Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 80 arm-level events and 41 clinical features across 176 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No arm-level cnvs related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 80 arm-level events and 41 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features
Time
to
Death
AGE PATHOLOGY
T
STAGE
PATHOLOGY
N
STAGE
PATHOLOGY
M
STAGE
HISTOLOGICAL
TYPE
RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION
NUMBERPACKYEARSSMOKED NUMBER
OF
LYMPH
NODES
RACE ETHNICITY WEIGHT
KG
AT
DIAGNOSIS
TUMOR
STATUS
TUMOR
SAMPLE
PROCUREMENT
COUNTRY
NEOPLASMHISTOLOGICGRADE TOBACCO
SMOKING
YEAR
STOPPED
TOBACCO
SMOKING
PACK
YEARS
SMOKED
TOBACCO
SMOKING
HISTORY
PATIENT
AGEBEGANSMOKINGINYEARS
RADIATION
THERAPY
TYPE
RADIATION
ADJUVANT
UNITS
PREGNANCIES
COUNT
TOTAL
PREGNANCIES
COUNT
STILLBIRTH
PATIENT
PATIENTPREGNANCYSPONTANEOUSABORTIONCOUNT
PREGNANCIES
COUNT
LIVE
BIRTH
PATIENT
PATIENTPREGNANCYTHERAPEUTICABORTIONCOUNT
PREGNANCIES
COUNT
ECTOPIC
LOCATION
OF
POSITIVE
MARGINS
MENOPAUSE
STATUS
LYMPHOVASCULAR
INVOLVEMENT
LYMPH
NODES
EXAMINED
HE
COUNT
LYMPH
NODES
EXAMINED
KERATINIZATION
SQUAMOUS
CELL
INITIAL
PATHOLOGIC
DX
YEAR
HYSTERECTOMY
TYPE
HISTORY
HORMONAL
CONTRACEPTIVES
USE
HEIGHT
CM
AT
DIAGNOSIS
CORPUS
INVOLVEMENT
CERVIX
SUV
RESULTS
AJCC
TUMOR
PATHOLOGIC
PT
AGE
AT
DIAGNOSIS
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test
1p gain 54 (31%) 122 0.667
(1.00)
0.36
(1.00)
0.305
(1.00)
0.681
(1.00)
0.445
(1.00)
0.217
(1.00)
1
(1.00)
0.648
(1.00)
0.419
(1.00)
0.446
(1.00)
0.172
(1.00)
0.219
(1.00)
0.76
(1.00)
0.416
(1.00)
0.317
(1.00)
0.892
(1.00)
0.648
(1.00)
0.765
(1.00)
0.914
(1.00)
0.172
(1.00)
1
(1.00)
0.977
(1.00)
0.266
(1.00)
0.958
(1.00)
0.912
(1.00)
0.944
(1.00)
0.777
(1.00)
0.392
(1.00)
0.241
(1.00)
1
(1.00)
0.419
(1.00)
0.362
(1.00)
0.83
(1.00)
0.49
(1.00)
0.207
(1.00)
0.392
(1.00)
0.274
(1.00)
0.751
(1.00)
0.903
(1.00)
0.259
(1.00)
0.292
(1.00)
1q gain 83 (47%) 93 0.976
(1.00)
0.925
(1.00)
0.0911
(1.00)
0.449
(1.00)
0.618
(1.00)
0.747
(1.00)
0.404
(1.00)
0.899
(1.00)
0.601
(1.00)
0.0542
(1.00)
0.345
(1.00)
0.0786
(1.00)
0.787
(1.00)
0.197
(1.00)
0.255
(1.00)
0.589
(1.00)
0.899
(1.00)
0.574
(1.00)
1
(1.00)
0.0732
(1.00)
0.505
(1.00)
0.939
(1.00)
0.225
(1.00)
0.544
(1.00)
0.633
(1.00)
0.687
(1.00)
0.397
(1.00)
0.182
(1.00)
0.687
(1.00)
0.85
(1.00)
0.601
(1.00)
0.499
(1.00)
0.543
(1.00)
0.768
(1.00)
0.631
(1.00)
0.858
(1.00)
0.0287
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0694
(1.00)
0.998
(1.00)
2p gain 35 (20%) 141 0.239
(1.00)
0.28
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.804
(1.00)
0.461
(1.00)
1
(1.00)
0.44
(1.00)
0.992
(1.00)
0.301
(1.00)
0.689
(1.00)
0.0189
(1.00)
0.494
(1.00)
1
(1.00)
0.637
(1.00)
0.9
(1.00)
0.44
(1.00)
0.775
(1.00)
0.428
(1.00)
0.784
(1.00)
1
(1.00)
0.958
(1.00)
0.238
(1.00)
0.336
(1.00)
0.446
(1.00)
0.625
(1.00)
0.0288
(1.00)
0.849
(1.00)
1
(1.00)
0.156
(1.00)
0.992
(1.00)
0.936
(1.00)
0.586
(1.00)
0.52
(1.00)
0.775
(1.00)
0.109
(1.00)
0.715
(1.00)
0.251
(1.00)
0.107
(1.00)
0.304
(1.00)
2q gain 24 (14%) 152 0.0358
(1.00)
0.38
(1.00)
1
(1.00)
0.555
(1.00)
0.739
(1.00)
0.888
(1.00)
1
(1.00)
0.447
(1.00)
0.31
(1.00)
0.845
(1.00)
0.359
(1.00)
0.093
(1.00)
0.209
(1.00)
0.88
(1.00)
0.508
(1.00)
0.447
(1.00)
0.254
(1.00)
0.41
(1.00)
0.391
(1.00)
0.581
(1.00)
0.339
(1.00)
0.627
(1.00)
0.257
(1.00)
0.773
(1.00)
0.0467
(1.00)
0.738
(1.00)
0.0263
(1.00)
0.31
(1.00)
0.82
(1.00)
0.769
(1.00)
0.644
(1.00)
1
(1.00)
0.345
(1.00)
0.482
(1.00)
0.155
(1.00)
0.641
(1.00)
0.402
(1.00)
3p gain 45 (26%) 131 0.0544
(1.00)
0.858
(1.00)
0.823
(1.00)
0.268
(1.00)
0.791
(1.00)
0.493
(1.00)
0.154
(1.00)
0.636
(1.00)
0.142
(1.00)
0.863
(1.00)
0.717
(1.00)
0.282
(1.00)
0.039
(1.00)
0.19
(1.00)
0.0483
(1.00)
0.949
(1.00)
0.636
(1.00)
0.58
(1.00)
0.475
(1.00)
0.375
(1.00)
0.396
(1.00)
0.93
(1.00)
0.526
(1.00)
0.809
(1.00)
0.387
(1.00)
0.195
(1.00)
0.66
(1.00)
0.326
(1.00)
0.49
(1.00)
0.179
(1.00)
0.142
(1.00)
0.324
(1.00)
0.821
(1.00)
0.142
(1.00)
0.65
(1.00)
1
(1.00)
0.733
(1.00)
0.46
(1.00)
0.54
(1.00)
0.725
(1.00)
0.897
(1.00)
3q gain 104 (59%) 72 0.875
(1.00)
0.827
(1.00)
0.702
(1.00)
0.0192
(1.00)
0.081
(1.00)
0.0186
(1.00)
0.0107
(1.00)
0.541
(1.00)
0.0404
(1.00)
0.804
(1.00)
0.353
(1.00)
0.0052
(1.00)
0.771
(1.00)
0.746
(1.00)
0.592
(1.00)
0.365
(1.00)
0.541
(1.00)
0.954
(1.00)
0.941
(1.00)
0.124
(1.00)
1
(1.00)
0.768
(1.00)
0.545
(1.00)
0.72
(1.00)
0.879
(1.00)
0.938
(1.00)
0.788
(1.00)
0.896
(1.00)
0.157
(1.00)
0.188
(1.00)
0.0404
(1.00)
0.259
(1.00)
0.53
(1.00)
0.201
(1.00)
0.0473
(1.00)
0.773
(1.00)
0.595
(1.00)
0.771
(1.00)
0.35
(1.00)
0.89
(1.00)
4p gain 6 (3%) 170 0.478
(1.00)
0.997
(1.00)
0.557
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.366
(1.00)
1
(1.00)
0.856
(1.00)
0.811
(1.00)
1
(1.00)
0.838
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.396
(1.00)
0.165
(1.00)
0.134
(1.00)
0.398
(1.00)
1
(1.00)
0.856
(1.00)
0.816
(1.00)
0.583
(1.00)
0.46
(1.00)
0.187
(1.00)
0.681
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
4q gain 7 (4%) 169 0.358
(1.00)
0.417
(1.00)
0.673
(1.00)
1
(1.00)
0.494
(1.00)
0.321
(1.00)
0.597
(1.00)
0.929
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.382
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.523
(1.00)
0.516
(1.00)
0.396
(1.00)
0.227
(1.00)
0.315
(1.00)
0.463
(1.00)
