Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: Correlation between gene mutation status and selected clinical features
(primary solid tumor cohort)
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 94 genes and 11 clinical features across 306 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • TP53 mutation correlated to 'Time to Death'.

  • HLA-B mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 94 genes and 11 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		TUMOR
STAGE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED TOBACCOSMOKINGHISTORYINDICATOR YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET NUMBER
OF
LYMPH
NODES
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test t-test Fisher's exact test t-test t-test
TP53 214 (70%) 92 1.59e-05
(0.0158) 		0.769
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.00577
(1.00) 		0.0175
(1.00) 		0.0067
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.0185
(1.00)
HLA-B 9 (3%) 297 0.636
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.0257
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.0922
(1.00) 		0.0829
(1.00) 		4.64e-08
(4.63e-05)
NOTCH1 57 (19%) 249 0.595
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.00872
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.211
(1.00)
CDKN2A 65 (21%) 241 0.459
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.0709
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.92
(1.00)
HRAS 10 (3%) 296 0.0791
(1.00) 		0.227
(1.00) 		1
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		0.0885
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.219
(1.00)
NFE2L2 17 (6%) 289 0.038
(1.00) 		0.00698
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.696
(1.00)
PIK3CA 64 (21%) 242 0.272
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.393
(1.00) 		1
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.357
(1.00)
CASP8 27 (9%) 279 0.549
(1.00) 		0.000303
(0.3) 		0.00127
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.0114
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.102
(1.00)
FAT1 72 (24%) 234 0.794
(1.00) 		0.00051
(0.506) 		0.131
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.0245
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.917
(1.00)
JUB 18 (6%) 288 0.0943
(1.00) 		0.0802
(1.00) 		1
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.0655
(1.00) 		0.96
(1.00)
MLL2 56 (18%) 250 0.928
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.405
(1.00) 		1
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.0676
(1.00)
FBXW7 15 (5%) 291 0.898
(1.00) 		0.0958
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.367
(1.00)
NSD1 33 (11%) 273 0.194
(1.00) 		0.0819
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.000562
(0.556) 		0.0362
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.000301
(0.299)
BAGE2 11 (4%) 295 0.0589
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.234
(1.00)
POTEC 15 (5%) 291 0.229
(1.00) 		0.0491
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.00819
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.651
(1.00)
ZNF750 13 (4%) 293 0.571
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.0594
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.749
(1.00)
EP300 25 (8%) 281 0.642
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.569
(1.00)
POM121L12 14 (5%) 292 0.649
(1.00) 		0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.685
(1.00)
RHOA 4 (1%) 302 0.288
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.00186
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.156
(1.00)
B2M 7 (2%) 299 0.233
(1.00) 		0.483
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.011
(1.00)
RAC1 9 (3%) 297 0.676
(1.00) 		0.00682
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.297
(1.00) 		1
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.00481
(1.00) 		0.0314
(1.00)
ZNF804B 21 (7%) 285 0.356
(1.00) 		0.054
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.0266
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.0429
(1.00)
KCNT2 17 (6%) 289 0.409
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.0804
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.561
(1.00)
RASA1 14 (5%) 292 0.466
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.925
(1.00)
PRIM2 9 (3%) 297 0.652
(1.00) 		0.516
(1.00) 		1
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.0677
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.521
(1.00)
CDH10 23 (8%) 283 0.171
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.0701
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.098
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.304
(1.00)
CNTNAP5 15 (5%) 291 0.173
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.0769
(1.00) 		0.0291
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.0492
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.127
(1.00)
POTEG 10 (3%) 296 0.432
(1.00) 		0.0789
(1.00) 		1
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.0959
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		0.428
(1.00)
ZNF99 22 (7%) 284 0.284
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.801
(1.00)
OR2T12 11 (4%) 295 0.876
(1.00) 		0.0516
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0325
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.00529
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.0379
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.0674
(1.00)
REG1A 8 (3%) 298 0.458
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.465
(1.00)
PABPC5 9 (3%) 297 0.723
(1.00) 		0.717
(1.00) 		1
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.933
(1.00)
IL32 4 (1%) 302 0.127
