Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Cervical Squamous Cell Carcinoma and Endocervical Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
Maintainer Information
Citation Information
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1PV6J34
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 80 arm-level events and 41 clinical features across 176 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No arm-level cnvs related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 80 arm-level events and 41 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features
Time
to
Death
AGE PATHOLOGY
T
STAGE
PATHOLOGY
N
STAGE
PATHOLOGY
M
STAGE
HISTOLOGICAL
TYPE
RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION
NUMBERPACKYEARSSMOKED NUMBER
OF
LYMPH
NODES
RACE ETHNICITY WEIGHT
KG
AT
DIAGNOSIS
TUMOR
STATUS
TUMOR
SAMPLE
PROCUREMENT
COUNTRY
NEOPLASMHISTOLOGICGRADE TOBACCO
SMOKING
YEAR
STOPPED
TOBACCO
SMOKING
PACK
YEARS
SMOKED
TOBACCO
SMOKING
HISTORY
PATIENT
AGEBEGANSMOKINGINYEARS
RADIATION
THERAPY
TYPE
RADIATION
ADJUVANT
UNITS
PREGNANCIES
COUNT
TOTAL
PREGNANCIES
COUNT
STILLBIRTH
PATIENT
PATIENTPREGNANCYSPONTANEOUSABORTIONCOUNT
PREGNANCIES
COUNT
LIVE
BIRTH
PATIENT
PATIENTPREGNANCYTHERAPEUTICABORTIONCOUNT
PREGNANCIES
COUNT
ECTOPIC
LOCATION
OF
POSITIVE
MARGINS
MENOPAUSE
STATUS
LYMPHOVASCULAR
INVOLVEMENT
LYMPH
NODES
EXAMINED
HE
COUNT
LYMPH
NODES
EXAMINED
KERATINIZATION
SQUAMOUS
CELL
INITIAL
PATHOLOGIC
DX
YEAR
HYSTERECTOMY
TYPE
HISTORY
HORMONAL
CONTRACEPTIVES
USE
HEIGHT
CM
AT
DIAGNOSIS
CORPUS
INVOLVEMENT
CERVIX
SUV
RESULTS
AJCC
TUMOR
PATHOLOGIC
PT
AGE
AT
DIAGNOSIS
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test
1p gain 54 (31%) 122 0.667
(1.00)
0.36
(1.00)
0.305
(1.00)
0.681
(1.00)
0.445
(1.00)
0.217
(1.00)
1
(1.00)
0.648
(1.00)
0.419
(1.00)
0.446
(1.00)
0.172
(1.00)
0.219
(1.00)
0.76
(1.00)
0.416
(1.00)
0.317
(1.00)
0.892
(1.00)
0.648
(1.00)
0.765
(1.00)
0.914
(1.00)
0.172
(1.00)
1
(1.00)
0.977
(1.00)
0.266
(1.00)
0.958
(1.00)
0.912
(1.00)
0.944
(1.00)
0.777
(1.00)
0.392
(1.00)
0.241
(1.00)
1
(1.00)
0.419
(1.00)
0.362
(1.00)
0.83
(1.00)
0.49
(1.00)
0.207
(1.00)
0.392
(1.00)
0.274
(1.00)
0.751
(1.00)
0.903
(1.00)
0.259
(1.00)
0.292
(1.00)
1q gain 83 (47%) 93 0.976
(1.00)
0.925
(1.00)
0.0911
(1.00)
0.449
(1.00)
0.618
(1.00)
0.747
(1.00)
0.404
(1.00)
0.899
(1.00)
0.601
(1.00)
0.0542
(1.00)
0.345
(1.00)
0.0786
(1.00)
0.787
(1.00)
0.197
(1.00)
0.255
(1.00)
0.589
(1.00)
0.899
(1.00)
0.574
(1.00)
1
(1.00)
0.0732
(1.00)
0.505
(1.00)
0.939
(1.00)
0.225
(1.00)
0.544
(1.00)
0.633
(1.00)
0.687
(1.00)
0.397
(1.00)
0.182
(1.00)
0.687
(1.00)
0.85
(1.00)
0.601
(1.00)
0.499
(1.00)
0.543
(1.00)
0.768
(1.00)
0.631
(1.00)
0.858
(1.00)
0.0287
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0694
(1.00)
0.998
(1.00)
2p gain 35 (20%) 141 0.239
(1.00)
0.28
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.804
(1.00)
0.461
(1.00)
1
(1.00)
0.44
(1.00)
0.992
(1.00)
0.301
(1.00)
0.689
(1.00)
0.0189
(1.00)
0.494
(1.00)
1
(1.00)
0.637
(1.00)
0.9
(1.00)
0.44
(1.00)
0.775
(1.00)
0.428
(1.00)
0.784
(1.00)
1
(1.00)
0.958
(1.00)
0.238
(1.00)
0.336
(1.00)
0.446
(1.00)
0.625
(1.00)
0.0288
(1.00)
0.849
(1.00)
1
(1.00)
0.156
(1.00)
0.992
(1.00)
0.936
(1.00)
0.586
(1.00)
0.52
(1.00)
0.775
(1.00)
0.109
(1.00)
0.715
(1.00)
0.251
(1.00)
0.107
(1.00)
0.304
(1.00)
2q gain 24 (14%) 152 0.0358
(1.00)
0.38
(1.00)
1
(1.00)
0.555
(1.00)
0.739
(1.00)
0.888
(1.00)
1
(1.00)
0.447
(1.00)
0.31
(1.00)
0.845
(1.00)
0.359
(1.00)
0.093
(1.00)
0.209
(1.00)
0.88
(1.00)
0.508
(1.00)
0.447
(1.00)
0.254
(1.00)
0.41
(1.00)
0.391
(1.00)
0.581
(1.00)
0.339
(1.00)
0.627
(1.00)
0.257
(1.00)
0.773
(1.00)
0.0467
(1.00)
0.738
(1.00)
0.0263
(1.00)
0.31
(1.00)
0.82
(1.00)
0.769
(1.00)
0.644
(1.00)
1
(1.00)
0.345
(1.00)
0.482
(1.00)
0.155
(1.00)
0.641
(1.00)
0.402
(1.00)
3p gain 45 (26%) 131 0.0544
(1.00)
0.858
(1.00)
0.823
(1.00)
0.268
(1.00)
0.791
(1.00)
0.493
(1.00)
0.154
(1.00)
0.636
(1.00)
0.142
(1.00)
0.863
(1.00)
0.717
(1.00)
0.282
(1.00)
0.039
(1.00)
0.19
(1.00)
0.0483
(1.00)
0.949
(1.00)
0.636
(1.00)
0.58
(1.00)
0.475
(1.00)
0.375
(1.00)
0.396
(1.00)
0.93
(1.00)
0.526
(1.00)
0.809
(1.00)
0.387
(1.00)
0.195
(1.00)
0.66
(1.00)
0.326
(1.00)
0.49
(1.00)
0.179
(1.00)
0.142
(1.00)
0.324
(1.00)
0.821
(1.00)
0.142
(1.00)
0.65
(1.00)
1
(1.00)
0.733
(1.00)
0.46
(1.00)
0.54
(1.00)
0.725
(1.00)
0.897
(1.00)
3q gain 104 (59%) 72 0.875
(1.00)
0.827
(1.00)
0.702
(1.00)
0.0192
(1.00)
0.081
(1.00)
0.0186
(1.00)
0.0107
(1.00)
0.541
(1.00)
0.0404
(1.00)
0.804
(1.00)
0.353
(1.00)
0.0052
(1.00)
0.771
(1.00)
0.746
(1.00)
0.592
(1.00)
0.365
(1.00)
0.541
(1.00)
0.954
(1.00)
0.941
(1.00)
0.124
(1.00)
1
(1.00)
0.768
(1.00)
0.545
(1.00)
0.72
(1.00)
0.879
(1.00)
0.938
(1.00)
0.788
(1.00)
0.896
(1.00)
0.157
(1.00)
0.188
(1.00)
0.0404
(1.00)
0.259
(1.00)
0.53
(1.00)
0.201
(1.00)
0.0473
(1.00)
0.773
(1.00)
0.595
(1.00)
0.771
(1.00)
0.35
(1.00)
0.89
(1.00)
4p gain 6 (3%) 170 0.478
(1.00)
0.997
(1.00)
0.557
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.366
(1.00)
1
(1.00)
0.856
(1.00)
0.811
(1.00)
1
(1.00)
0.838
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.396
(1.00)
0.165
(1.00)
0.134
(1.00)
0.398
(1.00)
1
(1.00)
0.856
(1.00)
0.816
(1.00)
0.583
(1.00)
0.46
(1.00)
0.187
(1.00)
0.681
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
4q gain 7 (4%) 169 0.358
(1.00)
0.417
(1.00)
0.673
(1.00)
1
(1.00)
0.494
