Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Lung Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
16 April 2014  |  analyses__2014_04_16
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doi:10.7908/C1319TJV
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1319TJV
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 179 genes and 13 clinical features across 172 patients, 6 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • SMARCA4 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • U2AF1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • GBA3 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • OR13G1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • AKR1B10 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • STX2 mutation correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 179 genes and 13 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 6 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET COMPLETENESS
OF
RESECTION
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test t-test Chi-square test Fisher's exact test t-test t-test Fisher's exact test
SMARCA4 14 (8%) 158 0.609
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.171
(1.00) 		6.16e-07
(0.0013) 		1
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.188
(1.00) 		1
(1.00)
U2AF1 6 (3%) 166 0.4
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.0572
(1.00) 		0.0713
(1.00) 		0.22
(1.00) 		1.19e-08
(2.51e-05) 		0.427
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.265
(1.00) 		1
(1.00)
GBA3 8 (5%) 164 0.405
(1.00) 		0.0279
(1.00) 		0.258
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		1
(1.00) 		0.728
(1.00) 		8.52e-07
(0.0018) 		1
(1.00) 		0.0895
(1.00) 		0.379
(1.00) 		1
(1.00)
OR13G1 9 (5%) 163 0.12
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.446
(1.00) 		1
(1.00) 		0.14
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		7.17e-06
(0.0152) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.879
(1.00) 		1
(1.00)
AKR1B10 4 (2%) 168 0.446
(1.00) 		0.00728
(1.00) 		0.581
(1.00) 		1
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.00711
(1.00) 		1
(1.00) 		9.35e-06
(0.0198) 		0.308
(1.00) 		0.353
(1.00)
STX2 4 (2%) 168 0.891
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.11
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.308
(1.00) 		2.46e-14
(5.22e-11) 		0.759
(1.00) 		1
(1.00)
CDKN2A 8 (5%) 164 0.422
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.953
(1.00) 		1
(1.00) 		0.764
(1.00) 		1
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.0411
(1.00) 		1
(1.00)
KRAS 47 (27%) 125 0.796
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.0847
(1.00) 		0.405
(1.00) 		1
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.3
(1.00)
TP53 87 (51%) 85 0.7
(1.00) 		0.0614
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.233
(1.00) 		1
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.914
(1.00)
EGFR 22 (13%) 150 0.0192
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.565
(1.00)
STK11 20 (12%) 152 0.145
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0941
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.621
(1.00)
KEAP1 32 (19%) 140 0.632
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.513
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.239
(1.00) 		1
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.945
(1.00)
RBM10 12 (7%) 160 0.696
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.00478
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.702
(1.00)
NF1 21 (12%) 151 0.517
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.0206
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.529
(1.00)
GPR112 35 (20%) 137 0.522
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.0486
(1.00) 		0.115
(1.00) 		1
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.522
(1.00)
FLG 42 (24%) 130 0.0431
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.345
(1.00)
HRNR 24 (14%) 148 0.392
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.0106
(1.00) 		0.0606
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.0632
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.736
(1.00)
MUC7 14 (8%) 158 0.258
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.805
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.639
(1.00)
BRAF 15 (9%) 157 0.391
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.796
(1.00)
COL11A1 34 (20%) 138 0.767
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.513
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0327
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.784
(1.00)
PCK1 10 (6%) 162 0.3
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.0886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.00122
(1.00) 		0.126
(1.00)
RIMS2 32 (19%) 140 0.865
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.0367
(1.00) 		0.457
(1.00)
CSMD3 78 (45%) 94 0.0637
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.0805
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.0709
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.842
(1.00)
RB1 7 (4%) 165 0.204
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.306
(1.00) 		1
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.666
(1.00)
FTSJD1 6 (3%) 166 0.629
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.622
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.234
(1.00) 		1
(1.00)
RIT1 8 (5%) 164 0.664
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.142
(1.00) 		1
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.15
(1.00)
LRP1B 60 (35%) 112 0.357
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.833
(1.00) 		1
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.255
(1.00)
OR10J3 9 (5%) 163 0.919
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.908
(1.00) 		1
(1.00)
LTBP1 20 (12%) 152 0.147
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.0307
(1.00) 		0.0777
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.887
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0046
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.786
(1.00)
SETD2 15 (9%) 157 0.215
