Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 125 genes and 7 clinical features across 56 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • NEFH mutation correlated to 'Time to Death'.

  • PTX4 mutation correlated to 'Time to Death'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 125 genes and 7 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		GENDER ETHNICITY
nMutated (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
NEFH 5 (9%) 51 0.000236
(0.2) 		0.307
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.465
(1.00) 		1
(1.00) 		0.145
(1.00)
PTX4 3 (5%) 53 0.000239
(0.203) 		0.267
(1.00) 		0.0263
(1.00) 		0.0725
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZFPM1 23 (41%) 33 0.175
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.777
(1.00) 		1
(1.00)
LACTB 17 (30%) 39 0.651
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.0765
(1.00) 		1
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.646
(1.00)
CCDC102A 16 (29%) 40 0.193
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.161
(1.00) 		1
(1.00) 		0.639
(1.00)
ZNF517 11 (20%) 45 0.621
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.736
(1.00) 		1
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.545
(1.00)
TOR3A 11 (20%) 45 0.575
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.481
(1.00) 		1
(1.00)
USP42 13 (23%) 43 0.355
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.627
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CLDN23 10 (18%) 46 0.992
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.545
(1.00)
TP53 11 (20%) 45 0.0356
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.406
(1.00) 		1
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.574
(1.00)
KCNK17 8 (14%) 48 0.293
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.145
(1.00)
LZTR1 4 (7%) 52 0.159
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.598
(1.00) 		1
(1.00)
APOE 5 (9%) 51 0.676
(1.00) 		0.139
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		1
(1.00) 		0.324
(1.00)
CCDC105 6 (11%) 50 0.499
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.0857
(1.00) 		1
(1.00)
RINL 7 (12%) 49 0.373
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.537
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.253
(1.00)
MAL2 9 (16%) 47 0.342
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.0212
(1.00) 		0.29
(1.00)
LRIG1 14 (25%) 42 0.566
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.639
(1.00)
C19ORF10 6 (11%) 50 0.236
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.652
(1.00) 		1
(1.00)
C10ORF95 6 (11%) 50 0.559
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.551
(1.00)
SYT8 5 (9%) 51 0.394
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.652
(1.00) 		1
(1.00)
IDUA 8 (14%) 48 0.424
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00) 		0.551
(1.00)
HHIPL1 6 (11%) 50 0.291
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.397
(1.00) 		1
(1.00)
ASPDH 8 (14%) 48 0.803
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.00714
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00)
C1ORF106 8 (14%) 48 0.222
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.545
(1.00)
THEM4 4 (7%) 52 0.342
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.308
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CTNNB1 6 (11%) 50 0.468
(1.00) 		0.0803
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.0857
(1.00) 		0.551
(1.00)
GDF1 4 (7%) 52 0.136
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.585
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00) 		1
(1.00)
TSC22D2 8 (14%) 48 0.115
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00)
ZAR1 11 (20%) 45 0.528
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.0769
(1.00) 		0.545
(1.00)
RGS9BP 7 (12%) 49 0.849
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.0312
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.444
(1.00)
OPRD1 11 (20%) 45 0.767
(1.00) 		0.265
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.299
(1.00) 		1
(1.00)
C16ORF3 5 (9%) 51 0.329
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.155
(1.00) 		1
(1.00)
FPGS 5 (9%) 51 0.786
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.465
(1.00) 		1
(1.00) 		0.551
(1.00)
PLIN5 5 (9%) 51 0.39
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.92
(1.00) 		1
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.444
(1.00)
IRX3 4 (7%) 52 0.874
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.457
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TRIOBP 10 (18%) 46 0.431
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.881
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0732
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.639
(1.00)
KRTAP4-5 4 (7%) 52 0.185
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.261
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ATXN1 9 (16%) 47 0.822
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.507
(1.00) 		1
(1.00) 		0.146
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF628 6 (11%) 50 0.241
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.391
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.444
(1.00)
WDR34 5 (9%) 51 0.497
(1.00) 		0.625
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0406
(1.00) 		1
(1.00)
BTBD11 5 (9%) 51 0.539
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.0108
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.652
(1.00) 		1
(1.00)
GARS 17 (30%) 39 0.1
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.0174
(1.00) 		0.0161
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.639
(1.00)
ZNF598 10 (18%) 46 0.3
