		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p34.2	26 (21%)	100	0.50457	1	0.32485	1	0.8106	1	0.50916	1	0.3845	1	0.15941	1	0.26516	1	0.20536	1
amp_1q21.3	65 (52%)	61	0.00069999	0.386	0.03214	1	1	1	0.75361	1	0.10184	1	0.10883	1	0.01461	1	0.22262	1
amp_2q14.2	41 (33%)	85	0.58324	1	0.36797	1	0.61283	1	0.90712	1	0.5376	1	0.50739	1	0.49913	1	0.66881	1
amp_3q26.2	90 (71%)	36	9.9999e-06	0.006	9.9999e-06	0.006	0.00422	1	0.00024	0.135	9.9999e-06	0.006	9.9999e-06	0.006	9.9999e-06	0.006	9.9999e-06	0.006
amp_5p15.33	73 (58%)	53	0.00054999	0.306	0.074829	1	0.051689	1	0.070509	1	0.0071399	1	0.01454	1	0.00343	1	0.0059299	1
amp_6p21.1	43 (34%)	83	0.01047	1	0.31641	1	0.28772	1	0.73086	1	0.03152	1	0.0227	1	0.01226	1	0.02959	1
amp_6q23.3	27 (21%)	99	0.0342	1	0.17781	1	0.0079599	1	0.03158	1	0.15444	1	0.18776	1	0.11128	1	0.095669	1
amp_7p22.3	85 (67%)	41	0.089769	1	0.36758	1	0.00101	0.552	0.01857	1	0.00182	0.976	0.68536	1	0.01567	1	0.27221	1
amp_7p11.2	83 (66%)	43	0.14778	1	0.30853	1	0.04161	1	0.22742	1	0.01949	1	0.58005	1	0.02472	1	0.32502	1
amp_7q21.2	79 (63%)	47	0.078739	1	0.082469	1	0.98193	1	1	1	0.18812	1	0.68822	1	0.090139	1	0.38605	1
amp_8p11.23	49 (39%)	77	0.0088499	1	0.23153	1	0.28671	1	0.23481	1	0.52005	1	0.17502	1	0.24465	1	0.01465	1
amp_8p11.21	58 (46%)	68	0.00188	1	0.50715	1	0.25154	1	0.086459	1	0.58232	1	0.76724	1	0.48475	1	0.18871	1
amp_8q24.21	99 (79%)	27	0.00092999	0.511	0.02444	1	0.17299	1	0.23194	1	0.00355	1	0.01349	1	0.03427	1	0.0014	0.757
amp_9p13.3	27 (21%)	99	0.55571	1	0.1136	1	0.32756	1	0.26186	1	0.71402	1	0.16878	1	0.82488	1	0.88601	1
amp_10p11.21	34 (27%)	92	0.58122	1	0.01711	1	0.94033	1	0.84855	1	0.43442	1	0.82338	1	0.51609	1	0.57586	1
amp_11p13	37 (29%)	89	0.93869	1	0.93487	1	0.24464	1	0.27041	1	0.53828	1	0.60385	1	0.76105	1	0.78574	1
amp_11q13.3	75 (60%)	51	5e-05	0.0288	0.01827	1	0.17739	1	0.12367	1	0.00334	1	0.01337	1	0.03171	1	0.01051	1
amp_12p13.33	53 (42%)	73	3e-05	0.0174	0.017	1	0.0374	1	0.04413	1	0.053389	1	0.0305	1	0.054579	1	0.0368	1
amp_12p12.1	59 (47%)	67	0.00056999	0.316	0.18959	1	0.35768	1	0.11939	1	0.14	1	0.083759	1	0.13652	1	0.074629	1
amp_13q22.1	41 (33%)	85	0.12166	1	0.17323	1	0.30607	1	0.071219	1	0.00445	1	0.072649	1	0.0079699	1	0.0202	1
amp_15q26.3	42 (33%)	84	0.12705	1	0.01286	1	0.30731	1	0.24897	1	0.0050199	1	0.0269	1	0.0059999	1	0.00222	1
amp_17q12	46 (37%)	80	0.00413	1	0.26773	1	0.35559	1	0.27795	1	0.03198	1	0.35197	1	0.11659	1	0.12522	1
amp_18p11.32	45 (36%)	81	0.0084399	1	0.3106	1	0.81763	1	0.81201	1	0.11733	1	0.67529	1	0.45365	1	0.52034	1
amp_18q11.2	33 (26%)	93	0.062809	1	0.01305	1	0.36213	1	0.03326	1	0.0058299	1	0.00334	1	0.04131	1	0.00205	1
amp_19p13.2	22 (17%)	104	0.059639	1	0.21513	1	0.22072	1	0.41351	1	0.17384	1	0.46201	1	0.058889	1	0.60052	1
