		Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	88 (18%)	402	0.086879	1	0.088459	1	0.32563	1	0.43691	1	0.48937	1	0.91453	1	0.72653	1	0.47641	1	0.79449	1	0.74816	1	1	1	0.11183	1
1q gain	199 (41%)	291	0.68139	1	0.54811	1	0.00022	0.186	6.9999e-05	0.0609	0.55658	1	0.56115	1	0.0066799	1	0.00015	0.128	0.02019	1	0.00068999	0.561	0.063979	1	0.00166	1
2p gain	218 (44%)	272	0.077599	1	0.02153	1	9.9999e-06	0.0096	2e-05	0.0179	0.41853	1	0.75781	1	9.9999e-06	0.0096	2e-05	0.0179	0.00103	0.818	0.01073	1	0.00056999	0.469	0.0114	1
2q gain	136 (28%)	354	0.34403	1	0.29855	1	7.9999e-05	0.0694	0.03079	1	0.45185	1	0.65148	1	0.00077999	0.63	0.03438	1	0.10101	1	0.26235	1	0.0051899	1	0.23718	1
3p gain	107 (22%)	383	0.97833	1	0.8273	1	0.15335	1	0.0393	1	0.84629	1	0.45733	1	0.36006	1	0.23073	1	0.77935	1	0.47329	1	0.6869	1	0.52776	1
3q gain	307 (63%)	183	0.59646	1	0.73682	1	0.00244	1	0.3167	1	1	1	0.14086	1	0.25163	1	0.36336	1	0.10929	1	0.02406	1	0.9887	1	0.24149	1
4p gain	30 (6%)	460	0.32431	1	0.10207	1	4e-05	0.0353	0.15276	1	0.27424	1	0.11493	1	0.01009	1	0.01832	1	0.25468	1	0.1318	1	0.21404	1	0.10681	1
4q gain	22 (4%)	468	0.58514	1	0.46198	1	0.0059599	1	0.10945	1	0.67748	1	0.13718	1	0.49132	1	0.75059	1	0.7487	1	0.22298	1	0.43558	1	0.12252	1
5p gain	304 (62%)	186	0.74869	1	0.61958	1	0.00080999	0.652	0.80099	1	0.36992	1	0.24014	1	0.33036	1	0.62399	1	0.93714	1	0.0042	1	0.34518	1	0.11468	1
5q gain	93 (19%)	397	0.11766	1	0.21755	1	0.03219	1	0.18597	1	0.47748	1	0.11678	1	0.30104	1	0.095129	1	0.0397	1	0.04959	1	0.16945	1	0.20603	1
6p gain	106 (22%)	384	0.054089	1	0.17917	1	0.00159	1	0.94322	1	0.93532	1	0.19293	1	0.00431	1	0.0080299	1	0.74728	1	0.079369	1	0.73022	1	0.67338	1
6q gain	91 (19%)	399	0.068159	1	0.12042	1	0.00074999	0.607	0.51833	1	0.94926	1	0.95746	1	0.02069	1	0.01776	1	0.64382	1	0.13625	1	0.96699	1	0.25235	1
7p gain	234 (48%)	256	0.03683	1	0.0064399	1	4e-05	0.0353	0.00013	0.111	0.66457	1	0.46206	1	6.9999e-05	0.0609	9.9999e-06	0.0096	0.00475	1	0.00071999	0.584	0.00333	1	3e-05	0.0266
7q gain	214 (44%)	276	0.00109	0.862	0.00016	0.136	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.96619	1	0.15623	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.00092999	0.743	4e-05	0.0353	0.00466	1	9.9999e-06	0.0096
8p gain	123 (25%)	367	0.59824	1	0.49169	1	0.22512	1	0.1018	1	0.56585	1	0.94184	1	0.072889	1	0.0244	1	0.50524	1	0.21769	1	1	1	0.83767	1
8q gain	247 (50%)	243	0.04864	1	0.03691	1	0.04184	1	0.0075099	1	0.21846	1	0.78496	1	0.0060799	1	0.0064699	1	0.02691	1	0.02463	1	0.22373	1	0.91428	1
