Colon Adenocarcinoma: Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/Dana-Farber Cancer Institute/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 181 genes and 9 clinical features across 155 patients, 3 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • BRAF mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • GRIK3 mutation correlated to 'AGE'.

  • OR6T1 mutation correlated to 'AGE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 181 genes and 9 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 3 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		PATHOLOGICSPREAD(M) TUMOR
STAGE 		NEOADJUVANT
THERAPY
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
BRAF 20 (13%) 135 0.82
(1.00) 		0.0257
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		1.07e-05
(0.0172) 		0.149
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.536
(1.00) 		1
(1.00)
GRIK3 14 (9%) 141 0.536
(1.00) 		3.04e-05
(0.0488) 		0.402
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.265
(1.00) 		1
(1.00) 		0.292
(1.00) 		1
(1.00)
OR6T1 6 (4%) 149 0.502
(1.00) 		0.000122
(0.196) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.148
(1.00) 		1
(1.00)
APC 103 (66%) 52 0.291
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.042
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.225
(1.00)
FBXW7 29 (19%) 126 0.841
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.00324
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.0169
(1.00) 		0.00243
(1.00) 		0.122
(1.00)
NRAS 15 (10%) 140 0.281
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		1
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.083
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.517
(1.00)
SMAD4 18 (12%) 137 0.587
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.834
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.188
(1.00)
BTNL8 3 (2%) 152 0.0121
(1.00) 		0.62
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.569
(1.00) 		1
(1.00) 		0.561
(1.00) 		1
(1.00)
GGT1 3 (2%) 152 0.865
(1.00) 		0.62
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.569
(1.00) 		1
(1.00) 		0.561
(1.00) 		1
(1.00)
KRAS 58 (37%) 97 0.226
(1.00) 		0.00304
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.648
(1.00) 		1
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.258
(1.00)
PCBP1 4 (3%) 151 0.00453
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.0347
(1.00) 		0.448
(1.00) 		1
(1.00)
PIK3CA 26 (17%) 129 0.661
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.0107
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.028
(1.00) 		0.602
(1.00)
TP53 75 (48%) 80 0.696
(1.00) 		0.0728
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.00383
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.0572
(1.00)
FAM123B 19 (12%) 136 0.717
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.268
(1.00) 		1
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.598
(1.00)
ACVR1B 13 (8%) 142 0.759
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.0242
(1.00) 		1
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.465
(1.00)
WBSCR17 17 (11%) 138 0.39
(1.00) 		0.0641
(1.00) 		0.803
(1.00) 		1
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.0503
(1.00) 		1
(1.00)
TNFRSF10C 6 (4%) 149 0.978
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.0968
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.0117
(1.00) 		1
(1.00)
MAP2K4 9 (6%) 146 0.0181
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00)
SMAD2 10 (6%) 145 0.617
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.453
(1.00) 		1
(1.00)
SDK1 25 (16%) 130 0.6
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.0663
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.54
(1.00) 		1
(1.00) 		0.671
(1.00) 		1
(1.00)
LRP1B 30 (19%) 125 0.805
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.00324
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.347
(1.00)
GRIA1 14 (9%) 141 0.435
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.101
(1.00) 		1
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.0757
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.492
(1.00)
ACOT4 3 (2%) 152 0.0294
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.0332
(1.00) 		1
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00)
DMD 27 (17%) 128 0.763
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.0159
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.0297
(1.00) 		0.00022
(0.352) 		0.352
(1.00)
FAT4 29 (19%) 126 0.529
(1.00) 		0.0955
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.672
(1.00) 		1
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.111
(1.00) 		1
(1.00)
CNTN6 15 (10%) 140 0.493
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.0619
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.517
(1.00)
KLK2 3 (2%) 152 0.229
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.869
(1.00) 		1
(1.00)
SOX9 9 (6%) 146 0.28
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.899
(1.00) 		1
(1.00) 		0.255
(1.00) 		1
(1.00)
PCDH9 16 (10%) 139 0.222
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		1
(1.00)
OR2M4 8 (5%) 147 0.587
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.884
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00) 		1
(1.00)
OR6N1 8 (5%) 147 0.914
(1.00) 		0.986
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NRXN1 17 (11%) 138 0.734
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.059
(1.00) 		0.0423
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.0599
(1.00) 		1
(1.00)
AFF2 15 (10%) 140 0.808
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.0639
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.517
(1.00)
TXNDC3 10 (6%) 145 0.33
