Correlation between gene mutation status and molecular subtypes
Lung Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
22 February 2013
|
analyses__2013_02_22
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Maintained by TCGA GDAC Team
(Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
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Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center
(2013):
Correlation between gene mutation status and molecular subtypes.
Broad Institute of MIT and Harvard.
doi:10.7908/C12Z13QC
Overview
Introduction
This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.
Summary
Testing the association between mutation status of 184 genes and 10 molecular subtypes across 172 patients, 4 significant findings detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.
-
TP53 mutation correlated to 'CN_CNMF' and 'MRNASEQ_CNMF'.
-
KEAP1 mutation correlated to 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.
-
MUC7 mutation correlated to 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.
Results
Overview of the results
Table 1. Get Full Table Overview of the association between mutation status of 184 genes and 10 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, 4 significant findings detected.
|
Clinical Features |
MRNA CNMF |
MRNA CHIERARCHICAL |
CN CNMF |
METHLYATION CNMF |
RPPA CNMF |
RPPA CHIERARCHICAL |
MRNASEQ CNMF |
MRNASEQ CHIERARCHICAL |
MIRSEQ CNMF |
MIRSEQ CHIERARCHICAL |
||
| nMutated (%) | nWild-Type | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Chi-square test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
| TP53 | 87 (51%) | 85 |
0.00576 (1.00) |
0.0644 (1.00) |
1.36e-05 (0.0213) |
0.496 (1.00) |
0.000731 (1.00) |
0.00529 (1.00) |
0.0001 (0.156) |
0.000178 (0.277) |
0.038 (1.00) |
0.0204 (1.00) |
| KEAP1 | 32 (19%) | 140 |
0.375 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.00211 (1.00) |
0.45 (1.00) |
0.0842 (1.00) |
0.0532 (1.00) |
0.000242 (0.376) |
2.29e-05 (0.0357) |
0.963 (1.00) |
1 (1.00) |
| MUC7 | 15 (9%) | 157 |
0.000972 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.256 (1.00) |
0.0177 (1.00) |
0.000105 (0.164) |
0.127 (1.00) |
0.0139 (1.00) |
||
| CDKN2A | 8 (5%) | 164 |
0.915 (1.00) |
1 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.673 (1.00) |
1 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.818 (1.00) |
||
| EGFR | 22 (13%) | 150 |
0.0362 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.0997 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.00732 (1.00) |
0.0418 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.428 (1.00) |
||
| KRAS | 47 (27%) | 125 |
0.816 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.0395 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.0452 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.0271 (1.00) |
0.0869 (1.00) |
| STK11 | 20 (12%) | 152 |
0.554 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.000473 (0.735) |
0.696 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.0479 (1.00) |
0.000903 (1.00) |
0.00115 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.155 (1.00) |
| NAV3 | 35 (20%) | 137 |
0.256 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.0167 (1.00) |
0.0219 (1.00) |
| MAGEC1 | 23 (13%) | 149 |
1 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.784 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.0364 (1.00) |
0.637 (1.00) |
| CDH10 | 34 (20%) | 138 |
0.63 (1.00) |
1 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.967 (1.00) |
0.0321 (1.00) |
| TMTC1 | 22 (13%) | 150 |
0.236 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.549 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.507 (1.00) |
0.0454 (1.00) |
| OR4C16 | 14 (8%) | 158 |
0.58 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.256 (1.00) |
0.0989 (1.00) |
0.391 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.389 (1.00) |
||
| ZNF676 | 16 (9%) | 156 |
0.0181 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.0309 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.0753 (1.00) |
0.00806 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.0974 (1.00) |
| EPHA6 | 22 (13%) | 150 |
0.841 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.415 (1.00) |
1 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.0636 (1.00) |
0.0096 (1.00) |
| RIMS2 | 32 (19%) | 140 |
0.151 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.00588 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.196 (1.00) |
0.135 (1.00) |
| OR2L3 | 13 (8%) | 159 |
0.0797 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.0319 (1.00) |
0.0414 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.0849 (1.00) |
0.0315 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.0773 (1.00) |
| ELTD1 | 15 (9%) | 157 |
0.236 (1.00) |
1 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.00338 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.00224 (1.00) |
| CD5L | 12 (7%) | 160 |
0.333 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.935 (1.00) |
1 (1.00) |
0.7 (1.00) |
||
| CNBD1 | 10 (6%) | 162 |
