Correlation between gene mutation status and molecular subtypes
Lung Squamous Cell Carcinoma (Primary solid tumor)
22 February 2013  |  analyses__2013_02_22
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Citation Information
doi:10.7908/C1F18WXB
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2013): Correlation between gene mutation status and molecular subtypes. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1F18WXB
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.

Summary

Testing the association between mutation status of 123 genes and 10 molecular subtypes across 178 patients, 7 significant findings detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.

  • NFE2L2 mutation correlated to 'MRNA_CNMF',  'MRNA_CHIERARCHICAL',  'MRNASEQ_CNMF',  'MRNASEQ_CHIERARCHICAL', and 'MIRSEQ_CHIERARCHICAL'.

  • TP53 mutation correlated to 'CN_CNMF'.

  • KEAP1 mutation correlated to 'MRNA_CHIERARCHICAL'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 123 genes and 10 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, 7 significant findings detected.

Clinical
Features 		MRNA
CNMF 		MRNA
CHIERARCHICAL 		CN
CNMF 		METHLYATION
CNMF 		RPPA
CNMF 		RPPA
CHIERARCHICAL 		MRNASEQ
CNMF 		MRNASEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
CNMF 		MIRSEQ
CHIERARCHICAL
nMutated (%) nWild-Type Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
NFE2L2 27 (15%) 151 0.000113
(0.131) 		0.000142
(0.165) 		0.0049
(1.00) 		0.0593
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.208
(1.00) 		1.84e-06
(0.00214) 		3.05e-06
(0.00355) 		0.00295
(1.00) 		1.83e-05
(0.0213)
TP53 141 (79%) 37 0.0339
(1.00) 		0.0304
(1.00) 		7.74e-05
(0.0899) 		0.0105
(1.00) 		1
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.0034
(1.00) 		0.026
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.43
(1.00)
KEAP1 22 (12%) 156 0.00141
(1.00) 		0.00016
(0.186) 		0.245
(1.00) 		0.0559
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.00215
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.389
(1.00)
CDKN2A 26 (15%) 152 0.000633
(0.733) 		0.0142
(1.00) 		0.0176
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.683
(1.00)
PIK3CA 27 (15%) 151 0.628
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.441
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.432
(1.00) 		1
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.193
(1.00)
TPTE 24 (13%) 154 0.125
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.0655
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.0585
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.382
(1.00)
SI 36 (20%) 142 0.653
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.831
(1.00)
PTEN 14 (8%) 164 0.565
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.717
(1.00)
TRIM58 15 (8%) 163 0.96
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.322
(1.00) 		1
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.455
(1.00)
OR5L2 13 (7%) 165 0.451
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.294
(1.00) 		1
(1.00)
FAM5C 27 (15%) 151 0.564
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.261
(1.00)
LRRC4C 17 (10%) 161 0.00948
(1.00) 		0.067
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.149
(1.00)
ZBBX 17 (10%) 161 0.388
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.0215
(1.00)
DPPA4 12 (7%) 166 0.00938
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.0843
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.0134
(1.00) 		0.0904
(1.00) 		0.0322
(1.00) 		0.267
(1.00)
ASB5 9 (5%) 169 0.388
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.0423
(1.00) 		0.474
(1.00) 		1
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.588
(1.00)
PDYN 10 (6%) 168 0.105
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.032
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.805
(1.00)
REG1B 11 (6%) 167 0.552
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.0542
(1.00) 		0.805
(1.00)
CYP11B1 15 (8%) 163 0.921
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.0436
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.575
(1.00)
CRB1 23 (13%) 155 0.355
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.939
(1.00)
OR6F1 13 (7%) 165 0.0863
(1.00) 		0.0193
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.205
(1.00)
ESRRG 12 (7%) 166 0.0148
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.26
(1.00) 		1
(1.00)
OR2T33 14 (8%) 164 0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.416
(1.00)
OR2G6 16 (9%) 162 0.101
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.555
(1.00)
USP29 17 (10%) 161 0.737
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.902
(1.00) 		1
(1.00) 		0.771
(1.00) 		1
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.522
(1.00) 		1
(1.00) 		0.821
(1.00)
REG3A 11 (6%) 167 0.854
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.0396
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.0766
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.599
(1.00)
PNLIPRP3 12 (7%) 166 0.703
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.644
(1.00) 		1
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.379
(1.00)
MAGEB2 9 (5%) 169 0.276
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.836
(1.00) 		1
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.881
(1.00)
SPHKAP 27 (15%) 151 0.0206
(1.00) 		0.00255
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.012
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.0986
(1.00)
CFHR4 10 (6%) 168 0.442
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.129
(1.00)
CPS1 25 (14%) 153 0.525
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.687
(1.00) 		1
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.744
(1.00) 		1
(1.00) 		0.358
(1.00)
ELTD1 18 (10%) 160 0.0773
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.0796
(1.00) 		0.929
(1.00)
OR4M2 14 (8%) 164 0.357
(1.00) 		0.0903
(1.00) 		0.268
(1.00) 		1
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.224
(1.00)
OR51B2 10 (6%) 168 0.152
(1.00) 		0.23
(1.00) 		1
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.67
(1.00)
SLC13A1 12 (7%) 166 0.565
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.0974
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00)
TGIF2LX 9 (5%) 169 0.735
(1.00) 		0.615
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0885
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.0868
