Correlation between gene mutation status and molecular subtypes
Lung Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
23 September 2013  |  analyses__2013_09_23
Maintainer Information
Citation Information
doi:10.7908/C13F4MZ0
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2013): Correlation between gene mutation status and molecular subtypes. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C13F4MZ0
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.

Summary

Testing the association between mutation status of 200 genes and 12 molecular subtypes across 172 patients, 4 significant findings detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.

  • TP53 mutation correlated to 'RPPA_CHIERARCHICAL' and 'MRNASEQ_CNMF'.

  • KEAP1 mutation correlated to 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.

  • MUC7 mutation correlated to 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 200 genes and 12 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, 4 significant findings detected.

Clinical
Features 		MRNA
CNMF 		MRNA
CHIERARCHICAL 		CN
CNMF 		METHLYATION
CNMF 		RPPA
CNMF 		RPPA
CHIERARCHICAL 		MRNASEQ
CNMF 		MRNASEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
CNMF 		MIRSEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
MATURE
CNMF 		MIRSEQ
MATURE
CHIERARCHICAL
nMutated (%) nWild-Type Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
TP53 87 (51%) 85 0.00576
(1.00) 		0.0644
(1.00) 		0.000824
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.000591
(1.00) 		3.89e-05
(0.0794) 		7.92e-05
(0.162) 		0.000337
(0.686) 		0.00623
(1.00) 		0.0397
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.389
(1.00)
KEAP1 32 (19%) 140 0.375
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.0316
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.0915
(1.00) 		0.0556
(1.00) 		0.0021
(1.00) 		9.16e-05
(0.187) 		0.962
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.329
(1.00)
MUC7 15 (9%) 157 0.0389
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.00949
(1.00) 		9.94e-05
(0.203) 		0.139
(1.00) 		0.0981
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.00556
(1.00)
CDKN2A 8 (5%) 164 0.903
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.769
(1.00) 		1
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.817
(1.00) 		1
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.155
(1.00)
KRAS 47 (27%) 125 0.816
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.0443
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.0957
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.015
(1.00) 		0.0938
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.291
(1.00)
EGFR 22 (13%) 150 0.187
(1.00) 		1
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.027
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.0995
(1.00) 		0.0163
(1.00)
KRTAP5-5 21 (12%) 151 0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.0916
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.45
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.234
(1.00)
STK11 20 (12%) 152 0.554
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.0052
(1.00) 		0.00245
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.71
(1.00)
CRIPAK 12 (7%) 160 1
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.404
(1.00)
RBM10 12 (7%) 160 0.252
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.0686
(1.00) 		1
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.852
(1.00) 		1
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.236
(1.00)
NF1 21 (12%) 151 0.912
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.0406
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.0788
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0723
(1.00) 		0.515
(1.00)
GPR112 35 (20%) 137 0.493
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.0817
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.174
(1.00)
FLG 44 (26%) 128 0.151
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.606
(1.00)
SMARCA4 14 (8%) 158 0.12
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.00404
(1.00) 		0.000298
(0.607) 		0.046
(1.00) 		0.0341
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		0.0287
(1.00)
HRNR 25 (15%) 147 0.247
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.791
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0554
(1.00) 		0.058
(1.00) 		1
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.933
(1.00) 		1
(1.00)
COL11A1 34 (20%) 138 0.142
(1.00) 		0.0022
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.384
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0421
(1.00) 		0.0777
(1.00) 		0.0309
(1.00) 		0.026
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.112
(1.00)
BRAF 15 (9%) 157 0.247
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.672
(1.00) 		1
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.298
(1.00)
U2AF1 6 (3%) 166 0.871
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.0433
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00)
PCK1 10 (6%) 162 0.42
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.0168
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.251
(1.00) 		1
(1.00) 		0.193
(1.00) 		1
(1.00)
CSMD3 78 (45%) 94 0.0252
(1.00) 		0.0301
(1.00) 		0.0503
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.0964
(1.00) 		0.000135
(0.276) 		0.000356
(0.724) 		0.00868
(1.00) 		0.0693
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.135
(1.00)
RIMS2 32 (19%) 140 0.151
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.0617
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.0619
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.032
(1.00) 		0.0387
(1.00)
FTSJD1 6 (3%) 166 0.871
(1.00) 		0.0253
(1.00) 		0.0888
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.584
(1.00) 		1
(1.00) 		0.85
(1.00)
RB1 7 (4%) 165 0.367
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.0847
(1.00) 		0.0871
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.472
(1.00)
LRP1B 61 (35%) 111 0.363
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.016
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.0411
(1.00) 		0.0468
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.598
(1.00)
RIT1 8 (5%) 164 0.903
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.157
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.504
(1.00)
OR10J3 9 (5%) 163 0.495
