Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features
Cervical Squamous Cell Carcinoma and Endocervical Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
Maintainer Information
Citation Information
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1K35SCQ
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 57 focal events and 41 clinical features across 176 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • del_3p14.2 cnv correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 57 focal events and 41 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features
Time
to
Death
AGE PATHOLOGY
T
STAGE
PATHOLOGY
N
STAGE
PATHOLOGY
M
STAGE
HISTOLOGICAL
TYPE
RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION
NUMBERPACKYEARSSMOKED NUMBER
OF
LYMPH
NODES
RACE ETHNICITY WEIGHT
KG
AT
DIAGNOSIS
TUMOR
STATUS
TUMOR
SAMPLE
PROCUREMENT
COUNTRY
NEOPLASMHISTOLOGICGRADE TOBACCO
SMOKING
YEAR
STOPPED
TOBACCO
SMOKING
PACK
YEARS
SMOKED
TOBACCO
SMOKING
HISTORY
PATIENT
AGEBEGANSMOKINGINYEARS
RADIATION
THERAPY
TYPE
RADIATION
ADJUVANT
UNITS
PREGNANCIES
COUNT
TOTAL
PREGNANCIES
COUNT
STILLBIRTH
PATIENT
PATIENTPREGNANCYSPONTANEOUSABORTIONCOUNT
PREGNANCIES
COUNT
LIVE
BIRTH
PATIENT
PATIENTPREGNANCYTHERAPEUTICABORTIONCOUNT
PREGNANCIES
COUNT
ECTOPIC
LOCATION
OF
POSITIVE
MARGINS
MENOPAUSE
STATUS
LYMPHOVASCULAR
INVOLVEMENT
LYMPH
NODES
EXAMINED
HE
COUNT
LYMPH
NODES
EXAMINED
KERATINIZATION
SQUAMOUS
CELL
INITIAL
PATHOLOGIC
DX
YEAR
HYSTERECTOMY
TYPE
HISTORY
HORMONAL
CONTRACEPTIVES
USE
HEIGHT
CM
AT
DIAGNOSIS
CORPUS
INVOLVEMENT
CERVIX
SUV
RESULTS
AJCC
TUMOR
PATHOLOGIC
PT
AGE
AT
DIAGNOSIS
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test
del 3p14 2 74 (42%) 102 0.483
(1.00)
0.814
(1.00)
0.695
(1.00)
0.018
(1.00)
0.338
(1.00)
6e-05
(0.137)
0.058
(1.00)
0.205
(1.00)
0.0134
(1.00)
0.853
(1.00)
0.199
(1.00)
0.004
(1.00)
0.791
(1.00)
0.635
(1.00)
0.371
(1.00)
0.0748
(1.00)
0.205
(1.00)
0.00635
(1.00)
0.173
(1.00)
0.22
(1.00)
1
(1.00)
0.476
(1.00)
0.15
(1.00)
0.175
(1.00)
0.764
(1.00)
0.482
(1.00)
0.207
(1.00)
0.178
(1.00)
0.965
(1.00)
0.0115
(1.00)
0.0134
(1.00)
0.863
(1.00)
0.314
(1.00)
0.0368
(1.00)
0.108
(1.00)
0.078
(1.00)
0.322
(1.00)
0.373
(1.00)
0.875
(1.00)
0.899
(1.00)
amp 1p31 3 56 (32%) 120 0.446
(1.00)
0.104
(1.00)
0.538
(1.00)
0.401
(1.00)
0.617
(1.00)
0.059
(1.00)
1
(1.00)
0.619
(1.00)
0.24
(1.00)
0.831
(1.00)
0.102
(1.00)
0.916
(1.00)
0.359
(1.00)
0.399
(1.00)
0.63
(1.00)
0.873
(1.00)
0.619
(1.00)
0.496
(1.00)
0.271
(1.00)
0.491
(1.00)
0.396
(1.00)
0.334
(1.00)
0.297
(1.00)
0.799
(1.00)
0.95
(1.00)
0.2
(1.00)
0.339
(1.00)
0.291
(1.00)
0.395
(1.00)
0.544
(1.00)
0.24
(1.00)
0.766
(1.00)
0.67
(1.00)
0.992
(1.00)
0.209
(1.00)
0.548
(1.00)
0.604
(1.00)
0.518
(1.00)
0.903
(1.00)
0.571
(1.00)
0.08
(1.00)
amp 1q21 3 92 (52%) 84 0.838
(1.00)
0.969
(1.00)
0.129
(1.00)
0.188
(1.00)
0.14
(1.00)
0.672
(1.00)
0.531
(1.00)
0.936
(1.00)
0.558
(1.00)
0.0415
(1.00)
0.126
(1.00)
0.0881
(1.00)
0.788
(1.00)
0.579
(1.00)
0.585
(1.00)
0.978
(1.00)
0.936
(1.00)
0.892
(1.00)
0.723
(1.00)
0.0285
(1.00)
0.538
(1.00)
0.588
(1.00)
0.443
(1.00)
0.565
(1.00)
0.613
(1.00)
0.917
(1.00)
0.0176
(1.00)
0.288
(1.00)
0.593
(1.00)
1
(1.00)
0.558
(1.00)
0.388
(1.00)
1
(1.00)
0.613
(1.00)
0.524
(1.00)
0.951
(1.00)
0.0472
(1.00)
0.772
(1.00)
1
(1.00)
0.00948
(1.00)
0.962
(1.00)
amp 2p24 3 43 (24%) 133 0.726
(1.00)
0.758
(1.00)
1
(1.00)
0.372
(1.00)
0.257
(1.00)
0.101
(1.00)
0.627
(1.00)
0.227
(1.00)
0.447
(1.00)
0.381
(1.00)
0.455
(1.00)
0.364
(1.00)
0.76
(1.00)
0.551
(1.00)
0.595
(1.00)
0.682
(1.00)
0.227
(1.00)
0.734
(1.00)
0.129
(1.00)
0.574
(1.00)
1
(1.00)
0.866
(1.00)
0.164
(1.00)
0.0812
(1.00)
0.728
(1.00)
0.83
(1.00)
0.016
(1.00)
0.848
(1.00)
0.895
(1.00)
1
(1.00)
0.447
(1.00)
0.374
(1.00)
0.623
(1.00)
0.96
(1.00)
1
(1.00)
0.0693
(1.00)
0.44
(1.00)
0.736
(1.00)
0.0894
(1.00)
0.803
(1.00)
amp 2q32 3 28 (16%) 148 0.234
(1.00)
0.929
(1.00)
0.778
(1.00)
0.0743
(1.00)
0.534
(1.00)
0.876
(1.00)
1
(1.00)
0.855
(1.00)
0.0421
(1.00)
0.455
(1.00)
0.661