(1.00)
0.321
(1.00)
0.597
(1.00)
0.929
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.382
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.523
(1.00)
0.516
(1.00)
0.396
(1.00)
0.227
(1.00)
0.315
(1.00)
0.463
(1.00)
0.209
(1.00)
0.929
(1.00)
0.973
(1.00)
1
(1.00)
0.891
(1.00)
0.0499
(1.00)
0.926
(1.00)
1
(1.00)
0.951
(1.00)
0.413
(1.00)
5p gain 61 (35%) 115 0.535
(1.00)
0.573
(1.00)
0.295
(1.00)
0.833
(1.00)
0.71
(1.00)
0.514
(1.00)
0.382
(1.00)
0.127
(1.00)
0.769
(1.00)
0.93
(1.00)
0.509
(1.00)
0.798
(1.00)
0.571
(1.00)
0.444
(1.00)
0.0586
(1.00)
0.211
(1.00)
0.127
(1.00)
0.903
(1.00)
0.879
(1.00)
0.0622
(1.00)
0.538
(1.00)
0.465
(1.00)
0.363
(1.00)
0.288
(1.00)
0.138
(1.00)
0.0909
(1.00)
0.516
(1.00)
1
(1.00)
0.385
(1.00)
0.836
(1.00)
0.769
(1.00)
0.114
(1.00)
0.288
(1.00)
0.622
(1.00)
0.829
(1.00)
0.272
(1.00)
0.996
(1.00)
0.736
(1.00)
0.897
(1.00)
0.0683
(1.00)
0.491
(1.00)
5q gain 29 (16%) 147 0.669
(1.00)
0.17
(1.00)
1
(1.00)
0.555
(1.00)
1
(1.00)
0.759
(1.00)
0.576
(1.00)
0.794
(1.00)
0.976
(1.00)
0.604
(1.00)
1
(1.00)
0.962
(1.00)
1
(1.00)
0.501
(1.00)
0.735
(1.00)
0.529
(1.00)
0.794
(1.00)
0.936
(1.00)
0.918
(1.00)
0.131
(1.00)
1
(1.00)
0.901
(1.00)
0.866
(1.00)
0.198
(1.00)
0.37
(1.00)
0.317
(1.00)
0.739
(1.00)
0.623
(1.00)
0.0875
(1.00)
0.783
(1.00)
0.976
(1.00)
0.247
(1.00)
0.385
(1.00)
0.722
(1.00)
1
(1.00)
0.841
(1.00)
0.793
(1.00)
0.355
(1.00)
0.244
(1.00)
0.183
(1.00)
6p gain 35 (20%) 141 0.265
(1.00)
0.717
(1.00)
0.463
(1.00)
1
(1.00)
0.293
(1.00)
0.563
(1.00)
0.433
(1.00)
0.909
(1.00)
0.864
(1.00)
0.906
(1.00)
0.692
(1.00)
0.551
(1.00)
0.023
(1.00)
0.224
(1.00)
0.0924
(1.00)
0.609
(1.00)
0.909
(1.00)
0.728
(1.00)
0.388
(1.00)
0.464
(1.00)
1
(1.00)
0.917
(1.00)
0.497
(1.00)
0.0833
(1.00)
0.505
(1.00)
0.35
(1.00)
0.105
(1.00)
0.691
(1.00)
0.81
(1.00)
0.864
(1.00)
0.791
(1.00)
0.79
(1.00)
0.125
(1.00)
0.0683
(1.00)
0.323
(1.00)
0.695
(1.00)
0.211
(1.00)
0.366
(1.00)
0.682
(1.00)
6q gain 21 (12%) 155 0.0935
(1.00)
0.63
(1.00)
0.131
(1.00)
0.764
(1.00)
0.172
(1.00)
0.342
(1.00)
0.328
(1.00)
0.831
(1.00)
0.313
(1.00)
0.968
(1.00)
0.617
(1.00)
0.363
(1.00)
0.0625
(1.00)
0.226
(1.00)
0.083
(1.00)
0.867
(1.00)
0.831
(1.00)
0.372
(1.00)
0.169
(1.00)
0.681
(1.00)
1
(1.00)
0.533
(1.00)
0.916
(1.00)
0.589
(1.00)
0.308
(1.00)
0.41
(1.00)
0.229
(1.00)
0.491
(1.00)
0.532
(1.00)
0.313
(1.00)
0.591
(1.00)
0.752
(1.00)
0.225
(1.00)
1
(1.00)
0.717
(1.00)
0.958
(1.00)
0.313
(1.00)
0.524
(1.00)
0.604
(1.00)
7p gain 23 (13%) 153 0.866
(1.00)
0.226
(1.00)
0.543
(1.00)
0.752
(1.00)
0.847
(1.00)
0.956
(1.00)
0.759
(1.00)
0.19
(1.00)
0.995
(1.00)
0.893
(1.00)
0.649
(1.00)
0.925
(1.00)
0.26
(1.00)
0.711
(1.00)
0.139
(1.00)
0.19
(1.00)
0.768
(1.00)
0.453
(1.00)
0.292
(1.00)
1
(1.00)
0.985
(1.00)
0.727
(1.00)
0.734
(1.00)
0.285
(1.00)
0.158
(1.00)
0.954
(1.00)
0.55
(1.00)
0.326
(1.00)
0.995
(1.00)
0.605
(1.00)
0.769
(1.00)
0.201
(1.00)
1
(1.00)
0.715
(1.00)
0.0528
(1.00)
0.633
(1.00)
0.272
(1.00)
0.24
(1.00)
7q gain 22 (12%) 154 0.312
(1.00)
0.093
(1.00)
0.349
(1.00)
0.752
(1.00)
1
(1.00)
0.836
(1.00)
0.114
(1.00)
0.885
(1.00)
0.554
(1.00)
0.566
(1.00)
1
(1.00)
0.917
(1.00)
1
(1.00)
0.436
(1.00)
0.347
(1.00)
0.0127
(1.00)
0.885
(1.00)
0.249
(1.00)
0.913
(1.00)
0.125
(1.00)
1
(1.00)
0.751
(1.00)
0.866
(1.00)
0.498
(1.00)
0.573
(1.00)
0.0797
(1.00)
0.213
(1.00)
0.602
(1.00)
1
(1.00)
0.554
(1.00)
0.898
(1.00)
0.38
(1.00)
0.0111
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.187
(1.00)
1
(1.00)
0.558
(1.00)
0.1
(1.00)
8p gain 28 (16%) 148 0.638
(1.00)
0.025
(1.00)
1
(1.00)
0.804
(1.00)
1
(1.00)
0.898
(1.00)
0.775
(1.00)
0.652
(1.00)
0.756
(1.00)
0.604
(1.00)
0.211
(1.00)
0.863
(1.00)
1
(1.00)
0.205
(1.00)
0.662
(1.00)
0.946
(1.00)
0.652
(1.00)
0.701
(1.00)
0.879
(1.00)
0.642
(1.00)
0.341
(1.00)
0.344
(1.00)
1
(1.00)
0.63
(1.00)
0.278
(1.00)
0.758
(1.00)
0.298
(1.00)
0.527
(1.00)
1
(1.00)
0.756
(1.00)
0.362
(1.00)
0.192
(1.00)
0.924
(1.00)
0.558
(1.00)
0.324
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.273
(1.00)
0.0281
(1.00)
8q gain 47 (27%) 129 0.923
(1.00)
0.0177
(1.00)
1
(1.00)
0.668
(1.00)
0.682
(1.00)
0.159
(1.00)
0.352
(1.00)
0.912
(1.00)
0.746
(1.00)
0.58
(1.00)
0.728
(1.00)
0.519
(1.00)
1
(1.00)
0.694
(1.00)
0.331
(1.00)
0.447
(1.00)
0.912
(1.00)
0.747
(1.00)
0.789
(1.00)
0.506
(1.00)
0.396
(1.00)
0.995
(1.00)
0.638
(1.00)
0.434
(1.00)
0.893
(1.00)
0.655
(1.00)
0.598
(1.00)
0.189
(1.00)
0.328
(1.00)
0.51
(1.00)
0.746
(1.00)
0.146
(1.00)
0.507
(1.00)
0.694
(1.00)
0.152
(1.00)
0.503
(1.00)
0.824
(1.00)
1
(1.00)
0.713
(1.00)
0.172
(1.00)
0.021
(1.00)
9p gain 25 (14%) 151 0.32
(1.00)
0.502
(1.00)
0.419
(1.00)
0.264
(1.00)
0.762
(1.00)
0.897
(1.00)
0.376
(1.00)
0.459
(1.00)
0.257
(1.00)
0.186
(1.00)
0.137
(1.00)
0.963
(1.00)
0.178
(1.00)
0.645
(1.00)
0.763
(1.00)
0.087
(1.00)
0.459
(1.00)
0.182
(1.00)
0.246
(1.00)
0.0153
(1.00)
1
(1.00)
0.613
(1.00)
0.971
(1.00)
0.327
(1.00)
0.0328
(1.00)
0.13
(1.00)
0.158
(1.00)
0.387
(1.00)
1
(1.00)
0.78
(1.00)
0.257
(1.00)
0.0368
(1.00)
0.0662
(1.00)
0.553
(1.00)
0.664
(1.00)
0.4
(1.00)
0.269
(1.00)
0.592
(1.00)
0.217
(1.00)
0.479
(1.00)
9q gain 26 (15%) 150 0.351
(1.00)
0.454
(1.00)
0.419
(1.00)
0.404
(1.00)
0.674
(1.00)
0.715
(1.00)
0.377
(1.00)
0.313
(1.00)
0.395
(1.00)
0.138
(1.00)
0.137
(1.00)
0.84
(1.00)
0.173
(1.00)
0.412
(1.00)
0.653
(1.00)
0.0234
(1.00)
0.313
(1.00)
0.14
(1.00)
0.697
(1.00)
0.0116
