Lung Squamous Cell Carcinoma: Correlation between gene mutation status and selected clinical features
(primary solid tumor cohort)
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 123 genes and 14 clinical features across 178 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • ASCL4 mutation correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.

  • EIF3E mutation correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 123 genes and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		PATHOLOGICSPREAD(M) TUMOR
STAGE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED TOBACCOSMOKINGHISTORYINDICATOR YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET COMPLETENESS
OF
RESECTION
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test t-test Fisher's exact test t-test Fisher's exact test
ASCL4 6 (3%) 172 0.97
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00) 		0.478
(1.00) 		1
(1.00) 		7.9e-07
(0.00128) 		0.267
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.152
(1.00)
EIF3E 5 (3%) 173 0.18
(1.00) 		0.0795
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0734
(1.00) 		0.151
(1.00) 		1
(1.00) 		6.29e-20
(1.02e-16) 		0.396
(1.00) 		1
(1.00)
CDKN2A 26 (15%) 152 0.245
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.877
(1.00)
PIK3CA 27 (15%) 151 0.111
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.482
(1.00) 		1
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.0916
(1.00) 		1
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.967
(1.00) 		1
(1.00)
NFE2L2 27 (15%) 151 0.59
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.922
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0991
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.497
(1.00)
TP53 141 (79%) 37 0.139
(1.00) 		0.776
(1.00) 		1
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.378
(1.00)
TPTE 24 (13%) 154 0.994
(1.00) 		0.627
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00616
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.0845
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.0487
(1.00)
KEAP1 22 (12%) 156 0.25
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.882
(1.00) 		1
(1.00) 		0.951
(1.00) 		1
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.838
(1.00)
SI 36 (20%) 142 0.94
(1.00) 		0.061
(1.00) 		0.0201
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.511
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0958
(1.00) 		0.0991
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.583
(1.00)
PTEN 14 (8%) 164 0.02
(1.00) 		0.787
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.0371
(1.00) 		0.106
(1.00) 		1
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.294
(1.00)
TRIM58 15 (8%) 163 0.332
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.943
(1.00) 		1
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00) 		0.541
(1.00) 		1
(1.00) 		0.414
(1.00) 		1
(1.00)
OR5L2 13 (7%) 165 0.331
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.115
(1.00) 		1
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.6
(1.00) 		1
(1.00) 		0.708
(1.00) 		1
(1.00)
FAM5C 27 (15%) 151 0.667
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.0833
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.0794
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0506
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.536
(1.00)
LRRC4C 17 (10%) 161 0.0578
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.0664
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0376
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.031
(1.00)
ZBBX 17 (10%) 161 0.537
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.0777
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.0253
(1.00) 		0.0599
(1.00) 		1
(1.00) 		0.242
(1.00) 		1
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.549
(1.00)
DPPA4 12 (7%) 166 0.975
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.707
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0973
(1.00) 		1
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.0457
(1.00)
ASB5 9 (5%) 169 0.201
(1.00) 		0.159
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0308
(1.00) 		1
(1.00) 		0.527
(1.00) 		1
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.615
(1.00)
PDYN 10 (6%) 168 0.814
(1.00) 		0.308
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0122
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.0354
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.189
(1.00)
REG1B 11 (6%) 167 0.927
(1.00) 		0.155
(1.00) 		1
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.0976
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0796
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0727
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.627
(1.00) 		1
(1.00)
CYP11B1 15 (8%) 163 0.0474
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		0.415
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0333
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.476
(1.00)
CRB1 23 (13%) 155 0.653
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.0729
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.953
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.242
(1.00)
OR6F1 13 (7%) 165 0.0519
(1.00) 		0.0989
(1.00) 		0.747
(1.00) 		1
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.521
(1.00) 		1
(1.00) 		0.316
(1.00) 		1
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.142
(1.00)
ESRRG 12 (7%) 166 0.327
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.0378
(1.00) 		1
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.923
(1.00) 		1
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.562
(1.00) 		1
(1.00)
OR2T33 14 (8%) 164 0.596
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.072
(1.00) 		0.0338
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.341
(1.00) 		1
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.15
(1.00) 		1
(1.00)
OR2G6 16 (9%) 162 0.21
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.092
(1.00) 		0.961
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.137
(1.00)
USP29 17 (10%) 161 0.278
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.348
(1.00) 		1
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.3
(1.00)
REG3A 11 (6%) 167 0.424
(1.00) 		0.845
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.218
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00) 		1
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.911
(1.00) 		1
(1.00)
PNLIPRP3 12 (7%) 166 0.354
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0337
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.0659
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.168
(1.00)
