Lung Squamous Cell Carcinoma: Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 188 genes and 14 clinical features across 178 patients, 3 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • ASCL4 mutation correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.

  • OR5K1 mutation correlated to 'YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET'.

  • CDH20 mutation correlated to 'STOPPEDSMOKINGYEAR'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 188 genes and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 3 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		PATHOLOGICSPREAD(M) TUMOR
STAGE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED STOPPEDSMOKINGYEAR TOBACCOSMOKINGHISTORYINDICATOR YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test t-test t-test Fisher's exact test t-test
ASCL4 6 (3%) 172 0.97
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00) 		0.478
(1.00) 		1
(1.00) 		7.9e-07
(0.00195) 		0.66
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.193
(1.00)
OR5K1 7 (4%) 171 0.747
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.642
(1.00) 		1
(1.00) 		0.857
(1.00) 		1
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.824
(1.00) 		2.58e-06
(0.00636)
CDH20 11 (6%) 167 0.0716
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.292
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0994
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.763
(1.00) 		1
(1.00) 		0.6
(1.00) 		6.54e-05
(0.161) 		0.157
(1.00) 		0.271
(1.00)
TP53 140 (79%) 38 0.121
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.0292
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.944
(1.00)
CDKN2A 26 (15%) 152 0.245
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.675
(1.00)
NFE2L2 27 (15%) 151 0.59
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.922
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0991
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.88
(1.00)
TPTE 24 (13%) 154 0.994
(1.00) 		0.627
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00616
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.0845
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.58
(1.00)
PIK3CA 27 (15%) 151 0.111
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.482
(1.00) 		1
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.0916
(1.00) 		1
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.967
(1.00)
KEAP1 21 (12%) 157 0.258
(1.00) 		0.866
(1.00) 		1
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.901
(1.00) 		1
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.646
(1.00)
SI 36 (20%) 142 0.94
(1.00) 		0.061
(1.00) 		0.0201
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.511
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0958
(1.00) 		0.00495
(1.00) 		0.0991
(1.00) 		0.447
(1.00)
PTEN 14 (8%) 164 0.02
(1.00) 		0.787
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.0371
(1.00) 		0.106
(1.00) 		1
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.797
(1.00)
OR5L2 13 (7%) 165 0.331
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.115
(1.00) 		1
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.252
(1.00) 		1
(1.00) 		0.708
(1.00)
FAM5C 27 (15%) 151 0.667
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.0833
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.0794
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0506
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.382
(1.00)
TRIM58 15 (8%) 163 0.332
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.943
(1.00) 		1
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.787
(1.00) 		1
(1.00) 		0.414
(1.00)
REG1B 11 (6%) 167 0.927
(1.00) 		0.155
(1.00) 		1
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.0976
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0796
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0727
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.627
(1.00)
ELTD1 18 (10%) 160 0.764
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.0796
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.0648
(1.00) 		1
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.683
(1.00)
OR4M2 14 (8%) 164 0.688
(1.00) 		0.0466
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.0567
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.665
(1.00)
DPPA4 12 (7%) 166 0.975
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.707
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0973
(1.00) 		1
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.829
(1.00)
LRRC4C 17 (10%) 161 0.0578
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.0664
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0376
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.408
(1.00)
ZBBX 17 (10%) 161 0.537
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.0777
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.0253
(1.00) 		0.0599
(1.00) 		1
(1.00) 		0.242
(1.00) 		1
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.442
(1.00)
CRB1 23 (13%) 155 0.653
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.0729
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.953
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.11
(1.00)
CYP11B1 15 (8%) 163 0.0474
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		0.415
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0333
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.497
(1.00)
USP29 17 (10%) 161 0.278
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.348
(1.00) 		1
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.509
(1.00)
OR6F1 13 (7%) 165 0.0519
(1.00) 		0.0989
(1.00) 		0.747
(1.00) 		1
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.521
(1.00) 		1
(1.00) 		0.316
(1.00) 		1
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.253
(1.00)
MAGEB2 9 (5%) 169 0.82
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.821
(1.00)
OR2G6 15 (8%) 163 0.148
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.0818
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.943
(1.00) 		1
(1.00) 		0.421
(1.00) 		1
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.884
(1.00)
CFHR4 10 (6%) 168 0.854
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.459
(1.00) 		1
(1.00) 		0.104
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.0296
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.169
(1.00)
ESRRG 12 (7%) 166 0.327
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.0378
(1.00) 		1
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.923
(1.00) 		1
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.562
(1.00)
OR51B2 10 (6%) 168 0.715
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.696
(1.00) 		1
