This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.
Testing the association between mutation status of 182 genes and 9 clinical features across 155 patients, 3 significant findings detected with Q value < 0.25.
-
BRAF mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.
-
GRIK3 mutation correlated to 'AGE'.
-
OR6T1 mutation correlated to 'AGE'.
Clinical Features |
Time to Death |
AGE | GENDER |
HISTOLOGICAL TYPE |
PATHOLOGY T |
PATHOLOGY N |
PATHOLOGICSPREAD(M) |
TUMOR STAGE |
NEOADJUVANT THERAPY |
||
nMutated (%) | nWild-Type | logrank test | t-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
BRAF | 20 (13%) | 135 |
0.82 (1.00) |
0.0257 (1.00) |
0.0586 (1.00) |
1.07e-05 (0.0173) |
0.149 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
GRIK3 | 14 (9%) | 141 |
0.536 (1.00) |
3.04e-05 (0.0491) |
0.402 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.265 (1.00) |
1 (1.00) |
0.292 (1.00) |
1 (1.00) |
OR6T1 | 6 (4%) | 149 |
0.502 (1.00) |
0.000122 (0.197) |
0.681 (1.00) |
1 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.148 (1.00) |
1 (1.00) |
APC | 103 (66%) | 52 |
0.291 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.042 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.944 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.225 (1.00) |
FBXW7 | 29 (19%) | 126 |
0.841 (1.00) |
0.0362 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.00324 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.0169 (1.00) |
0.00243 (1.00) |
0.122 (1.00) |
NRAS | 15 (10%) | 140 |
0.281 (1.00) |
0.168 (1.00) |
0.0269 (1.00) |
1 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.083 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.517 (1.00) |
BTNL8 | 3 (2%) | 152 |
0.0121 (1.00) |
0.62 (1.00) |
1 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.569 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
|
GGT1 | 3 (2%) | 152 |
0.865 (1.00) |
0.62 (1.00) |
1 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.569 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
|
KRAS | 58 (37%) | 97 |
0.226 (1.00) |
0.00304 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.648 (1.00) |
1 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.317 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.258 (1.00) |
PCBP1 | 4 (3%) | 151 |
0.00453 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.0347 (1.00) |
0.448 (1.00) |
1 (1.00) |
|
PIK3CA | 26 (17%) | 129 |
0.661 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.83 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.0107 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.028 (1.00) |
0.602 (1.00) |
TP53 | 75 (48%) | 80 |
0.696 (1.00) |
0.0728 (1.00) |
0.336 (1.00) |
0.00383 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.0572 (1.00) |
SMAD4 | 18 (12%) | 137 |
0.587 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.625 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.949 (1.00) |
0.834 (1.00) |
1 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.188 (1.00) |
FAM123B | 19 (12%) | 136 |
0.717 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.268 (1.00) |
1 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.598 (1.00) |
ACVR1B | 13 (8%) | 142 |
0.759 (1.00) |
0.75 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.0345 (1.00) |
0.0242 (1.00) |
1 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.465 (1.00) |
WBSCR17 | 17 (11%) | 138 |
0.39 (1.00) |
0.0641 (1.00) |
0.803 (1.00) |
1 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.938 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.0503 (1.00) |
1 (1.00) |
TNFRSF10C | 6 (4%) | 149 |
0.978 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.0968 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.0736 (1.00) |
0.0117 (1.00) |
1 (1.00) |
|
MAP2K4 | 9 (6%) | 146 |
0.0181 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.382 (1.00) |
1 (1.00) |
SMAD2 | 10 (6%) | 145 |
0.617 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.453 (1.00) |
1 (1.00) |
SDK1 | 25 (16%) | 130 |
0.6 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.0663 (1.00) |
0.781 (1.00) |
0.54 (1.00) |
1 (1.00) |
0.671 (1.00) |
1 (1.00) |
LRP1B | 30 (19%) | 125 |
0.805 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.228 (1.00) |
0.00324 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.809 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.347 (1.00) |
GRIA1 | 14 (9%) | 141 |
0.435 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.101 (1.00) |
1 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.929 (1.00) |
0.0757 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.492 (1.00) |
FAT4 | 29 (19%) | 126 |
0.529 (1.00) |
0.0955 (1.00) |
0.543 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.672 (1.00) |