9p gain	60 (12%)	430	0.086899	1	0.02099	1	0.00012	0.103	8.9999e-05	0.0779	0.17751	1	0.04816	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.084649	1	0.02692	1	0.0072499	1	0.01573	1
9q gain	91 (19%)	399	0.01481	1	0.00178	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.059079	1	0.02844	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	4e-05	0.0353	0.00057999	0.477	0.00115	0.908	0.00022	0.186
10p gain	76 (16%)	414	0.32487	1	0.70063	1	0.068639	1	0.16055	1	0.065529	1	0.085629	1	0.085839	1	0.2988	1	0.02658	1	0.00357	1	0.51104	1	0.1091	1
10q gain	43 (9%)	447	0.11111	1	0.14241	1	0.082819	1	0.5706	1	0.02702	1	0.20808	1	0.13409	1	0.03485	1	0.28152	1	0.27429	1	0.59081	1	0.45946	1
11p gain	72 (15%)	418	0.67626	1	0.47833	1	0.04209	1	0.23052	1	0.34121	1	0.0084599	1	0.65037	1	0.82619	1	0.01056	1	0.56812	1	0.12049	1	0.9287	1
11q gain	89 (18%)	401	0.01784	1	0.21246	1	0.00063999	0.524	0.43152	1	0.39595	1	0.051069	1	0.25263	1	0.17331	1	0.057099	1	0.43233	1	0.14591	1	0.92509	1
12p gain	224 (46%)	266	0.0185	1	0.03365	1	9.9999e-06	0.0096	0.00142	1	0.21831	1	0.80346	1	3e-05	0.0266	0.02223	1	0.02383	1	0.04035	1	0.071989	1	0.10064	1
12q gain	151 (31%)	339	0.02402	1	0.30879	1	9.9999e-06	0.0096	0.00206	1	0.53641	1	0.61452	1	0.0043	1	0.00074999	0.607	0.28438	1	0.01085	1	4e-04	0.332	8.9999e-05	0.0779
13q gain	39 (8%)	451	0.70263	1	0.66228	1	0.454	1	0.8778	1	0.41384	1	0.66427	1	0.74393	1	1	1	0.23148	1	0.42436	1	0.40882	1	0.13338	1
14q gain	124 (25%)	366	0.14244	1	0.02325	1	0.23106	1	0.11554	1	0.25145	1	0.33077	1	0.11337	1	0.02762	1	0.0025	1	0.02097	1	0.20954	1	0.00185	1
15q gain	104 (21%)	386	0.83766	1	0.42857	1	0.00187	1	0.00175	1	0.22312	1	0.65963	1	0.00080999	0.652	0.00116	0.915	0.01226	1	0.0065099	1	0.0255	1	0.10236	1
16p gain	86 (18%)	404	0.35278	1	0.55558	1	0.04197	1	0.50301	1	0.61086	1	0.7815	1	0.38341	1	0.69937	1	0.04909	1	0.46833	1	0.00178	1	0.12666	1
16q gain	85 (17%)	405	0.91716	1	0.93654	1	0.01826	1	0.33104	1	0.69133	1	0.43714	1	0.093309	1	0.41021	1	0.14842	1	0.70036	1	0.093529	1	0.10342	1
17p gain	65 (13%)	425	0.00371	1	0.10341	1	9.9999e-06	0.0096	0.00085999	0.69	0.83971	1	0.13807	1	0.00021	0.178	0.00023	0.194	0.01924	1	0.00132	1	0.00376	1	0.02666	1
17q gain	156 (32%)	334	0.00096999	0.772	0.00046	0.381	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.23596	1	0.92051	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	5e-05	0.0439	0.00082999	0.666	9.9999e-06	0.0096	0.00031	0.259
18p gain	147 (30%)	343	0.0076899	1	0.00136	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.48813	1	0.71376	1	0.00050999	0.422	0.00067999	0.554	0.00206	1	0.067649	1	0.00235	1	0.04696	1
