Lung Adenocarcinoma: Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/Dana-Farber Cancer Institute/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 279 genes and 11 clinical features across 172 patients, 8 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • CNBD1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • LRRIQ3 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • U2AF1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • GBA3 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • DACH1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • AKR1B10 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • OR13G1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • GUCA1C mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 279 genes and 11 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 8 significant findings detected.

Clinical
Features
Time
to
Death
AGE GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE
HISTOLOGICAL
TYPE
PATHOLOGY
T
PATHOLOGY
N
PATHOLOGICSPREAD(M) TUMOR
STAGE
RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION
NEOADJUVANT
THERAPY
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test t-test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
CNBD1 10 (6%) 162 0.73
(1.00)
0.692
(1.00)
0.111
(1.00)
8.55e-05
(0.238)
0.607
(1.00)
0.754
(1.00)
0.79
(1.00)
0.947
(1.00)
0.601
(1.00)
1
(1.00)
LRRIQ3 10 (6%) 162 0.597
(1.00)
0.834
(1.00)
0.755
(1.00)
2.48e-05
(0.0693)
0.568
(1.00)
0.903
(1.00)
1
(1.00)
0.947
(1.00)
0.601
(1.00)
0.667
(1.00)
U2AF1 6 (3%) 166 0.401
(1.00)
0.894
(1.00)
0.22
(1.00)
1.18e-08
(3.3e-05)
0.856
(1.00)
0.0572
(1.00)
0.0949
(1.00)
0.0979
(1.00)
0.448
(1.00)
0.0553
(1.00)
GBA3 8 (5%) 164 0.426
(1.00)
0.0276
(1.00)
0.728
(1.00)
1.34e-06
(0.00374)
1
(1.00)
0.0409
(1.00)
1
(1.00)
0.087
(1.00)
1
(1.00)
0.357
(1.00)
DACH1 11 (6%) 161 0.499
(1.00)
0.483
(1.00)
0.349
(1.00)
4.58e-05
(0.128)
0.507
(1.00)
1
(1.00)
0.813
(1.00)
1
(1.00)
0.602
(1.00)
1
(1.00)
AKR1B10 4 (2%) 168 0.615
(1.00)
0.00726
(1.00)
1
(1.00)
9.3e-06
(0.026)
1
(1.00)
0.783
(1.00)
0.0113
(1.00)
0.85
(1.00)
0.326
(1.00)
0.512
(1.00)
OR13G1 9 (5%) 163 0.247
(1.00)
0.213
(1.00)
1
(1.00)
1.08e-05
(0.03)
1
(1.00)
0.14
(1.00)
1
(1.00)
0.205
(1.00)
1
(1.00)
0.358
(1.00)
GUCA1C 3 (2%) 169 0.776
(1.00)
0.523
(1.00)
0.594
(1.00)
1.46e-08
(4.07e-05)
0.254
(1.00)
0.152
(1.00)
0.46
(1.00)
0.369
(1.00)
1
(1.00)
0.415
(1.00)
KRTAP5-5 21 (12%) 151 0.365
(1.00)
0.849
(1.00)
0.351
(1.00)
0.259
(1.00)
0.562
(1.00)
0.63
(1.00)
0.52
(1.00)
0.942
(1.00)
0.696
(1.00)
0.534
(1.00)
STK11 20 (12%) 152 0.404
(1.00)
0.6
(1.00)
0.0941
(1.00)
0.979
(1.00)
0.595
(1.00)
0.851
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.536
(1.00)
ASTN2 15 (9%) 157 0.751
(1.00)
0.753
(1.00)
0.788
(1.00)
0.0007
(1.00)
0.422
(1.00)
0.816
(1.00)
0.369
(1.00)
0.476
(1.00)
0.366
(1.00)
1
(1.00)
CDKN2A 8 (5%) 164 0.689
(1.00)
0.117
(1.00)
0.728
(1.00)
1
(1.00)
0.878
(1.00)
0.764
(1.00)
0.726
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.357
(1.00)
EGFR 22 (13%) 150 0.0143
(1.00)
0.149
(1.00)
0.176
(1.00)
0.708
(1.00)
0.731
(1.00)
0.467
(1.00)
0.581
(1.00)
0.296
(1.00)
0.697
(1.00)
1
(1.00)
KEAP1 32 (19%) 140 0.59
(1.00)
0.784
(1.00)
1
(1.00)
0.128
(1.00)
0.244
(1.00)
0.52
(1.00)
1
(1.00)
0.193
(1.00)
0.922
(1.00)
0.503
(1.00)
0.791
(1.00)
KRAS 47 (27%) 125 0.323
(1.00)
0.955
(1.00)
0.493
(1.00)
0.428
(1.00)
0.907
(1.00)
0.0834
(1.00)
0.406
(1.00)
1
(1.00)
0.938
(1.00)
1
(1.00)
0.255
(1.00)
TP53 85 (49%) 87 0.432
(1.00)
0.102
(1.00)
0.444
(1.00)
0.74
(1.00)
0.232
(1.00)
0.633
(1.00)
0.977
(1.00)
0.783
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.148
(1.00)
NAV3 35 (20%) 137 0.872
(1.00)
0.736
(1.00)
0.261
(1.00)
0.548
(1.00)
0.774
(1.00)
0.313
(1.00)
0.466
(1.00)
0.69
(1.00)
0.948
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
MAGEC1 24 (14%) 148 0.99
(1.00)
0.639
(1.00)
1
(1.00)
0.669
(1.00)
0.504
(1.00)
0.0989
(1.00)
0.0822
(1.00)
0.171
(1.00)
0.703
(1.00)
0.375
(1.00)
CDH10 33 (19%) 139 0.0881
(1.00)
0.496
(1.00)
0.442
(1.00)
0.693
(1.00)
0.0754
(1.00)
0.178
(1.00)
0.202
(1.00)
0.0707
(1.00)
1
(1.00)
0.113
(1.00)
TMTC1 22 (13%) 150 0.322
(1.00)
0.297
(1.00)
0.0695
(1.00)
0.132
(1.00)
0.135
(1.00)
0.778
(1.00)
0.29
(1.00)
0.378
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
MUC7 15 (9%) 157 0.229
(1.00)
0.39
(1.00)
0.0313
(1.00)
0.742
(1.00)
0.495
(1.00)
0.762
(1.00)
0.534
(1.00)
0.945
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
EPHA6 22 (13%) 150 0.653
(1.00)
0.666
(1.00)
0.108
(1.00)
0.953
(1.00)
0.374
(1.00)
0.307
(1.00)
0.607
(1.00)
0.253
(1.00)
0.712
(1.00)
1
(1.00)
0.536
(1.00)
ZNF676 16 (9%) 156 0.967
(1.00)
0.196
(1.00)
1
(1.00)
0.42
(1.00)
0.825
(1.00)
0.71
(1.00)
0.761
(1.00)
0.528
(1.00)
1
(1.00)
0.475
(1.00)
OR4C16 13 (8%) 159 0.897
(1.00)
0.421
(1.00)
0.774
(1.00)
0.00193
(1.00)
0.647
(1.00)
0.49
(1.00)
1
(1.00)
0.202
(1.00)
1
(1.00)
0.696
(1.00)
RIMS2 32 (19%) 140 0.703
(1.00)
0.716
(1.00)
0.239
(1.00)
0.953
(1.00)
0.815
(1.00)
0.546
(1.00)
0.895
(1.00)
0.661
(1.00)
0.943
(1.00)
1
(1.00)
0.298
(1.00)
GABRB3 11 (6%) 161 0.255
(1.00)
0.992
(1.00)
0.349
(1.00)
0.659
(1.00)
