Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: Correlation between gene mutation status and selected clinical features
(primary solid tumor cohort)
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 156 genes and 11 clinical features across 306 patients, 5 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • TP53 mutation correlated to 'Time to Death'.

  • POTEC mutation correlated to 'STOPPEDSMOKINGYEAR'.

  • OR2M2 mutation correlated to 'STOPPEDSMOKINGYEAR'.

  • PLSCR4 mutation correlated to 'STOPPEDSMOKINGYEAR'.

  • GRID2 mutation correlated to 'STOPPEDSMOKINGYEAR'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 156 genes and 11 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 5 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		TUMOR
STAGE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED STOPPEDSMOKINGYEAR TOBACCOSMOKINGHISTORYINDICATOR YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test t-test t-test Fisher's exact test t-test
TP53 207 (68%) 99 7.55e-05
(0.124) 		0.983
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.00232
(1.00) 		0.00935
(1.00) 		0.000812
(1.00) 		0.0496
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.47
(1.00)
POTEC 15 (5%) 291 0.229
(1.00) 		0.0491
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.232
(1.00) 		3.46e-05
(0.057) 		0.00819
(1.00) 		0.872
(1.00)
OR2M2 8 (3%) 298 0.633
(1.00) 		0.384
(1.00) 		1
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.554
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0479
(1.00) 		1.19e-07
(0.000197) 		0.389
(1.00) 		0.801
(1.00)
PLSCR4 7 (2%) 299 0.675
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.712
(1.00) 		1
(1.00) 		0.85
(1.00) 		8.57e-05
(0.141) 		0.64
(1.00) 		0.488
(1.00)
GRID2 13 (4%) 293 0.217
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.371
(1.00) 		3.76e-05
(0.0619) 		0.0944
(1.00) 		0.32
(1.00)
NOTCH1 57 (19%) 249 0.595
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.00872
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.813
(1.00)
CASP8 25 (8%) 281 0.913
(1.00) 		0.000572
(0.937) 		0.00181
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.024
(1.00) 		0.203
(1.00)
CDKN2A 61 (20%) 245 0.563
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.0478
(1.00) 		0.0881
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.595
(1.00)
FAT1 72 (24%) 234 0.794
(1.00) 		0.00051
(0.837) 		0.131
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.0245
(1.00) 		0.133
(1.00)
PIK3CA 63 (21%) 243 0.197
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.438
(1.00) 		1
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.845
(1.00)
JUB 17 (6%) 289 0.13
(1.00) 		0.157
(1.00) 		1
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.0655
(1.00)
MLL2 55 (18%) 251 0.922
(1.00) 		0.978
(1.00) 		1
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.485
(1.00) 		1
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.0481
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.393
(1.00)
NFE2L2 17 (6%) 289 0.038
(1.00) 		0.00698
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.309
(1.00)
BAGE2 11 (4%) 295 0.0589
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.728
(1.00)
NSD1 33 (11%) 273 0.194
(1.00) 		0.0819
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.000562
(0.92) 		0.0362
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.947
(1.00)
HRAS 10 (3%) 296 0.0791
(1.00) 		0.227
(1.00) 		1
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		0.0885
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.217
(1.00)
B2M 7 (2%) 299 0.233
(1.00) 		0.483
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.011
(1.00)
POM121L12 14 (5%) 292 0.649
(1.00) 		0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.773
(1.00)
RAC1 9 (3%) 297 0.676
(1.00) 		0.00682
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.297
(1.00) 		1
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.00481
(1.00)
ZNF804B 21 (7%) 285 0.356
(1.00) 		0.054
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.0266
(1.00) 		0.0221
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.873
(1.00)
OR2T12 11 (4%) 295 0.876
(1.00) 		0.0516
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0325
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.00529
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.0379
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.201
(1.00)
CDH10 23 (8%) 283 0.171
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.0701
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.098
(1.00) 		0.0722
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.153
(1.00)
EP300 25 (8%) 281 0.642
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.73
(1.00)
KCNT2 17 (6%) 289 0.409
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.0804
(1.00) 		0.107
(1.00)
LCP1 12 (4%) 294 0.654
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.0309
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0394
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.7
(1.00)
RASA1 14 (5%) 292 0.466
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.437
(1.00)
PRAMEF11 10 (3%) 296 0.289
(1.00) 		0.0402
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.686
(1.00) 		1
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.0976
(1.00)
PRSS1 8 (3%) 298 0.287
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.000603
(0.987) 		0.869
(1.00) 		0.125
(1.00) 		1
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.0487
(1.00) 		0.67
(1.00)
FBXW7 13 (4%) 293 0.817
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.31
(1.00) 		1
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.373
(1.00)
PEG3 23 (8%) 283 0.563
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.0248
(1.00) 		0.076
(1.00) 		0.801
(1.00)
REG1A 8 (3%) 298 0.458
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.06
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.581
(1.00)
STEAP4 10 (3%) 296 0.634
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00) 		0.392
(1.00) 		1
(1.00) 		0.038
(1.00) 		0.084
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.363
(1.00)
ZNF99 22 (7%) 284 0.284
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.000708
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.623
(1.00)
FCRL4 13 (4%) 293 0.368
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.481
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.0883
(1.00)
LRFN5 13 (4%) 293 0.893
(1.00) 		0.862
(1.00) 		1
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.0377
(1.00) 		0.878
(1.00) 		1
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.0655
(1.00) 		0.457
(1.00)
EPHA2 14 (5%) 292 0.0195
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.805
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00747
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.0793
(1.00)
POTEG 10 (3%) 296 0.432
(1.00) 		0.0789
(1.00) 		1
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.0959
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.0187
(1.00)
CPXCR1 7 (2%) 299 0.535
(1.00) 		0.481
(1.00) 		1
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.0728
(1.00) 		0.276
(1.00)
FAM155A 11 (4%) 295 0.667
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.454
(1.00)
HLA-B 9 (3%) 297 0.636
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.0257
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.0922
(1.00) 		0.0829
(1.00)
OR4M2 8 (3%) 298 0.375
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.438
(1.00) 		1
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.979
(1.00)
PABPC5 9 (3%) 297 0.723
