Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Lung Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
23 September 2013  |  analyses__2013_09_23
Maintainer Information
Citation Information
doi:10.7908/C1CZ35H2
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2013): Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1CZ35H2
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 200 genes and 13 clinical features across 172 patients, 6 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • SMARCA4 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • U2AF1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • GBA3 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • OR13G1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • AKR1B10 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • STX2 mutation correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 200 genes and 13 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 6 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET COMPLETENESS
OF
RESECTION
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test t-test Chi-square test Fisher's exact test t-test t-test Fisher's exact test
SMARCA4 14 (8%) 158 0.654
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.171
(1.00) 		6.16e-07
(0.00145) 		1
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.188
(1.00) 		1
(1.00)
U2AF1 6 (3%) 166 0.382
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.0572
(1.00) 		0.0713
(1.00) 		0.22
(1.00) 		1.19e-08
(2.8e-05) 		0.404
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.265
(1.00) 		1
(1.00)
GBA3 8 (5%) 164 0.459
(1.00) 		0.0276
(1.00) 		0.258
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		1
(1.00) 		0.728
(1.00) 		8.52e-07
(0.00201) 		1
(1.00) 		0.0895
(1.00) 		0.379
(1.00) 		1
(1.00)
OR13G1 9 (5%) 163 0.106
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.446
(1.00) 		1
(1.00) 		0.14
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		7.17e-06
(0.0169) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.879
(1.00) 		1
(1.00)
AKR1B10 4 (2%) 168 0.474
(1.00) 		0.00726
(1.00) 		0.581
(1.00) 		1
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.00711
(1.00) 		1
(1.00) 		9.35e-06
(0.0221) 		0.29
(1.00) 		0.353
(1.00)
STX2 4 (2%) 168 0.687
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.11
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.997
(1.00) 		1
(1.00) 		2.46e-14
(5.83e-11) 		0.759
(1.00) 		1
(1.00)
CDKN2A 8 (5%) 164 0.399
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.953
(1.00) 		1
(1.00) 		0.764
(1.00) 		1
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.0411
(1.00) 		1
(1.00)
KRAS 47 (27%) 125 0.726
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.0847
(1.00) 		0.406
(1.00) 		1
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.3
(1.00)
TP53 87 (51%) 85 0.788
(1.00) 		0.0626
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.233
(1.00) 		1
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.914
(1.00)
EGFR 22 (13%) 150 0.0246
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.565
(1.00)
KRTAP5-5 21 (12%) 151 0.349
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.267
(1.00) 		1
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00)
STK11 20 (12%) 152 0.148
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0941
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.621
(1.00)
KEAP1 32 (19%) 140 0.528
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.517
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.945
(1.00)
CRIPAK 12 (7%) 160 0.545
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.0021
(1.00) 		1
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.827
(1.00)
RBM10 12 (7%) 160 0.572
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.00478
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.702
(1.00)
NF1 21 (12%) 151 0.477
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.0206
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.529
(1.00)
GPR112 35 (20%) 137 0.441
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.0426
(1.00) 		0.118
(1.00) 		1
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.522
(1.00)
FLG 44 (26%) 128 0.0226
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.873
(1.00)
HRNR 25 (15%) 147 0.209
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.0118
(1.00) 		0.0625
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.0632
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.748
(1.00)
MUC7 15 (9%) 157 0.286
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0313
(1.00) 		0.749
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.67
(1.00)
COL11A1 34 (20%) 138 0.815
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.513
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0327
(1.00) 		0.217
(1.00) 		1
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.784
(1.00)
BRAF 15 (9%) 157 0.435
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.796
(1.00)
PCK1 10 (6%) 162 0.215
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.0886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.00122
(1.00) 		0.126
(1.00)
CSMD3 78 (45%) 94 0.0785
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.0805
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.0724
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.842
(1.00)
RIMS2 32 (19%) 140 0.885
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.0367
(1.00) 		0.457
(1.00)
FTSJD1 6 (3%) 166 0.585
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.622
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.234
(1.00) 		1
(1.00)
RB1 7 (4%) 165 0.166
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.306
(1.00) 		1
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.666
(1.00)
LRP1B 61 (35%) 111 0.285
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.217
(1.00)
RIT1 8 (5%) 164 0.63
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.142
(1.00) 		1
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.15
(1.00)
OR10J3 9 (5%) 163 0.944
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.908
(1.00) 		1
(1.00)
LTBP1 20 (12%) 152 0.196