(1.00)
1
(1.00)
0.344
(1.00)
0.866
(1.00)
0.198
(1.00)
0.0043
(1.00)
0.317
(1.00)
0.213
(1.00)
0.381
(1.00)
0.946
(1.00)
1
(1.00)
0.395
(1.00)
0.244
(1.00)
0.169
(1.00)
0.893
(1.00)
0.663
(1.00)
0.358
(1.00)
0.126
(1.00)
0.584
(1.00)
0.378
(1.00)
0.612
(1.00)
10p gain 14 (8%) 162 0.828
(1.00)
0.153
(1.00)
0.281
(1.00)
0.285
(1.00)
0.465
(1.00)
0.886
(1.00)
1
(1.00)
0.532
(1.00)
0.0641
(1.00)
0.936
(1.00)
0.598
(1.00)
0.507
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.562
(1.00)
0.502
(1.00)
0.532
(1.00)
0.311
(1.00)
0.072
(1.00)
0.85
(1.00)
1
(1.00)
0.458
(1.00)
0.449
(1.00)
0.636
(1.00)
0.556
(1.00)
0.912
(1.00)
0.79
(1.00)
0.662
(1.00)
0.166
(1.00)
0.0641
(1.00)
0.345
(1.00)
0.0213
(1.00)
0.0148
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.29
(1.00)
0.584
(1.00)
0.365
(1.00)
0.161
(1.00)
10q gain 8 (5%) 168 0.908
(1.00)
0.401
(1.00)
0.625
(1.00)
0.65
(1.00)
0.118
(1.00)
0.578
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.769
(1.00)
1
(1.00)
0.564
(1.00)
0.617
(1.00)
0.772
(1.00)
0.723
(1.00)
1
(1.00)
0.653
(1.00)
0.375
(1.00)
0.52
(1.00)
0.499
(1.00)
0.693
(1.00)
0.596
(1.00)
0.564
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.478
(1.00)
0.216
(1.00)
0.05
(1.00)
0.296
(1.00)
0.0905
(1.00)
1
(1.00)
0.133
(1.00)
0.412
(1.00)
11p gain 5 (3%) 171 0.808
(1.00)
0.136
(1.00)
0.0711
(1.00)
0.59
(1.00)
0.653
(1.00)
0.38
(1.00)
0.169
(1.00)
0.213
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0364
(1.00)
0.49
(1.00)
1
(1.00)
0.391
(1.00)
1
(1.00)
0.18
(1.00)
1
(1.00)
0.294
(1.00)
0.9
(1.00)
0.304
(1.00)
1
(1.00)
0.213
(1.00)
0.373
(1.00)
0.514
(1.00)
0.635
(1.00)
1
(1.00)
0.0207
(1.00)
0.32
(1.00)
1
(1.00)
0.00889
(1.00)
0.132
(1.00)
11q gain 5 (3%) 171 0.821
(1.00)
0.259
(1.00)
0.142
(1.00)
0.65
(1.00)
1
(1.00)
0.378
(1.00)
0.169
(1.00)
0.213
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.247
(1.00)
0.49
(1.00)
1
(1.00)
0.0836
(1.00)
1
(1.00)
0.181
(1.00)
1
(1.00)
0.12
(1.00)
0.545
(1.00)
0.305
(1.00)
1
(1.00)
0.213
(1.00)
0.381
(1.00)
1
(1.00)
0.635
(1.00)
1
(1.00)
0.0211
(1.00)
0.32
(1.00)
1
(1.00)
0.0213
(1.00)
0.252
(1.00)
12p gain 28 (16%) 148 0.746
(1.00)
0.0164
(1.00)
1
(1.00)
0.455
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.151
(1.00)
0.0162
(1.00)
0.708
(1.00)
0.868
(1.00)
1
(1.00)
0.432
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.949
(1.00)
0.0162
(1.00)
0.333
(1.00)
0.144
(1.00)
0.55
(1.00)
1
(1.00)
0.337
(1.00)
0.916
(1.00)
0.0981
(1.00)
0.235
(1.00)
0.983
(1.00)
0.0489
(1.00)
0.8
(1.00)
0.606
(1.00)
0.451
(1.00)
0.708
(1.00)
0.189
(1.00)
0.058
(1.00)
0.23
(1.00)
0.761
(1.00)
0.732
(1.00)
0.994
(1.00)
0.432
(1.00)
0.576
(1.00)
0.019
(1.00)
12q gain 25 (14%) 151 0.964
(1.00)
0.00654
(1.00)
1
(1.00)
0.791
(1.00)
0.883
(1.00)
0.713
(1.00)
0.0724
(1.00)
0.0388
(1.00)
0.868
(1.00)
0.743
(1.00)
1
(1.00)
0.203
(1.00)
0.729
(1.00)
0.923
(1.00)
0.922
(1.00)
0.587
(1.00)
0.0388
(1.00)
0.298
(1.00)
0.182
(1.00)
0.44
(1.00)
1
(1.00)
0.443
(1.00)
0.93
(1.00)
0.209
(1.00)
0.332
(1.00)
0.581
(1.00)
0.0169
(1.00)
1
(1.00)
0.319
(1.00)
1
(1.00)
0.868
(1.00)
0.144
(1.00)
0.169
(1.00)
0.402
(1.00)
1
(1.00)
0.348
(1.00)
0.877
(1.00)
0.199
(1.00)
0.624
(1.00)
0.00775
(1.00)
13q gain 15 (9%) 161 0.0369
(1.00)
0.435
(1.00)
0.511
(1.00)
0.724
(1.00)
0.823
(1.00)
0.0357
(1.00)
1
(1.00)
0.657
(1.00)
0.0321
(1.00)
0.641
(1.00)
0.598
(1.00)
0.438
(1.00)
0.0937
(1.00)
0.1
(1.00)
0.634
(1.00)
0.657
(1.00)
0.536
(1.00)
0.563
(1.00)
0.918
(1.00)
0.368
(1.00)
0.449
(1.00)
0.319
(1.00)
0.382
(1.00)
0.346
(1.00)
0.79
(1.00)
0.719
(1.00)
0.745
(1.00)
0.0321
(1.00)
0.586
(1.00)
1
(1.00)
0.779
(1.00)
1
(1.00)
0.82
(1.00)
0.255
(1.00)
0.584
(1.00)
0.612
(1.00)
0.452
(1.00)
14q gain 26 (15%) 150 0.922
(1.00)
0.332
(1.00)
0.794
(1.00)
0.294
(1.00)
0.241
(1.00)
0.356
(1.00)
0.559
(1.00)
0.709
(1.00)
0.408
(1.00)
0.548
(1.00)
1
(1.00)
0.173
(1.00)
0.299
(1.00)
0.321
(1.00)
0.488
(1.00)
0.709
(1.00)
0.465
(1.00)
0.607
(1.00)
0.554
(1.00)
1
(1.00)
0.305
(1.00)
0.256
(1.00)
0.472
(1.00)
0.424
(1.00)
0.616
(1.00)
0.686
(1.00)
0.328
(1.00)
1
(1.00)
0.408
(1.00)
0.895
(1.00)
0.579
(1.00)
0.775
(1.00)
1
(1.00)
0.0371
(1.00)
0.925
(1.00)
1
(1.00)
0.917
(1.00)
0.311
(1.00)
15q gain 30 (17%) 146 0.156
(1.00)
0.466
(1.00)
0.107
(1.00)
1
(1.00)
0.886
(1.00)
0.777
(1.00)
0.263
(1.00)
0.0423
(1.00)
0.94
(1.00)
0.417
(1.00)
0.219
(1.00)
0.433
(1.00)
0.169
(1.00)
0.907
(1.00)
0.602
(1.00)
1
(1.00)
0.0423
(1.00)
0.709
(1.00)
0.977
(1.00)
0.667
(1.00)
1
(1.00)
0.615
(1.00)
0.355
(1.00)
0.72
(1.00)
0.94
(1.00)
0.924
(1.00)
0.274
(1.00)
0.241
(1.00)
0.793
(1.00)
0.94
(1.00)
0.37
(1.00)
0.775
(1.00)
0.104
(1.00)
0.71
(1.00)
0.198
(1.00)
0.486
(1.00)
1
(1.00)
0.126
(1.00)
0.443
(1.00)
16p gain 24 (14%) 152 0.98
(1.00)
0.881
(1.00)
0.125
(1.00)
0.116
(1.00)
0.68
(1.00)
0.714
(1.00)
0.768
(1.00)
0.915
(1.00)
0.0774
(1.00)
0.452
(1.00)
1
(1.00)
0.423
(1.00)
0.0843
(1.00)
0.252
(1.00)
0.957
(1.00)
0.915
(1.00)
0.156
(1.00)
0.512
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.034
(1.00)
0.93
(1.00)
0.138
(1.00)
0.061
(1.00)
0.596
(1.00)
0.00817
(1.00)
0.855
(1.00)
1
(1.00)
0.0774
(1.00)
0.62
(1.00)
0.385
(1.00)
0.732
(1.00)
1
(1.00)
0.716
(1.00)
0.903
(1.00)
0.051
(1.00)
0.244
(1.00)
0.919
(1.00)
16q gain 21 (12%) 155 0.0655
(1.00)
0.88
(1.00)
0.0241
(1.00)
0.555
(1.00)
0.206
(1.00)
0.695
(1.00)
0.536
(1.00)
0.669
(1.00)
0.528
(1.00)
0.314
(1.00)
1
