This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.
Testing the association between copy number variation 57 focal events and 41 clinical features across 176 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.
-
del_3p14.2 cnv correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.
Clinical Features |
Time to Death |
AGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
HISTOLOGICAL TYPE |
RADIATIONS RADIATION REGIMENINDICATION |
NUMBERPACKYEARSSMOKED |
NUMBER OF LYMPH NODES |
RACE | ETHNICITY |
WEIGHT KG AT DIAGNOSIS |
TUMOR STATUS |
TUMOR SAMPLE PROCUREMENT COUNTRY |
NEOPLASMHISTOLOGICGRADE |
TOBACCO SMOKING YEAR STOPPED |
TOBACCO SMOKING PACK YEARS SMOKED |
TOBACCO SMOKING HISTORY |
PATIENT AGEBEGANSMOKINGINYEARS |
RADIATION THERAPY TYPE |
RADIATION ADJUVANT UNITS |
PREGNANCIES COUNT TOTAL |
PREGNANCIES COUNT STILLBIRTH |
PATIENT PATIENTPREGNANCYSPONTANEOUSABORTIONCOUNT |
PREGNANCIES COUNT LIVE BIRTH |
PATIENT PATIENTPREGNANCYTHERAPEUTICABORTIONCOUNT |
PREGNANCIES COUNT ECTOPIC |
LOCATION OF POSITIVE MARGINS |
MENOPAUSE STATUS |
LYMPHOVASCULAR INVOLVEMENT |
LYMPH NODES EXAMINED HE COUNT |
LYMPH NODES EXAMINED |
KERATINIZATION SQUAMOUS CELL |
INITIAL PATHOLOGIC DX YEAR |
HYSTERECTOMY TYPE |
HISTORY HORMONAL CONTRACEPTIVES USE |
HEIGHT CM AT DIAGNOSIS |
CORPUS INVOLVEMENT |
CERVIX SUV RESULTS |
AJCC TUMOR PATHOLOGIC PT |
AGE AT DIAGNOSIS |
||
nCNV (%) | nWild-Type | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Wilcoxon-test | Wilcoxon-test | Wilcoxon-test | Wilcoxon-test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | |
del 3p14 2 | 74 (42%) | 102 |
0.483 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.018 (1.00) |
0.338 (1.00) |
6e-05 (0.137) |
0.058 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.0134 (1.00) |
0.853 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.004 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.0748 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.00635 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.22 (1.00) |
1 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.178 (1.00) |
0.965 (1.00) |
0.0115 (1.00) |
0.0134 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.314 (1.00) |
0.0368 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.078 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.899 (1.00) |
|
amp 1p31 3 | 56 (32%) | 120 |
0.446 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.059 (1.00) |
1 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.916 (1.00) |
0.359 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.873 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.496 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.334 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.95 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.339 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.766 (1.00) |
0.67 (1.00) |
0.992 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.518 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.571 (1.00) |
0.08 (1.00) |
amp 1q21 3 | 92 (52%) | 84 |
0.838 (1.00) |
0.969 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.0415 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.0881 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.579 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.978 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.892 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.0285 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.0176 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.593 (1.00) |
1 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.388 (1.00) |
1 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.951 (1.00) |
0.0472 (1.00) |
0.772 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00948 (1.00) |
0.962 (1.00) |
amp 2p24 3 | 43 (24%) | 133 |
0.726 (1.00) |
0.758 (1.00) |
1 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.574 (1.00) |
1 (1.00) |
0.866 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.0812 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.83 (1.00) |
0.016 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.895 (1.00) |
1 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.96 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0693 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.0894 (1.00) |
0.803 (1.00) |
|
amp 2q32 3 | 28 (16%) | 148 |
0.234 (1.00) |
0.929 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.0743 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.876 (1.00) |
1 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.0421 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.19 (1.00) |
1 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.00817 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.0608 (1.00) |
0.0421 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.38 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.964 (1.00) |
|||
amp 3q26 31 | 134 (76%) | 42 |
0.981 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.0525 (1.00) |
0.339 (1.00) |
0.0202 (1.00) |
0.0284 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.0493 (1.00) |
0.0175 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.0579 (1.00) |
1 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.92 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.99 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.178 (1.00) |
1 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.459 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.0493 (1.00) |
0.967 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.0529 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.481 (1.00) |
|
amp 3q28 | 134 (76%) | 42 |
0.676 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.0927 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.0024 (1.00) |
0.139 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.919 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.258 (1.00) |
1 (1.00) |
0.589 (1.00) |
0.0887 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.981 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.67 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.929 (1.00) |
0.81 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.0613 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.269 (1.00) |
|
amp 4q12 | 12 (7%) | 164 |
0.793 (1.00) |
0.991 (1.00) |
0.277 (1.00) |
0.461 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.0912 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.362 (1.00) |
0.291 (1.00) |
1 (1.00) |
0.413 (1.00) |
1 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.457 (1.00) |
1 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.72 (1.00) |
0.494 (1.00) |