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.0827
(1.00) 		0.847
(1.00) 		1
(1.00)
ASCL4 6 (3%) 172 0.022
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.621
(1.00)
REG3G 8 (4%) 170 0.318
(1.00) 		0.0479
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0304
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.00364
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.507
(1.00)
CBLN4 5 (3%) 173 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.633
(1.00)
OR10G8 10 (6%) 168 0.129
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.364
(1.00) 		1
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.9
(1.00)
OR4M1 13 (7%) 165 0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.0917
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.525
(1.00)
OR2T2 7 (4%) 171 0.00747
(1.00) 		0.0012
(1.00) 		1
(1.00) 		0.326
(1.00) 		1
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.804
(1.00) 		1
(1.00)
OR2T8 8 (4%) 170 0.217
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.041
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.67
(1.00)
SPANXN1 5 (3%) 173 0.729
(1.00) 		1
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.863
(1.00) 		1
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.248
(1.00)
C20ORF26 20 (11%) 158 0.816
(1.00) 		0.0643
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.334
(1.00)
ZEB2 15 (8%) 163 0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.939
(1.00) 		1
(1.00) 		0.171
(1.00)
PSG6 9 (5%) 169 0.774
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.881
(1.00)
REG1A 11 (6%) 167 0.581
(1.00) 		0.607
(1.00) 		1
(1.00) 		0.836
(1.00) 		1
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.66
(1.00)
CLSTN2 17 (10%) 161 0.64
(1.00) 		0.0865
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.67
(1.00)
MTNR1B 10 (6%) 168 0.587
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.849
(1.00) 		1
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.0868
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.67
(1.00)
RB1 12 (7%) 166 0.439
(1.00) 		0.0262
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.916
(1.00)
ZNF567 3 (2%) 175 0.301
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.248
(1.00)
OR2A5 8 (4%) 170 0.323
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.00334
(1.00) 		0.0653
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.382
(1.00)
PARK2 10 (6%) 168 0.144
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.0189
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.426
(1.00)
HS6ST1 5 (3%) 173 0.277
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.0724
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RNF144A 7 (4%) 171 0.277
(1.00) 		0.372
(1.00) 		1
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.295
(1.00)
CALN1 9 (5%) 169 0.876
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.854
(1.00) 		1
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.696
(1.00)
ZNF80 7 (4%) 171 0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.826
(1.00) 		1
(1.00) 		0.646
(1.00) 		1
(1.00)
CLVS2 9 (5%) 169 0.405
(1.00) 		1
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.475
(1.00)
OR5M9 8 (4%) 170 0.452
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.836
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.714
(1.00) 		1
(1.00)
SLC17A8 13 (7%) 165 0.373
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.0479
(1.00) 		0.798
(1.00) 		1
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.357
(1.00)
TECRL 9 (5%) 169 0.466
(1.00) 		0.041
(1.00) 		1
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.0818
(1.00) 		1
(1.00)
OR4D5 9 (5%) 169 0.657
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.86
(1.00) 		1
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.0546
(1.00) 		0.562
(1.00) 		1
(1.00)
POTEG 10 (6%) 168 0.276
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.619
(1.00) 		1
(1.00) 		0.533
(1.00)
TEX13A 8 (4%) 170 0.462
(1.00) 		1
(1.00) 		0.353
(1.00) 		1
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.0297
(1.00)
HIST2H2BE 3 (2%) 175 0.409
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.574
(1.00)
KCNJ3 11 (6%) 167 1
(1.00) 		0.0262
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.254
(1.00) 		1
(1.00)
NUCB2 6 (3%) 172 0.238
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.0644
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.46
(1.00)
TRHDE 14 (8%) 164 0.43
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.0396
(1.00)
OR14A16 10 (6%) 168 0.814
(1.00) 		0.179
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(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.572
(1.00)
OR6K3 8 (4%) 170 0.671
(1.00) 		0.0541
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.474
(1.00) 		1
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.239
(1.00)
SLC6A5 6 (3%) 172 1
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.253
(1.00) 		1
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.089
(1.00) 		0.798
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(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.858
(1.00)
OR2AK2 8 (4%) 170 0.466
(1.00) 		0.041
(1.00) 		0.00933
(1.00) 		0.522
(1.00) 		1
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.0358
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.363
(1.00)
FAM5B 14 (8%) 164 1
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.0788
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.575
(1.00)
OR10A4 8 (4%) 170 0.777
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.311
(1.00) 		1
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.535
(1.00)
OR8H1 8 (4%) 170 0.455
(1.00) 		0.0131
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.956
(1.00) 		1
(1.00) 		0.646
(1.00) 		1
(1.00)
PYHIN1 11 (6%) 167 0.712
(1.00) 		1
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.507
(1.00)
CNTNAP4 16 (9%) 162 0.796
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.247
(1.00) 		1
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.863
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0321
(1.00) 		0.0605
(1.00)
HRAS 5 (3%) 173 0.898
(1.00) 		1
(1.00) 		0.327
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.373
(1.00)
PRIM2 13 (7%) 165 0.462
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.0241
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.39
(1.00)
SPOPL 6 (3%) 172 0.735
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.099