(1.00)
0.125
(1.00)
0.299
(1.00)
0.275
(1.00)
0.695
(1.00)
0.855
(1.00)
0.242
(1.00)
0.406
(1.00)
0.19
(1.00)
1
(1.00)
0.924
(1.00)
0.295
(1.00)
0.615
(1.00)
0.43
(1.00)
0.695
(1.00)
0.00817
(1.00)
0.134
(1.00)
0.0608
(1.00)
0.0421
(1.00)
0.159
(1.00)
0.38
(1.00)
0.203
(1.00)
0.691
(1.00)
0.185
(1.00)
0.503
(1.00)
0.66
(1.00)
0.529
(1.00)
0.964
(1.00)
amp 3q26 31 134 (76%) 42 0.981
(1.00)
0.513
(1.00)
0.531
(1.00)
0.0525
(1.00)
0.339
(1.00)
0.0202
(1.00)
0.0284
(1.00)
0.717
(1.00)
0.0493
(1.00)
0.0175
(1.00)
0.28
(1.00)
0.0579
(1.00)
1
(1.00)
0.594
(1.00)
0.92
(1.00)
0.357
(1.00)
0.717
(1.00)
0.99
(1.00)
0.242
(1.00)
0.178
(1.00)
1
(1.00)
0.548
(1.00)
0.108
(1.00)
0.15
(1.00)
0.459
(1.00)
0.736
(1.00)
0.105
(1.00)
0.799
(1.00)
0.401
(1.00)
0.282
(1.00)
0.0493
(1.00)
0.967
(1.00)
0.64
(1.00)
0.403
(1.00)
0.0529
(1.00)
0.88
(1.00)
0.316
(1.00)
0.752
(1.00)
0.793
(1.00)
0.481
(1.00)
amp 3q28 134 (76%) 42 0.676
(1.00)
0.292
(1.00)
0.531
(1.00)
0.0927
(1.00)
0.117
(1.00)
0.0024
(1.00)
0.139
(1.00)
0.479
(1.00)
0.12
(1.00)
0.298
(1.00)
0.717
(1.00)
0.134
(1.00)
0.729
(1.00)
0.594
(1.00)
0.919
(1.00)
0.357
(1.00)
0.479
(1.00)
0.93
(1.00)
0.451
(1.00)
0.258
(1.00)
1
(1.00)
0.589
(1.00)
0.0887
(1.00)
0.202
(1.00)
0.573
(1.00)
0.981
(1.00)
0.117
(1.00)
0.802
(1.00)
0.233
(1.00)
0.67
(1.00)
0.12
(1.00)
0.929
(1.00)
0.81
(1.00)
0.329
(1.00)
0.0613
(1.00)
0.732
(1.00)
0.217
(1.00)
0.752
(1.00)
0.794
(1.00)
0.269
(1.00)
amp 4q12 12 (7%) 164 0.793
(1.00)
0.991
(1.00)
0.277
(1.00)
0.461
(1.00)
0.783
(1.00)
0.503
(1.00)
0.0912
(1.00)
0.832
(1.00)
0.362
(1.00)
0.291
(1.00)
1
(1.00)
0.413
(1.00)
1
(1.00)
0.886
(1.00)
0.172
(1.00)
0.356
(1.00)
0.832
(1.00)
0.474
(1.00)
0.457
(1.00)
1
(1.00)
0.159
(1.00)
0.52
(1.00)
0.499
(1.00)
0.169
(1.00)
0.232
(1.00)
0.564
(1.00)
0.72
(1.00)
0.494
(1.00)
0.362
(1.00)
0.821
(1.00)
0.637
(1.00)
0.363
(1.00)
0.11
(1.00)
0.18
(1.00)
0.768
(1.00)
0.588
(1.00)
0.0438
(1.00)
1
(1.00)
amp 5p15 33 75 (43%) 101 0.665
(1.00)
0.591
(1.00)
1
(1.00)
0.845
(1.00)
0.187
(1.00)
0.112
(1.00)
0.398
(1.00)
0.526
(1.00)
0.655
(1.00)
0.993
(1.00)
0.761
(1.00)
0.591
(1.00)
0.418
(1.00)
0.728
(1.00)
0.0417
(1.00)
0.187
(1.00)
0.526
(1.00)
0.859
(1.00)
0.95
(1.00)
0.0895
(1.00)
0.505
(1.00)
0.947
(1.00)
0.547
(1.00)
0.356
(1.00)
0.281
(1.00)
0.0862
(1.00)
0.773
(1.00)
0.52
(1.00)
0.622
(1.00)
0.701
(1.00)
0.655
(1.00)
0.396
(1.00)
0.222
(1.00)
0.335
(1.00)
0.371
(1.00)
0.622
(1.00)
0.98
(1.00)
0.766
(1.00)
0.897
(1.00)
0.0857
(1.00)
0.672
(1.00)
amp 6p21 33 48 (27%) 128 0.385
(1.00)
0.634
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0565
(1.00)
0.445
(1.00)
0.815
(1.00)
1
(1.00)
0.714
(1.00)
0.628
(1.00)
0.288
(1.00)
0.645
(1.00)
0.0746
(1.00)
0.541
(1.00)
0.048
(1.00)
0.924
(1.00)
1
(1.00)
0.803
(1.00)
0.396
(1.00)
0.729
(1.00)
0.505
(1.00)
0.924
(1.00)
0.788
(1.00)
0.425
(1.00)
0.92
(1.00)
0.886
(1.00)
0.0109
(1.00)
1
(1.00)
0.859
(1.00)
0.384
(1.00)
0.714
(1.00)
0.989
(1.00)
0.638
(1.00)
0.0865
(1.00)
0.13
(1.00)
0.155
(1.00)
0.992
(1.00)
0.08
(1.00)
0.61
(1.00)
0.589
(1.00)
amp 7p11 2 32 (18%) 144 0.683
(1.00)
0.87
(1.00)
0.125
(1.00)
0.273
(1.00)
0.892
(1.00)
0.766
(1.00)
0.107
(1.00)
0.311
(1.00)
0.129
(1.00)
0.483
(1.00)
1
(1.00)
0.233
(1.00)
0.105
(1.00)
0.373
(1.00)
0.0098
(1.00)
0.0372
(1.00)
0.311
(1.00)
0.405
(1.00)
0.719
(1.00)
0.246
(1.00)
1
(1.00)
0.919
(1.00)
0.916
(1.00)
0.262
(1.00)
0.753
(1.00)
0.323
(1.00)
0.758
(1.00)
0.295
(1.00)
0.896
(1.00)
0.138
(1.00)
0.129
(1.00)
0.642
(1.00)
0.606
(1.00)
0.298
(1.00)
1
(1.00)
0.841
(1.00)
0.123
(1.00)
1
(1.00)
0.0441
(1.00)
0.904
(1.00)
amp 8q24 21 72 (41%) 104 0.584
(1.00)
0.0667
(1.00)
0.559
(1.00)
0.846
(1.00)
0.938
(1.00)
0.182
(1.00)
0.524
(1.00)
0.362
(1.00)
0.794
(1.00)
0.909
(1.00)
1
(1.00)
0.304
(1.00)
0.425
(1.00)
0.989
(1.00)
0.0417
(1.00)
0.589
(1.00)
0.362
(1.00)
0.207
(1.00)
0.927
(1.00)
0.471
(1.00)
0.0934
(1.00)
0.237
(1.00)
0.666
(1.00)
0.752
(1.00)
0.553
(1.00)
0.544
(1.00)
0.88
(1.00)
0.5
(1.00)
0.564
(1.00)
0.847
(1.00)
0.794
