Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Chi-square test_P	Chi-square test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p	3 (2%)	188	0.005114	0.731	0.18478	1	0.18603	1	0.55157	1	0.092257	1	0.04811	1
3p	4 (2%)	187	0.0015093	0.232	0.18478	1	0.46718	1	0.60384	1	0.014733	1	0.011553	1
3q	4 (2%)	187	0.0015093	0.232	0.18478	1	0.46718	1	0.60384	1	0.014733	1	0.011553	1
4p	6 (3%)	185	0.001255	0.197	0.28394	1	1	1	1	1	0.89468	1	0.86286	1
4q	6 (3%)	185	0.001255	0.197	0.28394	1	1	1	1	1	0.89468	1	0.86286	1
5p	3 (2%)	188	0.11279	1	0.65837	1	0.78607	1	1	1	0.061789	1	0.14459	1
5q	6 (3%)	185	3.2302e-05	0.00549	0.013373	1	0.22428	1	0.66376	1	0.031835	1	0.020544	1
7p	18 (9%)	173	1.0075e-05	0.00173	9.2331e-05	0.0153	0.0008517	0.136	0.0014139	0.219	0.001228	0.194	5.37e-05	0.00902
7q	20 (10%)	171	3.9462e-06	0.000687	1.1381e-05	0.00195	0.0064144	0.885	0.012475	1	0.0016803	0.25	7.263e-05	0.0121
8p	23 (12%)	168	0.00043349	0.0702	0.00011532	0.0189	0.013763	1	0.0039662	0.583	0.0045238	0.651	0.042986	1
8q	23 (12%)	168	0.0016227	0.243	0.00090384	0.144	0.013763	1	0.0039662	0.583	0.0074457	1	0.11445	1
9p	3 (2%)	188	0.11279	1	0.18478	1	0.18603	1	0.55157	1	0.061789	1	0.04811	1
9q	3 (2%)	188	0.11279	1	0.18478	1	0.18603	1	0.55157	1	0.061789	1	0.04811	1
10p	3 (2%)	188	0.011971	1	0.18478	1	0.18603	1	0.55157	1	0.5517	1	0.22204	1
10q	4 (2%)	187	0.0042121	0.611	0.080833	1	0.065952	1	0.30122	1	0.24839	1	0.070351	1
11p	6 (3%)	185	0.00010125	0.0167	0.013373	1	0.12442	1	0.6648	1	0.20582	1	0.13946	1
11q	7 (4%)	184	8.1245e-06	0.00141	0.0051592	0.733	0.066765	1	0.42513	1	0.29073	1	0.27065	1
12p	4 (2%)	187	0.008089	1	0.07593	1	0.37387	1	0.30122	1	0.48289	1	0.070351	1
13q	7 (4%)	184	0.0098245	1	0.0051592	0.733	0.066765	1	0.096536	1	0.73534	1	0.19779	1
15q	4 (2%)	187	0.00050367	0.0811	0.65372	1	0.065952	1	0.30122	1	0.022811	1	0.011553	1
16q	4 (2%)	187	0.0015093	0.232	0.080833	1	0.78607	1	1	1	0.014733	1	0.011553	1
17p	13 (7%)	178	1.9664e-12	3.54e-10	0.0058103	0.808	0.15118	1	0.062403	1	0.16006	1	0.0053235	0.745
17q	10 (5%)	181	4.1049e-09	7.35e-07	0.049864	1	0.21822	1	0.16676	1	0.19198	1	0.0020838	0.308
18p	5 (3%)	186	0.00014163	0.0231	0.033545	1	1	1	1	1	0.24839	1	0.32877	1
18q	4 (2%)	187	0.0015093	0.232	0.080833	1	0.46718	1	1	1	0.10107	1	0.070351	1
19p	9 (5%)	182	1.0543e-06	0.000186	0.58405	1	0.59713	1	0.71843	1	1	1	0.36225	1
19q	9 (5%)	182	1.0543e-06	0.000186	0.58405	1	0.59713	1	0.71843	1	1	1	0.36225	1
21q	10 (5%)	181	4.522e-07	8.05e-05	0.050868	1	0.034901	1	0.71843	1	0.023005	1	0.073144	1
22q	11 (6%)	180	4.5627e-05	0.00771	0.0084104	1	0.036726	1	0.1008	1	0.017954	1	0.054781	1
xq	8 (4%)	183	6.5303e-07	0.000116	0.10583	1	0.066765	1	0.42513	1	0.04816	1	0.011253	1