0.209
(1.00)
0.929
(1.00)
0.973
(1.00)
1
(1.00)
0.891
(1.00)
0.0499
(1.00)
0.926
(1.00)
1
(1.00)
0.951
(1.00)
0.413
(1.00)
5p gain 61 (35%) 115 0.535
(1.00)
0.573
(1.00)
0.295
(1.00)
0.833
(1.00)
0.71
(1.00)
0.514
(1.00)
0.382
(1.00)
0.127
(1.00)
0.769
(1.00)
0.93
(1.00)
0.509
(1.00)
0.798
(1.00)
0.571
(1.00)
0.444
(1.00)
0.0586
(1.00)
0.211
(1.00)
0.127
(1.00)
0.903
(1.00)
0.879
(1.00)
0.0622
(1.00)
0.538
(1.00)
0.465
(1.00)
0.363
(1.00)
0.288
(1.00)
0.138
(1.00)
0.0909
(1.00)
0.516
(1.00)
1
(1.00)
0.385
(1.00)
0.836
(1.00)
0.769
(1.00)
0.114
(1.00)
0.288
(1.00)
0.622
(1.00)
0.829
(1.00)
0.272
(1.00)
0.996
(1.00)
0.736
(1.00)
0.897
(1.00)
0.0683
(1.00)
0.491
(1.00)
5q gain 29 (16%) 147 0.669
(1.00)
0.17
(1.00)
1
(1.00)
0.555
(1.00)
1
(1.00)
0.759
(1.00)
0.576
(1.00)
0.794
(1.00)
0.976
(1.00)
0.604
(1.00)
1
(1.00)
0.962
(1.00)
1
(1.00)
0.501
(1.00)
0.735
(1.00)
0.529
(1.00)
0.794
(1.00)
0.936
(1.00)
0.918
(1.00)
0.131
(1.00)
1
(1.00)
0.901
(1.00)
0.866
(1.00)
0.198
(1.00)
0.37
(1.00)
0.317
(1.00)
0.739
(1.00)
0.623
(1.00)
0.0875
(1.00)
0.783
(1.00)
0.976
(1.00)
0.247
(1.00)
0.385
(1.00)
0.722
(1.00)
1
(1.00)
0.841
(1.00)
0.793
(1.00)
0.355
(1.00)
0.244
(1.00)
0.183
(1.00)
6p gain 35 (20%) 141 0.265
(1.00)
0.717
(1.00)
0.463
(1.00)
1
(1.00)
0.293
(1.00)
0.563
(1.00)
0.433
(1.00)
0.909
(1.00)
0.864
(1.00)
0.906
(1.00)
0.692
(1.00)
0.551
(1.00)
0.023
(1.00)
0.224
(1.00)
0.0924
(1.00)
0.609
(1.00)
0.909
(1.00)
0.728
(1.00)
0.388
(1.00)
0.464
(1.00)
1
(1.00)
0.917
(1.00)
0.497
(1.00)
0.0833
(1.00)
0.505
(1.00)
0.35
(1.00)
0.105
(1.00)
0.691
(1.00)
0.81
(1.00)
0.864
(1.00)
0.791
(1.00)
0.79
(1.00)
0.125
(1.00)
0.0683
(1.00)
0.323
(1.00)
0.695
(1.00)
0.211
(1.00)
0.366
(1.00)
0.682
(1.00)
6q gain 21 (12%) 155 0.0935
(1.00)
0.63
(1.00)
0.131
(1.00)
0.764
(1.00)
0.172
(1.00)
0.342
(1.00)
0.328
(1.00)
0.831
(1.00)
0.313
(1.00)
0.968
(1.00)
0.617
(1.00)
0.363
(1.00)
0.0625
(1.00)
0.226
(1.00)
0.083
(1.00)
0.867
(1.00)
0.831
(1.00)
0.372
(1.00)
0.169
(1.00)
0.681
(1.00)
1
(1.00)
0.533
(1.00)
0.916
(1.00)
0.589
(1.00)
0.308
(1.00)
0.41
(1.00)
0.229
(1.00)
0.491
(1.00)
0.532
(1.00)
0.313
(1.00)
0.591
(1.00)
0.752
(1.00)
0.225
(1.00)
1
(1.00)
0.717
(1.00)
0.958
(1.00)
0.313
(1.00)
0.524
(1.00)
0.604
(1.00)
7p gain 23 (13%) 153 0.866
(1.00)
0.226
(1.00)
0.543
(1.00)
0.752
(1.00)
0.847
(1.00)
0.956
(1.00)
0.759
(1.00)
0.19
(1.00)
0.995
(1.00)
0.893
(1.00)
0.649
(1.00)
0.925
(1.00)
0.26
(1.00)
0.711
(1.00)
0.139
(1.00)
0.19
(1.00)
0.768
(1.00)
0.453
(1.00)
0.292
(1.00)
1
(1.00)
0.985
(1.00)
0.727
(1.00)
0.734
(1.00)
0.285
(1.00)
0.158
(1.00)
0.954
(1.00)
0.55
(1.00)
0.326
(1.00)
0.995
(1.00)
0.605
(1.00)
0.769
(1.00)
0.201
(1.00)
1
(1.00)
0.715
(1.00)
0.0528
(1.00)
0.633
(1.00)
0.272
(1.00)
0.24
(1.00)
7q gain 22 (12%) 154 0.312
(1.00)
0.093
(1.00)
0.349
(1.00)
0.752
(1.00)
1
(1.00)
0.836
(1.00)
0.114
(1.00)
0.885
(1.00)
0.554
(1.00)
0.566
(1.00)
1
(1.00)
0.917
(1.00)
1
(1.00)
0.436
(1.00)
0.347
(1.00)
0.0127
(1.00)
0.885
(1.00)
0.249
(1.00)
0.913
(1.00)
0.125
(1.00)
1
(1.00)
0.751
(1.00)
0.866
(1.00)
0.498
(1.00)
0.573
(1.00)
0.0797
(1.00)
0.213
(1.00)
0.602
(1.00)
1
(1.00)
0.554
(1.00)
0.898
(1.00)
0.38
(1.00)
0.0111
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.187
(1.00)
1
(1.00)
0.558
(1.00)
0.1
(1.00)
8p gain 28 (16%) 148 0.638
(1.00)
0.025
(1.00)
1
(1.00)
0.804
(1.00)
1
(1.00)
0.898
(1.00)
0.775
(1.00)
0.652
(1.00)
0.756
(1.00)
0.604
(1.00)
0.211
(1.00)
0.863
(1.00)
1
(1.00)
0.205
(1.00)
0.662
(1.00)
0.946
(1.00)
0.652
(1.00)
0.701
(1.00)
0.879
(1.00)
0.642
(1.00)
0.341
(1.00)
0.344
(1.00)
1
(1.00)
0.63
(1.00)
0.278
(1.00)
0.758
(1.00)
0.298
(1.00)
0.527
(1.00)
1
(1.00)
0.756
(1.00)
0.362
(1.00)
0.192
(1.00)
0.924
(1.00)
0.558
(1.00)
0.324
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.273
(1.00)
0.0281
(1.00)
8q gain 47 (27%) 129 0.923
(1.00)
0.0177
(1.00)
1
(1.00)
0.668
(1.00)
0.682
(1.00)
0.159
(1.00)
0.352
(1.00)
0.912
(1.00)
0.746
(1.00)
0.58
(1.00)
0.728
(1.00)
0.519
(1.00)
1
(1.00)
0.694
(1.00)
0.331
(1.00)
0.447
(1.00)
0.912
(1.00)
0.747
(1.00)
0.789
(1.00)
0.506
(1.00)
0.396
(1.00)
0.995
(1.00)
0.638
(1.00)
0.434
(1.00)
0.893
(1.00)
0.655
(1.00)
0.598
(1.00)
0.189
(1.00)
0.328
(1.00)
0.51
(1.00)
0.746
(1.00)
0.146
(1.00)
0.507
(1.00)
0.694
(1.00)
0.152
(1.00)
0.503
(1.00)
0.824
(1.00)
1
(1.00)
0.713
(1.00)
0.172
(1.00)
0.021
(1.00)
9p gain 25 (14%) 151 0.32
(1.00)
0.502
(1.00)
0.419
(1.00)
0.264
(1.00)
0.762
(1.00)
0.897
(1.00)
0.376
(1.00)
0.459
(1.00)
0.257
(1.00)
0.186
(1.00)
0.137
(1.00)
0.963
(1.00)
0.178
(1.00)
0.645
(1.00)
0.763
(1.00)
0.087
(1.00)
0.459
(1.00)
0.182
(1.00)
0.246
(1.00)
0.0153
(1.00)
1
(1.00)
0.613
(1.00)
0.971
(1.00)
0.327
(1.00)
0.0328
(1.00)
0.13
(1.00)
0.158
(1.00)
0.387
(1.00)
1
(1.00)
0.78
(1.00)
0.257
(1.00)
0.0368
(1.00)
0.0662
(1.00)
0.553
(1.00)
0.664
(1.00)
0.4
(1.00)
0.269
(1.00)
0.592
(1.00)
0.217
(1.00)
0.479
(1.00)
9q gain 26 (15%) 150 0.351
(1.00)
0.454
(1.00)
0.419
(1.00)
0.404
(1.00)
0.674
(1.00)
0.715
(1.00)
0.377
(1.00)
0.313
(1.00)
0.395
(1.00)
0.138
(1.00)
0.137
(1.00)
0.84
(1.00)
0.173
(1.00)
0.412
(1.00)
0.653
(1.00)
0.0234
(1.00)
0.313
(1.00)
0.14
(1.00)
0.697
(1.00)
0.0116
(1.00)
1
(1.00)
0.344
(1.00)
0.866
(1.00)
0.198
(1.00)
0.0043
(1.00)
0.317
(1.00)
0.213
(1.00)
0.381
(1.00)
0.946
(1.00)
1
(1.00)
0.395
(1.00)
0.244
(1.00)
0.169
(1.00)
0.893
(1.00)
0.663
(1.00)