0.46 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.0844 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.0079 (1.00) |
0.0289 (1.00) |
0.0057 (1.00) |
||
| REG1B | 13 (8%) | 159 |
0.912 (1.00) |
1 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.906 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.654 (1.00) |
| REG3A | 14 (8%) | 158 |
0.59 (1.00) |
1 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.391 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.185 (1.00) |
| OR2T4 | 13 (8%) | 159 |
0.675 (1.00) |
1 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.944 (1.00) |
1 (1.00) |
0.139 (1.00) |
0.388 (1.00) |
||
| GABRB3 | 11 (6%) | 161 |
0.551 (1.00) |
0.106 (1.00) |
1 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.461 (1.00) |
0.0515 (1.00) |
0.0149 (1.00) |
||
| TRIM58 | 8 (5%) | 164 |
0.652 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.74 (1.00) |
1 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.816 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.349 (1.00) |
||
| BAGE2 | 9 (5%) | 163 |
0.627 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.029 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.0957 (1.00) |
0.0138 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.052 (1.00) |
||
| OR4A5 | 12 (7%) | 160 |
0.858 (1.00) |
1 (1.00) |
0.062 (1.00) |
0.0328 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.0707 (1.00) |
0.388 (1.00) |
||
| BRAF | 15 (9%) | 157 |
0.247 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.877 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.901 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.514 (1.00) |
0.624 (1.00) |
| OR2L8 | 12 (7%) | 160 |
0.144 (1.00) |
0.057 (1.00) |
0.38 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.961 (1.00) |
0.0215 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.168 (1.00) |
0.0617 (1.00) |
| CRIPAK | 11 (6%) | 161 |
0.729 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.994 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.68 (1.00) |
||
| PABPC3 | 9 (5%) | 163 |
0.669 (1.00) |
0.0471 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.0878 (1.00) |
0.138 (1.00) |
||
| LRRIQ3 | 10 (6%) | 162 |
0.831 (1.00) |
0.897 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.898 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.426 (1.00) |
||
| ZNF804A | 30 (17%) | 142 |
0.144 (1.00) |
0.057 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.197 (1.00) |
| C18ORF34 | 19 (11%) | 153 |
0.308 (1.00) |
0.0975 (1.00) |
0.000601 (0.931) |
0.00101 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.488 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.00302 (1.00) |
0.0355 (1.00) |
| SERPINB4 | 10 (6%) | 162 |
0.0624 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.537 (1.00) |
||
| OR2T34 | 10 (6%) | 162 |
0.728 (1.00) |
1 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.62 (1.00) |
0.571 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.0216 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.153 (1.00) |
| ZNF492 | 8 (5%) | 164 |
0.81 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.0606 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.629 (1.00) |
||
| OR4C15 | 13 (8%) | 159 |
0.11 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.153 (1.00) |
||
| TBX22 | 12 (7%) | 160 |
0.464 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.808 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.362 (1.00) |
0.168 (1.00) |
0.288 (1.00) |
||
| U2AF1 | 6 (3%) | 166 |
0.476 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.317 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.688 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.876 (1.00) |
||
| FERD3L | 7 (4%) | 165 |
0.393 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.641 (1.00) |
1 (1.00) |
0.983 (1.00) |
1 (1.00) |
0.53 (1.00) |
0.561 (1.00) |
||
| LRRTM4 | 18 (10%) | 154 |
0.728 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.461 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.0299 (1.00) |
0.0109 (1.00) |
0.00658 (1.00) |
| OR5W2 | 9 (5%) | 163 |
0.0181 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.0137 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.0985 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.0481 (1.00) |
0.0164 (1.00) |
0.0271 (1.00) |
| RIT1 | 8 (5%) | 164 |
0.164 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.913 (1.00) |
1 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.711 (1.00) |
||
| OR5D14 | 13 (8%) | 159 |
0.912 (1.00) |
0.0367 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.7 (1.00) |
||
| OR8H2 | 11 (6%) | 161 |
0.38 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.0924 (1.00) |
0.0239 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.537 (1.00) |
0.794 (1.00) |
||
| NRG3 | 13 (8%) | 159 |
0.25 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.452 (1.00) |
0.769 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.268 (1.00) |
||
| HEATR7B2 | 20 (12%) | 152 |
0.65 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.0919 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.383 (1.00) |