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.307
(1.00)
ZCCHC5 10 (6%) 162 0.296
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.0232
(1.00) 		1
(1.00)
ADAMTS5 14 (8%) 158 0.00361
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.0251
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.39
(1.00) 		1
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00)
MYL10 5 (3%) 167 0.512
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.0222
(1.00) 		0.172
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.23
(1.00)
SMAD4 7 (4%) 165 0.763
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.0838
(1.00) 		0.764
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.0108
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF268 5 (3%) 167 0.871
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.566
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.181
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.462
(1.00)
OR4Q3 11 (6%) 161 0.232
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.0388
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.527
(1.00)
ARID1A 11 (6%) 161 0.376
(1.00) 		0.0116
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.0382
(1.00) 		0.576
(1.00)
CCDC73 11 (6%) 161 0.645
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.754
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(1.00)
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(1.00)
FAM48B1 10 (6%) 162 0.925
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(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00) 		0.56
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(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.5
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(1.00)
ASTN2 14 (8%) 158 0.793
(1.00) 		0.76
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(1.00) 		0.457
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(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000229
(0.484) 		1
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(1.00)
MBD1 6 (3%) 166 0.536
(1.00) 		0.221
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
FLI1 6 (3%) 166 0.193
(1.00) 		0.566
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00)
LAX1 6 (3%) 166 0.101
(1.00) 		0.468
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.438
(1.00) 		1
(1.00)
SVOP 7 (4%) 165 0.771
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.584
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(1.00)
MTTP 6 (3%) 166 0.921
(1.00) 		0.145
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(1.00)
COL19A1 14 (8%) 158 0.754
(1.00) 		0.276
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(1.00) 		1
(1.00)
OR10G9 10 (6%) 162 0.834
(1.00) 		0.0965
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(1.00)
LRRC32 11 (6%) 161 0.85
(1.00) 		0.397
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(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.552
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(1.00)
TEX15 24 (14%) 148 0.803
(1.00) 		0.351
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(1.00)
CNGA2 11 (6%) 161 0.532
(1.00) 		0.341
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(1.00) 		0.645
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(1.00) 		1
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(1.00)
ANP32C 8 (5%) 164 0.776
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.0197
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(1.00) 		0.34
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(1.00) 		1
(1.00)
KIAA1755 12 (7%) 160 0.568
(1.00) 		0.385
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.715
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(1.00)
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(1.00) 		0.722
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.368
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
SUN1 8 (5%) 164 0.25
(1.00) 		0.0693
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		0.41
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(1.00)
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(1.00) 		0.167
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(1.00)
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(1.00) 		0.0397
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(1.00) 		0.648
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(1.00)
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(1.00) 		0.925
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(1.00) 		0.0684
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(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		0.673
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(1.00) 		0.108
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.844
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(1.00)
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(1.00) 		0.926
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(1.00)
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(1.00) 		0.862
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.0671
(1.00) 		1
(1.00)
APC 10 (6%) 162 0.0154
(1.00) 		0.895
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.0604
(1.00) 		0.345
(1.00)
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(1.00) 		0.622
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.0332
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(1.00) 		0.978
(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		0.991
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(1.00) 		0.398
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(1.00) 		0.999
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(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.753
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(1.00)
BRE 4 (2%) 168 0.714
(1.00) 		0.568
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(1.00) 		0.021
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.919
(1.00) 		1
(1.00)
SERPINB13 9 (5%) 163 0.169
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.658
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(1.00)
GATA3 6 (3%) 166 0.0552
(1.00) 		0.0656
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(1.00) 		1