(1.00)
0.524
(1.00)
0.0625
(1.00)
0.157
(1.00)
0.144
(1.00)
0.669
(1.00)
0.242
(1.00)
0.177
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0376
(1.00)
0.727
(1.00)
0.122
(1.00)
0.00822
(1.00)
0.365
(1.00)
0.039
(1.00)
0.588
(1.00)
0.4
(1.00)
0.528
(1.00)
0.56
(1.00)
0.548
(1.00)
0.993
(1.00)
1
(1.00)
0.892
(1.00)
0.776
(1.00)
0.313
(1.00)
0.0288
(1.00)
0.846
(1.00)
17p gain 12 (7%) 164 0.738
(1.00)
0.263
(1.00)
0.104
(1.00)
0.0315
(1.00)
0.395
(1.00)
0.852
(1.00)
0.0912
(1.00)
0.00666
(1.00)
0.741
(1.00)
1
(1.00)
0.711
(1.00)
0.0657
(1.00)
0.781
(1.00)
0.833
(1.00)
0.449
(1.00)
0.46
(1.00)
0.119
(1.00)
0.52
(1.00)
0.524
(1.00)
0.692
(1.00)
0.0864
(1.00)
0.0337
(1.00)
0.681
(1.00)
0.116
(1.00)
0.00666
(1.00)
0.381
(1.00)
1
(1.00)
0.168
(1.00)
1
(1.00)
0.486
(1.00)
0.241
(1.00)
0.246
(1.00)
0.0114
(1.00)
0.279
(1.00)
17q gain 26 (15%) 150 0.483
(1.00)
0.412
(1.00)
0.0885
(1.00)
0.0743
(1.00)
0.575
(1.00)
0.731
(1.00)
1
(1.00)
0.0135
(1.00)
0.029
(1.00)
0.587
(1.00)
0.649
(1.00)
0.232
(1.00)
0.132
(1.00)
0.725
(1.00)
0.2
(1.00)
0.0135
(1.00)
0.469
(1.00)
0.109
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.152
(1.00)
0.39
(1.00)
0.481
(1.00)
0.149
(1.00)
0.338
(1.00)
0.0301
(1.00)
0.782
(1.00)
0.0993
(1.00)
0.029
(1.00)
0.564
(1.00)
0.548
(1.00)
0.868
(1.00)
0.667
(1.00)
0.198
(1.00)
0.0212
(1.00)
0.374
(1.00)
0.00066
(1.00)
0.437
(1.00)
18p gain 23 (13%) 153 0.246
(1.00)
0.0442
(1.00)
1
(1.00)
0.774
(1.00)
0.423
(1.00)
0.716
(1.00)
0.13
(1.00)
0.692
(1.00)
0.641
(1.00)
0.655
(1.00)
0.649
(1.00)
0.046
(1.00)
1
(1.00)
0.869
(1.00)
0.498
(1.00)
0.338
(1.00)
0.692
(1.00)
0.108
(1.00)
0.826
(1.00)
0.0962
(1.00)
1
(1.00)
0.455
(1.00)
0.135
(1.00)
0.0215
(1.00)
0.908
(1.00)
0.507
(1.00)
0.235
(1.00)
0.546
(1.00)
0.645
(1.00)
0.571
(1.00)
0.641
(1.00)
0.537
(1.00)
0.783
(1.00)
0.926
(1.00)
0.406
(1.00)
1
(1.00)
0.45
(1.00)
0.66
(1.00)
0.699
(1.00)
0.213
(1.00)
0.0486
(1.00)
18q gain 12 (7%) 164 0.248
(1.00)
0.0192
(1.00)
0.716
(1.00)
1
(1.00)
0.591
(1.00)
0.737
(1.00)
0.0912
(1.00)
0.396
(1.00)
0.788
(1.00)
0.243
(1.00)
0.577
(1.00)
0.263
(1.00)
0.617
(1.00)
0.352
(1.00)
0.32
(1.00)
0.682
(1.00)
0.396
(1.00)
0.0425
(1.00)
0.239
(1.00)
0.0073
(1.00)
0.524
(1.00)
0.402
(1.00)
0.0879
(1.00)
0.874
(1.00)
0.287
(1.00)
0.381
(1.00)
0.555
(1.00)
0.256
(1.00)
0.788
(1.00)
0.125
(1.00)
0.166
(1.00)
0.599
(1.00)
1
(1.00)
0.87
(1.00)
0.499
(1.00)
0.511
(1.00)
0.699
(1.00)
0.495
(1.00)
0.0209
(1.00)
19p gain 26 (15%) 150 0.642
(1.00)
0.9
(1.00)
0.419
(1.00)
0.027
(1.00)
0.884
(1.00)
0.713
(1.00)
0.084
(1.00)
0.478
(1.00)
0.316
(1.00)
0.923
(1.00)
1
(1.00)
0.567
(1.00)
0.27
(1.00)
0.4
(1.00)
0.433
(1.00)
0.658
(1.00)
0.478
(1.00)
0.11
(1.00)
0.315
(1.00)
0.5
(1.00)
1
(1.00)
0.589
(1.00)
0.866
(1.00)
0.738
(1.00)
0.292
(1.00)
0.849
(1.00)
0.805
(1.00)
0.619
(1.00)
0.821
(1.00)
0.427
(1.00)
0.316
(1.00)
0.663
(1.00)
0.0428
(1.00)
0.808
(1.00)
0.717
(1.00)
1
(1.00)
0.876
(1.00)
0.344
(1.00)
0.897
(1.00)
0.78
(1.00)
0.93
(1.00)
19q gain 40 (23%) 136 0.389
(1.00)
0.823
(1.00)
1
(1.00)
0.478
(1.00)
0.833
(1.00)
0.4
(1.00)
0.0233
(1.00)
0.0829
(1.00)
0.67
(1.00)
0.576
(1.00)
0.46
(1.00)
0.341
(1.00)
0.14
(1.00)
0.153
(1.00)
0.456
(1.00)
0.395
(1.00)
0.0829
(1.00)
0.0551
(1.00)
0.318
(1.00)
0.374
(1.00)
1
(1.00)
0.187
(1.00)
0.588
(1.00)
0.215
(1.00)
0.0715
(1.00)
0.974
(1.00)
0.362
(1.00)
0.638
(1.00)
0.935
(1.00)
0.497
(1.00)
0.67
(1.00)
0.941
(1.00)
0.352
(1.00)
0.466
(1.00)
1
(1.00)
0.813
(1.00)
0.122
(1.00)
1
(1.00)
0.27
(1.00)
0.87
(1.00)
0.863
(1.00)
20p gain 60 (34%) 116 0.497
(1.00)
0.405
(1.00)
0.539
(1.00)
0.0593
(1.00)
0.624
(1.00)
0.74
(1.00)
0.826
(1.00)
0.801
(1.00)
0.052
(1.00)
0.287
(1.00)
0.747
(1.00)
0.305
(1.00)
0.774
(1.00)
0.641
(1.00)
0.041
(1.00)
0.578
(1.00)
0.801
(1.00)
0.793
(1.00)
0.679
(1.00)
0.328
(1.00)
1
(1.00)
0.841
(1.00)
0.322
(1.00)
0.754
(1.00)
0.818
(1.00)
0.624
(1.00)
0.95
(1.00)
0.485
(1.00)
0.983
(1.00)
0.551
(1.00)
0.052
(1.00)
0.827
(1.00)
1
(1.00)
0.529
(1.00)
0.587
(1.00)
0.753
(1.00)
0.289
(1.00)
0.535
(1.00)
0.519
(1.00)
0.0505
(1.00)
0.446
(1.00)
20q gain 64 (36%) 112 0.31
(1.00)
0.355
(1.00)
0.841
(1.00)
0.544
(1.00)
0.38
(1.00)
0.737
(1.00)
0.666
(1.00)
0.724
(1.00)
0.518
(1.00)
0.265
(1.00)
0.746
(1.00)
0.0815
(1.00)
0.783
(1.00)
0.239
(1.00)
0.0739
(1.00)
1
(1.00)
0.724
(1.00)
0.671
(1.00)
0.652
(1.00)
0.752
(1.00)
1
(1.00)
0.696
(1.00)
0.471
(1.00)
0.379
(1.00)
0.287
(1.00)
0.94
(1.00)
0.0448
(1.00)
0.489
(1.00)
0.903
(1.00)
0.693
(1.00)
0.518
(1.00)
0.652
(1.00)
0.392
(1.00)
0.914
(1.00)
0.699
(1.00)
0.397
(1.00)
0.73
(1.00)
0.766
(1.00)
0.519
(1.00)
0.0796
(1.00)
0.298
(1.00)
21q gain 22 (12%) 154 0.00409
(1.00)
0.0363
(1.00)
0.519
(1.00)
0.516
(1.00)
0.679
(1.00)
0.325
(1.00)
0.114
(1.00)
0.447
(1.00)
0.58
(1.00)
0.968
(1.00)
1
(1.00)
0.643
(1.00)
0.0287
(1.00)
0.788
(1.00)
0.336
(1.00)
0.738
(1.00)
0.447
(1.00)
0.955
(1.00)
0.0742
(1.00)
0.389
(1.00)
0.598
(1.00)
0.254
(1.00)
0.61
(1.00)
0.727
(1.00)
0.884
(1.00)
0.613
(1.00)
0.00603
(1.00)
0.771
(1.00)
0.58
(1.00)
0.272
(1.00)
0.0854
(1.00)
0.486
(1.00)
0.577
(1.00)
0.117
(1.00)
0.209
(1.00)
0.588
(1.00)
0.54
(1.00)
0.301
(1.00)
0.0387
(1.00)
22q gain 20 (11%) 156 0.112
(1.00)
0.282
(1.00)
0.225
(1.00)
1
(1.00)
0.842
(1.00)
0.883
(1.00)
1
(1.00)
0.946
(1.00)
0.435
(1.00)
0.341
(1.00)
0.22
(1.00)
1
(1.00)
0.19
(1.00)
0.89
(1.00)
0.766
(1.00)
0.461
(1.00)
0.522
(1.00)