0.358
(1.00)
0.126
(1.00)
0.584
(1.00)
0.378
(1.00)
0.612
(1.00)
10p gain 14 (8%) 162 0.828
(1.00)
0.153
(1.00)
0.281
(1.00)
0.285
(1.00)
0.465
(1.00)
0.886
(1.00)
1
(1.00)
0.532
(1.00)
0.0641
(1.00)
0.936
(1.00)
0.598
(1.00)
0.507
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.562
(1.00)
0.502
(1.00)
0.532
(1.00)
0.311
(1.00)
0.072
(1.00)
0.85
(1.00)
1
(1.00)
0.458
(1.00)
0.449
(1.00)
0.636
(1.00)
0.556
(1.00)
0.912
(1.00)
0.79
(1.00)
0.662
(1.00)
0.166
(1.00)
0.0641
(1.00)
0.345
(1.00)
0.0213
(1.00)
0.0148
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.29
(1.00)
0.584
(1.00)
0.365
(1.00)
0.161
(1.00)
10q gain 8 (5%) 168 0.908
(1.00)
0.401
(1.00)
0.625
(1.00)
0.65
(1.00)
0.118
(1.00)
0.578
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.769
(1.00)
1
(1.00)
0.564
(1.00)
0.617
(1.00)
0.772
(1.00)
0.723
(1.00)
1
(1.00)
0.653
(1.00)
0.375
(1.00)
0.52
(1.00)
0.499
(1.00)
0.693
(1.00)
0.596
(1.00)
0.564
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.478
(1.00)
0.216
(1.00)
0.05
(1.00)
0.296
(1.00)
0.0905
(1.00)
1
(1.00)
0.133
(1.00)
0.412
(1.00)
11p gain 5 (3%) 171 0.808
(1.00)
0.136
(1.00)
0.0711
(1.00)
0.59
(1.00)
0.653
(1.00)
0.38
(1.00)
0.169
(1.00)
0.213
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0364
(1.00)
0.49
(1.00)
1
(1.00)
0.391
(1.00)
1
(1.00)
0.18
(1.00)
1
(1.00)
0.294
(1.00)
0.9
(1.00)
0.304
(1.00)
1
(1.00)
0.213
(1.00)
0.373
(1.00)
0.514
(1.00)
0.635
(1.00)
1
(1.00)
0.0207
(1.00)
0.32
(1.00)
1
(1.00)
0.00889
(1.00)
0.132
(1.00)
11q gain 5 (3%) 171 0.821
(1.00)
0.259
(1.00)
0.142
(1.00)
0.65
(1.00)
1
(1.00)
0.378
(1.00)
0.169
(1.00)
0.213
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.247
(1.00)
0.49
(1.00)
1
(1.00)
0.0836
(1.00)
1
(1.00)
0.181
(1.00)
1
(1.00)
0.12
(1.00)
0.545
(1.00)
0.305
(1.00)
1
(1.00)
0.213
(1.00)
0.381
(1.00)
1
(1.00)
0.635
(1.00)
1
(1.00)
0.0211
(1.00)
0.32
(1.00)
1
(1.00)
0.0213
(1.00)
0.252
(1.00)
12p gain 28 (16%) 148 0.746
(1.00)
0.0164
(1.00)
1
(1.00)
0.455
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.151
(1.00)
0.0162
(1.00)
0.708
(1.00)
0.868
(1.00)
1
(1.00)
0.432
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.949
(1.00)
0.0162
(1.00)
0.333
(1.00)
0.144
(1.00)
0.55
(1.00)
1
(1.00)
0.337
(1.00)
0.916
(1.00)
0.0981
(1.00)
0.235
(1.00)
0.983
(1.00)
0.0489
(1.00)
0.8
(1.00)
0.606
(1.00)
0.451
(1.00)
0.708
(1.00)
0.189
(1.00)
0.058
(1.00)
0.23
(1.00)
0.761
(1.00)
0.732
(1.00)
0.994
(1.00)
0.432
(1.00)
0.576
(1.00)
0.019
(1.00)
12q gain 25 (14%) 151 0.964
(1.00)
0.00654
(1.00)
1
(1.00)
0.791
(1.00)
0.883
(1.00)
0.713
(1.00)
0.0724
(1.00)
0.0388
(1.00)
0.868
(1.00)
0.743
(1.00)
1
(1.00)
0.203
(1.00)
0.729
(1.00)
0.923
(1.00)
0.922
(1.00)
0.587
(1.00)
0.0388
(1.00)
0.298
(1.00)
0.182
(1.00)
0.44
(1.00)
1
(1.00)
0.443
(1.00)
0.93
(1.00)
0.209
(1.00)
0.332
(1.00)
0.581
(1.00)
0.0169
(1.00)
1
(1.00)
0.319
(1.00)
1
(1.00)
0.868
(1.00)
0.144
(1.00)
0.169
(1.00)
0.402
(1.00)
1
(1.00)
0.348
(1.00)
0.877
(1.00)
0.199
(1.00)
0.624
(1.00)
0.00775
(1.00)
13q gain 15 (9%) 161 0.0369
(1.00)
0.435
(1.00)
0.511
(1.00)
0.724
(1.00)
0.823
(1.00)
0.0357
(1.00)
1
(1.00)
0.657
(1.00)
0.0321
(1.00)
0.641
(1.00)
0.598
(1.00)
0.438
(1.00)
0.0937
(1.00)
0.1
(1.00)
0.634
(1.00)
0.657
(1.00)
0.536
(1.00)
0.563
(1.00)
0.918
(1.00)
0.368
(1.00)
0.449
(1.00)
0.319
(1.00)
0.382
(1.00)
0.346
(1.00)
0.79
(1.00)
0.719
(1.00)
0.745
(1.00)
0.0321
(1.00)
0.586
(1.00)
1
(1.00)
0.779
(1.00)
1
(1.00)
0.82
(1.00)
0.255
(1.00)
0.584
(1.00)
0.612
(1.00)
0.452
(1.00)
14q gain 26 (15%) 150 0.922
(1.00)
0.332
(1.00)
0.794
(1.00)
0.294
(1.00)
0.241
(1.00)
0.356
(1.00)
0.559
(1.00)
0.709
(1.00)
0.408
(1.00)
0.548
(1.00)
1
(1.00)
0.173
(1.00)
0.299
(1.00)
0.321
(1.00)
0.488
(1.00)
0.709
(1.00)
0.465
(1.00)
0.607
(1.00)
0.554
(1.00)
1
(1.00)
0.305
(1.00)
0.256
(1.00)
0.472
(1.00)
0.424
(1.00)
0.616
(1.00)
0.686
(1.00)
0.328
(1.00)
1
(1.00)
0.408
(1.00)
0.895
(1.00)
0.579
(1.00)
0.775
(1.00)
1
(1.00)
0.0371
(1.00)
0.925
(1.00)
1
(1.00)
0.917
(1.00)
0.311
(1.00)
15q gain 30 (17%) 146 0.156
(1.00)
0.466
(1.00)
0.107
(1.00)
1
(1.00)
0.886
(1.00)
0.777
(1.00)
0.263
(1.00)
0.0423
(1.00)
0.94
(1.00)
0.417
(1.00)
0.219
(1.00)
0.433
(1.00)
0.169
(1.00)
0.907
(1.00)
0.602
(1.00)
1
(1.00)
0.0423
(1.00)
0.709
(1.00)
0.977
(1.00)
0.667
(1.00)
1
(1.00)
0.615
(1.00)
0.355
(1.00)
0.72
(1.00)
0.94
(1.00)
0.924
(1.00)
0.274
(1.00)
0.241
(1.00)
0.793
(1.00)
0.94
(1.00)
0.37
(1.00)
0.775
(1.00)
0.104
(1.00)
0.71
(1.00)
0.198
(1.00)
0.486
(1.00)
1
(1.00)
0.126
(1.00)
0.443
(1.00)
16p gain 24 (14%) 152 0.98
(1.00)
0.881
(1.00)
0.125
(1.00)
0.116
(1.00)
0.68
(1.00)
0.714
(1.00)
0.768
(1.00)
0.915
(1.00)
0.0774
(1.00)
0.452
(1.00)
1
(1.00)
0.423
(1.00)
0.0843
(1.00)
0.252
(1.00)
0.957
(1.00)
0.915
(1.00)
0.156
(1.00)
0.512
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.034
(1.00)
0.93
(1.00)
0.138
(1.00)
0.061
(1.00)
0.596
(1.00)
0.00817
(1.00)
0.855
(1.00)
1
(1.00)
0.0774
(1.00)
0.62
(1.00)
0.385
(1.00)
0.732
(1.00)
1
(1.00)
0.716
(1.00)
0.903
(1.00)
0.051
(1.00)
0.244
(1.00)
0.919
(1.00)
16q gain 21 (12%) 155 0.0655
(1.00)
0.88
(1.00)
0.0241
(1.00)
0.555
(1.00)
0.206
(1.00)
0.695
(1.00)
0.536
(1.00)
0.669
(1.00)
0.528
(1.00)
0.314
(1.00)
1
(1.00)
0.524
(1.00)
0.0625
(1.00)
0.157
(1.00)
0.144
(1.00)
0.669
(1.00)
0.242
(1.00)
0.177
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0376
(1.00)
0.727
