Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2013_09_23 analyses Run

Tumor	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNAseq	miR	miRseq	RPPA	MAF

ACC	92	0	77	0	80	0	79	0	48	0	0
BLCA	213	158	184	111	202	0	182	0	186	127	28
BRCA	1014	971	994	0	987	526	988	0	984	408	772
CESC	163	74	155	0	163	0	145	0	134	0	39
COAD	437	431	428	69	435	153	403	0	407	331	154
COADREAD	605	599	590	104	597	222	559	0	550	461	223
DLBC	38	21	18	0	18	0	0	0	17	0	0
ESCA	73	19	63	15	63	0	0	0	12	0	0
GBM	595	575	561	0	404	541	160	490	0	214	290
HNSC	458	360	388	108	426	0	303	0	424	212	306
KICH	66	64	66	0	66	0	66	0	66	0	66
KIRC	513	503	505	0	512	72	480	0	492	454	417
KIRP	204	129	158	0	158	16	141	0	142	0	112
LAML	200	200	197	0	194	0	179	0	188	0	197
LGG	307	243	269	0	291	27	271	0	295	258	220
LIHC	152	127	139	0	125	0	134	0	136	0	0
LUAD	563	456	493	120	556	32	468	0	492	237	229
LUSC	493	394	489	0	492	154	482	0	467	195	178
OV	592	580	577	0	585	575	296	571	453	412	316
PAAD	66	53	65	0	65	0	56	0	59	0	57
PANCAN12	5781	5275	5484	549	5468	2176	4545	1061	4740	2920	3204
PRAD	263	166	197	15	249	0	195	0	233	164	83
READ	168	168	162	35	162	69	156	0	143	130	69
SARC	111	74	83	0	83	0	75	0	97	0	0
SKCM	357	291	336	119	336	0	332	0	327	205	264
STAD	322	307	306	66	307	0	273	0	307	263	221
THCA	496	477	494	95	496	0	482	0	495	222	402
UCEC	535	479	506	106	513	54	488	0	504	200	248
UCS	57	15	56	0	57	0	56	0	56	0	0
Totals	8548	7335	7966	859	8025	2219	6890	1061	7164	4032	4668