0.611
(1.00)
0.64
(1.00)
0.11
(1.00)
0.0746
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR2L3 13 (8%) 159 0.927
(1.00)
0.867
(1.00)
0.0229
(1.00)
0.725
(1.00)
0.744
(1.00)
0.119
(1.00)
0.475
(1.00)
0.96
(1.00)
0.613
(1.00)
0.131
(1.00)
CD5L 12 (7%) 160 0.949
(1.00)
0.928
(1.00)
0.229
(1.00)
0.653
(1.00)
0.119
(1.00)
0.922
(1.00)
1
(1.00)
0.668
(1.00)
0.309
(1.00)
0.693
(1.00)
ELTD1 15 (9%) 157 0.0881
(1.00)
0.0391
(1.00)
0.788
(1.00)
0.143
(1.00)
0.033
(1.00)
0.127
(1.00)
0.534
(1.00)
0.0665
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
KRTAP1-5 7 (4%) 165 0.00208
(1.00)
0.281
(1.00)
0.704
(1.00)
0.303
(1.00)
0.0853
(1.00)
0.764
(1.00)
0.363
(1.00)
0.0834
(1.00)
0.129
(1.00)
0.0862
(1.00)
OR2T4 13 (8%) 159 0.00886
(1.00)
0.238
(1.00)
0.576
(1.00)
0.978
(1.00)
0.0822
(1.00)
0.605
(1.00)
1
(1.00)
0.593
(1.00)
1
(1.00)
0.131
(1.00)
REG3A 14 (8%) 158 0.591
(1.00)
0.722
(1.00)
0.414
(1.00)
0.0283
(1.00)
0.649
(1.00)
0.729
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.368
(1.00)
0.472
(1.00)
TRIM58 8 (5%) 164 0.746
(1.00)
0.369
(1.00)
0.728
(1.00)
0.934
(1.00)
0.591
(1.00)
0.693
(1.00)
0.557
(1.00)
0.758
(1.00)
1
(1.00)
0.357
(1.00)
BRAF 15 (9%) 157 0.965
(1.00)
0.5
(1.00)
0.287
(1.00)
0.996
(1.00)
0.183
(1.00)
0.659
(1.00)
0.233
(1.00)
0.499
(1.00)
0.634
(1.00)
0.47
(1.00)
OR4A5 12 (7%) 160 0.0375
(1.00)
0.831
(1.00)
0.0393
(1.00)
0.694
(1.00)
0.94
(1.00)
0.0467
(1.00)
0.226
(1.00)
0.0762
(1.00)
1
(1.00)
0.0051
(1.00)
REG1B 12 (7%) 160 0.285
(1.00)
0.0662
(1.00)
1
(1.00)
0.129
(1.00)
0.694
(1.00)
0.682
(1.00)
0.218
(1.00)
0.451
(1.00)
0.399
(1.00)
0.0865
(1.00)
1
(1.00)
BAGE2 9 (5%) 163 0.429
(1.00)
0.527
(1.00)
0.734
(1.00)
0.0389
(1.00)
0.165
(1.00)
0.585
(1.00)
0.465
(1.00)
0.497
(1.00)
0.594
(1.00)
0.358
(1.00)
OR2L8 12 (7%) 160 0.166
(1.00)
0.418
(1.00)
0.229
(1.00)
0.996
(1.00)
0.471
(1.00)
0.172
(1.00)
1
(1.00)
0.399
(1.00)
0.606
(1.00)
0.693
(1.00)
NRG3 13 (8%) 159 0.909
(1.00)
0.658
(1.00)
0.576
(1.00)
0.371
(1.00)
0.261
(1.00)
0.729
(1.00)
0.392
(1.00)
0.693
(1.00)
0.346
(1.00)
0.447
(1.00)
PABPC3 9 (5%) 163 0.0778
(1.00)
0.413
(1.00)
0.51
(1.00)
0.976
(1.00)
0.839
(1.00)
0.585
(1.00)
0.115
(1.00)
0.0482
(1.00)
0.594
(1.00)
0.641
(1.00)
ZNF804A 30 (17%) 142 0.0284
(1.00)
0.504
(1.00)
0.841
(1.00)
0.705
(1.00)
0.678
(1.00)
0.263
(1.00)
0.527
(1.00)
0.339
(1.00)
0.118
(1.00)
0.486
(1.00)
0.418
(1.00)
MARCH11 8 (5%) 164 0.717
(1.00)
0.479
(1.00)
1
(1.00)
0.0653
(1.00)
0.00266
(1.00)
0.792
(1.00)
1
(1.00)
0.42
(1.00)
1
(1.00)
0.357
(1.00)
OR2T34 10 (6%) 162 0.805
(1.00)
0.187
(1.00)
0.755
(1.00)
0.999
(1.00)
0.461
(1.00)
0.585
(1.00)
0.505
(1.00)
0.745
(1.00)
1
(1.00)
0.37
(1.00)
C18ORF34 19 (11%) 153 0.987
(1.00)
0.359
(1.00)
0.628
(1.00)
0.705
(1.00)
0.61
(1.00)
0.533
(1.00)
0.167
(1.00)
0.266
(1.00)
0.654
(1.00)
0.691
(1.00)
0.742
(1.00)
SERPINB4 10 (6%) 162 0.074
(1.00)
0.694
(1.00)
1
(1.00)
0.606
(1.00)
0.799
(1.00)
0.0961
(1.00)
1
(1.00)
0.253
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR4C15 13 (8%) 159 0.429
(1.00)
0.732
(1.00)
0.576
(1.00)
0.0122
(1.00)
0.209
(1.00)
0.3
(1.00)
0.475
(1.00)
0.458
(1.00)
0.613
(1.00)
1
(1.00)
ZNF492 8 (5%) 164 0.6
(1.00)
0.942
(1.00)
0.728
(1.00)
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(1.00)
0.737
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
FERD3L 7 (4%) 165 0.0116
(1.00)
0.166
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.272
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.844
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.922
(1.00)
1
(1.00)
0.668
(1.00)
0.606
(1.00)
0.693
(1.00)
CRIPAK 11 (6%) 161 0.0962
(1.00)
0.547
(1.00)
0.115
(1.00)
0.00062
(1.00)
0.448
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.602
(1.00)
1
(1.00)
OR5D14 13 (8%) 159 0.399
(1.00)
0.356
(1.00)
1
(1.00)
0.0049
(1.00)
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(1.00)
0.729
(1.00)
0.392
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
HEATR7B2 20 (12%) 152 0.776
(1.00)
0.711
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.791
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR5W2 9 (5%) 163 0.483
(1.00)
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(1.00)
0.51
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.838
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.601
(1.00)
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(1.00)
ZNF268 5 (3%) 167 0.278
(1.00)
0.507
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
ZIC4 13 (8%) 159 0.243
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
1
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(1.00)
LPA 13 (8%) 159 0.996
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.576
(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
C10ORF71 6 (3%) 166 0.818
(1.00)
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1
(1.00)
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(1.00)
1
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1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
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1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
0.417
(1.00)