0.362 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.0438 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
amp 5p15 33 | 75 (43%) | 101 |
0.665 (1.00) |
0.591 (1.00) |
1 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.993 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.0417 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.95 (1.00) |
0.0895 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.947 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.0862 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.701 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.98 (1.00) |
0.766 (1.00) |
0.897 (1.00) |
0.0857 (1.00) |
0.672 (1.00) |
amp 6p21 33 | 48 (27%) | 128 |
0.385 (1.00) |
0.634 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0565 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.815 (1.00) |
1 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.0746 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.048 (1.00) |
0.924 (1.00) |
1 (1.00) |
0.803 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.92 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.0109 (1.00) |
1 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.989 (1.00) |
0.638 (1.00) |
0.0865 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.992 (1.00) |
0.08 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.589 (1.00) |
|
amp 7p11 2 | 32 (18%) | 144 |
0.683 (1.00) |
0.87 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.892 (1.00) |
0.766 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.483 (1.00) |
1 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.0098 (1.00) |
0.0372 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.246 (1.00) |
1 (1.00) |
0.919 (1.00) |
0.916 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.323 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.896 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.298 (1.00) |
1 (1.00) |
0.841 (1.00) |
0.123 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0441 (1.00) |
0.904 (1.00) |
|
amp 8q24 21 | 72 (41%) | 104 |
0.584 (1.00) |
0.0667 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.846 (1.00) |
0.938 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.362 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.909 (1.00) |
1 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.989 (1.00) |
0.0417 (1.00) |
0.589 (1.00) |
0.362 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.927 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.0934 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.666 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.553 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.5 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.852 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.713 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.0805 (1.00) |
amp 9p24 1 | 37 (21%) | 139 |
0.0155 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.0176 (1.00) |
1 (1.00) |
0.883 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.0133 (1.00) |
0.263 (1.00) |
1 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.00674 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.052 (1.00) |
1 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.0202 (1.00) |
0.0552 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.0133 (1.00) |
0.0152 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.137 (1.00) |
1 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.393 (1.00) |
1 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.755 (1.00) |
|
amp 11p13 | 14 (8%) | 162 |
0.176 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.0167 (1.00) |
1 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.0556 (1.00) |
0.0359 (1.00) |
0.0909 (1.00) |
0.0168 (1.00) |
0.212 (1.00) |
1 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.0153 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.293 (1.00) |
0.255 (1.00) |
0.161 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.267 (1.00) |
1 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.253 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0387 (1.00) |
0.662 (1.00) |
||||
amp 11q13 3 | 22 (12%) | 154 |
0.696 (1.00) |
0.168 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.743 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.0505 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.0277 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.277 (1.00) |
0.206 (1.00) |
1 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.339 (1.00) |
0.916 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.876 (1.00) |
1 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.314 (1.00) |
1 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.0701 (1.00) |
0.157 (1.00) |
|
amp 11q22 1 | 31 (18%) | 145 |
0.214 (1.00) |
0.00609 (1.00) |
0.337 (1.00) |
1 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.816 (1.00) |
0.0685 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.747 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.0447 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.942 (1.00) |
0.127 (1.00) |
1 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.522 (1.00) |
0.896 (1.00) |
0.0122 (1.00) |
1 (1.00) |
0.816 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.0259 (1.00) |
1 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.0054 (1.00) |
|
amp 13q22 1 | 39 (22%) | 137 |
0.194 (1.00) |
0.706 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.5 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.000315 (0.717) |
0.785 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.0642 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.0589 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.0337 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.938 (1.00) |
0.0641 (1.00) |
0.000315 (0.717) |
0.482 (1.00) |
1 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.737 (1.00) |
1 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.742 (1.00) |
||
amp 15q26 1 | 43 (24%) | 133 |
0.552 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.82 (1.00) |
1 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.804 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.255 (1.00) |
0.959 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.607 (1.00) |
1 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.98 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.541 (1.00) |
1 (1.00) |
0.804 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.0784 (1.00) |
0.162 (1.00) |
1 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.294 (1.00) |
||
amp 16p13 13 | 35 (20%) | 141 |
0.588 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.033 (1.00) |
0.057 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.0102 (1.00) |
