		Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		MIR_CNMF		MIR_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p34.3	287 (50%)	282	0.43082	1	0.081539	1	0.12459	1	0.088869	1	9.9999e-06	0.00884	0.11203	1	0.38619	1	0.55858	1	0.18585	1	0.086869	1	0.1656	1	0.066429	1	0.41315	1
amp_1q21.3	361 (63%)	208	0.26843	1	0.16175	1	0.64172	1	0.39687	1	9.9999e-06	0.00884	0.076579	1	0.070899	1	0.66018	1	0.37151	1	0.84436	1	0.0058399	1	0.74361	1	0.35028	1
amp_1q42.2	314 (55%)	255	0.02329	1	0.02695	1	0.88544	1	0.0075099	1	9.9999e-06	0.00884	0.2558	1	0.1238	1	0.50312	1	0.32257	1	0.26686	1	0.00291	1	0.36409	1	0.32666	1
amp_2p23.2	245 (43%)	324	0.33027	1	0.01318	1	0.75801	1	0.17108	1	9.9999e-06	0.00884	0.14348	1	0.2147	1	0.03303	1	0.02032	1	0.91874	1	0.20003	1	0.9391	1	0.62819	1
amp_2q31.2	259 (46%)	310	0.11195	1	0.17257	1	0.03253	1	0.03023	1	9.9999e-06	0.00884	0.04939	1	0.32421	1	0.15187	1	0.27123	1	0.28859	1	0.084809	1	0.081959	1	0.44915	1
amp_3q26.2	476 (84%)	93	0.0090499	1	0.02685	1	0.81683	1	0.27862	1	9.9999e-06	0.00884	0.40685	1	0.27817	1	0.0066399	1	0.01146	1	0.12554	1	0.068019	1	0.47792	1	0.76427	1
amp_4p16.3	157 (28%)	412	1	1	0.32052	1	0.02987	1	0.4793	1	0.00028	0.233	0.27295	1	0.69147	1	0.69121	1	0.98334	1	0.6271	1	0.01934	1	0.7534	1	0.96339	1
amp_4q13.3	110 (19%)	459	0.9517	1	0.42892	1	0.34529	1	0.9872	1	0.00038	0.314	0.55413	1	0.42349	1	0.1247	1	0.478	1	1	1	0.72333	1	0.87569	1	0.83545	1
amp_5p15.33	304 (53%)	265	1	1	0.054309	1	0.6271	1	0.24891	1	9.9999e-06	0.00884	0.9822	1	0.23795	1	0.24413	1	0.38934	1	0.02516	1	0.1456	1	0.10461	1	0.26353	1
amp_6p22.3	300 (53%)	269	0.17332	1	0.03099	1	0.2753	1	0.074499	1	9.9999e-06	0.00884	0.073539	1	0.056039	1	0.86611	1	0.21314	1	0.37786	1	0.61564	1	0.16849	1	0.51428	1
amp_7q36.3	311 (55%)	258	0.10704	1	0.17697	1	0.35845	1	0.98833	1	3e-05	0.0254	0.03183	1	0.20411	1	0.84528	1	0.97085	1	0.21043	1	0.50107	1	0.02368	1	0.44208	1
amp_8p11.21	207 (36%)	362	0.10953	1	0.35408	1	0.10136	1	0.53336	1	4e-05	0.0337	0.01086	1	0.42458	1	0.27624	1	0.17297	1	0.76904	1	0.32487	1	0.6734	1	0.97502	1
amp_8q24.21	451 (79%)	118	9.9999e-06	0.00884	9.9999e-06	0.00884	0.24972	1	0.00232	1	9.9999e-06	0.00884	0.98561	1	0.32665	1	9.9999e-06	0.00884	0.00031	0.257	0.1617	1	0.099819	1	0.063449	1	0.066679	1
amp_10p15.3	246 (43%)	323	0.82444	1	0.10006	1	0.053179	1	0.16772	1	9.9999e-06	0.00884	0.48581	1	0.50411	1	0.24134	1	0.1214	1	0.37584	1	0.066499	1	0.60069	1	0.5811	1
amp_10q22.3	181 (32%)	388	0.47073	1	0.29849	1	0.54211	1	0.9642	1	0.21867	1	0.6557	1	0.84533	1	0.19449	1	0.7654	1	0.26819	1	0.51729	1	0.90655	1	0.41156	1
amp_11q14.1	253 (44%)	316	0.0052999	1	0.004	1	0.77209	1	0.30841	1	9.9999e-06	0.00884	0.38278	1	0.22598	1	0.00434	1	0.02793	1	0.13191	1	0.92165	1	0.21436	1	0.91233	1
