Correlation between gene mutation status and molecular subtypes
Lung Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
21 April 2013  |  analyses__2013_04_21
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doi:10.7908/C1RJ4GD3
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2013): Lung Adenocarcinoma (Primary solid tumor cohort) - 21 April 2013: Correlation between gene mutation status and molecular subtypes. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1RJ4GD3
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.

Summary

Testing the association between mutation status of 184 genes and 10 molecular subtypes across 172 patients, 8 significant findings detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.

  • STK11 mutation correlated to 'CN_CNMF' and 'MRNASEQ_CNMF'.

  • TP53 mutation correlated to 'CN_CNMF',  'MRNASEQ_CNMF', and 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.

  • KEAP1 mutation correlated to 'MRNASEQ_CNMF' and 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.

  • MUC7 mutation correlated to 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 184 genes and 10 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, 8 significant findings detected.

Clinical
Features 		MRNA
CNMF 		MRNA
CHIERARCHICAL 		CN
CNMF 		METHLYATION
CNMF 		RPPA
CNMF 		RPPA
CHIERARCHICAL 		MRNASEQ
CNMF 		MRNASEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
CNMF 		MIRSEQ
CHIERARCHICAL
nMutated (%) nWild-Type Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
TP53 87 (51%) 85 0.00576
(1.00) 		0.0644
(1.00) 		8.15e-05
(0.127) 		0.0978
(1.00) 		0.000199
(0.309) 		0.00627
(1.00) 		7.51e-05
(0.117) 		4.12e-06
(0.00642) 		0.00819
(1.00) 		0.187
(1.00)
STK11 20 (12%) 152 0.554
(1.00) 		0.418
(1.00) 		7.6e-05
(0.118) 		0.629
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.0712
(1.00) 		5.82e-07
(0.000908) 		0.000403
(0.623) 		0.69
(1.00) 		0.185
(1.00)
KEAP1 32 (19%) 140 0.375
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.00228
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.0162
(1.00) 		1.71e-05
(0.0267) 		4.63e-05
(0.072) 		0.899
(1.00) 		0.241
(1.00)
MUC7 15 (9%) 157 0.000442
(0.684) 		0.0272
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.117
(1.00) 		9.61e-05
(0.149) 		0.182
(1.00) 		0.0896
(1.00)
CDKN2A 8 (5%) 164 0.643
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.534
(1.00)
EGFR 22 (13%) 150 0.0799
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.00829
(1.00) 		0.0405
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.124
(1.00)
KRAS 47 (27%) 125 0.816
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.0585
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.0311
(1.00) 		0.00703
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.016
(1.00) 		0.0329
(1.00)
NAV3 35 (20%) 137 0.256
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.0391
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.147
(1.00)
MAGEC1 23 (13%) 149 1
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.465
(1.00)
CDH10 34 (20%) 138 0.63
(1.00) 		1
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.567
(1.00) 		1
(1.00) 		0.893
(1.00)
TMTC1 22 (13%) 150 0.236
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.327
(1.00)
OR4C16 14 (8%) 158 0.813
(1.00) 		0.076
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0955
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.79
(1.00)
ZNF676 16 (9%) 156 0.0181
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.0844
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.0127
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.374
(1.00)
EPHA6 22 (13%) 150 0.841
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.0837
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.0848
(1.00) 		0.0177
(1.00)
RIMS2 32 (19%) 140 0.151
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.0557
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.28
(1.00)
OR2L3 13 (8%) 159 0.0797
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.0839
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.0387
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.204
(1.00)
ELTD1 15 (9%) 157 0.236
(1.00) 		1
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.00828
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.0547
(1.00)
CD5L 12 (7%) 160 0.35
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.928
(1.00) 		1
(1.00)
CNBD1 10 (6%) 162 0.475
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.0227
(1.00) 		0.035
(1.00) 		0.0119
(1.00) 		0.0165
(1.00) 		0.0831
(1.00)
REG1B 13 (8%) 159 0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.84
(1.00)
REG3A 14 (8%) 158 0.59
(1.00) 		1
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.79
(1.00)
OR2T4 13 (8%) 159 0.623
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.365
(1.00)
GABRB3 11 (6%) 161 0.552
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.0904
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.0154
(1.00)
TRIM58 8 (5%) 164 0.692
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.562
(1.00) 		1
(1.00) 		0.285
(1.00) 		1
(1.00) 		0.723
(1.00) 		1
(1.00)
BAGE2 9 (5%) 163 1
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.0509
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.0815
(1.00) 		0.00721