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1
(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.693
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.999
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
PTH 3 (2%) 169 0.0103
(1.00)
0.807
(1.00)
1
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1
(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
1
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1
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NRXN1 25 (15%) 147 0.208
(1.00)
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C1ORF49 6 (3%) 166 0.761
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(1.00)
0.255
(1.00)
0.194
(1.00)
0.363
(1.00)
0.733
(1.00)
0.306
(1.00)
0.87
(1.00)
1
(1.00)
0.591
(1.00)
OR14I1 6 (3%) 166 0.175
(1.00)
0.647
(1.00)
0.415
(1.00)
0.194
(1.00)
0.145
(1.00)
0.467
(1.00)
1
(1.00)
0.673
(1.00)
1
(1.00)
0.591
(1.00)
FLI1 6 (3%) 166 0.306
(1.00)
0.568
(1.00)
0.688
(1.00)
1
(1.00)
0.215
(1.00)
0.622
(1.00)
1
(1.00)
0.571
(1.00)
0.448
(1.00)
0.591
(1.00)
GPR174 6 (3%) 166 0.326
(1.00)
0.0533
(1.00)
0.22
(1.00)
0.00302
(1.00)
1
(1.00)
0.467
(1.00)
0.306
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
KRTAP19-6 4 (2%) 168 0.148
(1.00)
0.0534
(1.00)
0.334
(1.00)
0.0241
(1.00)
0.601
(1.00)
0.815
(1.00)
1
(1.00)
0.719
(1.00)
1
(1.00)
0.512
(1.00)
PDZRN3 10 (6%) 162 0.82
(1.00)
0.128
(1.00)
1
(1.00)
0.458
(1.00)
0.607
(1.00)
0.213
(1.00)
0.505
(1.00)
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(1.00)
0.601
(1.00)
1
(1.00)
SYT4 11 (6%) 161 0.346
(1.00)
0.977
(1.00)
1
(1.00)
0.955
(1.00)
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(1.00)
0.278
(1.00)
0.913
(1.00)
0.334
(1.00)
0.446
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
ZSWIM2 13 (8%) 159 0.102
(1.00)
0.331
(1.00)
0.386
(1.00)
0.994
(1.00)
0.261
(1.00)
0.514
(1.00)
1
(1.00)
0.872
(1.00)
0.106
(1.00)
0.131
(1.00)
MAGEB18 5 (3%) 167 0.494
(1.00)
0.219
(1.00)
0.063
(1.00)
0.989
(1.00)
1
(1.00)
0.152
(1.00)
0.644
(1.00)
0.699
(1.00)
0.39
(1.00)
1
(1.00)
NTNG1 11 (6%) 161 0.255
(1.00)
0.432
(1.00)
0.551
(1.00)
0.664
(1.00)
0.399
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.564
(1.00)
0.602
(1.00)
1
(1.00)
C7 14 (8%) 158 0.142
(1.00)
0.863
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.738
(1.00)
0.717
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
KRTAP15-1 5 (3%) 167 0.532
(1.00)
0.392
(1.00)
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(1.00)
0.934
(1.00)
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(1.00)
0.599
(1.00)
1
(1.00)
0.87
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
SDK1 14 (8%) 158 0.412
(1.00)
0.675
(1.00)
0.786
(1.00)
0.00175
(1.00)
0.111
(1.00)
0.805
(1.00)
0.738
(1.00)
0.969
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
NHEDC1 9 (5%) 163 0.141
(1.00)
0.0899
(1.00)
0.734
(1.00)
0.000678
(1.00)
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(1.00)
0.299
(1.00)
0.465
(1.00)
0.577
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR2M7 9 (5%) 163 0.462
(1.00)
0.676
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.233
(1.00)
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(1.00)
0.767
(1.00)
0.0994
(1.00)
0.594
(1.00)
0.358
(1.00)
SATB2 15 (9%) 157 0.444
(1.00)
0.647
(1.00)
1
(1.00)
0.185
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.872
(1.00)
0.87
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
ODF1 4 (2%) 168 0.235
(1.00)
0.0199
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.561
(1.00)
0.85
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
CMKLR1 7 (4%) 165 0.147
(1.00)
0.169
(1.00)
0.704
(1.00)
0.439
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.548
(1.00)
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(1.00)
0.319
(1.00)
EPHA7 11 (6%) 161 0.348
(1.00)
0.888
(1.00)
0.115
(1.00)
0.994
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.398
(1.00)
1
(1.00)
0.215
(1.00)
OR2T3 9 (5%) 163 0.196
(1.00)
0.0658
(1.00)
0.0819
(1.00)
0.471
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.0365
(1.00)
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(1.00)
OLAH 7 (4%) 165 0.567
(1.00)
0.255
(1.00)
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(1.00)
0.2
(1.00)
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(1.00)
0.653
(1.00)
0.726
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.319
(1.00)
TRIM72 6 (3%) 166 0.202
(1.00)
0.689
(1.00)
0.688
(1.00)
1
(1.00)
0.419
(1.00)
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(1.00)
0.35
(1.00)
0.37
(1.00)
0.0112
(1.00)
0.0553
(1.00)
MFAP1 3 (2%) 169 0.849
(1.00)
0.0726
(1.00)
0.594
(1.00)
0.00172
(1.00)
0.122
(1.00)
0.397
(1.00)
0.46
(1.00)
0.369
(1.00)
0.255
(1.00)
0.415
(1.00)
OR2W5 7 (4%) 165 0.666
(1.00)
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(1.00)
0.455
(1.00)
0.303
(1.00)
0.208
(1.00)
0.881
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.502
(1.00)
0.319
(1.00)
PI15 7 (4%) 165 0.263
(1.00)
0.68
(1.00)
1
(1.00)
0.303
(1.00)
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(1.00)
0.881
(1.00)
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(1.00)
0.774
