Correlation between gene mutation status and molecular subtypes
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.

Summary

Testing the association between mutation status of 115 genes and 10 molecular subtypes across 228 patients, no significant finding detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.

  • No gene mutations related to molecuar subtypes.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 115 genes and 10 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		CN
CNMF 		METHLYATION
CNMF 		RPPA
CNMF 		RPPA
CHIERARCHICAL 		MRNASEQ
CNMF 		MRNASEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
CNMF 		MIRSEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
MATURE
CNMF 		MIRSEQ
MATURE
CHIERARCHICAL
nMutated (%) nWild-Type Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
C15ORF23 14 (6%) 214 0.32
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.844
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.663
(1.00)
POLDIP2 8 (4%) 220 0.6
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.667
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.77
(1.00)
NUDT11 8 (4%) 220 0.813
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.808
(1.00) 		1
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.634
(1.00)
CDKN2A 34 (15%) 194 0.108
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.0632
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.687
(1.00)
NRAS 67 (29%) 161 0.0687
(1.00) 		0.0868
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.0152
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.549
(1.00)
BRAF 117 (51%) 111 0.0964
(1.00) 		0.0406
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.0151
(1.00) 		0.00216
(1.00) 		0.081
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.137
(1.00)
OXA1L 7 (3%) 221 0.426
(1.00) 		0.796
(1.00) 		1
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.634
(1.00)
TTN 177 (78%) 51 0.28
(1.00) 		0.0133
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.0756
(1.00) 		0.346
(1.00)
UGT2B15 21 (9%) 207 0.593
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.0451
(1.00) 		0.714
(1.00)
TP53 35 (15%) 193 0.152
(1.00) 		0.0318
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.0842
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.227
(1.00)
STK19 11 (5%) 217 0.857
(1.00) 		0.0844
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.8
(1.00) 		1
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.556
(1.00)
PTEN 18 (8%) 210 0.524
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.0975
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.595
(1.00)
DSG1 39 (17%) 189 0.24
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.46
(1.00)
PPP6C 18 (8%) 210 0.708
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.286
(1.00)
AOAH 21 (9%) 207 0.384
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.781
(1.00) 		1
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.635
(1.00)
RAC1 17 (7%) 211 0.0967
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.536
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.378
(1.00)
OR51S1 27 (12%) 201 0.315
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.422
(1.00)
IDH1 12 (5%) 216 0.146
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.0963
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.0748
(1.00) 		0.0779
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.111
(1.00)
IL32 9 (4%) 219 0.203
(1.00) 		0.0989
(1.00) 		1
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.393
(1.00) 		1
(1.00) 		0.754
(1.00) 		1
(1.00) 		0.687
(1.00) 		1
(1.00)
PPIAL4G 12 (5%) 216 0.754
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.91
(1.00)
THEMIS 27 (12%) 201 0.107
(1.00) 		0.00784
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.0145
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.633
(1.00)
LRTM1 23 (10%) 205 0.264
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.502
(1.00) 		1
(1.00) 		0.661
(1.00)
TCEB3C 26 (11%) 202 0.749
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.0445
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.185
(1.00) 		1
(1.00) 		0.26
(1.00)
GPR141 14 (6%) 214 0.0885
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.0397
(1.00) 		0.0753
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.216
(1.00) 		1
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.608
(1.00)
CHGB 25 (11%) 203 0.716
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.0762
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.0893
(1.00)
ELF5 6 (3%) 222 0.288
(1.00) 		1
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.583
(1.00) 		1
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.206
(1.00)
NMNAT3 8 (4%) 220 0.178
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.844
(1.00) 		1
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.129
(1.00)
C6ORF223 6 (3%) 222 0.668
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.576
(1.00) 		1
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.592
(1.00)
EIF2B1 9 (4%) 219 0.573
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.117
(1.00) 		1
(1.00) 		0.529
(1.00) 		1
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.623
(1.00)
DNAH7 83 (36%) 145 0.853
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.902
(1.00)
COPG2 9 (4%) 219 0.232
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.888
