Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features
Bladder Urothelial Carcinoma (Primary solid tumor)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
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Citation Information
doi:10.7908/C10P0XQJ
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C10P0XQJ
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 70 focal events and 11 clinical features across 214 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No focal cnvs related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 70 focal events and 11 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		NUMBERPACKYEARSSMOKED NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test
amp 1p34 2 62 (29%) 152 0.947
(1.00) 		0.069
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.299
(1.00)
amp 1q21 3 106 (50%) 108 0.0418
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.0149
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.0338
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.0715
(1.00) 		0.0545
(1.00) 		0.163
(1.00)
amp 1q23 3 112 (52%) 102 0.57
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.02
(1.00) 		0.047
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.17
(1.00)
amp 3p25 2 104 (49%) 110 0.639
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.0367
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.0234
(1.00) 		0.00458
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.0239
(1.00) 		0.0485
(1.00)
amp 3q26 32 115 (54%) 99 0.408
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.0149
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.214
(1.00)
amp 4p16 3 46 (21%) 168 0.0899
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.0258
(1.00) 		0.066
(1.00) 		0.0241
(1.00) 		0.0253
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.0504
(1.00) 		0.0148
(1.00)
amp 4q13 3 37 (17%) 177 0.554
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.481
(1.00) 		1
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.0316
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.628
(1.00) 		1
(1.00)
amp 4q31 21 21 (10%) 193 0.787
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.66
(1.00) 		1
(1.00)
amp 5p15 33 102 (48%) 112 0.88
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.906
(1.00) 		1
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.203
(1.00)
amp 6p22 3 88 (41%) 126 0.287
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.0606
(1.00) 		0.0484
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.671
(1.00)
amp 6q21 18 (8%) 196 0.424
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.881
(1.00)
amp 7p21 1 112 (52%) 102 0.323
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.0377
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.0653
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.0134
(1.00)
amp 7p11 2 111 (52%) 103 0.336
(1.00) 		0.0387
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.00649
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.0337
(1.00)
amp 8p11 23 69 (32%) 145 0.941
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.702
(1.00)
amp 8p11 21 69 (32%) 145 0.431
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.0857
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.215
(1.00)
amp 8q22 3 138 (64%) 76 0.718
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.449
(1.00)
amp 9p24 1 43 (20%) 171 0.933
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.0778
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.0234
(1.00)
amp 10p14 92 (43%) 122 0.304
(1.00) 		0.0798
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.355
(1.00)
amp 11q13 3 83 (39%) 131 0.844
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.457
(1.00)
amp 11q22 2 41 (19%) 173 0.5
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.469
(1.00) 		1
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.119
(1.00)
amp 12q15 63 (29%) 151 0.344
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.946
(1.00)
amp 13q22 1 68 (32%) 146 0.759
(1.00) 		0.0372
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.38
(1.00)
amp 14q11 2 52 (24%) 162 0.102
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.0633
(1.00) 		0.00518
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.0539
(1.00)
amp 16p13 13 45 (21%) 169 0.337
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.0268
(1.00) 		0.0119
(1.00) 		0.122
(1.00) 		1
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.873
(1.00)
amp 16p11 2 57 (27%) 157 0.332
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.0403
(1.00) 		0.0536
(1.00) 		0.0121
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.358
(1.00)
amp 16q22 1 62 (29%) 152 0.432
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.0436
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.047
(1.00) 		0.0316
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.488
(1.00)
amp 17q11 2 96 (45%) 118 0.221
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.0394
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.0277
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.0499
(1.00) 		0.839
(1.00)
amp 17q12 88 (41%) 126 0.08
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.917
(1.00)
amp 19q12 86 (40%) 128 0.601
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.961
(1.00) 		1
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.0405
(1.00) 		0.761
(1.00)
amp 19q13 43 82 (38%) 132 0.969
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.0537
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.0184
(1.00) 		0.797
(1.00)
amp 20q11 21 140 (65%) 74 0.506
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.448
(1.00)
amp 22q11 23 43 (20%) 171 0.944
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.433
(1.00)
del 1p36 11 43 (20%) 171 0.258
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.02
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.509
(1.00) 		1
(1.00)
del 1q32 1 40 (19%) 174 0.647
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.34
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0365
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.00735