MAGEB2 9 (5%) 169 0.82
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.0749
(1.00)
SPHKAP 27 (15%) 151 0.401
(1.00) 		0.837
(1.00) 		1
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.0458
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.959
(1.00) 		1
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.238
(1.00)
CFHR4 10 (6%) 168 0.854
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.459
(1.00) 		1
(1.00) 		0.104
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.655
(1.00)
CPS1 25 (14%) 153 0.692
(1.00) 		0.628
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		0.037
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.0882
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.759
(1.00)
ELTD1 18 (10%) 160 0.764
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.0796
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.0648
(1.00) 		1
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.581
(1.00)
OR4M2 14 (8%) 164 0.688
(1.00) 		0.0466
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.0567
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.0694
(1.00)
OR51B2 10 (6%) 168 0.715
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.696
(1.00) 		1
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.369
(1.00) 		1
(1.00)
SLC13A1 12 (7%) 166 0.685
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.735
(1.00) 		1
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.0146
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.128
(1.00)
TGIF2LX 9 (5%) 169 0.907
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.228
(1.00) 		1
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.0764
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.326
(1.00)
REG3G 8 (4%) 170 0.145
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.0616
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.0967
(1.00)
CBLN4 5 (3%) 173 0.866
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.658
(1.00) 		1
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0378
(1.00) 		1
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.407
(1.00)
OR10G8 10 (6%) 168 0.0741
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0102
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.655
(1.00)
OR4M1 13 (7%) 165 0.488
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.399
(1.00) 		1
(1.00) 		0.399
(1.00) 		1
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.167
(1.00)
OR2T2 7 (4%) 171 0.188
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0162
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.189
(1.00)
OR2T8 8 (4%) 170 0.358
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.648
(1.00) 		1
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.478
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.571
(1.00)
SPANXN1 5 (3%) 173 0.0158
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.288
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0883
(1.00) 		0.84
(1.00) 		1
(1.00)
C20ORF26 20 (11%) 158 0.27
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.277
(1.00)
ZEB2 15 (8%) 163 0.106
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.565
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.476
(1.00)
PSG6 9 (5%) 169 0.959
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.115
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.276
(1.00) 		1
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.145
(1.00)
REG1A 11 (6%) 167 0.995
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.0194
(1.00) 		0.542
(1.00) 		1
(1.00) 		0.451
(1.00) 		1
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.691
(1.00)
CLSTN2 17 (10%) 161 0.232
(1.00) 		0.949
(1.00) 		1
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.00522
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.352
(1.00) 		1
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.322
(1.00)
MTNR1B 10 (6%) 168 0.632
(1.00) 		0.0865
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.616
(1.00) 		1
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.0911
(1.00) 		0.0137
(1.00)
RB1 12 (7%) 166 0.73
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.321
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.263
(1.00)
ZNF567 3 (2%) 175 0.727
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.171
(1.00) 		1
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.00209
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0214
(1.00) 		1
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.608
(1.00) 		1
(1.00)
OR2A5 8 (4%) 170 0.851
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0234
(1.00) 		0.334
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.522
(1.00)
PARK2 10 (6%) 168 0.826
(1.00) 		0.324
(1.00) 		1
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.536
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.665
(1.00) 		1
(1.00)
HS6ST1 5 (3%) 173 0.528
(1.00) 		0.907
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.658
(1.00) 		1
(1.00) 		0.237
(1.00) 		1
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.0958
(1.00) 		1
(1.00)
RNF144A 7 (4%) 171 0.931
(1.00) 		0.499
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.376
(1.00) 		1
(1.00)
CALN1 9 (5%) 169 0.794
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.171
(1.00) 		1
(1.00) 		0.371
(1.00) 		1
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.366
(1.00)
ZNF80 7 (4%) 171 0.728
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.0459
(1.00) 		1
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.189
(1.00)
CLVS2 9 (5%) 169 0.84
(1.00) 		0.0779
(1.00) 		0.246
(1.00) 		1
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.658
(1.00) 		1
(1.00) 		0.112
(1.00) 		1
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.278
(1.00) 		1
(1.00)
OR5M9 8 (4%) 170 0.114
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.683
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.0749
(1.00)
SLC17A8 13 (7%) 165 0.698
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.00631
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.0212
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.782
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00899
(1.00) 		0.0637
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00)
TECRL 9 (5%) 169 0.664
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.0559
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.227
(1.00)
OR4D5 9 (5%) 169 0.333
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.0308
(1.00) 		1
(1.00) 		0.3
(1.00) 		1
(1.00) 		0.154
(1.00) 		1
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.162
(1.00) 		1
(1.00)
POTEG 10 (6%) 168 0.394
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.0448