(1.00)
RAPGEF5 12 (5%) 216 0.701
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.0614
(1.00) 		0.0686
(1.00) 		0.0846
(1.00) 		0.255
(1.00)
C1QTNF9 14 (6%) 214 1
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.098
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.0567
(1.00)
MS4A2 10 (4%) 218 0.205
(1.00) 		1
(1.00) 		0.956
(1.00) 		1
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.583
(1.00)
SCN5A 57 (25%) 171 0.806
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.6
(1.00)
MPP7 25 (11%) 203 0.531
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.75
(1.00)
FAM58A 5 (2%) 223 0.182
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.24
(1.00)
TSHB 5 (2%) 223 0.859
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.426
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.863
(1.00) 		1
(1.00)
LCE1B 12 (5%) 216 0.171
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.91
(1.00)
TCHHL1 31 (14%) 197 0.589
(1.00) 		0.0387
(1.00) 		0.0459
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.334
(1.00)
OR4E2 20 (9%) 208 0.122
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.722
(1.00) 		1
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.235
(1.00)
ANKRD20A4 5 (2%) 223 0.226
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.828
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.726
(1.00) 		1
(1.00) 		0.389
(1.00) 		1
(1.00)
LOC649330 24 (11%) 204 0.265
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.776
(1.00)
PENK 20 (9%) 208 0.386
(1.00) 		0.0184
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.0208
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.248
(1.00)
KLRC3 10 (4%) 218 0.465
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.131
(1.00) 		1
(1.00) 		0.104
(1.00) 		1
(1.00)
UNC119B 6 (3%) 222 0.213
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.413
(1.00) 		1
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.477
(1.00)
CAPZA3 17 (7%) 211 0.697
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.465
(1.00)
PRC1 13 (6%) 215 0.674
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.423
(1.00)
PCDP1 15 (7%) 213 0.624
(1.00) 		0.0881
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.288
(1.00)
PROL1 21 (9%) 207 0.244
(1.00) 		0.0922
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.293
(1.00)
SORT1 10 (4%) 218 0.552
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.0246
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.517
(1.00)
LRRC4C 33 (14%) 195 0.286
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.396
(1.00)
ZFP106 10 (4%) 218 0.778
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		0.721
(1.00)
HRNR 48 (21%) 180 0.896
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.731
(1.00)
OR2W1 17 (7%) 211 0.045
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.536
(1.00) 		1
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.934
(1.00)
KCNB2 52 (23%) 176 0.107
(1.00) 		0.00906
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.922
(1.00)
C2 12 (5%) 216 0.0664
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.072
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.473
(1.00)
GCOM1 21 (9%) 207 0.772
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.946
(1.00)
SERPINB10 13 (6%) 215 0.163
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.775
(1.00)
C18ORF26 14 (6%) 214 0.28
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.238
(1.00)
SGCZ 22 (10%) 206 0.272
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.851
(1.00)
CCNE2 12 (5%) 216 0.564
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.0892
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.0337
(1.00) 		0.0171
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.00606
(1.00) 		0.16
(1.00)
CYP4X1 16 (7%) 212 0.193
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.838
(1.00) 		1
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.697
(1.00)
POM121 15 (7%) 213 0.556
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.733
(1.00)
KIAA2022 44 (19%) 184 0.427
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.372
(1.00)
KIAA1486 25 (11%) 203 0.0341
(1.00) 		0.0419
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.865
(1.00)
TBC1D3B 5 (2%) 223 0.182
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.855
(1.00) 		1
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.653
(1.00)
B2M 5 (2%) 223 1
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.508
(1.00) 		1
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.0394
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.178
(1.00)
DGAT2L6 11 (5%) 217 0.794
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.741
(1.00)
EIF3D 4 (2%) 224 0.822
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.621
(1.00) 		1
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.433
(1.00)
SIRPB1 18 (8%) 210 0.0541
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.202
(1.00)
CYP7B1 18 (8%) 210 0.0847
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.333
(1.00) 		1
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.938
(1.00)
PDE1A 32 (14%) 196 0.323
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.0927
(1.00) 		0.0785
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.452
(1.00)
C9ORF119 8 (4%) 220 0.124
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.371