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.03
(1.00) 		0.0777
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.887
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0046
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.786
(1.00)
SETD2 15 (9%) 157 0.244
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.307
(1.00)
ZCCHC5 10 (6%) 162 0.275
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.887
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.0232
(1.00) 		1
(1.00)
ADAMTS5 14 (8%) 158 0.00285
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.0251
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.39
(1.00) 		1
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00)
MYL10 5 (3%) 167 0.54
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.0222
(1.00) 		0.172
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.23
(1.00)
SMAD4 7 (4%) 165 0.801
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.0838
(1.00) 		0.764
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.0108
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF268 5 (3%) 167 0.8
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.566
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.181
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.462
(1.00)
OR4Q3 11 (6%) 161 0.188
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.0388
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.527
(1.00)
ARID1A 11 (6%) 161 0.362
(1.00) 		0.0113
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.0382
(1.00) 		0.576
(1.00)
CCDC73 11 (6%) 161 0.594
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.0819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.345
(1.00)
MGA 16 (9%) 156 0.366
(1.00) 		0.0204
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.0709
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.0441
(1.00) 		1
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.0879
(1.00) 		0.86
(1.00)
FAM48B1 10 (6%) 162 0.965
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.00191
(1.00) 		0.0797
(1.00) 		1
(1.00)
IFNA7 5 (3%) 167 0.781
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.0155
(1.00) 		0.0561
(1.00) 		0.0727
(1.00) 		1
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.935
(1.00) 		1
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.289
(1.00)
FANCD2 7 (4%) 165 0.909
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00)
MBD1 6 (3%) 166 0.56
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.0253
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.622
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.979
(1.00) 		1
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.96
(1.00) 		1
(1.00)
ASTN2 15 (9%) 157 0.728
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.000709
(1.00) 		1
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.699
(1.00)
MLL3 34 (20%) 138 0.661
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.0758
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.183
(1.00)
FLI1 6 (3%) 166 0.201
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.622
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.354
(1.00)
LAX1 6 (3%) 166 0.0955
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.0772
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.438
(1.00) 		1
(1.00)
SVOP 7 (4%) 165 0.803
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.876
(1.00) 		1
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.608
(1.00)
MTTP 6 (3%) 166 0.881
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.416
(1.00) 		1
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.0766
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.107
(1.00)
COL19A1 14 (8%) 158 0.699
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.342
(1.00) 		1
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.0716
(1.00) 		0.00027
(0.637) 		0.608
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.676
(1.00) 		1
(1.00)
LRRC32 11 (6%) 161 0.906
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.0247
(1.00) 		1
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.455
(1.00)
TEX15 24 (14%) 148 0.901
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.322
(1.00) 		1
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.369
(1.00)
OR10G9 10 (6%) 162 0.892
(1.00) 		0.0973
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.0946
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.989
(1.00) 		1
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.527
(1.00)
CNGA2 11 (6%) 161 0.487
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.0678
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.796
(1.00)
FGB 11 (6%) 161 0.215
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.0431
(1.00) 		0.913
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.969
(1.00) 		1
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.0171
(1.00)
ANP32C 8 (5%) 164 0.832
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.0197
(1.00) 		0.0384
(1.00) 		0.475
(1.00) 		1
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.38
(1.00) 		1
(1.00)
KIAA1755 12 (7%) 160 0.581
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.833
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.245
(1.00) 		1
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.419
(1.00)
OVCH1 14 (8%) 158 0.797
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.697
(1.00) 		1
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.416
(1.00)
PJA1 8 (5%) 164 0.0901
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.174
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.808
(1.00) 		1
(1.00)
SUN1 8 (5%) 164 0.288
(1.00) 		0.0684
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.0969
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.885
(1.00) 		1
(1.00)
RUFY2 7 (4%) 165 0.00826
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.843
(1.00) 		1
(1.00)
PABPC3 9 (5%) 163 0.081
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.0663
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.244
(1.00)
STXBP5L 12 (7%) 160 0.17
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.759
(1.00)