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.725
(1.00)
GPC5 11 (6%) 167 0.416
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.475
(1.00)
HLA-A 6 (3%) 172 0.0408
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.054
(1.00) 		1
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.0892
(1.00) 		0.126
(1.00) 		1
(1.00) 		0.725
(1.00)
OR5AC2 7 (4%) 171 0.383
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.799
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.295
(1.00)
GABRA2 12 (7%) 166 0.174
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00) 		0.836
(1.00) 		1
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.076
(1.00) 		0.0438
(1.00) 		0.275
(1.00) 		1
(1.00)
GBA3 9 (5%) 169 0.152
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.0546
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.107
(1.00)
KIRREL2 11 (6%) 167 0.712
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.777
(1.00) 		1
(1.00) 		0.638
(1.00)
MS4A14 12 (7%) 166 0.732
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.25
(1.00)
TMEM195 8 (4%) 170 0.659
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.284
(1.00) 		1
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		0.244
(1.00)
TMEM90A 4 (2%) 174 0.813
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.574
(1.00)
ZFP42 8 (4%) 170 0.119
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.738
(1.00) 		1
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.291
(1.00) 		1
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.307
(1.00)
LEPROT 4 (2%) 174 0.19
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.664
(1.00) 		1
(1.00) 		0.406
(1.00)
LRRTM3 8 (4%) 170 0.538
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.123
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.32
(1.00)
OR4N4 9 (5%) 169 0.712
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.614
(1.00)
SNAI1 4 (2%) 174 0.659
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.831
(1.00) 		1
(1.00) 		0.377
(1.00)
APOBEC1 7 (4%) 171 0.0576
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.059
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		1
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.0967
(1.00) 		0.533
(1.00)
BAGE2 3 (2%) 175 0.34
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.248
(1.00)
CD5L 8 (4%) 170 0.0869
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.128
(1.00) 		1
(1.00)
LIN37 3 (2%) 175 1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR4C11 7 (4%) 171 0.485
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.0828
(1.00) 		0.069
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.468
(1.00) 		1
(1.00) 		0.633
(1.00)
OR8K5 6 (3%) 172 0.813
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.621
(1.00)
GABRG3 10 (6%) 168 1
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.453
(1.00) 		1
(1.00) 		0.418
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0873
(1.00) 		0.638
(1.00)
KRTAP10-7 7 (4%) 171 0.0117
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.565
(1.00) 		1
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.68
(1.00) 		1
(1.00) 		0.26
(1.00)
UGT3A2 10 (6%) 168 0.885
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.253
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.716
(1.00) 		1
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.455
(1.00) 		1
(1.00)
PRB2 7 (4%) 171 1
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.0607
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.197
(1.00)
HDAC9 14 (8%) 164 1
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.218
(1.00) 		1
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.717
(1.00)
HAO1 7 (4%) 171 0.484
(1.00) 		0.501
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.766
(1.00) 		1
(1.00) 		0.701
(1.00)
OR2T12 8 (4%) 170 0.373
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.444
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0796
(1.00)
OR5AS1 7 (4%) 171 0.735
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.858
(1.00)
SCN7A 14 (8%) 164 0.264
(1.00) 		0.0567
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.0158
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.851
(1.00)
SNTG2 8 (4%) 170 0.659
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.614
(1.00)
FRG2B 5 (3%) 173 0.34
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.172
(1.00) 		1
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.0956
(1.00)
OR8K3 7 (4%) 171 0.277
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.103
(1.00) 		1
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.0254
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.295
(1.00)
OR5T1 10 (6%) 168 0.157
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.799
(1.00) 		1
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.06
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.0714
(1.00)
FCAR 8 (4%) 170 0.0141
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.416
(1.00) 		1
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.127
(1.00)
OR2M7 8 (4%) 170 0.298
(1.00) 		1
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.844
(1.00) 		1
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.107
(1.00)
CPXCR1 6 (3%) 172 0.729
(1.00) 		1
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.239
(1.00)
COL6A6 19 (11%) 159 0.316
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.0221
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0649
(1.00) 		0.0437
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.158
(1.00)
GP2 11 (6%) 167 0.565
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.847
(1.00) 		1
(1.00) 		0.757
(1.00)
CCDC85A 9 (5%) 169 0.74
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.927
(1.00) 		1
(1.00) 		0.453
(1.00) 		1
(1.00)
OR2T3 6 (3%) 172 0.628
(1.00) 		0.0638
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.577
(1.00)
EIF3E 5 (3%) 173 0.294
(1.00) 		1
(1.00) 		0.625
(1.00) 		1
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.502
(1.00)
PRR23B 9 (5%) 169 0.19
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.0606
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.741
(1.00) 		1
(1.00)
RTN1 12 (7%) 166 0.0125
(1.00) 		0.00284
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.0199
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.464
(1.00)
'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus 'MRNA_CNMF'