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
ARHGAP36 13 (8%) 159 0.935
(1.00)
0.977
(1.00)
0.576
(1.00)
0.697
(1.00)
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(1.00)
0.64
(1.00)
0.475
(1.00)
0.429
(1.00)
0.346
(1.00)
0.131
(1.00)
FABP12 3 (2%) 169 0.594
(1.00)
1
(1.00)
0.461
(1.00)
0.397
(1.00)
1
(1.00)
0.651
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
SEMA3A 10 (6%) 162 0.364
(1.00)
0.305
(1.00)
0.516
(1.00)
0.121
(1.00)
0.174
(1.00)
0.291
(1.00)
0.79
(1.00)
0.295
(1.00)
0.601
(1.00)
0.667
(1.00)
UGT2B10 11 (6%) 161 0.859
(1.00)
0.0284
(1.00)
0.115
(1.00)
0.314
(1.00)
0.143
(1.00)
0.218
(1.00)
1
(1.00)
0.414
(1.00)
0.602
(1.00)
0.0823
(1.00)
OR10K2 9 (5%) 163 0.515
(1.00)
0.00113
(1.00)
0.51
(1.00)
0.291
(1.00)
0.0646
(1.00)
0.458
(1.00)
0.465
(1.00)
0.548
(1.00)
0.199
(1.00)
0.164
(1.00)
LIPI 7 (4%) 165 0.0963
(1.00)
0.867
(1.00)
1
(1.00)
0.999
(1.00)
1
(1.00)
0.325
(1.00)
1
(1.00)
0.317
(1.00)
0.502
(1.00)
0.6
(1.00)
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(1.00)
0.913
(1.00)
0.251
(1.00)
0.999
(1.00)
1
(1.00)
0.46
(1.00)
0.811
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
0.601
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.726
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.6
(1.00)
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(1.00)
0.304
(1.00)
0.0712
(1.00)
0.998
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.414
(1.00)
0.0734
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.704
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.6
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.233
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.6
(1.00)
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(1.00)
0.364
(1.00)
0.0122
(1.00)
0.381
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.81
(1.00)
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(1.00)
0.985
(1.00)
0.929
(1.00)
0.396
(1.00)
0.383
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
SERPINB13 9 (5%) 163 0.0422
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
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(1.00)
OR6N2 7 (4%) 165 0.675
(1.00)
0.899
(1.00)
0.704
(1.00)
0.3
(1.00)
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(1.00)
0.653
(1.00)
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(1.00)
0.774
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
0.713
(1.00)
0.31
(1.00)
0.195
(1.00)
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(1.00)
0.576
(1.00)
0.273
(1.00)
0.975
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
0.84
(1.00)
1
(1.00)
0.0052
(1.00)
1
(1.00)
0.647
(1.00)
0.186
(1.00)
0.743
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
VN1R2 7 (4%) 165 0.58
(1.00)
0.212
(1.00)
0.704
(1.00)
0.875
(1.00)
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(1.00)
0.393
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.129
(1.00)
0.6
(1.00)
KRTAP11-1 6 (3%) 166 0.195
(1.00)
0.133
(1.00)
0.22
(1.00)
0.982
(1.00)
0.126
(1.00)
0.393
(1.00)
0.306
(1.00)
0.899
(1.00)
1
(1.00)
0.591
(1.00)
TMEM195 11 (6%) 161 0.443
(1.00)
0.647
(1.00)
0.349
(1.00)
0.558
(1.00)
0.876
(1.00)
0.319
(1.00)
1
(1.00)
0.564
(1.00)
1
(1.00)
0.215
(1.00)
OR14A16 12 (7%) 160 0.43
(1.00)
0.266
(1.00)
0.774
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.708
(1.00)
0.556
(1.00)
0.766
(1.00)
1
(1.00)
0.416
(1.00)
CNGA2 11 (6%) 161 0.432
(1.00)
0.344
(1.00)
0.349
(1.00)
0.157
(1.00)
0.647
(1.00)
0.0678
(1.00)
1
(1.00)
0.587
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
GPR158 18 (10%) 154 0.651
(1.00)
0.623
(1.00)
0.621
(1.00)
0.976
(1.00)
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(1.00)
0.885
(1.00)
1
(1.00)
0.756
(1.00)
0.676
(1.00)
0.0468
(1.00)
KCNS2 7 (4%) 165 0.53
(1.00)
0.000819
(1.00)
0.25
(1.00)
0.945
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
PPP3CA 3 (2%) 169 0.239
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.673
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
MTTP 5 (3%) 167 0.948
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
ANKRD56 11 (6%) 161 0.321
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
NTRK1 7 (4%) 165 0.822
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
GABRA5 11 (6%) 161 0.786
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
LCE1F 4 (2%) 168 0.639
(1.00)
0.303
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.0621
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
RIT2 3 (2%) 169 0.729
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
FOXI1 8 (5%) 164 0.86
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
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(1.00)
1
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0.215
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.981
(1.00)
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(1.00)
0.0838
(1.00)
0.297
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.667
(1.00)
COL25A1 11 (6%) 161 0.205
(1.00)
0.99
(1.00)
1
(1.00)
0.0427
(1.00)
0.448
(1.00)
0.758
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
ESYT2 7 (4%) 165 0.205
(1.00)
0.01
(1.00)
1
(1.00)