(1.00) 		0.0689
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.0223
(1.00) 		0.253
(1.00)
BHLHE22 5 (9%) 51 0.259
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0925
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.253
(1.00)
PTPLA 3 (5%) 53 0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.486
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.444
(1.00)
CD320 4 (7%) 52 0.951
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.574
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.145
(1.00)
KIAA1984 3 (5%) 53 0.919
(1.00) 		0.308
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.444
(1.00)
TPO 10 (18%) 46 0.416
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.0732
(1.00) 		0.72
(1.00) 		1
(1.00)
AATK 5 (9%) 51 0.502
(1.00) 		0.0771
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.652
(1.00) 		1
(1.00)
PANK2 4 (7%) 52 0.00214
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.576
(1.00) 		1
(1.00) 		0.108
(1.00) 		1
(1.00)
SNED1 6 (11%) 50 0.716
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.551
(1.00)
CCDC150 4 (7%) 52 0.135
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.0857
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.391
(1.00) 		1
(1.00) 		0.145
(1.00)
ERCC2 10 (18%) 46 0.596
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.315
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RREB1 4 (7%) 52 0.354
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.25
(1.00)
RNF39 5 (9%) 51 0.842
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.391
(1.00) 		1
(1.00) 		0.444
(1.00)
SEMA5B 6 (11%) 50 0.915
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.165
(1.00) 		1
(1.00)
TAF5 3 (5%) 53 0.333
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.25
(1.00)
SARM1 6 (11%) 50 0.101
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.2
(1.00) 		1
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.145
(1.00)
PRSS27 3 (5%) 53 0.134
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.809
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.0556
(1.00)
TMEM189 3 (5%) 53 0.392
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.444
(1.00)
NOXA1 4 (7%) 52 0.803
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.288
(1.00) 		1
(1.00)
LRP11 4 (7%) 52 0.154
(1.00) 		0.0747
(1.00) 		0.849
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00) 		1
(1.00)
RNF149 3 (5%) 53 0.226
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.299
(1.00) 		1
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00)
DMKN 3 (5%) 53 0.163
(1.00) 		0.326
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FANK1 3 (5%) 53 0.822
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.00829
(1.00) 		0.0514
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.551
(1.00)
MUC5B 19 (34%) 37 0.991
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.674
(1.00)
GLTPD2 6 (11%) 50 0.494
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.832
(1.00) 		1
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.25
(1.00)
MEN1 5 (9%) 51 0.116
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.0859
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.391
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SRPX 3 (5%) 53 0.792
(1.00) 		0.884
(1.00) 		1
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00)
MAP1S 5 (9%) 51 0.724
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.324
(1.00) 		1
(1.00)
SCRT1 3 (5%) 53 0.0355
(1.00) 		0.184
(1.00) 		1
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00)
OBSCN 18 (32%) 38 0.64
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.0756
(1.00) 		0.56
(1.00) 		1
(1.00)
IER5 3 (5%) 53 0.501
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.0723
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00)
TNIP2 5 (9%) 51 0.134
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		1
(1.00) 		0.551
(1.00)
NOTCH2 5 (9%) 51 0.937
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.391
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RASIP1 7 (12%) 49 0.0225
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.321
(1.00) 		1
(1.00) 		0.403
(1.00) 		1
(1.00)
NMU 4 (7%) 52 0.134
(1.00) 		0.39
(1.00) 		1
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.444
(1.00)
VARS 6 (11%) 50 0.821
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.365
(1.00) 		1
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.0376
(1.00)
HSD17B1 4 (7%) 52 0.657
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.458
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.444
(1.00)
COQ2 4 (7%) 52 0.628
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.667
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KNDC1 9 (16%) 47 0.628
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.196
(1.00) 		1
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.551
(1.00)
AR 4 (7%) 52 0.105
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.391
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KCTD3 3 (5%) 53 0.536
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KRTAP5-5 3 (5%) 53 0.00164
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.809
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
AKAP2 4 (7%) 52 0.874
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.882
(1.00) 		1
(1.00) 		0.108
(1.00)
KBTBD13 9 (16%) 47 0.423
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.146
(1.00) 		1
(1.00)
SPIRE2 3 (5%) 53 0.871
(1.00) 		0.0806
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.223
(1.00) 		1
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.25
(1.00)
NPTX1 3 (5%) 53 0.961
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.486