(1.00) 		0.717
(1.00) 		1
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.174
(1.00)
TGFBR2 10 (3%) 296 0.668
(1.00) 		0.0292
(1.00) 		1
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.07
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.00839
(1.00)
AGTR1 8 (3%) 298 0.324
(1.00) 		0.0224
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.0866
(1.00) 		0.0199
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.0329
(1.00)
PSG8 9 (3%) 297 0.983
(1.00) 		0.074
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0223
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.909
(1.00)
MAGEL2 12 (4%) 294 0.477
(1.00) 		0.342
(1.00) 		1
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.0997
(1.00) 		0.0533
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.554
(1.00)
HLA-A 9 (3%) 297 0.498
(1.00) 		0.262
(1.00) 		1
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.00554
(1.00) 		0.273
(1.00)
PRIM2 9 (3%) 297 0.652
(1.00) 		0.516
(1.00) 		1
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.0677
(1.00) 		0.907
(1.00)
HIST1H4E 5 (2%) 301 0.851
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.878
(1.00) 		1
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.725
(1.00)
LILRB1 12 (4%) 294 0.885
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.638
(1.00) 		1
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.57
(1.00)
OR56A1 8 (3%) 298 0.866
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.392
(1.00) 		1
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.917
(1.00)
PCDH11X 21 (7%) 285 0.724
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.00379
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.034
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.531
(1.00)
ZNF750 12 (4%) 294 0.334
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.0125
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.318
(1.00)
GABRB3 11 (4%) 295 0.128
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.0389
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.089
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.000266
(0.437)
SEMA5A 19 (6%) 287 0.636
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.737
(1.00) 		1
(1.00) 		0.037
(1.00) 		0.00813
(1.00) 		0.0318
(1.00) 		0.559
(1.00)
LINGO2 10 (3%) 296 0.412
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.263
(1.00) 		1
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.729
(1.00)
DOK6 8 (3%) 298 0.695
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.00634
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.0744
(1.00) 		0.0219
(1.00) 		0.822
(1.00)
SLITRK4 12 (4%) 294 0.115
(1.00) 		0.0417
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.564
(1.00)
OR5D13 7 (2%) 299 0.285
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.0183
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00) 		0.877
(1.00) 		1
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.0353
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.375
(1.00)
PTPRT 19 (6%) 287 0.798
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.671
(1.00)
FRG2B 6 (2%) 300 0.899
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.0503
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.554
(1.00) 		1
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.249
(1.00)
CNTNAP5 15 (5%) 291 0.173
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.0769
(1.00) 		0.0291
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.0492
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.0128
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.234
(1.00)
HIST1H2BD 5 (2%) 301 0.33
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.213
(1.00)
CTCF 11 (4%) 295 0.239
(1.00) 		0.0444
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.533
(1.00) 		1
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.0319
(1.00) 		0.192
(1.00)
EYA1 10 (3%) 296 0.811
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.432
(1.00)
PRB3 9 (3%) 297 0.835
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.0673
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.149
(1.00)
ASXL3 21 (7%) 285 0.494
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.609
(1.00)
ANKRD30B 9 (3%) 297 0.944
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.812
(1.00)
HFM1 15 (5%) 291 0.261
(1.00) 		0.831
(1.00) 		1
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.0864
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.0651
(1.00)
HIST1H1B 7 (2%) 299 0.204
(1.00) 		0.0857
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.0554
(1.00)
KEAP1 13 (4%) 293 0.989
(1.00) 		0.503
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.000541
(0.887) 		0.464
(1.00) 		0.89
(1.00)
OR52E2 6 (2%) 300 0.0765
(1.00) 		0.903
(1.00) 		1
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.868
(1.00) 		1
(1.00) 		0.609
(1.00)
OR8D4 6 (2%) 300 0.224
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.2
(1.00) 		1
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.0764
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.263
(1.00)
POTEH 7 (2%) 299 0.502
(1.00) 		0.0775
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.877
(1.00) 		1
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.141
(1.00)
PRB1 7 (2%) 299 0.558
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.868
(1.00)
SORCS1 15 (5%) 291 0.885
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.0276
(1.00) 		0.0775
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.397
(1.00)
TMEM195 8 (3%) 298 0.669
(1.00) 		0.0323
(1.00) 		1
(1.00) 		0.853
(1.00) 		1
(1.00) 		0.621
(1.00) 		1
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.0412
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.28
(1.00)
FIGN 12 (4%) 294 0.452
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.0705
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.00673
(1.00) 		0.0898
(1.00) 		0.745
(1.00)
PAPPA2 26 (8%) 280 0.949
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.0562
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.0511
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.0143
(1.00) 		0.274
(1.00)
DPPA4 7 (2%) 299 0.529
(1.00) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.661
(1.00)
OR2T11 7 (2%) 299 0.401
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00) 		0.706
(1.00) 		1
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.475
(1.00)
TARP 5 (2%) 301 0.0509
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.0212
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.85
(1.00) 		1
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.882
(1.00)
LIN28B 6 (2%) 300 0.466
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.351
(1.00) 		1
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.635
(1.00)
FOSL2 7 (2%) 299 0.00662
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.877
(1.00) 		1
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.986
(1.00)
C9ORF135 6 (2%) 300 0.665
(1.00) 		0.855
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0869
(1.00) 		0.0851
(1.00) 		0.097
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.726
(1.00)
NEUROD6 7 (2%) 299 0.685
(1.00) 		0.326
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0728
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.81
(1.00)
OR2L13 7 (2%) 299 0.382
(1.00) 		0.392
(1.00) 		1
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.341
(1.00)
C6 11 (4%) 295 0.891
(1.00) 		0.166
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00) 		0.0391
(1.00) 		0.391
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(1.00)
HIST1H2BK 5 (2%) 301 0.397
