Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Lung Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
23 May 2013  |  analyses__2013_05_23
Maintainer Information
Citation Information
doi:10.7908/C1J67F04
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2013): Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1J67F04
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 158 genes and 13 clinical features across 172 patients, 9 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • SMARCA4 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • U2AF1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • MYL10 mutation correlated to 'LYMPH.NODE.METASTASIS'.

  • GBA3 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • SVOP mutation correlated to 'LYMPH.NODE.METASTASIS'.

  • KRT28 mutation correlated to 'LYMPH.NODE.METASTASIS'.

  • SPATA18 mutation correlated to 'LYMPH.NODE.METASTASIS'.

  • HCK mutation correlated to 'LYMPH.NODE.METASTASIS'.

  • OR13G1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 158 genes and 13 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 9 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET DISTANT
METASTASIS 		LYMPH
NODE
METASTASIS 		COMPLETENESS
OF
RESECTION 		TUMOR
STAGECODE 		NEOPLASM
DISEASESTAGE
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test t-test Chi-square test Fisher's exact test t-test t-test Fisher's exact test Chi-square test Fisher's exact test t-test Chi-square test
SMARCA4 14 (8%) 158 0.735
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.171
(1.00) 		5.94e-07
(0.00102) 		1
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.893
(1.00) 		1
(1.00) 		0.469
(1.00)
U2AF1 6 (3%) 166 0.436
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.22
(1.00) 		1.18e-08
(2.04e-05) 		0.356
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.0983
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.466
(1.00)
MYL10 5 (3%) 167 0.604
(1.00) 		0.423
(1.00) 		1
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.221
(1.00) 		1
(1.00) 		4.04e-07
(0.000696) 		0.253
(1.00) 		0.163
(1.00)
GBA3 8 (5%) 164 0.357
(1.00) 		0.0276
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1.34e-06
(0.00231) 		1
(1.00) 		0.0895
(1.00) 		0.379
(1.00) 		1
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.25
(1.00)
SVOP 7 (4%) 165 0.866
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.875
(1.00) 		1
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.338
(1.00) 		1
(1.00) 		5.04e-05
(0.0865) 		0.64
(1.00) 		0.567
(1.00)
KRT28 7 (4%) 165 0.683
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.000199
(0.342) 		0.0772
(1.00) 		0.071
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.499
(1.00) 		1.48e-05
(0.0254) 		1
(1.00) 		0.0202
(1.00)
SPATA18 8 (5%) 164 0.609
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.338
(1.00) 		1
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.564
(1.00) 		4.72e-06
(0.00811) 		0.571
(1.00) 		0.0317
(1.00)
HCK 6 (3%) 166 0.219
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.709
(1.00) 		1.38e-05
(0.0237) 		0.49
(1.00) 		0.29
(1.00)
OR13G1 9 (5%) 163 0.137
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00) 		1.08e-05
(0.0185) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.879
(1.00) 		1
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.439
(1.00)
CDKN2A 8 (5%) 164 0.371
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.0411
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.954
(1.00) 		1
(1.00) 		0.955
(1.00)
KRAS 47 (27%) 125 0.452
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.779
(1.00) 		1
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.583
(1.00)
TP53 87 (51%) 85 0.635
(1.00) 		0.0626
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.216
(1.00) 		1
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.947
(1.00)
EGFR 22 (13%) 150 0.0132
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.708
(1.00) 		1
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.799
(1.00)
STK11 20 (12%) 152 0.378
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.0941
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.403
(1.00) 		1
(1.00) 		0.889
(1.00) 		1
(1.00) 		0.451
(1.00)
KEAP1 32 (19%) 140 0.748
(1.00) 		0.784
(1.00) 		1
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.872
(1.00) 		1
(1.00) 		0.755
(1.00)
CRIPAK 11 (6%) 161 0.135
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.00809
(1.00) 		1
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.967
(1.00) 		1
(1.00) 		0.461
(1.00)
RBM10 12 (7%) 160 0.926
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		0.996
(1.00) 		1
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.139
(1.00) 		1
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.711
(1.00)
NF1 21 (12%) 151 0.43
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.082
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.474
(1.00)
FLG 44 (26%) 128 0.0194
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.864
(1.00) 		1
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.0504
(1.00) 		1
(1.00) 		0.427
(1.00)
GPR112 35 (20%) 137 0.682
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.324
(1.00)
MUC7 15 (9%) 157 0.299
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.0313
(1.00) 		0.742
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.685
(1.00)
COL11A1 34 (20%) 138 0.968
(1.00) 		0.824
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0327
(1.00) 		0.2
(1.00) 		1
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.707
(1.00)
HRNR 25 (15%) 147 0.178
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.0632