(1.00)
0.136
(1.00)
0.838
(1.00)
0.689
(1.00)
0.21
(1.00)
0.405
(1.00)
0.852
(1.00)
0.361
(1.00)
0.713
(1.00)
0.166
(1.00)
0.0805
(1.00)
amp 9p24 1 37 (21%) 139 0.0155
(1.00)
0.794
(1.00)
0.343
(1.00)
0.0176
(1.00)
1
(1.00)
0.883
(1.00)
0.207
(1.00)
0.11
(1.00)
0.0133
(1.00)
0.263
(1.00)
1
(1.00)
0.302
(1.00)
0.00674
(1.00)
0.18
(1.00)
0.227
(1.00)
0.16
(1.00)
0.11
(1.00)
0.441
(1.00)
0.239
(1.00)
0.052
(1.00)
1
(1.00)
0.248
(1.00)
0.643
(1.00)
0.605
(1.00)
0.0202
(1.00)
0.0552
(1.00)
0.546
(1.00)
0.291
(1.00)
0.875
(1.00)
0.242
(1.00)
0.0133
(1.00)
0.0152
(1.00)
0.302
(1.00)
0.137
(1.00)
1
(1.00)
0.12
(1.00)
0.393
(1.00)
1
(1.00)
0.353
(1.00)
0.755
(1.00)
amp 11p13 14 (8%) 162 0.176
(1.00)
0.684
(1.00)
0.0167
(1.00)
1
(1.00)
0.799
(1.00)
0.886
(1.00)
0.235
(1.00)
0.212
(1.00)
0.213
(1.00)
0.212
(1.00)
0.183
(1.00)
0.0556
(1.00)
0.0359
(1.00)
0.0909
(1.00)
0.0168
(1.00)
0.212
(1.00)
1
(1.00)
0.389
(1.00)
0.7
(1.00)
0.0153
(1.00)
0.483
(1.00)
0.293
(1.00)
0.255
(1.00)
0.161
(1.00)
0.682
(1.00)
0.556
(1.00)
0.441
(1.00)
0.213
(1.00)
0.559
(1.00)
0.432
(1.00)
0.267
(1.00)
1
(1.00)
0.868
(1.00)
0.253
(1.00)
1
(1.00)
0.0387
(1.00)
0.662
(1.00)
amp 11q13 3 22 (12%) 154 0.696
(1.00)
0.168
(1.00)
0.778
(1.00)
0.576
(1.00)
0.743
(1.00)
0.603
(1.00)
0.0505
(1.00)
0.263
(1.00)
0.226
(1.00)
0.584
(1.00)
0.609
(1.00)
0.13
(1.00)
0.299
(1.00)
0.904
(1.00)
0.0277
(1.00)
0.9
(1.00)
0.263
(1.00)
0.544
(1.00)
0.277
(1.00)
0.206
(1.00)
1
(1.00)
0.413
(1.00)
0.339
(1.00)
0.916
(1.00)
0.321
(1.00)
0.533
(1.00)
0.876
(1.00)
1
(1.00)
0.527
(1.00)
0.78
(1.00)
0.226
(1.00)
0.314
(1.00)
1
(1.00)
0.11
(1.00)
0.17
(1.00)
0.349
(1.00)
0.368
(1.00)
0.685
(1.00)
0.0701
(1.00)
0.157
(1.00)
amp 11q22 1 31 (18%) 145 0.214
(1.00)
0.00609
(1.00)
0.337
(1.00)
1
(1.00)
0.267
(1.00)
0.833
(1.00)
0.27
(1.00)
0.274
(1.00)
0.816
(1.00)
0.0685
(1.00)
0.689
(1.00)
0.632
(1.00)
0.747
(1.00)
0.641
(1.00)
0.0447
(1.00)
0.275
(1.00)
0.274
(1.00)
0.631
(1.00)
0.942
(1.00)
0.127
(1.00)
1
(1.00)
0.736
(1.00)
0.222
(1.00)
0.755
(1.00)
0.836
(1.00)
0.345
(1.00)
0.522
(1.00)
0.896
(1.00)
0.0122
(1.00)
1
(1.00)
0.816
(1.00)
0.278
(1.00)
0.231
(1.00)
0.0259
(1.00)
1
(1.00)
0.659
(1.00)
0.55
(1.00)
0.451
(1.00)
0.127
(1.00)
0.0054
(1.00)
amp 13q22 1 39 (22%) 137 0.194
(1.00)
0.706
(1.00)
0.476
(1.00)
0.141
(1.00)
0.842
(1.00)
0.5
(1.00)
0.451
(1.00)
0.172
(1.00)
0.000315
(0.717)
0.785
(1.00)
0.457
(1.00)
0.376
(1.00)
0.0642
(1.00)
0.344
(1.00)
0.399
(1.00)
0.0589
(1.00)
0.172
(1.00)
0.723
(1.00)
0.0337
(1.00)
0.354
(1.00)
0.842
(1.00)
0.722
(1.00)
0.456
(1.00)
0.302
(1.00)
0.182
(1.00)
0.484
(1.00)
0.387
(1.00)
0.938
(1.00)
0.0641
(1.00)
0.000315
(0.717)
0.482
(1.00)
1
(1.00)
0.541
(1.00)
0.445
(1.00)
0.257
(1.00)
0.737
(1.00)
1
(1.00)
0.125
(1.00)
0.742
(1.00)
amp 15q26 1 43 (24%) 133 0.552
(1.00)
0.318
(1.00)
0.179
(1.00)
0.82
(1.00)
1
(1.00)
0.223
(1.00)
0.812
(1.00)
0.113
(1.00)
0.804
(1.00)
0.354
(1.00)
0.155
(1.00)
0.586
(1.00)
0.255
(1.00)
0.959
(1.00)
0.526
(1.00)
0.702
(1.00)
0.113
(1.00)
0.489
(1.00)
0.605
(1.00)
0.607
(1.00)
1
(1.00)
0.876
(1.00)
0.74
(1.00)
0.632
(1.00)
0.98
(1.00)
0.147
(1.00)
0.294
(1.00)
0.541
(1.00)
1
(1.00)
0.804
(1.00)
0.597
(1.00)
0.624
(1.00)
0.144
(1.00)
0.399
(1.00)
0.0784
(1.00)
0.162
(1.00)
1
(1.00)
0.418
(1.00)
0.294
(1.00)
amp 16p13 13 35 (20%) 141 0.588
(1.00)
0.468
(1.00)
0.033
(1.00)
0.057
(1.00)
0.617
(1.00)
0.523
(1.00)
0.794
(1.00)
0.363
(1.00)
0.0102
(1.00)
0.123
(1.00)
1
(1.00)
0.583
(1.00)
0.217
(1.00)
0.473
(1.00)
0.882
(1.00)
0.682
(1.00)
0.363
(1.00)
0.408
(1.00)
0.532
(1.00)
0.837
(1.00)
1
(1.00)
0.0547
(1.00)
0.722
(1.00)
0.928
(1.00)
0.0314
(1.00)
0.495
(1.00)
0.0115
(1.00)
1
(1.00)
0.516
(1.00)
0.826
(1.00)
0.0102
(1.00)
0.895
(1.00)
0.79
(1.00)
0.97
(1.00)
0.631
(1.00)
0.741
(1.00)
0.593
(1.00)
0.124
(1.00)
0.142
(1.00)
0.504
(1.00)
amp 17q12 31 (18%) 145 0.638
(1.00)
0.851
(1.00)
0.305
(1.00)
0.116
(1.00)
1
(1.00)
0.158
(1.00)
0.79
(1.00)
0.205
(1.00)
0.054
(1.00)
0.661
(1.00)
0.405
(1.00)
0.444
(1.00)
0.0252
