Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Lung Squamous Cell Carcinoma (Primary solid tumor)
16 April 2014  |  analyses__2014_04_16
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doi:10.7908/C19C6W2K
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C19C6W2K
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 80 arm-level events and 13 clinical features across 409 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No arm-level cnvs related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 80 arm-level events and 13 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET COMPLETENESS
OF
RESECTION
nCNV (%) nWild-Type logrank test t-test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test t-test t-test Fisher's exact test
1p gain 78 (19%) 331 0.829
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.0458
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.0552
(1.00) 		1
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.0056
(1.00) 		1
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.439
(1.00)
1q gain 170 (42%) 239 0.304
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.00064
(0.665) 		0.0826
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.505
(1.00)
2p gain 175 (43%) 234 0.123
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.00847
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.0061
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.0832
(1.00) 		0.156
(1.00)
2q gain 115 (28%) 294 0.356
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.00514
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.238
(1.00)
3p gain 88 (22%) 321 0.234
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.0758
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.578
(1.00)
3q gain 257 (63%) 152 0.956
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.00178
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.829
(1.00)
4p gain 26 (6%) 383 0.0681
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.929
(1.00) 		1
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.426
(1.00)
4q gain 18 (4%) 391 0.294
(1.00) 		0.0467
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.795
(1.00) 		1
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.757
(1.00)
5p gain 259 (63%) 150 0.267
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.00997
(1.00)
5q gain 78 (19%) 331 0.406
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.759
(1.00) 		1
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.453
(1.00)
6p gain 90 (22%) 319 0.686
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.0103
(1.00) 		0.223
(1.00) 		1
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.414
(1.00)
6q gain 74 (18%) 335 0.448
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.00346
(1.00) 		0.24
(1.00) 		1
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.77
(1.00)
7p gain 198 (48%) 211 0.0646
(1.00) 		0.0553
(1.00) 		0.0555
(1.00) 		0.000968
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.0365
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.655
(1.00)
7q gain 186 (45%) 223 0.856
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.0865
(1.00) 		0.0401
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.0288
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.0841
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.402
(1.00)
8p gain 106 (26%) 303 0.409
(1.00) 		0.0342
(1.00) 		0.0556
(1.00) 		0.0119
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.0961
(1.00)
8q gain 208 (51%) 201 0.416
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.0201
(1.00) 		0.0988
(1.00) 		0.0975
(1.00) 		0.0636
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.0622
(1.00)
9p gain 45 (11%) 364 0.742
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.05
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.335
(1.00) 		1
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.77
(1.00)
9q gain 75 (18%) 334 0.561
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.0111
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.474
(1.00)
10p gain 59 (14%) 350 0.525
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.689
(1.00) 		1
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.017
(1.00) 		0.403
(1.00)
10q gain 34 (8%) 375 0.308
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.6
(1.00) 		1
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.748
(1.00) 		1
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.0245
(1.00) 		0.684
(1.00)
11p gain 61 (15%) 348 0.835
(1.00) 		0.0781
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.634
(1.00) 		1
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.0242
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.749
(1.00)
11q gain 74 (18%) 335 0.665
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.0805
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.272
(1.00) 		1
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.644
(1.00)
12p gain 185 (45%) 224 0.802
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.00304
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.981
(1.00)
12q gain 126 (31%) 283 0.852
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.0406
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.00308
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.892
(1.00) 		1
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.931
(1.00)
13q gain 31 (8%) 378 0.958
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.561
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0155
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.492
(1.00)
14q gain 102 (25%) 307 0.0238
(1.00) 		0.0389
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.0412
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.165
(1.00) 		1
(1.00) 		0.446
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.899
(1.00)
15q gain 88 (22%) 321 0.659
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.0411
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.888
(1.00)
16p gain 68 (17%) 341 0.426
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.0666
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.238
(1.00) 		1
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.955
(1.00)
16q gain 69 (17%) 340 0.939
(1.00) 		0.0459
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.00957
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.283
(1.00) 		1
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.0896
(1.00) 		0.42
(1.00)
17p gain 53 (13%) 356 0.322
(1.00) 		0.0498
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.00487
(1.00) 		0.0311
(1.00) 		0.749
(1.00)
17q gain 129 (32%) 280 0.625
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0708
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.0015
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.086
(1.00) 		0.651
(1.00)
18p gain 129 (32%) 280 0.333
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.336
(1.00)
18q gain 97 (24%) 312 0.553
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.0772
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.0889
(1.00) 		0.073
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.512
(1.00)
19p gain 91 (22%) 318 0.946
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.698
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0965
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.0458
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.788
(1.00)
19q gain 130 (32%) 279 0.697
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.0489
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.00868
(1.00) 		0.653
(1.00)
20p gain 210 (51%) 199 0.352
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.0689
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.627
(1.00)
20q gain 199 (49%) 210 0.305
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.0173
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.704
(1.00)
21q gain 46 (11%) 363 0.0661