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.0121
(1.00)
BRAF 15 (9%) 157 0.851
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.996
(1.00) 		1
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.161
(1.00)
PCK1 10 (6%) 162 0.183
(1.00) 		0.319
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.00122
(1.00) 		0.0881
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.117
(1.00)
CSMD3 78 (45%) 94 0.169
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.0666
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.125
(1.00)
RB1 7 (4%) 165 0.0814
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.011
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.745
(1.00)
RIMS2 32 (19%) 140 0.56
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.0367
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.508
(1.00)
RIT1 8 (5%) 164 0.829
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.0203
(1.00) 		0.502
(1.00)
FTSJD1 6 (3%) 166 0.355
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.671
(1.00) 		1
(1.00) 		0.198
(1.00)
LRP1B 61 (35%) 111 0.197
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.433
(1.00)
OR10J3 9 (5%) 163 0.644
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.976
(1.00) 		1
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		0.338
(1.00)
SETD2 15 (9%) 157 0.0885
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.0733
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.409
(1.00)
LTBP1 20 (12%) 152 0.221
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.877
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0046
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.251
(1.00)
ZCCHC5 10 (6%) 162 0.291
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.885
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.0232
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.871
(1.00) 		1
(1.00) 		0.231
(1.00)
ADAMTS5 14 (8%) 158 0.00337
(1.00) 		0.4
(1.00) 		1
(1.00) 		0.985
(1.00) 		1
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.00413
(1.00) 		1
(1.00) 		0.106
(1.00)
ZNF268 5 (3%) 167 0.235
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.181
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.58
(1.00)
OR4Q3 11 (6%) 161 0.485
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.0314
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.298
(1.00)
SMAD4 7 (4%) 165 0.807
(1.00) 		0.465
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.0108
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.954
(1.00) 		1
(1.00) 		0.527
(1.00)
ARID1A 11 (6%) 161 0.48
(1.00) 		0.0113
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.994
(1.00) 		1
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.0382
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.91
(1.00)
CCDC73 11 (6%) 161 0.317
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.102
(1.00) 		1
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.426
(1.00)
MGA 16 (9%) 156 0.216
(1.00) 		0.0204
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.0315
(1.00) 		1
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.0879
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.253
(1.00)
IFNA7 5 (3%) 167 0.444
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.934
(1.00) 		1
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.38
(1.00) 		1
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.0203
(1.00)
FANCD2 7 (4%) 165 0.604
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.93
(1.00) 		1
(1.00) 		0.421
(1.00)
MBD1 6 (3%) 166 0.578
(1.00) 		0.22
(1.00) 		1
(1.00) 		0.977
(1.00) 		1
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.671
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0264
(1.00)
FAM48B1 10 (6%) 162 0.832
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.00191
(1.00) 		0.0797
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.705
(1.00)
FGB 11 (6%) 161 0.283
(1.00) 		0.583
(1.00) 		1
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.837
(1.00) 		1
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.00855
(1.00) 		0.0933
(1.00)
FLI1 6 (3%) 166 0.345
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.213
(1.00)
LAX1 6 (3%) 166 0.116
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.438
(1.00) 		1
(1.00) 		0.671
(1.00) 		1
(1.00) 		0.579
(1.00)
COL19A1 14 (8%) 158 0.847
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.0716
(1.00) 		0.000347
(0.593) 		0.602
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.676
(1.00) 		1
(1.00) 		0.976
(1.00) 		1
(1.00) 		0.456
(1.00)
MLL3 34 (20%) 138 0.353
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.834
(1.00) 		1
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.989
(1.00)
OVCH1 14 (8%) 158 0.305
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.13
(1.00)
LRRC32 11 (6%) 161 0.854
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.938
(1.00)
ANP32C 8 (5%) 164 0.634
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.338
(1.00) 		1
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.38
(1.00) 		1
(1.00) 		0.768
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0214
(1.00)
OR10G9 10 (6%) 162 0.908
(1.00) 		0.0973
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.989
(1.00) 		1
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.00079
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.354
(1.00)
MTTP 6 (3%) 166 0.911
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.281
(1.00)
RUFY2 7 (4%) 165 0.0653
(1.00) 		0.906
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.026
(1.00) 		0.191
(1.00) 		1
(1.00) 		0.431
(1.00)
PJA1 8 (5%) 164 0.116
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.231