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.868
(1.00)
del 2q22 1 65 (30%) 149 0.612
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.239
(1.00) 		1
(1.00)
del 2q37 1 108 (50%) 106 0.492
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.768
(1.00)
del 3p21 31 65 (30%) 149 0.947
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.266
(1.00)
del 3p14 2 64 (30%) 150 0.47
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.0555
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.038
(1.00)
del 3p13 59 (28%) 155 0.531
(1.00) 		0.0352
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.0948
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.0147
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.0557
(1.00)
del 4q22 1 89 (42%) 125 0.867
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.732
(1.00)
del 4q34 2 97 (45%) 117 0.369
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.704
(1.00)
del 5q11 2 106 (50%) 108 0.569
(1.00) 		0.0265
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.0837
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0104
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.436
(1.00)
del 5q35 1 100 (47%) 114 0.655
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.0628
(1.00) 		0.0333
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.0411
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.148
(1.00)
del 6p25 3 54 (25%) 160 0.501
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.0514
(1.00) 		0.0332
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.0934
(1.00) 		0.126
(1.00)
del 6q21 99 (46%) 115 0.571
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.0166
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.0206
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.0936
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.00334
(1.00) 		0.769
(1.00)
del 6q27 99 (46%) 115 0.639
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.0489
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.00623
(1.00) 		0.0761
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.0555
(1.00) 		0.0869
(1.00) 		0.00456
(1.00) 		0.644
(1.00)
del 7q36 3 30 (14%) 184 0.796
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.349
(1.00) 		1
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.909
(1.00)
del 8p23 3 119 (56%) 95 0.775
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.0107
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.0853
(1.00)
del 8p12 103 (48%) 111 0.909
(1.00) 		0.077
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.591
(1.00)
del 8p11 21 52 (24%) 162 0.422
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.00665
(1.00) 		0.0589
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.348
(1.00)
del 9p23 92 (43%) 122 0.356
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.673
(1.00)
del 9p21 3 123 (57%) 91 0.934
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.876
(1.00)
del 9q33 2 83 (39%) 131 0.683
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.219
(1.00)
del 10p12 1 37 (17%) 177 0.574
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.253
(1.00) 		1
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.00681
(1.00)
del 10q23 31 86 (40%) 128 0.875
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.00853
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.0182
(1.00)
del 11p15 5 102 (48%) 112 0.254
(1.00) 		0.0988
(1.00) 		0.00452
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.00249
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.00225
(1.00) 		0.187
(1.00)
del 11q23 3 76 (36%) 138 0.367
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.0286
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.136
(1.00)
del 13q14 2 87 (41%) 127 0.376
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.375
(1.00) 		1
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.0468
(1.00)
del 14q12 63 (29%) 151 0.426
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.00581
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.00434
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.000777
(0.599) 		0.947
(1.00)
del 14q24 1 65 (30%) 149 0.677
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.0019
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.0485
(1.00) 		0.0552
(1.00) 		0.734
(1.00)
del 15q13 1 87 (41%) 127 0.562
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.0167
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0702
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.117
(1.00)
del 16p13 3 85 (40%) 129 0.936
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.0258
(1.00)
del 16q23 1 61 (29%) 153 0.872
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.244
(1.00)
del 17p12 109 (51%) 105 0.791
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.797
(1.00) 		1
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.959
(1.00)
del 18q21 2 96 (45%) 118 0.0358
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.302
(1.00)
del 19p13 3 80 (37%) 134 0.359
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.0309
(1.00) 		0.0029
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.0863
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.313
(1.00)
del 22q13 31 94 (44%) 120 0.764
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.00453
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.0629
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.137
(1.00)
del xp11 3 50 (23%) 164 0.515
(1.00) 		0.0758
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.735
(1.00)
del xq21 33 43 (20%) 171 0.576
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.405
(1.00) 		1
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.619
(1.00)
del xq23 40 (19%) 174 0.769
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.595
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = BLCA-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 214

  • Number of significantly focal cnvs = 70

  • Number of selected clinical features = 11

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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