1 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.111 (1.00) |
1 (1.00) |
ACOT4 | 3 (2%) | 152 |
0.0294 (1.00) |
1 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.0332 (1.00) |
1 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.477 (1.00) |
1 (1.00) |
|
DMD | 27 (17%) | 128 |
0.763 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.0159 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.0297 (1.00) |
0.00022 (0.354) |
0.352 (1.00) |
CNTN6 | 15 (10%) | 140 |
0.493 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.0619 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.517 (1.00) |
KLK2 | 3 (2%) | 152 |
0.229 (1.00) |
1 (1.00) |
0.405 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.869 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SOX9 | 9 (6%) | 146 |
0.28 (1.00) |
0.746 (1.00) |
1 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.899 (1.00) |
1 (1.00) |
0.255 (1.00) |
1 (1.00) |
|
PCDH9 | 16 (10%) | 139 |
0.222 (1.00) |
0.678 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.72 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.0456 (1.00) |
1 (1.00) |
OR2M4 | 8 (5%) | 147 |
0.587 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.884 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.915 (1.00) |
1 (1.00) |
OR6N1 | 8 (5%) | 147 |
0.914 (1.00) |
0.986 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.886 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
NRXN1 | 17 (11%) | 138 |
0.734 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.609 (1.00) |
1 (1.00) |
0.059 (1.00) |
0.0423 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.0599 (1.00) |
1 (1.00) |
AFF2 | 15 (10%) | 140 |
0.808 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.0639 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.517 (1.00) |
TXNDC3 | 10 (6%) | 145 |
0.33 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.659 (1.00) |
1 (1.00) |
0.901 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.697 (1.00) |
1 (1.00) |
TCF7L2 | 11 (7%) | 144 |
0.347 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.446 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.884 (1.00) |
1 (1.00) |
MGC26647 | 7 (5%) | 148 |
0.863 (1.00) |
0.883 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.552 (1.00) |
1 (1.00) |
SFPQ | 6 (4%) | 149 |
0.276 (1.00) |
0.459 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.00222 (1.00) |
0.0381 (1.00) |
1 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.939 (1.00) |
1 (1.00) |
ACVR2A | 8 (5%) | 147 |
0.242 (1.00) |
0.703 (1.00) |
0.0337 (1.00) |
1 (1.00) |
0.884 (1.00) |
0.369 (1.00) |
1 (1.00) |
0.55 (1.00) |
1 (1.00) |
ATM | 21 (14%) | 134 |
0.749 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.781 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.594 (1.00) |
TTN | 69 (45%) | 86 |
0.625 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.0237 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.463 (1.00) |
MGC42105 | 10 (6%) | 145 |
0.597 (1.00) |
0.975 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.59 (1.00) |
1 (1.00) |
SULT1C4 | 3 (2%) | 152 |
0.03 (1.00) |
0.931 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0651 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.569 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
LPPR4 | 11 (7%) | 144 |
0.592 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.0266 (1.00) |
1 (1.00) |
0.832 (1.00) |
1 (1.00) |
PDZRN4 | 12 (8%) | 143 |
0.801 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.00408 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.544 (1.00) |
1 (1.00) |
0.858 (1.00) |
1 (1.00) |
CDH11 | 13 (8%) | 142 |
0.545 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.564 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.635 (1.00) |
1 (1.00) |
DNAH5 | 28 (18%) | 127 |
0.812 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.537 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.809 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.352 (1.00) |
TPTE | 11 (7%) | 144 |
0.623 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.0736 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.419 (1.00) |
1 (1.00) |
0.832 (1.00) |
1 (1.00) |
DOCK2 | 16 (10%) | 139 |
0.922 (1.00) |
0.382 (1.00) |
1 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.0962 (1.00) |
1 (1.00) |
POSTN | 11 (7%) | 144 |
0.0656 (1.00) |
0.929 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0736 (1.00) |
1 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.248 (1.00) |
1 (1.00) |
ADAM29 | 9 (6%) | 146 |
0.222 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.098 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0452 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.0656 (1.00) |
0.0361 (1.00) |
1 (1.00) |