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.369
(1.00)
REG3G 8 (4%) 170 0.145
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.00298
(1.00) 		0.0616
(1.00) 		0.201
(1.00)
OR2T33 13 (7%) 165 0.615
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.09
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.15
(1.00)
PNLIPRP3 11 (6%) 167 0.562
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		1
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.248
(1.00) 		1
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.238
(1.00)
SPHKAP 25 (14%) 153 0.404
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.037
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.914
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0847
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.739
(1.00)
SLC13A1 12 (7%) 166 0.685
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.735
(1.00) 		1
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.0146
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.682
(1.00)
CPS1 24 (13%) 154 0.615
(1.00) 		0.64
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0543
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.587
(1.00)
ASB5 9 (5%) 169 0.201
(1.00) 		0.159
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0308
(1.00) 		1
(1.00) 		0.527
(1.00) 		1
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
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(1.00)
TGIF2LX 8 (4%) 170 0.925
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		1
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.169
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(1.00)
C20ORF26 19 (11%) 159 0.158
(1.00) 		0.976
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(1.00) 		0.00639
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(1.00) 		1
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(1.00)
TRAT1 7 (4%) 171 0.251
(1.00) 		0.861
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.382
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.0669
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(1.00) 		0.814
(1.00)
CLVS2 9 (5%) 169 0.84
(1.00) 		0.0779
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00)
MTNR1B 10 (6%) 168 0.632
(1.00) 		0.0865
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.208
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(1.00)
OR10G8 10 (6%) 168 0.0741
(1.00) 		0.931
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(1.00) 		1
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(1.00)
MS4A14 13 (7%) 165 0.835
(1.00) 		0.972
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(1.00)
REG3A 10 (6%) 168 0.358
(1.00) 		0.933
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(1.00)
SPANXN1 5 (3%) 173 0.0158
(1.00) 		0.847
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00)
KCNJ3 11 (6%) 167 0.371
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
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(1.00)
OR4M1 13 (7%) 165 0.488
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.132
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.399
(1.00) 		1
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.0353
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.986
(1.00)
TECRL 9 (5%) 169 0.664
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.0559
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.583
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(1.00) 		0.433
(1.00)
OR6K3 8 (4%) 170 0.622
(1.00) 		0.253
(1.00) 		1
(1.00) 		0.244
(1.00) 		1
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		1
(1.00) 		0.727
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(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.607
(1.00)
OR2A5 8 (4%) 170 0.851
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.244
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.0234
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
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(1.00) 		1
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(1.00)
REG1A 11 (6%) 167 0.995
(1.00) 		0.394
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.784
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(1.00)
PDYN 8 (4%) 170 0.908
(1.00) 		0.208
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00) 		0.091
(1.00) 		0.169
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(1.00)
POTEG 10 (6%) 168 0.394
(1.00) 		0.401
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(1.00) 		0.00645
(1.00) 		0.297
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(1.00) 		0.497
(1.00) 		1
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00414
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(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.607
(1.00)
RB1 12 (7%) 166 0.73
(1.00) 		0.479
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(1.00) 		0.0539
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.735
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(1.00)
CLSTN2 16 (9%) 162 0.219
(1.00) 		0.876
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00645
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(1.00) 		0.815
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(1.00) 		1
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(1.00)
PARK2 10 (6%) 168 0.826
(1.00) 		0.324
(1.00) 		1
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.94
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.208
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(1.00)
PYHIN1 11 (6%) 167 0.397
(1.00) 		0.588
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.000389
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(1.00) 		0.41
(1.00)
FAM5B 14 (8%) 164 0.38
(1.00) 		0.468
(1.00) 		1
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.732
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.165
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(1.00)
SLC17A8 12 (7%) 166 0.458
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.519
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00794
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.786
(1.00)
ZFP42 8 (4%) 170 0.19
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.526
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.0785
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.104
(1.00)
TRHDE 14 (8%) 164 0.465
(1.00) 		0.056
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.0337
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.145
(1.00) 		1
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.353
(1.00)
OR2T8 8 (4%) 170 0.358
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.648
(1.00) 		1
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.478
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.0798
