This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.
Testing the association between mutation status of 168 genes and 12 clinical features across 254 patients, 4 significant findings detected with Q value < 0.25.
-
RQCD1 mutation correlated to 'NEOPLASM.DISEASESTAGE'.
-
NF1 mutation correlated to 'AGE'.
-
AREG mutation correlated to 'BRESLOW.THICKNESS'.
-
ACD mutation correlated to 'BRESLOW.THICKNESS'.
Clinical Features |
Time from Specimen Diagnosis to Death |
Time to Death |
AGE |
PRIMARY SITE OF DISEASE |
NEOPLASM DISEASESTAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
MELANOMA ULCERATION |
MELANOMA PRIMARY KNOWN |
BRESLOW THICKNESS |
GENDER | ||
nMutated (%) | nWild-Type | logrank test | logrank test | t-test | Fisher's exact test | Chi-square test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Chi-square test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | t-test | Fisher's exact test | |
RQCD1 | 7 (3%) | 247 |
0.732 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.981 (1.00) |
0.859 (1.00) |
5.65e-06 (0.0113) |
0.161 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.383 (1.00) |
1 (1.00) |
0.91 (1.00) |
0.112 (1.00) |
NF1 | 36 (14%) | 218 |
0.0276 (1.00) |
0.055 (1.00) |
4.86e-06 (0.00978) |
0.0238 (1.00) |
0.0419 (1.00) |
0.0412 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.00271 (1.00) |
1 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.686 (1.00) |
0.196 (1.00) |
AREG | 6 (2%) | 248 |
0.541 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.986 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.546 (1.00) |
1.78e-05 (0.0358) |
0.679 (1.00) |
ACD | 8 (3%) | 246 |
0.793 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.0654 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.976 (1.00) |
0.404 (1.00) |
0.601 (1.00) |
3.58e-11 (7.2e-08) |
0.714 (1.00) |
C15ORF23 | 17 (7%) | 237 |
0.938 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.258 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.043 (1.00) |
0.851 (1.00) |
0.923 (1.00) |
0.517 (1.00) |
1 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.607 (1.00) |
ANKRD20A4 | 6 (2%) | 248 |
0.506 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.901 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.688 (1.00) |
0.986 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.41 (1.00) |
CDKN2A | 35 (14%) | 219 |
0.733 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.944 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.522 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.834 (1.00) |
0.0941 (1.00) |
1 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.58 (1.00) |
NRAS | 77 (30%) | 177 |
0.267 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.455 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0912 (1.00) |
0.675 (1.00) |
BRAF | 128 (50%) | 126 |
0.0929 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.000176 (0.352) |
0.0186 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.00831 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.7 (1.00) |
OXA1L | 7 (3%) | 247 |
0.593 (1.00) |
0.999 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.982 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.246 (1.00) |
1 (1.00) |
TP53 | 41 (16%) | 213 |
0.25 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.255 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.0743 (1.00) |
0.795 (1.00) |
0.665 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0284 (1.00) |
1 (1.00) |
STK19 | 11 (4%) | 243 |
0.323 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.34 (1.00) |
1 (1.00) |
0.287 (1.00) |
0.967 (1.00) |
0.824 (1.00) |
0.964 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.345 (1.00) |
TMEM216 | 8 (3%) | 246 |
0.969 (1.00) |
0.688 (1.00) |
0.816 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.803 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.976 (1.00) |
1 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.714 (1.00) |
PCDHAC2 | 140 (55%) | 114 |
0.255 (1.00) |
0.0898 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.0766 (1.00) |
0.00914 (1.00) |
0.857 (1.00) |
0.0907 (1.00) |
0.258 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.0394 (1.00) |
PTEN | 19 (7%) | 235 |
0.607 (1.00) |
0.964 (1.00) |
0.0359 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.342 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.0238 (1.00) |
0.782 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.0878 (1.00) |
MRPS31 | 18 (7%) | 236 |
0.424 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.000703 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.713 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.0845 (1.00) |
0.156 (1.00) |
1 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.208 (1.00) |
PCDHGC5 | 130 (51%) | 124 |
0.000319 (0.639) |
0.00186 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.966 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.0771 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.0562 (1.00) |
0.0297 (1.00) |
0.199 (1.00) |
BAGE | 8 (3%) | 246 |
0.206 (1.00) |
0.0215 (1.00) |
0.0384 (1.00) |
1 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.843 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.713 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.714 (1.00) |
DSG1 | 39 (15%) | 215 |
0.828 (1.00) |
0.423 (1.00) |
0.715 (1.00) |
1 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.523 (1.00) |
1 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.858 (1.00) |
RAC1 | 18 (7%) | 236 |
