Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 115 genes and 11 clinical features across 207 patients, 4 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • C2 mutation correlated to 'BRESLOW.THICKNESS'.

  • ARL16 mutation correlated to 'BRESLOW.THICKNESS'.

  • ACD mutation correlated to 'BRESLOW.THICKNESS'.

  • NF1 mutation correlated to 'AGE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 115 genes and 11 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 4 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE PRIMARY
SITE
OF
DISEASE 		NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		MELANOMA
ULCERATION 		MELANOMA
PRIMARY
KNOWN 		BRESLOW
THICKNESS 		GENDER
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test t-test Fisher's exact test
C2 11 (5%) 196 0.127
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.0502
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.16
(1.00) 		1.07e-06
(0.00134) 		0.751
(1.00)
ARL16 6 (3%) 201 0.458
(1.00) 		0.0948
(1.00) 		0.011
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.156
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000186
(0.233) 		0.413
(1.00)
ACD 8 (4%) 199 0.6
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.049
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.6
(1.00) 		5.23e-09
(6.55e-06) 		0.713
(1.00)
NF1 29 (14%) 178 0.0908
(1.00) 		7.37e-05
(0.0921) 		0.0575
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.0605
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.00751
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.302
(1.00)
C15ORF23 12 (6%) 195 0.737
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.711
(1.00) 		1
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.541
(1.00)
POLDIP2 7 (3%) 200 0.431
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.713
(1.00)
NUDT11 7 (3%) 200 0.799
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.0203
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.354
(1.00) 		1
(1.00)
CDKN2A 31 (15%) 176 0.688
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.0466
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.457
(1.00) 		1
(1.00)
NRAS 62 (30%) 145 0.32
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.579
(1.00) 		1
(1.00) 		0.132
(1.00) 		1
(1.00)
BRAF 106 (51%) 101 0.162
(1.00) 		0.00879
(1.00) 		0.036
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.016
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.376
(1.00) 		1
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.886
(1.00)
OXA1L 5 (2%) 202 0.793
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.993
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000712
(0.889) 		1
(1.00)
TTN 162 (78%) 45 0.283
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.0643
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.491
(1.00)
UGT2B15 20 (10%) 187 0.582
(1.00) 		0.734
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0266
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.0799
(1.00) 		1
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0953
(1.00)
TP53 31 (15%) 176 0.563
(1.00) 		0.0651
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.0169
(1.00) 		1
(1.00)
STK19 10 (5%) 197 0.38
(1.00) 		0.352
(1.00) 		1
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.182
(1.00)
PTEN 16 (8%) 191 0.804
(1.00) 		0.0861
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.0741
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.00723
(1.00) 		1
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.297
(1.00)
DSG1 36 (17%) 171 0.113
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		0.328
(1.00) 		1
(1.00)
PPP6C 17 (8%) 190 0.00189
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.342
(1.00) 		1
(1.00)
AOAH 19 (9%) 188 0.462
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.0106
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.557
(1.00) 		1
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.457
(1.00)
RAC1 16 (8%) 191 0.136
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.894
(1.00) 		1
(1.00)
OR51S1 23 (11%) 184 0.927
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.991
(1.00) 		1
(1.00)
IDH1 10 (5%) 197 0.691
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.918
(1.00) 		1
(1.00)
IL32 9 (4%) 198 0.176
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.00587
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.732
(1.00)
PPIAL4G 12 (6%) 195 0.0504
(1.00) 		0.069
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.966
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.541
(1.00)
THEMIS 22 (11%) 185 0.967
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.797
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0499
(1.00) 		1
(1.00)
LRTM1 20 (10%) 187 0.903
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.0329
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.0297
(1.00)
TCEB3C 24 (12%) 183 0.278
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.0771
(1.00)
GPR141 13 (6%) 194 0.97
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.0427
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.378
(1.00)
CHGB 20 (10%) 187 0.693
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.21
(1.00) 		1
(1.00)
ELF5 6 (3%) 201 0.946
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.993
(1.00) 		1
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.413
(1.00)
NMNAT3 7 (3%) 200 0.268
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.228
(1.00) 		1
(1.00)
C6ORF223 5 (2%) 202 0.468
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.00122
(1.00) 		0.156
(1.00) 		1
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.652
(1.00)
EIF2B1 8 (4%) 199 0.864
(1.00) 		0.759
(1.00) 		1
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.207
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0561
(1.00) 		1
(1.00)
DNAH7 78 (38%) 129 0.115
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.0755
(1.00)
COPG2 9 (4%) 198 0.487
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.165
(1.00) 		1
(1.00)
RAPGEF5 11 (5%) 196 0.65
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.0559
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.214
(1.00)
C1QTNF9 11 (5%) 196 0.143
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.483
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0165
(1.00) 		0.541
(1.00)
MS4A2 10 (5%) 197 0.832
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.0926