(1.00)
0.725
(1.00)
0.181
(1.00)
0.356
(1.00)
0.205
(1.00)
0.373
(1.00)
0.487
(1.00)
0.959
(1.00)
1
(1.00)
0.327
(1.00)
0.295
(1.00)
0.269
(1.00)
0.447
(1.00)
0.366
(1.00)
0.124
(1.00)
0.847
(1.00)
0.925
(1.00)
0.207
(1.00)
0.054
(1.00)
0.886
(1.00)
0.143
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.453
(1.00)
0.0493
(1.00)
1
(1.00)
0.00081
(1.00)
0.817
(1.00)
amp 17q25 1 46 (26%) 130 0.956
(1.00)
0.375
(1.00)
0.503
(1.00)
0.11
(1.00)
0.736
(1.00)
0.859
(1.00)
0.475
(1.00)
0.115
(1.00)
0.0213
(1.00)
0.633
(1.00)
0.464
(1.00)
0.11
(1.00)
0.76
(1.00)
0.901
(1.00)
0.346
(1.00)
0.107
(1.00)
0.115
(1.00)
0.506
(1.00)
0.423
(1.00)
0.491
(1.00)
0.505
(1.00)
0.137
(1.00)
0.164
(1.00)
0.605
(1.00)
0.0398
(1.00)
0.729
(1.00)
0.49
(1.00)
1
(1.00)
0.904
(1.00)
0.0724
(1.00)
0.0213
(1.00)
0.224
(1.00)
0.811
(1.00)
0.822
(1.00)
1
(1.00)
0.31
(1.00)
0.0387
(1.00)
0.729
(1.00)
0.00224
(1.00)
0.41
(1.00)
amp 19q13 2 53 (30%) 123 0.176
(1.00)
0.221
(1.00)
0.202
(1.00)
0.829
(1.00)
0.584
(1.00)
0.544
(1.00)
0.0388
(1.00)
0.35
(1.00)
0.824
(1.00)
0.751
(1.00)
0.732
(1.00)
0.97
(1.00)
0.0483
(1.00)
0.42
(1.00)
0.363
(1.00)
0.589
(1.00)
0.35
(1.00)
0.0869
(1.00)
0.73
(1.00)
0.738
(1.00)
0.209
(1.00)
0.49
(1.00)
0.786
(1.00)
0.0641
(1.00)
0.256
(1.00)
0.862
(1.00)
0.697
(1.00)
0.516
(1.00)
0.923
(1.00)
0.837
(1.00)
0.824
(1.00)
0.933
(1.00)
0.378
(1.00)
0.388
(1.00)
0.828
(1.00)
0.654
(1.00)
0.481
(1.00)
0.509
(1.00)
0.245
(1.00)
0.347
(1.00)
0.246
(1.00)
amp 20q11 21 76 (43%) 100 0.481
(1.00)
0.166
(1.00)
0.441
(1.00)
0.175
(1.00)
0.212
(1.00)
0.628
(1.00)
1
(1.00)
0.79
(1.00)
0.205
(1.00)
0.0783
(1.00)
0.348
(1.00)
0.297
(1.00)
0.785
(1.00)
0.383
(1.00)
0.125
(1.00)
0.312
(1.00)
0.79
(1.00)
0.414
(1.00)
0.357
(1.00)
0.511
(1.00)
1
(1.00)
0.638
(1.00)
0.709
(1.00)
0.93
(1.00)
0.954
(1.00)
0.875
(1.00)
0.122
(1.00)
0.511
(1.00)
0.745
(1.00)
0.445
(1.00)
0.205
(1.00)
0.909
(1.00)
0.407
(1.00)
0.596
(1.00)
0.385
(1.00)
0.489
(1.00)
0.403
(1.00)
0.384
(1.00)
0.519
(1.00)
0.0462
(1.00)
0.137
(1.00)
amp xq28 43 (24%) 133 0.0157
(1.00)
0.835
(1.00)
1
(1.00)
0.27
(1.00)
0.603
(1.00)
0.121
(1.00)
0.235
(1.00)
0.964
(1.00)
0.386
(1.00)
0.415
(1.00)
0.71
(1.00)
0.439
(1.00)
0.12
(1.00)
0.701
(1.00)
0.236
(1.00)
0.117
(1.00)
0.964
(1.00)
0.842
(1.00)
0.559
(1.00)
0.848
(1.00)
1
(1.00)
0.486
(1.00)
0.814
(1.00)
0.322
(1.00)
0.589
(1.00)
0.729
(1.00)
0.897
(1.00)
0.298
(1.00)
0.972
(1.00)
0.527
(1.00)
0.386
(1.00)
0.656
(1.00)
0.473
(1.00)
0.334
(1.00)
0.236
(1.00)
1
(1.00)
0.501
(1.00)
0.337
(1.00)
0.919
(1.00)
0.886
(1.00)
del 1p36 31 25 (14%) 151 0.683
(1.00)
0.29
(1.00)
1
(1.00)
0.774
(1.00)
0.395
(1.00)
0.0695
(1.00)
0.229
(1.00)
0.0574
(1.00)
0.796
(1.00)
0.882
(1.00)
0.674
(1.00)
0.614
(1.00)
0.485
(1.00)
0.819
(1.00)
0.854
(1.00)
0.413
(1.00)
0.0574
(1.00)
0.481
(1.00)
0.193
(1.00)
0.537
(1.00)
1
(1.00)
0.829
(1.00)
0.93
(1.00)
0.507
(1.00)
0.615
(1.00)
0.819
(1.00)
0.465
(1.00)
0.156
(1.00)
0.886
(1.00)
1
(1.00)
0.796
(1.00)
0.517
(1.00)
0.732
(1.00)
0.17
(1.00)
0.261
(1.00)
1
(1.00)
0.796
(1.00)
0.448
(1.00)
0.939
(1.00)
0.31
(1.00)
del 1p13 2 19 (11%) 157 0.872
(1.00)
0.878
(1.00)
0.177
(1.00)
0.337
(1.00)
0.442
(1.00)
0.871
(1.00)
0.178
(1.00)
0.237
(1.00)
0.338
(1.00)
0.964
(1.00)
1
(1.00)
0.733
(1.00)
0.617
(1.00)
0.714
(1.00)
0.421
(1.00)
0.237
(1.00)
0.286
(1.00)
0.0739
(1.00)
0.0326
(1.00)
0.449
(1.00)
0.254
(1.00)
0.394
(1.00)
0.12
(1.00)
0.79
(1.00)
0.375
(1.00)
0.307
(1.00)
0.338
(1.00)
0.927
(1.00)
0.145
(1.00)
0.0861
(1.00)
1
(1.00)
0.714
(1.00)
0.271
(1.00)
1
(1.00)
0.483
(1.00)
0.907
(1.00)
del 2q22 1 30 (17%) 146 0.126
(1.00)
0.481
(1.00)
1
(1.00)
0.626
(1.00)
0.604
(1.00)
0.319
(1.00)
0.0904
(1.00)
0.558
(1.00)
0.491
(1.00)
0.49
(1.00)
0.211
(1.00)
0.922
(1.00)
0.492
(1.00)
0.966
(1.00)
0.0843
(1.00)
0.392
(1.00)
0.558
(1.00)
0.682
(1.00)
0.942
(1.00)
0.364
(1.00)
1
(1.00)
0.211
(1.00)
0.99
(1.00)
0.479
(1.00)
0.0468
(1.00)
0.15
(1.00)
0.678
(1.00)
0.511
(1.00)
0.225
(1.00)
1
(1.00)
0.491
(1.00)
0.451
(1.00)