GABRA5 | 8 (5%) | 147 |
0.165 (1.00) |
0.518 (1.00) |
0.495 (1.00) |
1 (1.00) |
0.416 (1.00) |
0.886 (1.00) |
1 (1.00) |
0.915 (1.00) |
1 (1.00) |
KLHL4 | 12 (8%) | 143 |
0.2 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.0985 (1.00) |
0.0738 (1.00) |
1 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.0836 (1.00) |
0.438 (1.00) |
EPHA3 | 13 (8%) | 142 |
0.455 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.468 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.572 (1.00) |
1 (1.00) |
OR51V1 | 9 (6%) | 146 |
0.392 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.00536 (1.00) |
0.0471 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.0203 (1.00) |
0.348 (1.00) |
RHOA | 4 (3%) | 151 |
0.918 (1.00) |
1 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.552 (1.00) |
1 (1.00) |
|
TGFBR2 | 7 (5%) | 148 |
0.768 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.0791 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.753 (1.00) |
1 (1.00) |
DKK2 | 5 (3%) | 150 |
0.727 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.295 (1.00) |
1 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.209 (1.00) |
|
ZC3H13 | 17 (11%) | 138 |
0.841 (1.00) |
0.318 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0224 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.938 (1.00) |
0.221 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.564 (1.00) |
LRRN3 | 9 (6%) | 146 |
0.997 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.746 (1.00) |
1 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.0802 (1.00) |
0.494 (1.00) |
0.348 (1.00) |
FAM22F | 8 (5%) | 147 |
0.0582 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.00647 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0187 (1.00) |
0.687 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.0887 (1.00) |
1 (1.00) |
FLG | 26 (17%) | 129 |
0.242 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.0274 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.196 (1.00) |
0.602 (1.00) |
C8B | 9 (6%) | 146 |
0.285 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.098 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.504 (1.00) |
1 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.494 (1.00) |
0.0542 (1.00) |
ERBB4 | 14 (9%) | 141 |
0.0025 (1.00) |
0.989 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.433 (1.00) |
0.0143 (1.00) |
0.0514 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.108 (1.00) |
1 (1.00) |
CASP8 | 10 (6%) | 145 |
0.417 (1.00) |
0.0469 (1.00) |
1 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.156 (1.00) |
1 (1.00) |
IFT80 | 7 (5%) | 148 |
0.911 (1.00) |
0.852 (1.00) |
1 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.552 (1.00) |
1 (1.00) |
ISL1 | 8 (5%) | 147 |
0.548 (1.00) |
0.975 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.884 (1.00) |
0.1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.424 (1.00) |
1 (1.00) |
CNBD1 | 6 (4%) | 149 |
0.582 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.442 (1.00) |
1 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.13 (1.00) |
1 (1.00) |
NRXN3 | 15 (10%) | 140 |
0.842 (1.00) |
0.485 (1.00) |
1 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.883 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.517 (1.00) |
SYNE1 | 37 (24%) | 118 |
0.773 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.035 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.359 (1.00) |
OR7C1 | 6 (4%) | 149 |
0.218 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.274 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.833 (1.00) |
1 (1.00) |
|
NALCN | 14 (9%) | 141 |
0.302 (1.00) |
0.68 (1.00) |
1 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.774 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.00959 (1.00) |
1 (1.00) |
KCNA4 | 10 (6%) | 145 |
0.944 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.0525 (1.00) |
0.823 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.403 (1.00) |
1 (1.00) |
SFMBT2 | 12 (8%) | 143 |
0.379 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.942 (1.00) |
0.438 (1.00) |
DCAF4L2 | 9 (6%) | 146 |
0.951 (1.00) |
0.959 (1.00) |
1 (1.00) |
0.022 (1.00) |
0.0668 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.812 (1.00) |
1 (1.00) |
PSG8 | 8 (5%) | 147 |
0.287 (1.00) |
0.794 (1.00) |
1 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.339 (1.00) |
0.886 (1.00) |
1 (1.00) |
0.576 (1.00) |
1 (1.00) |
PTEN | 4 (3%) | 151 |
0.123 (1.00) |
1 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.415 (1.00) |
1 (1.00) |
|
LIFR | 13 (8%) | 142 |
0.114 (1.00) |
0.666 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.433 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.786 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
CDH18 | 10 (6%) | 145 |