0.994
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.774
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
FGF14 7 (4%) 165 0.0078
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.875
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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1
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1
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1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
TRIM48 5 (3%) 167 0.0181
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
MBD1 6 (3%) 166 0.474
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
0.132
(1.00)
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(1.00)
0.558
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.715
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR51A7 7 (4%) 165 0.151
(1.00)
0.185
(1.00)
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(1.00)
0.999
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.129
(1.00)
1
(1.00)
TMEFF1 4 (2%) 168 0.095
(1.00)
0.505
(1.00)
0.126
(1.00)
0.997
(1.00)
0.757
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.719
(1.00)
1
(1.00)
0.512
(1.00)
SLITRK2 19 (11%) 153 0.487
(1.00)
0.743
(1.00)
0.628
(1.00)
0.00116
(1.00)
0.0117
(1.00)
0.943
(1.00)
0.788
(1.00)
0.864
(1.00)
1
(1.00)
0.0458
(1.00)
DYTN 10 (6%) 162 0.264
(1.00)
0.00187
(1.00)
1
(1.00)
0.0616
(1.00)
0.532
(1.00)
0.0961
(1.00)
0.79
(1.00)
0.235
(1.00)
0.601
(1.00)
0.37
(1.00)
RB1 7 (4%) 165 0.1
(1.00)
0.29
(1.00)
0.25
(1.00)
0.303
(1.00)
0.481
(1.00)
0.764
(1.00)
0.0102
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.6
(1.00)
OR5D13 4 (2%) 168 0.518
(1.00)
0.000299
(0.833)
1
(1.00)
0.996
(1.00)
0.283
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.326
(1.00)
1
(1.00)
STAC3 3 (2%) 169 0.00472
(1.00)
0.958
(1.00)
1
(1.00)
0.969
(1.00)
0.00698
(1.00)
0.235
(1.00)
0.0471
(1.00)
0.184
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
C1ORF94 8 (5%) 164 0.566
(1.00)
0.475
(1.00)
1
(1.00)
0.997
(1.00)
0.451
(1.00)
0.376
(1.00)
0.414
(1.00)
0.22
(1.00)
0.163
(1.00)
0.618
(1.00)
PDZRN4 8 (5%) 164 0.629
(1.00)
0.716
(1.00)
0.291
(1.00)
0.711
(1.00)
0.0293
(1.00)
0.0803
(1.00)
1
(1.00)
0.247
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
HOXB3 10 (6%) 162 0.178
(1.00)
0.838
(1.00)
0.000301
(0.838)
0.00888
(1.00)
0.165
(1.00)
0.754
(1.00)
1
(1.00)
0.947
(1.00)
1
(1.00)
0.667
(1.00)
CYP2C19 7 (4%) 165 0.753
(1.00)
0.246
(1.00)
1
(1.00)
0.00511
(1.00)
0.208
(1.00)
1
(1.00)
0.493
(1.00)
0.664
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
RBM19 14 (8%) 158 0.814
(1.00)
0.249
(1.00)
0.414
(1.00)
0.255
(1.00)
0.868
(1.00)
0.138
(1.00)
0.161
(1.00)
0.346
(1.00)
0.623
(1.00)
0.472
(1.00)
OR5K3 7 (4%) 165 0.354
(1.00)
0.714
(1.00)
0.704
(1.00)
0.943
(1.00)
0.287
(1.00)
0.339
(1.00)
1
(1.00)
0.366
(1.00)
0.502
(1.00)
0.6
(1.00)
SAMD7 6 (3%) 166 0.923
(1.00)
0.928
(1.00)
0.688
(1.00)
0.172
(1.00)
1
(1.00)
0.325
(1.00)
1
(1.00)
0.621
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
RALYL 5 (3%) 167 0.583
(1.00)
0.528
(1.00)
0.0191
(1.00)
0.0921
(1.00)
0.561
(1.00)
0.824
(1.00)
0.138
(1.00)
0.171
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR2T8 8 (5%) 164 0.772
(1.00)
0.901
(1.00)
0.728
(1.00)
0.391
(1.00)
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(1.00)
0.29
(1.00)
1
(1.00)
0.32
(1.00)
0.163
(1.00)
1
(1.00)
TYR 10 (6%) 162 0.616
(1.00)
0.759
(1.00)
0.755
(1.00)
0.407
(1.00)
0.429
(1.00)
0.693
(1.00)
0.636
(1.00)
0.713
(1.00)
0.601
(1.00)
1
(1.00)
STX2 4 (2%) 168 0.263
(1.00)
0.602
(1.00)
0.334
(1.00)
0.997
(1.00)
0.111
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.609
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
CHM 6 (3%) 166 0.073
(1.00)
0.553
(1.00)
0.688
(1.00)
0.127
(1.00)
0.419
(1.00)
1
(1.00)
0.0417
(1.00)
0.065
(1.00)
0.448
(1.00)
0.253
(1.00)
DIO2 6 (3%) 166 0.358
(1.00)
0.931
(1.00)
0.688
(1.00)
0.913
(1.00)
0.856
(1.00)
0.105
(1.00)
0.138
(1.00)
0.131
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
NELL1 14 (8%) 158 0.0396
(1.00)
0.22
(1.00)
1
(1.00)
0.996
(1.00)
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(1.00)
0.928
(1.00)
0.1
(1.00)
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(1.00)
0.368
(1.00)
1
(1.00)
OR2M4 11 (6%) 161 0.823
(1.00)
0.621
(1.00)
1
(1.00)
0.798
(1.00)
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(1.00)
0.77
(1.00)
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(1.00)
0.66
(1.00)
0.521
(1.00)
0.272
(1.00)
0.0823
(1.00)
TMEM185A 3 (2%) 169 0.04
(1.00)
0.99
(1.00)
0.251
(1.00)
0.969
(1.00)
0.711
(1.00)
0.196
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
GSG1L 4 (2%) 168 0.968
(1.00)
0.706
(1.00)
1
(1.00)
0.996
(1.00)
0.145
(1.00)
1
(1.00)
0.0883
(1.00)
0.269
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
NOVA1 10 (6%) 162 0.755
(1.00)
0.321
(1.00)
0.346
(1.00)
0.581
(1.00)
0.0963
(1.00)
0.211
(1.00)
1
(1.00)
0.383
(1.00)
1
(1.00)
0.37
(1.00)
PDE10A 12 (7%) 160 0.0408
(1.00)
0.821
(1.00)
0.229
(1.00)
0.896
(1.00)
0.095
(1.00)
0.514
(1.00)
0.451
(1.00)
0.623
(1.00)
1
(1.00)
0.693
(1.00)
GLIPR1 6 (3%) 166 0.0254
(1.00)
0.244