ELTD1 15 (9%) 157 0.0349
(1.00) 		0.0391
(1.00) 		0.0643
(1.00) 		0.0324
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.146
(1.00) 		1
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.419
(1.00)
KRT28 7 (4%) 165 0.599
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.019
(1.00) 		0.0684
(1.00) 		0.0312
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.000201
(0.474) 		0.102
(1.00) 		0.071
(1.00) 		0.499
(1.00) 		1
(1.00)
EPHA6 22 (13%) 150 0.644
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.479
(1.00)
OR10R2 10 (6%) 162 0.799
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.443
(1.00) 		1
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.389
(1.00) 		1
(1.00)
TLR4 23 (13%) 149 0.853
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.0478
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.452
(1.00) 		1
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.378
(1.00)
OR6F1 10 (6%) 162 0.225
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.342
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.419
(1.00)
THEMIS 10 (6%) 162 0.0262
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.759
(1.00)
DACT1 10 (6%) 162 0.138
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.00798
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.0671
(1.00) 		1
(1.00)
APC 10 (6%) 162 0.0189
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.0604
(1.00) 		0.345
(1.00)
SCG2 8 (5%) 164 0.576
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.161
(1.00) 		1
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.0332
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.978
(1.00) 		1
(1.00)
BRE 4 (2%) 168 0.754
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.021
(1.00) 		0.394
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.919
(1.00) 		1
(1.00)
SERPINB13 9 (5%) 163 0.186
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.239
(1.00) 		1
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.0717
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.296
(1.00) 		1
(1.00)
GATA3 6 (3%) 166 0.0502
(1.00) 		0.0661
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.892
(1.00) 		1
(1.00)
GNG2 4 (2%) 168 0.897
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00) 		0.815
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.479
(1.00) 		1
(1.00) 		0.449
(1.00) 		1
(1.00)
TSHZ3 25 (15%) 147 0.0148
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.654
(1.00) 		1
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.0796
(1.00) 		0.397
(1.00)
GPR158 18 (10%) 154 0.837
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.885
(1.00) 		1
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.802
(1.00) 		1
(1.00)
SPTA1 51 (30%) 121 0.0924
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.0761
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.0327
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.793
(1.00)
PDGFA 5 (3%) 167 0.804
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.395
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.0208
(1.00) 		1
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.37
(1.00)
F8 15 (9%) 157 0.97
(1.00) 		0.0209
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.269
(1.00) 		1
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.796
(1.00)
CTRC 4 (2%) 168 0.787
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.29
(1.00) 		1
(1.00)
EPHB6 19 (11%) 153 0.25
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.0642
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.827
(1.00)
C12ORF74 3 (2%) 169 0.966
(1.00) 		0.0114
(1.00) 		0.783
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.194
(1.00) 		1
(1.00) 		0.119
(1.00)
DENND2A 9 (5%) 163 0.051
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.0564
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.0819
(1.00) 		0.977
(1.00) 		1
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.668
(1.00) 		1
(1.00)
POF1B 9 (5%) 163 0.158
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.714
(1.00) 		1
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.913
(1.00) 		1
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.196
(1.00)
TMTC1 22 (13%) 150 0.144
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.0695
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.146
(1.00)
OR2F2 6 (3%) 166 0.0842
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.652
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.000666
(1.00) 		0.0115
(1.00) 		1
(1.00)
SPATA18 8 (5%) 164 0.406
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.0255
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.0071
(1.00) 		1
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.34
(1.00) 		1
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.596
(1.00) 		1
(1.00)
FSCB 15 (9%) 157 0.389
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.0884
(1.00) 		0.0225
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.311
(1.00) 		1
(1.00)
TBX21 7 (4%) 165 0.965
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.286
(1.00) 		1
(1.00)
CDH6 17 (10%) 155 0.29
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.608
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.0457
(1.00) 		0.0838
(1.00)
TTC18 5 (3%) 167 0.831
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.0386
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.00899
(1.00) 		0.063
(1.00) 		0.0928
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.173
(1.00)
NALCN 24 (14%) 148 0.19
(1.00) 		0.0114
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.189
(1.00)
ABCB5 19 (11%) 153 0.462
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.0192
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.0391
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.529
(1.00)
OR5I1 11 (6%) 161 0.575
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.0115
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0815
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.455
(1.00)
COL5A1 13 (8%) 159 0.878
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.635
(1.00) 		1
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.39