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.659
(1.00) 		1
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.697
(1.00) 		1
(1.00)
TCF7L2 11 (7%) 144 0.347
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.446
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.884
(1.00) 		1
(1.00)
ACVR2A 8 (5%) 147 0.242
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.0337
(1.00) 		1
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.369
(1.00) 		1
(1.00) 		0.55
(1.00) 		1
(1.00)
MGC26647 7 (5%) 148 0.863
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00)
SFPQ 6 (4%) 149 0.276
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.00222
(1.00) 		0.0381
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.939
(1.00) 		1
(1.00)
TTN 69 (45%) 86 0.625
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.0237
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.463
(1.00)
ATM 21 (14%) 134 0.749
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.594
(1.00)
MGC42105 10 (6%) 145 0.597
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.59
(1.00) 		1
(1.00)
SULT1C4 3 (2%) 152 0.03
(1.00) 		0.931
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0651
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.569
(1.00) 		1
(1.00) 		0.561
(1.00) 		1
(1.00)
LPPR4 11 (7%) 144 0.592
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.0266
(1.00) 		1
(1.00) 		0.832
(1.00) 		1
(1.00)
PDZRN4 12 (8%) 143 0.801
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.00408
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		1
(1.00)
CDH11 13 (8%) 142 0.545
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.564
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.635
(1.00) 		1
(1.00)
DNAH5 28 (18%) 127 0.812
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.352
(1.00)
DOCK2 16 (10%) 139 0.922
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.0962
(1.00) 		1
(1.00)
TPTE 11 (7%) 144 0.623
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.419
(1.00) 		1
(1.00) 		0.832
(1.00) 		1
(1.00)
ADAM29 9 (6%) 146 0.222
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.098
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.0656
(1.00) 		0.0361
(1.00) 		1
(1.00)
GABRA5 8 (5%) 147 0.165
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.495
(1.00) 		1
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00) 		1
(1.00)
KLHL4 12 (8%) 143 0.2
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.0985
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		1
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.0836
(1.00) 		0.438
(1.00)
POSTN 11 (7%) 144 0.0656
(1.00) 		0.929
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		1
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.248
(1.00) 		1
(1.00)
RHOA 4 (3%) 151 0.918
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00)
TGFBR2 7 (5%) 148 0.768
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.0791
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00)
DKK2 5 (3%) 150 0.727
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.295
(1.00) 		1
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.209
(1.00)
EPHA3 13 (8%) 142 0.455
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.468
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.572
(1.00) 		1
(1.00)
OR51V1 9 (6%) 146 0.392
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.00536
(1.00) 		0.0471
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.0203
(1.00) 		0.348
(1.00)
ZC3H13 17 (11%) 138 0.841
(1.00) 		0.318
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0224
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.564
(1.00)
LRRN3 9 (6%) 146 0.997
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.0802
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.348
(1.00)
FAM22F 8 (5%) 147 0.0582
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.00647
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.0887
(1.00) 		1
(1.00)
C8B 9 (6%) 146 0.285
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.098
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.0542
(1.00)
ERBB4 14 (9%) 141 0.0025
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.0143
(1.00) 		0.0514
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.108
(1.00) 		1
(1.00)
FLG 26 (17%) 129 0.242
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.0274
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.602
(1.00)
CASP8 10 (6%) 145 0.417
(1.00) 		0.0469
(1.00) 		1
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.156
(1.00) 		1
(1.00)
IFT80 7 (5%) 148 0.911
(1.00) 		0.852
(1.00) 		1
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00)
ISL1 8 (5%) 147 0.548
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.424
(1.00) 		1
(1.00)
CNBD1 6 (4%) 149 0.582
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00)
NRXN3 15 (10%) 140 0.842
(1.00) 		0.485
(1.00) 		1
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.517
(1.00)
SYNE1 37 (24%) 118 0.773
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.035
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.359
(1.00)
OR7C1 6 (4%) 149 0.218
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.274
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.833
(1.00) 		1
(1.00)
NALCN 14 (9%) 141 0.302
(1.00) 		0.68
(1.00) 		1
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.00959
(1.00) 		1
(1.00)
KCNA4 10 (6%) 145 0.944
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.403
(1.00) 		1
(1.00)
SFMBT2 12 (8%) 143 0.379
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.438
(1.00)
DCAF4L2 9 (6%) 146 0.951
(1.00) 		0.959
(1.00) 		1
(1.00) 		0.022
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.812
