Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Skin Cutaneous Melanoma (Metastatic)
21 April 2013  |  analyses__2013_04_21
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Citation Information
doi:10.7908/C1028PHS
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2013): Skin Cutaneous Melanoma (Metastatic cohort) - 21 April 2013: Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1028PHS
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 126 genes and 8 clinical features across 159 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • MUC7 mutation correlated to 'AGE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 126 genes and 8 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE PRIMARY
SITE
OF
DISEASE 		GENDER DISTANT
METASTASIS 		LYMPH
NODE
METASTASIS 		TUMOR
STAGECODE 		NEOPLASM
DISEASESTAGE
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Chi-square test Chi-square test t-test Chi-square test
MUC7 11 (7%) 148 0.361
(1.00) 		0.000215
(0.187) 		0.818
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.605
(1.00)
TP53 25 (16%) 134 0.666
(1.00) 		0.0919
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.308
(1.00)
BRAF 80 (50%) 79 0.197
(1.00) 		0.0763
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.787
(1.00)
C15ORF23 11 (7%) 148 0.648
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.693
(1.00)
CDKN2A 25 (16%) 134 0.563
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.624
(1.00) 		1
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.603
(1.00)
NRAS 48 (30%) 111 0.664
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.33
(1.00) 		1
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.523
(1.00)
OXA1L 4 (3%) 155 0.77
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.454
(1.00)
STK19 9 (6%) 150 0.381
(1.00) 		0.506
(1.00) 		1
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.917
(1.00)
PTEN 13 (8%) 146 0.719
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.000321
(0.28) 		0.759
(1.00) 		0.0281
(1.00)
RAC1 11 (7%) 148 0.0866
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.412
(1.00) 		1
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.358
(1.00)
ACSM2B 29 (18%) 130 0.383
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.0872
(1.00) 		0.00291
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.775
(1.00)
CADM2 17 (11%) 142 0.467
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.316
(1.00)
OR51S1 16 (10%) 143 0.621
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.185
(1.00) 		1
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.138
(1.00)
LCE1B 10 (6%) 149 0.465
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.0912
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.691
(1.00)
IDH1 7 (4%) 152 0.705
(1.00) 		0.0111
(1.00) 		1
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.517
(1.00)
TAF1A 11 (7%) 148 0.0724
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.831
(1.00)
NAP1L2 15 (9%) 144 0.264
(1.00) 		0.0772
(1.00) 		0.0935
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.467
(1.00)
PPP6C 14 (9%) 145 0.00666
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.574
(1.00)
FRG2B 10 (6%) 149 0.649
(1.00) 		0.022
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.619
(1.00)
USP29 27 (17%) 132 0.141
(1.00) 		0.0558
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.269
(1.00)
PRB4 17 (11%) 142 0.0629
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.836
(1.00)
HIST1H2AA 7 (4%) 152 0.767
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.04
(1.00) 		1
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.74
(1.00)
RPTN 26 (16%) 133 0.297
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.0643
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.014
(1.00)
ZNF479 13 (8%) 146 0.236
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.913
(1.00)
C8A 20 (13%) 139 0.427
(1.00) 		0.14
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0899
(1.00) 		0.0803
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.136
(1.00)
FUT9 17 (11%) 142 0.498
(1.00) 		0.0287
(1.00) 		0.388
(1.00) 		1
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.115
(1.00)
ZNF679 15 (9%) 144 0.849
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.0884
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.455
(1.00)
NRK 20 (13%) 139 0.99
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.53
(1.00)
CDH9 26 (16%) 133 0.289
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.0168
(1.00) 		1
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.071
(1.00)
PRAMEF11 15 (9%) 144 0.0394
(1.00) 		0.0829
(1.00) 		0.747
(1.00) 		1
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.0358
(1.00) 		0.856
(1.00)
DDX3X 16 (10%) 143 0.572
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.00504
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.683
(1.00)
GRXCR1 15 (9%) 144 0.189
(1.00) 		0.028
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.296
(1.00)
PRB2 22 (14%) 137 0.594
(1.00) 		0.00859
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.138
(1.00)
ELF5 5 (3%) 154 0.157
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.0863
(1.00) 		0.871
(1.00)
IL32 7 (4%) 152 0.0353
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.531
(1.00) 		1
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.0104
(1.00)
LUZP2 13 (8%) 146 0.812
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.0378
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.0203
(1.00)
PDE1A 24 (15%) 135 0.622
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.0192
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.639
(1.00)
RBM11 10 (6%) 149 0.564
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.604
