This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.
Testing the association between copy number variation 80 focal events and 13 clinical features across 406 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.
-
No focal cnvs related to clinical features.
Clinical Features |
Time to Death |
AGE |
NEOPLASM DISEASESTAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
GENDER |
KARNOFSKY PERFORMANCE SCORE |
HISTOLOGICAL TYPE |
RADIATIONS RADIATION REGIMENINDICATION |
NUMBERPACKYEARSSMOKED | YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET |
COMPLETENESS OF RESECTION |
||
nCNV (%) | nWild-Type | logrank test | t-test | Chi-square test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | t-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | t-test | t-test | Fisher's exact test | |
amp 1q21 2 | 213 (52%) | 193 |
0.0255 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.0444 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.0686 (1.00) |
0.301 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.00811 (1.00) |
0.774 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.574 (1.00) |
amp 2p16 1 | 218 (54%) | 188 |
0.891 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.0652 (1.00) |
0.0114 (1.00) |
0.678 (1.00) |
0.0657 (1.00) |
0.433 (1.00) |
0.0205 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.0384 (1.00) |
0.526 (1.00) |
amp 2q31 2 | 138 (34%) | 268 |
0.424 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.161 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.0879 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.029 (1.00) |
0.147 (1.00) |
amp 3p11 1 | 83 (20%) | 323 |
0.499 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.937 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.0755 (1.00) |
0.958 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.217 (1.00) |
amp 3q26 33 | 369 (91%) | 37 |
0.0206 (1.00) |
0.571 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.978 (1.00) |
0.79 (1.00) |
1 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.0215 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.569 (1.00) |
0.889 (1.00) |
amp 4q12 | 97 (24%) | 309 |
0.723 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.916 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.0777 (1.00) |
0.662 (1.00) |
amp 5p15 33 | 320 (79%) | 86 |
0.226 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.0242 (1.00) |
1 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.731 (1.00) |
amp 5p12 | 296 (73%) | 110 |
0.818 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.652 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.0467 (1.00) |
1 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.856 (1.00) |
0.168 (1.00) |
amp 6p12 1 | 134 (33%) | 272 |
0.496 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.0714 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.462 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.833 (1.00) |
amp 6q12 | 120 (30%) | 286 |
0.37 (1.00) |
0.0793 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.071 (1.00) |
0.723 (1.00) |
amp 7p11 2 | 208 (51%) | 198 |
0.0571 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.00325 (1.00) |
0.00115 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.0582 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.817 (1.00) |
amp 7q21 2 | 221 (54%) | 185 |
0.39 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.0498 (1.00) |
0.0352 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.22 (1.00) |
amp 8p11 23 | 196 (48%) | 210 |
0.268 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.892 (1.00) |
0.81 (1.00) |
0.029 (1.00) |
0.0369 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.878 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.000852 (0.886) |
amp 8q24 21 | 291 (72%) | 115 |
0.716 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.0433 (1.00) |
0.0185 (1.00) |
0.0324 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.547 (1.00) |
1 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.0299 (1.00) |
amp 9p13 3 | 109 (27%) | 297 |
0.226 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.085 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.344 (1.00) |
1 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.092 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.663 (1.00) |
0.905 (1.00) |
0.311 (1.00) |
amp 11q13 3 | 152 (37%) | 254 |
0.88 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.339 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.579 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.924 (1.00) |
amp 12p13 33 | 205 (50%) | 201 |
0.747 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.0157 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.75 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.817 (1.00) |
amp 12q15 | 148 (36%) | 258 |
0.632 (1.00) |
0.887 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.0735 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.906 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.969 (1.00) |
0.716 (1.00) |
0.941 (1.00) |
amp 13q34 | 72 (18%) | 334 |
0.399 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.0306 (1.00) |
0.258 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.743 (1.00) |
0.0411 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0252 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.225 (1.00) |
amp 14q13 3 | 126 (31%) | 280 |
0.105 (1.00) |
0.00634 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.0879 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.217 (1.00) |
1 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.958 (1.00) |
0.928 (1.00) |
0.609 (1.00) |
amp 15q26 3 | 141 (35%) | 265 |
0.913 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.977 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.448 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.443 (1.00) |
amp 17q25 1 | 191 (47%) | 215 |
0.811 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.0533 (1.00) |
0.0206 (1.00) |
0.0147 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.00835 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.0106 (1.00) |
0.34 (1.00) |
amp 18p11 32 | 148 (36%) | 258 |
0.776 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.941 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.398 (1.00) |
amp 18q11 2 | 133 (33%) | 273 |
0.71 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.524 (1.00) |
1 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.539 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.647 (1.00) |
amp 19q12 | 176 (43%) | 230 |
0.695 (1.00) |
0.976 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.0422 (1.00) |