0.884 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.5 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.803 (1.00) |
PPP6C | 18 (7%) | 236 |
0.0457 (1.00) |
0.00156 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.844 (1.00) |
1 (1.00) |
0.255 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.707 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.803 (1.00) |
SERPINB3 | 38 (15%) | 216 |
0.776 (1.00) |
0.711 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.00626 (1.00) |
TSHB | 4 (2%) | 250 |
0.711 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.898 (1.00) |
1 (1.00) |
0.618 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.994 (1.00) |
0.279 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0158 (1.00) |
1 (1.00) |
NDUFB9 | 7 (3%) | 247 |
0.648 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.98 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.383 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00021 (0.422) |
0.71 (1.00) |
MS4A2 | 13 (5%) | 241 |
0.722 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.0812 (1.00) |
0.81 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.473 (1.00) |
1 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.0877 (1.00) |
RPS27 | 19 (7%) | 235 |
0.204 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.893 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0651 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.628 (1.00) |
PPIAL4G | 13 (5%) | 241 |
0.324 (1.00) |
0.0295 (1.00) |
0.0542 (1.00) |
0.92 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.543 (1.00) |
0.473 (1.00) |
1 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.381 (1.00) |
LUZP2 | 24 (9%) | 230 |
0.621 (1.00) |
0.881 (1.00) |
0.743 (1.00) |
0.754 (1.00) |
0.0405 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.83 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.188 (1.00) |
FAM113B | 24 (9%) | 230 |
0.712 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.835 (1.00) |
1 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.0775 (1.00) |
IDH1 | 13 (5%) | 241 |
0.943 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.949 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.771 (1.00) |
OR51S1 | 26 (10%) | 228 |
0.591 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.801 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.742 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.846 (1.00) |
1 (1.00) |
CYP4X1 | 19 (7%) | 235 |
0.443 (1.00) |
0.929 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.893 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.901 (1.00) |
0.628 (1.00) |
ARMC4 | 50 (20%) | 204 |
0.482 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.0977 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.0379 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.0829 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.507 (1.00) |
0.332 (1.00) |
TUBAL3 | 10 (4%) | 244 |
0.187 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.0708 (1.00) |
0.00452 (1.00) |
0.97 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0227 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.325 (1.00) |
NMNAT3 | 9 (4%) | 245 |
0.603 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.921 (1.00) |
0.881 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.976 (1.00) |
0.082 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.306 (1.00) |
1 (1.00) |
AOAH | 23 (9%) | 231 |
0.746 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.0206 (1.00) |
0.00412 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.0777 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.586 (1.00) |
1 (1.00) |
0.14 (1.00) |
1 (1.00) |
THEMIS | 30 (12%) | 224 |
0.532 (1.00) |
0.899 (1.00) |
0.0779 (1.00) |
0.896 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.256 (1.00) |
0.327 (1.00) |
CYP4Z1 | 23 (9%) | 231 |
0.667 (1.00) |
0.62 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.0414 (1.00) |
0.542 (1.00) |
1 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.824 (1.00) |
CTAGE6P | 6 (2%) | 248 |
0.324 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.0269 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.99 (1.00) |
1 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.41 (1.00) |
|
TC2N | 18 (7%) | 236 |
0.538 (1.00) |
0.452 (1.00) |
0.0569 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.0845 (1.00) |
0.318 (1.00) |
1 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.323 (1.00) |
MPP7 | 27 (11%) | 227 |
0.409 (1.00) |
0.549 (1.00) |
0.00282 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.342 (1.00) |
0.355 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.0852 (1.00) |
0.754 (1.00) |
0.995 (1.00) |
0.0347 (1.00) |
C1QTNF9 | 14 (6%) | 240 |
0.291 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.852 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.782 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.221 (1.00) |
0.576 (1.00) |
CAPZA3 | 23 (9%) | 231 |
0.884 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.91 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.088 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.503 (1.00) |
ITGA4 | 33 (13%) | 221 |
0.738 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.0134 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.817 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.569 (1.00) |
ZNF99 | 35 (14%) | 219 |
0.0446 (1.00) |
0.0189 (1.00) |
0.034 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.824 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.838 (1.00) |