(1.00)
0.122
(1.00)
0.00822
(1.00)
0.365
(1.00)
0.039
(1.00)
0.588
(1.00)
0.4
(1.00)
0.528
(1.00)
0.56
(1.00)
0.548
(1.00)
0.993
(1.00)
1
(1.00)
0.892
(1.00)
0.776
(1.00)
0.313
(1.00)
0.0288
(1.00)
0.846
(1.00)
17p gain 12 (7%) 164 0.738
(1.00)
0.263
(1.00)
0.104
(1.00)
0.0315
(1.00)
0.395
(1.00)
0.852
(1.00)
0.0912
(1.00)
0.00666
(1.00)
0.741
(1.00)
1
(1.00)
0.711
(1.00)
0.0657
(1.00)
0.781
(1.00)
0.833
(1.00)
0.449
(1.00)
0.46
(1.00)
0.119
(1.00)
0.52
(1.00)
0.524
(1.00)
0.692
(1.00)
0.0864
(1.00)
0.0337
(1.00)
0.681
(1.00)
0.116
(1.00)
0.00666
(1.00)
0.381
(1.00)
1
(1.00)
0.168
(1.00)
1
(1.00)
0.486
(1.00)
0.241
(1.00)
0.246
(1.00)
0.0114
(1.00)
0.279
(1.00)
17q gain 26 (15%) 150 0.483
(1.00)
0.412
(1.00)
0.0885
(1.00)
0.0743
(1.00)
0.575
(1.00)
0.731
(1.00)
1
(1.00)
0.0135
(1.00)
0.029
(1.00)
0.587
(1.00)
0.649
(1.00)
0.232
(1.00)
0.132
(1.00)
0.725
(1.00)
0.2
(1.00)
0.0135
(1.00)
0.469
(1.00)
0.109
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.152
(1.00)
0.39
(1.00)
0.481
(1.00)
0.149
(1.00)
0.338
(1.00)
0.0301
(1.00)
0.782
(1.00)
0.0993
(1.00)
0.029
(1.00)
0.564
(1.00)
0.548
(1.00)
0.868
(1.00)
0.667
(1.00)
0.198
(1.00)
0.0212
(1.00)
0.374
(1.00)
0.00066
(1.00)
0.437
(1.00)
18p gain 23 (13%) 153 0.246
(1.00)
0.0442
(1.00)
1
(1.00)
0.774
(1.00)
0.423
(1.00)
0.716
(1.00)
0.13
(1.00)
0.692
(1.00)
0.641
(1.00)
0.655
(1.00)
0.649
(1.00)
0.046
(1.00)
1
(1.00)
0.869
(1.00)
0.498
(1.00)
0.338
(1.00)
0.692
(1.00)
0.108
(1.00)
0.826
(1.00)
0.0962
(1.00)
1
(1.00)
0.455
(1.00)
0.135
(1.00)
0.0215
(1.00)
0.908
(1.00)
0.507
(1.00)
0.235
(1.00)
0.546
(1.00)
0.645
(1.00)
0.571
(1.00)
0.641
(1.00)
0.537
(1.00)
0.783
(1.00)
0.926
(1.00)
0.406
(1.00)
1
(1.00)
0.45
(1.00)
0.66
(1.00)
0.699
(1.00)
0.213
(1.00)
0.0486
(1.00)
18q gain 12 (7%) 164 0.248
(1.00)
0.0192
(1.00)
0.716
(1.00)
1
(1.00)
0.591
(1.00)
0.737
(1.00)
0.0912
(1.00)
0.396
(1.00)
0.788
(1.00)
0.243
(1.00)
0.577
(1.00)
0.263
(1.00)
0.617
(1.00)
0.352
(1.00)
0.32
(1.00)
0.682
(1.00)
0.396
(1.00)
0.0425
(1.00)
0.239
(1.00)
0.0073
(1.00)
0.524
(1.00)
0.402
(1.00)
0.0879
(1.00)
0.874
(1.00)
0.287
(1.00)
0.381
(1.00)
0.555
(1.00)
0.256
(1.00)
0.788
(1.00)
0.125
(1.00)
0.166
(1.00)
0.599
(1.00)
1
(1.00)
0.87
(1.00)
0.499
(1.00)
0.511
(1.00)
0.699
(1.00)
0.495
(1.00)
0.0209
(1.00)
19p gain 26 (15%) 150 0.642
(1.00)
0.9
(1.00)
0.419
(1.00)
0.027
(1.00)
0.884
(1.00)
0.713
(1.00)
0.084
(1.00)
0.478
(1.00)
0.316
(1.00)
0.923
(1.00)
1
(1.00)
0.567
(1.00)
0.27
(1.00)
0.4
(1.00)
0.433
(1.00)
0.658
(1.00)
0.478
(1.00)
0.11
(1.00)
0.315
(1.00)
0.5
(1.00)
1
(1.00)
0.589
(1.00)
0.866
(1.00)
0.738
(1.00)
0.292
(1.00)
0.849
(1.00)
0.805
(1.00)
0.619
(1.00)
0.821
(1.00)
0.427
(1.00)
0.316
(1.00)
0.663
(1.00)
0.0428
(1.00)
0.808
(1.00)
0.717
(1.00)
1
(1.00)
0.876
(1.00)
0.344
(1.00)
0.897
(1.00)
0.78
(1.00)
0.93
(1.00)
19q gain 40 (23%) 136 0.389
(1.00)
0.823
(1.00)
1
(1.00)
0.478
(1.00)
0.833
(1.00)
0.4
(1.00)
0.0233
(1.00)
0.0829
(1.00)
0.67
(1.00)
0.576
(1.00)
0.46
(1.00)
0.341
(1.00)
0.14
(1.00)
0.153
(1.00)
0.456
(1.00)
0.395
(1.00)
0.0829
(1.00)
0.0551
(1.00)
0.318
(1.00)
0.374
(1.00)
1
(1.00)
0.187
(1.00)
0.588
(1.00)
0.215
(1.00)
0.0715
(1.00)
0.974
(1.00)
0.362
(1.00)
0.638
(1.00)
0.935
(1.00)
0.497
(1.00)
0.67
(1.00)
0.941
(1.00)
0.352
(1.00)
0.466
(1.00)
1
(1.00)
0.813
(1.00)
0.122
(1.00)
1
(1.00)
0.27
(1.00)
0.87
(1.00)
0.863
(1.00)
20p gain 60 (34%) 116 0.497
(1.00)
0.405
(1.00)
0.539
(1.00)
0.0593
(1.00)
0.624
(1.00)
0.74
(1.00)
0.826
(1.00)
0.801
(1.00)
0.052
(1.00)
0.287
(1.00)
0.747
(1.00)
0.305
(1.00)
0.774
(1.00)
0.641
(1.00)
0.041
(1.00)
0.578
(1.00)
0.801
(1.00)
0.793
(1.00)
0.679
(1.00)
0.328
(1.00)
1
(1.00)
0.841
(1.00)
0.322
(1.00)
0.754
(1.00)
0.818
(1.00)
0.624
(1.00)
0.95
(1.00)
0.485
(1.00)
0.983
(1.00)
0.551
(1.00)
0.052
(1.00)
0.827
(1.00)
1
(1.00)
0.529
(1.00)
0.587
(1.00)
0.753
(1.00)
0.289
(1.00)
0.535
(1.00)
0.519
(1.00)
0.0505
(1.00)
0.446
(1.00)
20q gain 64 (36%) 112 0.31
(1.00)
0.355
(1.00)
0.841
(1.00)
0.544
(1.00)
0.38
(1.00)
0.737
(1.00)
0.666
(1.00)
0.724
(1.00)
0.518
(1.00)
0.265
(1.00)
0.746
(1.00)
0.0815
(1.00)
0.783
(1.00)
0.239
(1.00)
0.0739
(1.00)
1
(1.00)
0.724
(1.00)
0.671
(1.00)
0.652
(1.00)
0.752
(1.00)
1
(1.00)
0.696
(1.00)
0.471
(1.00)
0.379
(1.00)
0.287
(1.00)
0.94
(1.00)
0.0448
(1.00)
0.489
(1.00)
0.903
(1.00)
0.693
(1.00)
0.518
(1.00)
0.652
(1.00)
0.392
(1.00)
0.914
(1.00)
0.699
(1.00)
0.397
(1.00)
0.73
(1.00)
0.766
(1.00)
0.519
(1.00)
0.0796
(1.00)
0.298
(1.00)
21q gain 22 (12%) 154 0.00409
(1.00)
0.0363
(1.00)
0.519
(1.00)
0.516
(1.00)
0.679
(1.00)
0.325
(1.00)
0.114
(1.00)
0.447
(1.00)
0.58
(1.00)
0.968
(1.00)
1
(1.00)
0.643
(1.00)
0.0287
(1.00)
0.788
(1.00)
0.336
(1.00)
0.738
(1.00)
0.447
(1.00)
0.955
(1.00)
0.0742
(1.00)
0.389
(1.00)
0.598
(1.00)
0.254
(1.00)
0.61
(1.00)
0.727
(1.00)
0.884
(1.00)
0.613
(1.00)
0.00603
(1.00)
0.771
(1.00)
0.58
(1.00)
0.272
(1.00)
0.0854
(1.00)
0.486
(1.00)
0.577
(1.00)
0.117
(1.00)
0.209
(1.00)
0.588
(1.00)
0.54
(1.00)
0.301
(1.00)
0.0387
(1.00)
22q gain 20 (11%) 156 0.112
(1.00)
0.282
(1.00)
0.225
(1.00)
1
(1.00)
0.842
(1.00)
0.883
(1.00)
1
(1.00)
0.946
(1.00)
0.435
(1.00)
0.341
(1.00)
0.22
(1.00)
1
(1.00)
0.19
(1.00)
0.89
(1.00)
0.766
(1.00)
0.461
(1.00)
0.522
(1.00)
0.489
(1.00)
0.224
(1.00)
0.565
(1.00)
0.994
(1.00)
0.79
(1.00)
0.441
(1.00)
0.735
(1.00)
0.946
(1.00)
0.678
(1.00)
1
(1.00)
0.929