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.295
(1.00) 		1
(1.00)
LTBP1 20 (12%) 152 0.71
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.0682
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.235
(1.00)
SETD2 15 (9%) 157 0.196
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.067
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.0786
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.0885
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.234
(1.00)
ZCCHC5 10 (6%) 162 0.703
(1.00) 		0.0331
(1.00) 		0.57
(1.00) 		1
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.322
(1.00) 		1
(1.00)
ADAMTS5 14 (8%) 158 1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.482
(1.00) 		1
(1.00)
GBA3 8 (5%) 164 0.807
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.764
(1.00) 		1
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.522
(1.00)
MYL10 5 (3%) 167 0.348
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00)
SMAD4 7 (4%) 165 1
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.637
(1.00)
ZNF268 5 (3%) 167 0.308
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.228
(1.00) 		1
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.815
(1.00)
OR4Q3 11 (6%) 161 0.566
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.0664
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.0144
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.0146
(1.00) 		0.014
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.0222
(1.00)
ARID1A 11 (6%) 161 0.0598
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.096
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.212
(1.00)
CCDC73 11 (6%) 161 0.18
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.696
(1.00)
MGA 16 (9%) 156 0.887
(1.00) 		0.0937
(1.00) 		0.231
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0846
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.377
(1.00)
FAM48B1 10 (6%) 162 0.53
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.705
(1.00) 		1
(1.00) 		0.589
(1.00)
IFNA7 5 (3%) 167 0.348
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.0665
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.458
(1.00)
FANCD2 7 (4%) 165 0.525
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.752
(1.00)
MBD1 6 (3%) 166 0.2
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.0167
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.563
(1.00) 		1
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00)
ASTN2 15 (9%) 157 0.64
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.733
(1.00) 		1
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.377
(1.00)
MLL3 34 (20%) 138 0.505
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.228
(1.00)
FLI1 6 (3%) 166 0.641
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.85
(1.00)
LAX1 6 (3%) 166 0.653
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.85
(1.00)
SVOP 7 (4%) 165 0.881
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.295
(1.00) 		1
(1.00)
MTTP 6 (3%) 166 0.116
(1.00) 		0.465
(1.00) 		1
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.00467
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.756
(1.00)
COL19A1 14 (8%) 158 0.586
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.0206
(1.00) 		0.0889
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.0873
(1.00) 		0.0745
(1.00)
LRRC32 11 (6%) 161 0.375
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.0097
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.0847
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.0497
(1.00)
TEX15 24 (14%) 148 0.278
(1.00) 		0.00567
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.09
(1.00) 		0.0639
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.362
(1.00)
OR10G9 10 (6%) 162 0.434
(1.00) 		0.07
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.355
(1.00)
CNGA2 11 (6%) 161 0.12
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.155
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.659
(1.00) 		1
(1.00)
FGB 11 (6%) 161 0.282
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.899
(1.00) 		1
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.706
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0428
(1.00) 		0.433
(1.00)
ANP32C 8 (5%) 164 0.713
(1.00) 		0.0331
(1.00) 		1
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.668
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KIAA1755 12 (7%) 160 0.388
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.0733
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.615
(1.00) 		1
(1.00) 		0.42
(1.00) 		1
(1.00)
OVCH1 14 (8%) 158 0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.315
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PJA1 8 (5%) 164 0.903
(1.00) 		1
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.589
(1.00)
SUN1 8 (5%) 164 1
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.0579
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.318
(1.00)
RUFY2 7 (4%) 165 0.881
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.392
(1.00) 		1
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00)
PABPC3 9 (5%) 163 0.447
(1.00) 		0.0916
(1.00) 		1
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.295
(1.00) 		1
(1.00)
STXBP5L 12 (7%) 160 0.582
(1.00) 		0.0806
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.433
(1.00)
ELTD1 15 (9%) 157 0.236
(1.00) 		1
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.0235
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.00475
(1.00) 		0.00446
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.0585
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.00804
(1.00)
KRT28 7 (4%) 165 0.881
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.887
(1.00) 		1
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.815
(1.00)
EPHA6 22 (13%) 150 0.841
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.32
(1.00) 		1
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.067
(1.00) 		0.0226
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.404
(1.00)
OR10R2 10 (6%) 162 0.771
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.636
(1.00) 		1
(1.00) 		0.46
(1.00) 		1
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.0878
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.355
(1.00)
TLR4 23 (13%) 149 0.917
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.199
(1.00)
OR6F1 10 (6%) 162 0.329