(1.00)
ITGAX 17 (10%) 155 0.763
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.0285
(1.00) 		0.0252
(1.00) 		0.554
(1.00) 		1
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.237
(1.00) 		1
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.0655
(1.00)
FBXL7 17 (10%) 155 0.615
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.086
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.254
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.786
(1.00)
SVEP1 21 (12%) 151 0.284
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.0941
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.17
(1.00)
DEFB112 4 (2%) 168 0.553
(1.00) 		0.0831
(1.00) 		0.656
(1.00) 		1
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		0.0337
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.264
(1.00) 		1
(1.00)
ARID2 12 (7%) 160 0.182
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.419
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.827
(1.00)
ANKRD44 9 (5%) 163 0.251
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.508
(1.00) 		1
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.913
(1.00) 		1
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.196
(1.00)
OR4C16 14 (8%) 158 0.941
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.00369
(1.00) 		1
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.666
(1.00)
EPS8L3 4 (2%) 168 0.29
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.0302
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TARS2 8 (5%) 164 0.523
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.15
(1.00)
SPEG 16 (9%) 156 0.106
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.96
(1.00) 		1
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.33
(1.00) 		1
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.505
(1.00)
GPR174 6 (3%) 166 0.489
(1.00) 		0.0533
(1.00) 		0.385
(1.00) 		1
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.00304
(1.00) 		1
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.137
(1.00) 		1
(1.00)
KIF9 7 (4%) 165 0.506
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.00213
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.306
(1.00) 		1
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.73
(1.00) 		1
(1.00)
OR2T27 8 (5%) 164 0.274
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.693
(1.00) 		1
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.998
(1.00) 		1
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.092
(1.00) 		1
(1.00)
CYP1A1 4 (2%) 168 0.935
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00) 		0.815
(1.00) 		1
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.0242
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C1ORF173 25 (15%) 147 0.911
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.0573
(1.00) 		0.0288
(1.00) 		0.914
(1.00) 		1
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.201
(1.00) 		1
(1.00)
SH2D2A 6 (3%) 166 0.257
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.497
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.807
(1.00) 		1
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.23
(1.00)
CD5L 12 (7%) 160 0.8
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.095
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.922
(1.00) 		1
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.716
(1.00)
ANKRD56 11 (6%) 161 0.293
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.433
(1.00) 		1
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.0201
(1.00) 		1
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.419
(1.00)
HOXA5 6 (3%) 166 0.148
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.0952
(1.00) 		0.979
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0675
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.608
(1.00)
FERD3L 7 (4%) 165 0.0363
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.23
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.289
(1.00)
PLA2G4E 4 (2%) 168 0.898
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.143
(1.00) 		1
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.996
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RP1L1 32 (19%) 140 0.208
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.771
(1.00) 		1
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.935
(1.00)
SIRPB1 6 (3%) 166 0.117
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.0572
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.0856
(1.00) 		1
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.514
(1.00) 		1
(1.00)
GTF2I 3 (2%) 169 0.0418
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.00172
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
COL3A1 22 (13%) 150 0.128
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.779
(1.00) 		1
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.00561
(1.00) 		0.985
(1.00) 		1
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.0705
(1.00) 		0.709
(1.00)
MUC16 79 (46%) 93 0.468
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.0728
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.319
(1.00)
VPS13C 19 (11%) 153 0.455
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.911
(1.00) 		1
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.373
(1.00)
HOXA3 6 (3%) 166 0.753
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.0104
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.00212
(1.00) 		1
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.571
(1.00) 		1
(1.00)
TBX15 11 (6%) 161 0.391
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.00181
(1.00) 		0.0273
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.05
(1.00) 		1
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.664
(1.00)
OR56A4 6 (3%) 166 0.506
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.415
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.646
(1.00) 		1
(1.00)
HCK 6 (3%) 166 0.188
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.0925
(1.00) 		0.733
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.462
(1.00)
KDR 20 (12%) 152 0.198
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.894
(1.00)
BRS3 7 (4%) 165 0.477