0.123 (1.00) |
1 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.532 (1.00) |
0.837 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0547 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.928 (1.00) |
0.0314 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.0115 (1.00) |
1 (1.00) |
0.516 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.0102 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.97 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.504 (1.00) |
|
amp 17q12 | 31 (18%) | 145 |
0.638 (1.00) |
0.851 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.116 (1.00) |
1 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.054 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.0252 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.487 (1.00) |
0.959 (1.00) |
1 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.054 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.143 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.0493 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00081 (1.00) |
0.817 (1.00) |
|
amp 17q25 1 | 46 (26%) | 130 |
0.956 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.0213 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.901 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.423 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.0398 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.49 (1.00) |
1 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.0724 (1.00) |
0.0213 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.822 (1.00) |
1 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.0387 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.00224 (1.00) |
0.41 (1.00) |
|
amp 19q13 2 | 53 (30%) | 123 |
0.176 (1.00) |
0.221 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.0388 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.824 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.97 (1.00) |
0.0483 (1.00) |
0.42 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.589 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.0869 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.786 (1.00) |
0.0641 (1.00) |
0.256 (1.00) |
0.862 (1.00) |
0.697 (1.00) |
0.516 (1.00) |
0.923 (1.00) |
0.837 (1.00) |
0.824 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.828 (1.00) |
0.654 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.245 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.246 (1.00) |
amp 20q11 21 | 76 (43%) | 100 |
0.481 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.628 (1.00) |
1 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.0783 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
0.638 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.954 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.122 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.0462 (1.00) |
0.137 (1.00) |
amp xq28 | 43 (24%) | 133 |
0.0157 (1.00) |
0.835 (1.00) |
1 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.964 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.701 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.964 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.848 (1.00) |
1 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.589 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.897 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.972 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.656 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.334 (1.00) |
0.236 (1.00) |
1 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.919 (1.00) |
0.886 (1.00) |
|
del 1p36 31 | 25 (14%) | 151 |
0.683 (1.00) |
0.29 (1.00) |
1 (1.00) |
0.774 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.0574 (1.00) |
0.796 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.0574 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.537 (1.00) |
1 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.507 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.886 (1.00) |
1 (1.00) |
0.796 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.261 (1.00) |
1 (1.00) |
0.796 (1.00) |
0.448 (1.00) |
0.939 (1.00) |
0.31 (1.00) |
|
del 1p13 2 | 19 (11%) | 157 |
0.872 (1.00) |
0.878 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.178 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.964 (1.00) |
1 (1.00) |
0.733 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.0739 (1.00) |
0.0326 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.927 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.0861 (1.00) |
1 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.271 (1.00) |
1 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.907 (1.00) |
|||||
del 2q22 1 | 30 (17%) | 146 |
0.126 (1.00) |
0.481 (1.00) |
1 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.319 (1.00) |
0.0904 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.922 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.966 (1.00) |
0.0843 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.942 (1.00) |
0.364 (1.00) |
1 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.99 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.0468 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.678 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.225 (1.00) |
1 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.86 (1.00) |
0.457 (1.00) |
|
del 2q37 1 | 69 (39%) | 107 |
0.681 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.122 (1.00) |
1 (1.00) |
0.426 (1.00) |
0.176 (1.00) |
1 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.097 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.808 (1.00) |
0.0408 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.0443 (1.00) |
0.00325 (1.00) |
0.707 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.488 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.694 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.0486 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.0134 (1.00) |
0.688 (1.00) |
0.923 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.902 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.234 (1.00) |
|
del 2q37 3 | 66 (38%) | 110 |
0.558 (1.00) |
0.0667 (1.00) |
0.0803 (1.00) |
1 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.294 (1.00) |
1 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.997 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.971 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.898 (1.00) |
0.0408 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.0441 (1.00) |
0.00325 (1.00) |
0.563 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.319 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.997 (1.00) |
0.00675 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.846 (1.00) |