(1.00)
0.545
(1.00)
0.314
(1.00)
0.952
(1.00)
1
(1.00)
0.181
(1.00)
0.264
(1.00)
xq gain 24 (14%) 152 0.118
(1.00)
0.952
(1.00)
0.394
(1.00)
0.264
(1.00)
1
(1.00)
0.958
(1.00)
1
(1.00)
0.822
(1.00)
0.437
(1.00)
0.632
(1.00)
1
(1.00)
0.5
(1.00)
0.485
(1.00)
0.695
(1.00)
0.956
(1.00)
0.127
(1.00)
0.822
(1.00)
0.769
(1.00)
0.802
(1.00)
0.946
(1.00)
0.0569
(1.00)
0.866
(1.00)
0.253
(1.00)
0.00424
(1.00)
0.339
(1.00)
0.213
(1.00)
0.469
(1.00)
1
(1.00)
0.437
(1.00)
0.0438
(1.00)
0.391
(1.00)
0.307
(1.00)
0.461
(1.00)
0.599
(1.00)
0.489
(1.00)
0.201
(1.00)
0.488
(1.00)
0.986
(1.00)
1p loss 7 (4%) 169 0.434
(1.00)
0.607
(1.00)
0.557
(1.00)
1
(1.00)
0.295
(1.00)
1
(1.00)
0.074
(1.00)
0.856
(1.00)
0.858
(1.00)
0.398
(1.00)
0.802
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.68
(1.00)
0.811
(1.00)
0.0248
(1.00)
0.102
(1.00)
0.562
(1.00)
0.863
(1.00)
0.222
(1.00)
0.336
(1.00)
0.437
(1.00)
0.401
(1.00)
0.347
(1.00)
0.856
(1.00)
0.816
(1.00)
0.0258
(1.00)
0.0153
(1.00)
1
(1.00)
0.135
(1.00)
0.657
(1.00)
1
(1.00)
0.884
(1.00)
0.623
(1.00)
1q loss 7 (4%) 169 0.63
(1.00)
0.552
(1.00)
0.321
(1.00)
0.325
(1.00)
1
(1.00)
0.757
(1.00)
0.0113
(1.00)
0.335
(1.00)
0.263
(1.00)
0.491
(1.00)
1
(1.00)
0.789
(1.00)
0.617
(1.00)
1
(1.00)
0.876
(1.00)
0.335
(1.00)
0.598
(1.00)
0.684
(1.00)
0.00782
(1.00)
1
(1.00)
0.0555
(1.00)
0.52
(1.00)
0.648
(1.00)
0.186
(1.00)
0.0908
(1.00)
0.564
(1.00)
0.149
(1.00)
0.669
(1.00)
0.263
(1.00)
0.124
(1.00)
0.161
(1.00)
0.013
(1.00)
1
(1.00)
0.296
(1.00)
0.246
(1.00)
1
(1.00)
0.963
(1.00)
0.537
(1.00)
2p loss 10 (6%) 166 0.285
(1.00)
0.121
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.767
(1.00)
0.43
(1.00)
0.652
(1.00)
0.445
(1.00)
0.903
(1.00)
1
(1.00)
0.21
(1.00)
1
(1.00)
0.705
(1.00)
0.925
(1.00)
0.399
(1.00)
0.856
(1.00)
0.757
(1.00)
0.312
(1.00)
0.382
(1.00)
0.536
(1.00)
0.448
(1.00)
0.564
(1.00)
0.47
(1.00)
0.423
(1.00)
0.445
(1.00)
0.0717
(1.00)
0.45
(1.00)
0.281
(1.00)
1
(1.00)
0.606
(1.00)
0.353
(1.00)
1
(1.00)
0.917
(1.00)
0.128
(1.00)
2q loss 16 (9%) 160 0.397
(1.00)
0.679
(1.00)
1
(1.00)
0.764
(1.00)
0.843
(1.00)
0.421
(1.00)
0.0757
(1.00)
0.954
(1.00)
1
(1.00)
0.603
(1.00)
0.386
(1.00)
1
(1.00)
0.556
(1.00)
1
(1.00)
0.316
(1.00)
0.315
(1.00)
1
(1.00)
0.726
(1.00)
0.572
(1.00)
0.406
(1.00)
0.233
(1.00)
0.238
(1.00)
0.89
(1.00)
0.257
(1.00)
1
(1.00)
0.954
(1.00)
0.0674
(1.00)
0.752
(1.00)
0.497
(1.00)
0.329
(1.00)
1
(1.00)
0.071
(1.00)
0.588
(1.00)
0.922
(1.00)
0.699
(1.00)
3p loss 42 (24%) 134 0.976
(1.00)
0.612
(1.00)
1
(1.00)
0.0231
(1.00)
1
(1.00)
0.0284
(1.00)
0.0901
(1.00)
0.706
(1.00)
0.0261
(1.00)
0.846
(1.00)
0.29
(1.00)
0.231
(1.00)
0.76
(1.00)
0.921
(1.00)
0.841
(1.00)
0.233
(1.00)
0.706
(1.00)
0.015
(1.00)
0.495
(1.00)
0.592
(1.00)
1
(1.00)
0.365
(1.00)
0.643
(1.00)
0.879
(1.00)
0.903
(1.00)
0.347
(1.00)
0.657
(1.00)
0.423
(1.00)
0.911
(1.00)
0.0459
(1.00)
0.0261
(1.00)
0.792
(1.00)
0.651
(1.00)
0.196
(1.00)
0.53
(1.00)
0.388
(1.00)
0.0952
(1.00)
0.736
(1.00)
0.7
(1.00)
0.576
(1.00)
3q loss 6 (3%) 170 0.225
(1.00)
0.345
(1.00)
0.557
(1.00)
1
(1.00)
0.629
(1.00)
1
(1.00)
0.592
(1.00)
0.357
(1.00)
1
(1.00)
0.0703
(1.00)
0.498
(1.00)
1
(1.00)
0.257
(1.00)
0.184
(1.00)
0.529
(1.00)
1
(1.00)
0.597
(1.00)
1
(1.00)
0.617
(1.00)
1
(1.00)
0.0977
(1.00)
1
(1.00)
0.156
(1.00)
0.357
(1.00)
4p loss 71 (40%) 105 0.739
(1.00)
0.867
(1.00)
1
(1.00)
0.0788
(1.00)
0.481
(1.00)
0.00495
(1.00)
0.091
(1.00)
0.502
(1.00)
0.0907
(1.00)
0.172
(1.00)
0.025
(1.00)
0.0604
(1.00)
0.785
(1.00)
0.837
(1.00)
0.196
(1.00)
0.349
(1.00)
0.502
(1.00)
0.675
(1.00)
0.967
(1.00)
0.375
(1.00)
0.538
(1.00)
0.78
(1.00)
0.257
(1.00)
0.743
(1.00)
0.937
(1.00)
0.417
(1.00)
0.827
(1.00)
0.751
(1.00)
0.797
(1.00)
0.128
(1.00)
0.0907
(1.00)
0.197
(1.00)
0.314
(1.00)
0.0222
(1.00)
0.848
(1.00)
0.765
(1.00)
0.275
(1.00)
0.766
(1.00)
0.699
(1.00)
0.531
(1.00)
0.927
(1.00)
4q loss 48 (27%) 128 0.046
(1.00)
0.635
(1.00)
0.823
(1.00)
0.0464
(1.00)
0.274
(1.00)
0.344
(1.00)
0.483
(1.00)
0.903
(1.00)
0.0458
(1.00)
0.244
(1.00)
0.51
(1.00)
0.0674
(1.00)
0.36
(1.00)
0.473
(1.00)
0.00038
(1.00)
0.208
(1.00)
0.903
(1.00)
0.272
(1.00)
0.767
(1.00)
0.0634
(1.00)
1
(1.00)
0.833
(1.00)
0.771
(1.00)
0.925
(1.00)
0.937
(1.00)
0.234
(1.00)
0.484
(1.00)
0.652
(1.00)
0.822
(1.00)
0.0803
(1.00)
0.0458
(1.00)
0.155
(1.00)
1
(1.00)
0.139
(1.00)
0.827
(1.00)
0.714
(1.00)
0.825
(1.00)
1
(1.00)
0.664
(1.00)
0.673
(1.00)
5p loss 12 (7%) 164 0.00068
(1.00)
0.563
(1.00)
0.446
(1.00)
0.139
(1.00)
0.59
(1.00)
0.375
(1.00)
0.0217
(1.00)
0.335
(1.00)
0.0254
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.648
(1.00)
0.00586
(1.00)
0.689
(1.00)
0.321
(1.00)
0.335
(1.00)
0.218
(1.00)
0.00853
(1.00)
1
(1.00)
0.668
(1.00)
0.483
(1.00)
0.47
(1.00)
0.5
(1.00)
0.0327
(1.00)
0.682
(1.00)
1
(1.00)
0.313
(1.00)
0.116
(1.00)
0.0254
(1.00)
0.639
(1.00)
0.0528
(1.00)
0.00947
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.413
(1.00)
1
(1.00)
0.18
(1.00)
0.577
(1.00)
5q loss 33 (19%) 143 0.212
(1.00)
0.422
(1.00)
0.335
(1.00)
1
(1.00)
0.365
(1.00)
0.477
(1.00)
0.177
(1.00)
0.718
(1.00)
0.386
(1.00)
0.797
(1.00)
0.689
(1.00)
0.33
(1.00)
0.023
(1.00)
0.292
(1.00)
0.21
(1.00)
0.356
(1.00)
0.718
(1.00)
0.917
(1.00)
0.34
(1.00)
0.0988
(1.00)
1
(1.00)
0.707
(1.00)
0.206
(1.00)
0.928
(1.00)
0.336
(1.00)
0.0607
(1.00)
0.477
(1.00)
0.922
(1.00)
0.218
(1.00)
0.247
(1.00)
