This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.
Testing the association between mutation status of 150 genes and 12 clinical features across 958 patients, 7 significant findings detected with Q value < 0.25.
-
TP53 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE' and 'RACE'.
-
CDH1 mutation correlated to 'PATHOLOGY.T.STAGE' and 'HISTOLOGICAL.TYPE'.
-
MLL3 mutation correlated to 'AGE'.
-
RAB42 mutation correlated to 'Time to Death'.
-
SP3 mutation correlated to 'Time to Death'.
Clinical Features |
Time to Death |
AGE |
NEOPLASM DISEASESTAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
GENDER |
HISTOLOGICAL TYPE |
RADIATIONS RADIATION REGIMENINDICATION |
NUMBER OF LYMPH NODES |
RACE | ETHNICITY | ||
nMutated (%) | nWild-Type | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
TP53 | 287 (30%) | 671 |
0.143 (1.00) |
0.0037 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.0272 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.0662 (1.00) |
0.0645 (1.00) |
1e-05 (0.0179) |
0.0616 (1.00) |
0.327 (1.00) |
2e-05 (0.0357) |
0.254 (1.00) |
CDH1 | 101 (11%) | 857 |
0.114 (1.00) |
0.015 (1.00) |
0.0227 (1.00) |
1e-05 (0.0179) |
0.00222 (1.00) |
0.0037 (1.00) |
0.609 (1.00) |
1e-05 (0.0179) |
0.00505 (1.00) |
0.862 (1.00) |
0.494 (1.00) |
1 (1.00) |
MLL3 | 68 (7%) | 890 |
0.195 (1.00) |
5.77e-05 (0.103) |
0.48 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.529 (1.00) |
1 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.579 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.504 (1.00) |
RAB42 | 4 (0%) | 954 |
3.35e-07 (6e-04) |
0.865 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.845 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.271 (1.00) |
1 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.104 (1.00) |
1 (1.00) |
SP3 | 7 (1%) | 951 |
1.02e-06 (0.00183) |
0.317 (1.00) |
0.0825 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.0382 (1.00) |
1 (1.00) |
0.563 (1.00) |
1 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.753 (1.00) |
1 (1.00) |
PIK3CA | 308 (32%) | 650 |
0.34 (1.00) |
0.0224 (1.00) |
0.806 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.641 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00064 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.0782 (1.00) |
0.575 (1.00) |
GATA3 | 96 (10%) | 862 |
0.366 (1.00) |
0.00851 (1.00) |
0.221 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.12 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0231 (1.00) |
0.0749 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.771 (1.00) |
MAP3K1 | 69 (7%) | 889 |
0.926 (1.00) |
0.00935 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.303 (1.00) |
1 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.939 (1.00) |
0.288 (1.00) |
RUNX1 | 29 (3%) | 929 |
0.843 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.29 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.862 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00519 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.59 (1.00) |
PTEN | 35 (4%) | 923 |
0.98 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.0679 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.0608 (1.00) |
1 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.249 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ARID1A | 27 (3%) | 931 |
0.522 (1.00) |
0.979 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.339 (1.00) |
0.276 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.53 (1.00) |
CBFB | 23 (2%) | 935 |
0.889 (1.00) |
0.992 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.0698 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.665 (1.00) |
1 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.551 (1.00) |
FOXA1 | 22 (2%) | 936 |
0.000549 (0.977) |
0.000201 (0.358) |
0.67 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.934 (1.00) |
0.542 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0104 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.509 (1.00) |
MAP2K4 | 32 (3%) | 926 |
0.718 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.459 (1.00) |
0.585 (1.00) |
1 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.696 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.672 (1.00) |
1 (1.00) |
RBMX | 14 (1%) | 944 |
0.487 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.0405 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.967 (1.00) |
0.774 (1.00) |
1 (1.00) |
TBX3 | 27 (3%) | 931 |
0.332 (1.00) |
0.0732 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.852 (1.00) |
1 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.4 (1.00) |
1 (1.00) |
THEM5 | 11 (1%) | 947 |
0.535 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.516 (1.00) |
0.0384 (1.00) |
0.383 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.328 (1.00) |
RB1 | 19 (2%) | 939 |
0.594 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.287 (1.00) |