0.489
(1.00)
0.224
(1.00)
0.565
(1.00)
0.994
(1.00)
0.79
(1.00)
0.441
(1.00)
0.735
(1.00)
0.946
(1.00)
0.678
(1.00)
1
(1.00)
0.929
(1.00)
0.545
(1.00)
0.314
(1.00)
0.952
(1.00)
1
(1.00)
0.181
(1.00)
0.264
(1.00)
xq gain 24 (14%) 152 0.118
(1.00)
0.952
(1.00)
0.394
(1.00)
0.264
(1.00)
1
(1.00)
0.958
(1.00)
1
(1.00)
0.822
(1.00)
0.437
(1.00)
0.632
(1.00)
1
(1.00)
0.5
(1.00)
0.485
(1.00)
0.695
(1.00)
0.956
(1.00)
0.127
(1.00)
0.822
(1.00)
0.769
(1.00)
0.802
(1.00)
0.946
(1.00)
0.0569
(1.00)
0.866
(1.00)
0.253
(1.00)
0.00424
(1.00)
0.339
(1.00)
0.213
(1.00)
0.469
(1.00)
1
(1.00)
0.437
(1.00)
0.0438
(1.00)
0.391
(1.00)
0.307
(1.00)
0.461
(1.00)
0.599
(1.00)
0.489
(1.00)
0.201
(1.00)
0.488
(1.00)
0.986
(1.00)
1p loss 7 (4%) 169 0.434
(1.00)
0.607
(1.00)
0.557
(1.00)
1
(1.00)
0.295
(1.00)
1
(1.00)
0.074
(1.00)
0.856
(1.00)
0.858
(1.00)
0.398
(1.00)
0.802
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.68
(1.00)
0.811
(1.00)
0.0248
(1.00)
0.102
(1.00)
0.562
(1.00)
0.863
(1.00)
0.222
(1.00)
0.336
(1.00)
0.437
(1.00)
0.401
(1.00)
0.347
(1.00)
0.856
(1.00)
0.816
(1.00)
0.0258
(1.00)
0.0153
(1.00)
1
(1.00)
0.135
(1.00)
0.657
(1.00)
1
(1.00)
0.884
(1.00)
0.623
(1.00)
1q loss 7 (4%) 169 0.63
(1.00)
0.552
(1.00)
0.321
(1.00)
0.325
(1.00)
1
(1.00)
0.757
(1.00)
0.0113
(1.00)
0.335
(1.00)
0.263
(1.00)
0.491
(1.00)
1
(1.00)
0.789
(1.00)
0.617
(1.00)
1
(1.00)
0.876
(1.00)
0.335
(1.00)
0.598
(1.00)
0.684
(1.00)
0.00782
(1.00)
1
(1.00)
0.0555
(1.00)
0.52
(1.00)
0.648
(1.00)
0.186
(1.00)
0.0908
(1.00)
0.564
(1.00)
0.149
(1.00)
0.669
(1.00)
0.263
(1.00)
0.124
(1.00)
0.161
(1.00)
0.013
(1.00)
1
(1.00)
0.296
(1.00)
0.246
(1.00)
1
(1.00)
0.963
(1.00)
0.537
(1.00)
2p loss 10 (6%) 166 0.285
(1.00)
0.121
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.767
(1.00)
0.43
(1.00)
0.652
(1.00)
0.445
(1.00)
0.903
(1.00)
1
(1.00)
0.21
(1.00)
1
(1.00)
0.705
(1.00)
0.925
(1.00)
0.399
(1.00)
0.856
(1.00)
0.757
(1.00)
0.312
(1.00)
0.382
(1.00)
0.536
(1.00)
0.448
(1.00)
0.564
(1.00)
0.47
(1.00)
0.423
(1.00)
0.445
(1.00)
0.0717
(1.00)
0.45
(1.00)
0.281
(1.00)
1
(1.00)
0.606
(1.00)
0.353
(1.00)
1
(1.00)
0.917
(1.00)
0.128
(1.00)
2q loss 16 (9%) 160 0.397
(1.00)
0.679
(1.00)
1
(1.00)
0.764
(1.00)
0.843
(1.00)
0.421
(1.00)
0.0757
(1.00)
0.954
(1.00)
1
(1.00)
0.603
(1.00)
0.386
(1.00)
1
(1.00)
0.556
(1.00)
1
(1.00)
0.316
(1.00)
0.315
(1.00)
1
(1.00)
0.726
(1.00)
0.572
(1.00)
0.406
(1.00)
0.233
(1.00)
0.238
(1.00)
0.89
(1.00)
0.257
(1.00)
1
(1.00)
0.954
(1.00)
0.0674
(1.00)
0.752
(1.00)
0.497
(1.00)
0.329
(1.00)
1
(1.00)
0.071
(1.00)
0.588
(1.00)
0.922
(1.00)
0.699
(1.00)
3p loss 42 (24%) 134 0.976
(1.00)
0.612
(1.00)
1
(1.00)
0.0231
(1.00)
1
(1.00)
0.0284
(1.00)
0.0901
(1.00)
0.706
(1.00)
0.0261
(1.00)
0.846
(1.00)
0.29
(1.00)
0.231
(1.00)
0.76
(1.00)
0.921
(1.00)
0.841
(1.00)
0.233
(1.00)
0.706
(1.00)
0.015
(1.00)
0.495
(1.00)
0.592
(1.00)
1
(1.00)
0.365
(1.00)
0.643
(1.00)
0.879
(1.00)
0.903
(1.00)
0.347
(1.00)
0.657
(1.00)
0.423
(1.00)
0.911
(1.00)
0.0459
(1.00)
0.0261
(1.00)
0.792
(1.00)
0.651
(1.00)
0.196
(1.00)
0.53
(1.00)
0.388
(1.00)
0.0952
(1.00)
0.736
(1.00)
0.7
(1.00)
0.576
(1.00)
3q loss 6 (3%) 170 0.225
(1.00)
0.345
(1.00)
0.557
(1.00)
1
(1.00)
0.629
(1.00)
1
(1.00)
0.592
(1.00)
0.357
(1.00)
1
(1.00)
0.0703
(1.00)
0.498
(1.00)
1
(1.00)
0.257
(1.00)
0.184
(1.00)
0.529
(1.00)
1
(1.00)
0.597
(1.00)
1
(1.00)
0.617
(1.00)
1
(1.00)
0.0977
(1.00)
1
(1.00)
0.156
(1.00)
0.357
(1.00)
4p loss 71 (40%) 105 0.739
(1.00)
0.867
(1.00)
1
(1.00)
0.0788
(1.00)
0.481
(1.00)
0.00495
(1.00)
0.091
(1.00)
0.502
(1.00)
0.0907
(1.00)
0.172
(1.00)
0.025
(1.00)
0.0604
(1.00)
0.785
(1.00)
0.837
(1.00)
0.196
(1.00)
0.349
(1.00)
0.502
(1.00)
0.675
(1.00)
0.967
(1.00)
0.375
(1.00)
0.538
(1.00)
0.78
(1.00)
0.257
(1.00)
0.743
(1.00)
0.937
(1.00)
0.417
(1.00)
0.827
(1.00)
0.751
(1.00)
0.797
(1.00)
0.128
(1.00)
0.0907
(1.00)
0.197
(1.00)
0.314
(1.00)
0.0222
(1.00)
0.848
(1.00)
0.765
(1.00)
0.275
(1.00)
0.766
(1.00)
0.699
(1.00)
0.531
(1.00)
0.927
(1.00)
4q loss 48 (27%) 128 0.046
(1.00)
0.635
(1.00)
0.823
(1.00)
0.0464
(1.00)
0.274
(1.00)
0.344
(1.00)
0.483
(1.00)
0.903
(1.00)
0.0458
(1.00)
0.244
(1.00)
0.51
(1.00)
0.0674
(1.00)
0.36
(1.00)
0.473
(1.00)
0.00038
(1.00)
0.208
(1.00)
0.903
(1.00)
0.272
(1.00)
0.767
(1.00)
0.0634
(1.00)
1
(1.00)
0.833
(1.00)
0.771
(1.00)
0.925
(1.00)
0.937
(1.00)
0.234
(1.00)
0.484
(1.00)
0.652
(1.00)
0.822
(1.00)
0.0803
(1.00)
0.0458
(1.00)
0.155
(1.00)
1
(1.00)
0.139
(1.00)
0.827
(1.00)
0.714
(1.00)
0.825
(1.00)
1
(1.00)
0.664
(1.00)
0.673
(1.00)
5p loss 12 (7%) 164 0.00068
(1.00)
0.563
(1.00)
0.446
(1.00)
0.139
(1.00)
0.59
(1.00)
0.375
(1.00)
0.0217
(1.00)
0.335
(1.00)
0.0254
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.648
(1.00)
0.00586
(1.00)
0.689
(1.00)
0.321
(1.00)
0.335
(1.00)
0.218
(1.00)
0.00853
(1.00)
1
(1.00)
0.668
(1.00)
0.483
(1.00)
0.47
(1.00)
0.5
(1.00)
0.0327
(1.00)
0.682
(1.00)
1
(1.00)
0.313
(1.00)
0.116
(1.00)
0.0254
(1.00)
0.639
(1.00)
0.0528
(1.00)
0.00947
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.413
(1.00)
1
(1.00)
0.18
(1.00)
0.577
(1.00)
5q loss 33 (19%) 143 0.212
(1.00)
0.422
(1.00)
0.335
(1.00)
1
(1.00)
0.365
(1.00)
0.477
(1.00)
0.177
(1.00)
0.718
(1.00)
0.386
(1.00)
0.797
(1.00)
0.689
(1.00)
0.33
(1.00)
0.023
(1.00)
0.292
(1.00)
0.21
(1.00)
0.356
(1.00)
0.718
(1.00)
0.917
(1.00)
0.34
(1.00)
0.0988
(1.00)
1
(1.00)
0.707
(1.00)
0.206
