Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p	26 (15%)	146	1.7436e-07	5.11e-05	0.00073525	0.168	2.6915e-05	0.00697	0.00012425	0.0308	0.78295	1	0.67678	1	0.52108	1	0.87035	1
1q	27 (16%)	145	1.3826e-06	0.000384	0.0039406	0.792	0.00034098	0.0822	0.00052598	0.123	0.60266	1	0.17697	1	0.52294	1	0.60241	1
2p	34 (20%)	138	1.2744e-07	3.76e-05	0.0044649	0.893	0.19499	1	0.66464	1	0.077137	1	0.78175	1	0.033845	1	0.85683	1
2q	36 (21%)	136	7.0686e-10	2.18e-07	0.018724	1	0.59683	1	0.45538	1	0.085879	1	0.95137	1	0.021108	1	0.86306	1
3p	60 (35%)	112	7.809e-16	2.48e-13	0.51778	1	0.35182	1	0.1182	1	0.83932	1	0.72928	1	0.80858	1	1	1
3q	59 (34%)	113	3.2457e-17	1.03e-14	0.22264	1	0.0017879	0.384	0.52373	1	0.34818	1	0.026647	1	0.74788	1	0.12428	1
4p	24 (14%)	148	2.9e-06	8e-04	9.6986e-09	2.97e-06	3.2782e-06	0.000898	0.0005315	0.124	0.56197	1	0.049374	1	0.45596	1	0.0032476	0.666
4q	24 (14%)	148	2.9e-06	8e-04	2.2125e-09	6.79e-07	3.2782e-06	0.000898	0.0015567	0.338	0.84315	1	0.12847	1	0.3553	1	0.012514	1
5p	33 (19%)	139	7.1333e-05	0.018	3.5003e-06	0.000952	0.0059407	1	0.00012249	0.0306	0.021694	1	0.12188	1	0.19228	1	0.16277	1
5q	33 (19%)	139	0.00019124	0.0472	4.4555e-05	0.0114	0.0099637	1	0.00012249	0.0306	0.021694	1	0.35313	1	0.19228	1	0.28703	1
6p	20 (12%)	152	0.00054394	0.126	0.00089937	0.201	0.00035732	0.0858	0.027478	1	0.040675	1	0.12291	1	0.091081	1	0.10569	1
6q	21 (12%)	151	4.0095e-06	0.00109	3.2991e-05	0.00848	0.00042331	0.101	0.012119	1	0.28316	1	0.17271	1	0.15918	1	0.15202	1
7p	101 (59%)	71	1.1442e-18	3.66e-16	2.1166e-07	6.16e-05	1.4301e-12	4.48e-10	2.0141e-07	5.88e-05	0.096928	1	0.001264	0.277	0.1704	1	0.040792	1
7q	102 (59%)	70	3.9996e-18	1.28e-15	5.7536e-07	0.000166	2.0153e-12	6.29e-10	3.0194e-07	8.73e-05	0.14856	1	0.0054019	1	0.23436	1	0.12617	1
8p	18 (10%)	154	0.13846	1	0.018755	1	0.090253	1	0.44132	1	0.042566	1	0.06608	1	0.10745	1	0.021489	1
8q	19 (11%)	153	0.0025391	0.533	0.00010376	0.026	0.0032957	0.672	0.065636	1	0.0078346	1	0.038791	1	0.05816	1	0.012187	1
9p	25 (15%)	147	7.5938e-07	0.000216	3.3841e-08	1.02e-05	3.664e-08	1.1e-05	1.7883e-05	0.00469	0.0098561	1	0.0016222	0.35	0.044996	1	0.0019658	0.419
9q	26 (15%)	146	8.806e-07	0.000249	1.3218e-08	4.02e-06	1.1682e-08	3.56e-06	1.0898e-07	3.24e-05	0.0047493	0.945	1.3013e-05	0.00346	0.033604	1	1.8255e-05	0.00476
10p	17 (10%)	155	1.5062e-08	4.56e-06	1.1371e-06	0.000318	0.00045102	0.106	0.26046	1	0.8763	1	0.0007801	0.176	0.8425	1	0.0012265	0.27