(1.00) 		1
(1.00)
PTEN 4 (3%) 151 0.123
(1.00) 		1
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.415
(1.00) 		1
(1.00)
PSG8 8 (5%) 147 0.287
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.576
(1.00) 		1
(1.00)
LIFR 13 (8%) 142 0.114
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CDH18 10 (6%) 145 0.179
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.0562
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.379
(1.00)
GRID1 10 (6%) 145 0.457
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.00911
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.598
(1.00) 		1
(1.00) 		0.354
(1.00) 		1
(1.00)
ARID1A 16 (10%) 139 0.179
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.0224
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.0809
(1.00) 		0.541
(1.00)
FLRT2 11 (7%) 144 0.64
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.0626
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.409
(1.00)
HCN1 8 (5%) 147 0.449
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.315
(1.00)
TRPC6 8 (5%) 147 0.283
(1.00) 		0.187
(1.00) 		1
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.153
(1.00) 		1
(1.00)
TMEM132D 15 (10%) 140 0.91
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.0639
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.0685
(1.00) 		1
(1.00)
TCERG1L 4 (3%) 151 0.51
(1.00) 		0.261
(1.00) 		1
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00)
INHBA 7 (5%) 148 0.884
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.00112
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.275
(1.00) 		1
(1.00)
GUCY1A3 10 (6%) 145 0.11
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.198
(1.00) 		1
(1.00)
PCDHB2 13 (8%) 142 0.307
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.402
(1.00) 		1
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.465
(1.00)
IL18R1 8 (5%) 147 0.497
(1.00) 		0.831
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.0803
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.268
(1.00) 		1
(1.00)
ANK2 24 (15%) 131 0.144
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.0793
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.133
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.296
(1.00)
OR8J1 4 (3%) 151 0.355
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.367
(1.00) 		1
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.483
(1.00) 		1
(1.00) 		0.356
(1.00) 		1
(1.00)
OR2M2 6 (4%) 149 0.219
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.0282
(1.00) 		0.0381
(1.00) 		1
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.204
(1.00) 		1
(1.00)
COL6A3 22 (14%) 133 0.853
(1.00) 		0.0969
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.0934
(1.00) 		0.26
(1.00)
GALNT14 9 (6%) 146 0.517
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.0103
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.0203
(1.00) 		1
(1.00)
CADM1 8 (5%) 147 0.297
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.167
(1.00) 		1
(1.00) 		0.884
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00) 		1
(1.00)
NAALAD2 11 (7%) 144 0.884
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0156
(1.00) 		0.00551
(1.00) 		0.139
(1.00) 		1
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.409
(1.00)
OTOL1 7 (5%) 148 0.353
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0625
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.507
(1.00) 		1
(1.00)
CYTL1 4 (3%) 151 0.248
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0483
(1.00) 		0.483
(1.00) 		1
(1.00) 		0.401
(1.00) 		1
(1.00)
MIER3 10 (6%) 145 0.463
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.534
(1.00) 		1
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00)
CDH10 12 (8%) 143 0.8
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.499
(1.00) 		1
(1.00) 		0.71
(1.00) 		1
(1.00)
DKK4 4 (3%) 151 0.0582
(1.00) 		0.859
(1.00) 		1
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.483
(1.00) 		1
(1.00) 		0.401
(1.00) 		1
(1.00)
UMOD 7 (5%) 148 0.493
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.412
(1.00) 		1
(1.00)
PRDM9 11 (7%) 144 0.413
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.445
(1.00) 		1
(1.00)
C5ORF36 4 (3%) 151 0.177
(1.00) 		0.248
(1.00) 		1
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.641
(1.00) 		1
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.17
(1.00)
ESR1 11 (7%) 144 0.439
(1.00) 		0.944
(1.00) 		1
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.0296
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.555
(1.00) 		1
(1.00)
GPHN 11 (7%) 144 0.747
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		0.05
(1.00) 		0.0874
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.409
(1.00)
P2RY10 6 (4%) 149 0.387
(1.00) 		0.471
(1.00) 		1
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.368
(1.00) 		1
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.246
(1.00)
CDH2 12 (8%) 143 0.704
(1.00) 		0.616
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.0994
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.0171
(1.00) 		1
(1.00)
FAM5C 10 (6%) 145 0.0122
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.127
(1.00) 		1
(1.00)
ACSS3 8 (5%) 147 0.134
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.169
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.315
(1.00)
EVC2 13 (8%) 142 0.379
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.465
(1.00)
ING1 5 (3%) 150 0.734
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.0385
(1.00) 		1
(1.00) 		0.135
(1.00) 		1
(1.00)
LRP2 28 (18%) 127 0.906
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.0412
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.352
(1.00)
PCDHA10 8 (5%) 147 0.0769