0.604
(1.00)
0.891
(1.00)
0.444
(1.00)
0.352
(1.00)
0.205
(1.00)
0.116
(1.00)
0.86
(1.00)
0.457
(1.00)
del 2q37 1 69 (39%) 107 0.681
(1.00)
0.188
(1.00)
0.122
(1.00)
1
(1.00)
0.426
(1.00)
0.176
(1.00)
1
(1.00)
0.586
(1.00)
0.767
(1.00)
0.436
(1.00)
0.526
(1.00)
0.76
(1.00)
0.097
(1.00)
0.819
(1.00)
0.808
(1.00)
0.0408
(1.00)
0.586
(1.00)
0.0443
(1.00)
0.00325
(1.00)
0.707
(1.00)
0.505
(1.00)
0.488
(1.00)
0.197
(1.00)
0.156
(1.00)
0.491
(1.00)
0.694
(1.00)
0.641
(1.00)
0.0486
(1.00)
0.76
(1.00)
0.34
(1.00)
0.767
(1.00)
0.0134
(1.00)
0.688
(1.00)
0.923
(1.00)
0.845
(1.00)
0.902
(1.00)
0.642
(1.00)
0.762
(1.00)
0.188
(1.00)
0.234
(1.00)
del 2q37 3 66 (38%) 110 0.558
(1.00)
0.0667
(1.00)
0.0803
(1.00)
1
(1.00)
0.341
(1.00)
0.294
(1.00)
1
(1.00)
0.936
(1.00)
0.997
(1.00)
0.583
(1.00)
0.201
(1.00)
0.971
(1.00)
0.401
(1.00)
0.725
(1.00)
0.898
(1.00)
0.0408
(1.00)
0.936
(1.00)
0.0441
(1.00)
0.00325
(1.00)
0.563
(1.00)
0.505
(1.00)
0.356
(1.00)
0.254
(1.00)
0.137
(1.00)
0.319
(1.00)
0.599
(1.00)
0.329
(1.00)
0.118
(1.00)
0.548
(1.00)
0.442
(1.00)
0.997
(1.00)
0.00675
(1.00)
0.684
(1.00)
0.725
(1.00)
0.846
(1.00)
0.86
(1.00)
0.398
(1.00)
0.363
(1.00)
0.107
(1.00)
0.0894
(1.00)
del 4q21 3 52 (30%) 124 0.0674
(1.00)
0.236
(1.00)
1
(1.00)
0.0524
(1.00)
0.197
(1.00)
0.0648
(1.00)
0.366
(1.00)
0.398
(1.00)
0.0223
(1.00)
0.114
(1.00)
0.502
(1.00)
0.014
(1.00)
0.376
(1.00)
0.247
(1.00)
0.0287
(1.00)
0.169
(1.00)
0.398
(1.00)
0.169
(1.00)
0.955
(1.00)
0.102
(1.00)
1
(1.00)
0.969
(1.00)
0.683
(1.00)
0.661
(1.00)
0.464
(1.00)
0.48
(1.00)
0.598
(1.00)
0.521
(1.00)
0.869
(1.00)
0.0879
(1.00)
0.0223
(1.00)
0.287
(1.00)
0.525
(1.00)
0.108
(1.00)
0.831
(1.00)
0.591
(1.00)
0.942
(1.00)
0.296
(1.00)
0.452
(1.00)
0.26
(1.00)
del 4q22 1 49 (28%) 127 0.0682
(1.00)
0.367
(1.00)
1
(1.00)
0.121
(1.00)
0.279
(1.00)
0.0863
(1.00)
0.818
(1.00)
0.692
(1.00)
0.125
(1.00)
0.22
(1.00)
0.51
(1.00)
0.146
(1.00)
0.538
(1.00)
0.597
(1.00)
0.00222
(1.00)
0.169
(1.00)
0.692
(1.00)
0.465
(1.00)
0.955
(1.00)
0.0959
(1.00)
1
(1.00)
0.472
(1.00)
0.771
(1.00)
0.925
(1.00)
0.994
(1.00)
0.842
(1.00)
0.484
(1.00)
0.34
(1.00)
0.693
(1.00)
0.0724
(1.00)
0.125
(1.00)
0.28
(1.00)
0.825
(1.00)
0.148
(1.00)
0.829
(1.00)
0.713
(1.00)
0.562
(1.00)
1
(1.00)
0.669
(1.00)
0.396
(1.00)
del 4q35 2 64 (36%) 112 0.329
(1.00)
0.336
(1.00)
0.318
(1.00)
0.681
(1.00)
0.0323
(1.00)
0.0619
(1.00)
0.829
(1.00)
0.158
(1.00)
0.571
(1.00)
0.609
(1.00)
0.531
(1.00)
0.391
(1.00)
1
(1.00)
0.386
(1.00)
0.0601
(1.00)
0.838
(1.00)
0.158
(1.00)
0.255
(1.00)
0.837
(1.00)
0.267
(1.00)
1
(1.00)
0.302
(1.00)
0.0766
(1.00)
0.127
(1.00)
0.86
(1.00)
0.592
(1.00)
0.95
(1.00)
0.65
(1.00)
0.0698
(1.00)
0.43
(1.00)
0.571
(1.00)
0.568
(1.00)
0.304
(1.00)
0.487
(1.00)
0.705
(1.00)
1
(1.00)
0.909
(1.00)
0.333
(1.00)
0.701
(1.00)
0.373
(1.00)
del 5q22 3 47 (27%) 129 0.368
(1.00)
0.702
(1.00)
0.127
(1.00)
0.658
(1.00)
0.681
(1.00)
0.333
(1.00)
0.0327
(1.00)
0.725
(1.00)
0.106
(1.00)
0.976
(1.00)
0.727
(1.00)
0.142
(1.00)
0.0881
(1.00)
0.266
(1.00)
0.329
(1.00)
0.577
(1.00)
0.725
(1.00)
0.888
(1.00)
0.191
(1.00)
0.0247
(1.00)
1
(1.00)
0.94
(1.00)
0.109
(1.00)
0.482
(1.00)
0.643
(1.00)
0.188
(1.00)
0.598
(1.00)
1
(1.00)
0.367
(1.00)
0.131
(1.00)
0.106
(1.00)
0.944
(1.00)
0.66
(1.00)
0.0593
(1.00)
0.357
(1.00)
0.73
(1.00)
0.642
(1.00)
0.736
(1.00)
0.156
(1.00)
0.801
(1.00)
0.656
(1.00)
del 5q35 2 47 (27%) 129 0.587
(1.00)
0.422
(1.00)
0.278
(1.00)
0.829
(1.00)
0.532
(1.00)
0.0845
(1.00)
0.0968
(1.00)
1
(1.00)
0.116
(1.00)
0.935
(1.00)
0.289
(1.00)
0.41
(1.00)
0.236
(1.00)
0.41
(1.00)
0.0895
(1.00)
0.882
(1.00)
1
(1.00)
0.855
(1.00)
0.191
(1.00)
0.155
(1.00)
1
(1.00)
0.506
(1.00)
0.14
(1.00)
0.208
(1.00)
0.26
(1.00)
0.104
(1.00)
0.75
(1.00)
1
(1.00)
0.541
(1.00)
0.293
(1.00)
0.116
(1.00)
0.716
(1.00)
0.13
(1.00)
0.248
(1.00)
0.564
(1.00)
0.732
(1.00)
0.319
(1.00)
0.752
(1.00)
0.156
(1.00)
0.285
(1.00)
0.386
(1.00)
del 6p24 2 23 (13%) 153 0.191
(1.00)
0.979
(1.00)
0.589
(1.00)
0.147
(1.00)
0.424
(1.00)
0.49
(1.00)