(1.00) 		0.855
(1.00)
UGT3A2 10 (6%) 168 0.756
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.333
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.9
(1.00)
GBA3 9 (5%) 169 0.827
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.0308
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.444
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		1
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.23
(1.00)
OR5M9 8 (4%) 170 0.114
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.683
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.144
(1.00)
OR2AK2 8 (4%) 170 0.555
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.301
(1.00) 		1
(1.00) 		0.376
(1.00) 		1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.0272
(1.00) 		0.868
(1.00)
ZIC1 16 (9%) 162 0.916
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.831
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0917
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.0203
(1.00) 		0.583
(1.00) 		1
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.666
(1.00)
PSG6 9 (5%) 169 0.959
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.115
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.276
(1.00) 		1
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.0145
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.14
(1.00)
GABRA2 12 (7%) 166 0.205
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.252
(1.00) 		1
(1.00) 		0.173
(1.00) 		1
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.0583
(1.00)
RTN1 12 (7%) 166 0.211
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.449
(1.00) 		1
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.641
(1.00)
ZNF80 7 (4%) 171 0.728
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.0459
(1.00) 		1
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.453
(1.00)
GPC5 11 (6%) 167 0.025
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0036
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.509
(1.00)
CD5L 8 (4%) 170 0.686
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00) 		0.886
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.227
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(1.00)
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(1.00) 		0.715
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.943
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(1.00) 		0.217
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.3
(1.00)
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(1.00) 		0.347
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.0114
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(1.00)
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(1.00) 		0.905
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.731
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(1.00)
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(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.683
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.478
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000233
(0.572) 		0.594
(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.648
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(1.00) 		0.772
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.715
(1.00)
HDAC9 14 (8%) 164 0.157
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00) 		0.072
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(1.00) 		0.000251
(0.617) 		0.0466
(1.00) 		0.869
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(1.00)
OR2T2 7 (4%) 171 0.188
(1.00) 		0.471
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.0162
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.645
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(1.00)
TEX13A 8 (4%) 170 0.872
(1.00) 		0.0789
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.0336
(1.00) 		0.352
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.0705
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(1.00)
OR14A16 8 (4%) 170 0.363
(1.00) 		0.674
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0243
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.0938
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.136
(1.00)
OR10R2 7 (4%) 171 0.343
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.0801
(1.00) 		1
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.642
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.0272
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.425
(1.00)
OR5AS1 7 (4%) 171 0.00862
(1.00) 		0.899
(1.00) 		1
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00) 		1
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.762
(1.00)
RSRC1 7 (4%) 171 0.875
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		0.578
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.443
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(1.00) 		0.681
(1.00)
C3ORF59 9 (5%) 169 0.286
(1.00) 		0.0551
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.811
(1.00) 		1
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.000109
(0.268)
KCND2 12 (7%) 166 0.652
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.927
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.747
(1.00)
BMP5 8 (4%) 170 0.935
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.112
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0372
(1.00) 		0.028
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00936
(1.00) 		1
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.0885
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(1.00)
KRTAP10-7 7 (4%) 171 0.0467
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		1
(1.00) 		0.665
(1.00) 		1
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.892
(1.00)
OR6K2 7 (4%) 171 0.792
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.315
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.606
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(1.00)
CXORF66 7 (4%) 171 0.974
(1.00) 		0.65
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.791
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		1
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.317
(1.00)
GAP43 6 (3%) 172 0.613
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.343
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.912
(1.00)
KCNN2 10 (6%) 168 0.89
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.956
(1.00)
LEPROT 4 (2%) 174 0.0229
(1.00) 		0.332
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.441
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0876
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(1.00)
EPB41L3 18 (10%) 160 0.464
(1.00) 		0.673
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