0.355 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.554 (1.00) |
1 (1.00) |
0.53 (1.00) |
NF1 | 25 (3%) | 933 |
0.211 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.306 (1.00) |
1 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.0725 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.418 (1.00) |
1 (1.00) |
ACTL6B | 10 (1%) | 948 |
0.871 (1.00) |
0.0755 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.182 (1.00) |
1 (1.00) |
0.655 (1.00) |
1 (1.00) |
0.862 (1.00) |
0.798 (1.00) |
1 (1.00) |
SPEN | 32 (3%) | 926 |
0.398 (1.00) |
0.00101 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.139 (1.00) |
0.99 (1.00) |
0.458 (1.00) |
1 (1.00) |
0.627 (1.00) |
1 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.328 (1.00) |
1 (1.00) |
CDKN1B | 9 (1%) | 949 |
0.994 (1.00) |
0.922 (1.00) |
0.0741 (1.00) |
0.0344 (1.00) |
0.0135 (1.00) |
0.0679 (1.00) |
1 (1.00) |
0.867 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0185 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
NCOR1 | 41 (4%) | 917 |
0.661 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.965 (1.00) |
0.308 (1.00) |
1 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.6 (1.00) |
0.991 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.392 (1.00) |
SF3B1 | 16 (2%) | 942 |
0.307 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.654 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.433 (1.00) |
1 (1.00) |
0.704 (1.00) |
1 (1.00) |
0.946 (1.00) |
0.786 (1.00) |
1 (1.00) |
ZFP36L1 | 9 (1%) | 949 |
0.385 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.86 (1.00) |
0.786 (1.00) |
0.893 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.46 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.178 (1.00) |
1 (1.00) |
KRAS | 6 (1%) | 952 |
0.369 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.909 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.923 (1.00) |
0.0923 (1.00) |
1 (1.00) |
TCP11 | 6 (1%) | 952 |
0.0932 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.563 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.667 (1.00) |
1 (1.00) |
AQP12A | 6 (1%) | 952 |
0.505 (1.00) |
0.328 (1.00) |
0.856 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.581 (1.00) |
1 (1.00) |
0.498 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.673 (1.00) |
1 (1.00) |
DLG1 | 13 (1%) | 945 |
0.611 (1.00) |
0.522 (1.00) |
0.808 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.0435 (1.00) |
1 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.577 (1.00) |
1 (1.00) |
MYB | 12 (1%) | 946 |
0.174 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.965 (1.00) |
0.5 (1.00) |
1 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.342 (1.00) |
0.281 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
RPGR | 18 (2%) | 940 |
0.594 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.791 (1.00) |
1 (1.00) |
0.771 (1.00) |
1 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.567 (1.00) |
1 (1.00) |
TBL1XR1 | 10 (1%) | 948 |
0.876 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.0961 (1.00) |
0.0866 (1.00) |
0.0308 (1.00) |
0.13 (1.00) |
1 (1.00) |
0.513 (1.00) |
1 (1.00) |
0.877 (1.00) |
0.772 (1.00) |
1 (1.00) |
KDM6A | 16 (2%) | 942 |
0.954 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.951 (1.00) |
0.507 (1.00) |
0.0611 (1.00) |
0.779 (1.00) |
1 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.879 (1.00) |
1 (1.00) |
MYH9 | 18 (2%) | 940 |
0.623 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.61 (1.00) |
1 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.264 (1.00) |
1 (1.00) |
HLA-C | 9 (1%) | 949 |
0.6 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.394 (1.00) |
1 (1.00) |
0.866 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.774 (1.00) |
1 (1.00) |
FGFR2 | 10 (1%) | 948 |
0.243 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.0135 (1.00) |
0.696 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.0905 (1.00) |
0.552 (1.00) |
1 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.775 (1.00) |
1 (1.00) |
ERBB2 | 21 (2%) | 937 |
0.199 (1.00) |
0.0883 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.0813 (1.00) |
1 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.463 (1.00) |
CTCF | 17 (2%) | 941 |
0.119 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.342 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.648 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.486 (1.00) |
ZMYM3 | 13 (1%) | 945 |
0.615 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.951 (1.00) |
0.694 (1.00) |
0.151 (1.00) |
1 (1.00) |
0.86 (1.00) |
1 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.733 (1.00) |
1 (1.00) |
FRMPD2 | 11 (1%) | 947 |
0.621 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.452 (1.00) |
0.018 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.746 (1.00) |
1 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.328 (1.00) |
TFE3 | 7 (1%) | 951 |