(1.00)
TUBAL3 10 (4%) 218 0.389
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.806
(1.00)
NUDT4 5 (2%) 223 0.383
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.147
(1.00) 		1
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.511
(1.00)
FAM113B 20 (9%) 208 0.799
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.587
(1.00)
CYP4Z1 19 (8%) 209 0.275
(1.00) 		0.0584
(1.00) 		0.06
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.414
(1.00)
SLC9A11 36 (16%) 192 0.313
(1.00) 		0.0895
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.868
(1.00)
DISP1 30 (13%) 198 0.396
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.0824
(1.00) 		0.423
(1.00) 		1
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.0637
(1.00) 		0.297
(1.00)
C2ORF39 9 (4%) 219 0.912
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.0403
(1.00) 		0.00971
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.888
(1.00)
APCS 11 (5%) 217 1
(1.00) 		0.0633
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.5
(1.00)
SLC10A2 20 (9%) 208 0.764
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.154
(1.00)
DNER 22 (10%) 206 0.227
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.0454
(1.00)
FIGLA 3 (1%) 225 0.623
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.695
(1.00)
C7ORF58 29 (13%) 199 0.412
(1.00) 		0.0537
(1.00) 		0.0681
(1.00) 		0.0637
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.276
(1.00)
LPAR1 12 (5%) 216 0.871
(1.00) 		0.0485
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.826
(1.00)
ST6GAL2 33 (14%) 195 1
(1.00) 		0.0979
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.584
(1.00)
IGF2BP3 6 (3%) 222 0.332
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.592
(1.00)
DDX3X 18 (8%) 210 0.297
(1.00) 		1
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.554
(1.00)
POTEG 25 (11%) 203 0.183
(1.00) 		0.0836
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.417
(1.00)
FASLG 11 (5%) 217 0.282
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.0744
(1.00) 		0.902
(1.00)
SV2B 25 (11%) 203 0.13
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.706
(1.00) 		1
(1.00) 		0.46
(1.00)
ZFX 12 (5%) 216 0.93
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.0171
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.0475
(1.00) 		0.16
(1.00)
PHGDH 9 (4%) 219 0.232
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.404
(1.00) 		1
(1.00) 		0.419
(1.00)
ARL16 7 (3%) 221 0.803
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.341
(1.00) 		1
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.236
(1.00) 		1
(1.00)
SPTLC3 17 (7%) 211 0.627
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.0089
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.402
(1.00)
CX3CL1 4 (2%) 224 0.177
(1.00) 		0.131
(1.00) 		1
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.0795
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.433
(1.00)
ACD 9 (4%) 219 0.322
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.0658
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.199
(1.00)
TRHDE 41 (18%) 187 0.303
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.32
(1.00)
ADAMTS2 24 (11%) 204 0.0324
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.424
(1.00)
NF1 32 (14%) 196 0.148
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.0925
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.789
(1.00)
OR4K1 26 (11%) 202 0.562
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.304
(1.00)
PCSK1 19 (8%) 209 0.832
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.698
(1.00) 		1
(1.00) 		0.951
(1.00) 		1
(1.00) 		0.494
(1.00) 		1
(1.00) 		0.22
(1.00)
KRT78 16 (7%) 212 0.109
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.358
(1.00)
ZNF595 10 (4%) 218 1
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.583
(1.00)
AMHR2 14 (6%) 214 0.94
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.782
(1.00)
RBM46 15 (7%) 213 0.943
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.0514
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.206
(1.00)
IL1F7 10 (4%) 218 0.92
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.0851
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.706
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.55
(1.00) 		1
(1.00)
PREX2 55 (24%) 173 0.527
(1.00) 		0.069
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.0374
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.0668
(1.00)
TRIOBP 35 (15%) 193 0.755
(1.00) 		1
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.718
(1.00)
ENAM 31 (14%) 197 0.911
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.85
(1.00)
RBM22 7 (3%) 221 0.426
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.366
(1.00)
GK2 29 (13%) 199 0.501
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.0678
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.312
(1.00)
CACNA1H 21 (9%) 207 0.741
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.879
(1.00) 		1
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Mutation data file = SKCM-TM.mutsig.cluster.txt

  • Molecular subtypes file = SKCM-TM.transferedmergedcluster.txt

  • Number of patients = 228

  • Number of significantly mutated genes = 115

  • Number of Molecular subtypes = 10

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Made with Nozzle