0.386
(1.00)
0.718
(1.00)
0.624
(1.00)
0.0337
(1.00)
0.631
(1.00)
1
(1.00)
0.716
(1.00)
0.46
(1.00)
0.474
(1.00)
0.396
(1.00)
6p loss 24 (14%) 152 0.433
(1.00)
0.385
(1.00)
0.757
(1.00)
0.546
(1.00)
1
(1.00)
0.439
(1.00)
0.54
(1.00)
0.778
(1.00)
0.508
(1.00)
0.299
(1.00)
1
(1.00)
0.398
(1.00)
0.663
(1.00)
0.808
(1.00)
0.828
(1.00)
0.131
(1.00)
0.778
(1.00)
0.851
(1.00)
0.332
(1.00)
0.0309
(1.00)
1
(1.00)
0.148
(1.00)
0.212
(1.00)
0.0877
(1.00)
0.195
(1.00)
0.861
(1.00)
0.739
(1.00)
0.388
(1.00)
0.563
(1.00)
0.508
(1.00)
0.452
(1.00)
0.352
(1.00)
0.159
(1.00)
1
(1.00)
0.147
(1.00)
0.614
(1.00)
0.355
(1.00)
0.945
(1.00)
0.405
(1.00)
6q loss 42 (24%) 134 0.0389
(1.00)
0.408
(1.00)
0.815
(1.00)
0.341
(1.00)
0.518
(1.00)
0.652
(1.00)
0.626
(1.00)
0.624
(1.00)
0.581
(1.00)
0.411
(1.00)
1
(1.00)
0.89
(1.00)
0.321
(1.00)
0.959
(1.00)
0.845
(1.00)
0.00865
(1.00)
0.624
(1.00)
1
(1.00)
0.712
(1.00)
0.483
(1.00)
1
(1.00)
0.1
(1.00)
0.401
(1.00)
0.928
(1.00)
0.0632
(1.00)
0.691
(1.00)
0.897
(1.00)
1
(1.00)
0.312
(1.00)
1
(1.00)
0.581
(1.00)
0.963
(1.00)
0.325
(1.00)
0.289
(1.00)
1
(1.00)
0.814
(1.00)
0.315
(1.00)
0.729
(1.00)
0.384
(1.00)
0.44
(1.00)
7p loss 17 (10%) 159 0.119
(1.00)
0.226
(1.00)
0.511
(1.00)
0.285
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.00105
(1.00)
0.363
(1.00)
0.127
(1.00)
0.337
(1.00)
0.609
(1.00)
0.0139
(1.00)
0.0625
(1.00)
0.759
(1.00)
0.397
(1.00)
0.314
(1.00)
0.363
(1.00)
0.228
(1.00)
0.659
(1.00)
0.16
(1.00)
0.396
(1.00)
0.375
(1.00)
0.364
(1.00)
0.523
(1.00)
0.345
(1.00)
0.663
(1.00)
0.954
(1.00)
0.339
(1.00)
0.472
(1.00)
0.532
(1.00)
0.127
(1.00)
0.782
(1.00)
0.207
(1.00)
0.253
(1.00)
1
(1.00)
0.489
(1.00)
0.672
(1.00)
1
(1.00)
0.453
(1.00)
0.242
(1.00)
7q loss 26 (15%) 150 0.000971
(1.00)
0.11
(1.00)
0.0885
(1.00)
0.0743
(1.00)
0.156
(1.00)
0.936
(1.00)
0.00146
(1.00)
0.425
(1.00)
0.0152
(1.00)
0.503
(1.00)
0.691
(1.00)
0.62
(1.00)
0.00588
(1.00)
0.926
(1.00)
0.337
(1.00)
0.0485
(1.00)
0.425
(1.00)
0.727
(1.00)
0.868
(1.00)
0.0336
(1.00)
0.505
(1.00)
0.296
(1.00)
0.295
(1.00)
0.615
(1.00)
0.375
(1.00)
0.556
(1.00)
0.739
(1.00)
0.338
(1.00)
0.383
(1.00)
0.0363
(1.00)
0.0152
(1.00)
0.479
(1.00)
0.169
(1.00)
0.822
(1.00)
0.438
(1.00)
0.755
(1.00)
0.201
(1.00)
0.681
(1.00)
0.156
(1.00)
0.176
(1.00)
0.103
(1.00)
8p loss 49 (28%) 127 0.109
(1.00)
0.753
(1.00)
0.395
(1.00)
0.832
(1.00)
0.432
(1.00)
0.121
(1.00)
0.251
(1.00)
0.991
(1.00)
0.566
(1.00)
0.0386
(1.00)
0.477
(1.00)
0.734
(1.00)
0.783
(1.00)
0.288
(1.00)
0.14
(1.00)
0.0105
(1.00)
0.991
(1.00)
0.907
(1.00)
0.888
(1.00)
0.476
(1.00)
0.538
(1.00)
0.825
(1.00)
0.688
(1.00)
0.565
(1.00)
0.558
(1.00)
0.554
(1.00)
0.75
(1.00)
0.853
(1.00)
0.42
(1.00)
0.291
(1.00)
0.566
(1.00)
0.742
(1.00)
1
(1.00)
0.267
(1.00)
0.827
(1.00)
0.94
(1.00)
0.975
(1.00)
0.749
(1.00)
0.366
(1.00)
0.45
(1.00)
0.714
(1.00)
8q loss 15 (9%) 161 0.505
(1.00)
0.141
(1.00)
0.294
(1.00)
0.5
(1.00)
0.00169
(1.00)
0.512
(1.00)
0.0583
(1.00)
0.502
(1.00)
0.566
(1.00)
0.892
(1.00)
1
(1.00)
0.614
(1.00)
1
(1.00)
0.119
(1.00)
0.87
(1.00)
0.502
(1.00)
0.876
(1.00)
0.837
(1.00)
0.482
(1.00)
0.396
(1.00)
0.502
(1.00)
0.449
(1.00)
0.636
(1.00)
0.902
(1.00)
0.819
(1.00)
0.346
(1.00)
0.308
(1.00)
1
(1.00)
0.566
(1.00)
0.393
(1.00)
0.126
(1.00)
0.176
(1.00)
1
(1.00)
0.0259
(1.00)
0.718
(1.00)
1
(1.00)
0.182
(1.00)
0.134
(1.00)
9p loss 34 (19%) 142 0.0123
(1.00)
0.113
(1.00)
0.794
(1.00)
0.423
(1.00)
0.551
(1.00)
0.917
(1.00)
0.791
(1.00)
0.899
(1.00)
0.563
(1.00)
0.607
(1.00)
0.692
(1.00)
0.417
(1.00)
0.492
(1.00)
0.329
(1.00)
0.633
(1.00)
0.655
(1.00)
0.899
(1.00)
0.45
(1.00)
0.369
(1.00)
0.537
(1.00)
1
(1.00)
0.387
(1.00)
0.295
(1.00)
0.163
(1.00)
0.668
(1.00)
0.0461
(1.00)
0.148
(1.00)
0.233
(1.00)
0.792
(1.00)
0.563
(1.00)
0.0664
(1.00)
1
(1.00)
0.808
(1.00)
1
(1.00)
0.923
(1.00)
0.428
(1.00)
1
(1.00)
0.16
(1.00)
0.0793
(1.00)
9q loss 29 (16%) 147 0.00862
(1.00)
0.0492
(1.00)
1
(1.00)
0.58
(1.00)
0.239
(1.00)
0.365
(1.00)
1
(1.00)
0.893
(1.00)
0.542
(1.00)
0.0763
(1.00)
1
(1.00)
0.818
(1.00)
0.26
(1.00)
0.0758
(1.00)
0.931
(1.00)
0.585
(1.00)
0.893
(1.00)
0.393
(1.00)
0.476
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0281
(1.00)
0.316
(1.00)
0.924
(1.00)
0.114
(1.00)
0.0801
(1.00)
0.113
(1.00)
0.095
(1.00)
0.607
(1.00)
0.542
(1.00)
0.493
(1.00)
0.583
(1.00)
0.316
(1.00)
0.667
(1.00)
0.91
(1.00)
0.256
(1.00)
1
(1.00)
0.281
(1.00)
0.0542
(1.00)
10p loss 39 (22%) 137 0.549
(1.00)
0.237
(1.00)
0.169
(1.00)
0.0325
(1.00)
0.516
(1.00)
0.753
(1.00)
0.0744
(1.00)
0.614
(1.00)
0.00532
(1.00)
0.29
(1.00)
0.456
(1.00)
0.913
(1.00)
1
(1.00)
0.257
(1.00)
0.0275
(1.00)
0.907
(1.00)
0.614
(1.00)
0.0818
(1.00)
0.798
(1.00)
0.775
(1.00)
0.505
(1.00)
0.721
(1.00)
0.489
(1.00)
0.28
(1.00)
0.817
(1.00)
0.156
(1.00)
0.07
(1.00)
0.222
(1.00)
0.154
(1.00)
0.0641
(1.00)
0.00532
(1.00)
0.138
(1.00)
0.0805
(1.00)
0.272
(1.00)
0.801
(1.00)
0.922
(1.00)
0.0935
(1.00)
0.46
(1.00)
0.366
(1.00)
0.287
(1.00)
0.257
(1.00)
10q loss 44 (25%) 132 0.145
(1.00)
0.0254
(1.00)
0.503
(1.00)
0.00608
(1.00)
0.305
(1.00)
0.932
(1.00)
0.147
(1.00)
0.428
(1.00)
0.00109
(1.00)
0.021
(1.00)
0.728
(1.00)
0.527
(1.00)
1
(1.00)
0.184
(1.00)
0.00412
(1.00)
0.907
(1.00)
0.428
(1.00)
0.124
(1.00)
0.494
(1.00)
0.583
(1.00)
0.258
(1.00)
0.796
(1.00)
0.538
(1.00)
0.156
(1.00)
0.27
(1.00)
0.435
(1.00)
0.428
(1.00)
0.0466
(1.00)
0.0294
(1.00)