18q gain	105 (21%)	385	0.0085299	1	0.0076199	1	9.9999e-06	0.0096	0.0018	1	0.40465	1	0.25215	1	0.00015	0.128	0.00356	1	0.04894	1	0.0091699	1	0.084009	1	0.060259	1
19p gain	109 (22%)	381	0.03518	1	0.081059	1	9.9999e-06	0.0096	0.00025	0.21	0.01862	1	0.082679	1	0.00034	0.283	0.00214	1	0.02195	1	0.00398	1	0.03793	1	0.00019	0.161
19q gain	155 (32%)	335	0.11448	1	0.17807	1	0.00012	0.103	0.0099099	1	0.22956	1	0.1198	1	0.02517	1	0.34308	1	0.59499	1	0.51606	1	0.076559	1	0.099489	1
20p gain	254 (52%)	236	0.01908	1	0.0215	1	9.9999e-06	0.0096	0.00054999	0.453	0.88777	1	0.31336	1	0.093589	1	0.078249	1	0.065419	1	0.8042	1	0.40436	1	0.72946	1
20q gain	243 (50%)	247	0.67489	1	0.31376	1	0.00012	0.103	0.14894	1	0.47339	1	0.59094	1	0.35083	1	0.19594	1	0.059629	1	0.04367	1	0.45789	1	0.63627	1
21q gain	56 (11%)	434	0.89394	1	0.81735	1	0.76422	1	0.061459	1	0.37786	1	1	1	0.41431	1	0.98279	1	0.21454	1	0.5425	1	0.30509	1	0.1782	1
22q gain	218 (44%)	272	0.0072599	1	0.02876	1	0.00482	1	0.03894	1	0.96537	1	0.068239	1	0.00174	1	0.00021	0.178	0.073729	1	0.085949	1	0.087889	1	0.24621	1
xq gain	77 (16%)	413	0.36585	1	0.12419	1	5.9999e-05	0.0525	0.0052699	1	0.67722	1	0.62121	1	0.00465	1	0.0421	1	0.00151	1	0.28861	1	0.02096	1	0.088329	1
1p loss	147 (30%)	343	9.9999e-06	0.0096	3e-05	0.0266	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.88403	1	0.17272	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.00014	0.12	9.9999e-06	0.0096	0.01045	1	0.00022	0.186
1q loss	57 (12%)	433	0.55355	1	0.66981	1	0.00050999	0.422	0.084599	1	1	1	0.67852	1	0.01859	1	0.01121	1	0.29739	1	0.27616	1	0.67476	1	0.25195	1
2p loss	21 (4%)	469	0.046	1	0.31505	1	0.03344	1	0.15295	1	0.14132	1	0.10093	1	0.49109	1	0.14382	1	0.00359	1	0.82627	1	0.02646	1	0.02357	1
2q loss	41 (8%)	449	0.49618	1	0.7178	1	0.10226	1	0.35542	1	0.88154	1	0.14323	1	0.1013	1	0.01855	1	0.00037	0.307	0.64702	1	0.0077099	1	0.03271	1
3p loss	303 (62%)	187	0.61163	1	0.13294	1	0.12823	1	0.00093999	0.75	0.94728	1	0.16057	1	0.29114	1	0.30528	1	0.079809	1	0.24569	1	0.052869	1	0.03169	1
3q loss	71 (14%)	419	0.94198	1	0.96073	1	0.48468	1	0.66301	1	0.49877	1	0.51744	1	0.8761	1	0.87067	1	0.93345	1	0.77859	1	0.050769	1	0.46407	1
4p loss	307 (63%)	183	0.00066999	0.547	3e-05	0.0266	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.21147	1	0.37759	1	2e-05	0.0179	2e-05	0.0179	0.00014	0.12	0.34515	1	0.00011	0.0949	6.9999e-05	0.0609
4q loss	290 (59%)	200	0.00107	0.847	0.00098999	0.787	9.9999e-06	0.0096	5.9999e-05	0.0525	0.25101	1	0.49708	1	2e-05	0.0179	5.9999e-05	0.0525	0.0071899	1	0.056049	1	0.0081999	1	0.01022	1