amp_19q12	32 (25%)	94	0.0084899	1	0.19022	1	0.43174	1	0.33627	1	0.04186	1	0.088749	1	0.073919	1	0.04278	1
del_1p36.13	43 (34%)	83	0.059769	1	0.0356	1	0.10791	1	0.051159	1	0.082239	1	0.087469	1	0.01014	1	0.2502	1
del_1p13.2	44 (35%)	82	0.0077099	1	0.39118	1	0.25927	1	0.35718	1	0.95939	1	0.11538	1	0.7017	1	0.83796	1
del_1q44	15 (12%)	111	0.73368	1	0.67392	1	0.26156	1	0.29792	1	0.82684	1	0.66237	1	0.4607	1	0.34185	1
del_2q22.1	46 (37%)	80	0.01043	1	0.00021	0.118	0.39549	1	0.30028	1	0.00071999	0.397	0.0015	0.81	0.00012	0.0682	0.00133	0.722
del_2q33.3	25 (20%)	101	0.84565	1	0.10888	1	0.26474	1	0.35814	1	0.099629	1	0.055969	1	0.17722	1	0.055079	1
del_3p25.3	77 (61%)	49	2e-05	0.0117	9.9999e-06	0.006	0.068369	1	0.01506	1	2e-05	0.0117	0.00012	0.0682	3e-05	0.0174	3e-05	0.0174
del_3p14.3	89 (71%)	37	9.9999e-06	0.006	5e-05	0.0288	0.01942	1	0.00367	1	9.9999e-06	0.006	2e-05	0.0117	2e-05	0.0117	2e-05	0.0117
del_3p14.2	89 (71%)	37	9.9999e-06	0.006	0.0011	0.601	0.30779	1	0.11487	1	7.9999e-05	0.0457	5.9999e-05	0.0344	0.00011	0.0626	9.9999e-05	0.057
del_3q11.1	18 (14%)	108	0.95009	1	1	1	0.46151	1	0.13759	1	0.9232	1	0.90819	1	0.59527	1	0.9235	1
del_3q26.31	11 (9%)	115	0.068309	1	0.01889	1	0.067639	1	0.096589	1	0.01479	1	0.01224	1	0.0069199	1	0.00165	0.889
del_4p15.2	68 (54%)	58	0.01355	1	0.22569	1	0.17619	1	0.37504	1	0.0078399	1	0.59419	1	0.00435	1	0.090619	1
del_4q21.23	60 (48%)	66	0.00379	1	0.18022	1	0.051929	1	0.52109	1	0.079999	1	0.50869	1	0.01733	1	0.062689	1
del_4q22.1	67 (53%)	59	0.00353	1	0.5194	1	0.03248	1	0.48426	1	0.058489	1	0.6367	1	0.0395	1	0.17426	1
del_4q31.3	65 (52%)	61	0.01442	1	0.04951	1	0.18845	1	0.59188	1	0.01322	1	0.19379	1	0.0117	1	0.050339	1
del_5q11.2	72 (57%)	54	0.063319	1	0.0051799	1	0.71568	1	0.65463	1	0.0090499	1	0.04221	1	0.22238	1	0.13919	1
del_5q15	72 (57%)	54	0.076359	1	0.051289	1	0.91529	1	1	1	0.0055199	1	0.076589	1	0.24885	1	0.21026	1
del_6p25.3	45 (36%)	81	0.058179	1	0.17152	1	0.6746	1	0.58592	1	0.1979	1	0.0088599	1	0.27789	1	0.13471	1
del_6q16.3	40 (32%)	86	0.20776	1	0.63543	1	0.37237	1	0.40472	1	0.22715	1	0.41188	1	0.45487	1	0.69824	1
del_6q26	36 (29%)	90	0.11174	1	0.48169	1	0.070779	1	0.14459	1	0.098149	1	0.26263	1	0.20336	1	0.43347	1
del_7q31.1	34 (27%)	92	0.56229	1	0.10761	1	0.31946	1	0.84707	1	0.43698	1	0.56197	1	0.26889	1	0.40436	1
del_7q36.2	41 (33%)	85	0.63399	1	0.33151	1	0.14617	1	1	1	0.28761	1	0.47335	1	0.1929	1	0.95621	1
del_8p23.2	57 (45%)	69	2e-04	0.113	0.10045	1	0.04272	1	0.26474	1	0.0098699	1	0.23534	1	0.12228	1	0.12219	1
del_9p21.3	98 (78%)	28	0.00039	0.218	0.32201	1	0.04534	1	0.02088	1	0.02455	1	0.072719	1	0.098339	1	0.03525	1
del_10p15.1	35 (28%)	91	0.094019	1	0.39617	1	0.53569	1	0.22895	1	0.31198	1	0.055539	1	0.1639	1	0.1667	1