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.24
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.995
(1.00) 		1
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.473
(1.00)
LPPR4 14 (8%) 158 0.775
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.531
(1.00) 		1
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.347
(1.00) 		1
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.447
(1.00) 		1
(1.00)
KDM5C 8 (5%) 164 0.61
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0984
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.0982
(1.00) 		1
(1.00) 		0.646
(1.00) 		1
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.244
(1.00)
TRPC1 7 (4%) 165 0.249
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.15
(1.00)
HAX1 4 (2%) 168 0.43
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.281
(1.00) 		1
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.626
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.333
(1.00)
ZNF260 4 (2%) 168 0.867
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.997
(1.00) 		1
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.0526
(1.00)
OLAH 7 (4%) 165 0.5
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.013
(1.00) 		0.0684
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.0403
(1.00) 		0.715
(1.00) 		1
(1.00)
C9ORF64 3 (2%) 169 0.533
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		0.818
(1.00) 		1
(1.00) 		0.578
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.623
(1.00)
ATM 15 (9%) 157 0.877
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.821
(1.00) 		1
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.187
(1.00) 		1
(1.00)
POLR3B 11 (6%) 161 0.981
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.134
(1.00) 		1
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.994
(1.00) 		1
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.964
(1.00) 		1
(1.00)
C1ORF49 6 (3%) 166 0.62
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.196
(1.00) 		1
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.289
(1.00)
MFSD8 5 (3%) 167 0.919
(1.00) 		0.0896
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.824
(1.00) 		1
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00)
OR4A15 14 (8%) 158 0.621
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.801
(1.00) 		1
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.848
(1.00)
LELP1 3 (2%) 169 0.732
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.578
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.881
(1.00)
AOAH 8 (5%) 164 0.812
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.0327
(1.00) 		0.0584
(1.00) 		0.424
(1.00) 		1
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.115
(1.00) 		1
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.287
(1.00)
GRK5 7 (4%) 165 0.136
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.082
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.339
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.306
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.608
(1.00)
FCRL4 7 (4%) 165 0.201
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.043
(1.00) 		0.0623
(1.00) 		0.567
(1.00) 		1
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.608
(1.00)
NT5DC3 5 (3%) 167 0.928
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.401
(1.00) 		1
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.0928
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.173
(1.00)
NAALAD2 9 (5%) 163 0.176
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.473
(1.00)
C8ORF37 6 (3%) 166 0.947
(1.00) 		0.0941
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.54
(1.00)
XIRP2 47 (27%) 125 0.323
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.735
(1.00)
PTH 3 (2%) 169 0.0109
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.841
(1.00) 		1
(1.00)
STAC3 3 (2%) 169 0.042
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		0.00689
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.066
(1.00) 		1
(1.00) 		0.969
(1.00) 		1
(1.00) 		0.359
(1.00)
IL18RAP 5 (3%) 167 0.0422
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.862
(1.00) 		1
(1.00)
TAAR5 7 (4%) 165 0.175
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.441
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0327
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.049
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00)
C2ORF39 8 (5%) 164 0.962
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.924
(1.00) 		1
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.401
(1.00)
OR2G2 12 (7%) 160 0.841
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.782
(1.00) 		1
(1.00)
ADAMTS2 14 (8%) 158 0.924
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.919
(1.00) 		1
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.848
(1.00)
FBN2 29 (17%) 143 0.391
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.237
(1.00)
BTK 7 (4%) 165 0.134
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.339
(1.00) 		1
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.995
(1.00) 		1
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.229
(1.00) 		1
(1.00)
REG1B 13 (8%) 159 0.509
(1.00) 		0.0662
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.455
(1.00) 		1
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.0756
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.141
(1.00) 		1
(1.00)
COL5A2 18 (10%) 154 0.608
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.045
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.0434
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.848
(1.00)
NHEDC1 9 (5%) 163 0.175
(1.00) 		0.0899
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.000682
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0254
(1.00) 		0.859
(1.00) 		1
(1.00)
IL1RAPL1 11 (6%) 161 0.982
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.796
(1.00)
DGKB 11 (6%) 161 0.579
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.608
(1.00)
COL25A1 11 (6%) 161 0.983
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0331
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.342
(1.00)