P value = 0.000113 (Fisher's exact test), Q value = 0.13

Table S1.  Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'MRNA_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4
ALL 38 46 15 22
NFE2L2 MUTATED 0 14 1 1
NFE2L2 WILD-TYPE 38 32 14 21

Figure S1.  Get High-res Image Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'MRNA_CNMF'

'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus 'MRNA_CHIERARCHICAL'

P value = 0.000142 (Fisher's exact test), Q value = 0.16

Table S2.  Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'MRNA_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 11 50 60
NFE2L2 MUTATED 1 14 1
NFE2L2 WILD-TYPE 10 36 59

Figure S2.  Get High-res Image Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'MRNA_CHIERARCHICAL'

'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CNMF'

P value = 1.84e-06 (Fisher's exact test), Q value = 0.0021

Table S3.  Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4
ALL 41 61 51 24
NFE2L2 MUTATED 2 21 1 2
NFE2L2 WILD-TYPE 39 40 50 22

Figure S3.  Get High-res Image Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'

'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

P value = 3.05e-06 (Fisher's exact test), Q value = 0.0035

Table S4.  Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 82 64 31
NFE2L2 MUTATED 4 21 1
NFE2L2 WILD-TYPE 78 43 30

Figure S4.  Get High-res Image Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus 'MIRSEQ_CHIERARCHICAL'

P value = 1.83e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.021

Table S5.  Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'MIRSEQ_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 28 90 42
NFE2L2 MUTATED 13 10 2
NFE2L2 WILD-TYPE 15 80 40

Figure S5.  Get High-res Image Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'MIRSEQ_CHIERARCHICAL'

'TP53 MUTATION STATUS' versus 'CN_CNMF'

P value = 7.74e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.09

Table S6.  Gene #4: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 57 65 56
TP53 MUTATED 34 59 48
TP53 WILD-TYPE 23 6 8

Figure S6.  Get High-res Image Gene #4: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'CN_CNMF'

'KEAP1 MUTATION STATUS' versus 'MRNA_CHIERARCHICAL'

P value = 0.00016 (Fisher's exact test), Q value = 0.19

Table S7.  Gene #6: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'MRNA_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 11 50 60
KEAP1 MUTATED 3 13 1
KEAP1 WILD-TYPE 8 37 59

Figure S7.  Get High-res Image Gene #6: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'MRNA_CHIERARCHICAL'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = LUSC-TP.mutsig.cluster.txt

  • Molecular subtypes file = LUSC-TP.transferedmergedcluster.txt

  • Number of patients = 178

  • Number of significantly mutated genes = 123

  • Number of Molecular subtypes = 10

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

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This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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