||
| ZNF268 | 5 (3%) | 167 |
0.308 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.525 (1.00) |
|
| OR5I1 | 11 (6%) | 161 |
0.729 (1.00) |
0.696 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.0386 (1.00) |
0.0821 (1.00) |
||
| KCNT2 | 17 (10%) | 155 |
0.192 (1.00) |
0.0514 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.0678 (1.00) |
1 (1.00) |
0.853 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.589 (1.00) |
0.05 (1.00) |
0.0299 (1.00) |
| HGF | 16 (9%) | 156 |
0.656 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.0198 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.964 (1.00) |
0.261 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0771 (1.00) |
0.00823 (1.00) |
| THEMIS | 10 (6%) | 162 |
0.53 (1.00) |
1 (1.00) |
0.537 (1.00) |
0.152 (1.00) |
1 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.787 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.832 (1.00) |
| IL1RAPL1 | 11 (6%) | 161 |
0.901 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.201 (1.00) |
| ADAMTS2 | 14 (8%) | 158 |
0.706 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.688 (1.00) |
||
| SPANXN2 | 7 (4%) | 165 |
0.653 (1.00) |
0.0101 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.404 (1.00) |
0.154 (1.00) |
||
| GBA3 | 8 (5%) | 164 |
0.652 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.561 (1.00) |
||
| CPXCR1 | 10 (6%) | 162 |
0.192 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.00638 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.0707 (1.00) |
0.0313 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.225 (1.00) |
| TBX15 | 11 (6%) | 161 |
0.306 (1.00) |
0.000686 (1.00) |
0.74 (1.00) |
1 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.0821 (1.00) |
||
| WDR49 | 9 (5%) | 163 |
0.33 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.404 (1.00) |
0.44 (1.00) |
||
| PCK1 | 10 (6%) | 162 |
0.42 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.016 (1.00) |
0.74 (1.00) |
1 (1.00) |
0.969 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.504 (1.00) |
| CXORF59 | 8 (5%) | 164 |
0.652 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.219 (1.00) |
||
| ZIC4 | 13 (8%) | 159 |
0.427 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.769 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.139 (1.00) |
0.548 (1.00) |
||
| OR52E4 | 6 (3%) | 166 |
0.139 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.494 (1.00) |
0.0247 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.586 (1.00) |
|||
| LRRIQ1 | 21 (12%) | 151 |
0.335 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.0496 (1.00) |
0.0339 (1.00) |
0.625 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.377 (1.00) |
| ASTN2 | 14 (8%) | 158 |
0.848 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.784 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.361 (1.00) |
||
| FAM71B | 14 (8%) | 158 |
0.694 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.995 (1.00) |
0.827 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.83 (1.00) |
||
| EPHB1 | 18 (10%) | 154 |
0.29 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.00147 (1.00) |
||
| OR8H3 | 11 (6%) | 161 |
0.765 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.498 (1.00) |
1 (1.00) |
0.423 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.259 (1.00) |
||
| RPL10L | 6 (3%) | 166 |
0.177 (1.00) |
1 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.205 (1.00) |
1 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.629 (1.00) |
||
| OR4S2 | 6 (3%) | 166 |
0.564 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.213 (1.00) |
||
| PJA1 | 8 (5%) | 164 |
0.607 (1.00) |
0.687 (1.00) |
0.202 (1.00) |
1 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.0412 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.386 (1.00) |
||
| INHBA | 9 (5%) | 163 |
0.786 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.712 (1.00) |
1 (1.00) |
||
| RBM10 | 12 (7%) | 160 |
0.252 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.319 (1.00) |
0.808 (1.00) |
| MARCH11 | 8 (5%) | 164 |
0.879 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.708 (1.00) |
1 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.279 (1.00) |
||
| OR14I1 | 6 (3%) | 166 |
0.75 (1.00) |
1 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.553 (1.00) |
0.586 (1.00) |
|
| PTH | 3 (2%) | 169 |
1 (1.00) |
0.468 (1.00) |
1 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.777 (1.00) |
|||||
| FLI1 | 6 (3%) | 166 |
0.641 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.322 (1.00) |
1 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.749 (1.00) |
0.284 (1.00) |
|
| GPR174 | 6 (3%) | 166 |
1 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.856 (1.00) |
0.686 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.876 (1.00) |
||
| KRTAP19-6 | 4 (2%) | 168 |
0.0252 (1.00) |
1 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.387 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
| MAGEB18 | 5 (3%) | 167 |
0.923 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.0585 (1.00) |