1
(1.00)
0.778
(1.00)
0.129
(1.00)
0.428
(1.00)
1
(1.00)
0.597
(1.00)
1
(1.00)
0.684
(1.00)
0.891
(1.00)
0.0372
(1.00)
0.778
(1.00)
0.748
(1.00)
0.332
(1.00)
0.0304
(1.00)
1
(1.00)
0.165
(1.00)
0.298
(1.00)
0.168
(1.00)
0.508
(1.00)
0.586
(1.00)
0.622
(1.00)
0.515
(1.00)
0.2
(1.00)
0.184
(1.00)
0.129
(1.00)
0.405
(1.00)
0.769
(1.00)
0.118
(1.00)
1
(1.00)
0.456
(1.00)
0.923
(1.00)
1
(1.00)
0.871
(1.00)
0.949
(1.00)
del 6q26 61 (35%) 115 0.0586
(1.00)
0.435
(1.00)
0.838
(1.00)
0.681
(1.00)
0.934
(1.00)
0.679
(1.00)
0.663
(1.00)
0.865
(1.00)
0.535
(1.00)
0.696
(1.00)
0.332
(1.00)
0.557
(1.00)
0.58
(1.00)
1
(1.00)
0.529
(1.00)
0.0882
(1.00)
0.865
(1.00)
0.941
(1.00)
0.468
(1.00)
0.519
(1.00)
1
(1.00)
0.776
(1.00)
0.398
(1.00)
0.378
(1.00)
0.375
(1.00)
0.497
(1.00)
1
(1.00)
0.854
(1.00)
0.236
(1.00)
0.842
(1.00)
0.535
(1.00)
0.0929
(1.00)
0.828
(1.00)
0.0153
(1.00)
0.851
(1.00)
0.751
(1.00)
0.256
(1.00)
1
(1.00)
0.0373
(1.00)
0.475
(1.00)
del 7q34 40 (23%) 136 0.00808
(1.00)
0.487
(1.00)
0.463
(1.00)
0.0471
(1.00)
0.0913
(1.00)
0.951
(1.00)
0.0233
(1.00)
0.108
(1.00)
0.00517
(1.00)
0.894
(1.00)
1
(1.00)
0.688
(1.00)
0.000665
(1.00)
0.779
(1.00)
0.79
(1.00)
0.184
(1.00)
0.108
(1.00)
0.834
(1.00)
0.183
(1.00)
0.0883
(1.00)
0.538
(1.00)
0.746
(1.00)
0.177
(1.00)
0.647
(1.00)
0.907
(1.00)
0.354
(1.00)
0.436
(1.00)
0.878
(1.00)
0.341
(1.00)
0.0201
(1.00)
0.00517
(1.00)
0.211
(1.00)
0.162
(1.00)
0.802
(1.00)
0.464
(1.00)
0.563
(1.00)
0.397
(1.00)
1
(1.00)
0.54
(1.00)
0.343
(1.00)
0.461
(1.00)
del 8p23 3 62 (35%) 114 0.219
(1.00)
0.951
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.622
(1.00)
0.354
(1.00)
0.282
(1.00)
0.609
(1.00)
0.778
(1.00)
0.382
(1.00)
1
(1.00)
0.785
(1.00)
1
(1.00)
0.717
(1.00)
0.519
(1.00)
0.495
(1.00)
0.609
(1.00)
0.686
(1.00)
0.482
(1.00)
0.692
(1.00)
1
(1.00)
0.615
(1.00)
0.947
(1.00)
0.943
(1.00)
0.926
(1.00)
0.489
(1.00)
0.895
(1.00)
0.801
(1.00)
0.33
(1.00)
0.325
(1.00)
0.778
(1.00)
0.744
(1.00)
0.53
(1.00)
0.249
(1.00)
0.598
(1.00)
0.553
(1.00)
0.595
(1.00)
0.762
(1.00)
0.0662
(1.00)
0.173
(1.00)
0.893
(1.00)
del 10q23 31 53 (30%) 123 0.105
(1.00)
0.00485
(1.00)
0.67
(1.00)
0.131
(1.00)
0.358
(1.00)
0.992
(1.00)
0.253
(1.00)
0.379
(1.00)
0.0393
(1.00)
0.00334
(1.00)
1
(1.00)
0.881
(1.00)
1
(1.00)
0.0256
(1.00)
0.0101
(1.00)
0.649
(1.00)
0.379
(1.00)
0.0501
(1.00)
0.138
(1.00)
0.473
(1.00)
1
(1.00)
0.455
(1.00)
0.737
(1.00)
0.525
(1.00)
0.0467
(1.00)
0.485
(1.00)
0.221
(1.00)
0.0474
(1.00)
0.00695
(1.00)
0.211
(1.00)
0.0393
(1.00)
0.169
(1.00)
0.0265
(1.00)
0.0864
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.561
(1.00)
0.311
(1.00)
0.579
(1.00)
0.00589
(1.00)
del 11p15 1 58 (33%) 118 0.407
(1.00)
0.107
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.673
(1.00)
0.338
(1.00)
0.506
(1.00)
0.59
(1.00)
0.793
(1.00)
0.0226
(1.00)
0.747
(1.00)
0.354
(1.00)
0.413
(1.00)
0.0181
(1.00)
0.0538
(1.00)
0.316
(1.00)
0.59
(1.00)
0.943
(1.00)
0.809
(1.00)
0.885
(1.00)
0.0934
(1.00)
0.224
(1.00)
0.0525
(1.00)
0.51
(1.00)
0.147
(1.00)
0.699
(1.00)
0.123
(1.00)
0.614
(1.00)
0.0302
(1.00)
0.546
(1.00)
0.793
(1.00)
0.622
(1.00)
0.832
(1.00)
0.545
(1.00)
0.846
(1.00)
0.202
(1.00)
0.454
(1.00)
0.762
(1.00)
0.773
(1.00)
0.0841
(1.00)
del 11q25 101 (57%) 75 0.563
(1.00)
0.0166
(1.00)
0.705
(1.00)
0.848
(1.00)
0.315
(1.00)
0.0109
(1.00)
0.204
(1.00)
0.654
(1.00)
0.885
(1.00)
0.0789
(1.00)
0.111
(1.00)
0.473
(1.00)
0.551
(1.00)
0.411
(1.00)
0.769
(1.00)
0.838
(1.00)
0.654
(1.00)
0.222
(1.00)
0.101
(1.00)
0.174
(1.00)
0.258
(1.00)
0.0901
(1.00)
0.579
(1.00)
0.536
(1.00)
0.189
(1.00)
0.984
(1.00)
0.174
(1.00)
0.831
(1.00)
0.069
(1.00)
0.123
(1.00)
0.885
(1.00)
0.667
(1.00)
0.837
(1.00)
0.0123
(1.00)
1
(1.00)
0.207
(1.00)
0.533
(1.00)
0.231
(1.00)
0.903
(1.00)
0.177
(1.00)
0.0237
(1.00)
del 13q12 11 61 (35%) 115 0.0861
(1.00)
0.961
(1.00)
1
(1.00)
0.303
(1.00)
1
(1.00)
0.0102
(1.00)
0.126
(1.00)
0.254
(1.00)
0.0323
(1.00)
0.144
(1.00)
0.0167
(1.00)
0.24
(1.00)
1
(1.00)
0.713
(1.00)
0.114
(1.00)
0.349