(1.00)
GNG2 4 (2%) 168 0.857
(1.00) 		0.13
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.815
(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
TSHZ3 25 (15%) 147 0.0168
(1.00) 		0.0263
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(1.00)
FGB 10 (6%) 162 0.0867
(1.00) 		0.247
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(1.00) 		0.172
(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.917
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(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.00971
(1.00)
PDGFA 5 (3%) 167 0.765
(1.00) 		0.907
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(1.00) 		1
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(1.00)
F8 15 (9%) 157 0.854
(1.00) 		0.0212
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(1.00) 		0.796
(1.00)
EPHB6 19 (11%) 153 0.234
(1.00) 		0.194
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(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.0642
(1.00) 		0.81
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(1.00)
CTRC 4 (2%) 168 0.735
(1.00) 		0.99
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(1.00) 		1
(1.00)
C12ORF74 3 (2%) 169 0.966
(1.00) 		0.0114
(1.00) 		0.783
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.194
(1.00) 		1
(1.00) 		0.119
(1.00)
DENND2A 9 (5%) 163 0.044
(1.00) 		0.463
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(1.00) 		1
(1.00)
POF1B 9 (5%) 163 0.132
(1.00) 		0.987
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(1.00) 		1
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(1.00)
TMTC1 22 (13%) 150 0.154
(1.00) 		0.293
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(1.00)
OR2F2 6 (3%) 166 0.0809
(1.00) 		0.414
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.000666
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(1.00) 		1
(1.00)
SPATA18 8 (5%) 164 0.44
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.0255
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.728
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
FSCB 15 (9%) 157 0.321
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.915
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(1.00) 		0.728
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(1.00) 		1
(1.00)
CDH6 17 (10%) 155 0.302
(1.00) 		0.722
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(1.00) 		1
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(1.00)
TTC18 5 (3%) 167 0.818
(1.00) 		0.863
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(1.00)
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(1.00) 		0.0118
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(1.00) 		0.189
(1.00)
ABCB5 19 (11%) 153 0.534
(1.00) 		0.946
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(1.00)
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(1.00) 		1
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(1.00)
COL5A1 13 (8%) 159 0.925
(1.00) 		0.114
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.39
(1.00)
ITGAX 17 (10%) 155 0.709
(1.00) 		0.431
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(1.00) 		0.8
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.0655
(1.00)
SVEP1 21 (12%) 151 0.236
(1.00) 		0.849
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(1.00) 		1
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(1.00)
FBXL7 17 (10%) 155 0.682
(1.00) 		0.331
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.786
(1.00)
RP1L1 32 (19%) 140 0.216
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.163
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.16
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(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.935
(1.00)
DEFB112 4 (2%) 168 0.576
(1.00) 		0.0827
(1.00) 		0.656
(1.00) 		1
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		0.0386
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.264
(1.00) 		1
(1.00)
ARID2 12 (7%) 160 0.158
(1.00) 		0.0417
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.393
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.827
(1.00)
ANKRD44 9 (5%) 163 0.278
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.656
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.734
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.196
(1.00)
OR4C16 14 (8%) 158 0.999
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.385
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(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.00369
(1.00) 		1
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.666
(1.00)
EPS8L3 4 (2%) 168 0.281
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.0302
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GPR158 17 (10%) 155 0.908
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.992
(1.00) 		1
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.802
(1.00) 		1
(1.00)
SPEG 16 (9%) 156 0.125
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.96
(1.00) 		1
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.33
(1.00) 		1
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.505
(1.00)
TARS2 8 (5%) 164 0.493
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.15
(1.00)
OR2T27 8 (5%) 164 0.233
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.693
(1.00) 		1
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.998
(1.00) 		1
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.092
(1.00) 		1
(1.00)
GPR174 6 (3%) 166 0.516
(1.00) 		0.0537
(1.00) 		0.385
(1.00) 		1
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.00304
(1.00) 		1
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.137
(1.00) 		1
(1.00)
KIF9 7 (4%) 165 0.532
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.00213
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.306
(1.00) 		1
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.73
(1.00) 		1
(1.00)
C1ORF173 25 (15%) 147 0.993
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.0573
(1.00) 		0.0335
(1.00) 		0.921
(1.00) 		1
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.201
(1.00) 		1
(1.00)
CYP1A1 4 (2%) 168 0.95
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00) 		0.815