1 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.626 (1.00) |
1 (1.00) |
0.86 (1.00) |
||
| NHEDC1 | 9 (5%) | 163 |
0.378 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.099 (1.00) |
||
| OR2T27 | 8 (5%) | 164 |
0.0729 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.0985 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.737 (1.00) |
||
| SYT4 | 11 (6%) | 161 |
0.1 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.399 (1.00) |
1 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.632 (1.00) |
||
| ZSWIM2 | 13 (8%) | 159 |
0.833 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.926 (1.00) |
0.626 (1.00) |
||
| MYL10 | 5 (3%) | 167 |
0.601 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.525 (1.00) |
|||
| KRTAP15-1 | 5 (3%) | 167 |
0.0685 (1.00) |
0.754 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.00104 (1.00) |
0.071 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.0533 (1.00) |
|||
| NTNG1 | 11 (6%) | 161 |
0.0502 (1.00) |
0.0514 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.0414 (1.00) |
1 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.0977 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.504 (1.00) |
| OR2M7 | 9 (5%) | 163 |
0.714 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.522 (1.00) |
0.256 (1.00) |
0.953 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0761 (1.00) |
0.832 (1.00) |
||
| SATB2 | 15 (9%) | 157 |
0.0784 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.461 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.0227 (1.00) |
0.00914 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.688 (1.00) |
||
| OR5F1 | 12 (7%) | 160 |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.245 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.452 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.961 (1.00) |
0.935 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.7 (1.00) |
| OR2W5 | 7 (4%) | 165 |
0.427 (1.00) |
1 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.0626 (1.00) |
0.42 (1.00) |
0.0639 (1.00) |
0.0547 (1.00) |
0.154 (1.00) |
||
| CMKLR1 | 7 (4%) | 165 |
1 (1.00) |
0.566 (1.00) |
1 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.156 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
| AKR1B10 | 4 (2%) | 168 |
0.741 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.824 (1.00) |
0.833 (1.00) |
||
| DACH1 | 11 (6%) | 161 |
0.0235 (1.00) |
0.0127 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.0954 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.118 (1.00) |
| OR10K2 | 9 (5%) | 163 |
0.863 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.915 (1.00) |
1 (1.00) |
0.632 (1.00) |
||
| ADAMTS16 | 22 (13%) | 150 |
0.565 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.431 (1.00) |
1 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.00389 (1.00) |
0.0454 (1.00) |
| ARHGAP36 | 13 (8%) | 159 |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.954 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.053 (1.00) |
0.934 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.133 (1.00) |
| FABP12 | 3 (2%) | 169 |
0.173 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.291 (1.00) |
|||
| C7 | 14 (8%) | 158 |
0.057 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.901 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.0849 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.153 (1.00) |
||
| PI15 | 7 (4%) | 165 |
0.0333 (1.00) |
0.00706 (1.00) |
0.0981 (1.00) |
0.0101 (1.00) |
0.221 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.000481 (0.747) |
| NRXN1 | 25 (15%) | 147 |
0.388 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.037 (1.00) |
0.945 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.0501 (1.00) |
0.000199 (0.309) |
0.000279 (0.433) |
| OR5D16 | 7 (4%) | 165 |
0.446 (1.00) |
0.0101 (1.00) |
0.221 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.037 (1.00) |
||
| LIPI | 7 (4%) | 165 |
0.00605 (1.00) |
0.00706 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.767 (1.00) |
1 (1.00) |
0.135 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.891 (1.00) |
| SEMA3A | 10 (6%) | 162 |
0.702 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.498 (1.00) |
0.452 (1.00) |
0.0592 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.225 (1.00) |
||
| C1ORF49 | 6 (3%) | 166 |
0.0262 (1.00) |
1 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.771 (1.00) |
||
| SLC35F1 | 9 (5%) | 163 |
0.236 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.0515 (1.00) |
0.174 (1.00) |
||
| PYHIN1 | 7 (4%) | 165 |
0.681 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.856 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.444 (1.00) |
||
| ANKRD7 | 6 (3%) | 166 |
0.131 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.0585 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.049 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.525 (1.00) |
||
| OLAH | 7 (4%) | 165 |
0.00238 (1.00) |
0.0101 (1.00) |
0.0808 (1.00) |
0.0548 (1.00) |
0.00114 (1.00) |
0.00832 (1.00) |
0.0185 (1.00) |
0.00625 (1.00) |
||
