Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Bladder Urothelial Carcinoma (Primary solid tumor)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
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doi:10.7908/C14B301B
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C14B301B
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 80 arm-level events and 11 clinical features across 214 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No arm-level cnvs related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 80 arm-level events and 11 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		NUMBERPACKYEARSSMOKED NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test
1p gain 50 (23%) 164 0.0339
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.0713
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.522
(1.00)
1q gain 71 (33%) 143 0.224
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.0876
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0698
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.0862
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.329
(1.00)
2p gain 63 (29%) 151 0.311
(1.00) 		0.0681
(1.00) 		0.0267
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.00088
(0.771) 		0.83
(1.00) 		0.00144
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.00217
(1.00) 		0.9
(1.00)
2q gain 30 (14%) 184 0.268
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.91
(1.00)
3p gain 72 (34%) 142 0.409
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0319
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.0508
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.0554
(1.00) 		0.0566
(1.00) 		0.00541
(1.00) 		0.183
(1.00)
3q gain 95 (44%) 119 0.791
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.0399
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.0065
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.0962
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.00657
(1.00) 		0.705
(1.00)
4p gain 24 (11%) 190 0.227
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.787
(1.00)
4q gain 14 (7%) 200 0.391
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.581
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.527
(1.00) 		1
(1.00)
5p gain 83 (39%) 131 0.535
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.862
(1.00) 		1
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.0634
(1.00)
5q gain 29 (14%) 185 0.974
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.832
(1.00)
6p gain 31 (14%) 183 0.817
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.328
(1.00)
6q gain 18 (8%) 196 0.5
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.664
(1.00)
7p gain 93 (43%) 121 0.622
(1.00) 		0.0724
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.0621
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.257
(1.00)
7q gain 84 (39%) 130 0.982
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.00269
(1.00) 		0.0932
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.0531
(1.00)
8p gain 44 (21%) 170 0.297
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.548
(1.00) 		1
(1.00)
8q gain 97 (45%) 117 0.7
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.218
(1.00)
9p gain 34 (16%) 180 0.0593
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.0424
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.26
(1.00)
9q gain 30 (14%) 184 0.275
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.0238
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.0335
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.083
(1.00) 		0.0365
(1.00) 		0.347
(1.00)
10p gain 59 (28%) 155 0.112
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.204
(1.00)
10q gain 18 (8%) 196 0.204
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.64
(1.00)
11p gain 22 (10%) 192 0.0995
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.0822
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.401
(1.00)
11q gain 30 (14%) 184 0.532
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.0815
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.0661
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.457
(1.00)
12p gain 61 (29%) 153 0.332
(1.00) 		0.0218
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.0665
(1.00) 		1
(1.00)
12q gain 46 (21%) 168 0.284
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.523
(1.00)
13q gain 53 (25%) 161 0.952
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.0216
(1.00) 		0.0292
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.0853
(1.00) 		0.179
(1.00)
14q gain 39 (18%) 175 0.073
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.0849
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.0363
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.0252
(1.00)
15q gain 21 (10%) 193 0.803
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.882
(1.00)
16p gain 33 (15%) 181 0.0621
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.00699
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.0338
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.704
(1.00)
16q gain 42 (20%) 172 0.389
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.0791
(1.00) 		0.0426
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.189
(1.00)
17p gain 32 (15%) 182 0.00887
(1.00) 		0.0776
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.523
(1.00)
17q gain 72 (34%) 142 0.0421
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.782
(1.00)
18p gain 63 (29%) 151 0.3
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.0899
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.00453
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.035
(1.00)
18q gain 35 (16%) 179 0.0275
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.0769
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.053
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.057
(1.00)
19p gain 42 (20%) 172 0.526
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.00676
(1.00)
19q gain 68 (32%) 146 0.534
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.0274
(1.00) 		0.595
(1.00)
20p gain 109 (51%) 105 0.143
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.184
(1.00)
20q gain 124 (58%) 90 0.533
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.586
(1.00)
21q gain 68 (32%) 146 0.921
(1.00) 		0.037
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.0343
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.635
(1.00)
22q gain 28 (13%) 186 0.868
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.56
(1.00)
xq gain 24 (11%) 190 0.291
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.0488
(1.00) 		0.973