5p loss	76 (16%)	414	0.65579	1	0.71421	1	0.064569	1	0.00165	1	0.46847	1	0.0146	1	0.26309	1	0.1939	1	0.18359	1	0.95334	1	0.34814	1	0.069979	1
5q loss	284 (58%)	206	0.16798	1	0.056219	1	0.00124	0.972	0.0066699	1	0.10633	1	0.097439	1	0.0091699	1	0.00162	1	0.0091499	1	0.15483	1	0.15413	1	0.21542	1
6p loss	109 (22%)	381	0.03538	1	0.01392	1	0.00025	0.21	0.00012	0.103	0.15074	1	0.14864	1	2e-05	0.0179	9.9999e-06	0.0096	0.29517	1	0.095809	1	0.0050099	1	0.29359	1
6q loss	109 (22%)	381	0.0052299	1	0.00103	0.818	0.00127	0.994	0.00086999	0.697	0.56883	1	0.3132	1	0.00093999	0.75	0.0012	0.944	0.12156	1	0.30935	1	0.14343	1	0.59021	1
7p loss	58 (12%)	432	0.56525	1	1	1	0.00077999	0.63	0.27552	1	0.68687	1	0.087809	1	0.30373	1	0.022	1	0.42086	1	0.0078199	1	0.83873	1	0.9524	1
7q loss	51 (10%)	439	0.15927	1	0.064929	1	0.02977	1	0.21578	1	0.91445	1	0.03113	1	5.9999e-05	0.0525	9.9999e-06	0.0096	0.052699	1	0.10088	1	0.82935	1	0.1411	1
8p loss	237 (48%)	253	0.90971	1	0.93782	1	0.071159	1	0.00197	1	0.13401	1	0.55925	1	0.20294	1	0.0081699	1	0.04136	1	0.95254	1	0.3754	1	0.0062199	1
8q loss	49 (10%)	441	0.34765	1	0.35854	1	0.27046	1	0.00301	1	0.0405	1	0.94385	1	0.14294	1	0.00079999	0.645	0.43894	1	0.093589	1	0.81825	1	0.55078	1
9p loss	304 (62%)	186	0.0075099	1	0.00123	0.966	5e-05	0.0439	0.0184	1	0.20679	1	0.075959	1	9.9999e-06	0.0096	2e-05	0.0179	0.051469	1	0.00089999	0.72	0.16045	1	0.090689	1
9q loss	239 (49%)	251	3e-05	0.0266	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.17325	1	0.01471	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.00063999	0.524	9.9999e-06	0.0096
10p loss	210 (43%)	280	0.20422	1	0.21782	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.48391	1	0.18392	1	9.9999e-06	0.0096	2e-05	0.0179	0.00011	0.0949	9.9999e-06	0.0096	0.00069999	0.568	0.00253	1
10q loss	223 (46%)	267	0.00116	0.915	0.00024	0.202	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.095619	1	0.077779	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.00015	0.128	9.9999e-06	0.0096	0.00063999	0.524	0.0059499	1
11p loss	168 (34%)	322	0.25231	1	0.25189	1	0.00297	1	0.00336	1	0.13276	1	0.00273	1	0.15575	1	0.39371	1	0.38469	1	0.78326	1	0.11057	1	0.062769	1
11q loss	139 (28%)	351	0.98713	1	0.7596	1	0.0024	1	0.00148	1	0.53961	1	0.86616	1	0.18212	1	0.67138	1	0.01857	1	0.54026	1	0.21923	1	0.41135	1
12p loss	38 (8%)	452	0.02365	1	0.0050399	1	0.31338	1	0.88067	1	0.099199	1	0.88506	1	0.9488	1	0.057989	1	0.13274	1	0.1782	1	0.58652	1	0.17134	1