10q	17 (10%)	155	6.8694e-07	0.000196	2.4012e-07	6.96e-05	0.00045102	0.106	0.093179	1	0.60476	1	0.00037176	0.0889	0.50718	1	0.00063544	0.146
11p	18 (10%)	154	2.7157e-06	0.000752	8.5773e-06	0.0023	0.030453	1	0.00032359	0.0783	0.022905	1	0.1647	1	0.51763	1	0.0092685	1
11q	21 (12%)	151	3.4509e-08	1.04e-05	4.0633e-08	1.21e-05	0.01105	1	0.0005325	0.124	0.0096587	1	0.12819	1	0.41711	1	0.033422	1
12p	69 (40%)	103	0.00030078	0.0731	0.60535	1	0.028658	1	0.15076	1	0.38872	1	0.080097	1	0.08056	1	0.20998	1
12q	68 (40%)	104	0.00023579	0.0575	0.46109	1	0.015568	1	0.13096	1	0.2884	1	0.068955	1	0.059707	1	0.20867	1
13q	36 (21%)	136	5.5716e-05	0.0142	0.00019919	0.049	0.043973	1	0.00075465	0.171	0.067747	1	0.055707	1	0.12313	1	0.067533	1
14q	37 (22%)	135	2.8237e-13	8.87e-11	0.00043202	0.102	5.9518e-05	0.0151	4.0785e-08	1.22e-05	0.094073	1	0.00084253	0.189	0.31127	1	0.035098	1
15q	24 (14%)	148	5.822e-07	0.000167	0.00061811	0.142	0.0029097	0.602	1.3125e-06	0.000366	0.30242	1	0.53304	1	0.3541	1	0.30784	1
16p	93 (54%)	79	1.6775e-09	5.17e-07	0.3702	1	0.0072437	1	0.0099486	1	0.05742	1	0.051896	1	0.0048029	0.951	0.065439	1
16q	90 (52%)	82	4.8712e-10	1.51e-07	0.34897	1	0.0023993	0.506	0.022652	1	0.027448	1	0.0061674	1	0.005803	1	0.03465	1
17p	110 (64%)	62	1.0508e-14	3.32e-12	1.7579e-05	0.00462	9.262e-07	0.000261	5.2766e-06	0.00142	0.048926	1	0.0037341	0.754	0.10122	1	0.085416	1
17q	117 (68%)	55	5.2039e-12	1.62e-09	0.0011727	0.259	9.37e-07	0.000263	1.0893e-05	0.00291	0.29264	1	0.07427	1	0.49015	1	0.12194	1
18p	37 (22%)	135	0.0014242	0.31	1.5433e-05	0.00409	3.0414e-05	0.00785	0.0021248	0.45	0.0097367	1	0.029917	1	0.17102	1	0.189	1
18q	35 (20%)	137	0.001805	0.386	7.1351e-06	0.00192	1.9731e-05	0.00513	0.00081106	0.182	0.030809	1	0.032923	1	0.18572	1	0.34212	1
19p	15 (9%)	157	0.00022538	0.0552	0.003057	0.63	0.029679	1	0.011431	1	0.0073683	1	0.0034271	0.696	0.21001	1	0.005956	1
19q	14 (8%)	158	4.2737e-05	0.0109	0.0082129	1	0.028957	1	0.049121	1	0.01271	1	0.0081106	1	0.073729	1	0.017795	1
20p	59 (34%)	113	0.0027371	0.572	0.10866	1	0.10745	1	0.41995	1	0.30113	1	0.68968	1	0.86221	1	0.77809	1
20q	60 (35%)	112	0.0055071	1	0.10866	1	0.14196	1	0.45228	1	0.27577	1	0.72928	1	0.79958	1	0.74692	1
21q	42 (24%)	130	0.0028407	0.591	0.077073	1	0.099526	1	0.059608	1	0.31232	1	0.21579	1	0.057516	1	0.82283	1
22q	42 (24%)	130	7.5016e-07	0.000214	1.1761e-07	3.48e-05	1.2933e-07	3.8e-05	0.00095764	0.213	0.098806	1	1.6058e-05	0.00424	0.029446	1	0.018164	1
xq	74 (43%)	98	1.1818e-13	3.72e-11	0.052062	1	0.061124	1	0.073235	1	0.15891	1	0.22163	1	0.20437	1	0.668	1