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.22
(1.00)
OR4A5 12 (7%) 160 0.834
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.0648
(1.00) 		0.0145
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.188
(1.00)
BRAF 15 (9%) 157 0.247
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.242
(1.00)
OR2L8 12 (7%) 160 0.144
(1.00) 		0.057
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.0581
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.0194
(1.00)
CRIPAK 11 (6%) 161 0.969
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.0892
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.415
(1.00)
PABPC3 9 (5%) 163 0.687
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.203
(1.00)
LRRIQ3 10 (6%) 162 0.879
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.371
(1.00)
ZNF804A 30 (17%) 142 0.144
(1.00) 		0.057
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.0969
(1.00)
C18ORF34 19 (11%) 153 0.308
(1.00) 		0.0975
(1.00) 		0.000216
(0.335) 		0.0612
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.0845
(1.00) 		0.0977
(1.00) 		0.067
(1.00)
SERPINB4 10 (6%) 162 0.381
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.0925
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.884
(1.00)
OR2T34 10 (6%) 162 0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.0831
(1.00)
ZNF492 8 (5%) 164 0.957
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.402
(1.00)
OR4C15 13 (8%) 159 0.051
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.302
(1.00)
TBX22 12 (7%) 160 0.973
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.143
(1.00)
U2AF1 6 (3%) 166 0.521
(1.00) 		0.092
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.0357
(1.00)
FERD3L 7 (4%) 165 0.491
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.0886
(1.00)
LRRTM4 18 (10%) 154 0.728
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.0473
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.0422
(1.00) 		0.0205
(1.00) 		0.00661
(1.00)
OR5W2 9 (5%) 163 0.0181
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.00934
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.0377
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		0.0112
(1.00) 		0.381
(1.00)
RIT1 8 (5%) 164 0.0725
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.0563
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.868
(1.00)
OR5D14 13 (8%) 159 0.706
(1.00) 		0.0748
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.767
(1.00)
OR8H2 11 (6%) 161 0.461
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.0591
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.447
(1.00) 		1
(1.00)
NRG3 13 (8%) 159 0.313
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.0824
(1.00) 		0.143
(1.00)
HEATR7B2 20 (12%) 152 0.392
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.0935
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.428
(1.00)
ZNF268 5 (3%) 167 0.308
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.0903
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.828
(1.00)
OR5I1 11 (6%) 161 0.645
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.612
(1.00)
KCNT2 17 (10%) 155 0.192
(1.00) 		0.0514
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.0792
(1.00) 		0.0103
(1.00)
HGF 16 (9%) 156 0.656
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.0666
(1.00) 		0.0178
(1.00)
THEMIS 10 (6%) 162 0.53
(1.00) 		1
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.808
(1.00) 		1
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.686
(1.00) 		1
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.709
(1.00)
IL1RAPL1 11 (6%) 161 0.901
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.267
(1.00)
ADAMTS2 14 (8%) 158 0.675
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.304
(1.00)
SPANXN2 7 (4%) 165 0.515
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.34
(1.00)
GBA3 8 (5%) 164 0.807
(1.00) 		0.0621
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0767
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.484
(1.00) 		1
(1.00)
CPXCR1 10 (6%) 162 0.192
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.00191
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.00864
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.73
(1.00)
TBX15 11 (6%) 161 0.451
(1.00) 		0.0157
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.0922
(1.00) 		0.0501
(1.00)
WDR49 9 (5%) 163 0.192
(1.00) 		0.55
(1.00) 		1
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.551
(1.00)
PCK1 10 (6%) 162 0.42
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.3
(1.00) 		1
(1.00) 		0.73
(1.00)
CXORF59 8 (5%) 164 0.692
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.77
(1.00)
ZIC4 13 (8%) 159 0.465
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.204
(1.00)
OR52E4 6 (3%) 166 0.131
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.0137
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.497
(1.00)
LRRIQ1 21 (12%) 151 0.335
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0747
(1.00) 		0.0146
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.408
(1.00)
ASTN2 14 (8%) 158 0.957
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.0326
(1.00) 		0.652
(1.00)
FAM71B 14 (8%) 158 0.845
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.198
(1.00)
EPHB1 18 (10%) 154 0.478
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.0274