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.0875
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.791
(1.00)
PRAMEF11 10 (3%) 296 0.289
(1.00) 		0.0402
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.686
(1.00) 		1
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.0976
(1.00) 		0.901
(1.00)
EPHA2 14 (5%) 292 0.0195
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.805
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00747
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.0793
(1.00) 		0.33
(1.00)
FCRL4 13 (4%) 293 0.368
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.481
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.0883
(1.00) 		0.908
(1.00)
LCP1 12 (4%) 294 0.654
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.0309
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0394
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.756
(1.00)
LRFN5 13 (4%) 293 0.893
(1.00) 		0.862
(1.00) 		1
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.0377
(1.00) 		0.878
(1.00) 		1
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.0655
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.477
(1.00)
MAPK1 4 (1%) 302 0.452
(1.00) 		0.292
(1.00) 		1
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.976
(1.00)
PEG3 23 (8%) 283 0.563
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.076
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.259
(1.00)
PRSS1 8 (3%) 298 0.287
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.000603
(0.597) 		0.869
(1.00) 		0.125
(1.00) 		1
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.0487
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.502
(1.00)
DOK6 8 (3%) 298 0.695
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.00634
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.0744
(1.00) 		0.0219
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.86
(1.00)
GABRB3 11 (4%) 295 0.128
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.0389
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.089
(1.00) 		0.247
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(1.00) 		0.000266
(0.264) 		0.173
(1.00)
STEAP4 10 (3%) 296 0.634
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00) 		0.392
(1.00) 		1
(1.00) 		0.038
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(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.661
(1.00)
ASXL3 21 (7%) 285 0.494
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.727
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(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.803
(1.00)
NTM 7 (2%) 299 0.847
(1.00) 		0.87
(1.00) 		1
(1.00) 		0.56
(1.00) 		1
(1.00) 		0.098
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.823
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(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.746
(1.00)
FAM155A 11 (4%) 295 0.667
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.48
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(1.00) 		0.0429
(1.00)
HLA-A 9 (3%) 297 0.498
(1.00) 		0.262
(1.00) 		1
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.00554
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.0104
(1.00)
KRTAP1-5 3 (1%) 303 0.258
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.475
(1.00)
CTCF 11 (4%) 295 0.239
(1.00) 		0.0444
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.533
(1.00) 		1
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.0319
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.239
(1.00)
BRWD3 16 (5%) 290 0.222
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.000486
(0.482) 		0.731
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.565
(1.00)
CNPY3 3 (1%) 303 0.0807
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.557
(1.00)
FAM101A 4 (1%) 302 0.806
(1.00) 		0.937
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		1
(1.00) 		0.79
(1.00) 		1
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.99
(1.00)
PSG8 9 (3%) 297 0.983
(1.00) 		0.074
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0223
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.00724
(1.00)
OR56A1 8 (3%) 298 0.866
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.392
(1.00) 		1
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.271
(1.00)
OR2M2 8 (3%) 298 0.633
(1.00) 		0.384
(1.00) 		1
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.554
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0479
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.0211
(1.00)
OR4M2 8 (3%) 298 0.375
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.438
(1.00) 		1
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.0909
(1.00)
CPXCR1 7 (2%) 299 0.535
(1.00) 		0.481
(1.00) 		1
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.0728
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.98
(1.00)
EYA1 10 (3%) 296 0.811
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.901
(1.00)
LINGO2 10 (3%) 296 0.412
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.263
(1.00) 		1
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.567
(1.00)
SEMA5A 19 (6%) 287 0.636
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.737
(1.00) 		1
(1.00) 		0.037
(1.00) 		0.0318
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.897
(1.00)
TGFBR2 10 (3%) 296 0.668
(1.00) 		0.0292
(1.00) 		1
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.07
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.00839
(1.00) 		0.0498
(1.00)
PLSCR1 5 (2%) 301 0.0669
(1.00) 		0.395
(1.00) 		1
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.765
(1.00) 		1
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.933
(1.00)
LIN28B 6 (2%) 300 0.466