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.0637
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00)
THEMIS 10 (6%) 162 0.53
(1.00) 		1
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0686
(1.00) 		0.884
(1.00) 		1
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.329
(1.00)
DACT1 10 (6%) 162 0.192
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.355
(1.00)
APC 10 (6%) 162 0.912
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.884
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0334
(1.00) 		0.00412
(1.00) 		0.00898
(1.00) 		0.023
(1.00) 		0.0711
(1.00) 		0.0768
(1.00)
SCG2 8 (5%) 164 0.0815
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.668
(1.00) 		1
(1.00) 		0.815
(1.00)
BRE 4 (2%) 168 1
(1.00) 		0.0253
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.343
(1.00)
SERPINB13 9 (5%) 163 0.604
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.0443
(1.00) 		0.0252
(1.00) 		0.0164
(1.00)
GATA3 6 (3%) 166 0.505
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.483
(1.00)
GNG2 4 (2%) 168 0.531
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.0147
(1.00) 		0.0152
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.343
(1.00) 		1
(1.00) 		0.723
(1.00)
TSHZ3 25 (15%) 147 0.0514
(1.00) 		0.0219
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.0217
(1.00) 		0.051
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.0775
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.917
(1.00)
GPR158 18 (10%) 154 0.0985
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.024
(1.00) 		0.000671
(1.00) 		0.021
(1.00) 		0.0066
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.0759
(1.00)
SPTA1 51 (30%) 121 0.46
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.00126
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.0989
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.323
(1.00)
PDGFA 5 (3%) 167 0.426
(1.00) 		0.0686
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.329
(1.00)
F8 15 (9%) 157 1
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.893
(1.00)
CTRC 4 (2%) 168 0.841
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.468
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.818
(1.00) 		1
(1.00)
EPHB6 19 (11%) 153 0.735
(1.00) 		0.0571
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.605
(1.00)
C12ORF74 3 (2%) 169 0.609
(1.00) 		0.0225
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.0754
(1.00)
DENND2A 9 (5%) 163 1
(1.00) 		0.00776
(1.00) 		0.426
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0238
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.0596
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.472
(1.00)
POF1B 9 (5%) 163 0.67
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.815
(1.00)
TMTC1 22 (13%) 150 0.236
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0862
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.483
(1.00)
OR2F2 6 (3%) 166 0.746
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.859
(1.00) 		1
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.589
(1.00)
SPATA18 8 (5%) 164 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.817
(1.00) 		1
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.192
(1.00) 		1
(1.00)
FSCB 15 (9%) 157 0.531
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0161
(1.00) 		0.0321
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.0252
(1.00) 		0.252
(1.00)
TBX21 7 (4%) 165 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.0117
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.236
(1.00)
CDH6 17 (10%) 155 0.247
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.66
(1.00)
TTC18 5 (3%) 167 0.426
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.0368
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.343
(1.00)
NALCN 24 (14%) 148 0.658
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.719
(1.00)
ABCB5 19 (11%) 153 0.12
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.0233
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.295
(1.00)
OR5I1 11 (6%) 161 0.469
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.0455
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.893
(1.00)
COL5A1 13 (8%) 159 0.489
(1.00) 		1
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.52
(1.00)
ITGAX 17 (10%) 155 0.192
(1.00) 		0.308
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.658
(1.00)
FBXL7 17 (10%) 155 0.236
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.012
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.472
(1.00)
SVEP1 21 (12%) 151 0.641
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.336
(1.00)
DEFB112 4 (2%) 168 0.149
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.512
(1.00)
ARID2 12 (7%) 160 0.53
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.103
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0653
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.589
(1.00)
ANKRD44 9 (5%) 163 0.67
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		0.817
(1.00) 		1
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.883
(1.00)
OR4C16 14 (8%) 158 0.414
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.0206
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.377
(1.00)
EPS8L3 4 (2%) 168 0.531
(1.00) 		1
(1.00) 		0.577
(1.00) 		1
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.343
(1.00)
TARS2 8 (5%) 164 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.0234
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.318
(1.00)
SPEG 16 (9%) 156 0.335
(1.00) 		1
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.0829
(1.00) 		0.0591
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.251
(1.00)
GPR174 6 (3%) 166 1
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.45
(1.00) 		1
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00) 		0.815
(1.00)
KIF9 7 (4%) 165 1
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.0303
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.0925
(1.00) 		1
(1.00) 		0.437
(1.00)
OR2T27 8 (5%) 164 0.173
(1.00) 		1
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.297
(1.00)
CYP1A1 4 (2%) 168 1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.512
(1.00)
C1ORF173 25 (15%) 147 0.59
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.00925
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.442
(1.00)
SH2D2A 6 (3%) 166 0.0309
(1.00) 		1