0.86 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.0894 (1.00) |
|
del 4q21 3 | 52 (30%) | 124 |
0.0674 (1.00) |
0.236 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0524 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.0648 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.0223 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.014 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.0287 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.955 (1.00) |
0.102 (1.00) |
1 (1.00) |
0.969 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.521 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.0879 (1.00) |
0.0223 (1.00) |
0.287 (1.00) |
0.525 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.942 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.452 (1.00) |
0.26 (1.00) |
|
del 4q22 1 | 49 (28%) | 127 |
0.0682 (1.00) |
0.367 (1.00) |
1 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.0863 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.692 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.00222 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.692 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.955 (1.00) |
0.0959 (1.00) |
1 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.994 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.0724 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.148 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.713 (1.00) |
0.562 (1.00) |
1 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.396 (1.00) |
|
del 4q35 2 | 64 (36%) | 112 |
0.329 (1.00) |
0.336 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.0323 (1.00) |
0.0619 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.571 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.391 (1.00) |
1 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.0601 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.255 (1.00) |
0.837 (1.00) |
0.267 (1.00) |
1 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.0766 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.86 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.95 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.0698 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.571 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.487 (1.00) |
0.705 (1.00) |
1 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.701 (1.00) |
0.373 (1.00) |
|
del 5q22 3 | 47 (27%) | 129 |
0.368 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.0327 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.976 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.0881 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.0247 (1.00) |
1 (1.00) |
0.94 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.598 (1.00) |
1 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.944 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.0593 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.801 (1.00) |
0.656 (1.00) |
del 5q35 2 | 47 (27%) | 129 |
0.587 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.532 (1.00) |
0.0845 (1.00) |
0.0968 (1.00) |
1 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.935 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.0895 (1.00) |
0.882 (1.00) |
1 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.155 (1.00) |
1 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.75 (1.00) |
1 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.293 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.716 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.319 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.386 (1.00) |
del 6p24 2 | 23 (13%) | 153 |
0.191 (1.00) |
0.979 (1.00) |
0.589 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.49 (1.00) |
1 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.428 (1.00) |
1 (1.00) |
0.597 (1.00) |
1 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.0372 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.0304 (1.00) |
1 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.168 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.769 (1.00) |
0.118 (1.00) |
1 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.923 (1.00) |
1 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.949 (1.00) |
|
del 6q26 | 61 (35%) | 115 |
0.0586 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.934 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.663 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.535 (1.00) |
0.696 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.58 (1.00) |
1 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.0882 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.941 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.519 (1.00) |
1 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.497 (1.00) |
1 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.535 (1.00) |
0.0929 (1.00) |
0.828 (1.00) |
0.0153 (1.00) |
0.851 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.256 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0373 (1.00) |
0.475 (1.00) |
|
del 7q34 | 40 (23%) | 136 |
0.00808 (1.00) |
0.487 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.0471 (1.00) |
0.0913 (1.00) |
0.951 (1.00) |
0.0233 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.00517 (1.00) |
0.894 (1.00) |
1 (1.00) |
0.688 (1.00) |
0.000665 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.834 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.0883 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.907 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.878 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.0201 (1.00) |
0.00517 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.563 (1.00) |
0.397 (1.00) |
1 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.461 (1.00) |
del 8p23 3 | 62 (35%) | 114 |
0.219 (1.00) |
0.951 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.382 (1.00) |
1 (1.00) |
0.785 (1.00) |
1 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.686 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.692 (1.00) |
1 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.947 (1.00) |
0.943 (1.00) |
0.926 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.801 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.53 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.553 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.0662 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.893 (1.00) |
del 10q23 31 | 53 (30%) | 123 |
0.105 (1.00) |
0.00485 (1.00) |
0.67 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.358 (1.00) |
0.992 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.0393 (1.00) |
0.00334 (1.00) |
1 (1.00) |