(1.00)
0.928
(1.00)
0.336
(1.00)
0.0607
(1.00)
0.477
(1.00)
0.922
(1.00)
0.218
(1.00)
0.247
(1.00)
0.386
(1.00)
0.718
(1.00)
0.624
(1.00)
0.0337
(1.00)
0.631
(1.00)
1
(1.00)
0.716
(1.00)
0.46
(1.00)
0.474
(1.00)
0.396
(1.00)
6p loss 24 (14%) 152 0.433
(1.00)
0.385
(1.00)
0.757
(1.00)
0.546
(1.00)
1
(1.00)
0.439
(1.00)
0.54
(1.00)
0.778
(1.00)
0.508
(1.00)
0.299
(1.00)
1
(1.00)
0.398
(1.00)
0.663
(1.00)
0.808
(1.00)
0.828
(1.00)
0.131
(1.00)
0.778
(1.00)
0.851
(1.00)
0.332
(1.00)
0.0309
(1.00)
1
(1.00)
0.148
(1.00)
0.212
(1.00)
0.0877
(1.00)
0.195
(1.00)
0.861
(1.00)
0.739
(1.00)
0.388
(1.00)
0.563
(1.00)
0.508
(1.00)
0.452
(1.00)
0.352
(1.00)
0.159
(1.00)
1
(1.00)
0.147
(1.00)
0.614
(1.00)
0.355
(1.00)
0.945
(1.00)
0.405
(1.00)
6q loss 42 (24%) 134 0.0389
(1.00)
0.408
(1.00)
0.815
(1.00)
0.341
(1.00)
0.518
(1.00)
0.652
(1.00)
0.626
(1.00)
0.624
(1.00)
0.581
(1.00)
0.411
(1.00)
1
(1.00)
0.89
(1.00)
0.321
(1.00)
0.959
(1.00)
0.845
(1.00)
0.00865
(1.00)
0.624
(1.00)
1
(1.00)
0.712
(1.00)
0.483
(1.00)
1
(1.00)
0.1
(1.00)
0.401
(1.00)
0.928
(1.00)
0.0632
(1.00)
0.691
(1.00)
0.897
(1.00)
1
(1.00)
0.312
(1.00)
1
(1.00)
0.581
(1.00)
0.963
(1.00)
0.325
(1.00)
0.289
(1.00)
1
(1.00)
0.814
(1.00)
0.315
(1.00)
0.729
(1.00)
0.384
(1.00)
0.44
(1.00)
7p loss 17 (10%) 159 0.119
(1.00)
0.226
(1.00)
0.511
(1.00)
0.285
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.00105
(1.00)
0.363
(1.00)
0.127
(1.00)
0.337
(1.00)
0.609
(1.00)
0.0139
(1.00)
0.0625
(1.00)
0.759
(1.00)
0.397
(1.00)
0.314
(1.00)
0.363
(1.00)
0.228
(1.00)
0.659
(1.00)
0.16
(1.00)
0.396
(1.00)
0.375
(1.00)
0.364
(1.00)
0.523
(1.00)
0.345
(1.00)
0.663
(1.00)
0.954
(1.00)
0.339
(1.00)
0.472
(1.00)
0.532
(1.00)
0.127
(1.00)
0.782
(1.00)
0.207
(1.00)
0.253
(1.00)
1
(1.00)
0.489
(1.00)
0.672
(1.00)
1
(1.00)
0.453
(1.00)
0.242
(1.00)
7q loss 26 (15%) 150 0.000971
(1.00)
0.11
(1.00)
0.0885
(1.00)
0.0743
(1.00)
0.156
(1.00)
0.936
(1.00)
0.00146
(1.00)
0.425
(1.00)
0.0152
(1.00)
0.503
(1.00)
0.691
(1.00)
0.62
(1.00)
0.00588
(1.00)
0.926
(1.00)
0.337
(1.00)
0.0485
(1.00)
0.425
(1.00)
0.727
(1.00)
0.868
(1.00)
0.0336
(1.00)
0.505
(1.00)
0.296
(1.00)
0.295
(1.00)
0.615
(1.00)
0.375
(1.00)
0.556
(1.00)
0.739
(1.00)
0.338
(1.00)
0.383
(1.00)
0.0363
(1.00)
0.0152
(1.00)
0.479
(1.00)
0.169
(1.00)
0.822
(1.00)
0.438
(1.00)
0.755
(1.00)
0.201
(1.00)
0.681
(1.00)
0.156
(1.00)
0.176
(1.00)
0.103
(1.00)
8p loss 49 (28%) 127 0.109
(1.00)
0.753
(1.00)
0.395
(1.00)
0.832
(1.00)
0.432
(1.00)
0.121
(1.00)
0.251
(1.00)
0.991
(1.00)
0.566
(1.00)
0.0386
(1.00)
0.477
(1.00)
0.734
(1.00)
0.783
(1.00)
0.288
(1.00)
0.14
(1.00)
0.0105
(1.00)
0.991
(1.00)
0.907
(1.00)
0.888
(1.00)
0.476
(1.00)
0.538
(1.00)
0.825
(1.00)
0.688
(1.00)
0.565
(1.00)
0.558
(1.00)
0.554
(1.00)
0.75
(1.00)
0.853
(1.00)
0.42
(1.00)
0.291
(1.00)
0.566
(1.00)
0.742
(1.00)
1
(1.00)
0.267
(1.00)
0.827
(1.00)
0.94
(1.00)
0.975
(1.00)
0.749
(1.00)
0.366
(1.00)
0.45
(1.00)
0.714
(1.00)
8q loss 15 (9%) 161 0.505
(1.00)
0.141
(1.00)
0.294
(1.00)
0.5
(1.00)
0.00169
(1.00)
0.512
(1.00)
0.0583
(1.00)
0.502
(1.00)
0.566
(1.00)
0.892
(1.00)
1
(1.00)
0.614
(1.00)
1
(1.00)
0.119
(1.00)
0.87
(1.00)
0.502
(1.00)
0.876
(1.00)
0.837
(1.00)
0.482
(1.00)
0.396
(1.00)
0.502
(1.00)
0.449
(1.00)
0.636
(1.00)
0.902
(1.00)
0.819
(1.00)
0.346
(1.00)
0.308
(1.00)
1
(1.00)
0.566
(1.00)
0.393
(1.00)
0.126
(1.00)
0.176
(1.00)
1
(1.00)
0.0259
(1.00)
0.718
(1.00)
1
(1.00)
0.182
(1.00)
0.134
(1.00)
9p loss 34 (19%) 142 0.0123
(1.00)
0.113
(1.00)
0.794
(1.00)
0.423
(1.00)
0.551
(1.00)
0.917
(1.00)
0.791
(1.00)
0.899
(1.00)
0.563
(1.00)
0.607
(1.00)
0.692
(1.00)
0.417
(1.00)
0.492
(1.00)
0.329
(1.00)
0.633
(1.00)
0.655
(1.00)
0.899
(1.00)
0.45
(1.00)
0.369
(1.00)
0.537
(1.00)
1
(1.00)
0.387
(1.00)
0.295
(1.00)
0.163
(1.00)
0.668
(1.00)
0.0461
(1.00)
0.148
(1.00)
0.233
(1.00)
0.792
(1.00)
0.563
(1.00)
0.0664
(1.00)
1
(1.00)
0.808
(1.00)
1
(1.00)
0.923
(1.00)
0.428
(1.00)
1
(1.00)
0.16
(1.00)
0.0793
(1.00)
9q loss 29 (16%) 147 0.00862
(1.00)
0.0492
(1.00)
1
(1.00)
0.58
(1.00)
0.239
(1.00)
0.365
(1.00)
1
(1.00)
0.893
(1.00)
0.542
(1.00)
0.0763
(1.00)
1
(1.00)
0.818
(1.00)
0.26
(1.00)
0.0758
(1.00)
0.931
(1.00)
0.585
(1.00)
0.893
(1.00)
0.393
(1.00)
0.476
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0281
(1.00)
0.316
(1.00)
0.924
(1.00)
0.114
(1.00)
0.0801
(1.00)
0.113
(1.00)
0.095
(1.00)
0.607
(1.00)
0.542
(1.00)
0.493
(1.00)
0.583
(1.00)
0.316
(1.00)
0.667
(1.00)
0.91
(1.00)
0.256
(1.00)
1
(1.00)
0.281
(1.00)
0.0542
(1.00)
10p loss 39 (22%) 137 0.549
(1.00)
0.237
(1.00)
0.169
(1.00)
0.0325
(1.00)
0.516
(1.00)
0.753
(1.00)
0.0744
(1.00)
0.614
(1.00)
0.00532
(1.00)
0.29
(1.00)
0.456
(1.00)
0.913
(1.00)
1
(1.00)
0.257
(1.00)
0.0275
(1.00)
0.907
(1.00)
0.614
(1.00)
0.0818
(1.00)
0.798
(1.00)
0.775
(1.00)
0.505
(1.00)
0.721
(1.00)
0.489
(1.00)
0.28
(1.00)
0.817
(1.00)
0.156
(1.00)
0.07
(1.00)
0.222
(1.00)
0.154
(1.00)
0.0641
(1.00)
0.00532
(1.00)
0.138
(1.00)
0.0805
(1.00)
0.272
(1.00)
0.801
(1.00)
0.922
(1.00)
0.0935
(1.00)
0.46
(1.00)
0.366
(1.00)
0.287
(1.00)
0.257
(1.00)
10q loss 44 (25%) 132 0.145
(1.00)
0.0254
(1.00)
0.503
(1.00)
0.00608
(1.00)
0.305
(1.00)
0.932
(1.00)
0.147
(1.00)
0.428
(1.00)
0.00109
(1.00)
0.021
(1.00)
0.728
(1.00)
0.527
(1.00)
1
(1.00)
0.184
(1.00)
0.00412
(1.00)
0.907
(1.00)
0.428
(1.00)
0.124
(1.00)
0.494
(1.00)
0.583
(1.00)
0.258
(1.00)
0.796
(1.00)
0.538
(1.00)
0.156
(1.00)