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.0936
(1.00)
SCN5A 50 (24%) 157 0.164
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.273
(1.00) 		1
(1.00)
MPP7 24 (12%) 183 0.798
(1.00) 		0.0152
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.0653
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.0771
(1.00)
FAM58A 3 (1%) 204 0.408
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.521
(1.00) 		1
(1.00) 		0.292
(1.00)
TSHB 4 (2%) 203 0.518
(1.00) 		0.941
(1.00) 		1
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.282
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0128
(1.00) 		1
(1.00)
LCE1B 11 (5%) 196 0.00986
(1.00) 		0.297
(1.00) 		1
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.735
(1.00) 		1
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.338
(1.00)
TCHHL1 30 (14%) 177 0.163
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.0986
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(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.0962
(1.00) 		0.0237
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00)
OR4E2 18 (9%) 189 0.138
(1.00) 		0.649
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(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.206
(1.00)
ANKRD20A4 5 (2%) 202 0.878
(1.00) 		0.308
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(1.00) 		0.528
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(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.159
(1.00)
LOC649330 22 (11%) 185 0.871
(1.00) 		0.0866
(1.00) 		1
(1.00) 		0.682
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(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.356
(1.00)
PENK 18 (9%) 189 0.698
(1.00) 		0.384
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.451
(1.00)
KLRC3 9 (4%) 198 0.472
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.278
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(1.00) 		0.302
(1.00)
UNC119B 6 (3%) 201 0.996
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.021
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(1.00) 		0.787
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(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.725
(1.00) 		1
(1.00)
CAPZA3 16 (8%) 191 0.933
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.789
(1.00)
PRC1 12 (6%) 195 0.952
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.966
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.541
(1.00)
PCDP1 13 (6%) 194 0.386
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.0811
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(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.378
(1.00)
PROL1 19 (9%) 188 0.657
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.0257
(1.00) 		1
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.628
(1.00)
SORT1 10 (5%) 197 0.883
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.513
(1.00) 		1
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.376
(1.00) 		1
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.508
(1.00)
LRRC4C 30 (14%) 177 0.393
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.231
(1.00) 		1
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.418
(1.00)
ZFP106 8 (4%) 199 0.197
(1.00) 		0.0336
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.754
(1.00) 		1
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.0259
(1.00)
HRNR 43 (21%) 164 0.287
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.0337
(1.00)
OR2W1 16 (8%) 191 0.942
(1.00) 		0.0354
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.337
(1.00) 		1
(1.00) 		0.472
(1.00) 		1
(1.00)
KCNB2 49 (24%) 158 0.72
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.22
(1.00) 		1
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.192
(1.00) 		1
(1.00)
GCOM1 19 (9%) 188 0.544
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.628
(1.00)
SERPINB10 9 (4%) 198 0.44
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.376
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0178
(1.00) 		0.488
(1.00)
C18ORF26 13 (6%) 194 0.473
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.137
(1.00)
SGCZ 22 (11%) 185 0.304
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.0677
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.000743
(0.926) 		1
(1.00)
CCNE2 12 (6%) 195 0.0153
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.0938
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.0508
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.43
(1.00) 		1
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.767
(1.00)
CYP4X1 15 (7%) 192 0.856
(1.00) 		0.301
(1.00) 		1
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.946
(1.00) 		1
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.789
(1.00)
POM121 14 (7%) 193 0.181
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.00546
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.953
(1.00) 		1
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.901
(1.00) 		1
(1.00)
KIAA2022 36 (17%) 171 0.95
(1.00) 		0.0146
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.769
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0986
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.352
(1.00)
KIAA1486 22 (11%) 185 0.605
(1.00) 		0.00816
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.0614
(1.00)
TBC1D3B 4 (2%) 203 0.0647
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.633
(1.00)
B2M 5 (2%) 202 0.174
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.0109
(1.00) 		0.652
(1.00)
DGAT2L6 11 (5%) 196 0.872
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.541
(1.00)
EIF3D 3 (1%) 204 0.0364
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.608
(1.00) 		1
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.997
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.292
(1.00)
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(1.00) 		0.0968
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.711
(1.00) 		1
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.297
(1.00)
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(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.946
(1.00) 		1
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.0229
(1.00) 		0.116
(1.00)
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(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.00841
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.686
(1.00)
C9ORF119 8 (4%) 199 0.363
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.263