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.0666
(1.00) 		0.0781
(1.00)
OR8H3 11 (6%) 161 0.729
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.549
(1.00) 		1
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.821
(1.00)
RPL10L 6 (3%) 166 0.492
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.0901
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.0772
(1.00) 		0.548
(1.00)
OR4S2 6 (3%) 166 0.83
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.722
(1.00)
PJA1 8 (5%) 164 0.511
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.0605
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.34
(1.00)
INHBA 9 (5%) 163 0.561
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.574
(1.00) 		1
(1.00) 		0.281
(1.00)
RBM10 12 (7%) 160 0.252
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.945
(1.00) 		1
(1.00) 		0.864
(1.00) 		1
(1.00)
MARCH11 8 (5%) 164 0.916
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.678
(1.00)
OR14I1 6 (3%) 166 0.75
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0604
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00)
PTH 3 (2%) 169 1
(1.00) 		0.93
(1.00) 		1
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.71
(1.00)
FLI1 6 (3%) 166 0.641
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		0.804
(1.00) 		1
(1.00) 		0.493
(1.00) 		1
(1.00)
GPR174 6 (3%) 166 0.83
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.324
(1.00)
KRTAP19-6 4 (2%) 168 0.0299
(1.00) 		1
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.791
(1.00)
MAGEB18 5 (3%) 167 0.854
(1.00) 		0.092
(1.00) 		0.0665
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.74
(1.00) 		1
(1.00) 		0.548
(1.00)
NHEDC1 9 (5%) 163 0.315
(1.00) 		0.0614
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.0525
(1.00)
OR2T27 8 (5%) 164 0.366
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.019
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.397
(1.00)
SYT4 11 (6%) 161 0.0852
(1.00) 		0.122
(1.00) 		1
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.141
(1.00) 		1
(1.00) 		0.832
(1.00) 		1
(1.00)
ZSWIM2 13 (8%) 159 0.869
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.227
(1.00)
MYL10 5 (3%) 167 0.637
(1.00) 		0.49
(1.00) 		1
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.619
(1.00) 		1
(1.00)
KRTAP15-1 5 (3%) 167 0.0487
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.0401
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.319
(1.00)
NTNG1 11 (6%) 161 0.0502
(1.00) 		0.0514
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.0226
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.328
(1.00)
OR2M7 9 (5%) 163 0.756
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.627
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0908
(1.00) 		0.185
(1.00)
SATB2 15 (9%) 157 0.261
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.672
(1.00)
OR5F1 12 (7%) 160 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.0489
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.492
(1.00)
OR2W5 7 (4%) 165 0.451
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.0922
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.149
(1.00)
CMKLR1 7 (4%) 165 1
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.402
(1.00)
AKR1B10 4 (2%) 168 0.894
(1.00) 		0.068
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.391
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DACH1 11 (6%) 161 0.0235
(1.00) 		0.0127
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.00324
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.0766
(1.00) 		0.00551
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.415
(1.00)
OR10K2 9 (5%) 163 0.891
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00)
ADAMTS16 22 (13%) 150 0.565
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.694
(1.00) 		1
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.0114
(1.00) 		0.00925
(1.00)
ARHGAP36 13 (8%) 159 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.0775
(1.00) 		0.432
(1.00)
FABP12 3 (2%) 169 0.161
(1.00) 		1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.0792
(1.00)
C7 14 (8%) 158 0.208
(1.00) 		0.0317
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.0547
(1.00)
PI15 7 (4%) 165 0.0333
(1.00) 		0.00706
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.0106
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.0471
(1.00) 		0.34
(1.00)
NRXN1 25 (15%) 147 0.388
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.0753
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.00747
(1.00) 		0.000578
(0.894) 		0.000165
(0.256)
OR5D16 7 (4%) 165 0.451
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.0596
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0588
(1.00)
LIPI 7 (4%) 165 0.00605
(1.00) 		0.00706
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.764
(1.00) 		1
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.284
(1.00)
SEMA3A 10 (6%) 162 0.758
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.328
(1.00)
C1ORF49 6 (3%) 166 0.0128
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.0976
(1.00) 		0.432
(1.00) 		1
(1.00)
SLC35F1 9 (5%) 163 0.28
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.562
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0848
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.432
