Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2014_04_16 analyses Run

Cohort	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNASeq	miR	miRSeq	RPPA	MAF
ACC	92	34	90	0	80	0	79	0	80	0	91
BLCA	311	198	252	112	253	0	241	0	252	127	130
BRCA	1061	988	1042	19	1044	526	1037	0	1031	408	976
CESC	257	160	192	0	211	0	185	0	200	0	39
COAD	448	437	427	69	434	153	432	0	406	331	154
COADREAD	616	605	589	104	596	222	595	0	549	461	223
DLBC	53	21	28	0	28	0	28	0	27	0	0
ESCA	176	57	103	32	126	0	70	0	72	0	0
GBM	607	582	571	0	414	540	160	565	0	214	290
HNSC	517	410	511	108	516	0	497	0	512	212	306
KICH	113	93	66	0	66	0	66	0	66	0	66
KIRC	536	507	514	0	511	72	518	0	502	454	417
KIRP	274	166	198	0	198	16	198	0	198	0	168
LAML	200	200	197	0	194	0	179	0	188	0	197
LGG	516	362	463	52	512	27	463	0	438	258	289
LIHC	273	157	199	0	204	0	191	0	200	0	0
LUAD	563	468	493	120	555	32	488	0	491	237	229
LUSC	493	411	490	0	492	154	489	0	467	195	178
MESO	37	13	37	0	37	0	0	0	26	0	0
OV	592	580	576	0	584	574	296	570	453	412	316
PAAD	131	76	91	0	91	0	85	0	85	0	91
PCPG	179	10	172	0	179	0	0	0	149	0	0
PRAD	427	210	331	115	336	0	333	0	326	164	261
READ	168	168	162	35	162	69	163	0	143	130	69
SARC	217	104	150	0	170	0	103	0	149	0	0
SKCM	448	341	384	118	373	0	371	0	353	204	343
STAD	373	311	352	107	373	0	274	0	323	264	221
THCA	496	486	494	98	496	0	494	0	495	222	402
UCEC	556	483	525	106	532	54	527	0	513	200	248
UCS	57	57	56	0	57	0	57	0	56	0	57
Totals	10171	8090	9166	1091	9228	2217	8024	1135	8201	4032	5538