1 (1.00) |
GPR141 | 15 (6%) | 239 |
0.414 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.703 (1.00) |
0.743 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.932 (1.00) |
0.0429 (1.00) |
0.228 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.419 (1.00) |
PROL1 | 20 (8%) | 234 |
0.929 (1.00) |
0.992 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.237 (1.00) |
EMG1 | 7 (3%) | 247 |
0.0544 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.0525 (1.00) |
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0.503 (1.00) |
0.83 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.647 (1.00) |
1 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.71 (1.00) |
TMPRSS11B | 22 (9%) | 232 |
0.194 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.827 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.848 (1.00) |
1 (1.00) |
0.323 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.36 (1.00) |
OR4E2 | 21 (8%) | 233 |
0.124 (1.00) |
0.0803 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.983 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.899 (1.00) |
0.0629 (1.00) |
TCHHL1 | 37 (15%) | 217 |
0.0962 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.0692 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.0564 (1.00) |
0.5 (1.00) |
0.563 (1.00) |
0.467 (1.00) |
0.0134 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.0598 (1.00) |
0.717 (1.00) |
LOC649330 | 25 (10%) | 229 |
0.229 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.823 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.0977 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.524 (1.00) |
PCSK1 | 24 (9%) | 230 |
0.194 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.985 (1.00) |
0.522 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.714 (1.00) |
1 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.51 (1.00) |
ELF5 | 9 (4%) | 245 |
0.79 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.983 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.696 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.976 (1.00) |
0.681 (1.00) |
1 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.489 (1.00) |
OGDHL | 30 (12%) | 224 |
0.954 (1.00) |
0.929 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.929 (1.00) |
0.168 (1.00) |
PCDP1 | 15 (6%) | 239 |
0.627 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.0446 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.435 (1.00) |
1 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.174 (1.00) |
FUT9 | 28 (11%) | 226 |
0.206 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.135 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.00363 (1.00) |
0.409 (1.00) |
0.0143 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.0504 (1.00) |
0.15 (1.00) |
GCOM1 | 22 (9%) | 232 |
0.156 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.404 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.323 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.36 (1.00) |
SIRPB1 | 21 (8%) | 233 |
0.345 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.0616 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.517 (1.00) |
1 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.167 (1.00) |
PENK | 20 (8%) | 234 |
0.92 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.948 (1.00) |
0.0479 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.666 (1.00) |
0.25 (1.00) |
1 (1.00) |
0.81 (1.00) |
0.48 (1.00) |
CHGB | 26 (10%) | 228 |
0.168 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.0439 (1.00) |
0.943 (1.00) |
0.0619 (1.00) |
0.0664 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.164 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00224 (1.00) |
1 (1.00) |
C8ORF34 | 27 (11%) | 227 |
0.0753 (1.00) |
0.968 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.0047 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.742 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.535 (1.00) |
GALNTL5 | 14 (6%) | 240 |
0.924 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.952 (1.00) |
0.0278 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.932 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.000969 (1.00) |
0.26 (1.00) |
TCEB3C | 24 (9%) | 230 |
0.388 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.954 (1.00) |
0.188 (1.00) |
LRRC4C | 35 (14%) | 219 |
0.639 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.0155 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.759 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.455 (1.00) |
SYCP1 | 23 (9%) | 231 |
0.12 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.0101 (1.00) |
1 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.569 (1.00) |
1 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.262 (1.00) |
RCAN2 | 13 (5%) | 241 |
0.849 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.92 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.949 (1.00) |
0.404 (1.00) |
0.0591 (1.00) |
0.0607 (1.00) |
1 (1.00) |
APCS | 12 (5%) | 242 |
0.334 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.00479 (1.00) |
0.404 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.687 (1.00) |
1 (1.00) |
CYP3A7 | 23 (9%) | 231 |
0.908 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.088 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.956 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.824 (1.00) |
STXBP5L | 47 (19%) | 207 |