(1.00)
PYHIN1 7 (4%) 165 0.777
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.172
(1.00)
ANKRD7 6 (3%) 166 0.694
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.0665
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.0643
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.319
(1.00)
OLAH 7 (4%) 165 0.00712
(1.00) 		0.00248
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.0272
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.00451
(1.00) 		0.00906
(1.00) 		0.0588
(1.00)
TMEM195 11 (6%) 161 0.712
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.879
(1.00) 		1
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.73
(1.00)
KRTAP11-1 6 (3%) 166 0.83
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.052
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.27
(1.00)
OR6N2 7 (4%) 165 0.245
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.0714
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.34
(1.00)
PRIM2 10 (6%) 162 0.0377
(1.00) 		0.0959
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.00923
(1.00) 		0.0728
(1.00) 		0.0141
(1.00) 		0.0831
(1.00)
C14ORF177 5 (3%) 167 0.127
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.319
(1.00)
FAM48B1 10 (6%) 162 0.53
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0291
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.92
(1.00) 		1
(1.00) 		0.709
(1.00)
KCNS2 7 (4%) 165 0.563
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.784
(1.00) 		1
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.186
(1.00)
C7ORF58 17 (10%) 155 0.474
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.0416
(1.00) 		0.087
(1.00) 		0.012
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.658
(1.00)
OR14A16 12 (7%) 160 0.59
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.00251
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.628
(1.00)
EPHA7 11 (6%) 161 0.12
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.188
(1.00)
SERPINB13 9 (5%) 163 0.354
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.0596
(1.00)
OR13G1 9 (5%) 163 0.832
(1.00) 		0.0105
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.0234
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.237
(1.00)
CDH18 22 (13%) 150 0.192
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.0491
(1.00) 		0.0328
(1.00) 		0.0156
(1.00) 		0.000828
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.0854
(1.00)
CTNNA2 20 (12%) 152 0.192
(1.00) 		1
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.0983
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.532
(1.00)
OR5T2 8 (5%) 164 0.168
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.466
(1.00)
APCS 4 (2%) 168 0.0013
(1.00) 		0.876
(1.00) 		1
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.0729
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.354
(1.00)
IFNA7 5 (3%) 167 0.215
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.319
(1.00)
UGT2B10 11 (6%) 161 0.612
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.415
(1.00)
PPP3CA 3 (2%) 169 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0857
(1.00) 		0.791
(1.00) 		1
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00)
TBX5 11 (6%) 161 0.247
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.507
(1.00) 		1
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.21
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.746
(1.00)
VN1R2 7 (4%) 165 0.0385
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.0244
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.655
(1.00)
ADAMTS18 17 (10%) 155 0.949
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.84
(1.00) 		1
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.0193
(1.00) 		0.00661
(1.00)
PSG6 11 (6%) 161 0.404
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.237
(1.00)
CCDC73 11 (6%) 161 0.0156
(1.00) 		0.238
(1.00) 		1
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.236
(1.00) 		1
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.415
(1.00)
OR10G8 8 (5%) 164 0.552
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.0596
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.466
(1.00) 		1
(1.00)
OR51I1 6 (3%) 166 0.309
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.0976
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.722
(1.00)
GPR101 9 (5%) 163 0.218
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.24
(1.00) 		1
(1.00) 		0.709
(1.00)
IRX1 7 (4%) 165 0.0437
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.868
(1.00)
STAC3 3 (2%) 169 0.627
(1.00) 		1
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.536
(1.00)
BCHE 9 (5%) 163 0.0519
(1.00) 		0.0391
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.0897
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.499
(1.00)
CNGA2 11 (6%) 161 0.12
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.146
(1.00)
FTSJD1 6 (3%) 166 0.619
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.0197
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.324
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MAGEC2 8 (5%) 164 0.253
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		0.397
(1.00)
OR10T2 7 (4%) 165 0.905
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.00451
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.34
(1.00)
OR4L1 7 (4%) 165 0.362