SEMA5A 15 (9%) 157 0.367
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.143
(1.00) 		1
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.117
(1.00)
BHMT 5 (3%) 167 0.346
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.068
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00)
CXCL6 4 (2%) 168 0.608
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.503
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.869
(1.00) 		1
(1.00)
CLEC12B 3 (2%) 169 0.319
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.904
(1.00) 		1
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DYDC2 3 (2%) 169 0.809
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.818
(1.00) 		1
(1.00) 		0.578
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CMA1 4 (2%) 168 0.115
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.00954
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.479
(1.00) 		1
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.173
(1.00)
KRTAP1-5 7 (4%) 165 0.056
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.0838
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.285
(1.00) 		1
(1.00)
AQP10 6 (3%) 166 0.148
(1.00) 		0.00134
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.733
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.0384
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.287
(1.00)
P2RX7 4 (2%) 168 0.826
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.281
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0701
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.0115
(1.00) 		1
(1.00) 		0.509
(1.00)
NETO1 14 (8%) 158 0.645
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.919
(1.00) 		1
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.979
(1.00) 		1
(1.00)
MGAT4C 7 (4%) 165 0.391
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.00406
(1.00) 		0.23
(1.00)
SLC34A2 8 (5%) 164 0.00244
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.743
(1.00) 		1
(1.00) 		0.924
(1.00) 		1
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.0193
(1.00) 		0.401
(1.00)
NTRK1 7 (4%) 165 0.638
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.00495
(1.00) 		0.00242
(1.00) 		0.0563
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.201
(1.00) 		1
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.416
(1.00)
VEGFC 9 (5%) 163 0.925
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.401
(1.00)
GC 5 (3%) 167 0.379
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.0653
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.99
(1.00) 		1
(1.00)
CTCFL 11 (6%) 161 0.406
(1.00) 		0.0795
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.236
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.0166
(1.00) 		1
(1.00)
DYTN 10 (6%) 162 0.36
(1.00) 		0.00187
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.0961
(1.00) 		0.47
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0626
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.151
(1.00) 		1
(1.00)
EHHADH 4 (2%) 168 0.88
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.281
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.997
(1.00) 		1
(1.00) 		0.283
(1.00) 		1
(1.00)
COL4A2 11 (6%) 161 0.366
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0495
(1.00) 		0.891
(1.00) 		1
(1.00)
ABCG5 9 (5%) 163 0.00792
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.00216
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.69
(1.00) 		1
(1.00)
OR10G2 5 (3%) 167 0.816
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.0164
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.000341
(0.802) 		0.349
(1.00) 		1
(1.00)
CYP4V2 6 (3%) 166 0.284
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.0713
(1.00) 		0.0952
(1.00) 		0.173
(1.00) 		1
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.54
(1.00)
EIF2C1 4 (2%) 168 0.41
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.11
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.997
(1.00) 		1
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.918
(1.00) 		1
(1.00)
CCDC39 7 (4%) 165 0.348
(1.00) 		0.0859
(1.00) 		0.117
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0312
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.0109
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00707
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.416
(1.00)
FAM5C 28 (16%) 144 0.818
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.443
(1.00) 		1
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.079
(1.00) 		0.0553
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.208
(1.00)
TKTL1 5 (3%) 167 0.534
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.395
(1.00) 		1
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.376
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.173
(1.00)
SLC22A6 8 (5%) 164 0.764
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.998
(1.00) 		1
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.0708
(1.00) 		0.196
(1.00)
PPP3CA 3 (2%) 169 0.528
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.397
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0177
(1.00) 		0.496
(1.00)
C20ORF132 8 (5%) 164 0.267
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.24
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.666
(1.00)
EIF4G3 6 (3%) 166 0.833
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.124
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.764
(1.00) 		1
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.0847
(1.00) 		0.287
(1.00)
PLCB1 12 (7%) 160 0.667
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.514
(1.00) 		1
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.659
(1.00) 		1
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.506
(1.00) 		1
(1.00)
KRTAP19-6 4 (2%) 168 0.115
(1.00) 		0.0534
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.815
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.0242
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0406
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.462
(1.00)
'SMARCA4 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 6.16e-07 (Chi-square test), Q value = 0.0015