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00) 		1
(1.00)
ADAD2 3 (5%) 53 0.848
(1.00) 		0.942
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00)
SEZ6L2 5 (9%) 51 0.815
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.551
(1.00)
AMDHD1 10 (18%) 46 0.935
(1.00) 		0.0239
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.281
(1.00) 		1
(1.00)
GLTSCR2 4 (7%) 52 0.644
(1.00) 		0.209
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.108
(1.00) 		1
(1.00)
PLEC 10 (18%) 46 0.332
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.585
(1.00) 		1
(1.00) 		0.139
(1.00) 		1
(1.00)
MAP7 3 (5%) 53 0.91
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DSPP 9 (16%) 47 0.793
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.639
(1.00)
CRIPAK 8 (14%) 48 0.905
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00)
PRKAR1A 6 (11%) 50 0.633
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.0857
(1.00) 		0.444
(1.00)
CYP4A22 3 (5%) 53 0.0575
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.806
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.444
(1.00)
NOM1 5 (9%) 51 0.657
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.222
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C12ORF65 3 (5%) 53 0.000684
(0.58) 		0.251
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.0701
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00)
HLA-B 6 (11%) 50 0.11
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.92
(1.00) 		1
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.165
(1.00) 		1
(1.00)
CSGALNACT2 3 (5%) 53 0.746
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.726
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00)
UQCRFS1 5 (9%) 51 0.296
(1.00) 		0.0541
(1.00) 		0.0979
(1.00) 		0.0473
(1.00) 		0.465
(1.00) 		1
(1.00) 		0.253
(1.00)
PDCD6 3 (5%) 53 0.963
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.00862
(1.00) 		0.00676
(1.00) 		0.308
(1.00) 		1
(1.00) 		0.25
(1.00)
POLRMT 4 (7%) 52 0.156
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.35
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00)
NF1 7 (12%) 49 0.286
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.801
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00455
(1.00) 		1
(1.00)
ADAMTS7 4 (7%) 52 0.168
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.351
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CLIC6 4 (7%) 52 0.43
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.667
(1.00) 		1
(1.00) 		0.288
(1.00) 		1
(1.00)
EMR2 4 (7%) 52 0.853
(1.00) 		0.0371
(1.00) 		0.723
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.108
(1.00) 		1
(1.00)
PCDHB13 4 (7%) 52 0.667
(1.00) 		0.0343
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.0959
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.0556
(1.00)
HLA-A 3 (5%) 53 0.315
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.392
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.25
(1.00)
ASB16 4 (7%) 52 0.612
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GPRIN2 7 (12%) 49 0.988
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HNRNPCL1 3 (5%) 53 0.649
(1.00) 		1
(1.00) 		0.81
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BTNL9 3 (5%) 53 0.755
(1.00) 		0.757
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KCNJ11 4 (7%) 52 0.496
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.0851
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		0.598
(1.00) 		1
(1.00)
LRRC4B 6 (11%) 50 0.263
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.39
(1.00) 		1
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.545
(1.00)
OPLAH 3 (5%) 53 0.174
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.148
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MADCAM1 3 (5%) 53 0.514
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.444
(1.00)
MSH3 3 (5%) 53 0.0412
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.0729
(1.00) 		0.148
(1.00) 		1
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00)
UTS2R 3 (5%) 53 0.453
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.584
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SMG1 3 (5%) 53 0.767
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.308
(1.00) 		1
(1.00) 		0.551
(1.00)
FEZ2 3 (5%) 53 0.722
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.308
(1.00) 		1
(1.00) 		0.551
(1.00)
GLI3 5 (9%) 51 0.288
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.0416
(1.00) 		0.0233
(1.00) 		1
(1.00) 		0.652
(1.00) 		1
(1.00)
NOL9 3 (5%) 53 0.878
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00)
'NEFH MUTATION STATUS' versus 'Time to Death'

P value = 0.000236 (logrank test), Q value = 0.2

Table S1.  Gene #89: 'NEFH MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 55 20 4.1 - 153.6 (36.3)
NEFH MUTATED 5 4 4.9 - 32.7 (15.4)
NEFH WILD-TYPE 50 16 4.1 - 153.6 (40.0)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #89: 'NEFH MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

'PTX4 MUTATION STATUS' versus 'Time to Death'

P value = 0.000239 (logrank test), Q value = 0.2

Table S2.  Gene #104: 'PTX4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 55 20 4.1 - 153.6 (36.3)
PTX4 MUTATED 3 3 5.2 - 30.3 (18.1)
PTX4 WILD-TYPE 52 17 4.1 - 153.6 (39.5)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #104: 'PTX4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = ACC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 56

  • Number of significantly mutated genes = 125

  • Number of selected clinical features = 7

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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