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.408
(1.00) 		1
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.655
(1.00)
RIT2 3 (2%) 169 0.627
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.536
(1.00)
OR2T8 8 (5%) 164 0.293
(1.00) 		0.0998
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.105
(1.00)
NPFFR2 10 (6%) 162 0.28
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.0767
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.0535
(1.00) 		0.0727
(1.00)
CHM 6 (3%) 166 0.411
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.776
(1.00) 		1
(1.00) 		0.828
(1.00)
OR4D10 5 (3%) 167 1
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.49
(1.00) 		1
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.828
(1.00)
OR5D13 4 (2%) 168 0.894
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.447
(1.00)
FOXI1 8 (5%) 164 0.879
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.533
(1.00) 		1
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.884
(1.00)
FAM47B 14 (8%) 158 0.107
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.929
(1.00)
OR5K3 7 (4%) 165 0.174
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.0605
(1.00) 		0.34
(1.00)
HOXB3 10 (6%) 162 0.933
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.0795
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.886
(1.00)
PTN 4 (2%) 168 0.154
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.791
(1.00)
SAMD7 6 (3%) 166 0.204
(1.00) 		0.222
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0364
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.00849
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.497
(1.00)
BIRC8 6 (3%) 166 0.94
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.123
(1.00) 		1
(1.00) 		0.434
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0772
(1.00) 		0.548
(1.00)
OR51A7 7 (4%) 165 0.0998
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00)
TYR 10 (6%) 162 0.503
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.328
(1.00)
TGFB2 6 (3%) 166 0.78
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.0764
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.608
(1.00)
GPR158 18 (10%) 154 0.0481
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.000161
(0.251) 		0.0503
(1.00) 		0.033
(1.00)
MTTP 6 (3%) 166 0.18
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.49
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0166
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.221
(1.00)
COL25A1 11 (6%) 161 0.192
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.421
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RB1 7 (4%) 165 0.515
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.0968
(1.00) 		0.0962
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.149
(1.00)
CYLC1 6 (3%) 166 1
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.784
(1.00) 		1
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.27
(1.00)
CYP4V2 6 (3%) 166 0.291
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.0903
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FGF14 7 (4%) 165 0.905
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.34
(1.00)
GC 5 (3%) 167 0.339
(1.00) 		1
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.319
(1.00)
LCE1F 4 (2%) 168 0.661
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.447
(1.00)
RBM19 14 (8%) 158 0.957
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.164
(1.00)
C2ORF51 5 (3%) 167 0.154
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00) 		0.619
(1.00) 		1
(1.00)
CNKSR2 8 (5%) 164 0.456
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.031
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.237
(1.00)
DIO2 6 (3%) 166 0.243
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.828
(1.00)
FRG1 6 (3%) 166 0.619
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.785
(1.00) 		1
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.828
(1.00)
PIP 5 (3%) 167 1
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.664
(1.00) 		1
(1.00) 		0.711
(1.00) 		1
(1.00) 		0.619
(1.00) 		1
(1.00)
SLITRK2 19 (11%) 153 0.42
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.834
(1.00)
GABRA5 11 (6%) 161 0.869
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.018
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.63
(1.00) 		1
(1.00) 		0.509
(1.00)
OR4A16 8 (5%) 164 0.843
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.0779
(1.00) 		0.237
(1.00)
MBD1 6 (3%) 166 0.204
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.0808
(1.00) 		0.0805
(1.00) 		0.432
(1.00) 		1
(1.00)
NELL1 14 (8%) 158 0.728
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.933
(1.00) 		1
(1.00)
STXBP5L 12 (7%) 160 0.329
(1.00) 		0.849
(1.00) 		1
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.575
(1.00)
SLC10A2 7 (4%) 165 0.819
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.0714
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.34
(1.00)
DYTN 10 (6%) 162 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.0755
(1.00) 		0.0352
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.73
(1.00)
SLITRK4 15 (9%) 157 0.531
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.0832
(1.00) 		0.0253
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.299
(1.00)
'STK11 MUTATION STATUS' versus 'CN_CNMF'