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.59
(1.00)
KIAA1755 12 (7%) 160 0.704
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.715
(1.00) 		1
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.711
(1.00)
CNGA2 11 (6%) 161 0.454
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.966
(1.00) 		1
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.481
(1.00)
ASTN2 14 (8%) 158 0.919
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000227
(0.388) 		1
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.392
(1.00)
STXBP5L 12 (7%) 160 0.119
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.31
(1.00)
TEX15 24 (14%) 148 0.799
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.821
(1.00) 		1
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.407
(1.00) 		1
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.243
(1.00)
ELTD1 15 (9%) 157 0.0619
(1.00) 		0.0391
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.143
(1.00) 		1
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.0755
(1.00)
DACT1 10 (6%) 162 0.194
(1.00) 		0.378
(1.00) 		1
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.0671
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.00985
(1.00) 		1
(1.00) 		0.2
(1.00)
OR10R2 10 (6%) 162 0.718
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.44
(1.00) 		1
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.389
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		1
(1.00) 		0.56
(1.00)
SUN1 8 (5%) 164 0.222
(1.00) 		0.0684
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.279
(1.00) 		1
(1.00) 		0.119
(1.00)
PABPC3 9 (5%) 163 0.0736
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.198
(1.00)
TLR4 23 (13%) 149 0.819
(1.00) 		0.837
(1.00) 		1
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.00991
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.123
(1.00)
THEMIS 10 (6%) 162 0.0737
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.461
(1.00)
GNG2 4 (2%) 168 0.468
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00) 		0.689
(1.00) 		1
(1.00) 		0.449
(1.00) 		1
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.77
(1.00)
GATA3 6 (3%) 166 0.0501
(1.00) 		0.0661
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.658
(1.00) 		1
(1.00) 		0.368
(1.00)
APC 10 (6%) 162 0.00557
(1.00) 		0.867
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.0604
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.48
(1.00)
SERPINB13 9 (5%) 163 0.0482
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.0709
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.296
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000551
(0.942) 		1
(1.00) 		0.644
(1.00)
PDGFA 5 (3%) 167 0.479
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.0207
(1.00) 		1
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.938
(1.00) 		1
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.487
(1.00)
SCG2 8 (5%) 164 0.3
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.0329
(1.00) 		0.0989
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.978
(1.00) 		1
(1.00) 		0.394
(1.00) 		1
(1.00) 		0.436
(1.00)
OR6F1 10 (6%) 162 0.297
(1.00) 		0.908
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.495
(1.00)
BRE 4 (2%) 168 0.0556
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.334
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.919
(1.00) 		1
(1.00) 		0.648
(1.00) 		1
(1.00) 		0.303
(1.00)
C12ORF74 3 (2%) 169 1
(1.00) 		0.384
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.967
(1.00)
POF1B 9 (5%) 163 0.207
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.959
(1.00) 		1
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.688
(1.00)
OR2F2 6 (3%) 166 0.185
(1.00) 		0.418
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000666
(1.00) 		0.0115
(1.00) 		1
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.455
(1.00)
F8 15 (9%) 157 0.752
(1.00) 		0.0209
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.249
(1.00) 		1
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.481
(1.00) 		1
(1.00) 		0.512
(1.00)
TSHZ3 25 (15%) 147 0.058
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.0796
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.468
(1.00)
TBX21 7 (4%) 165 0.549
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.3
(1.00) 		1
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.974
(1.00) 		1
(1.00) 		0.394
(1.00)
GPR158 18 (10%) 154 0.904
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.802
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0475
(1.00) 		1
(1.00) 		0.508
(1.00)
DENND2A 9 (5%) 163 0.03
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.0819
(1.00) 		0.976
(1.00) 		1
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.87
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0546
(1.00)
EPHB6 19 (11%) 153 0.34
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.803
(1.00) 		1
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.395
(1.00)
EPHA6 22 (13%) 150 0.656
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.791
(1.00)
TTC18 5 (3%) 167 0.659
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.063
(1.00) 		0.0921
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.0124
(1.00) 		0.0905
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.0399
(1.00)
FSCB 15 (9%) 157 0.117
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.0864
(1.00) 		0.0733
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.311
(1.00) 		1
(1.00) 		0.014
(1.00) 		1
(1.00) 		0.864
(1.00)
SPTA1 51 (30%) 121 0.0323
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.0327
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.0543