0.483 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.448 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.804 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.0265 (1.00) |
0.868 (1.00) |
LCE1B | 13 (5%) | 241 |
0.000401 (0.802) |
0.00771 (1.00) |
0.137 (1.00) |
1 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.0573 (1.00) |
0.753 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0486 (1.00) |
0.571 (1.00) |
SCN5A | 57 (22%) | 197 |
0.885 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.0707 (1.00) |
0.953 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.878 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.416 (1.00) |
0.44 (1.00) |
TPTE2 | 33 (13%) | 221 |
0.464 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.265 (1.00) |
0.0553 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.0261 (1.00) |
1 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.182 (1.00) |
LRTM1 | 24 (9%) | 230 |
0.767 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.656 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.985 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.568 (1.00) |
1 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.00701 (1.00) |
SLC10A2 | 20 (8%) | 234 |
0.27 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.0971 (1.00) |
0.532 (1.00) |
0.678 (1.00) |
0.893 (1.00) |
0.782 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.634 (1.00) |
1 (1.00) |
OR2W1 | 18 (7%) | 236 |
0.566 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.0104 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.893 (1.00) |
0.375 (1.00) |
1 (1.00) |
0.369 (1.00) |
1 (1.00) |
ANGPT1 | 29 (11%) | 225 |
0.517 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.843 (1.00) |
0.342 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.0039 (1.00) |
C18ORF26 | 15 (6%) | 239 |
0.463 (1.00) |
0.75 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.0241 (1.00) |
0.934 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.932 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.0764 (1.00) |
0.174 (1.00) |
STK31 | 32 (13%) | 222 |
0.297 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.439 (1.00) |
VSNL1 | 3 (1%) | 251 |
0.137 (1.00) |
0.265 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.724 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.996 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.286 (1.00) |
|
CRB1 | 44 (17%) | 210 |
0.41 (1.00) |
0.928 (1.00) |
0.00322 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.701 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.8 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.125 (1.00) |
PREX2 | 60 (24%) | 194 |
0.139 (1.00) |
0.0124 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.82 (1.00) |
0.0999 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.0693 (1.00) |
0.366 (1.00) |
COPG2 | 8 (3%) | 246 |
0.966 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.878 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.976 (1.00) |
0.383 (1.00) |
1 (1.00) |
0.245 (1.00) |
0.49 (1.00) |
SPANXN5 | 7 (3%) | 247 |
0.477 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.83 (1.00) |
0.982 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.535 (1.00) |
0.71 (1.00) |
NMS | 12 (5%) | 242 |
0.283 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.0747 (1.00) |
0.326 (1.00) |
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0.05 (1.00) |
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0.424 (1.00) |
1 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.223 (1.00) |
RERG | 10 (4%) | 244 |
0.532 (1.00) |
0.912 (1.00) |
0.0743 (1.00) |
0.804 (1.00) |
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GLYATL2 | 24 (9%) | 230 |
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POTEG | 25 (10%) | 229 |
0.373 (1.00) |
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0.784 (1.00) |
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0.742 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.287 (1.00) |
STARD6 | 11 (4%) | 243 |
0.854 (1.00) |
0.991 (1.00) |
0.65 (1.00) |
1 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.957 (1.00) |
0.649 (1.00) |
1 (1.00) |
0.208 (1.00) |
1 (1.00) |
FAM58A | 4 (2%) | 250 |
0.237 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.293 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.872 (1.00) |
0.994 (1.00) |
0.279 (1.00) |
1 (1.00) |
0.579 (1.00) |
0.302 (1.00) |
CDK4 | 5 (2%) | 249 |
0.0187 (1.00) |
0.00321 (1.00) |
0.569 (1.00) |
0.522 (1.00) |
0.989 (1.00) |
0.797 (1.00) |
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0.99 (1.00) |
1 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.652 (1.00) |
PRSS48 | 5 (2%) | 249 |
0.000949 (1.00) |
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0.834 (1.00) |
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0.99 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.652 (1.00) |
TBC1D3B | 4 (2%) | 250 |
0.286 (1.00) |
0.0474 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.996 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.641 (1.00) |
COL4A4 | 61 (24%) | 193 |
0.341 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.017 (1.00) |
0.808 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.0189 (1.00) |
0.409 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.0226 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.179 (1.00) |
LPAR1 | 12 (5%) | 242 |
0.0619 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.00944 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.0332 (1.00) |
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0.949 (1.00) |