(1.00) 		1
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.0242
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ENAH 4 (2%) 168 0.482
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.394
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.997
(1.00) 		1
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.712
(1.00) 		1
(1.00)
SH2D2A 6 (3%) 166 0.246
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.497
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.807
(1.00) 		1
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.23
(1.00)
CD5L 12 (7%) 160 0.751
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.095
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.922
(1.00) 		1
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.716
(1.00)
ANKRD56 11 (6%) 161 0.318
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.433
(1.00) 		1
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.0201
(1.00) 		1
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.419
(1.00)
HOXA5 6 (3%) 166 0.148
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.0952
(1.00) 		0.979
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.608
(1.00)
FERD3L 7 (4%) 165 0.0436
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.23
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.289
(1.00)
SIRPB1 6 (3%) 166 0.11
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.0572
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.0856
(1.00) 		1
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.514
(1.00) 		1
(1.00)
COL3A1 22 (13%) 150 0.142
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.767
(1.00) 		1
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.00561
(1.00) 		0.985
(1.00) 		1
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.0705
(1.00) 		0.709
(1.00)
GTF2I 3 (2%) 169 0.0418
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.00172
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RUFY2 6 (3%) 166 0.0928
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.0713
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.909
(1.00) 		1
(1.00)
VPS13C 19 (11%) 153 0.465
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.911
(1.00) 		1
(1.00) 		0.944
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(1.00)
TBX15 11 (6%) 161 0.346
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(1.00) 		1
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(1.00)
XIRP2 47 (27%) 125 0.387
(1.00) 		0.622
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(1.00)
HOXA3 6 (3%) 166 0.723
(1.00) 		0.888
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(1.00)
KDR 20 (12%) 152 0.234
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(1.00)
OR56A4 6 (3%) 166 0.422
(1.00) 		0.72
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(1.00) 		1
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(1.00)
HCK 6 (3%) 166 0.177
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(1.00)
SPTA1 48 (28%) 124 0.134
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(1.00)
BRS3 7 (4%) 165 0.495
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(1.00)
LPPR4 14 (8%) 158 0.711
(1.00) 		0.753
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(1.00) 		1
(1.00)
KDM5C 8 (5%) 164 0.575
(1.00) 		0.754
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(1.00)
TRPC1 7 (4%) 165 0.27
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.702
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(1.00) 		0.723
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(1.00) 		0.15
(1.00)
AOAH 8 (5%) 164 0.852
(1.00) 		0.688
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(1.00) 		1
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(1.00)
C9ORF64 3 (2%) 169 0.563
(1.00) 		0.0499
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.623
(1.00)
ZNF260 4 (2%) 168 0.969
(1.00) 		0.915
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.997
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(1.00)
OLAH 7 (4%) 165 0.52
(1.00) 		0.257
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(1.00) 		0.0684
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.0403
(1.00) 		0.715
(1.00) 		1
(1.00)
GRK5 7 (4%) 165 0.124
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.082
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.339
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.306
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.608
(1.00)
ATM 15 (9%) 157 0.934
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.816
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
C1ORF49 6 (3%) 166 0.64
(1.00) 		0.754
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(1.00)
MFSD8 5 (3%) 167 0.886
(1.00) 		0.0903
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(1.00) 		0.395
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00)
LELP1 3 (2%) 169 0.729
(1.00) 		0.794
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.881
(1.00)
OR4A15 14 (8%) 158 0.698
(1.00) 		0.286
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.848
(1.00)
FCRL4 7 (4%) 165 0.202
(1.00) 		0.937
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(1.00) 		0.0623
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.711
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(1.00)
NT5DC3 5 (3%) 167 0.884
(1.00) 		0.709
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(1.00) 		1
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(1.00)
PTH 3 (2%) 169 0.0105
(1.00) 		0.805
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(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.841
(1.00) 		1
(1.00)
NAALAD2 9 (5%) 163 0.156
(1.00) 		0.524
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(1.00)
C8ORF37 6 (3%) 166 0.988
(1.00) 		0.095
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.982
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(1.00)
IL18RAP 5 (3%) 167 0.0341
(1.00) 		0.271
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.862
(1.00) 		1
(1.00)
STAC3 3 (2%) 169 0.0405
(1.00) 		0.956
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(1.00) 		0.00689
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(1.00) 		1