Table S1.  Gene #13: 'SMARCA4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) CARCINOMA
ALL 2 39 115 1 2 2 2 2 4 1 2
SMARCA4 MUTATED 0 1 9 1 0 0 0 0 0 1 2
SMARCA4 WILD-TYPE 2 38 106 0 2 2 2 2 4 0 0

Figure S1.  Get High-res Image Gene #13: 'SMARCA4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'U2AF1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.19e-08 (Chi-square test), Q value = 2.8e-05

Table S2.  Gene #18: 'U2AF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) CARCINOMA
ALL 2 39 115 1 2 2 2 2 4 1 2
U2AF1 MUTATED 0 2 2 0 0 2 0 0 0 0 0
U2AF1 WILD-TYPE 2 37 113 1 2 0 2 2 4 1 2

Figure S2.  Get High-res Image Gene #18: 'U2AF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'GBA3 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 8.52e-07 (Chi-square test), Q value = 0.002

Table S3.  Gene #31: 'GBA3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) CARCINOMA
ALL 2 39 115 1 2 2 2 2 4 1 2
GBA3 MUTATED 0 0 5 0 2 0 0 0 1 0 0
GBA3 WILD-TYPE 2 39 110 1 0 2 2 2 3 1 2

Figure S3.  Get High-res Image Gene #31: 'GBA3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'OR13G1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 7.17e-06 (Chi-square test), Q value = 0.017

Table S4.  Gene #156: 'OR13G1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) CARCINOMA
ALL 2 39 115 1 2 2 2 2 4 1 2
OR13G1 MUTATED 0 3 3 0 2 0 0 0 1 0 0
OR13G1 WILD-TYPE 2 36 112 1 0 2 2 2 3 1 2

Figure S4.  Get High-res Image Gene #156: 'OR13G1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'AKR1B10 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 9.35e-06 (Chi-square test), Q value = 0.022

Table S5.  Gene #172: 'AKR1B10 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) CARCINOMA
ALL 2 39 115 1 2 2 2 2 4 1 2
AKR1B10 MUTATED 0 0 2 0 1 1 0 0 0 0 0
AKR1B10 WILD-TYPE 2 39 113 1 1 1 2 2 4 1 2

Figure S5.  Get High-res Image Gene #172: 'AKR1B10 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'STX2 MUTATION STATUS' versus 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

P value = 2.46e-14 (t-test), Q value = 5.8e-11

Table S6.  Gene #175: 'STX2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 112 40.7 (25.4)
STX2 MUTATED 3 19.7 (0.6)
STX2 WILD-TYPE 109 41.3 (25.5)

Figure S6.  Get High-res Image Gene #175: 'STX2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = LUAD-TP.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = LUAD-TP.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 172

  • Number of significantly mutated genes = 200

  • Number of selected clinical features = 13

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[4] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[5] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Copyright © 2013 Broad Institute TCGA GDAC as part of the TCGA Research Network. All rights reserved.
Made with Nozzle