P value = 7.6e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.12

Table S1.  Gene #4: 'STK11 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4
ALL 53 63 36 20
STK11 MUTATED 0 11 9 0
STK11 WILD-TYPE 53 52 27 20

Figure S1.  Get High-res Image Gene #4: 'STK11 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'CN_CNMF'

'STK11 MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CNMF'

P value = 5.82e-07 (Chi-square test), Q value = 0.00091

Table S2.  Gene #4: 'STK11 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4 CLUS_5 CLUS_6 CLUS_7 CLUS_8 CLUS_9
ALL 39 23 27 14 11 17 23 8 8
STK11 MUTATED 0 0 4 8 0 2 5 0 0
STK11 WILD-TYPE 39 23 23 6 11 15 18 8 8

Figure S2.  Get High-res Image Gene #4: 'STK11 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'

'TP53 MUTATION STATUS' versus 'CN_CNMF'

P value = 8.15e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.13

Table S3.  Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4
ALL 53 63 36 20
TP53 MUTATED 36 18 23 10
TP53 WILD-TYPE 17 45 13 10

Figure S3.  Get High-res Image Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'CN_CNMF'

'TP53 MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CNMF'

P value = 7.51e-05 (Chi-square test), Q value = 0.12

Table S4.  Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4 CLUS_5 CLUS_6 CLUS_7 CLUS_8 CLUS_9
ALL 39 23 27 14 11 17 23 8 8
TP53 MUTATED 28 8 22 3 3 8 10 3 1
TP53 WILD-TYPE 11 15 5 11 8 9 13 5 7

Figure S4.  Get High-res Image Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'

'TP53 MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

P value = 4.12e-06 (Fisher's exact test), Q value = 0.0064

Table S5.  Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 61 57 52
TP53 MUTATED 16 40 30
TP53 WILD-TYPE 45 17 22

Figure S5.  Get High-res Image Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

'KEAP1 MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CNMF'

P value = 1.71e-05 (Chi-square test), Q value = 0.027

Table S6.  Gene #6: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4 CLUS_5 CLUS_6 CLUS_7 CLUS_8 CLUS_9
ALL 39 23 27 14 11 17 23 8 8
KEAP1 MUTATED 2 0 6 8 3 2 10 1 0
KEAP1 WILD-TYPE 37 23 21 6 8 15 13 7 8

Figure S6.  Get High-res Image Gene #6: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'

'KEAP1 MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

P value = 4.63e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.072

Table S7.  Gene #6: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 61 57 52
KEAP1 MUTATED 9 3 20
KEAP1 WILD-TYPE 52 54 32

Figure S7.  Get High-res Image Gene #6: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

'MUC7 MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

P value = 9.61e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.15

Table S8.  Gene #10: 'MUC7 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 61 57 52
MUC7 MUTATED 1 2 12
MUC7 WILD-TYPE 60 55 40

Figure S8.  Get High-res Image Gene #10: 'MUC7 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = LUAD-TP.mutsig.cluster.txt

  • Molecular subtypes file = LUAD-TP.transferedmergedcluster.txt

  • Number of patients = 172

  • Number of significantly mutated genes = 184

  • Number of Molecular subtypes = 10

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

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This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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