0.179 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.0562 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.477 (1.00) |
1 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.379 (1.00) |
GRID1 | 10 (6%) | 145 |
0.457 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.00911 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.598 (1.00) |
1 (1.00) |
0.354 (1.00) |
1 (1.00) |
ARID1A | 16 (10%) | 139 |
0.179 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.0224 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.0809 (1.00) |
0.541 (1.00) |
FLRT2 | 11 (7%) | 144 |
0.64 (1.00) |
0.769 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.0626 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.409 (1.00) |
HCN1 | 8 (5%) | 147 |
0.449 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.786 (1.00) |
1 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.315 (1.00) |
TRPC6 | 8 (5%) | 147 |
0.283 (1.00) |
0.187 (1.00) |
1 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.153 (1.00) |
1 (1.00) |
TMEM132D | 15 (10%) | 140 |
0.91 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.0639 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.56 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.0685 (1.00) |
1 (1.00) |
TCERG1L | 4 (3%) | 151 |
0.51 (1.00) |
0.261 (1.00) |
1 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.819 (1.00) |
1 (1.00) |
0.612 (1.00) |
1 (1.00) |
INHBA | 7 (5%) | 148 |
0.884 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.00112 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.275 (1.00) |
1 (1.00) |
GUCY1A3 | 10 (6%) | 145 |
0.11 (1.00) |
0.0668 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0525 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.671 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.198 (1.00) |
1 (1.00) |
PCDHB2 | 13 (8%) | 142 |
0.307 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.402 (1.00) |
1 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.465 (1.00) |
IL18R1 | 8 (5%) | 147 |
0.497 (1.00) |
0.831 (1.00) |
1 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.0803 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.268 (1.00) |
1 (1.00) |
ANK2 | 24 (15%) | 131 |
0.144 (1.00) |
0.293 (1.00) |
0.0793 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.133 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.296 (1.00) |
OR8J1 | 4 (3%) | 151 |
0.355 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.367 (1.00) |
1 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.483 (1.00) |
1 (1.00) |
0.356 (1.00) |
1 (1.00) |
OR2M2 | 6 (4%) | 149 |
0.219 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.0282 (1.00) |
0.0381 (1.00) |
1 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.204 (1.00) |
1 (1.00) |
COL6A3 | 22 (14%) | 133 |
0.853 (1.00) |
0.0969 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.345 (1.00) |
1 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.0934 (1.00) |
0.26 (1.00) |
GALNT14 | 9 (6%) | 146 |
0.517 (1.00) |
0.996 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.0103 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.0203 (1.00) |
1 (1.00) |
CADM1 | 8 (5%) | 147 |
0.297 (1.00) |
0.919 (1.00) |
0.167 (1.00) |
1 (1.00) |
0.884 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.915 (1.00) |
1 (1.00) |
NAALAD2 | 11 (7%) | 144 |
0.884 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.0156 (1.00) |
0.00551 (1.00) |
0.139 (1.00) |
1 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.409 (1.00) |
OTOL1 | 7 (5%) | 148 |
0.353 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.719 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0625 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.507 (1.00) |
1 (1.00) |
CYTL1 | 4 (3%) | 151 |
0.248 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0483 (1.00) |
0.483 (1.00) |
1 (1.00) |
0.401 (1.00) |
1 (1.00) |
|
MIER3 | 10 (6%) | 145 |
0.463 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.534 (1.00) |
1 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.382 (1.00) |
1 (1.00) |
CDH10 | 12 (8%) | 143 |
0.8 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.499 (1.00) |
1 (1.00) |
0.71 (1.00) |
1 (1.00) |
PRDM9 | 11 (7%) | 144 |
0.413 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.625 (1.00) |
0.0339 (1.00) |
0.445 (1.00) |
1 (1.00) |
DKK4 | 4 (3%) | 151 |
0.0582 (1.00) |
0.859 (1.00) |
1 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.483 (1.00) |
1 (1.00) |
0.401 (1.00) |
1 (1.00) |
ESR1 | 11 (7%) | 144 |
0.439 (1.00) |
0.944 (1.00) |
1 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.0296 (1.00) |
0.514 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.555 (1.00) |
1 (1.00) |
UMOD | 7 (5%) | 148 |
0.493 (1.00) |
0.556 (1.00) |