0.0143
(1.00)
0.00109
(1.00)
0.27
(1.00)
0.352
(1.00)
0.429
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.226
(1.00)
0.475
(1.00)
0.353
(1.00)
0.0293
(1.00)
11p loss 59 (34%) 117 0.814
(1.00)
0.114
(1.00)
0.69
(1.00)
0.421
(1.00)
0.427
(1.00)
0.0467
(1.00)
0.507
(1.00)
0.82
(1.00)
0.704
(1.00)
0.0443
(1.00)
0.749
(1.00)
0.451
(1.00)
0.401
(1.00)
0.0518
(1.00)
0.124
(1.00)
0.413
(1.00)
0.82
(1.00)
0.241
(1.00)
0.649
(1.00)
0.909
(1.00)
0.396
(1.00)
0.0766
(1.00)
0.0525
(1.00)
0.332
(1.00)
0.0933
(1.00)
0.741
(1.00)
0.377
(1.00)
0.548
(1.00)
0.0649
(1.00)
1
(1.00)
0.704
(1.00)
0.795
(1.00)
0.53
(1.00)
0.111
(1.00)
0.221
(1.00)
0.359
(1.00)
0.331
(1.00)
1
(1.00)
0.51
(1.00)
0.089
(1.00)
11q loss 69 (39%) 107 0.98
(1.00)
0.00677
(1.00)
0.563
(1.00)
0.698
(1.00)
0.879
(1.00)
0.57
(1.00)
0.834
(1.00)
0.496
(1.00)
0.828
(1.00)
0.104
(1.00)
0.204
(1.00)
0.49
(1.00)
0.582
(1.00)
0.0743
(1.00)
0.718
(1.00)
0.26
(1.00)
0.496
(1.00)
0.561
(1.00)
0.0612
(1.00)
0.51
(1.00)
0.0934
(1.00)
0.191
(1.00)
0.0856
(1.00)
0.671
(1.00)
0.373
(1.00)
0.275
(1.00)
0.172
(1.00)
0.393
(1.00)
0.00294
(1.00)
0.128
(1.00)
0.828
(1.00)
0.393
(1.00)
0.837
(1.00)
0.564
(1.00)
0.307
(1.00)
0.319
(1.00)
0.933
(1.00)
0.553
(1.00)
0.419
(1.00)
0.00889
(1.00)
12p loss 24 (14%) 152 0.611
(1.00)
0.879
(1.00)
0.589
(1.00)
1
(1.00)
0.875
(1.00)
0.889
(1.00)
0.768
(1.00)
0.866
(1.00)
0.906
(1.00)
0.598
(1.00)
0.361
(1.00)
0.973
(1.00)
0.712
(1.00)
0.809
(1.00)
0.117
(1.00)
0.967
(1.00)
0.866
(1.00)
0.502
(1.00)
0.946
(1.00)
0.482
(1.00)
1
(1.00)
0.068
(1.00)
0.256
(1.00)
0.576
(1.00)
0.0759
(1.00)
0.84
(1.00)
0.622
(1.00)
0.801
(1.00)
0.429
(1.00)
0.783
(1.00)
0.906
(1.00)
0.623
(1.00)
0.38
(1.00)
0.0955
(1.00)
0.712
(1.00)
0.545
(1.00)
0.318
(1.00)
0.116
(1.00)
0.266
(1.00)
0.856
(1.00)
12q loss 9 (5%) 167 0.491
(1.00)
0.421
(1.00)
0.142
(1.00)
0.325
(1.00)
0.702
(1.00)
0.145
(1.00)
0.143
(1.00)
0.255
(1.00)
0.0822
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0877
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.837
(1.00)
0.255
(1.00)
0.598
(1.00)
0.107
(1.00)
0.0174
(1.00)
0.52
(1.00)
0.438
(1.00)
0.0179
(1.00)
0.596
(1.00)
0.422
(1.00)
0.172
(1.00)
1
(1.00)
0.0822
(1.00)
0.755
(1.00)
0.216
(1.00)
0.132
(1.00)
1
(1.00)
0.482
(1.00)
0.74
(1.00)
1
(1.00)
0.119
(1.00)
0.43
(1.00)
13q loss 46 (26%) 130 0.129
(1.00)
0.216
(1.00)
0.513
(1.00)
0.518
(1.00)
0.743
(1.00)
0.00524
(1.00)
0.351
(1.00)
0.29
(1.00)
0.0848
(1.00)
0.582
(1.00)
0.0347
(1.00)
0.735
(1.00)
0.356
(1.00)
0.441
(1.00)
0.277
(1.00)
0.031
(1.00)
0.29
(1.00)
0.0653
(1.00)
0.463
(1.00)
0.914
(1.00)
1
(1.00)
0.59
(1.00)
0.726
(1.00)
0.865
(1.00)
0.237
(1.00)
0.375
(1.00)
0.54
(1.00)
0.739
(1.00)
0.574
(1.00)
0.122
(1.00)
0.0848
(1.00)
0.692
(1.00)
0.825
(1.00)
0.0973
(1.00)
0.552
(1.00)
0.656
(1.00)
0.344
(1.00)
0.0647
(1.00)
0.343
(1.00)
0.168
(1.00)
14q loss 19 (11%) 157 0.458
(1.00)
0.287
(1.00)
0.757
(1.00)
0.226
(1.00)
0.841
(1.00)
0.652
(1.00)
0.315
(1.00)
0.142
(1.00)
0.887
(1.00)
1
(1.00)
0.565
(1.00)
0.178
(1.00)
0.347
(1.00)
0.342
(1.00)
0.867
(1.00)
0.413
(1.00)
0.932
(1.00)
0.75
(1.00)
1
(1.00)
0.196
(1.00)
0.483
(1.00)
0.0879
(1.00)
0.856
(1.00)
0.231
(1.00)
0.682
(1.00)
0.332
(1.00)
0.755
(1.00)
0.142
(1.00)
0.468
(1.00)
0.752
(1.00)
0.631
(1.00)
0.153
(1.00)
0.224
(1.00)
0.146
(1.00)
0.61
(1.00)
0.293
(1.00)
0.302
(1.00)
15q loss 24 (14%) 152 0.875
(1.00)
0.463
(1.00)
0.787
(1.00)
0.423
(1.00)
0.347
(1.00)
0.22
(1.00)
1
(1.00)
0.725
(1.00)
0.704
(1.00)
0.0996
(1.00)
0.366
(1.00)
0.829
(1.00)
0.706
(1.00)
0.258
(1.00)
0.00965
(1.00)
0.193
(1.00)
0.725
(1.00)
1
(1.00)
0.508
(1.00)
0.727
(1.00)
1
(1.00)
0.181
(1.00)
0.652
(1.00)
0.462
(1.00)
0.402
(1.00)
0.731
(1.00)
0.253
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.704
(1.00)
0.969
(1.00)
0.79
(1.00)
0.793
(1.00)
0.735
(1.00)
0.733
(1.00)
0.571
(1.00)
1
(1.00)
0.644
(1.00)
0.485
(1.00)
16p loss 20 (11%) 156 0.768
(1.00)
0.242
(1.00)
0.231
(1.00)
0.143
(1.00)
0.00739
(1.00)
0.31
(1.00)
1
(1.00)
0.337
(1.00)
0.44
(1.00)
0.748
(1.00)
0.603
(1.00)
0.261
(1.00)
1
(1.00)
0.77
(1.00)
0.258
(1.00)
0.102
(1.00)
0.337
(1.00)
0.581
(1.00)
0.814
(1.00)
0.73
(1.00)
1
(1.00)
0.0847
(1.00)
0.402
(1.00)
0.382
(1.00)
0.63
(1.00)
0.434
(1.00)
0.381
(1.00)
0.912
(1.00)
0.532
(1.00)
0.44
(1.00)
0.465
(1.00)
0.0854
(1.00)
0.0431
(1.00)
0.258
(1.00)
0.672
(1.00)
0.948
(1.00)
1
(1.00)
0.454
(1.00)
0.158
(1.00)
16q loss 26 (15%) 150 0.0304
(1.00)
0.207
(1.00)
0.432
(1.00)
0.209
(1.00)
0.681
(1.00)
0.00114
(1.00)
1
(1.00)
0.99
(1.00)
0.525
(1.00)
0.493
(1.00)
1
(1.00)
0.396
(1.00)
0.424
(1.00)
0.683
(1.00)
0.556
(1.00)
0.0223
(1.00)
0.99
(1.00)
0.762
(1.00)
0.614
(1.00)
0.868
(1.00)
1
(1.00)
0.172
(1.00)
0.866
(1.00)
0.916
(1.00)
0.477
(1.00)
0.247
(1.00)
0.213
(1.00)
0.459
(1.00)
1
(1.00)
0.525
(1.00)
0.458
(1.00)
0.18
(1.00)
0.0757
(1.00)
0.0214
(1.00)
0.822
(1.00)
0.636
(1.00)
0.684
(1.00)
0.502
(1.00)
0.14
(1.00)
17p loss 52 (30%) 124 0.206
(1.00)
0.0764
(1.00)
0.831
(1.00)
0.658
(1.00)
0.317
(1.00)
0.362
(1.00)
0.366
(1.00)
0.977
(1.00)
0.446
(1.00)
0.126
(1.00)
1
(1.00)
0.207
(1.00)
1
(1.00)
0.0459
(1.00)
0.0524
(1.00)
0.977
(1.00)
0.977
(1.00)
0.55
(1.00)
0.0895
(1.00)
0.377
(1.00)
0.505
(1.00)
0.274
(1.00)
0.526
(1.00)
0.668
(1.00)
0.627
(1.00)
0.0611
(1.00)
0.646
(1.00)
0.79
(1.00)
0.307
(1.00)
0.834
(1.00)
0.446
(1.00)
0.72
(1.00)