0.881 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0256 (1.00) |
0.0101 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.0501 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.473 (1.00) |
1 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.525 (1.00) |
0.0467 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.221 (1.00) |
0.0474 (1.00) |
0.00695 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.0393 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.0265 (1.00) |
0.0864 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.579 (1.00) |
0.00589 (1.00) |
|
del 11p15 1 | 58 (33%) | 118 |
0.407 (1.00) |
0.107 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.0226 (1.00) |
0.747 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.0181 (1.00) |
0.0538 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.943 (1.00) |
0.809 (1.00) |
0.885 (1.00) |
0.0934 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.0525 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.699 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.0302 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.846 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.0841 (1.00) |
|
del 11q25 | 101 (57%) | 75 |
0.563 (1.00) |
0.0166 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.0109 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.654 (1.00) |
0.885 (1.00) |
0.0789 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.769 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.654 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.258 (1.00) |
0.0901 (1.00) |
0.579 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.984 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.069 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.885 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.837 (1.00) |
0.0123 (1.00) |
1 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.0237 (1.00) |
del 13q12 11 | 61 (35%) | 115 |
0.0861 (1.00) |
0.961 (1.00) |
1 (1.00) |
0.303 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0102 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.0323 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.0167 (1.00) |
0.24 (1.00) |
1 (1.00) |
0.713 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.376 (1.00) |
1 (1.00) |
0.707 (1.00) |
0.992 (1.00) |
0.571 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.927 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.0323 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.834 (1.00) |
0.0047 (1.00) |
0.587 (1.00) |
1 (1.00) |
0.828 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.859 (1.00) |
|
del 13q14 2 | 67 (38%) | 109 |
0.019 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.238 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0116 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.0316 (1.00) |
0.0613 (1.00) |
0.0977 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.0438 (1.00) |
0.0854 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.057 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.641 (1.00) |
1 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.947 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.0483 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.0316 (1.00) |
0.362 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0276 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.0861 (1.00) |
|
del 14q32 31 | 27 (15%) | 149 |
0.103 (1.00) |
0.0146 (1.00) |
1 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.0297 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.0263 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.823 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.641 (1.00) |
1 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.038 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.0297 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.769 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.0519 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.0167 (1.00) |
|
del 15q21 1 | 37 (21%) | 139 |
0.916 (1.00) |
0.122 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.0962 (1.00) |
0.454 (1.00) |
1 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.127 (1.00) |
1 (1.00) |
0.71 (1.00) |
1 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.00677 (1.00) |
0.766 (1.00) |
1 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.477 (1.00) |
1 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.866 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.692 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.877 (1.00) |
0.908 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.881 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.539 (1.00) |
0.285 (1.00) |
1 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.699 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.136 (1.00) |
del 16q12 1 | 35 (20%) | 141 |
0.109 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.358 (1.00) |
0.0707 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.00138 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.902 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.0223 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.53 (1.00) |
0.573 (1.00) |
1 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.784 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.0758 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.0785 (1.00) |
|
del 16q23 1 | 34 (19%) | 142 |
0.0371 (1.00) |
0.184 (1.00) |
1 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.75 (1.00) |
0.00011 (0.251) |
1 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.0321 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.82 (1.00) |
0.706 (1.00) |
0.0305 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.514 (1.00) |
0.297 (1.00) |
1 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.864 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.0494 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.804 (1.00) |
0.357 (1.00) |
1 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.921 (1.00) |
0.38 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.0515 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.733 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.62 (1.00) |
0.132 (1.00) |
|
del 17p12 | 58 (33%) | 118 |
0.222 (1.00) |
0.0159 (1.00) |
0.53 (1.00) |
1 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.907 (1.00) |
0.263 (1.00) |
1 (1.00) |
0.237 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0646 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.0593 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.0107 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.75 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.907 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.168 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.949 (1.00) |