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.043
(1.00) 		0.0565
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.203
(1.00)
CD5L 12 (7%) 160 0.679
(1.00) 		0.0159
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.868
(1.00) 		1
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		0.789
(1.00)
ANKRD56 11 (6%) 161 0.517
(1.00) 		1
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.221
(1.00) 		1
(1.00) 		0.77
(1.00)
HOXA5 6 (3%) 166 0.441
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.0913
(1.00) 		0.00623
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.0972
(1.00) 		0.0892
(1.00)
FERD3L 7 (4%) 165 1
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.563
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0723
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.715
(1.00) 		1
(1.00)
PLA2G4E 4 (2%) 168 0.531
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.394
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.343
(1.00)
RP1L1 32 (19%) 140 0.641
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.0875
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.0594
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.174
(1.00)
SIRPB1 6 (3%) 166 1
(1.00) 		0.225
(1.00) 		1
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.666
(1.00) 		1
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.815
(1.00)
GTF2I 3 (2%) 169 0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.632
(1.00) 		1
(1.00) 		0.222
(1.00)
COL3A1 22 (13%) 150 0.856
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		0.455
(1.00)
MUC16 79 (46%) 93 0.172
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.0659
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.0361
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.743
(1.00)
VPS13C 19 (11%) 153 0.0352
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.0945
(1.00) 		0.0974
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.789
(1.00)
HOXA3 6 (3%) 166 0.505
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.577
(1.00) 		1
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.238
(1.00)
TBX15 11 (6%) 161 0.361
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.729
(1.00) 		1
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.0512
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.194
(1.00)
OR56A4 6 (3%) 166 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.102
(1.00)
HCK 6 (3%) 166 0.0409
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.171
(1.00) 		1
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.483
(1.00) 		1
(1.00) 		0.723
(1.00)
KDR 20 (12%) 152 0.28
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.0745
(1.00)
BRS3 7 (4%) 165 0.0718
(1.00) 		0.514
(1.00) 		1
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.0157
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.815
(1.00)
LPPR4 14 (8%) 158 0.656
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.498
(1.00) 		1
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.658
(1.00)
KDM5C 8 (5%) 164 0.368
(1.00) 		0.193
(1.00) 		1
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.191
(1.00) 		1
(1.00) 		0.458
(1.00)
TRPC1 7 (4%) 165 0.212
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.136
(1.00) 		1
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.482
(1.00) 		1
(1.00)
HAX1 4 (2%) 168 0.685
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF260 4 (2%) 168 0.326
(1.00) 		1
(1.00) 		0.275
(1.00) 		1
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.437
(1.00)
OLAH 7 (4%) 165 0.0718
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.00485
(1.00) 		0.00765
(1.00) 		0.00782
(1.00) 		0.0189
(1.00) 		0.0791
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.589
(1.00)
C9ORF64 3 (2%) 169 0.0502
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.0239
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.512
(1.00)
ATM 15 (9%) 157 0.139
(1.00) 		0.00375
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.174
(1.00)
POLR3B 11 (6%) 161 0.192
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.0249
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.023
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.815
(1.00)
C1ORF49 6 (3%) 166 0.0409
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.238
(1.00)
MFSD8 5 (3%) 167 0.0235
(1.00) 		0.0127
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.0665
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.0894
(1.00) 		0.198
(1.00)
OR4A15 14 (8%) 158 0.00159
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.00915
(1.00) 		0.0111
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.0341
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.0863
(1.00)
LELP1 3 (2%) 169 0.417
(1.00) 		0.0253
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.379
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
AOAH 8 (5%) 164 0.514
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.668
(1.00) 		1
(1.00) 		0.712
(1.00)
GRK5 7 (4%) 165 0.881
(1.00) 		0.419
(1.00) 		1
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.8
(1.00) 		1
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.637
(1.00)
FCRL4 7 (4%) 165 1
(1.00) 		0.0686
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.0417
(1.00) 		1
(1.00) 		0.77
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00) 		1
(1.00) 		0.723
(1.00)
NT5DC3 5 (3%) 167 0.527
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00)
NAALAD2 9 (5%) 163 1
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.0385
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.0216
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.0497
(1.00)
C8ORF37 6 (3%) 166 0.505
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.486
(1.00) 		1
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.273
(1.00) 		1
(1.00) 		0.568
(1.00) 		1
(1.00)
XIRP2 47 (27%) 125 0.308
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.0228
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.287
(1.00) 		1
(1.00) 		0.589
(1.00)
PTH 3 (2%) 169 0.803
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.699
(1.00)
STAC3 3 (2%) 169 0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.394
(1.00) 		1
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.512
(1.00)
IL18RAP 5 (3%) 167 0.527
(1.00) 		1
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.816
(1.00) 		1
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.723
