Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Chi-square test_P	Chi-square test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Chi-square test_P	Chi-square test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Chi-square test_P	Chi-square test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p	142 (39%)	223	0.0060822	1	0.00066997	0.25	2.6642e-47	1.24e-44	1.4905e-64	6.98e-62	0.0025681	0.886	0.18943	1	2.9148e-33	1.35e-30	2.5734e-37	1.19e-34	7.4561e-08	3.26e-05	9.2582e-05	0.0373	8.3499e-09	3.7e-06	3.4206e-07	0.000147
1q	33 (9%)	332	0.094166	1	0.21219	1	0.035153	1	0.075843	1	0.18813	1	0.65191	1	0.0052878	1	0.91571	1	0.39292	1	0.015542	1	0.38503	1	0.44722	1
2p	22 (6%)	343	0.75385	1	0.74872	1	0.094699	1	0.19121	1	0.13414	1	0.69562	1	0.00076202	0.283	0.041479	1	0.099795	1	0.00015409	0.0618	0.11914	1	0.029957	1
2q	20 (5%)	345	1	1	0.21231	1	0.16	1	0.098662	1	0.020264	1	1	1	0.00026686	0.104	0.048775	1	0.06778	1	0.019988	1	0.054421	1	0.013651	1
3p	27 (7%)	338	NA	NA	NA	NA	0.34338	1	0.64484	1	0.0079276	1	0.22532	1	8.3847e-09	3.71e-06	0.056498	1	0.051406	1	0.02567	1	0.092214	1	0.023527	1
3q	29 (8%)	336	0.65128	1	0.16444	1	0.23807	1	0.59347	1	0.044002	1	0.1097	1	6.321e-08	2.77e-05	0.06243	1	0.088021	1	0.065387	1	0.15805	1	0.038305	1
4p	62 (17%)	303	0.86379	1	0.64812	1	0.001982	0.7	9.8885e-07	0.000422	0.50229	1	0.074204	1	7.146e-07	0.000306	1.3202e-05	0.00548	0.065788	1	0.0041222	1	0.0010182	0.371	0.33266	1
4q	73 (20%)	292	1	1	0.19622	1	0.0039884	1	3.8422e-06	0.00162	0.19571	1	0.093354	1	2.5604e-06	0.00108	4.0815e-06	0.00171	0.00865	1	0.00077681	0.287	0.00043644	0.166	0.069516	1
5p	34 (9%)	331	0.87287	1	0.0034386	1	2.0227e-06	0.000858	5.206e-05	0.0211	0.42448	1	1	1	4.6386e-05	0.0189	0.002245	0.788	0.050497	1	0.012502	1	0.016009	1	0.44825	1
5q	31 (8%)	334	0.44623	1	0.018246	1	0.00012275	0.0493	0.00025664	0.1	0.010908	1	0.38002	1	2.6966e-10	1.2e-07	0.00032579	0.126	0.0087806	1	0.0023807	0.828	0.0028858	0.993	0.041846	1
6p	29 (8%)	336	NA	NA	NA	NA	0.11785	1	0.10063	1	0.05847	1	0.68284	1	0.0932	1	0.17335	1	0.052609	1	0.51098	1	0.43253	1	0.00075063	0.279
6q	51 (14%)	314	NA	NA	NA	NA	0.00024741	0.097	0.0015817	0.566	0.159	1	0.43132	1	0.10943	1	0.031339	1	0.0017736	0.63	0.2658	1	0.17525	1	0.0074537	1
7p	91 (25%)	274	0.7446	1	0.64812	1	4.4037e-28	2.02e-25	2.3081e-15	1.04e-12	0.00039013	0.15	0.010113	1	2.7958e-12	1.26e-09	7.4512e-06	0.00311	0.0013608	0.49	0.015657	1	1.2871e-05	0.00535	6.9042e-07	0.000296
7q	116 (32%)	249	0.7639	1	0.49526	1	2.0446e-28	9.41e-26	5.9541e-14	2.69e-11	0.005115	1	0.028846	1	2.3138e-08	1.02e-05	4.0766e-06	0.00171	0.0059531	1	0.05077	1	0.00052319	0.197	4.2694e-05	0.0175
8p	42 (12%)	323	0.83946	1	0.022012	1	5.5297e-05	0.0223	0.0022509	0.788	0.048255	1	0.604	1	0.012786	1	0.0012041	0.435	0.098142	1	0.041557	1	0.01177	1	0.0014325	0.514
8q	45 (12%)	320	0.44623	1	0.018246	1	1.5138e-05	0.00627	0.0018111	0.641	0.011052	1	0.5899	1	0.0075663	1	0.00028634	0.111	0.054476	1	0.028799	1	0.027661	1	0.00039014	0.15
9p	95 (26%)	270	0.7446	1	0.64812	1	0.0016456	0.587	0.0009765	0.357	0.0059079	1	0.044873	1	0.00049381	0.187	0.18716	1	0.81309	1	0.12587	1	0.16247	1	0.055822	1
9q	51 (14%)	314	1	1	0.21231	1	0.20867	1	0.62237	1	0.13456	1	0.5899	1	0.00040139	0.153	0.61123	1	0.84562	1	0.028209	1	0.13691	1	0.77863	1
10p	93 (25%)	272	0.44623	1	0.042005	1	2.3251e-18	1.06e-15	2.693e-26	1.23e-23	2.0326e-05	0.00837	0.0024787	0.858	2.5051e-16	1.13e-13	8.1425e-11	3.65e-08	0.00065707	0.246	0.010198	1	1.3068e-07	5.66e-05	2.562e-07	0.000111