(1.00) 		0.497
(1.00) 		1
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00414
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.168
(1.00)
TEX13A 8 (4%) 170 0.872
(1.00) 		0.0789
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.0336
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.109
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0705
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.034
(1.00) 		0.0749
(1.00)
HIST2H2BE 3 (2%) 175 0.605
(1.00) 		0.39
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.136
(1.00) 		1
(1.00) 		0.054
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.62
(1.00) 		1
(1.00)
KCNJ3 11 (6%) 167 0.371
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.27
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.332
(1.00) 		1
(1.00)
NUCB2 6 (3%) 172 0.0527
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.02
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.549
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000263
(0.425) 		1
(1.00) 		0.0787
(1.00) 		0.0406
(1.00)
TRHDE 14 (8%) 164 0.465
(1.00) 		0.056
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.0337
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.145
(1.00) 		1
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.353
(1.00) 		1
(1.00)
OR14A16 10 (6%) 168 0.546
(1.00) 		0.369
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0379
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.168
(1.00) 		1
(1.00) 		0.408
(1.00) 		1
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.468
(1.00) 		1
(1.00)
OR6K3 8 (4%) 170 0.622
(1.00) 		0.253
(1.00) 		1
(1.00) 		0.244
(1.00) 		1
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		1
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.607
(1.00) 		1
(1.00)
SLC6A5 6 (3%) 172 0.988
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.343
(1.00) 		1
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.839
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.433
(1.00) 		1
(1.00)
OR2AK2 8 (4%) 170 0.555
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.301
(1.00) 		1
(1.00) 		0.376
(1.00) 		1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.0272
(1.00) 		0.868
(1.00) 		1
(1.00)
FAM5B 14 (8%) 164 0.38
(1.00) 		0.468
(1.00) 		1
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.243
(1.00) 		1
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.216
(1.00)
OR10A4 8 (4%) 170 0.562
(1.00) 		0.604
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.0683
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.221
(1.00) 		1
(1.00)
OR8H1 8 (4%) 170 0.187
(1.00) 		0.545
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.284
(1.00)
PYHIN1 11 (6%) 167 0.397
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.0696
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000389
(0.628) 		0.181
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.691
(1.00)
CNTNAP4 16 (9%) 162 0.847
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.0512
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.687
(1.00) 		1
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.549
(1.00)
HRAS 5 (3%) 173 0.938
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.0932
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.416
(1.00) 		1
(1.00)
PRIM2 13 (7%) 165 0.483
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.0521
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.0795
(1.00) 		0.159
(1.00) 		1
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.425
(1.00) 		1
(1.00)
SPOPL 6 (3%) 172 0.883
(1.00) 		0.0934
(1.00) 		0.343
(1.00) 		1
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.704
(1.00) 		1
(1.00) 		0.624
(1.00) 		1
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.683
(1.00) 		1
(1.00)
GPC5 11 (6%) 167 0.025
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0036
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.691
(1.00)
HLA-A 6 (3%) 172 0.808
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.11
(1.00) 		1
(1.00) 		0.549
(1.00) 		1
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.467
(1.00)
OR5AC2 7 (4%) 171 0.878
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.857
(1.00) 		1
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.0834
(1.00) 		0.4
(1.00) 		1
(1.00)
GABRA2 12 (7%) 166 0.205
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.252
(1.00) 		1
(1.00) 		0.173
(1.00) 		1
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.0583
(1.00) 		0.232
(1.00)
GBA3 9 (5%) 169 0.827
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.0308
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.444
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		1
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.23
(1.00) 		1
(1.00)
KIRREL2 11 (6%) 167 0.325
(1.00) 		0.0919
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.0796
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.266
(1.00)
MS4A14 12 (7%) 166 0.789
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.803
(1.00) 		1
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.404
(1.00) 		1
(1.00)
TMEM195 8 (4%) 170 0.255
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.112
(1.00) 		1
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00)
TMEM90A 4 (2%) 174 0.124
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.574
(1.00) 		1
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.0202
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		1
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.242
(1.00) 		1
(1.00)
ZFP42 8 (4%) 170 0.19
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.0785
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.0506
(1.00)
LEPROT 4 (2%) 174 0.0229
(1.00) 		0.332
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.441
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0876
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.954
(1.00) 		1
(1.00)
LRRTM3 8 (4%) 170 0.703
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.103
(1.00) 		1
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.0967
(1.00)
OR4N4 9 (5%) 169 0.209
(1.00) 		0.926
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0708
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.0395
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.0941
(1.00) 		0.0953
(1.00)
SNAI1 4 (2%) 174 0.12
(1.00) 		0.846
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.597
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.656
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0857
(1.00) 		1
(1.00)
APOBEC1 7 (4%) 171 0.117
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.642
(1.00) 		1
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.467