0.256 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.631 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.761 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
GPS2 | 11 (1%) | 947 |
0.463 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.901 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.615 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.481 (1.00) |
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0.386 (1.00) |
DOCK11 | 20 (2%) | 938 |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
HRNR | 31 (3%) | 927 |
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1 (1.00) |
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CASZ1 | 14 (1%) | 944 |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
CDC42EP1 | 5 (1%) | 953 |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.379 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
C1QTNF5 | 6 (1%) | 952 |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
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1 (1.00) |
TGS1 | 13 (1%) | 945 |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
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USP36 | 8 (1%) | 950 |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
ASB10 | 8 (1%) | 950 |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
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1 (1.00) |
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EIF4A2 | 9 (1%) | 949 |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
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1 (1.00) |
RHBG | 4 (0%) | 954 |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.435 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
PAX2 | 4 (0%) | 954 |
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1 (1.00) |
0.844 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.699 (1.00) |
0.327 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
FXYD5 | 4 (0%) | 954 |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.433 (1.00) |
1 (1.00) |
0.362 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
BCORL1 | 14 (1%) | 944 |
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0.854 (1.00) |
0.305 (1.00) |
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ZNF362 | 5 (1%) | 953 |
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1 (1.00) |
0.753 (1.00) |
1 (1.00) |
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1 (1.00) |
PTHLH | 7 (1%) | 951 |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.0606 (1.00) |
0.394 (1.00) |
1 (1.00) |
GPRIN2 | 11 (1%) | 947 |
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1 (1.00) |
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ANKRD12 | 18 (2%) | 940 |
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1 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.0904 (1.00) |
0.889 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF687 | 11 (1%) | 947 |
0.981 (1.00) |
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0.996 (1.00) |
0.884 (1.00) |
0.85 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.899 (1.00) |
0.0876 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.44 (1.00) |
1 (1.00) |
KCNN3 | 9 (1%) | 949 |
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0.72 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.161 (1.00) |
1 (1.00) |
0.217 (1.00) |
1 (1.00) |
0.823 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.298 (1.00) |
ICOSLG | 5 (1%) | 953 |
0.444 (1.00) |
0.866 (1.00) |
0.339 (1.00) |
0.711 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.512 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.584 (1.00) |
1 (1.00) |
PIK3R1 | 15 (2%) | 943 |
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1 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.305 (1.00) |
1 (1.00) |
0.521 (1.00) |
1 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.312 (1.00) |
1 (1.00) |
MR1 | 7 (1%) | 951 |
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0.0564 (1.00) |
0.0717 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.0606 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
CABYR | 6 (1%) | 952 |
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0.567 (1.00) |
0.681 (1.00) |
1 (1.00) |
0.735 (1.00) |
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1 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.342 (1.00) |
1 (1.00) |
AKT2 | 5 (1%) | 953 |
0.745 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.744 (1.00) |
1 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
0.75 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.521 (1.00) |
0.312 (1.00) |
1 (1.00) |
ZBTB7C | 5 (1%) | 953 |
0.501 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.724 (1.00) |
1 (1.00) |
0.169 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.175 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
RIBC1 | 4 (0%) | 954 |
0.787 (1.00) |
