
(1.00)
GABRA6 8 (4%) 170 0.309
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.683
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0602
(1.00) 		0.301
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Mutation data file = LUSC.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = LUSC.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 178

  • Number of significantly mutated genes = 186

  • Number of selected clinical features = 11

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Copyright © 2012 Broad Institute TCGA GDAC as part of the TCGA Research Network. All rights reserved.
Made with Nozzle