10q	74 (20%)	291	0.083761	1	0.16444	1	6.6896e-24	3.05e-21	3.1684e-30	1.46e-27	1.9983e-06	0.000849	0.00039853	0.153	4.7659e-23	2.17e-20	1.1293e-07	4.9e-05	0.022198	1	0.10037	1	2.3564e-11	1.06e-08	1.6741e-05	0.00691
11p	71 (19%)	294	0.55164	1	0.067993	1	0.030495	1	0.011863	1	0.24904	1	0.25042	1	0.0034921	1	0.24413	1	0.22346	1	0.049897	1	0.19408	1	0.19024	1
11q	59 (16%)	306	0.070754	1	0.0031463	1	0.86962	1	0.58766	1	0.68921	1	0.13925	1	0.030041	1	0.7201	1	0.90796	1	0.034924	1	0.81921	1	0.34968	1
12p	42 (12%)	323	0.50769	1	0.10604	1	0.0024177	0.839	0.036691	1	0.36606	1	0.84254	1	0.30083	1	0.0073473	1	0.043452	1	0.0038097	1	0.014282	1	0.081771	1
12q	46 (13%)	319	1	1	0.0081481	1	8.1242e-06	0.00339	0.0049719	1	1	1	0.91157	1	0.19185	1	0.00087139	0.321	0.27133	1	0.14466	1	0.078014	1	0.49326	1
13q	89 (24%)	276	0.1801	1	0.00061812	0.232	0.050079	1	0.011942	1	0.028426	1	0.51684	1	0.048471	1	0.20516	1	0.21447	1	0.053144	1	0.053131	1	0.17411	1
14q	59 (16%)	306	0.46711	1	0.47324	1	0.00023225	0.0915	0.0022804	0.796	0.060968	1	0.16324	1	0.00019542	0.0778	0.074364	1	0.0010181	0.371	0.0045062	1	0.00042606	0.162	0.075317	1
15q	40 (11%)	325	0.57414	1	0.40412	1	0.12081	1	0.0077158	1	0.047063	1	0.017439	1	0.0002724	0.106	0.023709	1	0.04003	1	0.056782	1	0.49012	1	0.060112	1
16p	22 (6%)	343	0.27077	1	0.032479	1	0.094699	1	0.24821	1	0.4944	1	0.85268	1	1.6127e-06	0.000687	0.6264	1	0.099599	1	0.00029733	0.115	0.38748	1	0.0043897	1
16q	29 (8%)	336	0.65128	1	0.16444	1	0.036034	1	0.016745	1	0.42591	1	0.52848	1	0.0082432	1	0.29361	1	0.90173	1	0.046702	1	0.71552	1	0.014958	1
17p	24 (7%)	341	NA	NA	NA	NA	0.032129	1	0.23115	1	0.56451	1	0.85268	1	7.4762e-08	3.26e-05	0.027635	1	0.0052429	1	0.00022159	0.0875	0.0011098	0.402	0.0053504	1
17q	21 (6%)	344	NA	NA	NA	NA	0.20142	1	0.66423	1	0.78483	1	0.70781	1	0.00016288	0.0652	0.18874	1	0.0059461	1	0.012697	1	0.0031288	1	0.0033766	1
18p	59 (16%)	306	0.55164	1	0.0035066	1	1	1	0.085257	1	0.22243	1	0.18444	1	0.060675	1	0.7201	1	0.76524	1	0.019161	1	0.5507	1	0.61179	1
18q	51 (14%)	314	0.094166	1	0.028602	1	0.31968	1	0.047449	1	0.21701	1	0.29912	1	0.0054933	1	0.34729	1	0.7552	1	0.018034	1	0.78033	1	0.87624	1
19p	82 (22%)	283	0.1134	1	0.13479	1	2.7233e-05	0.0112	3.12e-08	1.37e-05	0.18123	1	0.26476	1	0.00050959	0.193	0.011448	1	0.26885	1	1	1	0.17715	1	0.78955	1
19q	166 (45%)	199	0.1324	1	0.15869	1	6.7879e-42	3.16e-39	1.1558e-50	5.4e-48	0.071441	1	0.41471	1	1.417e-25	6.48e-23	3.2539e-29	1.5e-26	0.00020694	0.0822	0.00057219	0.215	2.5826e-07	0.000111	4.2183e-05	0.0173
20p	37 (10%)	328	0.27077	1	0.087863	1	1.5037e-08	6.63e-06	6.5402e-09	2.91e-06	0.00098782	0.361	0.1258	1	2.1306e-06	0.000901	0.00081533	0.301	0.18665	1	0.13284	1	0.0021463	0.755	0.0017311	0.616
20q	35 (10%)	330	NA	NA	NA	NA	7.5752e-08	3.3e-05	1.0318e-10	4.61e-08	0.00089846	0.33	0.1097	1	7.8459e-09	3.48e-06	5.17e-05	0.021	0.011712	1	0.030201	1	4.621e-05	0.0189	0.00024241	0.0953
21q	46 (13%)	319	1	1	0.013836	1	0.26228	1	0.056797	1	0.091235	1	0.36989	1	0.026461	1	0.025162	1	0.057558	1	0.096508	1	0.14227	1	0.27106	1
22q	51 (14%)	314	0.81538	1	0.10604	1	0.0033578	1	0.016415	1	0.0001951	0.0778	0.016599	1	0.00021476	0.085	0.069333	1	0.22502	1	0.36481	1	0.008555	1	0.16261	1
xq	79 (22%)	286	0.7446	1	0.042206	1	0.53322	1	0.1632	1	0.012342	1	0.015506	1	0.1454	1	0.017964	1	0.20733	1	0.36861	1	0.031208	1	0.037628	1