(1.00) 		1
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.799
(1.00)
1p loss 16 (7%) 198 0.445
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.0289
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.0342
(1.00) 		0.749
(1.00) 		1
(1.00)
1q loss 17 (8%) 197 0.718
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.872
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.00108
(0.946) 		0.914
(1.00) 		0.88
(1.00)
2p loss 22 (10%) 192 0.503
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.031
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.721
(1.00) 		1
(1.00)
2q loss 48 (22%) 166 0.293
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.946
(1.00) 		1
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.554
(1.00)
3p loss 27 (13%) 187 0.964
(1.00) 		0.0914
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.0693
(1.00)
3q loss 10 (5%) 204 0.834
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.746
(1.00)
4p loss 72 (34%) 142 0.207
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.543
(1.00) 		1
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.101
(1.00)
4q loss 76 (36%) 138 0.99
(1.00) 		0.0948
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.3
(1.00)
5p loss 34 (16%) 180 0.804
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.467
(1.00)
5q loss 81 (38%) 133 0.778
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.0274
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.0252
(1.00) 		0.00448
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.000766
(0.672) 		0.239
(1.00) 		0.0515
(1.00) 		0.267
(1.00)
6p loss 51 (24%) 163 0.959
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.0354
(1.00) 		0.0265
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.0637
(1.00) 		1
(1.00)
6q loss 80 (37%) 134 0.682
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.0875
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.0144
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.00427
(1.00) 		0.758
(1.00)
7p loss 10 (5%) 204 0.681
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.635
(1.00) 		1
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.717
(1.00)
7q loss 11 (5%) 203 0.991
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0267
(1.00) 		0.696
(1.00) 		1
(1.00)
8p loss 94 (44%) 120 0.642
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.00057
(0.5) 		0.871
(1.00) 		0.0955
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.0201
(1.00)
8q loss 22 (10%) 192 0.743
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.0408
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.0624
(1.00) 		0.126
(1.00)
9p loss 91 (43%) 123 0.755
(1.00) 		0.0631
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.282
(1.00)
9q loss 82 (38%) 132 0.662
(1.00) 		0.0924
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.0348
(1.00)
10p loss 41 (19%) 173 0.411
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.0425
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.00344
(1.00)
10q loss 71 (33%) 143 0.214
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.0122
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.0948
(1.00)
11p loss 82 (38%) 132 0.554
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.00635
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.0221
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.0038
(1.00) 		0.194
(1.00)
11q loss 63 (29%) 151 0.602
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.209
(1.00)
12p loss 23 (11%) 191 0.508
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.498
(1.00) 		1
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.0389
(1.00) 		0.716
(1.00)
12q loss 27 (13%) 187 0.775
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.0243
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.0286
(1.00) 		0.508
(1.00)
13q loss 46 (21%) 168 0.206
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.0964
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.316
(1.00)
14q loss 58 (27%) 156 0.588
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.0319
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.0427
(1.00) 		0.0542
(1.00) 		0.753
(1.00)
15q loss 73 (34%) 141 0.615
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.0394
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0892
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.14
(1.00)
16p loss 60 (28%) 154 0.341
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.0496
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.0249
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.0236
(1.00)
16q loss 53 (25%) 161 0.914
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.0373
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.0409
(1.00)
17p loss 90 (42%) 124 0.777
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.487
(1.00)
17q loss 25 (12%) 189 0.555
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.0933
(1.00)
18p loss 50 (23%) 164 0.765
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.0988
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.0436
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.0306
(1.00) 		0.303
(1.00)
18q loss 76 (36%) 138 0.0994
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.827
(1.00)
19p loss 55 (26%) 159 0.00581
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.0808
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.0395
(1.00) 		0.012
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.0239
(1.00)
19q loss 34 (16%) 180 0.0391
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.039
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.298
(1.00)
20p loss 16 (7%) 198 0.511
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.0283
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.327
(1.00)
20q loss 5 (2%) 209 0.595
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.0471
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.0706
(1.00) 		0.322
(1.00)
21q loss 34 (16%) 180 0.106
(1.00) 		0.0766
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.719
(1.00)
22q loss 84 (39%) 130 0.534
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.00995
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.249
(1.00)
xq loss 41 (19%) 173 0.38
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.932
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = BLCA-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 214

  • Number of significantly arm-level cnvs = 80

  • Number of selected clinical features = 11

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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