Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
(primary solid tumor cohort)
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 79 arm-level results and 12 clinical features across 321 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • 18p gain cnv correlated to 'GENDER'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 79 arm-level results and 12 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		PATHOLOGICSPREAD(M) TUMOR
STAGE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED TOBACCOSMOKINGHISTORYINDICATOR YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET NUMBER
OF
LYMPH
NODES
nCNV (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test t-test Fisher's exact test t-test t-test
18p gain 52 (16%) 269 0.235
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.000163
(0.154) 		0.0111
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.0417
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.504
(1.00)
1p gain 10 (3%) 311 0.604
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.0322
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.0395
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.0297
(1.00)
1q gain 39 (12%) 282 0.828
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.00949
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.0862
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.123
(1.00)
2p gain 31 (10%) 290 0.719
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.877
(1.00) 		1
(1.00) 		0.641
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0211
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.5
(1.00)
2q gain 21 (7%) 300 0.775
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.908
(1.00) 		1
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.0762
(1.00) 		0.0845
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.416
(1.00)
3p gain 28 (9%) 293 0.314
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.574
(1.00) 		1
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.0777
(1.00) 		0.0919
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.207
(1.00)
3q gain 106 (33%) 215 0.427
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.0476
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.566
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0729
(1.00) 		0.00325
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.466
(1.00)
4p gain 13 (4%) 308 0.697
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.418
(1.00)
4q gain 9 (3%) 312 0.529
(1.00) 		0.814
(1.00) 		1
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.399
(1.00) 		1
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.404
(1.00)
5p gain 82 (26%) 239 0.751
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.0167
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.0958
(1.00)
5q gain 28 (9%) 293 0.459
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.0662
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.0634
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.0637
(1.00)
6p gain 26 (8%) 295 0.514
(1.00) 		0.0951
(1.00) 		1
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.45
(1.00) 		1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.053
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.827
(1.00)
6q gain 19 (6%) 302 0.626
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.263
(1.00) 		1
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.0537
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.827
(1.00)
7p gain 73 (23%) 248 0.495
(1.00) 		0.0903
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.86
(1.00) 		1
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.699
(1.00)
7q gain 45 (14%) 276 0.451
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.631
(1.00)
8p gain 49 (15%) 272 0.0189
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.0231
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.522
(1.00)
8q gain 133 (41%) 188 0.174
(1.00) 		0.065
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.359
(1.00) 		1
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.43
(1.00)
9p gain 38 (12%) 283 0.273
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.208
(1.00) 		1
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.0595
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.445
(1.00)
9q gain 50 (16%) 271 0.435
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.954
(1.00) 		1
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.0925
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.487
(1.00)
10p gain 12 (4%) 309 0.965
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.409
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.0216
(1.00)
10q gain 6 (2%) 315 0.0676
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.865
(1.00) 		1
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.0297
(1.00) 		0.523
(1.00) 		1
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.832
(1.00)
11p gain 16 (5%) 305 0.7
(1.00) 		0.163
(1.00) 		1
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.412
(1.00) 		1
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.4
(1.00)
11q gain 17 (5%) 304 0.873
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.942
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.565
(1.00)
12p gain 61 (19%) 260 0.232
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.59
(1.00) 		1
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.755
(1.00)
12q gain 24 (7%) 297 0.293
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.0983
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.789
(1.00) 		1
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.616
(1.00)
13q gain 17 (5%) 304 0.749
(1.00) 		0.962
(1.00) 		1
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.0844
(1.00) 		1
(1.00) 		0.28
(1.00) 		1
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.479
(1.00)
14q gain 52 (16%) 269 0.814
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.554
(1.00)
15q gain 12 (4%) 309 0.808
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.449
(1.00) 		1
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.501
(1.00)
16p gain 21 (7%) 300 0.875
(1.00) 		0.0012
(1.00) 		0.804
(1.00) 		1
(1.00) 		0.015
(1.00) 		1
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0184
(1.00)
16q gain 28 (9%) 293 0.786
(1.00) 		0.0966
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.0871
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00) 		1
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.773
(1.00)
17p gain 19 (6%) 302 0.653
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.44
(1.00)
17q gain 23 (7%) 298 0.941
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.0116
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.181
(1.00) 		1
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.00905
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.414
(1.00)
18q gain 20 (6%) 301 0.0508
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00) 		0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.679
(1.00)
19p gain 12 (4%) 309 0.0282
(1.00) 		0.0823
(1.00) 		1
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.347
(1.00) 		1
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.369
(1.00)
19q gain 21 (7%) 300 0.258
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.263
(1.00) 		1
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.803
(1.00)
20p gain 65 (20%) 256 0.154
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.00835
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.356
(1.00)
20q gain 69 (21%) 252 0.756
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		0.0689
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.00366
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.838
(1.00)
21q gain 9 (3%) 312 0.95
(1.00) 		0.122
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.451
(1.00) 		1
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.0144
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.479
(1.00)
22q gain 39 (12%) 282 0.432
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.668
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0945
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.644
(1.00)
Xq gain 20 (6%) 301 0.0177
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.0813
(1.00) 		1