0.887 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.224 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.229 (1.00) |
1 (1.00) |
|
CEP57 | 6 (1%) | 952 |
0.173 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.775 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.236 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.666 (1.00) |
1 (1.00) |
TARBP2 | 6 (1%) | 952 |
0.502 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.325 (1.00) |
1 (1.00) |
0.287 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.915 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
OXCT2 | 4 (0%) | 954 |
0.126 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.0776 (1.00) |
0.692 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.703 (1.00) |
1 (1.00) |
0.376 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ANKRD20A4 | 7 (1%) | 951 |
0.589 (1.00) |
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0.235 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.11 (1.00) |
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1 (1.00) |
HIST1H3B | 11 (1%) | 947 |
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0.013 (1.00) |
0.429 (1.00) |
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0.817 (1.00) |
0.491 (1.00) |
1 (1.00) |
0.899 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.192 (1.00) |
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1 (1.00) |
MED23 | 13 (1%) | 945 |
0.382 (1.00) |
0.0204 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.907 (1.00) |
0.509 (1.00) |
1 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.496 (1.00) |
0.817 (1.00) |
1 (1.00) |
MUC6 | 13 (1%) | 945 |
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0.738 (1.00) |
0.785 (1.00) |
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1 (1.00) |
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0.767 (1.00) |
0.568 (1.00) |
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1 (1.00) |
PSIP1 | 8 (1%) | 950 |
0.139 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.245 (1.00) |
1 (1.00) |
0.184 (1.00) |
1 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.663 (1.00) |
0.42 (1.00) |
1 (1.00) |
PCNXL2 | 21 (2%) | 937 |
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0.0306 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.533 (1.00) |
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0.656 (1.00) |
1 (1.00) |
0.72 (1.00) |
0.808 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.811 (1.00) |
1 (1.00) |
SLC35B2 | 6 (1%) | 952 |
0.422 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.885 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.205 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.323 (1.00) |
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0.661 (1.00) |
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1 (1.00) |
ANGPT4 | 9 (1%) | 949 |
0.622 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.0209 (1.00) |
0.732 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.867 (1.00) |
1 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.0969 (1.00) |
1 (1.00) |
MKL1 | 5 (1%) | 953 |
0.869 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.976 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.606 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.0206 (1.00) |
1 (1.00) |
|
NBPF9 | 5 (1%) | 953 |
0.46 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.00656 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.00508 (1.00) |
1 (1.00) |
0.75 (1.00) |
0.329 (1.00) |
1 (1.00) |
||
PRICKLE3 | 11 (1%) | 947 |
0.907 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.095 (1.00) |
0.0206 (1.00) |
0.953 (1.00) |
0.204 (1.00) |
1 (1.00) |
0.563 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.396 (1.00) |
1 (1.00) |
CCDC82 | 6 (1%) | 952 |
0.116 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.562 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.0605 (1.00) |
1 (1.00) |
CXCR3 | 6 (1%) | 952 |
0.0884 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.047 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.123 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0815 (1.00) |
1 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.395 (1.00) |
1 (1.00) |
TPP2 | 8 (1%) | 950 |
0.429 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
0.278 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.0403 (1.00) |
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C15ORF39 | 9 (1%) | 949 |
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CASP8 | 11 (1%) | 947 |
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TNRC6B | 17 (2%) | 941 |
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1 (1.00) |
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IRS4 | 11 (1%) | 947 |
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|
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NUP93 | 4 (0%) | 954 |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
GAL3ST1 | 5 (1%) | 953 |