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.419
(1.00)
0.0732
(1.00)
0.192
(1.00)
0.0979
(1.00)
1
(1.00)
0.253
(1.00)
GNG2 4 (2%) 168 0.519
(1.00)
0.13
(1.00)
1
(1.00)
0.689
(1.00)
1
(1.00)
0.815
(1.00)
1
(1.00)
0.719
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
PIP 5 (3%) 167 0.62
(1.00)
0.862
(1.00)
0.662
(1.00)
0.468
(1.00)
0.0276
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.699
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
SLC10A2 7 (4%) 165 0.274
(1.00)
0.918
(1.00)
0.704
(1.00)
0.00511
(1.00)
0.773
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.844
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR5B3 7 (4%) 165 0.16
(1.00)
0.859
(1.00)
1
(1.00)
0.999
(1.00)
0.773
(1.00)
0.622
(1.00)
0.363
(1.00)
0.22
(1.00)
0.502
(1.00)
1
(1.00)
MAGEL2 8 (5%) 164 0.916
(1.00)
0.33
(1.00)
1
(1.00)
0.998
(1.00)
0.184
(1.00)
0.693
(1.00)
0.292
(1.00)
0.234
(1.00)
0.55
(1.00)
1
(1.00)
OR5L2 13 (8%) 159 0.892
(1.00)
0.0423
(1.00)
0.386
(1.00)
0.0364
(1.00)
0.141
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.932
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
SLITRK4 15 (9%) 157 0.324
(1.00)
0.656
(1.00)
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(1.00)
0.993
(1.00)
0.291
(1.00)
0.357
(1.00)
0.642
(1.00)
0.701
(1.00)
0.00625
(1.00)
0.47
(1.00)
DBX2 4 (2%) 168 0.672
(1.00)
0.419
(1.00)
0.626
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.578
(1.00)
0.561
(1.00)
0.522
(1.00)
0.326
(1.00)
1
(1.00)
ATXN3L 3 (2%) 169 0.0484
(1.00)
0.644
(1.00)
0.594
(1.00)
0.00172
(1.00)
0.079
(1.00)
0.0477
(1.00)
1
(1.00)
0.0403
(1.00)
0.255
(1.00)
0.0692
(1.00)
FRG1 6 (3%) 166 0.0821
(1.00)
0.365
(1.00)
0.22
(1.00)
1
(1.00)
0.621
(1.00)
0.733
(1.00)
1
(1.00)
0.899
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
0.728
(1.00)
0.22
(1.00)
1
(1.00)
0.718
(1.00)
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(1.00)
0.192
(1.00)
0.175
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
NLGN1 15 (9%) 157 0.571
(1.00)
0.705
(1.00)
0.596
(1.00)
0.777
(1.00)
1
(1.00)
0.178
(1.00)
0.233
(1.00)
0.209
(1.00)
0.366
(1.00)
0.135
(1.00)
USF2 3 (2%) 169 0.449
(1.00)
0.574
(1.00)
0.594
(1.00)
1
(1.00)
0.711
(1.00)
0.783
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
CTRC 4 (2%) 168 0.857
(1.00)
0.987
(1.00)
0.626
(1.00)
0.997
(1.00)
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(1.00)
0.394
(1.00)
0.561
(1.00)
0.85
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
ASCL3 3 (2%) 169 0.0409
(1.00)
0.658
(1.00)
0.594
(1.00)
0.405
(1.00)
0.711
(1.00)
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(1.00)
0.228
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
MLL3 34 (20%) 138 0.442
(1.00)
0.565
(1.00)
0.57
(1.00)
0.548
(1.00)
0.783
(1.00)
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(1.00)
0.409
(1.00)
1
(1.00)
0.89
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
RUFY2 7 (4%) 165 0.0857
(1.00)
0.906
(1.00)
1
(1.00)
0.999
(1.00)
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(1.00)
0.544
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.502
(1.00)
1
(1.00)
OR2L2 9 (5%) 163 0.827
(1.00)
0.894
(1.00)
1
(1.00)
0.471
(1.00)
0.117
(1.00)
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(1.00)
0.336
(1.00)
0.43
(1.00)
0.199
(1.00)
0.358
(1.00)
OR5M10 6 (3%) 166 0.529
(1.00)
0.374
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.314
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.731
(1.00)
0.448
(1.00)
0.253
(1.00)
PROS1 10 (6%) 162 0.957
(1.00)
0.2
(1.00)
0.516
(1.00)
0.551
(1.00)
0.0415
(1.00)
0.903
(1.00)
0.505
(1.00)
0.683
(1.00)
1
(1.00)
0.37
(1.00)
GTF2I 3 (2%) 169 0.594
(1.00)
0.00172
(1.00)
0.179
(1.00)
0.235
(1.00)
1
(1.00)
0.651
(1.00)
1
(1.00)
0.0692
(1.00)
FAM5B 14 (8%) 158 0.719
(1.00)
0.38
(1.00)
0.414
(1.00)
0.163
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
KRT71 4 (2%) 168 0.408
(1.00)
0.154
(1.00)
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(1.00)
0.0241
(1.00)
0.757
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.719
(1.00)
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(1.00)
0.512
(1.00)
P2RX7 4 (2%) 168 0.654
(1.00)
0.828
(1.00)
0.626
(1.00)
0.0114
(1.00)
0.283
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.512
(1.00)
CRNN 9 (5%) 163 0.364
(1.00)
0.575
(1.00)
0.51
(1.00)
0.793
(1.00)
0.0323
(1.00)
0.897
(1.00)
1
(1.00)
0.885
(1.00)
0.594
(1.00)
1
(1.00)
POT1 8 (5%) 164 0.771
(1.00)
0.856
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.2
(1.00)
0.693
(1.00)
0.745
(1.00)
0.931
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
SERPINB5 3 (2%) 169 0.747
(1.00)
0.171
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.397
(1.00)
1
(1.00)
0.651
(1.00)
1
(1.00)
0.415
(1.00)
DEFB112 4 (2%) 168 0.977
(1.00)
0.0831
(1.00)
0.334
(1.00)
0.0185
(1.00)
1
(1.00)
0.651
(1.00)
0.273
(1.00)
0.269
(1.00)
0.326
(1.00)
0.125
(1.00)
FSTL5 16 (9%) 156 0.486
(1.00)
0.724
(1.00)
0.294
(1.00)
0.791
(1.00)
0.402
(1.00)
0.865
(1.00)
0.872
(1.00)
0.506
(1.00)
0.647
(1.00)
0.727
(1.00)
OR8K3 5 (3%) 167 0.559
(1.00)
0.332
(1.00)
0.376
(1.00)
0.999
(1.00)
0.229
(1.00)
0.401