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(1.00)
TAAR5 7 (4%) 165 0.163
(1.00) 		0.46
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(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.446
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00)
C2ORF39 8 (5%) 164 0.73
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.331
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.401
(1.00)
OR2G2 12 (7%) 160 0.846
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.81
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(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.782
(1.00) 		1
(1.00)
BTK 7 (4%) 165 0.14
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.339
(1.00) 		1
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.995
(1.00) 		1
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.229
(1.00) 		1
(1.00)
ADAMTS2 14 (8%) 158 0.866
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.673
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(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.919
(1.00) 		1
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.848
(1.00)
REG1B 13 (8%) 159 0.499
(1.00) 		0.0653
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.455
(1.00) 		1
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.0902
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.141
(1.00) 		1
(1.00)
COL5A2 18 (10%) 154 0.672
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.045
(1.00) 		0.115
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(1.00) 		0.0552
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.848
(1.00)
NHEDC1 9 (5%) 163 0.177
(1.00) 		0.0893
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(1.00) 		0.437
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(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.000682
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0254
(1.00) 		0.859
(1.00) 		1
(1.00)
DGKB 11 (6%) 161 0.568
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.441
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(1.00) 		0.756
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(1.00) 		0.608
(1.00)
IL1RAPL1 11 (6%) 161 0.956
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.875
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(1.00) 		0.976
(1.00) 		1
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.796
(1.00)
SEMA5A 15 (9%) 157 0.337
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.143
(1.00) 		1
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.117
(1.00)
COL25A1 11 (6%) 161 0.938
(1.00) 		0.995
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(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0331
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.342
(1.00)
BHMT 5 (3%) 167 0.332
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.068
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00)
CXCL6 4 (2%) 168 0.573
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.503
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.869
(1.00) 		1
(1.00)
MUC16 78 (45%) 94 0.433
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.0567
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.0399
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.319
(1.00)
DYDC2 3 (2%) 169 0.781
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.818
(1.00) 		1
(1.00) 		0.578
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CLEC12B 3 (2%) 169 0.3
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.904
(1.00) 		1
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CMA1 4 (2%) 168 0.0842
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.00954
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.479
(1.00) 		1
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.173
(1.00)
AQP10 6 (3%) 166 0.161
(1.00) 		0.00133
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.733
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.0384
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.287
(1.00)
P2RX7 4 (2%) 168 0.815
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.281
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0701
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.0115
(1.00) 		1
(1.00) 		0.509
(1.00)
POLR3B 11 (6%) 161 0.853
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.134
(1.00) 		1
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.994
(1.00) 		1
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.964
(1.00) 		1
(1.00)
NETO1 14 (8%) 158 0.559
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.919
(1.00) 		1
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.979
(1.00) 		1
(1.00)
MGAT4C 7 (4%) 165 0.351
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.00406
(1.00) 		0.23
(1.00)
SLC34A2 8 (5%) 164 0.00218
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.743
(1.00) 		1
(1.00) 		0.924
(1.00) 		1
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.0193
(1.00) 		0.401
(1.00)
NTRK1 7 (4%) 165 0.6
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.00495
(1.00) 		0.00242
(1.00) 		0.0563
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.201
(1.00) 		1
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.416
(1.00)
DYTN 10 (6%) 162 0.393
(1.00) 		0.00184
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.0961
(1.00) 		0.47
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0626
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.151
(1.00) 		1
(1.00)
VEGFC 9 (5%) 163 0.987
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.401
(1.00)
GC 5 (3%) 167 0.348
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.0653
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.99
(1.00) 		1
(1.00)
EHHADH 4 (2%) 168 0.864
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.281
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.997
(1.00) 		1
(1.00) 		0.283
(1.00) 		1
(1.00)
ABCG5 9 (5%) 163 0.00716
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.00216
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.69
(1.00) 		1
(1.00)
'SMARCA4 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 6.16e-07 (Chi-square test), Q value = 0.0013