(1.00)
TAAR5 7 (4%) 165 0.062
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0139
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.0972
(1.00) 		0.0144
(1.00)
C2ORF39 8 (5%) 164 0.42
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.495
(1.00) 		1
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.375
(1.00)
OR13G1 9 (5%) 163 0.826
(1.00) 		1
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.191
(1.00) 		1
(1.00) 		0.238
(1.00)
OR2G2 12 (7%) 160 0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.715
(1.00) 		1
(1.00)
ADAMTS2 14 (8%) 158 1
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.0889
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.87
(1.00)
FBN2 29 (17%) 143 0.0249
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.0577
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.719
(1.00)
BTK 7 (4%) 165 0.79
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.752
(1.00)
REG1B 13 (8%) 159 0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.589
(1.00)
COL5A2 18 (10%) 154 0.764
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.0151
(1.00) 		0.0371
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.681
(1.00)
NHEDC1 9 (5%) 163 0.826
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.194
(1.00)
IL1RAPL1 11 (6%) 161 0.901
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.769
(1.00) 		1
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.0679
(1.00) 		0.0382
(1.00) 		0.0768
(1.00)
DGKB 11 (6%) 161 0.721
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0537
(1.00) 		0.0567
(1.00) 		0.058
(1.00) 		0.0936
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.498
(1.00) 		1
(1.00) 		0.565
(1.00)
COL25A1 11 (6%) 161 0.192
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.918
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SEMA5A 15 (9%) 157 0.236
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.57
(1.00)
BHMT 5 (3%) 167 0.0333
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.842
(1.00) 		1
(1.00) 		0.816
(1.00) 		1
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00)
CXCL6 4 (2%) 168 1
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.723
(1.00)
CLEC12B 3 (2%) 169 0.803
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.699
(1.00)
DYDC2 3 (2%) 169 0.319
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
AKR1B10 4 (2%) 168 0.531
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.237
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.589
(1.00)
CMA1 4 (2%) 168 0.425
(1.00) 		1
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.387
(1.00) 		1
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.329
(1.00)
KRTAP1-5 7 (4%) 165 0.411
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.522
(1.00)
STX2 4 (2%) 168 0.685
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.176
(1.00) 		1
(1.00) 		0.458
(1.00)
AQP10 6 (3%) 166 0.0516
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.769
(1.00) 		1
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.723
(1.00)
P2RX7 4 (2%) 168 0.425
(1.00) 		0.384
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.723
(1.00)
NETO1 14 (8%) 158 0.0537
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.639
(1.00)
MGAT4C 7 (4%) 165 0.12
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00)
SLC34A2 8 (5%) 164 0.323
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.771
(1.00) 		1
(1.00) 		0.815
(1.00)
NTRK1 7 (4%) 165 0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.0649
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.723
(1.00)
VEGFC 9 (5%) 163 0.264
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.00768
(1.00) 		0.039
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.815
(1.00)
GC 5 (3%) 167 0.0718
(1.00) 		1
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.3
(1.00)
CTCFL 11 (6%) 161 0.617
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.565
(1.00)
DYTN 10 (6%) 162 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.885
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.297
(1.00)
EHHADH 4 (2%) 168 0.197
(1.00) 		0.634
(1.00) 		1
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.142
(1.00) 		1
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00)
COL4A2 11 (6%) 161 0.656
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.0273
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.412
(1.00)
ABCG5 9 (5%) 163 0.826
(1.00) 		0.0746
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.0232
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.705
(1.00) 		1
(1.00) 		0.712
(1.00)
OR10G2 5 (3%) 167 0.63
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.386
(1.00) 		1
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.025
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.321
(1.00)
CYP4V2 6 (3%) 166 0.505
(1.00) 		0.0916
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.77
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.847
(1.00) 		1
(1.00)
EIF2C1 4 (2%) 168 0.425
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.231
(1.00) 		1
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00)
CCDC39 7 (4%) 165 0.248
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.0788
(1.00) 		1
(1.00) 		0.458
(1.00)
FAM5C 28 (16%) 144 0.0966
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.00123
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.22
(1.00)
TKTL1 5 (3%) 167 0.63
(1.00) 		1
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.455
(1.00) 		1
(1.00)
SLC22A6 8 (5%) 164 0.841
(1.00) 		1
(1.00) 		0.713
(1.00) 		1
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.375
(1.00)
PPP3CA 3 (2%) 169 0.053
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.0448
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.632
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C20ORF132 8 (5%) 164 1
(1.00) 		0.0503
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.611
(1.00) 		1
(1.00)
EIF4G3 6 (3%) 166 0.0516
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.394
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.329
(1.00)
PLCB1 12 (7%) 160 1
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.00711
(1.00) 		1
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		0.244
(1.00)
KRTAP19-6 4 (2%) 168 0.0739
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.784
(1.00)
'TP53 MUTATION STATUS' versus 'RPPA_CHIERARCHICAL'