| TMEM195 | 11 (6%) | 161 |
0.472 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.871 (1.00) |
1 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.461 (1.00) |
0.912 (1.00) |
0.779 (1.00) |
||
| KRTAP11-1 | 6 (3%) | 166 |
0.884 (1.00) |
1 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.0377 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.678 (1.00) |
||
| OR6N2 | 7 (4%) | 165 |
0.345 (1.00) |
1 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.0226 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.0639 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.338 (1.00) |
||
| PRIM2 | 10 (6%) | 162 |
0.0221 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.0138 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.0458 (1.00) |
||
| C14ORF177 | 5 (3%) | 167 |
0.123 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.161 (1.00) |
|||
| FAM48B1 | 10 (6%) | 162 |
0.53 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0257 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.711 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.632 (1.00) |
| KCNS2 | 7 (4%) | 165 |
0.861 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.53 (1.00) |
1 (1.00) |
||
| C7ORF58 | 17 (10%) | 155 |
0.68 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.045 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.168 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.847 (1.00) |
||
| OR14A16 | 12 (7%) | 160 |
0.59 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.91 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.0472 (1.00) |
0.0232 (1.00) |
0.922 (1.00) |
0.808 (1.00) |
| EPHA7 | 11 (6%) | 161 |
0.12 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.956 (1.00) |
0.0996 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.00129 (1.00) |
| SERPINB13 | 9 (5%) | 163 |
0.108 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.314 (1.00) |
0.699 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.192 (1.00) |
||
| OR13G1 | 9 (5%) | 163 |
0.45 (1.00) |
1 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.0612 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.319 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.279 (1.00) |
||
| CDH18 | 22 (13%) | 150 |
0.527 (1.00) |
0.0623 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.0493 (1.00) |
0.0741 (1.00) |
0.0028 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.0392 (1.00) |
||
| CTNNA2 | 20 (12%) | 152 |
0.192 (1.00) |
1 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.362 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.687 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.0322 (1.00) |
| OR5T2 | 8 (5%) | 164 |
0.379 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.979 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.53 (1.00) |
0.629 (1.00) |
||
| APCS | 4 (2%) | 168 |
0.00323 (1.00) |
0.451 (1.00) |
1 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.0181 (1.00) |
||
| IFNA7 | 5 (3%) | 167 |
0.284 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.433 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.0273 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.161 (1.00) |
||
| UGT2B10 | 11 (6%) | 161 |
0.333 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.38 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.359 (1.00) |
||
| PPP3CA | 3 (2%) | 169 |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.783 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
| TBX5 | 11 (6%) | 161 |
0.247 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.307 (1.00) |
1 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.556 (1.00) |
1 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.794 (1.00) |
| VN1R2 | 7 (4%) | 165 |
0.0509 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.0894 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.44 (1.00) |
||
| ADAMTS18 | 17 (10%) | 155 |
0.92 (1.00) |
0.0451 (1.00) |
1 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.0615 (1.00) |
0.0114 (1.00) |
||
| PSG6 | 11 (6%) | 161 |
0.326 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.796 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.504 (1.00) |
||
| CCDC73 | 11 (6%) | 161 |
0.0516 (1.00) |
0.235 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.86 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.794 (1.00) |
||
| OR10G8 | 8 (5%) | 164 |
0.393 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.0277 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.483 (1.00) |
||
| OR51I1 | 6 (3%) | 166 |
0.402 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.049 (1.00) |
1 (1.00) |
0.586 (1.00) |
||
| GPR101 | 9 (5%) | 163 |
0.244 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.352 (1.00) |
||
| IRX1 | 7 (4%) | 165 |
0.0354 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.176 (1.00) |
||
| STAC3 | 3 (2%) | 169 |
0.551 (1.00) |
1 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.287 (1.00) |
0.388 (1.00) |
|||
| BCHE | 9 (5%) | 163 |
0.0519 (1.00) |
0.0391 (1.00) |
0.57 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.319 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.0355 (1.00) |