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.387
(1.00)
CTRC 4 (2%) 168 0.768
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.648
(1.00) 		1
(1.00) 		0.187
(1.00)
TMTC1 22 (13%) 150 0.188
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.0695
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		0.0901
(1.00) 		0.0955
(1.00)
ITGAX 17 (10%) 155 0.762
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.269
(1.00) 		1
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.0317
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.0482
(1.00)
CDH6 17 (10%) 155 0.327
(1.00) 		0.708
(1.00) 		1
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.0457
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.0872
(1.00) 		0.847
(1.00)
NALCN 24 (14%) 148 0.168
(1.00) 		0.0114
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.736
(1.00) 		1
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.548
(1.00)
COL5A1 13 (8%) 159 0.875
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.472
(1.00)
SVEP1 21 (12%) 151 0.386
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.1
(1.00)
OR5I1 11 (6%) 161 0.797
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.36
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0815
(1.00) 		0.93
(1.00) 		1
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.124
(1.00)
EPS8L3 4 (2%) 168 0.258
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.334
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.855
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0314
(1.00)
CYP1A1 4 (2%) 168 0.961
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.0241
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.872
(1.00) 		1
(1.00) 		0.77
(1.00)
DEFB112 4 (2%) 168 0.963
(1.00) 		0.0831
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.0185
(1.00) 		0.0249
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.855
(1.00) 		1
(1.00) 		0.661
(1.00)
FBXL7 17 (10%) 155 0.41
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.0905
(1.00)
TARS2 8 (5%) 164 0.865
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.724
(1.00)
GPR174 6 (3%) 166 0.407
(1.00) 		0.0533
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.00302
(1.00) 		1
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.658
(1.00) 		1
(1.00) 		0.348
(1.00)
HOXA5 6 (3%) 166 0.12
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.0952
(1.00) 		0.977
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0675
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.613
(1.00)
SH2D2A 6 (3%) 166 0.581
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.913
(1.00) 		1
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.418
(1.00)
ABCB5 19 (11%) 153 0.468
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.0379
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.0221
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.365
(1.00)
ANKRD56 11 (6%) 161 0.362
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.0264
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.585
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0039
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.12
(1.00)
GTF2I 3 (2%) 169 0.594
(1.00) 		0.00172
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.43
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0353
(1.00)
MUC16 79 (46%) 93 0.709
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.42
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.463
(1.00)
VPS13C 19 (11%) 153 0.656
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.777
(1.00)
OR2T27 8 (5%) 164 0.349
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.997
(1.00) 		1
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.092
(1.00) 		1
(1.00) 		0.849
(1.00) 		1
(1.00) 		0.863
(1.00)
FERD3L 7 (4%) 165 0.0242
(1.00) 		0.166
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.299
(1.00)
OR4C16 14 (8%) 158 0.969
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.00461
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.885
(1.00) 		1
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.474
(1.00)
C1ORF173 25 (15%) 147 0.761
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.161
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0575
(1.00)
KDM5C 8 (5%) 164 0.727
(1.00) 		0.757
(1.00) 		1
(1.00) 		0.644
(1.00) 		1
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.0654
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.106
(1.00)
KIF9 7 (4%) 165 0.194
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.73
(1.00) 		1
(1.00) 		0.974
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000941
(1.00)
BRS3 7 (4%) 165 0.442
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00) 		0.994
(1.00) 		1
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.247
(1.00)
SIRPB1 6 (3%) 166 0.0559
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.0854
(1.00) 		1
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.277
(1.00) 		1
(1.00) 		0.2
(1.00)
RP1L1 32 (19%) 140 0.278
(1.00) 		0.465
(1.00) 		1
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.115
(1.00)
COL3A1 22 (13%) 150 0.166
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.00561
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.0705
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.0942
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.772
(1.00)
LPPR4 14 (8%) 158 0.829
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.339
(1.00) 		1
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.55
(1.00) 		1
(1.00) 		0.602
(1.00)
HOXA3 6 (3%) 166 0.403
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.00211
(1.00) 		1