amp_12p13.33	323 (57%)	246	0.02361	1	0.00349	1	0.26526	1	0.054579	1	9.9999e-06	0.00884	0.19311	1	0.15695	1	0.01472	1	0.03205	1	0.53512	1	0.0077999	1	0.83303	1	0.81671	1
amp_12p12.1	306 (54%)	263	0.13114	1	0.30837	1	0.90161	1	0.04152	1	9.9999e-06	0.00884	0.61623	1	0.091159	1	0.01265	1	0.30291	1	0.44161	1	0.00475	1	0.73379	1	0.18002	1
amp_14q11.2	146 (26%)	423	0.01657	1	0.058879	1	0.2932	1	0.0068699	1	0.04004	1	0.53612	1	0.46652	1	0.34297	1	0.40808	1	0.30082	1	0.8222	1	0.21667	1	0.2977	1
amp_14q32.33	153 (27%)	416	0.43722	1	0.64904	1	0.19711	1	0.01699	1	0.00028	0.233	1	1	0.2029	1	0.16621	1	0.24195	1	0.37318	1	0.42147	1	0.47633	1	0.56062	1
amp_15q26.3	161 (28%)	408	0.085399	1	0.42179	1	0.50891	1	0.42447	1	9.9999e-06	0.00884	0.97917	1	0.18473	1	0.20479	1	0.54571	1	0.1535	1	0.065999	1	0.16377	1	0.4284	1
amp_17q25.3	212 (37%)	357	0.47034	1	0.057699	1	0.98079	1	0.66646	1	0.00219	1	0.072009	1	0.1306	1	0.01161	1	0.0261	1	0.32331	1	0.12737	1	0.2974	1	0.050649	1
amp_18q11.2	142 (25%)	427	0.82255	1	0.7792	1	0.95297	1	0.22021	1	6.9999e-05	0.0587	0.15647	1	0.41762	1	0.04217	1	0.076889	1	0.14767	1	0.51419	1	0.1713	1	0.277	1
amp_19p13.12	308 (54%)	261	0.00027	0.225	0.00024	0.2	0.03751	1	0.25145	1	9.9999e-06	0.00884	0.00028	0.233	0.00011	0.0922	0.24001	1	0.46116	1	0.58474	1	0.095229	1	0.98466	1	0.28707	1
amp_19q12	319 (56%)	250	0.12462	1	0.0065399	1	0.02832	1	0.51613	1	9.9999e-06	0.00884	0.04764	1	0.21349	1	0.5526	1	0.37563	1	0.34943	1	0.059999	1	0.83026	1	0.10641	1
amp_19q13.2	241 (42%)	328	0.94636	1	0.53993	1	0.66085	1	0.3899	1	9.9999e-06	0.00884	0.4453	1	0.14826	1	0.38064	1	0.087339	1	0.97728	1	0.55091	1	0.71127	1	0.35793	1
amp_20p13	313 (55%)	256	0.4703	1	0.01656	1	0.14157	1	0.03996	1	9.9999e-06	0.00884	0.19808	1	0.41863	1	0.081759	1	0.70245	1	0.18929	1	0.0085199	1	0.66281	1	0.9401	1
amp_20q11.21	340 (60%)	229	0.00283	1	0.0035	1	0.1118	1	0.00286	1	9.9999e-06	0.00884	0.13299	1	0.019	1	0.00037	0.306	0.04799	1	0.28914	1	0.00056999	0.469	0.73572	1	0.86468	1
amp_20q13.33	393 (69%)	176	0.0099599	1	0.00083999	0.689	0.68344	1	0.00142	1	9.9999e-06	0.00884	0.85137	1	0.28238	1	0.0076799	1	0.00468	1	0.47686	1	0.0497	1	0.69076	1	0.65024	1
amp_22q12.2	89 (16%)	480	0.6239	1	0.15521	1	0.071729	1	0.03419	1	0.00128	1	0.98356	1	0.087849	1	0.059579	1	0.059729	1	0.10903	1	0.01451	1	0.03737	1	0.01655	1
amp_xp11.23	154 (27%)	415	0.66547	1	0.86522	1	0.41909	1	0.6336	1	5e-05	0.042	0.71861	1	0.90428	1	0.44477	1	0.92939	1	0.27554	1	0.03104	1	0.45439	1	0.90975	1
amp_xq28	217 (38%)	352	0.24197	1	0.84615	1	0.55778	1	0.12259	1	0.00131	1	0.45383	1	0.44487	1	0.62452	1	0.9382	1	0.8805	1	0.80621	1	0.86836	1	0.99128	1
del_1p36.11	267 (47%)	302	0.73915	1	0.067699	1	0.02876	1	0.11665	1	2e-05	0.017	0.12261	1	0.39115	1	0.85353	1	0.41913	1	0.22002	1	0.17007	1	0.34694	1	0.058489	1