| CNGA2 | 11 (6%) | 161 |
0.12 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.961 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.0265 (1.00) |
| FTSJD1 | 6 (3%) | 166 |
0.167 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.0228 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.255 (1.00) |
1 (1.00) |
0.876 (1.00) |
|||
| MAGEC2 | 8 (5%) | 164 |
0.053 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.662 (1.00) |
||
| OR10T2 | 7 (4%) | 165 |
0.904 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.0817 (1.00) |
0.00832 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.338 (1.00) |
||
| OR4L1 | 7 (4%) | 165 |
0.361 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.451 (1.00) |
1 (1.00) |
0.532 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.404 (1.00) |
0.891 (1.00) |
||
| RIT2 | 3 (2%) | 169 |
0.551 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.754 (1.00) |
0.0754 (1.00) |
0.783 (1.00) |
1 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.0594 (1.00) |
||
| OR2T8 | 8 (5%) | 164 |
0.438 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.712 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.386 (1.00) |
||
| NPFFR2 | 10 (6%) | 162 |
0.28 (1.00) |
0.215 (1.00) |
0.831 (1.00) |
1 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.0586 (1.00) |
0.0307 (1.00) |
| CHM | 6 (3%) | 166 |
0.36 (1.00) |
1 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.417 (1.00) |
1 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.227 (1.00) |
||
| OR4D10 | 5 (3%) | 167 |
1 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.525 (1.00) |
||
| OR5D13 | 4 (2%) | 168 |
0.902 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.824 (1.00) |
0.105 (1.00) |
||
| FOXI1 | 8 (5%) | 164 |
0.843 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.767 (1.00) |
1 (1.00) |
0.317 (1.00) |
1 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.737 (1.00) |
||
| FAM47B | 14 (8%) | 158 |
0.0378 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.883 (1.00) |
||
| OR5K3 | 7 (4%) | 165 |
0.191 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.342 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.338 (1.00) |
||
| HOXB3 | 10 (6%) | 162 |
0.933 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.0985 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.123 (1.00) |
||
| PTN | 4 (2%) | 168 |
0.145 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.833 (1.00) |
|||
| SAMD7 | 6 (3%) | 166 |
0.0726 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.0784 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.0133 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.324 (1.00) |
||
| BIRC8 | 6 (3%) | 166 |
0.0374 (1.00) |
1 (1.00) |
0.114 (1.00) |
1 (1.00) |
0.731 (1.00) |
1 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.737 (1.00) |
||
| OR51A7 | 7 (4%) | 165 |
0.0603 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.384 (1.00) |
1 (1.00) |
0.44 (1.00) |
||
| TYR | 10 (6%) | 162 |
0.344 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.749 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.463 (1.00) |
||
| TGFB2 | 6 (3%) | 166 |
0.788 (1.00) |
1 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.0954 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.749 (1.00) |
0.284 (1.00) |
||
| GPR158 | 18 (10%) | 154 |
0.234 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.287 (1.00) |
0.0334 (1.00) |
0.0145 (1.00) |
0.0259 (1.00) |
0.0206 (1.00) |
||
| MTTP | 6 (3%) | 166 |
0.167 (1.00) |
0.687 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.00417 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.245 (1.00) |
||
| COL25A1 | 11 (6%) | 161 |
0.192 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.664 (1.00) |
1 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.918 (1.00) |
0.629 (1.00) |
| RB1 | 7 (4%) | 165 |
0.176 (1.00) |
0.563 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.426 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.0894 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.891 (1.00) |
||
| CYLC1 | 6 (3%) | 166 |
0.939 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.0452 (1.00) |
0.87 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.678 (1.00) |
||
| CYP4V2 | 6 (3%) | 166 |
0.564 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.245 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.382 (1.00) |
1 (1.00) |
0.771 (1.00) |
||
| FGF14 | 7 (4%) | 165 |
0.904 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.317 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.31 (1.00) |
1 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.386 (1.00) |
||
| GC | 5 (3%) | 167 |
0.35 (1.00) |
0.848 (1.00) |
1 (1.00) |
0.29 (1.00) |
1 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.102 (1.00) |
|||
| LCE1F | 4 (2%) | 168 |
0.551 (1.00) |
0.754 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.0605 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.319 (1.00) |
|||
| RBM19 | 14 (8%) | 158 |
1 (1.00) |