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(1.00)
ZNF737 11 (4%) 295 0.512
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
SULF1 11 (4%) 295 0.809
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(1.00)
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(1.00) 		0.00999
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(1.00) 		1
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(1.00)
ITGB1 10 (3%) 296 0.133
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(1.00) 		0.0935
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(1.00)
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(1.00) 		0.39
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(1.00)
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(1.00) 		0.937
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.579
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.269
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.498
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.831
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(1.00)
OR4A16 6 (2%) 300 0.299
(1.00) 		0.675
(1.00) 		1
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.964
(1.00)
CASP5 7 (2%) 299 0.12
(1.00) 		0.252
(1.00) 		1
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.291
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(1.00)
CYP4A11 8 (3%) 298 0.184
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.453
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.899
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(1.00)
KIF6 11 (4%) 295 0.269
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.0389
(1.00) 		0.00281
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(1.00) 		0.876
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(1.00)
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(1.00) 		0.754
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.389
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(1.00)
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(1.00)
HIST1H3E 5 (2%) 301 0.394
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00) 		0.886
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(1.00)
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(1.00) 		0.604
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(1.00) 		0.773
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(1.00) 		0.651
(1.00)
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(1.00) 		0.321
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.85
(1.00) 		1
(1.00) 		0.528
(1.00)
RSPO2 5 (2%) 301 0.682
(1.00) 		0.239
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.107
(1.00)
TTC33 5 (2%) 301 0.527
(1.00) 		0.93
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(1.00) 		0.159
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.743
(1.00)
DLG2 11 (4%) 295 0.233
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.181
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(1.00) 		0.249
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(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.0195
(1.00)
MAGEB3 6 (2%) 300 0.316
(1.00) 		0.349
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(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.712
(1.00) 		1
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.114
(1.00)
OR2G6 7 (2%) 299 0.666
(1.00) 		0.407
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0372
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.045
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.542
(1.00)
KPRP 8 (3%) 298 0.283
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.0404
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.09
(1.00) 		0.0571
(1.00) 		0.491
(1.00)
OR2M5 6 (2%) 300 0.446
(1.00) 		0.339
(1.00) 		1
(1.00) 		0.269
(1.00) 		1
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.114
(1.00)
OR2M7 6 (2%) 300 0.776
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.255
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.935
(1.00) 		1
(1.00) 		0.843
(1.00)
WIPF1 8 (3%) 298 0.851
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.293
(1.00) 		1
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.809
(1.00)
PAX5 7 (2%) 299 0.119
(1.00) 		0.089
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0869
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0884
(1.00) 		1
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.0748
(1.00)
ZNF844 6 (2%) 300 0.482
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.56
(1.00) 		1
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.81
(1.00)
CTNND2 23 (8%) 283 0.487
(1.00) 		0.754
(1.00) 		1
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.0207
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.016
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.987
(1.00)
HTR1E 7 (2%) 299 0.0901
(1.00) 		0.0673
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.814
(1.00) 		1
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.0499
(1.00)
UGT2B11 7 (2%) 299 0.286
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.276
(1.00)
CSNK2A1 6 (2%) 300 0.269
(1.00) 		0.674
(1.00) 		1
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.414
(1.00) 		1
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.0746
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.786
(1.00)
ELMO1 10 (3%) 296 0.955
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.0125
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.26
(1.00)
MYCT1 5 (2%) 301 0.438
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.0735
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.11
(1.00) 		1
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.749
(1.00)
C3ORF59 8 (3%) 298 0.887
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.723
(1.00) 		1
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.429
(1.00)
NTM 7 (2%) 299 0.847
(1.00) 		0.87
(1.00) 		1
(1.00) 		0.56
(1.00) 		1
(1.00) 		0.098
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.721
(1.00)
TEX13A 7 (2%) 299 0.856
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.0929
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.31
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.319
(1.00)
OR5T3 6 (2%) 300 0.00572
(1.00) 		0.972
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0513
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.314
(1.00) 		1
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.599
(1.00)
OR8J1 9 (3%) 297 0.706
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.453
(1.00) 		1
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.0166
(1.00) 		0.000428
(0.704) 		0.374
(1.00) 		0.426
(1.00)
ZNF334 8 (3%) 298 0.951
(1.00) 		0.687
(1.00) 		1
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.388
(1.00)
KIR3DL1 7 (2%) 299 0.538
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.00654
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.00893
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.00394
(1.00) 		0.0651
(1.00) 		0.574
(1.00)
HDAC9 11 (4%) 295 0.462
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.0875
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.212
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00389
(1.00) 		0.0117
(1.00) 		0.00538
(1.00) 		0.32
(1.00)
PEX1 12 (4%) 294 0.576
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.0756
(1.00) 		1
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.694
(1.00)
KCNA4 11 (4%) 295 0.319
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.364
(1.00) 		1
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.613
(1.00)
'TP53 MUTATION STATUS' versus 'Time to Death'