0.713 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.771 (1.00) |
GNAI2 | 5 (2%) | 249 |
0.0245 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.884 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.996 (1.00) |
1 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.377 (1.00) |
||
RPGRIP1 | 21 (8%) | 233 |
0.467 (1.00) |
0.419 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.431 (1.00) |
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0.135 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.0865 (1.00) |
0.896 (1.00) |
0.0185 (1.00) |
PTPRT | 71 (28%) | 183 |
0.108 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.954 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.94 (1.00) |
0.908 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.549 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.251 (1.00) |
PDE1A | 37 (15%) | 217 |
0.952 (1.00) |
0.971 (1.00) |
0.0526 (1.00) |
0.0683 (1.00) |
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0.114 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.247 (1.00) |
1 (1.00) |
0.168 (1.00) |
0.468 (1.00) |
KIAA2022 | 44 (17%) | 210 |
0.255 (1.00) |
0.858 (1.00) |
0.00871 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.0211 (1.00) |
0.716 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.865 (1.00) |
HRNR | 48 (19%) | 206 |
0.319 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.42 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.518 (1.00) |
0.00164 (1.00) |
EIF3D | 3 (1%) | 251 |
0.0492 (1.00) |
0.0253 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.724 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.996 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.942 (1.00) |
0.286 (1.00) |
SLC15A2 | 28 (11%) | 226 |
0.458 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.172 (1.00) |
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0.257 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.00527 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.00902 (1.00) |
0.306 (1.00) |
ST6GAL2 | 37 (15%) | 217 |
0.316 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.0152 (1.00) |
0.656 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.0648 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.468 (1.00) |
DNAJC5B | 11 (4%) | 243 |
0.903 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.028 (1.00) |
0.336 (1.00) |
0.957 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.0055 (1.00) |
1 (1.00) |
TAF1A | 14 (6%) | 240 |
0.197 (1.00) |
0.0446 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.452 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.937 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.932 (1.00) |
1 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.00766 (1.00) |
0.0509 (1.00) |
TRHDE | 42 (17%) | 212 |
0.452 (1.00) |
0.955 (1.00) |
0.122 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.0853 (1.00) |
0.46 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.0834 (1.00) |
COL19A1 | 32 (13%) | 222 |
0.601 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.0864 (1.00) |
1 (1.00) |
0.892 (1.00) |
0.571 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.0849 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.699 (1.00) |
OR4K1 | 27 (11%) | 227 |
0.674 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.62 (1.00) |
1 (1.00) |
0.419 (1.00) |
0.0929 (1.00) |
FASLG | 12 (5%) | 242 |
0.202 (1.00) |
0.122 (1.00) |
0.922 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.949 (1.00) |
0.0227 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00918 (1.00) |
1 (1.00) |
TMC5 | 39 (15%) | 215 |
0.00413 (1.00) |
0.0208 (1.00) |
0.0542 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.916 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.899 (1.00) |
0.652 (1.00) |
1 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.0764 (1.00) |
CTNNB1 | 11 (4%) | 243 |
0.529 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.0677 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.957 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.338 (1.00) |
1 (1.00) |
SNCAIP | 43 (17%) | 211 |
0.0583 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.426 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.718 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.928 (1.00) |
0.396 (1.00) |
CD2 | 18 (7%) | 236 |
0.335 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.487 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.906 (1.00) |
0.0845 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.972 (1.00) |
1 (1.00) |
SLC38A1 | 15 (6%) | 239 |
0.732 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.932 (1.00) |
0.375 (1.00) |
1 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.174 (1.00) |
LIPI | 22 (9%) | 232 |
0.742 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.234 (1.00) |
1 (1.00) |
0.323 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.168 (1.00) |
C7ORF58 | 29 (11%) | 225 |
0.849 (1.00) |
0.966 (1.00) |
0.258 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.374 (1.00) |
1 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.987 (1.00) |
0.544 (1.00) |
COL5A1 | 51 (20%) | 203 |
0.334 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.00293 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.786 (1.00) |
0.328 (1.00) |
0.491 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.15 (1.00) |
SERPINA10 | 24 (9%) | 230 |
0.985 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.5 (1.00) |