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(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.319
(1.00)
PACRGL 5 (3%) 173 0.813
(1.00) 		0.0249
(1.00) 		0.116
(1.00) 		1
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.133
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.00254
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.0224
(1.00)
MGC26647 6 (3%) 172 0.827
(1.00) 		0.0293
(1.00) 		1
(1.00) 		0.188
(1.00) 		1
(1.00) 		0.502
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.0834
(1.00) 		0.00591
(1.00)
TYR 9 (5%) 169 0.00426
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.902
(1.00) 		1
(1.00) 		0.169
(1.00) 		1
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.924
(1.00)
CPXCR1 6 (3%) 172 0.68
(1.00) 		0.0334
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0215
(1.00) 		0.0276
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00437
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.31
(1.00)
HAO1 7 (4%) 171 0.171
(1.00) 		0.187
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.48
(1.00) 		1
(1.00) 		0.508
(1.00) 		1
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.532
(1.00)
MAGEA6 8 (4%) 170 0.303
(1.00) 		0.0416
(1.00) 		0.0311
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.604
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.00753
(1.00) 		0.202
(1.00)
ASB17 6 (3%) 172 0.594
(1.00) 		0.434
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0772
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.862
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(1.00) 		0.0652
(1.00)
KIRREL2 11 (6%) 167 0.325
(1.00) 		0.0919
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.315
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(1.00) 		0.729
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(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.421
(1.00)
CLEC3A 5 (3%) 173 0.88
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.327
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.284
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(1.00)
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(1.00) 		0.0968
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.393
(1.00)
OR11L1 11 (6%) 167 0.328
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.783
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00) 		1
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.823
(1.00)
FAM159A 5 (3%) 173 0.303
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.327
(1.00) 		1
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.0932
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(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.494
(1.00)
FTHL17 5 (3%) 173 0.602
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.795
(1.00) 		1
(1.00) 		0.32
(1.00) 		1
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.5
(1.00)
MAGEA4 7 (4%) 171 0.0571
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.383
(1.00) 		1
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00) 		0.572
(1.00) 		1
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.824
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(1.00)
TRIM48 5 (3%) 173 0.598
(1.00) 		0.946
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.589
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.138
(1.00)
ZNF254 9 (5%) 169 0.814
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.938
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.729
(1.00) 		1
(1.00) 		0.525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0901
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.482
(1.00)
DARC 7 (4%) 171 0.0845
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.71
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0438
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.0213
(1.00)
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(1.00) 		0.119
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.028
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.109
(1.00) 		1
(1.00) 		0.139
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(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.116
(1.00)
SLC44A5 10 (6%) 168 0.826
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.123
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.149
(1.00) 		1
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.265
(1.00)
OR5T1 10 (6%) 168 0.019
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.829
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.813
(1.00) 		1
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.988
(1.00)
CLRN2 6 (3%) 172 0.787
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.343
(1.00) 		1
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.0364
(1.00) 		1
(1.00) 		0.187
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0873
(1.00) 		0.179
(1.00)
ABCD2 11 (6%) 167 0.427
(1.00) 		0.906
(1.00) 		1
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.452
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.458
(1.00)
ZNF835 9 (5%) 169 0.0177
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.0554
(1.00) 		0.381
(1.00) 		1
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.0966
(1.00)
GP2 11 (6%) 167 0.187
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.0184
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.0519
(1.00)
LDB2 7 (4%) 171 0.725
(1.00) 		0.11
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.875
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		1
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.000803
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.116
(1.00)
PRB2 7 (4%) 171 0.331
(1.00) 		0.706
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.00804
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.104
(1.00)
SORCS1 19 (11%) 159 0.899
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.0384
(1.00) 		1
(1.00) 		0.181
(1.00) 		1
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.289
(1.00)
OR10Q1 7 (4%) 171 0.023
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.0516
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.0077
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.0514
(1.00) 		0.179
(1.00)
CBLN4 5 (3%) 173 0.866
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.499
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.91
(1.00)
H1FNT 4 (2%) 174 0.33
(1.00) 		0.0968
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(1.00)
OR2J3 6 (3%) 172 0.766
(1.00) 		0.148
(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00)
TRPV5 11 (6%) 167 0.185
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(1.00)
DACH2 9 (5%) 169 0.0741
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(1.00) 		1
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(1.00)
MYH8 21 (12%) 157 0.946