P value = 7.55e-05 (logrank test), Q value = 0.12

Table S1.  Gene #2: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 303 120 0.1 - 210.9 (14.8)
TP53 MUTATED 205 90 0.1 - 142.5 (13.2)
TP53 WILD-TYPE 98 30 0.8 - 210.9 (21.9)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #2: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

'POTEC MUTATION STATUS' versus 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

P value = 3.46e-05 (t-test), Q value = 0.057

Table S2.  Gene #12: 'POTEC MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 121 1994.5 (13.8)
POTEC MUTATED 9 2006.1 (5.6)
POTEC WILD-TYPE 112 1993.6 (13.9)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #12: 'POTEC MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

'OR2M2 MUTATION STATUS' versus 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

P value = 1.19e-07 (t-test), Q value = 2e-04

Table S3.  Gene #38: 'OR2M2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 121 1994.5 (13.8)
OR2M2 MUTATED 4 2007.8 (2.1)
OR2M2 WILD-TYPE 117 1994.0 (13.8)

Figure S3.  Get High-res Image Gene #38: 'OR2M2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

'PLSCR4 MUTATION STATUS' versus 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

P value = 8.57e-05 (t-test), Q value = 0.14

Table S4.  Gene #79: 'PLSCR4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 121 1994.5 (13.8)
PLSCR4 MUTATED 3 2008.7 (2.3)
PLSCR4 WILD-TYPE 118 1994.1 (13.8)

Figure S4.  Get High-res Image Gene #79: 'PLSCR4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

'GRID2 MUTATION STATUS' versus 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

P value = 3.76e-05 (t-test), Q value = 0.062

Table S5.  Gene #85: 'GRID2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 121 1994.5 (13.8)
GRID2 MUTATED 6 2006.8 (4.1)
GRID2 WILD-TYPE 115 1993.8 (13.9)

Figure S5.  Get High-res Image Gene #85: 'GRID2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = HNSC-TP.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = HNSC-TP.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 306

  • Number of significantly mutated genes = 156

  • Number of selected clinical features = 11

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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