0.711 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.856 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.938 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.981 (1.00) |
amp 19q13 2 | 185 (46%) | 221 |
0.776 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.265 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.0665 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.928 (1.00) |
amp 20p12 2 | 226 (56%) | 180 |
0.0758 (1.00) |
0.0961 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.0647 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.636 (1.00) |
1 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.838 (1.00) |
amp 20q11 21 | 247 (61%) | 159 |
0.167 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.0352 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.000943 (0.98) |
0.633 (1.00) |
0.0599 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.909 (1.00) |
amp 22q11 21 | 207 (51%) | 199 |
0.652 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.0797 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.99 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.319 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.0344 (1.00) |
amp xq28 | 99 (24%) | 307 |
0.337 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.00118 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.119 (1.00) |
1 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.181 (1.00) |
del 1p36 32 | 180 (44%) | 226 |
0.118 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.981 (1.00) |
del 1p13 1 | 177 (44%) | 229 |
0.49 (1.00) |
0.0322 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.0297 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.0273 (1.00) |
1 (1.00) |
del 2p25 3 | 40 (10%) | 366 |
0.413 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.148 (1.00) |
0.265 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.118 (1.00) |
1 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.908 (1.00) |
0.772 (1.00) |
del 2q22 1 | 106 (26%) | 300 |
0.891 (1.00) |
0.00481 (1.00) |
0.0844 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.014 (1.00) |
0.946 (1.00) |
0.036 (1.00) |
0.934 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.00625 (1.00) |
0.491 (1.00) |
del 2q37 1 | 130 (32%) | 276 |
0.526 (1.00) |
0.0289 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.989 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.902 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.391 (1.00) |
0.0299 (1.00) |
0.561 (1.00) |
del 3p25 3 | 323 (80%) | 83 |
0.697 (1.00) |
0.0524 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.938 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.0316 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.585 (1.00) |
del 3p13 | 351 (86%) | 55 |
0.797 (1.00) |
0.0479 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.608 (1.00) |
0.916 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.0793 (1.00) |
1 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.121 (1.00) |
del 3p12 3 | 341 (84%) | 65 |
0.674 (1.00) |
0.0312 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.32 (1.00) |
1 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.0782 (1.00) |
0.159 (1.00) |
1 (1.00) |
0.927 (1.00) |
0.75 (1.00) |
0.254 (1.00) |
del 3q11 1 | 61 (15%) | 345 |
0.0672 (1.00) |
0.965 (1.00) |
0.742 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.228 (1.00) |
1 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.239 (1.00) |
1 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.713 (1.00) |
0.38 (1.00) |
del 4p15 2 | 254 (63%) | 152 |
0.29 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.954 (1.00) |
0.47 (1.00) |
del 4q22 1 | 229 (56%) | 177 |
0.197 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.0328 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.809 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.972 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.0152 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.21 (1.00) |
del 4q32 3 | 261 (64%) | 145 |
0.4 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.0366 (1.00) |
0.0308 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.0849 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.0266 (1.00) |
0.448 (1.00) |
0.712 (1.00) |
del 4q35 2 | 265 (65%) | 141 |
0.754 (1.00) |
0.97 (1.00) |
0.0504 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.336 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.87 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.0345 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.881 (1.00) |
del 5q11 2 | 304 (75%) | 102 |
0.644 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.873 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.355 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.258 (1.00) |
del 6p25 3 | 105 (26%) | 301 |
0.296 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.873 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.978 (1.00) |
0.0247 (1.00) |
del 6q22 31 | 99 (24%) | 307 |
0.562 (1.00) |
0.804 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.507 (1.00) |
0.958 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.952 (1.00) |
0.0746 (1.00) |
0.432 (1.00) |
del 6q26 | 110 (27%) | 296 |
0.293 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.711 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.937 (1.00) |
0.742 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.572 (1.00) |
del 7q11 22 | 38 (9%) | 368 |
0.524 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.895 (1.00) |
1 (1.00) |
0.874 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.416 (1.00) |
1 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.706 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.556 (1.00) |
del 7q36 3 | 86 (21%) | 320 |
0.949 (1.00) |
0.0722 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.0261 (1.00) |
0.782 (1.00) |
del 8p23 2 | 281 (69%) | 125 |
0.416 (1.00) |
0.0223 (1.00) |
0.0131 (1.00) |
0.525 (1.00) |
0.245 (1.00) |
0.0145 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.382 (1.00) |
del 9p23 | 267 (66%) | 139 |
0.294 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.139 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.912 (1.00) |
0.0848 (1.00) |
1 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.687 (1.00) |
0.957 (1.00) |
del 9p21 3 | 312 (77%) | 94 |
0.743 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.0421 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.0382 (1.00) |
0.884 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.0223 (1.00) |
1 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.618 (1.00) |
del 9q21 11 | 201 (50%) | 205 |
0.751 (1.00) |