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.135
(1.00)
1p loss 16 (5%) 305 0.209
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.0117
(1.00) 		0.343
(1.00) 		1
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.00653
(1.00) 		0.0636
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.335
(1.00)
2p loss 6 (2%) 315 0.216
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.6
(1.00) 		1
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.0285
(1.00)
2q loss 10 (3%) 311 0.183
(1.00) 		0.66
(1.00) 		1
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.452
(1.00) 		1
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.0927
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.54
(1.00)
3p loss 121 (38%) 200 0.0174
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.0146
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.0833
(1.00) 		0.0712
(1.00) 		0.721
(1.00) 		1
(1.00) 		0.088
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.0808
(1.00) 		0.257
(1.00)
3q loss 21 (7%) 300 0.241
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.111
(1.00) 		1
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.0807
(1.00)
4p loss 77 (24%) 244 0.0765
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.0914
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.000876
(0.824) 		0.605
(1.00) 		0.0899
(1.00)
4q loss 50 (16%) 271 0.909
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.196
(1.00)
5p loss 8 (2%) 313 0.944
(1.00) 		0.0651
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.917
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.388
(1.00)
5q loss 61 (19%) 260 0.353
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.518
(1.00) 		1
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.0113
(1.00) 		0.055
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.55
(1.00)
6p loss 19 (6%) 302 0.307
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.00123
(1.00) 		0.533
(1.00) 		1
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.562
(1.00)
6q loss 21 (7%) 300 0.847
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.0125
(1.00) 		0.534
(1.00) 		1
(1.00) 		0.174
(1.00) 		1
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.187
(1.00)
7p loss 5 (2%) 316 0.807
(1.00) 		0.509
(1.00) 		1
(1.00) 		0.722
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.0327
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.524
(1.00)
7q loss 8 (2%) 313 0.779
(1.00) 		0.956
(1.00) 		1
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.366
(1.00) 		1
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.547
(1.00) 		1
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.391
(1.00)
8p loss 68 (21%) 253 0.0482
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.0127
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0823
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.287
(1.00)
8q loss 7 (2%) 314 0.226
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.678
(1.00) 		1
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.0666
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.883
(1.00)
9p loss 88 (27%) 233 0.529
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.218
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0271
(1.00) 		0.0134
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.925
(1.00)
9q loss 31 (10%) 290 0.385
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.178
(1.00)
10p loss 48 (15%) 273 0.241
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.0633
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.0519
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.768
(1.00)
10q loss 27 (8%) 294 0.454
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.0441
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.112
(1.00)
11p loss 41 (13%) 280 0.332
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.044
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.0581
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.408
(1.00)
11q loss 60 (19%) 261 0.481
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.0161
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.207
(1.00) 		1
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.0635
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.827
(1.00)
12p loss 12 (4%) 309 0.116
(1.00) 		0.0122
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.0606
(1.00) 		0.042
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.0396
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.0105
(1.00) 		0.547
(1.00)
12q loss 8 (2%) 313 0.667
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.45
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.601
(1.00)
13q loss 64 (20%) 257 0.625
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.0863
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.0486
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.874
(1.00)
14q loss 16 (5%) 305 0.684
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.608
(1.00) 		1
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.0589
(1.00)
15q loss 24 (7%) 297 0.331
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		1
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.285
(1.00)
16p loss 12 (4%) 309 0.405
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.61
(1.00)
16q loss 26 (8%) 295 0.219
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.0666
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.194
(1.00)
17p loss 45 (14%) 276 0.491
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.0559
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.567
(1.00)
17q loss 6 (2%) 315 0.694
(1.00) 		0.498
(1.00) 		1
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.0923
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.00121
(1.00)
18p loss 29 (9%) 292 0.788
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.348
(1.00) 		1
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.346
(1.00)
18q loss 90 (28%) 231 0.0931
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.712
(1.00) 		1
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.0337
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.513
(1.00)
19p loss 27 (8%) 294 0.00806
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.0124
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.111
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0813
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.0895
(1.00) 		0.312
(1.00)
19q loss 20 (6%) 301 0.0503
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.0212
(1.00) 		0.12
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.0161
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.446
(1.00)
20p loss 21 (7%) 300 0.849
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.424
(1.00)
20q loss 10 (3%) 311 0.158
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.0674
(1.00) 		0.393
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.451
(1.00) 		1
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.454
(1.00)
21q loss 57 (18%) 264 0.985
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.0176
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.824
(1.00)
22q loss 25 (8%) 296 0.157
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.19
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.00361
(1.00)
Xq loss 7 (2%) 314 0.356
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.0996
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.267
(1.00) 		1
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.0644
(1.00)
'18p gain mutation analysis' versus 'GENDER'

P value = 0.000163 (Fisher's exact test), Q value = 0.15

Table S1.  Gene #32: '18p gain mutation analysis' versus Clinical Feature #3: 'GENDER'

nPatients FEMALE MALE
ALL 90 231
18P GAIN MUTATED 4 48
18P GAIN WILD-TYPE 86 183

Figure S1.  Get High-res Image Gene #32: '18p gain mutation analysis' versus Clinical Feature #3: 'GENDER'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = broad_values_by_arm.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = HNSC-TP.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 321

  • Number of significantly arm-level cnvs = 79

  • Number of selected clinical features = 12

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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