1 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.412 (1.00) |
1 (1.00) |
GPHN | 11 (7%) | 144 |
0.747 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.0525 (1.00) |
0.05 (1.00) |
0.0874 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.409 (1.00) |
P2RY10 | 6 (4%) | 149 |
0.387 (1.00) |
0.471 (1.00) |
1 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.368 (1.00) |
1 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.246 (1.00) |
C5ORF36 | 4 (3%) | 151 |
0.177 (1.00) |
0.248 (1.00) |
1 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.641 (1.00) |
1 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.17 (1.00) |
FAM5C | 10 (6%) | 145 |
0.0122 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.127 (1.00) |
1 (1.00) |
CDH2 | 12 (8%) | 143 |
0.704 (1.00) |
0.616 (1.00) |
1 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.0994 (1.00) |
0.0339 (1.00) |
0.0171 (1.00) |
1 (1.00) |
RNASE11 | 5 (3%) | 150 |
0.294 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.681 (1.00) |
1 (1.00) |
0.051 (1.00) |
0.219 (1.00) |
1 (1.00) |
0.325 (1.00) |
1 (1.00) |
ACSS3 | 8 (5%) | 147 |
0.134 (1.00) |
0.954 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.169 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.315 (1.00) |
CPXCR1 | 6 (4%) | 149 |
0.327 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.117 (1.00) |
1 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.0178 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.232 (1.00) |
1 (1.00) |
EVC2 | 13 (8%) | 142 |
0.379 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.433 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.786 (1.00) |
1 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.465 (1.00) |
ING1 | 5 (3%) | 150 |
0.734 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.0385 (1.00) |
1 (1.00) |
0.135 (1.00) |
1 (1.00) |
LRP2 | 28 (18%) | 127 |
0.906 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.0412 (1.00) |
0.135 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.352 (1.00) |
OLFML1 | 7 (5%) | 148 |
0.544 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.276 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0956 (1.00) |
0.0961 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.0569 (1.00) |
1 (1.00) |
PCDHA10 | 8 (5%) | 147 |
0.0769 (1.00) |
0.539 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.0575 (1.00) |
0.206 (1.00) |
1 (1.00) |
0.756 (1.00) |
1 (1.00) |
RELN | 18 (12%) | 137 |
0.0955 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.0412 (1.00) |
0.0813 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0684 (1.00) |
0.586 (1.00) |
SAT1 | 4 (3%) | 151 |
0.265 (1.00) |
0.0585 (1.00) |
0.501 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.901 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SLC25A13 | 5 (3%) | 150 |
0.379 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.0394 (1.00) |
0.823 (1.00) |
1 (1.00) |
0.858 (1.00) |
1 (1.00) |
TLL1 | 11 (7%) | 144 |
0.279 (1.00) |
0.188 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0736 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.409 (1.00) |
TNR | 15 (10%) | 140 |
0.444 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.00835 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.0146 (1.00) |
1 (1.00) |
ATP7A | 5 (3%) | 150 |
0.264 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.018 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.209 (1.00) |
|
PCDHB5 | 12 (8%) | 143 |
0.0482 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.0788 (1.00) |
1 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.499 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0415 (1.00) |
1 (1.00) |
PTPRM | 14 (9%) | 141 |
0.00763 (1.00) |
0.203 (1.00) |
1 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.0738 (1.00) |
1 (1.00) |
TAF1L | 13 (8%) | 142 |
0.754 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.0345 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.465 (1.00) |
TIGIT | 4 (3%) | 151 |
0.497 (1.00) |
0.826 (1.00) |
1 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.0832 (1.00) |
1 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.681 (1.00) |
1 (1.00) |
PCDH17 | 14 (9%) | 141 |
0.181 (1.00) |
0.323 (1.00) |
1 (1.00) |
0.699 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.104 (1.00) |
1 (1.00) |
OR2L13 | 7 (5%) | 148 |
0.459 (1.00) |
0.719 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.718 (1.00) |
1 (1.00) |
|
DCHS2 | 18 (12%) | 137 |
0.105 (1.00) |
0.488 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.0101 (1.00) |
0.0496 (1.00) |
0.834 (1.00) |
0.0171 (1.00) |
0.203 (1.00) |
1 (1.00) |
SLC16A7 | 8 (5%) | 147 |
0.312 (1.00) |
0.525 (1.00) |
1 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.416 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.729 (1.00) |