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.0066
(1.00) 		0.0219
(1.00) 		0.0427
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.0491
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.0271
(1.00)
22q gain 184 (45%) 225 0.413
(1.00) 		0.0573
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.0572
(1.00)
xq gain 63 (15%) 346 0.708
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.617
(1.00) 		1
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.444
(1.00)
1p loss 121 (30%) 288 0.421
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.0401
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.0178
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.472
(1.00)
1q loss 48 (12%) 361 0.397
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.123
(1.00)
2p loss 16 (4%) 393 0.667
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.598
(1.00) 		1
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		0.972
(1.00) 		1
(1.00)
2q loss 31 (8%) 378 0.71
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.037
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.624
(1.00)
3p loss 253 (62%) 156 0.454
(1.00) 		0.0874
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.591
(1.00)
3q loss 61 (15%) 348 0.669
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.0583
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.694
(1.00)
4p loss 255 (62%) 154 0.215
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.0888
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.358
(1.00)
4q loss 238 (58%) 171 0.227
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.0826
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.756
(1.00)
5p loss 63 (15%) 346 0.169
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.326
(1.00) 		1
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.325
(1.00)
5q loss 239 (58%) 170 0.304
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.0851
(1.00) 		0.759
(1.00)
6p loss 92 (22%) 317 0.534
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.417
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.347
(1.00)
6q loss 95 (23%) 314 0.537
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.853
(1.00) 		1
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.693
(1.00)
7p loss 50 (12%) 359 0.194
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.98
(1.00) 		1
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.0677
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.109
(1.00)
7q loss 45 (11%) 364 0.422
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.83
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0604
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.634
(1.00)
8p loss 198 (48%) 211 0.443
(1.00) 		0.00902
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.0984
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.98
(1.00)
8q loss 37 (9%) 372 0.905
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.0689
(1.00) 		0.313
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.0702
(1.00) 		0.716
(1.00)
9p loss 256 (63%) 153 0.712
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		1
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.98
(1.00)
9q loss 195 (48%) 214 0.921
(1.00) 		0.00135
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.0878
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.0288
(1.00) 		0.712
(1.00)
10p loss 177 (43%) 232 0.64
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.0911
(1.00) 		0.386
(1.00)
10q loss 186 (45%) 223 0.698
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.157
(1.00)
11p loss 141 (34%) 268 0.871
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.406
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(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.262
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(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.709
(1.00)
11q loss 117 (29%) 292 0.424
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		0.846
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(1.00) 		0.168
(1.00) 		1
(1.00) 		0.697
(1.00) 		1
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.121
(1.00)
12p loss 31 (8%) 378 0.575
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.641
(1.00) 		1
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.0462
(1.00) 		0.611
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(1.00) 		0.768
(1.00)
12q loss 38 (9%) 371 0.88
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.0474
(1.00) 		1
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.676
(1.00) 		1
(1.00)
13q loss 246 (60%) 163 0.145
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.0082
(1.00) 		1
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.622
(1.00)
14q loss 138 (34%) 271 0.254
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.108
(1.00) 		1
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.476
(1.00)
15q loss 109 (27%) 300 0.909
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.0232
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.724
(1.00)
16p loss 126 (31%) 283 0.117
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.0451
(1.00) 		1
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.415
(1.00)
16q loss 145 (35%) 264 0.297
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.0582
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.365
(1.00)
17p loss 234 (57%) 175 0.557
(1.00) 		0.0104
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.0535
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.0832
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.00843
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.576
(1.00)
17q loss 76 (19%) 333 0.686
(1.00) 		0.0776
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.0285
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.0134
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.0741
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.929
(1.00)
18p loss 108 (26%) 301 0.689
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.0813
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.874
(1.00)
18q loss 144 (35%) 265 0.632
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.445
(1.00)
19p loss 136 (33%) 273 0.116
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.0142
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.0137
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.728
(1.00)
19q loss 89 (22%) 320 0.764
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.039
(1.00) 		0.00633
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.0789
(1.00) 		0.0114
(1.00) 		0.452
(1.00)
20p loss 37 (9%) 372 0.396
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.449
(1.00) 		1
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.559
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.45
(1.00)
20q loss 41 (10%) 368 0.953
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.292
(1.00)
21q loss 217 (53%) 192 0.525
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.0537
(1.00) 		0.000264
(0.274) 		0.885
(1.00) 		0.439
(1.00) 		1
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.473
(1.00)
22q loss 75 (18%) 334 0.776
(1.00) 		0.0175
(1.00) 		0.096
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.0161
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.0286
(1.00) 		0.663
(1.00)
xq loss 87 (21%) 322 0.682
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.0397
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.829
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = LUSC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 409

  • Number of significantly arm-level cnvs = 80

  • Number of selected clinical features = 13

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[4] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[5] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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