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.351
(1.00) 		1
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.557
(1.00)
AGTR1 8 (3%) 298 0.324
(1.00) 		0.0224
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.0866
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.0329
(1.00) 		0.318
(1.00)
C6 12 (4%) 294 0.727
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.848
(1.00) 		1
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.504
(1.00)
MS4A14 9 (3%) 297 0.998
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.503
(1.00)
HIST1H4E 5 (2%) 301 0.851
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.878
(1.00) 		1
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.725
(1.00)
LBP 7 (2%) 299 0.98
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.255
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.246
(1.00)
RGS17 5 (2%) 301 0.529
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.644
(1.00)
LILRB1 12 (4%) 294 0.885
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.638
(1.00) 		1
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.506
(1.00)
MAGEL2 12 (4%) 294 0.477
(1.00) 		0.342
(1.00) 		1
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.0997
(1.00) 		0.0533
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.483
(1.00)
OR8D4 6 (2%) 300 0.224
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.2
(1.00) 		1
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.161
(1.00)
HIST1H1B 7 (2%) 299 0.204
(1.00) 		0.0857
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.0554
(1.00) 		0.494
(1.00)
C3ORF59 8 (3%) 298 0.887
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.723
(1.00) 		1
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.0498
(1.00)
C8ORF34 7 (2%) 299 0.223
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.0396
(1.00) 		0.897
(1.00)
OR8J1 9 (3%) 297 0.706
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.453
(1.00) 		1
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.0166
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.594
(1.00)
RAB32 3 (1%) 303 0.97
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.564
(1.00) 		1
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.381
(1.00)
TMEM195 8 (3%) 298 0.669
(1.00) 		0.0323
(1.00) 		1
(1.00) 		0.853
(1.00) 		1
(1.00) 		0.621
(1.00) 		1
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.899
(1.00)
PCDH11X 21 (7%) 285 0.724
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.00379
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.034
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.0236
(1.00)
SLITRK4 12 (4%) 294 0.115
(1.00) 		0.0417
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.0818
(1.00)
FRG2B 6 (2%) 300 0.899
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.0503
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.554
(1.00) 		1
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.448
(1.00)
OR2L13 7 (2%) 299 0.382
(1.00) 		0.392
(1.00) 		1
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.214
(1.00)
CUL3 10 (3%) 296 0.77
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.0875
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.971
(1.00)
FOSL2 7 (2%) 299 0.00662
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.877
(1.00) 		1
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.151
(1.00)
GPR158 12 (4%) 294 0.764
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.453
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(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.135
(1.00)
PTPRT 19 (6%) 287 0.798
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.12
(1.00)
POTEH 7 (2%) 299 0.502
(1.00) 		0.0775
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.877
(1.00) 		1
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.539
(1.00)
OR5D13 7 (2%) 299 0.285
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.0183
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00) 		0.877
(1.00) 		1
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.952
(1.00)
PRB1 7 (2%) 299 0.558
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.993
(1.00)
NEUROD6 7 (2%) 299 0.685
(1.00) 		0.326
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0728
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.0411
(1.00)
DPP10 16 (5%) 290 0.453
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.0528
(1.00) 		0.084
(1.00)
DPPA4 7 (2%) 299 0.529
(1.00) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.849
(1.00)
EPDR1 6 (2%) 300 0.946
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.325
(1.00)
'TP53 MUTATION STATUS' versus 'Time to Death'

P value = 1.59e-05 (logrank test), Q value = 0.016

Table S1.  Gene #6: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 303 120 0.1 - 210.9 (14.8)
TP53 MUTATED 212 96 0.1 - 142.5 (13.2)
TP53 WILD-TYPE 91 24 0.8 - 210.9 (22.0)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #6: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

'HLA-B MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 4.64e-08 (t-test), Q value = 4.6e-05

Table S2.  Gene #53: 'HLA-B MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 231 2.7 (5.3)
HLA-B MUTATED 5 0.2 (0.4)
HLA-B WILD-TYPE 226 2.8 (5.4)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #53: 'HLA-B MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = HNSC-TP.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = HNSC-TP.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 306

  • Number of significantly mutated genes = 94

  • Number of selected clinical features = 11

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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