del_1q41	95 (17%)	474	0.088189	1	0.62417	1	0.29651	1	0.83622	1	9.9999e-06	0.00884	0.48567	1	0.01912	1	0.27983	1	0.24676	1	0.92127	1	0.96971	1	0.76019	1	0.67155	1
del_2p25.3	120 (21%)	449	0.8802	1	0.26931	1	0.42067	1	0.15682	1	0.24401	1	0.26029	1	0.54081	1	0.062529	1	0.237	1	0.87532	1	0.9505	1	0.89225	1	1	1
del_2q22.1	136 (24%)	433	0.10685	1	0.27226	1	0.56583	1	0.00356	1	0.085129	1	0.60191	1	0.72058	1	0.92094	1	0.30128	1	0.48066	1	0.59897	1	0.41777	1	0.41375	1
del_2q37.3	173 (30%)	396	0.01612	1	0.52618	1	0.76744	1	0.01723	1	3e-05	0.0254	0.81536	1	0.69004	1	0.01628	1	0.00424	1	0.01369	1	0.01501	1	0.053979	1	0.02592	1
del_3p26.2	209 (37%)	360	0.15395	1	0.00051999	0.429	0.0056199	1	0.0045	1	2e-05	0.017	0.96967	1	0.23948	1	0.00326	1	0.0095299	1	0.63431	1	0.12277	1	0.97469	1	0.82739	1
del_4q22.1	388 (68%)	181	0.052209	1	0.02278	1	1	1	0.16599	1	0.02029	1	0.18971	1	0.060899	1	0.070339	1	0.38933	1	0.30635	1	0.25346	1	0.02957	1	0.22411	1
del_4q34.3	415 (73%)	154	0.053169	1	0.00061999	0.509	0.062729	1	0.02772	1	0.15123	1	0.66911	1	0.19867	1	0.083449	1	0.0179	1	0.42292	1	0.52918	1	0.16075	1	0.27939	1
del_5q11.2	347 (61%)	222	0.92253	1	0.82771	1	0.63847	1	0.04207	1	9.9999e-06	0.00884	0.74481	1	0.87023	1	0.20865	1	0.04075	1	0.092369	1	0.18187	1	0.065939	1	0.056149	1
del_5q13.2	412 (72%)	157	0.74732	1	0.6228	1	0.89815	1	0.25941	1	9.9999e-06	0.00884	0.79139	1	0.83084	1	0.51714	1	0.092519	1	0.15672	1	0.10802	1	0.2122	1	0.17486	1
del_6q27	381 (67%)	188	0.1689	1	0.04604	1	0.26454	1	0.14471	1	9.9999e-06	0.00884	0.45239	1	0.24721	1	3e-05	0.0254	0.00093999	0.77	0.37127	1	0.02874	1	0.33969	1	0.49067	1
del_7p22.1	248 (44%)	321	0.39664	1	0.51669	1	0.77181	1	0.062949	1	9.9999e-06	0.00884	0.81756	1	0.60481	1	0.34598	1	0.1263	1	0.34625	1	0.9055	1	0.69806	1	0.2926	1
del_8p23.3	382 (67%)	187	0.04435	1	0.15222	1	0.57316	1	0.01144	1	9.9999e-06	0.00884	0.89253	1	0.45105	1	0.89278	1	0.91212	1	0.24379	1	0.24564	1	0.17062	1	0.33204	1
del_8p21.2	400 (70%)	169	0.04345	1	0.090409	1	0.18128	1	0.0055399	1	9.9999e-06	0.00884	0.87577	1	0.99374	1	0.45738	1	0.7014	1	0.581	1	0.51268	1	0.91857	1	0.075249	1
del_9p24.3	257 (45%)	312	0.00028	0.233	5e-05	0.042	0.61982	1	0.01318	1	0.03946	1	0.3246	1	0.9545	1	0.072959	1	0.051869	1	0.087839	1	0.12519	1	0.063249	1	0.1585	1
del_9q34.13	337 (59%)	232	0.02865	1	0.00122	0.997	0.96294	1	0.45441	1	2e-05	0.017	0.41784	1	0.088099	1	0.20689	1	0.14386	1	0.03494	1	0.1979	1	0.13206	1	0.078039	1
del_10p15.3	120 (21%)	449	0.17739	1	0.70766	1	0.088739	1	0.32173	1	0.14825	1	0.28947	1	0.0397	1	0.01441	1	0.088749	1	0.25232	1	0.26363	1	0.11292	1	0.40959	1
del_10q24.2	246 (43%)	323	0.00181	1	0.00279	1	0.0063299	1	0.21435	1	4e-05	0.0337	0.01083	1	0.00203	1	0.44375	1	0.29478	1	0.00187	1	0.45251	1	0.01035	1	0.0057799	1
del_11p15.5	338 (59%)	231	0.11137	1	0.971	1	0.6181	1	0.084809	1	9.9999e-06	0.00884	0.94521	1	0.71172	1	0.69752	1	0.50417	1	0.10536	1	0.0091299	1	0.15556	1	0.19541	1