0.27
(1.00)
0.435
(1.00)
0.428
(1.00)
0.0466
(1.00)
0.0294
(1.00)
0.0143
(1.00)
0.00109
(1.00)
0.27
(1.00)
0.352
(1.00)
0.429
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.226
(1.00)
0.475
(1.00)
0.353
(1.00)
0.0293
(1.00)
11p loss 59 (34%) 117 0.814
(1.00)
0.114
(1.00)
0.69
(1.00)
0.421
(1.00)
0.427
(1.00)
0.0467
(1.00)
0.507
(1.00)
0.82
(1.00)
0.704
(1.00)
0.0443
(1.00)
0.749
(1.00)
0.451
(1.00)
0.401
(1.00)
0.0518
(1.00)
0.124
(1.00)
0.413
(1.00)
0.82
(1.00)
0.241
(1.00)
0.649
(1.00)
0.909
(1.00)
0.396
(1.00)
0.0766
(1.00)
0.0525
(1.00)
0.332
(1.00)
0.0933
(1.00)
0.741
(1.00)
0.377
(1.00)
0.548
(1.00)
0.0649
(1.00)
1
(1.00)
0.704
(1.00)
0.795
(1.00)
0.53
(1.00)
0.111
(1.00)
0.221
(1.00)
0.359
(1.00)
0.331
(1.00)
1
(1.00)
0.51
(1.00)
0.089
(1.00)
11q loss 69 (39%) 107 0.98
(1.00)
0.00677
(1.00)
0.563
(1.00)
0.698
(1.00)
0.879
(1.00)
0.57
(1.00)
0.834
(1.00)
0.496
(1.00)
0.828
(1.00)
0.104
(1.00)
0.204
(1.00)
0.49
(1.00)
0.582
(1.00)
0.0743
(1.00)
0.718
(1.00)
0.26
(1.00)
0.496
(1.00)
0.561
(1.00)
0.0612
(1.00)
0.51
(1.00)
0.0934
(1.00)
0.191
(1.00)
0.0856
(1.00)
0.671
(1.00)
0.373
(1.00)
0.275
(1.00)
0.172
(1.00)
0.393
(1.00)
0.00294
(1.00)
0.128
(1.00)
0.828
(1.00)
0.393
(1.00)
0.837
(1.00)
0.564
(1.00)
0.307
(1.00)
0.319
(1.00)
0.933
(1.00)
0.553
(1.00)
0.419
(1.00)
0.00889
(1.00)
12p loss 24 (14%) 152 0.611
(1.00)
0.879
(1.00)
0.589
(1.00)
1
(1.00)
0.875
(1.00)
0.889
(1.00)
0.768
(1.00)
0.866
(1.00)
0.906
(1.00)
0.598
(1.00)
0.361
(1.00)
0.973
(1.00)
0.712
(1.00)
0.809
(1.00)
0.117
(1.00)
0.967
(1.00)
0.866
(1.00)
0.502
(1.00)
0.946
(1.00)
0.482
(1.00)
1
(1.00)
0.068
(1.00)
0.256
(1.00)
0.576
(1.00)
0.0759
(1.00)
0.84
(1.00)
0.622
(1.00)
0.801
(1.00)
0.429
(1.00)
0.783
(1.00)
0.906
(1.00)
0.623
(1.00)
0.38
(1.00)
0.0955
(1.00)
0.712
(1.00)
0.545
(1.00)
0.318
(1.00)
0.116
(1.00)
0.266
(1.00)
0.856
(1.00)
12q loss 9 (5%) 167 0.491
(1.00)
0.421
(1.00)
0.142
(1.00)
0.325
(1.00)
0.702
(1.00)
0.145
(1.00)
0.143
(1.00)
0.255
(1.00)
0.0822
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0877
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.837
(1.00)
0.255
(1.00)
0.598
(1.00)
0.107
(1.00)
0.0174
(1.00)
0.52
(1.00)
0.438
(1.00)
0.0179
(1.00)
0.596
(1.00)
0.422
(1.00)
0.172
(1.00)
1
(1.00)
0.0822
(1.00)
0.755
(1.00)
0.216
(1.00)
0.132
(1.00)
1
(1.00)
0.482
(1.00)
0.74
(1.00)
1
(1.00)
0.119
(1.00)
0.43
(1.00)
13q loss 46 (26%) 130 0.129
(1.00)
0.216
(1.00)
0.513
(1.00)
0.518
(1.00)
0.743
(1.00)
0.00524
(1.00)
0.351
(1.00)
0.29
(1.00)
0.0848
(1.00)
0.582
(1.00)
0.0347
(1.00)
0.735
(1.00)
0.356
(1.00)
0.441
(1.00)
0.277
(1.00)
0.031
(1.00)
0.29
(1.00)
0.0653
(1.00)
0.463
(1.00)
0.914
(1.00)
1
(1.00)
0.59
(1.00)
0.726
(1.00)
0.865
(1.00)
0.237
(1.00)
0.375
(1.00)
0.54
(1.00)
0.739
(1.00)
0.574
(1.00)
0.122
(1.00)
0.0848
(1.00)
0.692
(1.00)
0.825
(1.00)
0.0973
(1.00)
0.552
(1.00)
0.656
(1.00)
0.344
(1.00)
0.0647
(1.00)
0.343
(1.00)
0.168
(1.00)
14q loss 19 (11%) 157 0.458
(1.00)
0.287
(1.00)
0.757
(1.00)
0.226
(1.00)
0.841
(1.00)
0.652
(1.00)
0.315
(1.00)
0.142
(1.00)
0.887
(1.00)
1
(1.00)
0.565
(1.00)
0.178
(1.00)
0.347
(1.00)
0.342
(1.00)
0.867
(1.00)
0.413
(1.00)
0.932
(1.00)
0.75
(1.00)
1
(1.00)
0.196
(1.00)
0.483
(1.00)
0.0879
(1.00)
0.856
(1.00)
0.231
(1.00)
0.682
(1.00)
0.332
(1.00)
0.755
(1.00)
0.142
(1.00)
0.468
(1.00)
0.752
(1.00)
0.631
(1.00)
0.153
(1.00)
0.224
(1.00)
0.146
(1.00)
0.61
(1.00)
0.293
(1.00)
0.302
(1.00)
15q loss 24 (14%) 152 0.875
(1.00)
0.463
(1.00)
0.787
(1.00)
0.423
(1.00)
0.347
(1.00)
0.22
(1.00)
1
(1.00)
0.725
(1.00)
0.704
(1.00)
0.0996
(1.00)
0.366
(1.00)
0.829
(1.00)
0.706
(1.00)
0.258
(1.00)
0.00965
(1.00)
0.193
(1.00)
0.725
(1.00)
1
(1.00)
0.508
(1.00)
0.727
(1.00)
1
(1.00)
0.181
(1.00)
0.652
(1.00)
0.462
(1.00)
0.402
(1.00)
0.731
(1.00)
0.253
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.704
(1.00)
0.969
(1.00)
0.79
(1.00)
0.793
(1.00)
0.735
(1.00)
0.733
(1.00)
0.571
(1.00)
1
(1.00)
0.644
(1.00)
0.485
(1.00)
16p loss 20 (11%) 156 0.768
(1.00)
0.242
(1.00)
0.231
(1.00)
0.143
(1.00)
0.00739
(1.00)
0.31
(1.00)
1
(1.00)
0.337
(1.00)
0.44
(1.00)
0.748
(1.00)
0.603
(1.00)
0.261
(1.00)
1
(1.00)
0.77
(1.00)
0.258
(1.00)
0.102
(1.00)
0.337
(1.00)
0.581
(1.00)
0.814
(1.00)
0.73
(1.00)
1
(1.00)
0.0847
(1.00)
0.402
(1.00)
0.382
(1.00)
0.63
(1.00)
0.434
(1.00)
0.381
(1.00)
0.912
(1.00)
0.532
(1.00)
0.44
(1.00)
0.465
(1.00)
0.0854
(1.00)
0.0431
(1.00)
0.258
(1.00)
0.672
(1.00)
0.948
(1.00)
1
(1.00)
0.454
(1.00)
0.158
(1.00)
16q loss 26 (15%) 150 0.0304
(1.00)
0.207
(1.00)
0.432
(1.00)
0.209
(1.00)
0.681
(1.00)
0.00114
(1.00)
1
(1.00)
0.99
(1.00)
0.525
(1.00)
0.493
(1.00)
1
(1.00)
0.396
(1.00)
0.424
(1.00)
0.683
(1.00)
0.556
(1.00)
0.0223
(1.00)
0.99
(1.00)
0.762
(1.00)
0.614
(1.00)
0.868
(1.00)
1
(1.00)
0.172
(1.00)
0.866
(1.00)
0.916
(1.00)
0.477
(1.00)
0.247
(1.00)
0.213
(1.00)
0.459
(1.00)
1
(1.00)
0.525
(1.00)
0.458
(1.00)
0.18
(1.00)
0.0757
(1.00)
0.0214
(1.00)
0.822
(1.00)
0.636
(1.00)
0.684
(1.00)
0.502
(1.00)
0.14
(1.00)
17p loss 52 (30%) 124 0.206
(1.00)
0.0764
(1.00)
0.831
(1.00)
0.658
(1.00)
0.317
(1.00)
0.362
(1.00)
0.366
(1.00)
0.977
(1.00)
0.446
(1.00)
0.126
(1.00)
1
(1.00)
0.207
(1.00)
1
(1.00)
0.0459
(1.00)
0.0524
(1.00)
0.977
(1.00)
0.977
(1.00)
0.55
(1.00)
0.0895
(1.00)
0.377
(1.00)
0.505
(1.00)
0.274
(1.00)
0.526
(1.00)
0.668
(1.00)
0.627
(1.00)
0.0611
(1.00)
0.646
(1.00)
0.79
(1.00)
0.307
(1.00)