0.0997 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.0275 (1.00) |
0.663 (1.00) |
C1ORF127 | 17 (7%) | 237 |
0.753 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.906 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.932 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.563 (1.00) |
0.0752 (1.00) |
TTN | 186 (73%) | 68 |
0.109 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.0707 (1.00) |
1 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.885 (1.00) |
DGAT2L6 | 11 (4%) | 243 |
0.941 (1.00) |
0.952 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.857 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.957 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.538 (1.00) |
C3ORF71 | 4 (2%) | 250 |
0.659 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.975 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.994 (1.00) |
0.279 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0939 (1.00) |
1 (1.00) |
SLC9A4 | 22 (9%) | 232 |
0.207 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.423 (1.00) |
0.0913 (1.00) |
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MKX | 15 (6%) | 239 |
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FAM19A1 | 10 (4%) | 244 |
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1 (1.00) |
CERKL | 16 (6%) | 238 |
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GK2 | 28 (11%) | 226 |
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IDO2 | 15 (6%) | 239 |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
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1 (1.00) |
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ZIM3 | 22 (9%) | 232 |
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MAP2K1 | 12 (5%) | 242 |
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1 (1.00) |
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GZMA | 11 (4%) | 243 |
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1 (1.00) |
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0.538 (1.00) |
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KCNB2 | 54 (21%) | 200 |
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1 (1.00) |
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0.432 (1.00) |
ADAMTS2 | 27 (11%) | 227 |
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0.35 (1.00) |
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IL7R | 27 (11%) | 227 |
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0.175 (1.00) |
0.222 (1.00) |
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0.174 (1.00) |
0.843 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.223 (1.00) |
1 (1.00) |
DAAM2 | 7 (3%) | 247 |
0.409 (1.00) |
0.911 (1.00) |
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1 (1.00) |
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0.71 (1.00) |
OR4N4 | 12 (5%) | 242 |
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0.5 (1.00) |
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1 (1.00) |
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0.137 (1.00) |
BMP5 | 20 (8%) | 234 |
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0.558 (1.00) |
0.0899 (1.00) |
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0.234 (1.00) |
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0.62 (1.00) |
0.34 (1.00) |
RAPGEF5 | 13 (5%) | 241 |
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0.532 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.0537 (1.00) |
0.635 (1.00) |
1 (1.00) |
0.202 (1.00) |
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0.0877 (1.00) |
HNF4G | 24 (9%) | 230 |
0.503 (1.00) |
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0.789 (1.00) |
0.913 (1.00) |
1 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.798 (1.00) |
1 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.0775 (1.00) |
C8B | 36 (14%) | 218 |
0.838 (1.00) |
0.639 (1.00) |
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0.932 (1.00) |
0.0635 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.886 (1.00) |
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0.0568 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.196 (1.00) |
CRNN | 18 (7%) | 236 |
0.892 (1.00) |
0.539 (1.00) |
0.967 (1.00) |
1 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.62 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.903 (1.00) |
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1 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.622 (1.00) |
DACH1 | 25 (10%) | 229 |
0.88 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.542 (1.00) |
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0.568 (1.00) |
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0.133 (1.00) |
OPN5 | 7 (3%) | 247 |
0.292 (1.00) |
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0.629 (1.00) |
0.776 (1.00) |
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0.39 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.0412 (1.00) |
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0.71 (1.00) |
ZSWIM2 | 28 (11%) | 226 |
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0.726 (1.00) |
0.0843 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.537 (1.00) |
0.328 (1.00) |
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0.776 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.0108 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.063 (1.00) |
MPP6 | 14 (6%) | 240 |
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0.542 (1.00) |
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0.941 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.26 (1.00) |