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR10A2 7 (4%) 165 0.173
(1.00)
0.649
(1.00)
0.704
(1.00)
0.00511
(1.00)
0.773
(1.00)
0.24
(1.00)
0.493
(1.00)
0.255
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
ARPP21 15 (9%) 157 0.686
(1.00)
0.417
(1.00)
0.287
(1.00)
0.355
(1.00)
0.044
(1.00)
0.569
(1.00)
0.872
(1.00)
0.918
(1.00)
0.366
(1.00)
1
(1.00)
BLID 4 (2%) 168 0.00667
(1.00)
0.751
(1.00)
0.0427
(1.00)
0.776
(1.00)
0.0305
(1.00)
0.143
(1.00)
1
(1.00)
0.132
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
FGB 11 (6%) 161 0.214
(1.00)
0.583
(1.00)
1
(1.00)
0.988
(1.00)
0.044
(1.00)
0.913
(1.00)
1
(1.00)
0.354
(1.00)
1
(1.00)
0.215
(1.00)
TCTEX1D1 5 (3%) 167 0.641
(1.00)
0.718
(1.00)
0.181
(1.00)
0.0633
(1.00)
0.192
(1.00)
0.229
(1.00)
0.644
(1.00)
0.783
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
KDM4DL 3 (2%) 169 0.458
(1.00)
0.0949
(1.00)
0.969
(1.00)
0.711
(1.00)
0.578
(1.00)
1
(1.00)
0.508
(1.00)
0.255
(1.00)
1
(1.00)
FCRL1 6 (3%) 166 0.387
(1.00)
0.274
(1.00)
1
(1.00)
0.127
(1.00)
0.547
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.448
(1.00)
1
(1.00)
SERPINB7 6 (3%) 166 0.636
(1.00)
0.502
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.479
(1.00)
0.544
(1.00)
1
(1.00)
0.214
(1.00)
1
(1.00)
0.253
(1.00)
SULT1B1 7 (4%) 165 0.498
(1.00)
0.617
(1.00)
0.704
(1.00)
0.875
(1.00)
0.0061
(1.00)
0.881
(1.00)
0.363
(1.00)
0.34
(1.00)
1
(1.00)
0.6
(1.00)
CKAP2L 6 (3%) 166 0.659
(1.00)
0.88
(1.00)
0.688
(1.00)
0.982
(1.00)
0.243
(1.00)
0.00646
(1.00)
1
(1.00)
0.0428
(1.00)
1
(1.00)
0.591
(1.00)
KLHL4 10 (6%) 162 0.599
(1.00)
0.0212
(1.00)
0.189
(1.00)
0.989
(1.00)
0.4
(1.00)
0.613
(1.00)
0.79
(1.00)
0.676
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
CMA1 4 (2%) 168 0.115
(1.00)
1
(1.00)
0.689
(1.00)
0.00972
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.451
(1.00)
1
(1.00)
0.512
(1.00)
DCLK3 10 (6%) 162 0.41
(1.00)
0.175
(1.00)
1
(1.00)
0.236
(1.00)
0.863
(1.00)
0.567
(1.00)
0.79
(1.00)
0.235
(1.00)
1
(1.00)
0.37
(1.00)
OR6K6 8 (5%) 164 0.982
(1.00)
0.438
(1.00)
0.728
(1.00)
0.997
(1.00)
0.2
(1.00)
1
(1.00)
0.414
(1.00)
0.597
(1.00)
1
(1.00)
0.357
(1.00)
SGIP1 11 (6%) 161 0.236
(1.00)
0.0402
(1.00)
1
(1.00)
0.525
(1.00)
0.044
(1.00)
0.913
(1.00)
0.813
(1.00)
1
(1.00)
0.602
(1.00)
1
(1.00)
HAX1 4 (2%) 168 0.913
(1.00)
0.759
(1.00)
0.626
(1.00)
1
(1.00)
0.179
(1.00)
1
(1.00)
0.46
(1.00)
0.85
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
ZBBX 10 (6%) 162 0.884
(1.00)
0.941
(1.00)
0.516
(1.00)
0.958
(1.00)
0.461
(1.00)
0.897
(1.00)
0.636
(1.00)
0.274
(1.00)
1
(1.00)
0.667
(1.00)
PPAN-P2RY11 4 (2%) 168 0.636
(1.00)
0.626
(1.00)
0.996
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.156
(1.00)
0.508
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR4C12 5 (3%) 167 0.968
(1.00)
0.43
(1.00)
0.662
(1.00)
0.0207
(1.00)
0.229
(1.00)
0.135
(1.00)
1
(1.00)
0.624
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
TAAR2 5 (3%) 167 0.848
(1.00)
0.604
(1.00)
1
(1.00)
0.013
(1.00)
0.809
(1.00)
0.401
(1.00)
1
(1.00)
0.551
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OR10AG1 6 (3%) 166 0.847
(1.00)
0.299
(1.00)
0.688
(1.00)
1
(1.00)
0.856
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.591
(1.00)
RERGL 5 (3%) 167 0.0477
(1.00)
0.822
(1.00)
1
(1.00)
0.844
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.23
(1.00)
0.624
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
ZNF711 6 (3%) 166 0.841
(1.00)
0.567
(1.00)
0.688
(1.00)
0.000857
(1.00)
0.718
(1.00)
0.325
(1.00)
0.424
(1.00)
0.426
(1.00)
0.0978
(1.00)
0.591
(1.00)
GTDC1 7 (4%) 165 0.533
(1.00)
0.352
(1.00)
0.704
(1.00)
0.994
(1.00)
0.00745
(1.00)
0.653
(1.00)
0.726
(1.00)
0.0834
(1.00)
0.502
(1.00)
1
(1.00)
KIR2DS4 4 (2%) 168 0.597
(1.00)
0.741
(1.00)
0.626
(1.00)
1
(1.00)
0.145
(1.00)
0.496
(1.00)
0.0883
(1.00)
0.162
(1.00)
0.326
(1.00)
0.512
(1.00)
KRTAP8-1 3 (2%) 169 0.464
(1.00)
0.595
(1.00)
1
(1.00)
0.999
(1.00)
0.461
(1.00)
0.578
(1.00)
1
(1.00)
0.508
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
OLFM3 7 (4%) 165 0.903
(1.00)
0.736
(1.00)
0.704
(1.00)
0.994
(1.00)
0.529
(1.00)
0.0707
(1.00)
0.363
(1.00)
0.422
(1.00)
0.0185
(1.00)
1
(1.00)
SERPINI2 7 (4%) 165 0.865
(1.00)
0.111
(1.00)
1
(1.00)
0.999
(1.00)
0.481
(1.00)
0.288
(1.00)
1
(1.00)
0.483
(1.00)
0.502
(1.00)
0.6
(1.00)
TUBA3C 7 (4%) 165 0.739
(1.00)
0.543
(1.00)
0.704
(1.00)
0.994
(1.00)
0.434
(1.00)
0.104
(1.00)
0.493
(1.00)
0.366
(1.00)
1
(1.00)
0.6
(1.00)
GALNT13 7 (4%) 165 0.897
(1.00)
0.932
(1.00)
0.704
(1.00)
0.994
(1.00)
0.00192
(1.00)
0.764
(1.00)
0.726
(1.00)
0.204
(1.00)
0.502
(1.00)
0.6
(1.00)
MPPED2 4 (2%) 168 0.186
(1.00)
0.968
(1.00)
0.626
(1.00)
0.0241
(1.00)
0.367
(1.00)
0.815
(1.00)
1
(1.00)
0.386
(1.00)
1
(1.00)
0.125
(1.00)
OR5H1 4 (2%) 168 0.556
(1.00)
0.99
(1.00)
0.626
(1.00)
0.0241
(1.00)
0.601
(1.00)
0.651
(1.00)
0.561
(1.00)
0.85
(1.00)
1
(1.00)
0.512
(1.00)
HSD3B2 8 (5%) 164 0.193
(1.00)
0.995
(1.00)
0.472
(1.00)
0.177
(1.00)
0.0084
(1.00)
0.693
(1.00)
0.745
(1.00)
0.446
(1.00)
0.55
(1.00)
0.357
(1.00)
'CNBD1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 8.55e-05 (Chi-square test), Q value = 0.24