1 (1.00) |
CHRM2 | 8 (5%) | 147 |
0.323 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.00611 (1.00) |
1 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.0187 (1.00) |
1 (1.00) |
EPHA5 | 9 (6%) | 146 |
0.503 (1.00) |
0.4 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.801 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.287 (1.00) |
1 (1.00) |
COL1A2 | 15 (10%) | 140 |
0.337 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.0157 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.0551 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.0548 (1.00) |
1 (1.00) |
HTR1E | 5 (3%) | 150 |
0.502 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.681 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.823 (1.00) |
1 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.209 (1.00) |
CRTC1 | 5 (3%) | 150 |
0.0468 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.693 (1.00) |
1 (1.00) |
0.858 (1.00) |
1 (1.00) |
|
DCC | 12 (8%) | 143 |
0.367 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.438 (1.00) |
OR10S1 | 6 (4%) | 149 |
0.582 (1.00) |
0.846 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.624 (1.00) |
1 (1.00) |
0.292 (1.00) |
1 (1.00) |
RUNDC3B | 4 (3%) | 151 |
0.287 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.819 (1.00) |
1 (1.00) |
0.869 (1.00) |
1 (1.00) |
GML | 5 (3%) | 150 |
0.0407 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.582 (1.00) |
1 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.552 (1.00) |
1 (1.00) |
ERBB3 | 11 (7%) | 144 |
0.484 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.514 (1.00) |
1 (1.00) |
0.692 (1.00) |
1 (1.00) |
MYO16 | 15 (10%) | 140 |
0.87 (1.00) |
0.227 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0478 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.257 (1.00) |
1 (1.00) |
SCN11A | 15 (10%) | 140 |
0.865 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.0164 (1.00) |
1 (1.00) |
SLAMF8 | 3 (2%) | 152 |
0.5 (1.00) |
1 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.771 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
TFAP2D | 5 (3%) | 150 |
0.0281 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.784 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ZNF429 | 7 (5%) | 148 |
0.623 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.117 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0625 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.671 (1.00) |
1 (1.00) |
CDH8 | 10 (6%) | 145 |
0.124 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.534 (1.00) |
1 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.744 (1.00) |
1 (1.00) |
0.962 (1.00) |
1 (1.00) |
VILL | 4 (3%) | 151 |
0.381 (1.00) |
1 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.819 (1.00) |
1 (1.00) |
0.612 (1.00) |
1 (1.00) |
|
KCNK13 | 4 (3%) | 151 |
0.324 (1.00) |
0.0802 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.641 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
PCDH10 | 14 (9%) | 141 |
0.218 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.492 (1.00) |
MARCO | 9 (6%) | 146 |
0.415 (1.00) |
0.97 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.224 (1.00) |
1 (1.00) |
0.112 (1.00) |
1 (1.00) |
TRPC4 | 12 (8%) | 143 |
0.473 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.0238 (1.00) |
0.022 (1.00) |
0.0886 (1.00) |
1 (1.00) |
0.532 (1.00) |
1 (1.00) |
SPATA17 | 7 (5%) | 148 |
0.415 (1.00) |
0.873 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.0123 (1.00) |
0.0305 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.281 (1.00) |
LRRIQ3 | 7 (5%) | 148 |
0.582 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.0633 (1.00) |
1 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.645 (1.00) |
1 (1.00) |
0.903 (1.00) |
1 (1.00) |
GPC6 | 7 (5%) | 148 |
0.43 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.0791 (1.00) |
0.0432 (1.00) |
0.751 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
RARB | 7 (5%) | 148 |
0.517 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.0123 (1.00) |
0.00722 (1.00) |
1 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.862 (1.00) |
1 (1.00) |
SPATA16 | 7 (5%) | 148 |
0.593 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.0505 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.0331 (1.00) |
SOHLH2 | 8 (5%) | 147 |
0.0135 (1.00) |
0.442 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0575 (1.00) |
0.468 (1.00) |
1 (1.00) |
0.903 (1.00) |
1 (1.00) |
ABCA12 | 18 (12%) | 137 |
0.483 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.228 (1.00) |
0.164 (1.00) |
1 (1.00) |
OR4A15 | 6 (4%) | 149 |
0.545 (1.00) |
0.786 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.0194 (1.00) |
0.448 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.671 (1.00) |