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1 (1.00) |
0.534 (1.00) |
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FAM20C | 4 (0%) | 954 |
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1 (1.00) |
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RCC1 | 3 (0%) | 955 |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
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SPTAN1 | 11 (1%) | 947 |
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1 (1.00) |
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STAG2 | 13 (1%) | 945 |
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HIST1H2BC | 6 (1%) | 952 |
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0.198 (1.00) |
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1 (1.00) |
0.752 (1.00) |
1 (1.00) |
0.823 (1.00) |
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EPDR1 | 5 (1%) | 953 |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.529 (1.00) |
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0.592 (1.00) |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
0.558 (1.00) |
1 (1.00) |
0.385 (1.00) |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.305 (1.00) |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.483 (1.00) |
1 (1.00) |
PFKP | 7 (1%) | 951 |
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1 (1.00) |
0.685 (1.00) |
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0.751 (1.00) |
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GYLTL1B | 4 (0%) | 954 |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.362 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
||
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
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0.233 (1.00) |
HCFC2 | 10 (1%) | 948 |
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1 (1.00) |
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ACOT2 | 5 (1%) | 953 |
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1 (1.00) |
KIAA0430 | 15 (2%) | 943 |
0.049 (1.00) |
0.25 (1.00) |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
GTF2IRD2 | 8 (1%) | 950 |
0.155 (1.00) |
0.0215 (1.00) |
0.798 (1.00) |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
NPAS4 | 9 (1%) | 949 |
0.919 (1.00) |
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1 (1.00) |
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0.329 (1.00) |
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1 (1.00) |
JAK1 | 11 (1%) | 947 |
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0.00324 (1.00) |
0.606 (1.00) |
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0.752 (1.00) |
1 (1.00) |
FGFR3 | 4 (0%) | 954 |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0208 (1.00) |
1 (1.00) |
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0.482 (1.00) |
1 (1.00) |
FBXW7 | 15 (2%) | 943 |
0.727 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.768 (1.00) |
1 (1.00) |
0.802 (1.00) |
1 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.0408 (1.00) |
0.412 (1.00) |
OR2T8 | 5 (1%) | 953 |
0.365 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.872 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.211 (1.00) |
1 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.669 (1.00) |
1 (1.00) |
SHANK2 | 15 (2%) | 943 |
0.32 (1.00) |
0.0984 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.523 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.412 (1.00) |
TRMT2A | 7 (1%) | 951 |
0.00593 (1.00) |
0.256 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0664 (1.00) |
0.24 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.81 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.169 (1.00) |
1 (1.00) |
SHISA4 | 5 (1%) | 953 |
0.467 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.8 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.521 (1.00) |
0.513 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.793 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
CCNL2 | 7 (1%) | 951 |
0.319 (1.00) |
0.851 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.56 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.809 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.0606 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
SEC14L5 | 7 (1%) | 951 |
0.751 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.634 (1.00) |
1 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.918 (1.00) |
0.297 (1.00) |
1 (1.00) |
SARM1 | 6 (1%) | 952 |
0.326 (1.00) |
0.0268 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.873 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.782 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.0606 (1.00) |
0.667 (1.00) |
1 (1.00) |
CLEC18B | 6 (1%) | 952 |
0.00172 (1.00) |
0.999 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.0157 (1.00) |
0.563 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.036 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.122 (1.00) |
0.396 (1.00) |
1 (1.00) |