P value = 3.89e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.079

Table S1.  Gene #3: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'RPPA_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 77 26 32
TP53 MUTATED 43 4 23
TP53 WILD-TYPE 34 22 9

Figure S1.  Get High-res Image Gene #3: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'RPPA_CHIERARCHICAL'

'TP53 MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CNMF'

P value = 7.92e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.16

Table S2.  Gene #3: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 49 69 53
TP53 MUTATED 13 46 27
TP53 WILD-TYPE 36 23 26

Figure S2.  Get High-res Image Gene #3: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'

'KEAP1 MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

P value = 9.16e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.19

Table S3.  Gene #7: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 50 68 53
KEAP1 MUTATED 3 9 20
KEAP1 WILD-TYPE 47 59 33

Figure S3.  Get High-res Image Gene #7: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

'MUC7 MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

P value = 9.94e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.2

Table S4.  Gene #15: 'MUC7 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 50 68 53
MUC7 MUTATED 2 1 12
MUC7 WILD-TYPE 48 67 41

Figure S4.  Get High-res Image Gene #15: 'MUC7 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = LUAD-TP.mutsig.cluster.txt

  • Molecular subtypes file = LUAD-TP.transferedmergedcluster.txt

  • Number of patients = 172

  • Number of significantly mutated genes = 200

  • Number of Molecular subtypes = 12

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Copyright © 2013 Broad Institute TCGA GDAC as part of the TCGA Research Network. All rights reserved.
Made with Nozzle