(1.00)
BAGE2 3 (2%) 175 0.861
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.318
(1.00) 		1
(1.00) 		0.365
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		1
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00)
CD5L 8 (4%) 170 0.686
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.112
(1.00) 		1
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.45
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.0471
(1.00) 		0.898
(1.00) 		1
(1.00)
LIN37 3 (2%) 175 0.659
(1.00) 		0.373
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.466
(1.00) 		1
(1.00) 		0.165
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.268
(1.00)
OR4C11 7 (4%) 171 0.714
(1.00) 		0.608
(1.00) 		1
(1.00) 		0.217
(1.00) 		1
(1.00) 		0.548
(1.00) 		1
(1.00) 		0.147
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00709
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.484
(1.00) 		1
(1.00)
OR8K5 6 (3%) 172 0.151
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.624
(1.00) 		1
(1.00) 		0.817
(1.00) 		1
(1.00) 		0.925
(1.00) 		1
(1.00)
GABRG3 10 (6%) 168 0.44
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.725
(1.00) 		1
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.387
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00208
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.053
(1.00) 		1
(1.00)
KRTAP10-7 7 (4%) 171 0.0467
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		1
(1.00) 		0.665
(1.00) 		1
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.892
(1.00) 		1
(1.00)
UGT3A2 10 (6%) 168 0.756
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.333
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.9
(1.00) 		1
(1.00)
PRB2 7 (4%) 171 0.331
(1.00) 		0.706
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.104
(1.00) 		1
(1.00)
HDAC9 14 (8%) 164 0.157
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00) 		0.072
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.341
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000251
(0.406) 		0.869
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.216
(1.00)
HAO1 7 (4%) 171 0.171
(1.00) 		0.187
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.48
(1.00) 		1
(1.00) 		0.508
(1.00) 		1
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00)
OR2T12 8 (4%) 170 0.73
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		0.395
(1.00) 		1
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.934
(1.00) 		1
(1.00)
OR5AS1 7 (4%) 171 0.00862
(1.00) 		0.899
(1.00) 		1
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00) 		1
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00)
SCN7A 14 (8%) 164 0.354
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.00681
(1.00) 		0.506
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.717
(1.00) 		1
(1.00)
SNTG2 8 (4%) 170 0.723
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.00645
(1.00) 		1
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.414
(1.00) 		1
(1.00) 		0.358
(1.00) 		1
(1.00)
FRG2B 5 (3%) 173 0.799
(1.00) 		0.206
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.795
(1.00) 		1
(1.00) 		0.32
(1.00) 		1
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.407
(1.00)
OR8K3 7 (4%) 171 0.519
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.141
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0372
(1.00) 		1
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00) 		0.3
(1.00) 		1
(1.00)
OR5T1 10 (6%) 168 0.019
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.829
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.813
(1.00) 		1
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.988
(1.00) 		1
(1.00)
FCAR 8 (4%) 170 0.736
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.0243
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.604
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0506
(1.00) 		1
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		0.227
(1.00)
OR2M7 8 (4%) 170 0.108
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.326
(1.00)
CPXCR1 6 (3%) 172 0.68
(1.00) 		0.0334
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0215
(1.00) 		0.0276
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.076
(1.00)
COL6A6 19 (11%) 159 1
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.854
(1.00) 		1
(1.00) 		0.682
(1.00) 		1
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.026
(1.00) 		1
(1.00)
GP2 11 (6%) 167 0.187
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.0184
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.332
(1.00) 		1
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.0519
(1.00) 		0.0257
(1.00)
CCDC85A 9 (5%) 169 0.00876
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.898
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0935
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.221
(1.00) 		1
(1.00)
OR2T3 6 (3%) 172 0.267
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.502
(1.00) 		1
(1.00) 		0.408
(1.00) 		1
(1.00) 		0.812
(1.00) 		1
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.0406
(1.00)
PRR23B 9 (5%) 169 0.147
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.246
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.228
(1.00) 		1
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0654
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.145
(1.00)
RTN1 12 (7%) 166 0.211
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.449
(1.00) 		1
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.0152
(1.00)
'ASCL4 MUTATION STATUS' versus 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

P value = 7.9e-07 (t-test), Q value = 0.0013

Table S1.  Gene #36: 'ASCL4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 146 52.5 (31.3)
ASCL4 MUTATED 4 23.8 (4.8)
ASCL4 WILD-TYPE 142 53.3 (31.4)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #36: 'ASCL4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

'EIF3E MUTATION STATUS' versus 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

P value = 6.29e-20 (t-test), Q value = 1e-16

Table S2.  Gene #121: 'EIF3E MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 146 52.5 (31.3)
EIF3E MUTATED 3 25.0 (0.0)
EIF3E WILD-TYPE 143 53.1 (31.4)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #121: 'EIF3E MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = LUSC-TP.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = LUSC-TP.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 178

  • Number of significantly mutated genes = 123

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Copyright © 2013 Broad Institute TCGA GDAC as part of the TCGA Research Network. All rights reserved.
Made with Nozzle