Table S1.  Gene #10: 'SMARCA4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) CARCINOMA
ALL 2 39 115 1 2 2 2 2 4 1 2
SMARCA4 MUTATED 0 1 9 1 0 0 0 0 0 1 2
SMARCA4 WILD-TYPE 2 38 106 0 2 2 2 2 4 0 0

Figure S1.  Get High-res Image Gene #10: 'SMARCA4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'U2AF1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.19e-08 (Chi-square test), Q value = 2.5e-05

Table S2.  Gene #16: 'U2AF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) CARCINOMA
ALL 2 39 115 1 2 2 2 2 4 1 2
U2AF1 MUTATED 0 2 2 0 0 2 0 0 0 0 0
U2AF1 WILD-TYPE 2 37 113 1 2 0 2 2 4 1 2

Figure S2.  Get High-res Image Gene #16: 'U2AF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'GBA3 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 8.52e-07 (Chi-square test), Q value = 0.0018

Table S3.  Gene #29: 'GBA3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) CARCINOMA
ALL 2 39 115 1 2 2 2 2 4 1 2
GBA3 MUTATED 0 0 5 0 2 0 0 0 1 0 0
GBA3 WILD-TYPE 2 39 110 1 0 2 2 2 3 1 2

Figure S3.  Get High-res Image Gene #29: 'GBA3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'OR13G1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 7.17e-06 (Chi-square test), Q value = 0.015

Table S4.  Gene #149: 'OR13G1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) CARCINOMA
ALL 2 39 115 1 2 2 2 2 4 1 2
OR13G1 MUTATED 0 3 3 0 2 0 0 0 1 0 0
OR13G1 WILD-TYPE 2 36 112 1 0 2 2 2 3 1 2

Figure S4.  Get High-res Image Gene #149: 'OR13G1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'AKR1B10 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 9.35e-06 (Chi-square test), Q value = 0.02

Table S5.  Gene #165: 'AKR1B10 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG CLEAR CELL ADENOCARCINOMA LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG SOLID PATTERN PREDOMINANT ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) CARCINOMA
ALL 2 39 115 1 2 2 2 2 4 1 2
AKR1B10 MUTATED 0 0 2 0 1 1 0 0 0 0 0
AKR1B10 WILD-TYPE 2 39 113 1 1 1 2 2 4 1 2

Figure S5.  Get High-res Image Gene #165: 'AKR1B10 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #9: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'STX2 MUTATION STATUS' versus 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

P value = 2.46e-14 (t-test), Q value = 5.2e-11

Table S6.  Gene #167: 'STX2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 112 40.7 (25.4)
STX2 MUTATED 3 19.7 (0.6)
STX2 WILD-TYPE 109 41.3 (25.5)

Figure S6.  Get High-res Image Gene #167: 'STX2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = LUAD-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 172

  • Number of significantly mutated genes = 179

  • Number of selected clinical features = 13

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[4] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[5] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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