0.0696 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.608 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.0523 (1.00) |
||
| C2ORF51 | 5 (3%) | 167 |
0.694 (1.00) |
0.0712 (1.00) |
0.708 (1.00) |
1 (1.00) |
0.553 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.86 (1.00) |
||
| CNKSR2 | 8 (5%) | 164 |
0.107 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.0844 (1.00) |
0.0465 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.192 (1.00) |
||
| DIO2 | 6 (3%) | 166 |
0.269 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.856 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.525 (1.00) |
|||
| FRG1 | 6 (3%) | 166 |
0.599 (1.00) |
1 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.0512 (1.00) |
0.87 (1.00) |
1 (1.00) |
0.712 (1.00) |
0.737 (1.00) |
||
| PIP | 5 (3%) | 167 |
1 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.821 (1.00) |
1 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.85 (1.00) |
1 (1.00) |
||
| SLITRK2 | 19 (11%) | 153 |
0.42 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.653 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.0609 (1.00) |
0.787 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.383 (1.00) |
| GABRA5 | 11 (6%) | 161 |
0.869 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.0827 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.918 (1.00) |
0.794 (1.00) |
| OR4A16 | 8 (5%) | 164 |
0.915 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.279 (1.00) |
||
| MBD1 | 6 (3%) | 166 |
0.00468 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.0432 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.749 (1.00) |
0.161 (1.00) |
|||
| NELL1 | 14 (8%) | 158 |
0.728 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.448 (1.00) |
0.359 (1.00) |
0.666 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.941 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.388 (1.00) |
| STXBP5L | 12 (7%) | 160 |
0.734 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.565 (1.00) |
||
| SLC10A2 | 7 (4%) | 165 |
0.949 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.154 (1.00) |
||
| DYTN | 10 (6%) | 162 |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.62 (1.00) |
0.724 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.0392 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.551 (1.00) |
| SLITRK4 | 15 (9%) | 157 |
0.241 (1.00) |
0.696 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.0045 (1.00) |
1 (1.00) |
0.624 (1.00) |
'TP53 MUTATION STATUS' versus 'CN_CNMF'
P value = 1.36e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.021
Table S1. Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'CN_CNMF'
| nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 | CLUS_4 |
|---|---|---|---|---|
| ALL | 54 | 61 | 35 | 22 |
| TP53 MUTATED | 37 | 16 | 23 | 11 |
| TP53 WILD-TYPE | 17 | 45 | 12 | 11 |
Figure S1. Get High-res Image Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'CN_CNMF'
'TP53 MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CNMF'
P value = 1e-04 (Chi-square test), Q value = 0.16
Table S2. Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'
| nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 | CLUS_4 | CLUS_5 |
|---|---|---|---|---|---|
| ALL | 55 | 34 | 26 | 37 | 17 |
| TP53 MUTATED | 37 | 7 | 10 | 24 | 7 |
| TP53 WILD-TYPE | 18 | 27 | 16 | 13 | 10 |
Figure S2. Get High-res Image Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'
'KEAP1 MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
P value = 2.29e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.036
Table S3. Gene #6: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
| nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
|---|---|---|---|
| ALL | 65 | 52 | 52 |
| KEAP1 MUTATED | 10 | 20 | 2 |
| KEAP1 WILD-TYPE | 55 | 32 | 50 |
Figure S3. Get High-res Image Gene #6: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
'MUC7 MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
P value = 0.000105 (Fisher's exact test), Q value = 0.16
Table S4. Gene #10: 'MUC7 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
| nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
|---|---|---|---|
| ALL | 65 | 52 | 52 |
| MUC7 MUTATED | 1 | 12 | 2 |
| MUC7 WILD-TYPE | 64 | 40 | 50 |
Figure S4. Get High-res Image Gene #10: 'MUC7 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
Methods & Data
Input
-
Mutation data file = LUAD-TP.mutsig.cluster.txt
-
Molecular subtypes file = LUAD-TP.transferedmergedcluster.txt
-
Number of patients = 172
-
Number of significantly mutated genes = 184
-
Number of Molecular subtypes = 10
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
Fisher's exact test
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
Chi-square test
For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R
Q value calculation
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
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This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.
References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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