(1.00)
TUBAL3 10 (5%) 197 0.394
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.0912
(1.00) 		0.0242
(1.00) 		0.986
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0281
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.326
(1.00)
NUDT4 5 (2%) 202 0.527
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.0186
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.993
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.689
(1.00) 		1
(1.00)
FAM113B 17 (8%) 190 0.358
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.922
(1.00) 		1
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.115
(1.00)
CYP4Z1 18 (9%) 189 0.669
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.75
(1.00) 		1
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.802
(1.00)
SLC9A11 33 (16%) 174 0.873
(1.00) 		0.523
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0724
(1.00) 		0.0244
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.815
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0439
(1.00) 		0.24
(1.00)
DISP1 29 (14%) 178 0.685
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.0158
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00496
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.537
(1.00)
C2ORF39 8 (4%) 199 0.487
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.0982
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.713
(1.00)
APCS 11 (5%) 196 0.875
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.698
(1.00) 		1
(1.00)
SLC10A2 17 (8%) 190 0.55
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.0454
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.93
(1.00) 		1
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.638
(1.00) 		1
(1.00)
DNER 19 (9%) 188 0.454
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.913
(1.00) 		1
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.141
(1.00)
FIGLA 3 (1%) 204 0.00119
(1.00) 		0.472
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.388
(1.00) 		1
(1.00) 		0.292
(1.00)
C7ORF58 26 (13%) 181 0.676
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.0865
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.389
(1.00)
LPAR1 12 (6%) 195 0.212
(1.00) 		0.041
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.0289
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.43
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0793
(1.00) 		0.541
(1.00)
ST6GAL2 31 (15%) 176 0.342
(1.00) 		0.0281
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.0231
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.0882
(1.00) 		0.0786
(1.00) 		0.552
(1.00)
IGF2BP3 5 (2%) 202 0.749
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.0923
(1.00) 		1
(1.00) 		0.995
(1.00) 		1
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.367
(1.00)
DDX3X 17 (8%) 190 0.644
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.000889
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.0907
(1.00) 		0.115
(1.00)
POTEG 23 (11%) 184 0.403
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.0494
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.777
(1.00) 		1
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.113
(1.00)
FASLG 11 (5%) 196 0.125
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.0427
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00295
(1.00) 		1
(1.00)
SV2B 24 (12%) 183 0.724
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.00522
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.188
(1.00)
ZFX 11 (5%) 196 0.913
(1.00) 		0.00451
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.00196
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.214
(1.00)
PHGDH 9 (4%) 198 0.849
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.158
(1.00)
SPTLC3 15 (7%) 192 0.279
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.0879
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.42
(1.00)
CX3CL1 3 (1%) 204 0.438
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.344
(1.00) 		1
(1.00)
TRHDE 37 (18%) 170 0.997
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.769
(1.00) 		1
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.35
(1.00)
ADAMTS2 21 (10%) 186 0.262
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.885
(1.00) 		1
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.0944
(1.00)
OR4K1 23 (11%) 184 0.578
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.684
(1.00) 		1
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.113
(1.00)
PCSK1 17 (8%) 190 0.335
(1.00) 		0.0846
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.51
(1.00) 		1
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.797
(1.00)
KRT78 14 (7%) 193 0.646
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.0257
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.0918
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.15
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0107
(1.00) 		0.259
(1.00)
ZNF595 10 (5%) 197 0.293
(1.00) 		0.707
(1.00) 		1
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.972
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.326
(1.00)
AMHR2 13 (6%) 194 0.0582
(1.00) 		0.656
(1.00) 		1
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.562
(1.00)
RBM46 15 (7%) 192 0.64
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.581
(1.00)
IL1F7 10 (5%) 197 0.808
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.0427
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0319
(1.00) 		0.0936
(1.00)
PREX2 52 (25%) 155 0.0497
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.624
(1.00)
TRIOBP 30 (14%) 177 0.068
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.633
(1.00) 		1
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.223
(1.00)
ENAM 30 (14%) 177 0.578
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.418
(1.00)
RBM22 6 (3%) 201 0.779
(1.00) 		0.536
(1.00) 		1
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.99
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.0218
(1.00) 		0.413
(1.00)
GK2 24 (12%) 183 0.565
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.00373
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.0268
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.0387
(1.00) 		0.661
(1.00)
CACNA1H 21 (10%) 186 0.27
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.913
(1.00) 		1
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.0411
(1.00) 		0.813
(1.00)
'C2 MUTATION STATUS' versus 'BRESLOW.THICKNESS'