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.0575
(1.00) 		0.206
(1.00) 		1
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00)
RELN 18 (12%) 137 0.0955
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.0412
(1.00) 		0.0813
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0684
(1.00) 		0.586
(1.00)
RNASE11 5 (3%) 150 0.294
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		0.051
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		0.325
(1.00) 		1
(1.00)
SAT1 4 (3%) 151 0.265
(1.00) 		0.0585
(1.00) 		0.501
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.901
(1.00) 		1
(1.00)
SLC25A13 5 (3%) 150 0.379
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.0394
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		1
(1.00)
CPXCR1 6 (4%) 149 0.327
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.117
(1.00) 		1
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.0178
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.232
(1.00) 		1
(1.00)
OLFML1 7 (5%) 148 0.544
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.276
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.0961
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.0569
(1.00) 		1
(1.00)
TLL1 11 (7%) 144 0.279
(1.00) 		0.188
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.409
(1.00)
PCDHB5 12 (8%) 143 0.0482
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.0788
(1.00) 		1
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.499
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0415
(1.00) 		1
(1.00)
PTPRM 14 (9%) 141 0.00763
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		1
(1.00)
TAF1L 13 (8%) 142 0.754
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.465
(1.00)
TIGIT 4 (3%) 151 0.497
(1.00) 		0.826
(1.00) 		1
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.0832
(1.00) 		1
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00)
TNR 15 (10%) 140 0.444
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.00835
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.0146
(1.00) 		1
(1.00)
ATP7A 5 (3%) 150 0.264
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.018
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.209
(1.00)
OR2L13 7 (5%) 148 0.459
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.718
(1.00) 		1
(1.00)
DCHS2 18 (12%) 137 0.105
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.0101
(1.00) 		0.0496
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.0171
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00)
PCDH17 14 (9%) 141 0.181
(1.00) 		0.323
(1.00) 		1
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.104
(1.00) 		1
(1.00)
SLC16A7 8 (5%) 147 0.312
(1.00) 		0.525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.729
(1.00) 		1
(1.00)
CHRM2 8 (5%) 147 0.323
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.00611
(1.00) 		1
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		1
(1.00)
EPHA5 9 (6%) 146 0.503
(1.00) 		0.4
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.287
(1.00) 		1
(1.00)
COL1A2 15 (10%) 140 0.337
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.0157
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.0551
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.0548
(1.00) 		1
(1.00)
CRTC1 5 (3%) 150 0.0468
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.693
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		1
(1.00)
HTR1E 5 (3%) 150 0.502
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.209
(1.00)
DCC 12 (8%) 143 0.367
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.438
(1.00)
RUNDC3B 4 (3%) 151 0.287
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.869
(1.00) 		1
(1.00)
OR10S1 6 (4%) 149 0.582
(1.00) 		0.846
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.624
(1.00) 		1
(1.00) 		0.292
(1.00) 		1
(1.00)
GML 5 (3%) 150 0.0407
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00)
ERBB3 11 (7%) 144 0.484
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.514
(1.00) 		1
(1.00) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00)
MYO16 15 (10%) 140 0.87
(1.00) 		0.227
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0478
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.257
(1.00) 		1
(1.00)
SLAMF8 3 (2%) 152 0.5
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.771
(1.00) 		1
(1.00)
TFAP2D 5 (3%) 150 0.0281
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.784
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.559
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF429 7 (5%) 148 0.623
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.117
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0625
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.671
(1.00) 		1
(1.00)
CDH8 10 (6%) 145 0.124
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.534
(1.00) 		1
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.744
(1.00) 		1
(1.00) 		0.962
(1.00) 		1
(1.00)
SCN11A 15 (10%) 140 0.865
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.0164
(1.00) 		1
(1.00)
VILL 4 (3%) 151 0.381
(1.00) 		1
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00)
KCNK13 4 (3%) 151 0.324
(1.00) 		0.0802
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.641
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MARCO 9 (6%) 146 0.415
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.224
(1.00) 		1
(1.00) 		0.112
(1.00) 		1
(1.00)
PCDH10 14 (9%) 141 0.218
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.492
(1.00)
LRRIQ3 7 (5%) 148 0.582
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.0633
(1.00) 		1
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.645
(1.00) 		1
(1.00) 		0.903
(1.00) 		1
(1.00)
