Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2014_01_15 analyses Run

Cohort	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNASeq	miR	miRSeq	RPPA	MAF
ACC	92	10	90	0	80	0	79	0	80	0	90
BLCA	253	186	223	112	242	0	223	0	212	127	28
BRCA	1051	975	1016	19	1024	526	1019	0	994	408	976
CESC	200	84	171	0	179	0	159	0	163	0	39
COAD	437	434	427	69	434	153	418	0	406	331	154
COADREAD	605	602	589	104	596	222	574	0	549	461	223
DLBC	38	21	28	0	28	0	28	0	17	0	0
ESCA	103	22	73	32	73	0	0	0	72	0	0
GBM	606	576	560	0	414	540	160	565	0	214	290
HNSC	517	379	452	108	457	0	424	0	456	212	306
KICH	113	70	66	0	66	0	66	0	66	0	66
KIRC	523	505	504	0	511	72	506	0	492	454	417
KIRP	230	139	172	0	172	16	161	0	172	0	112
LAML	200	200	197	0	194	0	179	0	188	0	197
LGG	466	282	365	52	403	27	365	0	306	258	289
LIHC	205	128	165	0	169	0	147	0	147	0	0
LUAD	563	461	493	120	555	32	488	0	491	237	229
LUSC	493	408	490	0	492	154	482	0	467	195	178
OV	592	580	576	0	584	574	296	570	453	412	316
PAAD	92	58	81	0	91	0	56	0	59	0	57
PANCAN12	5948	5353	5615	569	5591	2174	4824	1135	4815	2920	3408
PRAD	338	186	278	115	300	0	278	0	259	164	251
READ	168	168	162	35	162	69	156	0	143	130	69
SARC	150	82	127	0	127	0	103	0	97	0	0
SKCM	386	320	374	119	374	0	354	0	343	205	344
STAD	353	308	332	106	308	0	274	0	323	264	221
THCA	496	484	494	98	496	0	488	0	495	222	402
UCEC	545	481	515	106	522	54	513	0	513	200	248
UCS	57	33	56	0	57	0	56	0	56	0	56
Totals	9267	7580	8487	1091	8514	2217	7478	1135	7470	4033	5335