12q loss	48 (10%)	442	0.36754	1	0.1412	1	0.98053	1	0.67494	1	0.02829	1	0.7521	1	0.73852	1	0.54269	1	0.18138	1	0.01747	1	0.5585	1	0.64969	1
13q loss	305 (62%)	185	0.61833	1	0.70846	1	0.01681	1	0.054359	1	0.70336	1	0.36972	1	0.4017	1	0.37488	1	0.31067	1	0.02642	1	0.00169	1	0.01727	1
14q loss	165 (34%)	325	5e-05	0.0439	0.00029	0.243	0.060519	1	0.11327	1	0.054549	1	0.15296	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.01017	1	9.9999e-06	0.0096
15q loss	137 (28%)	353	0.721	1	0.74434	1	0.24654	1	0.051359	1	0.32614	1	0.002	1	0.057229	1	0.14086	1	0.04852	1	0.03109	1	0.01136	1	0.0148	1
16p loss	155 (32%)	335	0.91652	1	0.75931	1	0.00122	0.959	0.11785	1	0.1195	1	0.27295	1	0.45559	1	0.27853	1	0.090049	1	0.77619	1	0.092629	1	0.19637	1
16q loss	177 (36%)	313	0.7757	1	0.12768	1	0.0053199	1	0.16101	1	0.1327	1	0.85167	1	0.063389	1	0.11417	1	0.01189	1	0.17816	1	0.00378	1	0.0060599	1
17p loss	285 (58%)	205	0.0051699	1	0.17053	1	0.00154	1	0.0112	1	0.43515	1	0.0062099	1	3e-04	0.251	0.0058699	1	0.02823	1	0.00066999	0.547	0.70892	1	0.093989	1
17q loss	90 (18%)	400	0.00463	1	0.0052999	1	0.00061999	0.508	0.00011	0.0949	0.31977	1	0.76225	1	8.9999e-05	0.0779	2e-05	0.0179	0.17571	1	0.0094399	1	0.052079	1	0.15632	1
18p loss	139 (28%)	351	0.85845	1	0.656	1	0.01953	1	0.087369	1	0.62432	1	0.91875	1	0.17823	1	0.04348	1	0.3895	1	0.03004	1	0.0082899	1	0.76722	1
18q loss	182 (37%)	308	0.17819	1	0.25001	1	0.080169	1	0.32435	1	0.64834	1	0.29985	1	0.38984	1	0.17942	1	0.20426	1	0.13827	1	0.061309	1	0.40004	1
19p loss	164 (33%)	326	0.052729	1	0.060739	1	3e-05	0.0266	0.57941	1	0.8589	1	0.26498	1	0.11859	1	0.01723	1	0.03216	1	5e-04	0.414	0.7602	1	0.24022	1
19q loss	110 (22%)	380	0.6172	1	0.50872	1	0.0095899	1	0.04588	1	0.34137	1	0.69221	1	0.7211	1	0.91604	1	0.28007	1	0.63616	1	0.6076	1	0.41694	1
20p loss	41 (8%)	449	0.14363	1	0.13929	1	0.00242	1	0.0074399	1	0.11257	1	0.14224	1	0.16574	1	0.1934	1	0.04867	1	0.73994	1	0.20138	1	0.01841	1
20q loss	46 (9%)	444	0.055299	1	0.075799	1	0.0060399	1	0.054509	1	0.26565	1	0.29471	1	0.00024	0.202	0.00057999	0.477	0.12668	1	0.5181	1	0.18056	1	0.27672	1
21q loss	260 (53%)	230	0.90028	1	0.32092	1	9.9999e-06	0.0096	0.03662	1	0.52605	1	0.44976	1	0.065189	1	0.26834	1	0.00186	1	0.01044	1	0.18909	1	0.093249	1
22q loss	95 (19%)	395	0.0088099	1	0.10045	1	0.10628	1	0.03845	1	0.25342	1	0.056889	1	0.00026	0.218	9.9999e-06	0.0096	0.29965	1	0.080299	1	0.6931	1	0.14531	1
xq loss	110 (22%)	380	0.20179	1	0.55745	1	0.00033	0.275	0.00052999	0.437	0.77234	1	0.82357	1	0.02063	1	0.86847	1	3e-04	0.251	0.31466	1	5.9999e-05	0.0525	0.03207	1