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.958
(1.00) 		1
(1.00) 		0.235
(1.00)
OR56A4 6 (3%) 166 0.395
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.415
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.646
(1.00) 		1
(1.00) 		0.29
(1.00) 		1
(1.00) 		0.184
(1.00)
KDR 20 (12%) 152 0.206
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.471
(1.00) 		1
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.756
(1.00)
ANKRD44 9 (5%) 163 0.18
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.196
(1.00) 		1
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.658
(1.00)
MFSD8 5 (3%) 167 0.677
(1.00) 		0.0896
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00) 		0.784
(1.00) 		1
(1.00) 		0.189
(1.00)
ZNF260 4 (2%) 168 0.899
(1.00) 		0.919
(1.00) 		1
(1.00) 		0.997
(1.00) 		1
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.061
(1.00) 		0.982
(1.00)
C1ORF49 6 (3%) 166 0.805
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.194
(1.00) 		1
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.701
(1.00)
C9ORF64 3 (2%) 169 0.216
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.623
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.812
(1.00)
LELP1 3 (2%) 169 0.732
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.881
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.788
(1.00)
TBX15 11 (6%) 161 0.474
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.0642
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.00425
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.00193
(1.00)
AOAH 8 (5%) 164 0.668
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.156
(1.00) 		1
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.297
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000287
(0.491) 		0.315
(1.00) 		0.0509
(1.00)
STAC3 3 (2%) 169 0.00289
(1.00) 		0.958
(1.00) 		1
(1.00) 		0.969
(1.00) 		1
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.0479
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.0277
(1.00)
CD5L 12 (7%) 160 0.911
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.914
(1.00) 		1
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.0937
(1.00)
GRK5 7 (4%) 165 0.689
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.0769
(1.00)
C8ORF37 6 (3%) 166 0.99
(1.00) 		0.0941
(1.00) 		1
(1.00) 		0.982
(1.00) 		1
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.441
(1.00)
PTH 3 (2%) 169 0.00662
(1.00) 		0.807
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.841
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00531
(1.00) 		1
(1.00) 		0.119
(1.00)
NAALAD2 9 (5%) 163 0.37
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.000574
(0.981) 		0.484
(1.00) 		0.29
(1.00)
TAAR5 7 (4%) 165 0.148
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0327
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.049
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		0.715
(1.00)
TRPC1 7 (4%) 165 0.296
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.835
(1.00) 		1
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.711
(1.00)
IL18RAP 5 (3%) 167 0.269
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.297
(1.00) 		1
(1.00) 		0.29
(1.00)
C2ORF39 8 (5%) 164 0.913
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.971
(1.00) 		1
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.452
(1.00)
ARID2 12 (7%) 160 0.112
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.432
(1.00) 		1
(1.00) 		0.494
(1.00)
SPEG 16 (9%) 156 0.205
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.0891
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.246
(1.00)
NHEDC1 9 (5%) 163 0.185
(1.00) 		0.0899
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.000678
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0254
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.561
(1.00) 		1
(1.00) 		0.466
(1.00)
HAX1 4 (2%) 168 0.464
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.626
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.257
(1.00)
ATM 15 (9%) 157 0.75
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.813
(1.00) 		1
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.875
(1.00) 		1
(1.00) 		0.665
(1.00)
IL1RAPL1 11 (6%) 161 0.652
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.973
(1.00) 		1
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.781
(1.00) 		1
(1.00) 		0.564
(1.00)
AQP10 6 (3%) 166 0.0743
(1.00) 		0.00134
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.0606
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.701
(1.00)
OR4A15 14 (8%) 158 0.506
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.793
(1.00) 		1
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.00641
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.908
(1.00)
OR2G2 12 (7%) 160 0.797
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		0.737
(1.00)
CXCL6 4 (2%) 168 0.597
(1.00) 		0.981
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.872
(1.00) 		1
(1.00) 		0.257
(1.00)
BTK 7 (4%) 165 0.181
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.994
(1.00) 		1
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.551
(1.00) 		1
(1.00) 		0.627
(1.00)
OLAH 7 (4%) 165 0.519
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.0403
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.93
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0125
(1.00)
DYDC2 3 (2%) 169 0.342
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00) 		0.812
(1.00)
DGKB 11 (6%) 161 0.323
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.546
(1.00)
'SMARCA4 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 5.94e-07 (Chi-square test), Q value = 0.001