(1.00)
0.254
(1.00)
0.295
(1.00)
0.177
(1.00)
0.376
(1.00)
1
(1.00)
0.707
(1.00)
0.992
(1.00)
0.571
(1.00)
0.182
(1.00)
0.165
(1.00)
0.223
(1.00)
0.528
(1.00)
0.927
(1.00)
0.303
(1.00)
0.0323
(1.00)
0.173
(1.00)
0.834
(1.00)
0.0047
(1.00)
0.587
(1.00)
1
(1.00)
0.828
(1.00)
0.184
(1.00)
0.273
(1.00)
0.859
(1.00)
del 13q14 2 67 (38%) 109 0.019
(1.00)
0.108
(1.00)
0.844
(1.00)
0.238
(1.00)
1
(1.00)
0.0116
(1.00)
0.283
(1.00)
0.229
(1.00)
0.0316
(1.00)
0.0613
(1.00)
0.0977
(1.00)
0.722
(1.00)
0.175
(1.00)
0.129
(1.00)
0.0438
(1.00)
0.0854
(1.00)
0.229
(1.00)
0.057
(1.00)
0.192
(1.00)
0.641
(1.00)
1
(1.00)
0.387
(1.00)
0.947
(1.00)
0.798
(1.00)
0.0483
(1.00)
0.125
(1.00)
0.253
(1.00)
0.344
(1.00)
0.586
(1.00)
0.43
(1.00)
0.0316
(1.00)
0.362
(1.00)
1
(1.00)
0.0276
(1.00)
0.704
(1.00)
0.66
(1.00)
0.24
(1.00)
0.109
(1.00)
0.541
(1.00)
0.0861
(1.00)
del 14q32 31 27 (15%) 149 0.103
(1.00)
0.0146
(1.00)
1
(1.00)
0.179
(1.00)
0.548
(1.00)
0.412
(1.00)
0.261
(1.00)
0.437
(1.00)
0.0297
(1.00)
0.867
(1.00)
0.649
(1.00)
0.693
(1.00)
0.0263
(1.00)
0.493
(1.00)
0.141
(1.00)
0.823
(1.00)
0.437
(1.00)
0.101
(1.00)
0.564
(1.00)
0.641
(1.00)
1
(1.00)
0.211
(1.00)
0.39
(1.00)
0.038
(1.00)
0.772
(1.00)
0.324
(1.00)
0.253
(1.00)
0.257
(1.00)
0.369
(1.00)
0.802
(1.00)
0.0297
(1.00)
0.242
(1.00)
0.769
(1.00)
0.741
(1.00)
0.0519
(1.00)
0.347
(1.00)
0.668
(1.00)
0.702
(1.00)
0.279
(1.00)
0.0167
(1.00)
del 15q21 1 37 (21%) 139 0.916
(1.00)
0.122
(1.00)
0.818
(1.00)
0.107
(1.00)
0.777
(1.00)
0.0962
(1.00)
0.454
(1.00)
1
(1.00)
0.37
(1.00)
0.127
(1.00)
1
(1.00)
0.71
(1.00)
1
(1.00)
0.442
(1.00)
0.00677
(1.00)
0.766
(1.00)
1
(1.00)
0.596
(1.00)
0.627
(1.00)
0.477
(1.00)
1
(1.00)
0.199
(1.00)
0.866
(1.00)
0.458
(1.00)
0.692
(1.00)
0.767
(1.00)
0.465
(1.00)
0.877
(1.00)
0.908
(1.00)
0.624
(1.00)
0.37
(1.00)
0.881
(1.00)
0.455
(1.00)
0.539
(1.00)
0.285
(1.00)
1
(1.00)
0.573
(1.00)
0.691
(1.00)
0.699
(1.00)
0.291
(1.00)
0.136
(1.00)
del 16q12 1 35 (20%) 141 0.109
(1.00)
0.113
(1.00)
0.358
(1.00)
0.0707
(1.00)
0.528
(1.00)
0.00138
(1.00)
0.605
(1.00)
0.684
(1.00)
0.217
(1.00)
0.432
(1.00)
0.69
(1.00)
0.528
(1.00)
0.485
(1.00)
0.902
(1.00)
0.513
(1.00)
0.0223
(1.00)
0.684
(1.00)
0.376
(1.00)
0.53
(1.00)
0.573
(1.00)
1
(1.00)
0.468
(1.00)
0.814
(1.00)
0.322
(1.00)
0.784
(1.00)
0.546
(1.00)
0.117
(1.00)
0.879
(1.00)
0.125
(1.00)
0.649
(1.00)
0.217
(1.00)
0.581
(1.00)
0.169
(1.00)
0.289
(1.00)
0.0758
(1.00)
0.813
(1.00)
0.855
(1.00)
0.174
(1.00)
0.665
(1.00)
0.0785
(1.00)
del 16q23 1 34 (19%) 142 0.0371
(1.00)
0.184
(1.00)
1
(1.00)
0.641
(1.00)
0.75
(1.00)
0.00011
(0.251)
1
(1.00)
0.136
(1.00)
0.982
(1.00)
0.0321
(1.00)
0.69
(1.00)
0.26
(1.00)
0.159
(1.00)
0.82
(1.00)
0.706
(1.00)
0.0305
(1.00)
0.136
(1.00)
0.566
(1.00)
0.514
(1.00)
0.297
(1.00)
1
(1.00)
0.133
(1.00)
0.864
(1.00)
0.479
(1.00)
0.611
(1.00)
0.0494
(1.00)
0.477
(1.00)
0.804
(1.00)
0.357
(1.00)
1
(1.00)
0.982
(1.00)
0.921
(1.00)
0.38
(1.00)
0.263
(1.00)
0.0515
(1.00)
0.811
(1.00)
0.733
(1.00)
0.725
(1.00)
0.62
(1.00)
0.132
(1.00)
del 17p12 58 (33%) 118 0.222
(1.00)
0.0159
(1.00)
0.53
(1.00)
1
(1.00)
0.282
(1.00)
0.559
(1.00)
0.186
(1.00)
0.613
(1.00)
0.907
(1.00)
0.263
(1.00)
1
(1.00)
0.237
(1.00)
1
(1.00)
0.0646
(1.00)
0.121
(1.00)
0.199
(1.00)
0.613
(1.00)
0.0593
(1.00)
0.352
(1.00)
0.33
(1.00)
0.505
(1.00)
0.318
(1.00)
0.493
(1.00)
0.818
(1.00)
0.383
(1.00)
0.0107
(1.00)
0.598
(1.00)
0.75
(1.00)
0.169
(1.00)
0.683
(1.00)
0.907
(1.00)
0.735
(1.00)
0.534
(1.00)
0.168
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.949
(1.00)
0.749
(1.00)
0.156
(1.00)
0.524
(1.00)
0.0192
(1.00)
del 17q25 3 31 (18%) 145 0.0725
(1.00)
0.492
(1.00)
0.633
(1.00)
0.805
(1.00)
0.901
(1.00)
0.164
(1.00)
1
(1.00)
0.447
(1.00)
0.545
(1.00)
0.112
(1.00)
1
(1.00)
0.155
(1.00)
0.706
(1.00)
0.759
(1.00)
0.302
(1.00)
0.447
(1.00)
0.262
(1.00)
0.953
(1.00)
0.61
(1.00)
1
(1.00)
0.294
(1.00)
0.295
(1.00)
0.479
(1.00)
0.388
(1.00)
0.762
(1.00)
0.193
(1.00)
0.92
(1.00)
1
(1.00)
0.802
(1.00)
0.545
(1.00)
0.341
(1.00)