(1.00)
GLRB 18 (11%) 141 0.518
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.0182
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.627
(1.00)
PRB1 15 (9%) 144 0.555
(1.00) 		0.365
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0502
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.504
(1.00)
KIAA1257 7 (4%) 152 0.217
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.547
(1.00)
USP17L2 15 (9%) 144 0.895
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.0462
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.149
(1.00)
SPAG16 13 (8%) 146 0.227
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.675
(1.00)
OR4M2 17 (11%) 142 0.656
(1.00) 		0.0866
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.266
(1.00)
GFRAL 21 (13%) 138 0.958
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.202
(1.00)
UNC119B 3 (2%) 156 0.991
(1.00) 		0.377
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.595
(1.00)
PHGDH 7 (4%) 152 0.679
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.0454
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.0987
(1.00)
STXBP5L 32 (20%) 127 0.273
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.31
(1.00)
TRAT1 10 (6%) 149 0.0279
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.0513
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.799
(1.00)
ZNF844 4 (3%) 155 0.352
(1.00) 		0.02
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.813
(1.00)
TTN 123 (77%) 36 0.325
(1.00) 		0.673
(1.00) 		1
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.372
(1.00)
COPG2 3 (2%) 156 0.461
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.723
(1.00) 		1
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.0539
(1.00)
DSG3 34 (21%) 125 0.852
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.51
(1.00)
GML 8 (5%) 151 0.918
(1.00) 		0.112
(1.00) 		1
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.965
(1.00)
HHLA2 10 (6%) 149 0.663
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.927
(1.00)
LILRB4 23 (14%) 136 0.514
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.0588
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.465
(1.00)
SLC38A4 19 (12%) 140 0.92
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.0434
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.949
(1.00)
OR2L3 12 (8%) 147 0.904
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.0129
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.0125
(1.00)
HBD 8 (5%) 151 0.126
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.413
(1.00)
TBC1D3B 3 (2%) 156 0.00311
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.283
(1.00) 		1
(1.00)
TCEB3C 23 (14%) 136 0.35
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.423
(1.00)
CYLC2 16 (10%) 143 0.506
(1.00) 		0.0961
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.075
(1.00) 		0.528
(1.00)
HBG2 6 (4%) 153 0.536
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.486
(1.00) 		1
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.736
(1.00)
LOC649330 18 (11%) 141 0.508
(1.00) 		0.0176
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.736
(1.00)
PARM1 13 (8%) 146 0.23
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.0367
(1.00) 		0.328
(1.00)
CCK 5 (3%) 154 0.11
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.0158
(1.00) 		0.755
(1.00)
ZFP106 6 (4%) 153 0.524
(1.00) 		0.000588
(0.512) 		0.486
(1.00) 		0.0839
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.379
(1.00)
UGT2B15 15 (9%) 144 0.613
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.0686
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.0642
(1.00)
DSG1 24 (15%) 135 0.109
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.757
(1.00) 		1
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.387
(1.00)
ARL16 5 (3%) 154 0.209
(1.00) 		0.0265
(1.00) 		0.0579
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.154
(1.00)
VEGFC 15 (9%) 144 0.882
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.236
(1.00)
PSG4 16 (10%) 143 0.855
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.0811
(1.00) 		1
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.75
(1.00)
DEFB119 6 (4%) 153 0.193
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.152
(1.00) 		1
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.339
(1.00)
KLHL4 15 (9%) 144 0.0836
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.483
(1.00)
EIF3D 3 (2%) 156 0.0486
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.625
(1.00)
OR2W1 12 (8%) 147 0.616
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.874
(1.00)
OR4N2 18 (11%) 141 0.854
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.018
(1.00) 		0.066
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.469
(1.00)
CCDC11 15 (9%) 144 0.568
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.486
(1.00)
LIN7A 8 (5%) 151 0.562
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.543
(1.00)
RAPGEF5 7 (4%) 152 0.917
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.0777
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.806
(1.00)
CD2 14 (9%) 145 0.446
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.0422
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.0686
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.347
(1.00)
C2ORF40 4 (3%) 155 0.847
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.0639
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.96
(1.00)
SGCZ 16 (10%) 143 0.205
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.93
(1.00) 		1
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.762
(1.00)
SPANXN2 13 (8%) 146 0.0376
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.288
(1.00)
TLL1 31 (19%) 128 0.873