del_11q25	195 (34%)	374	0.71424	1	0.63582	1	0.17302	1	0.063409	1	0.14717	1	0.31722	1	0.1972	1	0.9315	1	0.30988	1	0.6341	1	0.17976	1	0.68302	1	0.19015	1
del_12q24.33	217 (38%)	352	0.00095999	0.785	0.099759	1	0.16358	1	0.01454	1	9.9999e-06	0.00884	0.29478	1	0.22436	1	0.052049	1	0.03185	1	0.01509	1	0.0046	1	0.01894	1	0.02666	1
del_13q14.2	358 (63%)	211	0.01005	1	0.01582	1	0.61255	1	0.04267	1	9.9999e-06	0.00884	0.00174	1	0.051339	1	0.098829	1	0.68077	1	0.3767	1	0.36653	1	0.45175	1	0.38663	1
del_14q23.3	299 (53%)	270	0.065589	1	0.50463	1	0.65497	1	0.61201	1	0.00013	0.109	0.22664	1	0.51112	1	0.85627	1	0.28283	1	0.89858	1	0.59203	1	0.7113	1	0.79849	1
del_15q15.1	360 (63%)	209	0.02625	1	0.060069	1	0.0222	1	0.00285	1	9.9999e-06	0.00884	0.15734	1	0.15146	1	0.01088	1	0.49667	1	0.39594	1	0.00206	1	0.20392	1	0.02371	1
del_16p13.3	307 (54%)	262	0.60761	1	0.072749	1	0.27407	1	0.02923	1	0.053559	1	0.83959	1	0.81769	1	0.36643	1	0.43135	1	0.22073	1	0.48535	1	0.1116	1	0.45539	1
del_16q22.1	453 (80%)	116	0.4967	1	0.70359	1	0.03087	1	0.44911	1	0.00017	0.142	0.69718	1	0.14335	1	0.22257	1	0.29123	1	0.31333	1	0.04747	1	0.060059	1	0.089909	1
del_16q23.1	444 (78%)	125	0.10772	1	0.24476	1	0.10089	1	0.061069	1	3e-05	0.0254	0.81299	1	0.22242	1	0.27295	1	0.1677	1	0.056989	1	0.04816	1	0.04075	1	0.0062799	1
del_17p12	483 (85%)	86	0.14248	1	0.33316	1	0.5937	1	0.69103	1	0.73667	1	0.90676	1	0.36938	1	0.15339	1	0.19427	1	0.50798	1	0.21032	1	0.4674	1	0.41492	1
del_17q11.2	466 (82%)	103	0.91986	1	0.19265	1	0.73266	1	0.2156	1	0.00056999	0.469	0.76465	1	0.036	1	0.37253	1	0.44106	1	0.14964	1	0.16431	1	0.02512	1	0.76188	1
del_18q23	377 (66%)	192	0.98575	1	0.99199	1	0.14745	1	0.80666	1	0.01583	1	0.3352	1	0.20334	1	0.12564	1	0.36669	1	0.48394	1	0.17595	1	0.074489	1	0.74286	1
del_19p13.3	502 (88%)	67	0.1588	1	0.089579	1	0.8404	1	0.54559	1	0.00052999	0.437	0.62379	1	0.40425	1	0.33329	1	0.51975	1	0.4779	1	0.73146	1	0.44219	1	0.1898	1
del_19q13.33	295 (52%)	274	0.00026	0.217	0.00229	1	0.04582	1	0.02097	1	0.095679	1	0.02932	1	0.30101	1	0.0067499	1	0.12203	1	0.32114	1	0.12874	1	0.29226	1	0.4749	1
del_19q13.43	279 (49%)	290	0.01148	1	0.064179	1	0.096619	1	0.38751	1	0.00281	1	0.18036	1	0.41614	1	0.47507	1	0.94056	1	0.52284	1	0.13911	1	0.36901	1	0.65407	1
del_21q22.3	224 (39%)	345	0.36872	1	0.04176	1	0.69201	1	0.20441	1	0.81462	1	0.66127	1	0.71717	1	0.24397	1	0.1272	1	0.82058	1	0.73186	1	0.19845	1	0.45324	1
del_22q13.32	495 (87%)	74	0.16593	1	0.12442	1	0.02212	1	0.30965	1	0.00486	1	0.10155	1	0.04458	1	0.10583	1	0.01395	1	0.03083	1	0.59955	1	0.027	1	0.11008	1
del_xp21.1	350 (62%)	219	0.40481	1	0.646	1	0.098409	1	0.79664	1	0.12302	1	0.46102	1	0.10626	1	0.8825	1	0.24157	1	0.97635	1	0.71777	1	0.86125	1	0.10846	1