0.834
(1.00)
0.446
(1.00)
0.72
(1.00)
0.53
(1.00)
0.217
(1.00)
0.829
(1.00)
0.935
(1.00)
0.612
(1.00)
0.337
(1.00)
0.156
(1.00)
0.622
(1.00)
0.087
(1.00)
17q loss 17 (10%) 159 0.403
(1.00)
0.0735
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.417
(1.00)
0.302
(1.00)
0.933
(1.00)
0.788
(1.00)
0.272
(1.00)
1
(1.00)
0.733
(1.00)
1
(1.00)
0.86
(1.00)
0.667
(1.00)
0.933
(1.00)
0.19
(1.00)
0.196
(1.00)
0.0976
(1.00)
1
(1.00)
0.279
(1.00)
0.364
(1.00)
0.321
(1.00)
0.236
(1.00)
0.931
(1.00)
0.258
(1.00)
0.726
(1.00)
0.476
(1.00)
0.735
(1.00)
0.788
(1.00)
0.867
(1.00)
0.207
(1.00)
0.00517
(1.00)
1
(1.00)
0.87
(1.00)
0.566
(1.00)
1
(1.00)
0.847
(1.00)
0.0782
(1.00)
18p loss 33 (19%) 143 0.336
(1.00)
0.248
(1.00)
0.307
(1.00)
0.605
(1.00)
0.632
(1.00)
0.129
(1.00)
0.293
(1.00)
0.44
(1.00)
0.362
(1.00)
0.681
(1.00)
0.434
(1.00)
0.784
(1.00)
1
(1.00)
0.917
(1.00)
0.862
(1.00)
0.44
(1.00)
0.27
(1.00)
0.514
(1.00)
0.328
(1.00)
1
(1.00)
0.537
(1.00)
0.222
(1.00)
0.461
(1.00)
0.789
(1.00)
0.21
(1.00)
0.828
(1.00)
0.725
(1.00)
0.896
(1.00)
0.121
(1.00)
0.362
(1.00)
0.771
(1.00)
1
(1.00)
0.329
(1.00)
1
(1.00)
0.267
(1.00)
0.0385
(1.00)
0.113
(1.00)
0.975
(1.00)
0.233
(1.00)
18q loss 45 (26%) 131 0.243
(1.00)
0.759
(1.00)
0.504
(1.00)
0.107
(1.00)
0.493
(1.00)
0.00127
(1.00)
1
(1.00)
0.267
(1.00)
0.0749
(1.00)
0.976
(1.00)
1
(1.00)
0.829
(1.00)
1
(1.00)
0.897
(1.00)
0.142
(1.00)
0.495
(1.00)
0.267
(1.00)
0.87
(1.00)
0.738
(1.00)
0.823
(1.00)
1
(1.00)
0.164
(1.00)
0.152
(1.00)
0.383
(1.00)
0.178
(1.00)
0.857
(1.00)
0.54
(1.00)
0.467
(1.00)
0.955
(1.00)
0.114
(1.00)
0.0749
(1.00)
0.371
(1.00)
0.81
(1.00)
0.272
(1.00)
0.284
(1.00)
0.151
(1.00)
0.75
(1.00)
0.0183
(1.00)
0.613
(1.00)
0.718
(1.00)
19p loss 30 (17%) 146 0.474
(1.00)
0.915
(1.00)
1
(1.00)
0.0554
(1.00)
0.57
(1.00)
0.912
(1.00)
0.415
(1.00)
0.545
(1.00)
0.149
(1.00)
0.266
(1.00)
1
(1.00)
0.963
(1.00)
0.741
(1.00)
0.345
(1.00)
0.283
(1.00)
0.737
(1.00)
0.545
(1.00)
0.465
(1.00)
0.406
(1.00)
0.501
(1.00)
1
(1.00)
0.632
(1.00)
0.238
(1.00)
0.322
(1.00)
0.496
(1.00)
0.632
(1.00)
0.57
(1.00)
0.267
(1.00)
1
(1.00)
0.149
(1.00)
0.546
(1.00)
0.264
(1.00)
0.479
(1.00)
0.714
(1.00)
1
(1.00)
0.0915
(1.00)
0.691
(1.00)
0.814
(1.00)
0.878
(1.00)
19q loss 15 (9%) 161 0.913
(1.00)
0.618
(1.00)
1
(1.00)
0.503
(1.00)
0.811
(1.00)
0.512
(1.00)
0.253
(1.00)
0.722
(1.00)
0.138
(1.00)
0.495
(1.00)
0.412
(1.00)
1
(1.00)
0.836
(1.00)
0.469
(1.00)
0.219
(1.00)
0.236
(1.00)
1
(1.00)
0.959
(1.00)
0.419
(1.00)
0.51
(1.00)
0.824
(1.00)
0.27
(1.00)
0.89
(1.00)
0.119
(1.00)
1
(1.00)
0.722
(1.00)
0.924
(1.00)
1
(1.00)
0.132
(1.00)
1
(1.00)
0.713
(1.00)
0.636
(1.00)
1
(1.00)
0.568
(1.00)
0.645
(1.00)
20p loss 11 (6%) 165 0.651
(1.00)
0.166
(1.00)
0.716
(1.00)
0.706
(1.00)
1
(1.00)
0.397
(1.00)
0.219
(1.00)
0.00815
(1.00)
0.892
(1.00)
0.172
(1.00)
0.448
(1.00)
0.336
(1.00)
1
(1.00)
0.64
(1.00)
0.934
(1.00)
0.00815
(1.00)
0.31
(1.00)
0.443
(1.00)
0.3
(1.00)
0.36
(1.00)
0.262
(1.00)
0.648
(1.00)
0.805
(1.00)
0.632
(1.00)
0.564
(1.00)
0.882
(1.00)
1
(1.00)
0.892
(1.00)
0.865
(1.00)
0.666
(1.00)
0.971
(1.00)
0.188
(1.00)
0.592
(1.00)
0.957
(1.00)
1
(1.00)
0.722
(1.00)
0.337
(1.00)
20q loss 4 (2%) 172 0.191
(1.00)
0.0646
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.551
(1.00)
1
(1.00)
0.82
(1.00)
0.326
(1.00)
1
(1.00)
0.911
(1.00)
1
(1.00)
0.772
(1.00)
0.352
(1.00)
0.235
(1.00)
0.0626
(1.00)
0.44
(1.00)
0.245
(1.00)
0.82
(1.00)
0.683
(1.00)
0.514
(1.00)
0.686
(1.00)
1
(1.00)
0.882
(1.00)
0.298
(1.00)
0.328
(1.00)
0.0633
(1.00)
21q loss 26 (15%) 150 0.416
(1.00)
0.643
(1.00)
0.442
(1.00)
1
(1.00)
0.492
(1.00)
0.328
(1.00)
1
(1.00)
0.879
(1.00)
0.925
(1.00)
0.0123
(1.00)
1
(1.00)
0.214
(1.00)
1
(1.00)
0.126
(1.00)
0.0272
(1.00)
0.879
(1.00)
0.255
(1.00)
0.41
(1.00)
0.0486
(1.00)
0.258
(1.00)
0.206
(1.00)
0.364
(1.00)
0.608
(1.00)
0.19
(1.00)
0.184
(1.00)
0.321
(1.00)
0.626
(1.00)
0.542
(1.00)
1
(1.00)
0.925
(1.00)
0.341
(1.00)
0.176
(1.00)
0.555
(1.00)
0.76
(1.00)
0.577
(1.00)
0.664
(1.00)
0.251
(1.00)
0.0838
(1.00)
0.615
(1.00)
22q loss 37 (21%) 139 0.866
(1.00)
0.749
(1.00)
1
(1.00)
0.643
(1.00)
0.414
(1.00)
0.401
(1.00)
0.121
(1.00)
0.69
(1.00)
0.383
(1.00)
0.546
(1.00)
1
(1.00)
0.28
(1.00)
0.76
(1.00)
0.733
(1.00)
0.927
(1.00)
0.147
(1.00)
0.69
(1.00)
0.83
(1.00)
0.203
(1.00)
0.952
(1.00)
1
(1.00)
0.721
(1.00)
0.206
(1.00)
0.0304
(1.00)
0.606
(1.00)
0.407
(1.00)
0.477
(1.00)
0.92
(1.00)
0.279
(1.00)
0.179
(1.00)
0.383
(1.00)
0.969
(1.00)
0.624
(1.00)
0.0221
(1.00)
0.793
(1.00)
0.337
(1.00)
0.071
(1.00)
0.725
(1.00)
0.609
(1.00)
0.788
(1.00)
xq loss 35 (20%) 141 0.0271
(1.00)
0.777
(1.00)
0.239
(1.00)
0.643
(1.00)
0.814
(1.00)
0.295
(1.00)
0.794
(1.00)
0.41
(1.00)
0.762
(1.00)
0.455
(1.00)
1
(1.00)
0.258
(1.00)
1
(1.00)
0.626
(1.00)
0.589
(1.00)
0.811
(1.00)
0.41
(1.00)
0.918
(1.00)
0.16
(1.00)
0.0952
(1.00)
1
(1.00)
0.572
(1.00)
0.44
(1.00)
0.176
(1.00)
0.207
(1.00)
0.413
(1.00)
0.986
(1.00)
0.131
(1.00)
0.394
(1.00)
0.81
(1.00)
0.762
(1.00)
0.249
(1.00)
0.0163
(1.00)
0.568
(1.00)
0.446
(1.00)
0.6
(1.00)
0.407
(1.00)
0.451
(1.00)
0.519
(1.00)
0.808
(1.00)
Methods & Data
Input
  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = CESC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 176

  • Number of significantly arm-level cnvs = 80

  • Number of selected clinical features = 41

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)