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.245
(1.00)
C9ORF119 5 (3%) 154 0.828
(1.00) 		0.961
(1.00) 		1
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.073
(1.00) 		0.799
(1.00)
CCDC54 10 (6%) 149 0.386
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.904
(1.00)
DEFB118 6 (4%) 153 0.12
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.841
(1.00) 		1
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.778
(1.00)
HTR3B 11 (7%) 148 0.0521
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.394
(1.00)
MARCH11 7 (4%) 152 0.265
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.0562
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.581
(1.00)
MKX 10 (6%) 149 0.408
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.0659
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.0216
(1.00)
OR5H2 11 (7%) 148 0.342
(1.00) 		0.0293
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.409
(1.00)
SIGLEC14 7 (4%) 152 0.791
(1.00) 		0.0764
(1.00) 		0.0682
(1.00) 		0.0454
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.373
(1.00)
TUBB8 7 (4%) 152 0.781
(1.00) 		0.216
(1.00) 		1
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.665
(1.00)
ZIM3 14 (9%) 145 0.0385
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.0247
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.259
(1.00)
PRC1 9 (6%) 150 0.637
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.933
(1.00)
MUM1L1 16 (10%) 143 0.439
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.443
(1.00) 		1
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.607
(1.00)
TRIM58 12 (8%) 147 0.307
(1.00) 		0.00251
(1.00) 		0.833
(1.00) 		1
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.794
(1.00)
ANKRD20A4 3 (2%) 156 0.512
(1.00) 		0.831
(1.00) 		1
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.595
(1.00)
OR5J2 10 (6%) 149 0.726
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.818
(1.00)
CLEC14A 14 (9%) 145 0.202
(1.00) 		0.771
(1.00) 		1
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.481
(1.00)
FAM19A1 7 (4%) 152 0.429
(1.00) 		0.96
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.834
(1.00)
GK2 20 (13%) 139 0.239
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.0743
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.0434
(1.00)
LONRF2 13 (8%) 146 0.0197
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.418
(1.00)
HAPLN1 8 (5%) 151 0.333
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.0562
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.273
(1.00)
NAP1L4 6 (4%) 153 0.332
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.667
(1.00)
CLCC1 9 (6%) 150 0.0717
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.48
(1.00) 		1
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.457
(1.00)
OR52J3 10 (6%) 149 0.105
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.338
(1.00) 		1
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.936
(1.00)
TMCO5A 6 (4%) 153 0.358
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.261
(1.00)
C4ORF22 8 (5%) 151 0.737
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.633
(1.00)
MAP2K1 8 (5%) 151 0.523
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.0939
(1.00) 		0.0108
(1.00) 		0.749
(1.00)
OR7D2 14 (9%) 145 0.775
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.128
(1.00)
CXCR2 9 (6%) 150 0.0455
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.202
(1.00)
RBM22 4 (3%) 155 0.719
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.786
(1.00)
CX3CL1 3 (2%) 156 0.442
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00)
IGF2BP3 3 (2%) 156 0.848
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00)
KLRC3 4 (3%) 155 0.482
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.852
(1.00)
LRRIQ4 15 (9%) 144 0.266
(1.00) 		0.0892
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.678
(1.00)
NR1H4 9 (6%) 150 0.417
(1.00) 		0.289
(1.00) 		1
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.579
(1.00)
OR4A15 14 (9%) 145 0.781
(1.00) 		0.0453
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.0821
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.516
(1.00)
MAGEA4 8 (5%) 151 0.549
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.0993
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.0562
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.798
(1.00)
DGAT2L6 8 (5%) 151 0.436
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.0307
(1.00) 		1
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.727
(1.00)
RGS18 7 (4%) 152 0.813
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.0454
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.793
(1.00)
TSGA13 6 (4%) 153 0.257
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.266
(1.00)
OPN5 5 (3%) 154 0.287
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.754
(1.00)
SPINK13 5 (3%) 154 0.0585
(1.00) 		0.29
(1.00) 		1
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.073
(1.00) 		0.871
(1.00)
'MUC7 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 0.000215 (t-test), Q value = 0.19

Table S1.  Gene #17: 'MUC7 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 159 56.2 (16.0)
MUC7 MUTATED 11 72.7 (10.9)
MUC7 WILD-TYPE 148 55.0 (15.7)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #17: 'MUC7 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = SKCM-TM.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = SKCM-TM.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 159

  • Number of significantly mutated genes = 126

  • Number of selected clinical features = 8

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[5] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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