1 (1.00) |
FAM116A | 5 (3%) | 150 |
0.733 (1.00) |
0.57 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.823 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.448 (1.00) |
1 (1.00) |
DLC1 | 16 (10%) | 139 |
0.544 (1.00) |
0.999 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.892 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.222 (1.00) |
1 (1.00) |
FGA | 10 (6%) | 145 |
0.0975 (1.00) |
0.741 (1.00) |
1 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.697 (1.00) |
1 (1.00) |
JAKMIP2 | 10 (6%) | 145 |
0.268 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.248 (1.00) |
1 (1.00) |
RIMS2 | 12 (8%) | 143 |
0.228 (1.00) |
0.996 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.0985 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.919 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.576 (1.00) |
1 (1.00) |
TDRD3 | 5 (3%) | 150 |
0.552 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.295 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
USP17L2 | 7 (5%) | 148 |
0.302 (1.00) |
0.805 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.0961 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.125 (1.00) |
1 (1.00) |
SYT16 | 6 (4%) | 149 |
0.507 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.24 (1.00) |
1 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.634 (1.00) |
1 (1.00) |
CADPS | 11 (7%) | 144 |
0.69 (1.00) |
0.769 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.00955 (1.00) |
0.148 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.0525 (1.00) |
1 (1.00) |
NELL1 | 10 (6%) | 145 |
0.36 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.00955 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.382 (1.00) |
1 (1.00) |
PGM5 | 4 (3%) | 151 |
0.803 (1.00) |
0.367 (1.00) |
1 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.819 (1.00) |
1 (1.00) |
0.612 (1.00) |
1 (1.00) |
|
CCDC160 | 5 (3%) | 150 |
0.777 (1.00) |
0.21 (1.00) |
1 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.602 (1.00) |
1 (1.00) |
|
KIAA1486 | 9 (6%) | 146 |
0.137 (1.00) |
0.8 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.563 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.348 (1.00) |
LRRIQ1 | 12 (8%) | 143 |
0.0452 (1.00) |
0.692 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0238 (1.00) |
0.0592 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.576 (1.00) |
1 (1.00) |
PROKR1 | 8 (5%) | 147 |
0.328 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.719 (1.00) |
1 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.786 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.753 (1.00) |
1 (1.00) |
IGSF5 | 6 (4%) | 149 |
0.134 (1.00) |
0.327 (1.00) |
1 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.246 (1.00) |
ROBO1 | 14 (9%) | 141 |
0.67 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.00676 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.0418 (1.00) |
0.492 (1.00) |
COL4A5 | 13 (8%) | 142 |
0.79 (1.00) |
0.841 (1.00) |
0.0466 (1.00) |
0.433 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.922 (1.00) |
1 (1.00) |
0.211 (1.00) |
1 (1.00) |
ADAMTS5 | 11 (7%) | 144 |
0.213 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.148 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.0396 (1.00) |
1 (1.00) |
TIAM2 | 12 (8%) | 143 |
0.841 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.0985 (1.00) |
0.0296 (1.00) |
0.919 (1.00) |
1 (1.00) |
0.692 (1.00) |
0.438 (1.00) |
CTNNB1 | 7 (5%) | 148 |
0.487 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.719 (1.00) |
1 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.267 (1.00) |
1 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.281 (1.00) |
ADAMTSL1 | 10 (6%) | 145 |
0.417 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.0525 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.901 (1.00) |
1 (1.00) |
0.837 (1.00) |
1 (1.00) |
P value = 1.07e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.017
nPatients | COLON ADENOCARCINOMA | COLON MUCINOUS ADENOCARCINOMA |
---|---|---|
ALL | 128 | 24 |
BRAF MUTATED | 9 | 11 |
BRAF WILD-TYPE | 119 | 13 |
P value = 3.04e-05 (t-test), Q value = 0.049
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 155 | 70.3 (12.0) |
GRIK3 MUTATED | 14 | 78.9 (5.8) |
GRIK3 WILD-TYPE | 141 | 69.5 (12.1) |
P value = 0.000122 (t-test), Q value = 0.2
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 155 | 70.3 (12.0) |
OR6T1 MUTATED | 6 | 63.7 (2.5) |
OR6T1 WILD-TYPE | 149 | 70.6 (12.2) |
-
Mutation data file = COAD.mutsig.cluster.txt
-
Clinical data file = COAD.clin.merged.picked.txt
-
Number of patients = 155
-
Number of significantly mutated genes = 182
-
Number of selected clinical features = 9
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.