Table S1.  Gene #21: 'CNBD1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
CNBD1 MUTATED 0 4 4 0 0 2 0 0 0 0 0
CNBD1 WILD-TYPE 2 35 110 1 2 0 2 2 5 1 2

Figure S1.  Get High-res Image Gene #21: 'CNBD1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'LRRIQ3 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 2.48e-05 (Chi-square test), Q value = 0.069

Table S2.  Gene #34: 'LRRIQ3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
LRRIQ3 MUTATED 2 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0
LRRIQ3 WILD-TYPE 0 34 111 1 2 2 2 2 5 1 2

Figure S2.  Get High-res Image Gene #34: 'LRRIQ3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'U2AF1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.18e-08 (Chi-square test), Q value = 3.3e-05

Table S3.  Gene #46: 'U2AF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
U2AF1 MUTATED 0 2 2 0 0 2 0 0 0 0 0
U2AF1 WILD-TYPE 2 37 112 1 2 0 2 2 5 1 2

Figure S3.  Get High-res Image Gene #46: 'U2AF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'GBA3 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.34e-06 (Chi-square test), Q value = 0.0037

Table S4.  Gene #50: 'GBA3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
GBA3 MUTATED 0 0 5 0 2 0 0 0 1 0 0
GBA3 WILD-TYPE 2 39 109 1 0 2 2 2 4 1 2

Figure S4.  Get High-res Image Gene #50: 'GBA3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'DACH1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 4.58e-05 (Chi-square test), Q value = 0.13

Table S5.  Gene #59: 'DACH1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
DACH1 MUTATED 0 3 5 0 2 1 0 0 0 0 0
DACH1 WILD-TYPE 2 36 109 1 0 1 2 2 5 1 2

Figure S5.  Get High-res Image Gene #59: 'DACH1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'AKR1B10 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 9.3e-06 (Chi-square test), Q value = 0.026

Table S6.  Gene #93: 'AKR1B10 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
AKR1B10 MUTATED 0 0 2 0 1 1 0 0 0 0 0
AKR1B10 WILD-TYPE 2 39 112 1 1 1 2 2 5 1 2

Figure S6.  Get High-res Image Gene #93: 'AKR1B10 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'OR13G1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.08e-05 (Chi-square test), Q value = 0.03

Table S7.  Gene #149: 'OR13G1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
OR13G1 MUTATED 0 3 3 0 2 0 0 0 1 0 0
OR13G1 WILD-TYPE 2 36 111 1 0 2 2 2 4 1 2

Figure S7.  Get High-res Image Gene #149: 'OR13G1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'GUCA1C MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.46e-08 (Chi-square test), Q value = 4.1e-05

Table S8.  Gene #261: 'GUCA1C MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
GUCA1C MUTATED 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0
GUCA1C WILD-TYPE 2 38 114 1 1 1 2 2 5 1 2

Figure S8.  Get High-res Image Gene #261: 'GUCA1C MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

Methods & Data
Input
  • Mutation data file = LUAD.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = LUAD.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 172

  • Number of significantly mutated genes = 279

  • Number of selected clinical features = 11

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[5] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)