Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nMutated (%)	nWild-Type	Chi-square test_P	Chi-square test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Chi-square test_P	Chi-square test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
PIK3CA	48 (22%)	172	0.00026322	0.049	0.00017145	0.0326	0.014315	1	0.00033845	0.0626	0.00092428	0.166	3.9692e-05	0.00766	0.0050806	0.838	0.017147	1	0.017857	1	0.0031159	0.536
PGM5	22 (10%)	198	0.0061885	1	6.2526e-06	0.00124	0.15311	1	0.028274	1	0.00097353	0.174	0.0023791	0.419	0.27632	1	0.028973	1	0.11707	1	0.017084	1
KRAS	25 (11%)	195	0.00080696	0.147	0.49219	1	0.55664	1	0.9205	1	0.21602	1	0.026161	1	0.16358	1	0.5054	1	0.097317	1	0.91192	1
CBWD1	28 (13%)	192	1.8478e-05	0.00362	1.7611e-07	3.5e-05	7.8503e-05	0.0151	0.0046641	0.779	9.9415e-05	0.019	0.0037078	0.63	0.028424	1	0.0079097	1	0.2378	1	0.00018015	0.034
TP53	99 (45%)	121	4.5991e-10	9.2e-08	0.00023075	0.0434	0.17041	1	0.85535	1	0.00026051	0.0487	0.00037514	0.069	0.032674	1	1.287e-05	0.00254	0.20353	1	2.3286e-05	0.00454
ARID1A	41 (19%)	179	3.0504e-05	0.00592	0.099249	1	0.0151	1	0.063734	1	0.00073826	0.135	0.0099559	1	0.086122	1	0.0060849	0.995	0.88299	1	0.1616	1
SMAD4	19 (9%)	201	0.70106	1	1	1	0.063951	1	0.73546	1	0.0038704	0.654	0.19336	1	0.20087	1	0.15717	1	0.53123	1	0.5356	1
RHOA	13 (6%)	207	0.1825	1	0.17585	1	0.87167	1	0.85963	1	0.55849	1	0.053139	1	0.0035008	0.599	0.084823	1	0.002681	0.464	0.038017	1
IRF2	14 (6%)	206	0.19777	1	0.28013	1	0.064127	1	0.76443	1	0.20987	1	0.63167	1	0.030143	1	0.024374	1	0.12305	1	0.086552	1
CDH1	18 (8%)	202	0.079231	1	0.49412	1	0.57413	1	0.64016	1	0.11012	1	0.057494	1	0.026053	1	0.049472	1	0.079127	1	0.12312	1
PTEN	14 (6%)	206	0.023501	1	0.28013	1	0.0043428	0.73	0.01012	1	0.00083343	0.151	0.01205	1	0.15779	1	0.011991	1	0.28813	1	0.0060651	0.995
FBXW7	19 (9%)	201	0.07661	1	0.017489	1	0.0018208	0.322	0.014162	1	0.0074284	1	0.32254	1	0.15524	1	0.069646	1	0.0094882	1	0.0025551	0.445
B2M	8 (4%)	212	0.056718	1	0.012992	1	0.086053	1	0.69477	1	0.05134	1	0.30015	1	0.35529	1	0.14924	1	0.59826	1	0.10345	1
FAM46D	6 (3%)	214	0.46673	1	0.74243	1	0.74422	1	0.10939	1	0.10332	1	1	1	0.77512	1	0.66964	1	1	1	0.71446	1
RNF43	9 (4%)	211	0.36353	1	0.88148	1	0.57661	1	0.11269	1	0.27282	1	0.79778	1	0.63352	1	0.18134	1	0.87838	1	0.274	1
APC	33 (15%)	187	0.73493	1	0.046833	1	0.075492	1	0.090866	1	0.30248	1	0.0024769	0.433	0.012449	1	0.0049928	0.829	0.060018	1	0.0098889	1
WSB2	7 (3%)	213	0.30523	1	0.075858	1	0.086053	1	0.062889	1	0.12635	1	0.029127	1	0.0014414	0.257	0.06497	1	0.1321	1	0.046448	1
MAP2K7	14 (6%)	206	0.050375	1	0.061393	1	0.82136	1	0.76443	1	0.05007	1	0.48847	1	0.15779	1	0.096363	1	0.79117	1	0.26085	1
TRPS1	30 (14%)	190	0.51663	1	0.017416	1	0.11089	1	0.11795	1	0.023316	1	0.23514	1	0.33154	1	0.66465	1	0.51642	1	0.11807	1
C13ORF33	6 (3%)	214	0.14272	1	0.0094307	1	0.015222	1	0.086124	1	0.14087	1	0.45982	1	0.51462	1	0.44047	1	0.21551	1	0.274	1