P value = 1.07e-06 (t-test), Q value = 0.0013

Table S1.  Gene #57: 'C2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'BRESLOW.THICKNESS'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 153 3.6 (5.3)
C2 MUTATED 4 1.2 (0.3)
C2 WILD-TYPE 149 3.7 (5.4)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #57: 'C2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'BRESLOW.THICKNESS'

'ARL16 MUTATION STATUS' versus 'BRESLOW.THICKNESS'

P value = 0.000186 (t-test), Q value = 0.23

Table S2.  Gene #96: 'ARL16 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'BRESLOW.THICKNESS'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 153 3.6 (5.3)
ARL16 MUTATED 6 1.3 (0.9)
ARL16 WILD-TYPE 147 3.7 (5.4)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #96: 'ARL16 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'BRESLOW.THICKNESS'

'ACD MUTATION STATUS' versus 'BRESLOW.THICKNESS'

P value = 5.23e-09 (t-test), Q value = 6.5e-06

Table S3.  Gene #99: 'ACD MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'BRESLOW.THICKNESS'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 153 3.6 (5.3)
ACD MUTATED 6 0.9 (0.2)
ACD WILD-TYPE 147 3.7 (5.4)

Figure S3.  Get High-res Image Gene #99: 'ACD MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'BRESLOW.THICKNESS'

'NF1 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 7.37e-05 (t-test), Q value = 0.092

Table S4.  Gene #102: 'NF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 204 56.1 (15.5)
NF1 MUTATED 29 66.6 (13.5)
NF1 WILD-TYPE 175 54.4 (15.1)

Figure S4.  Get High-res Image Gene #102: 'NF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = SKCM-TM.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = SKCM-TM.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 207

  • Number of significantly mutated genes = 115

  • Number of selected clinical features = 11

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[5] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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