del_10p11.21	32 (25%)	94	0.00039	0.218	0.00061999	0.343	0.10968	1	0.01478	1	0.00012	0.0682	0.00179	0.961	5.9999e-05	0.0344	0.00098999	0.543
del_10q22.3	39 (31%)	87	0.02406	1	0.01675	1	0.20829	1	0.12435	1	0.060309	1	0.02532	1	0.073079	1	0.073399	1
del_10q23.31	47 (37%)	79	0.1742	1	0.11753	1	0.53895	1	0.50886	1	0.47746	1	0.2479	1	0.36191	1	0.62604	1
del_11p15.4	54 (43%)	72	0.12093	1	0.27844	1	0.064479	1	0.04586	1	0.88732	1	0.235	1	0.71726	1	0.43737	1
del_11q24.3	56 (44%)	70	0.00022	0.124	0.15	1	0.67321	1	0.3956	1	0.067559	1	0.12326	1	0.16329	1	0.10013	1
del_12q21.2	29 (23%)	97	0.74293	1	0.19108	1	0.20752	1	0.16392	1	0.22478	1	0.17955	1	0.32972	1	0.22727	1
del_13q12.11	56 (44%)	70	0.0050899	1	0.02287	1	0.0227	1	0.061669	1	0.0050699	1	0.01291	1	0.01785	1	0.0095499	1
del_13q14.2	59 (47%)	67	0.01063	1	0.0052499	1	0.02625	1	0.0432	1	0.0098199	1	0.03062	1	0.02876	1	0.02752	1
del_13q21.2	51 (40%)	75	0.04216	1	0.11122	1	0.33973	1	0.45807	1	0.072709	1	0.14905	1	0.20118	1	0.1232	1
del_14q31.1	44 (35%)	82	0.00363	1	0.00325	1	0.02082	1	0.01466	1	0.01405	1	0.00405	1	0.00487	1	0.0063099	1
del_15q11.2	41 (33%)	85	0.41386	1	0.30452	1	0.8006	1	0.89923	1	0.51427	1	0.32372	1	0.31699	1	0.17363	1
del_16q23.1	53 (42%)	73	9.9999e-06	0.006	9.9999e-06	0.006	0.00125	0.681	0.0061999	1	9.9999e-06	0.006	9.9999e-06	0.006	9.9999e-06	0.006	9.9999e-06	0.006
del_17p11.2	57 (45%)	69	0.087099	1	0.00471	1	0.01525	1	0.03839	1	6.9999e-05	0.04	0.00287	1	0.00131	0.713	0.00062999	0.348
del_17q25.3	28 (22%)	98	0.79638	1	0.61242	1	0.16561	1	1	1	0.21456	1	0.77505	1	0.23198	1	0.79608	1
del_18q12.2	71 (56%)	55	0.50656	1	0.074759	1	0.11374	1	0.15107	1	0.13786	1	0.10531	1	0.074599	1	0.14588	1
del_18q21.2	77 (61%)	49	0.67721	1	0.0241	1	0.29626	1	0.36	1	0.062009	1	0.19722	1	0.058259	1	0.15243	1
del_19p13.3	56 (44%)	70	0.01327	1	0.59784	1	0.74656	1	0.74479	1	0.072539	1	0.095509	1	0.071579	1	0.25349	1
del_19q13.31	36 (29%)	90	0.053069	1	0.060189	1	0.33262	1	0.12174	1	0.10106	1	0.074049	1	0.11986	1	0.053329	1
del_20p12.1	23 (18%)	103	0.39315	1	0.62877	1	0.58041	1	0.16232	1	0.29271	1	0.073809	1	0.47066	1	0.13482	1
del_21q11.2	75 (60%)	51	0.27965	1	0.095299	1	0.31576	1	0.2471	1	0.04749	1	0.1602	1	0.10145	1	0.082729	1
del_21q22.12	73 (58%)	53	0.42794	1	0.01735	1	0.01586	1	0.0052599	1	0.02021	1	0.1507	1	0.0093299	1	0.02327	1
del_22q11.1	50 (40%)	76	0.0084599	1	0.00015	0.0847	0.01489	1	0.088399	1	0.00083999	0.462	0.02104	1	0.00026	0.146	0.00029	0.162
del_xp21.1	50 (40%)	76	0.01317	1	0.055699	1	0.04806	1	0.38244	1	0.083889	1	0.069199	1	0.03871	1	0.055319	1
del_xp11.3	52 (41%)	74	0.0248	1	0.11617	1	0.058779	1	0.090369	1	0.00136	0.737	0.00177	0.952	0.0034	1	0.00239	1
del_xq21.33	26 (21%)	100	0.67063	1	0.27329	1	0.53423	1	0.12491	1	0.12639	1	0.10348	1	0.26436	1	0.20721	1