UNC119B | 6 (2%) | 248 |
0.843 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.293 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.795 (1.00) |
0.99 (1.00) |
0.154 (1.00) |
1 (1.00) |
0.713 (1.00) |
1 (1.00) |
DCDC1 | 5 (2%) | 249 |
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0.295 (1.00) |
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0.288 (1.00) |
0.0901 (1.00) |
0.184 (1.00) |
1 (1.00) |
0.994 (1.00) |
1 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.822 (1.00) |
0.16 (1.00) |
WDR65 | 19 (7%) | 235 |
0.0294 (1.00) |
0.0754 (1.00) |
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0.839 (1.00) |
0.692 (1.00) |
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0.873 (1.00) |
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0.753 (1.00) |
0.712 (1.00) |
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1 (1.00) |
PTPN22 | 19 (7%) | 235 |
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0.66 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.00362 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.141 (1.00) |
TFEC | 17 (7%) | 237 |
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0.232 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.856 (1.00) |
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0.903 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.959 (1.00) |
1 (1.00) |
COL1A1 | 33 (13%) | 221 |
0.445 (1.00) |
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0.289 (1.00) |
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0.4 (1.00) |
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0.238 (1.00) |
0.00349 (1.00) |
CAPSL | 16 (6%) | 238 |
0.8 (1.00) |
0.985 (1.00) |
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0.226 (1.00) |
0.37 (1.00) |
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0.517 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00942 (1.00) |
0.606 (1.00) |
DDX3X | 17 (7%) | 237 |
0.481 (1.00) |
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0.677 (1.00) |
0.328 (1.00) |
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0.811 (1.00) |
0.00766 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.445 (1.00) |
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0.0752 (1.00) |
ACMSD | 10 (4%) | 244 |
0.336 (1.00) |
0.467 (1.00) |
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0.35 (1.00) |
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0.745 (1.00) |
TIMD4 | 13 (5%) | 241 |
0.0584 (1.00) |
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NOTCH4 | 46 (18%) | 208 |
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0.0161 (1.00) |
0.0746 (1.00) |
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0.723 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0436 (1.00) |
0.85 (1.00) |
1 (1.00) |
C12ORF36 | 8 (3%) | 246 |
0.725 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.371 (1.00) |
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0.43 (1.00) |
0.46 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.649 (1.00) |
1 (1.00) |
0.184 (1.00) |
1 (1.00) |
SDPR | 16 (6%) | 238 |
0.099 (1.00) |
0.0404 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.976 (1.00) |
0.923 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.0324 (1.00) |
GPC5 | 26 (10%) | 228 |
0.697 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.965 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.292 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.287 (1.00) |
CCDC28A | 10 (4%) | 244 |
0.439 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.0704 (1.00) |
0.00185 (1.00) |
0.053 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.0938 (1.00) |
0.404 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.745 (1.00) |
MC2R | 5 (2%) | 249 |
0.00226 (1.00) |
0.00714 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.708 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00843 (1.00) |
1 (1.00) |
0.014 (1.00) |
1 (1.00) |
|
KL | 24 (9%) | 230 |
0.655 (1.00) |
0.686 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.44 (1.00) |
1 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.188 (1.00) |
P value = 5.65e-06 (Chi-square test), Q value = 0.011
nPatients | I OR II NOS | STAGE 0 | STAGE I | STAGE IA | STAGE IB | STAGE II | STAGE IIA | STAGE IIB | STAGE IIC | STAGE III | STAGE IIIA | STAGE IIIB | STAGE IIIC | STAGE IV |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ALL | 10 | 5 | 21 | 10 | 23 | 16 | 10 | 13 | 9 | 29 | 11 | 22 | 41 | 12 |
RQCD1 MUTATED | 0 | 1 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
RQCD1 WILD-TYPE | 10 | 4 | 21 | 10 | 21 | 16 | 10 | 13 | 6 | 29 | 11 | 22 | 41 | 12 |
P value = 4.86e-06 (t-test), Q value = 0.0098
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 250 | 55.5 (15.9) |
NF1 MUTATED | 36 | 66.1 (13.1) |
NF1 WILD-TYPE | 214 | 53.7 (15.6) |
P value = 1.78e-05 (t-test), Q value = 0.036
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 190 | 3.6 (5.1) |
AREG MUTATED | 4 | 1.5 (0.4) |
AREG WILD-TYPE | 186 | 3.6 (5.2) |
P value = 3.58e-11 (t-test), Q value = 7.2e-08
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 190 | 3.6 (5.1) |
ACD MUTATED | 6 | 0.9 (0.2) |
ACD WILD-TYPE | 184 | 3.7 (5.2) |
-
Mutation data file = transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = SKCM-TM.merged_data.txt
-
Number of patients = 254
-
Number of significantly mutated genes = 168
-
Number of selected clinical features = 12
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.