Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p	17 (21%)	64	0.0079654	1	0.002091	0.51	0.2338	1	0.24521	1	0.30599	1	0.73091	1	0.58377	1	0.66838	1
1q	22 (27%)	59	0.068545	1	0.012089	1	0.060248	1	0.11697	1	0.15935	1	0.61418	1	0.4961	1	0.53011	1
2p	12 (15%)	69	0.0040092	0.894	0.022089	1	0.25992	1	0.020884	1	0.077234	1	0.20492	1	0.043521	1	0.18538	1
2q	8 (10%)	73	0.0083988	1	0.0094143	1	0.0061661	1	0.0016899	0.422	0.022523	1	0.13836	1	0.03834	1	0.092034	1
3p	16 (20%)	65	0.00019067	0.0561	0.011356	1	0.024753	1	0.061853	1	0.062386	1	0.21466	1	0.06564	1	0.14056	1
3q	15 (19%)	66	0.0042787	0.946	0.00093623	0.245	0.012064	1	0.0094249	1	0.042065	1	0.11769	1	0.046159	1	0.092613	1
4p	12 (15%)	69	0.012966	1	0.11158	1	0.42077	1	0.051272	1	0.21541	1	0.56135	1	0.13575	1	0.45279	1
4q	11 (14%)	70	0.026552	1	0.035292	1	0.34926	1	0.13403	1	0.32143	1	0.37983	1	0.60611	1	0.42542	1
5p	12 (15%)	69	0.0015357	0.389	0.022089	1	0.058744	1	0.056163	1	0.10834	1	0.25469	1	0.15129	1	0.19482	1
5q	12 (15%)	69	0.0015357	0.389	0.022089	1	0.058744	1	0.056163	1	0.043589	1	0.14905	1	0.06073	1	0.12207	1
6p	29 (36%)	52	2.0668e-05	0.00637	4.1013e-06	0.00129	0.00076275	0.205	0.007082	1	0.0083163	1	0.00026806	0.0772	0.00031526	0.0898	0.0010738	0.275
6q	35 (43%)	46	5.1873e-05	0.0157	1.4944e-07	4.75e-05	0.00031391	0.0898	4.6199e-07	0.000146	7.2729e-05	0.0219	8.5912e-06	0.00267	1.1094e-05	0.00344	4.2849e-05	0.0131
7p	21 (26%)	60	0.020747	1	0.0015539	0.39	0.03311	1	0.036278	1	0.015791	1	0.1739	1	0.03832	1	0.13856	1
7q	19 (23%)	62	0.063876	1	0.0052958	1	0.03311	1	0.036278	1	0.015791	1	0.1739	1	0.03832	1	0.13856	1
8p	21 (26%)	60	0.0067785	1	0.00099287	0.256	4.4231e-05	0.0135	8.8313e-05	0.0265	0.00055498	0.154	0.00098152	0.255	0.00050717	0.142	0.00065392	0.18
8q	22 (27%)	59	0.0024282	0.578	0.00075451	0.204	4.4231e-05	0.0135	8.8313e-05	0.0265	0.00055498	0.154	0.00098152	0.255	0.00050717	0.142	0.00065392	0.18
9p	37 (46%)	44	2.8278e-05	0.00868	0.0066152	1	0.040306	1	0.0032767	0.749	0.048433	1	0.11586	1	0.039984	1	0.076622	1
9q	24 (30%)	57	0.084817	1	0.2429	1	0.47948	1	1	1	0.48247	1	1	1	1	1	1	1
10p	15 (19%)	66	0.00084111	0.225	0.034394	1	0.019015	1	0.00078621	0.211	0.0019229	0.471	0.00086189	0.228	0.00021188	0.0619	0.00055387	0.154
10q	16 (20%)	65	8.0692e-06	0.00253	0.02818	1	0.029636	1	0.0027224	0.634	0.0029372	0.677	0.0019022	0.47	0.00023231	0.0676	0.00084348	0.225