(1.00) 		0.576
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(1.00)
NAA38 3 (2%) 175 0.985
(1.00) 		0.243
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.278
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0663
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(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.992
(1.00)
PCDH11X 27 (15%) 151 0.964
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.405
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(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.611
(1.00) 		1
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.962
(1.00)
FTMT 6 (3%) 172 0.333
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.00432
(1.00) 		0.827
(1.00) 		1
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.954
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(1.00) 		0.000179
(0.44)
OR4N4 8 (4%) 170 0.191
(1.00) 		0.956
(1.00) 		1
(1.00) 		0.061
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.0336
(1.00) 		1
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.0941
(1.00)
NKX2-2 6 (3%) 172 0.269
(1.00) 		0.117
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0927
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.991
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(1.00) 		0.0462
(1.00)
HIST1H2BF 4 (2%) 174 0.638
(1.00) 		0.00816
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.441
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.35
(1.00) 		1
(1.00)
CLLU1OS 4 (2%) 174 0.467
(1.00) 		0.44
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.0929
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0868
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(1.00) 		0.639
(1.00)
CD1B 6 (3%) 172 0.327
(1.00) 		0.404
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.0801
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(1.00) 		1
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(1.00)
CNKSR2 12 (7%) 166 0.187
(1.00) 		0.255
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(1.00) 		0.0743
(1.00)
APLNR 7 (4%) 171 0.121
(1.00) 		0.812
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(1.00) 		1
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(1.00)
SCHIP1 6 (3%) 172 0.514
(1.00) 		0.868
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.839
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(1.00) 		0.146
(1.00) 		1
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(1.00)
TUBA3C 7 (4%) 171 0.049
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.125
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.0122
(1.00) 		0.5
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(1.00)
TMEM195 7 (4%) 171 0.664
(1.00) 		0.341
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.182
(1.00) 		1
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.384
(1.00) 		1
(1.00) 		0.851
(1.00)
MAGEC2 7 (4%) 171 0.093
(1.00) 		0.0595
(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.695
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(1.00)
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(1.00) 		0.0242
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(1.00)
SPATA8 4 (2%) 174 0.854
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(1.00)
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.104
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(1.00)
OR2M3 8 (4%) 170 0.82
(1.00) 		0.688
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(1.00)
SFRS1 5 (3%) 173 0.922
(1.00) 		0.13
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.387
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.407
(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.572
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.307
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(1.00)
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(1.00) 		0.584
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(1.00) 		1
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(1.00)
FRG2B 5 (3%) 173 0.799
(1.00) 		0.206
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(1.00)
FAM71B 8 (4%) 170 0.895
(1.00) 		0.822
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(1.00) 		1
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(1.00)
MMP8 8 (4%) 170 0.113
(1.00) 		0.584
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(1.00) 		1
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(1.00)
ZFP36L2 5 (3%) 173 0.342
(1.00) 		0.129
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.795
(1.00) 		1
(1.00) 		0.611
(1.00) 		1
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.128
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(1.00)
CLEC4C 5 (3%) 173 0.852
(1.00) 		0.693
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(1.00) 		0.159
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(1.00) 		0.109
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(1.00)
FYB 10 (6%) 168 0.209
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(1.00)
'ASCL4 MUTATION STATUS' versus 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

P value = 7.9e-07 (t-test), Q value = 0.0019

Table S1.  Gene #47: 'ASCL4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 146 52.5 (31.3)
ASCL4 MUTATED 4 23.8 (4.8)
ASCL4 WILD-TYPE 142 53.3 (31.4)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #47: 'ASCL4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

'OR5K1 MUTATION STATUS' versus 'YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET'

P value = 2.58e-06 (t-test), Q value = 0.0064

Table S2.  Gene #111: 'OR5K1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #14: 'YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 105 1958.0 (10.8)
OR5K1 MUTATED 3 1965.7 (1.2)
OR5K1 WILD-TYPE 102 1957.8 (10.8)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #111: 'OR5K1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #14: 'YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET'

'CDH20 MUTATION STATUS' versus 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

P value = 6.54e-05 (t-test), Q value = 0.16

Table S3.  Gene #116: 'CDH20 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #12: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 127 1997.3 (11.9)
CDH20 MUTATED 7 2004.9 (3.1)
CDH20 WILD-TYPE 120 1996.9 (12.0)

Figure S3.  Get High-res Image Gene #116: 'CDH20 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #12: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = LUSC-TP.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = LUSC-TP.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 178

  • Number of significantly mutated genes = 188

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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