GIPC3 | 4 (0%) | 954 |
0.386 (1.00) |
0.625 (1.00) |
0.00125 (1.00) |
0.0134 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.439 (1.00) |
1 (1.00) |
0.342 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.104 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
HPS3 | 9 (1%) | 949 |
0.419 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.667 (1.00) |
1 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.965 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
OR2T35 | 4 (0%) | 954 |
0.706 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.438 (1.00) |
1 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.799 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
PPIL2 | 6 (1%) | 952 |
0.386 (1.00) |
0.993 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.823 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.0433 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF397 | 7 (1%) | 951 |
0.292 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.862 (1.00) |
0.509 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.443 (1.00) |
1 (1.00) |
0.32 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
MLL | 17 (2%) | 941 |
0.488 (1.00) |
0.885 (1.00) |
0.82 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.215 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.955 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.484 (1.00) |
1 (1.00) |
ACVR1B | 7 (1%) | 951 |
0.951 (1.00) |
0.277 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.153 (1.00) |
1 (1.00) |
0.685 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0358 (1.00) |
0.732 (1.00) |
1 (1.00) |
ARHGEF15 | 9 (1%) | 949 |
0.309 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.196 (1.00) |
1 (1.00) |
0.67 (1.00) |
1 (1.00) |
0.748 (1.00) |
1 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.468 (1.00) |
1 (1.00) |
TXNDC2 | 4 (0%) | 954 |
0.683 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.0776 (1.00) |
0.761 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.702 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00342 (1.00) |
1 (1.00) |
|
COL9A2 | 3 (0%) | 955 |
0.701 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.923 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.488 (1.00) |
0.351 (1.00) |
1 (1.00) |
0.19 (1.00) |
1 (1.00) |
0.539 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
PARP4 | 11 (1%) | 947 |
0.449 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.498 (1.00) |
0.409 (1.00) |
0.959 (1.00) |
0.493 (1.00) |
1 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.73 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.018
nPatients | INFILTRATING CARCINOMA NOS | INFILTRATING DUCTAL CARCINOMA | INFILTRATING LOBULAR CARCINOMA | MEDULLARY CARCINOMA | MIXED HISTOLOGY (PLEASE SPECIFY) | MUCINOUS CARCINOMA | OTHER SPECIFY |
---|---|---|---|---|---|---|---|
ALL | 1 | 708 | 158 | 5 | 28 | 14 | 43 |
TP53 MUTATED | 1 | 254 | 8 | 3 | 5 | 1 | 14 |
TP53 WILD-TYPE | 0 | 454 | 150 | 2 | 23 | 13 | 29 |
P value = 2e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.036
nPatients | AMERICAN INDIAN OR ALASKA NATIVE | ASIAN | BLACK OR AFRICAN AMERICAN | WHITE |
---|---|---|---|---|
ALL | 1 | 56 | 114 | 694 |
TP53 MUTATED | 1 | 29 | 48 | 188 |
TP53 WILD-TYPE | 0 | 27 | 66 | 506 |
P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.018
nPatients | T1 | T2 | T3 | T4 |
---|---|---|---|---|
ALL | 256 | 553 | 112 | 35 |
CDH1 MUTATED | 16 | 53 | 30 | 2 |
CDH1 WILD-TYPE | 240 | 500 | 82 | 33 |
P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.018
nPatients | INFILTRATING CARCINOMA NOS | INFILTRATING DUCTAL CARCINOMA | INFILTRATING LOBULAR CARCINOMA | MEDULLARY CARCINOMA | MIXED HISTOLOGY (PLEASE SPECIFY) | MUCINOUS CARCINOMA | OTHER SPECIFY |
---|---|---|---|---|---|---|---|
ALL | 1 | 708 | 158 | 5 | 28 | 14 | 43 |
CDH1 MUTATED | 0 | 15 | 82 | 1 | 3 | 0 | 0 |
CDH1 WILD-TYPE | 1 | 693 | 76 | 4 | 25 | 14 | 43 |
P value = 5.77e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.1
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 945 | 58.7 (13.1) |
MLL3 MUTATED | 68 | 65.1 (13.1) |
MLL3 WILD-TYPE | 877 | 58.2 (13.0) |
P value = 3.35e-07 (logrank test), Q value = 6e-04
nPatients | nDeath | Duration Range (Median), Month | |
---|---|---|---|
ALL | 937 | 111 | 0.0 - 234.3 (21.9) |
RAB42 MUTATED | 4 | 2 | 9.6 - 24.8 (16.7) |
RAB42 WILD-TYPE | 933 | 109 | 0.0 - 234.3 (21.9) |
P value = 1.02e-06 (logrank test), Q value = 0.0018
nPatients | nDeath | Duration Range (Median), Month | |
---|---|---|---|
ALL | 937 | 111 | 0.0 - 234.3 (21.9) |
SP3 MUTATED | 7 | 4 | 0.8 - 84.6 (12.1) |
SP3 WILD-TYPE | 930 | 107 | 0.0 - 234.3 (22.0) |
-
Mutation data file = transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = BRCA-TP.merged_data.txt
-
Number of patients = 958
-
Number of significantly mutated genes = 150
-
Number of selected clinical features = 12
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.