11p	13 (16%)	68	0.0027106	0.634	0.088507	1	0.26296	1	0.77669	1	0.29547	1	1	1	1	1	1	1
11q	13 (16%)	68	0.028312	1	0.17521	1	0.48689	1	0.55889	1	0.81614	1	0.59651	1	0.58377	1	0.60802	1
12p	16 (20%)	65	8.0692e-06	0.00253	0.0022871	0.551	0.00014306	0.0423	0.00031505	0.0898	0.00026317	0.0761	0.0019022	0.47	0.00023231	0.0676	0.00084348	0.225
12q	16 (20%)	65	2.9895e-06	0.000942	0.0022871	0.551	0.00089918	0.236	0.0038375	0.867	0.0010749	0.275	0.0056449	1	0.00044816	0.126	0.0039685	0.889
13q	16 (20%)	65	0.029293	1	1	1	0.61308	1	0.54519	1	0.43361	1	0.76199	1	0.47505	1	0.64142	1
14q	13 (16%)	68	0.1312	1	0.045169	1	0.12541	1	0.19643	1	0.47681	1	0.33103	1	0.4901	1	0.33598	1
15q	17 (21%)	64	0.0036658	0.832	0.0013752	0.349	0.0029323	0.677	0.0018033	0.447	0.0010544	0.271	0.0062127	1	0.0041693	0.926	0.0038704	0.871
16p	10 (12%)	71	0.00073804	0.2	0.0024669	0.585	0.024388	1	0.049006	1	0.043589	1	0.028599	1	0.0032712	0.749	0.017165	1
16q	11 (14%)	70	0.00096666	0.252	0.0025805	0.606	0.0099941	1	0.13338	1	0.025595	1	0.008955	1	0.0022672	0.549	0.0088994	1
17p	34 (42%)	47	7.343e-10	2.34e-07	1.5229e-11	4.87e-09	0.00071091	0.194	4.4567e-05	0.0135	0.00020948	0.0614	0.00032584	0.0922	1.5576e-05	0.00481	0.00012277	0.0365
17q	15 (19%)	66	0.00030914	0.0887	0.0017717	0.441	0.012064	1	0.021423	1	0.042065	1	0.11769	1	0.017943	1	0.092613	1
18p	39 (48%)	42	0.13122	1	0.0050901	1	0.53616	1	0.37278	1	0.4375	1	0.2032	1	0.096635	1	0.30751	1
18q	47 (58%)	34	9.7631e-05	0.0291	0.00047963	0.135	0.05772	1	0.029819	1	0.079975	1	0.01812	1	0.0099933	1	0.040488	1
19p	11 (14%)	70	0.012431	1	0.19678	1	0.029636	1	0.0027224	0.634	0.0084422	1	0.029146	1	0.01179	1	0.025259	1
19q	14 (17%)	67	0.097555	1	0.175	1	0.093904	1	0.0091418	1	0.033955	1	0.013528	1	0.037013	1	0.092094	1
20p	20 (25%)	61	0.00073024	0.199	0.0025226	0.595	0.042366	1	0.015144	1	0.0099831	1	0.025279	1	0.0098994	1	0.016095	1
20q	18 (22%)	63	0.0022272	0.541	0.03489	1	0.12028	1	0.0094249	1	0.019447	1	0.052892	1	0.0092199	1	0.040038	1
21q	29 (36%)	52	6.3226e-07	2e-04	0.0024081	0.576	0.060573	1	0.0081546	1	0.01492	1	0.13493	1	0.042959	1	0.081556	1
22q	20 (25%)	61	0.00017714	0.0523	0.017777	1	0.024753	1	0.061853	1	0.12437	1	0.33103	1	0.23066	1	0.25601	1
xq	8 (10%)	73	0.134	1	0.50875	1	0.39102	1	0.61513	1	0.20382	1	1	1	0.24808	1	0.34219	1