Table S1.  Gene #12: 'SMARCA4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) CARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
SMARCA4 MUTATED 0 1 9 1 0 0 0 0 0 1 2
SMARCA4 WILD-TYPE 2 38 105 0 2 2 2 2 5 0 0

Figure S1.  Get High-res Image Gene #12: 'SMARCA4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'U2AF1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.18e-08 (Chi-square test), Q value = 2e-05

Table S2.  Gene #17: 'U2AF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) CARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
U2AF1 MUTATED 0 2 2 0 0 2 0 0 0 0 0
U2AF1 WILD-TYPE 2 37 112 1 2 0 2 2 5 1 2

Figure S2.  Get High-res Image Gene #17: 'U2AF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'MYL10 MUTATION STATUS' versus 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

P value = 4.04e-07 (Chi-square test), Q value = 7e-04

Table S3.  Gene #29: 'MYL10 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

nPatients N0 N1 N2 N3 NX
ALL 95 37 34 1 4
MYL10 MUTATED 1 2 1 1 0
MYL10 WILD-TYPE 94 35 33 0 4

Figure S3.  Get High-res Image Gene #29: 'MYL10 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

'GBA3 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.34e-06 (Chi-square test), Q value = 0.0023

Table S4.  Gene #30: 'GBA3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) CARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
GBA3 MUTATED 0 0 5 0 2 0 0 0 1 0 0
GBA3 WILD-TYPE 2 39 109 1 0 2 2 2 4 1 2

Figure S4.  Get High-res Image Gene #30: 'GBA3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'SVOP MUTATION STATUS' versus 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

P value = 5.04e-05 (Chi-square test), Q value = 0.086

Table S5.  Gene #41: 'SVOP MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

nPatients N0 N1 N2 N3 NX
ALL 95 37 34 1 4
SVOP MUTATED 2 2 2 1 0
SVOP WILD-TYPE 93 35 32 0 4

Figure S5.  Get High-res Image Gene #41: 'SVOP MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

'KRT28 MUTATION STATUS' versus 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

P value = 1.48e-05 (Chi-square test), Q value = 0.025

Table S6.  Gene #62: 'KRT28 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

nPatients N0 N1 N2 N3 NX
ALL 95 37 34 1 4
KRT28 MUTATED 1 3 2 1 0
KRT28 WILD-TYPE 94 34 32 0 4

Figure S6.  Get High-res Image Gene #62: 'KRT28 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

'SPATA18 MUTATION STATUS' versus 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

P value = 4.72e-06 (Chi-square test), Q value = 0.0081

Table S7.  Gene #82: 'SPATA18 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

nPatients N0 N1 N2 N3 NX
ALL 95 37 34 1 4
SPATA18 MUTATED 1 5 1 1 0
SPATA18 WILD-TYPE 94 32 33 0 4

Figure S7.  Get High-res Image Gene #82: 'SPATA18 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

'HCK MUTATION STATUS' versus 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

P value = 1.38e-05 (Chi-square test), Q value = 0.024

Table S8.  Gene #115: 'HCK MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

nPatients N0 N1 N2 N3 NX
ALL 95 37 34 1 4
HCK MUTATED 3 1 1 1 0
HCK WILD-TYPE 92 36 33 0 4

Figure S8.  Get High-res Image Gene #115: 'HCK MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'LYMPH.NODE.METASTASIS'

'OR13G1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.08e-05 (Chi-square test), Q value = 0.018

Table S9.  Gene #146: 'OR13G1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) CARCINOMA
ALL 2 39 114 1 2 2 2 2 5 1 2
OR13G1 MUTATED 0 3 3 0 2 0 0 0 1 0 0
OR13G1 WILD-TYPE 2 36 111 1 0 2 2 2 4 1 2

Figure S9.  Get High-res Image Gene #146: 'OR13G1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = LUAD-TP.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = LUAD-TP.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 172

  • Number of significantly mutated genes = 158

  • Number of selected clinical features = 13

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[5] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Copyright © 2013 Broad Institute TCGA GDAC as part of the TCGA Research Network. All rights reserved.
Made with Nozzle