0.53
(1.00)
0.217
(1.00)
0.829
(1.00)
0.935
(1.00)
0.612
(1.00)
0.337
(1.00)
0.156
(1.00)
0.622
(1.00)
0.087
(1.00)
17q loss 17 (10%) 159 0.403
(1.00)
0.0735
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.417
(1.00)
0.302
(1.00)
0.933
(1.00)
0.788
(1.00)
0.272
(1.00)
1
(1.00)
0.733
(1.00)
1
(1.00)
0.86
(1.00)
0.667
(1.00)
0.933
(1.00)
0.19
(1.00)
0.196
(1.00)
0.0976
(1.00)
1
(1.00)
0.279
(1.00)
0.364
(1.00)
0.321
(1.00)
0.236
(1.00)
0.931
(1.00)
0.258
(1.00)
0.726
(1.00)
0.476
(1.00)
0.735
(1.00)
0.788
(1.00)
0.867
(1.00)
0.207
(1.00)
0.00517
(1.00)
1
(1.00)
0.87
(1.00)
0.566
(1.00)
1
(1.00)
0.847
(1.00)
0.0782
(1.00)
18p loss 33 (19%) 143 0.336
(1.00)
0.248
(1.00)
0.307
(1.00)
0.605
(1.00)
0.632
(1.00)
0.129
(1.00)
0.293
(1.00)
0.44
(1.00)
0.362
(1.00)
0.681
(1.00)
0.434
(1.00)
0.784
(1.00)
1
(1.00)
0.917
(1.00)
0.862
(1.00)
0.44
(1.00)
0.27
(1.00)
0.514
(1.00)
0.328
(1.00)
1
(1.00)
0.537
(1.00)
0.222
(1.00)
0.461
(1.00)
0.789
(1.00)
0.21
(1.00)
0.828
(1.00)
0.725
(1.00)
0.896
(1.00)
0.121
(1.00)
0.362
(1.00)
0.771
(1.00)
1
(1.00)
0.329
(1.00)
1
(1.00)
0.267
(1.00)
0.0385
(1.00)
0.113
(1.00)
0.975
(1.00)
0.233
(1.00)
18q loss 45 (26%) 131 0.243
(1.00)
0.759
(1.00)
0.504
(1.00)
0.107
(1.00)
0.493
(1.00)
0.00127
(1.00)
1
(1.00)
0.267
(1.00)
0.0749
(1.00)
0.976
(1.00)
1
(1.00)
0.829
(1.00)
1
(1.00)
0.897
(1.00)
0.142
(1.00)
0.495
(1.00)
0.267
(1.00)
0.87
(1.00)
0.738
(1.00)
0.823
(1.00)
1
(1.00)
0.164
(1.00)
0.152
(1.00)
0.383
(1.00)
0.178
(1.00)
0.857
(1.00)
0.54
(1.00)
0.467
(1.00)
0.955
(1.00)
0.114
(1.00)
0.0749
(1.00)
0.371
(1.00)
0.81
(1.00)
0.272
(1.00)
0.284
(1.00)
0.151
(1.00)
0.75
(1.00)
0.0183
(1.00)
0.613
(1.00)
0.718
(1.00)
19p loss 30 (17%) 146 0.474
(1.00)
0.915
(1.00)
1
(1.00)
0.0554
(1.00)
0.57
(1.00)
0.912
(1.00)
0.415
(1.00)
0.545
(1.00)
0.149
(1.00)
0.266
(1.00)
1
(1.00)
0.963
(1.00)
0.741
(1.00)
0.345
(1.00)
0.283
(1.00)
0.737
(1.00)
0.545
(1.00)
0.465
(1.00)
0.406
(1.00)
0.501
(1.00)
1
(1.00)
0.632
(1.00)
0.238
(1.00)
0.322
(1.00)
0.496
(1.00)
0.632
(1.00)
0.57
(1.00)
0.267
(1.00)
1
(1.00)
0.149
(1.00)
0.546
(1.00)
0.264
(1.00)
0.479
(1.00)
0.714
(1.00)
1
(1.00)
0.0915
(1.00)
0.691
(1.00)
0.814
(1.00)
0.878
(1.00)
19q loss 15 (9%) 161 0.913
(1.00)
0.618
(1.00)
1
(1.00)
0.503
(1.00)
0.811
(1.00)
0.512
(1.00)
0.253
(1.00)
0.722
(1.00)
0.138
(1.00)
0.495
(1.00)
0.412
(1.00)
1
(1.00)
0.836
(1.00)
0.469
(1.00)
0.219
(1.00)
0.236
(1.00)
1
(1.00)
0.959
(1.00)
0.419
(1.00)
0.51
(1.00)
0.824
(1.00)
0.27
(1.00)
0.89
(1.00)
0.119
(1.00)
1
(1.00)
0.722
(1.00)
0.924
(1.00)
1
(1.00)
0.132
(1.00)
1
(1.00)
0.713
(1.00)
0.636
(1.00)
1
(1.00)
0.568
(1.00)
0.645
(1.00)
20p loss 11 (6%) 165 0.651
(1.00)
0.166
(1.00)
0.716
(1.00)
0.706
(1.00)
1
(1.00)
0.397
(1.00)
0.219
(1.00)
0.00815
(1.00)
0.892
(1.00)
0.172
(1.00)
0.448
(1.00)
0.336
(1.00)
1
(1.00)
0.64
(1.00)
0.934
(1.00)
0.00815
(1.00)
0.31
(1.00)
0.443
(1.00)
0.3
(1.00)
0.36
(1.00)
0.262
(1.00)
0.648
(1.00)
0.805
(1.00)
0.632
(1.00)
0.564
(1.00)
0.882
(1.00)
1
(1.00)
0.892
(1.00)
0.865
(1.00)
0.666
(1.00)
0.971
(1.00)
0.188
(1.00)
0.592
(1.00)
0.957
(1.00)
1
(1.00)
0.722
(1.00)
0.337
(1.00)
20q loss 4 (2%) 172 0.191
(1.00)
0.0646
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.551
(1.00)
1
(1.00)
0.82
(1.00)
0.326
(1.00)
1
(1.00)
0.911
(1.00)
1
(1.00)
0.772
(1.00)
0.352
(1.00)
0.235
(1.00)
0.0626
(1.00)
0.44
(1.00)
0.245
(1.00)
0.82
(1.00)
0.683
(1.00)
0.514
(1.00)
0.686
(1.00)
1
(1.00)
0.882
(1.00)
0.298
(1.00)
0.328
(1.00)
0.0633
(1.00)
21q loss 26 (15%) 150 0.416
(1.00)
0.643
(1.00)
0.442
(1.00)
1
(1.00)
0.492
(1.00)
0.328
(1.00)
1
(1.00)
0.879
(1.00)
0.925
(1.00)
0.0123
(1.00)
1
(1.00)
0.214
(1.00)
1
(1.00)
0.126
(1.00)
0.0272
(1.00)
0.879
(1.00)
0.255
(1.00)
0.41
(1.00)
0.0486
(1.00)
0.258
(1.00)
0.206
(1.00)
0.364
(1.00)
0.608
(1.00)
0.19
(1.00)
0.184
(1.00)
0.321
(1.00)
0.626
(1.00)
0.542
(1.00)
1
(1.00)
0.925
(1.00)
0.341
(1.00)
0.176
(1.00)
0.555
(1.00)
0.76
(1.00)
0.577
(1.00)
0.664
(1.00)
0.251
(1.00)
0.0838
(1.00)
0.615
(1.00)
22q loss 37 (21%) 139 0.866
(1.00)
0.749
(1.00)
1
(1.00)
0.643
(1.00)
0.414
(1.00)
0.401
(1.00)
0.121
(1.00)
0.69
(1.00)
0.383
(1.00)
0.546
(1.00)
1
(1.00)
0.28
(1.00)
0.76
(1.00)
0.733
(1.00)
0.927
(1.00)
0.147
(1.00)
0.69
(1.00)
0.83
(1.00)
0.203
(1.00)
0.952
(1.00)
1
(1.00)
0.721
(1.00)
0.206
(1.00)
0.0304
(1.00)
0.606
(1.00)
0.407
(1.00)
0.477
(1.00)
0.92
(1.00)
0.279
(1.00)
0.179
(1.00)
0.383
(1.00)
0.969
(1.00)
0.624
(1.00)
0.0221
(1.00)
0.793
(1.00)
0.337
(1.00)
0.071
(1.00)
0.725
(1.00)
0.609
(1.00)
0.788
(1.00)
xq loss 35 (20%) 141 0.0271
(1.00)
0.777
(1.00)
0.239
(1.00)
0.643
(1.00)
0.814
(1.00)
0.295
(1.00)
0.794
(1.00)
0.41
(1.00)
0.762
(1.00)
0.455
(1.00)
1
(1.00)
0.258
(1.00)
1
(1.00)
0.626
(1.00)
0.589
(1.00)
0.811
(1.00)
0.41
(1.00)
0.918
(1.00)
0.16
(1.00)
0.0952
(1.00)
1
(1.00)
0.572
(1.00)
0.44
(1.00)
0.176
(1.00)
0.207
(1.00)
0.413
(1.00)
0.986
(1.00)
0.131
(1.00)
0.394
(1.00)
0.81
(1.00)
0.762
(1.00)
0.249
(1.00)
0.0163
(1.00)
0.568
(1.00)
0.446
(1.00)
0.6
(1.00)
0.407
(1.00)
0.451
(1.00)
0.519
(1.00)
0.808
(1.00)
Methods & Data
Input
  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = CESC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 176

  • Number of significantly arm-level cnvs = 80

  • Number of selected clinical features = 41

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)