SPATA17 7 (5%) 148 0.415
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.0123
(1.00) 		0.0305
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.281
(1.00)
TRPC4 12 (8%) 143 0.473
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.0238
(1.00) 		0.022
(1.00) 		0.0886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00)
RARB 7 (5%) 148 0.517
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.0123
(1.00) 		0.00722
(1.00) 		1
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.862
(1.00) 		1
(1.00)
GPC6 7 (5%) 148 0.43
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.0791
(1.00) 		0.0432
(1.00) 		0.751
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SPATA16 7 (5%) 148 0.593
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.0505
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.0331
(1.00)
SOHLH2 8 (5%) 147 0.0135
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0575
(1.00) 		0.468
(1.00) 		1
(1.00) 		0.903
(1.00) 		1
(1.00)
OR4A15 6 (4%) 149 0.545
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.0194
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.671
(1.00) 		1
(1.00)
ABCA12 18 (12%) 137 0.483
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.164
(1.00) 		1
(1.00)
DLC1 16 (10%) 139 0.544
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.222
(1.00) 		1
(1.00)
FAM116A 5 (3%) 150 0.733
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.448
(1.00) 		1
(1.00)
FGA 10 (6%) 145 0.0975
(1.00) 		0.741
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.697
(1.00) 		1
(1.00)
TDRD3 5 (3%) 150 0.552
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.295
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
JAKMIP2 10 (6%) 145 0.268
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.248
(1.00) 		1
(1.00)
RIMS2 12 (8%) 143 0.228
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.0985
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.576
(1.00) 		1
(1.00)
USP17L2 7 (5%) 148 0.302
(1.00) 		0.805
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.0961
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.125
(1.00) 		1
(1.00)
SYT16 6 (4%) 149 0.507
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.24
(1.00) 		1
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.634
(1.00) 		1
(1.00)
NELL1 10 (6%) 145 0.36
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.00955
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00)
CADPS 11 (7%) 144 0.69
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.00955
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		1
(1.00)
PGM5 4 (3%) 151 0.803
(1.00) 		0.367
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00)
KIAA1486 9 (6%) 146 0.137
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.348
(1.00)
CCDC160 5 (3%) 150 0.777
(1.00) 		0.21
(1.00) 		1
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.602
(1.00) 		1
(1.00)
LRRIQ1 12 (8%) 143 0.0452
(1.00) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0238
(1.00) 		0.0592
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.576
(1.00) 		1
(1.00)
PROKR1 8 (5%) 147 0.328
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00)
IGSF5 6 (4%) 149 0.134
(1.00) 		0.327
(1.00) 		1
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.246
(1.00)
ADAMTS5 11 (7%) 144 0.213
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.0396
(1.00) 		1
(1.00)
ROBO1 14 (9%) 141 0.67
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.00676
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.0418
(1.00) 		0.492
(1.00)
TIAM2 12 (8%) 143 0.841
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.0985
(1.00) 		0.0296
(1.00) 		0.919
(1.00) 		1
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.438
(1.00)
COL4A5 13 (8%) 142 0.79
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.0466
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.922
(1.00) 		1
(1.00) 		0.211
(1.00) 		1
(1.00)
CTNNB1 7 (5%) 148 0.487
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.267
(1.00) 		1
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.281
(1.00)
'BRAF MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.07e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.017

Table S1.  Gene #5: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #4: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients COLON ADENOCARCINOMA COLON MUCINOUS ADENOCARCINOMA
ALL 128 24
BRAF MUTATED 9 11
BRAF WILD-TYPE 119 13

Figure S1.  Get High-res Image Gene #5: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #4: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'GRIK3 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 3.04e-05 (t-test), Q value = 0.049

Table S2.  Gene #49: 'GRIK3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 155 70.3 (12.0)
GRIK3 MUTATED 14 78.9 (5.8)
GRIK3 WILD-TYPE 141 69.5 (12.1)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #49: 'GRIK3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

'OR6T1 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 0.000122 (t-test), Q value = 0.2

Table S3.  Gene #91: 'OR6T1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 155 70.3 (12.0)
OR6T1 MUTATED 6 63.7 (2.5)
OR6T1 WILD-TYPE 149 70.6 (12.2)

Figure S3.  Get High-res Image Gene #91: 'OR6T1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = COAD.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = COAD.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 155

  • Number of significantly mutated genes = 181

  • Number of selected clinical features = 9

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Copyright © 2012 Broad Institute TCGA GDAC as part of the TCGA Research Network. All rights reserved.
Made with Nozzle