0.749 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.0192 (1.00) |
del 17q25 3 | 31 (18%) | 145 |
0.0725 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.901 (1.00) |
0.164 (1.00) |
1 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.112 (1.00) |
1 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.706 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.953 (1.00) |
0.61 (1.00) |
1 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.92 (1.00) |
1 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.474 (1.00) |
1 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.772 (1.00) |
1 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.378 (1.00) |
|
del 18q21 2 | 50 (28%) | 126 |
0.759 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.516 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.00014 (0.319) |
1 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.776 (1.00) |
1 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.196 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.873 (1.00) |
0.347 (1.00) |
1 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.362 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.774 (1.00) |
0.846 (1.00) |
0.782 (1.00) |
0.0517 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.983 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.08 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.0589 (1.00) |
0.671 (1.00) |
0.468 (1.00) |
|
del 19p13 3 | 55 (31%) | 121 |
0.0801 (1.00) |
0.94 (1.00) |
0.292 (1.00) |
1 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.328 (1.00) |
1 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.989 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.45 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.567 (1.00) |
1 (1.00) |
0.953 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.256 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.749 (1.00) |
0.796 (1.00) |
0.997 (1.00) |
|
del 19q13 33 | 21 (12%) | 155 |
0.458 (1.00) |
0.896 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.774 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.206 (1.00) |
1 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.0844 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.978 (1.00) |
0.0436 (1.00) |
0.114 (1.00) |
1 (1.00) |
0.998 (1.00) |
0.339 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.392 (1.00) |
1 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.563 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.6 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.623 (1.00) |
1 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.711 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.931 (1.00) |
||
del 20p12 1 | 23 (13%) | 153 |
0.0824 (1.00) |
0.969 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.874 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.0541 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.408 (1.00) |
1 (1.00) |
0.671 (1.00) |
0.0937 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.0541 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.87 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.6 (1.00) |
0.896 (1.00) |
1 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.779 (1.00) |
|
del 21q11 2 | 33 (19%) | 143 |
0.0602 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.5 (1.00) |
0.452 (1.00) |
1 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.0451 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.0927 (1.00) |
1 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.139 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.0961 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.258 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.539 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.816 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.0177 (1.00) |
0.698 (1.00) |
||
del 22q13 32 | 47 (27%) | 129 |
0.822 (1.00) |
0.78 (1.00) |
1 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.749 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.0968 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.255 (1.00) |
0.822 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.701 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.912 (1.00) |
1 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.0256 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.95 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.81 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.0364 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.443 (1.00) |
1 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.0933 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.829 (1.00) |
del xp11 3 | 43 (24%) | 133 |
0.465 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.926 (1.00) |
0.0441 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.803 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.29 (1.00) |
0.786 (1.00) |
1 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.229 (1.00) |
1 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.135 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.964 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.803 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.535 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.635 (1.00) |
|
del xq21 33 | 36 (20%) | 140 |
0.0224 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.293 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.699 (1.00) |
0.394 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.189 (1.00) |
1 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.807 (1.00) |
1 (1.00) |
0.923 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.0795 (1.00) |
0.638 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.0367 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.686 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.674 (1.00) |
P value = 6e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.14
nPatients | ADENOSQUAMOUS | CERVICAL SQUAMOUS CELL CARCINOMA | ENDOCERVICAL ADENOCARCINOMA OF THE USUAL TYPE | ENDOCERVICAL TYPE OF ADENOCARCINOMA | ENDOMETRIOID ADENOCARCINOMA OF ENDOCERVIX | MUCINOUS ADENOCARCINOMA OF ENDOCERVICAL TYPE |
---|---|---|---|---|---|---|
ALL | 2 | 144 | 4 | 20 | 2 | 4 |
DEL PEAK 6(3P14.2) MUTATED | 0 | 71 | 0 | 1 | 1 | 1 |
DEL PEAK 6(3P14.2) WILD-TYPE | 2 | 73 | 4 | 19 | 1 | 3 |
-
Copy number data file = transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = CESC-TP.merged_data.txt
-
Number of patients = 176
-
Number of significantly focal cnvs = 57
-
Number of selected clinical features = 41
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.