0.00375 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.0848 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.42 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.535 (1.00) |
del 10p15 3 | 187 (46%) | 219 |
0.253 (1.00) |
0.858 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.959 (1.00) |
0.097 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.416 (1.00) |
0.926 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.882 (1.00) |
del 10p15 1 | 179 (44%) | 227 |
0.0906 (1.00) |
0.786 (1.00) |
0.426 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.987 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.961 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.897 (1.00) |
del 10q23 31 | 217 (53%) | 189 |
0.519 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.409 (1.00) |
del 11p15 5 | 194 (48%) | 212 |
0.35 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.0989 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.747 (1.00) |
del 11q22 1 | 129 (32%) | 277 |
0.819 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.0576 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.764 (1.00) |
1 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.892 (1.00) |
del 11q25 | 152 (37%) | 254 |
0.362 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.866 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.0387 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.769 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.631 (1.00) |
del 12q24 31 | 69 (17%) | 337 |
0.108 (1.00) |
0.362 (1.00) |
0.178 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.754 (1.00) |
0.742 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.593 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0232 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.521 (1.00) |
del 13q12 11 | 265 (65%) | 141 |
0.312 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.0638 (1.00) |
0.0849 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.386 (1.00) |
1 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.258 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.978 (1.00) |
del 13q14 2 | 274 (67%) | 132 |
0.761 (1.00) |
0.787 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.178 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.0941 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.75 (1.00) |
1 (1.00) |
del 14q11 2 | 141 (35%) | 265 |
0.105 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.618 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.83 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.686 (1.00) |
1 (1.00) |
del 15q12 | 134 (33%) | 272 |
0.387 (1.00) |
0.0892 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.0155 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.684 (1.00) |
del 15q21 1 | 128 (32%) | 278 |
0.665 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.391 (1.00) |
0.00412 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.0635 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.417 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.795 (1.00) |
del 16p13 3 | 149 (37%) | 257 |
0.247 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.45 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.0578 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.183 (1.00) |
del 16q23 1 | 165 (41%) | 241 |
0.162 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.093 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.488 (1.00) |
del 17q11 2 | 106 (26%) | 300 |
0.76 (1.00) |
0.0403 (1.00) |
0.221 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.00511 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.245 (1.00) |
0.78 (1.00) |
del 17q25 3 | 83 (20%) | 323 |
0.46 (1.00) |
0.0768 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.0619 (1.00) |
0.912 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.0331 (1.00) |
1 (1.00) |
del 18q23 | 184 (45%) | 222 |
0.436 (1.00) |
0.0946 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.742 (1.00) |
0.0153 (1.00) |
0.42 (1.00) |
0.408 (1.00) |
1 (1.00) |
0.877 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.459 (1.00) |
del 19p13 3 | 189 (47%) | 217 |
0.0693 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.974 (1.00) |
0.0526 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.927 (1.00) |
1 (1.00) |
0.277 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.897 (1.00) |
del 19q13 32 | 119 (29%) | 287 |
0.906 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.969 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.00627 (1.00) |
0.453 (1.00) |
del 21q11 2 | 197 (49%) | 209 |
0.19 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.997 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.552 (1.00) |
del 21q22 3 | 229 (56%) | 177 |
0.453 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.00368 (1.00) |
0.694 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.922 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.686 (1.00) |
del 22q11 21 | 72 (18%) | 334 |
0.928 (1.00) |
0.0532 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.954 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.163 (1.00) |
del 22q13 32 | 94 (23%) | 312 |
0.463 (1.00) |
0.0204 (1.00) |
0.53 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.594 (1.00) |
1 (1.00) |
0.754 (1.00) |
0.0615 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.917 (1.00) |
del xp22 2 | 120 (30%) | 286 |
0.36 (1.00) |
0.858 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.0938 (1.00) |
0.857 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.754 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.255 (1.00) |
0.95 (1.00) |
del xp21 1 | 121 (30%) | 285 |
0.835 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.618 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.714 (1.00) |
1 (1.00) |
0.754 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.758 (1.00) |
del xp11 3 | 116 (29%) | 290 |
0.833 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.899 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.942 (1.00) |
1 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.563 (1.00) |
del xq22 3 | 85 (21%) | 321 |
0.321 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.935 (1.00) |
0.766 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.323 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.0747 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.129 (1.00) |
-
Copy number data file = transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = LUSC-TP.merged_data.txt
-
Number of patients = 406
-
Number of significantly focal cnvs = 80
-
Number of selected clinical features = 13
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R
For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.