0.302
(1.00)
0.474
(1.00)
1
(1.00)
0.821
(1.00)
0.772
(1.00)
1
(1.00)
0.54
(1.00)
0.65
(1.00)
0.378
(1.00)
del 18q21 2 50 (28%) 126 0.759
(1.00)
0.504
(1.00)
0.516
(1.00)
0.39
(1.00)
0.636
(1.00)
0.00014
(0.319)
1
(1.00)
0.347
(1.00)
0.154
(1.00)
0.776
(1.00)
1
(1.00)
0.737
(1.00)
0.559
(1.00)
0.847
(1.00)
0.196
(1.00)
0.495
(1.00)
0.347
(1.00)
0.793
(1.00)
0.873
(1.00)
0.347
(1.00)
1
(1.00)
0.205
(1.00)
0.109
(1.00)
0.362
(1.00)
0.212
(1.00)
0.65
(1.00)
0.774
(1.00)
0.846
(1.00)
0.782
(1.00)
0.0517
(1.00)
0.154
(1.00)
0.983
(1.00)
0.811
(1.00)
0.08
(1.00)
0.669
(1.00)
0.171
(1.00)
0.659
(1.00)
0.0589
(1.00)
0.671
(1.00)
0.468
(1.00)
del 19p13 3 55 (31%) 121 0.0801
(1.00)
0.94
(1.00)
0.292
(1.00)
1
(1.00)
0.601
(1.00)
0.668
(1.00)
0.503
(1.00)
0.698
(1.00)
0.871
(1.00)
0.4
(1.00)
0.502
(1.00)
0.328
(1.00)
1
(1.00)
0.344
(1.00)
0.279
(1.00)
0.725
(1.00)
0.698
(1.00)
0.729
(1.00)
0.829
(1.00)
0.831
(1.00)
0.538
(1.00)
0.89
(1.00)
0.1
(1.00)
0.854
(1.00)
0.989
(1.00)
0.232
(1.00)
0.891
(1.00)
0.45
(1.00)
0.166
(1.00)
0.303
(1.00)
0.871
(1.00)
0.567
(1.00)
1
(1.00)
0.953
(1.00)
0.574
(1.00)
0.256
(1.00)
0.414
(1.00)
0.749
(1.00)
0.796
(1.00)
0.997
(1.00)
del 19q13 33 21 (12%) 155 0.458
(1.00)
0.896
(1.00)
0.401
(1.00)
0.774
(1.00)
0.484
(1.00)
0.206
(1.00)
1
(1.00)
0.164
(1.00)
0.739
(1.00)
0.103
(1.00)
0.0844
(1.00)
0.485
(1.00)
0.427
(1.00)
0.26
(1.00)
0.208
(1.00)
0.164
(1.00)
0.978
(1.00)
0.0436
(1.00)
0.114
(1.00)
1
(1.00)
0.998
(1.00)
0.339
(1.00)
0.405
(1.00)
0.329
(1.00)
0.134
(1.00)
0.392
(1.00)
1
(1.00)
0.36
(1.00)
0.563
(1.00)
0.739
(1.00)
0.6
(1.00)
0.732
(1.00)
0.623
(1.00)
1
(1.00)
0.894
(1.00)
0.711
(1.00)
0.681
(1.00)
0.648
(1.00)
0.931
(1.00)
del 20p12 1 23 (13%) 153 0.0824
(1.00)
0.969
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.874
(1.00)
0.68
(1.00)
0.536
(1.00)
0.0541
(1.00)
0.667
(1.00)
0.408
(1.00)
1
(1.00)
0.671
(1.00)
0.0937
(1.00)
0.476
(1.00)
0.783
(1.00)
0.708
(1.00)
0.0541
(1.00)
0.309
(1.00)
0.76
(1.00)
0.169
(1.00)
0.214
(1.00)
0.611
(1.00)
0.87
(1.00)
0.615
(1.00)
0.376
(1.00)
0.836
(1.00)
0.739
(1.00)
0.6
(1.00)
0.896
(1.00)
1
(1.00)
0.667
(1.00)
0.24
(1.00)
0.752
(1.00)
0.757
(1.00)
0.284
(1.00)
0.183
(1.00)
0.727
(1.00)
0.4
(1.00)
0.185
(1.00)
0.779
(1.00)
del 21q11 2 33 (19%) 143 0.0602
(1.00)
0.734
(1.00)
0.343
(1.00)
0.813
(1.00)
0.5
(1.00)
0.452
(1.00)
1
(1.00)
0.575
(1.00)
0.308
(1.00)
0.0451
(1.00)
0.458
(1.00)
0.0927
(1.00)
1
(1.00)
0.17
(1.00)
0.139
(1.00)
0.575
(1.00)
0.0961
(1.00)
0.649
(1.00)
0.158
(1.00)
0.258
(1.00)
0.471
(1.00)
0.295
(1.00)
0.327
(1.00)
0.281
(1.00)
0.523
(1.00)
0.539
(1.00)
0.186
(1.00)
0.676
(1.00)
0.816
(1.00)
0.308
(1.00)
0.369
(1.00)
0.624
(1.00)
0.425
(1.00)
0.48
(1.00)
0.859
(1.00)
0.748
(1.00)
0.154
(1.00)
0.0177
(1.00)
0.698
(1.00)
del 22q13 32 47 (27%) 129 0.822
(1.00)
0.78
(1.00)
1
(1.00)
0.389
(1.00)
0.749
(1.00)
0.134
(1.00)
0.0968
(1.00)
0.346
(1.00)
0.578
(1.00)
0.432
(1.00)
0.485
(1.00)
0.396
(1.00)
0.255
(1.00)
0.822
(1.00)
0.797
(1.00)
0.117
(1.00)
0.346
(1.00)
0.701
(1.00)
0.316
(1.00)
0.912
(1.00)
1
(1.00)
0.982
(1.00)
0.152
(1.00)
0.0256
(1.00)
0.668
(1.00)
0.95
(1.00)
0.33
(1.00)
0.81
(1.00)
0.805
(1.00)
0.0364
(1.00)
0.578
(1.00)
0.533
(1.00)
0.825
(1.00)
0.443
(1.00)
1
(1.00)
0.594
(1.00)
0.125
(1.00)
0.332
(1.00)
0.0933
(1.00)
0.89
(1.00)
0.829
(1.00)
del xp11 3 43 (24%) 133 0.465
(1.00)
0.674
(1.00)
0.184
(1.00)
0.39
(1.00)
0.926
(1.00)
0.0441
(1.00)
0.475
(1.00)
0.443
(1.00)
0.803
(1.00)
0.278
(1.00)
0.29
(1.00)
0.786
(1.00)
1
(1.00)
0.664
(1.00)
0.536
(1.00)
0.173
(1.00)
0.443
(1.00)
0.465
(1.00)
0.106
(1.00)
0.229
(1.00)
1
(1.00)
0.528
(1.00)
0.814
(1.00)
0.1
(1.00)
0.135
(1.00)
0.617
(1.00)
0.964
(1.00)
0.103
(1.00)
0.512
(1.00)
0.833
(1.00)
0.803
(1.00)
0.533
(1.00)
0.257
(1.00)
0.535
(1.00)
0.267
(1.00)
0.183
(1.00)
0.338
(1.00)
0.106
(1.00)
0.302
(1.00)
0.635
(1.00)
del xq21 33 36 (20%) 140 0.0224
(1.00)
0.646
(1.00)
0.482
(1.00)
0.819
(1.00)
0.429
(1.00)
0.293
(1.00)
0.443
(1.00)
0.224
(1.00)
0.482
(1.00)
0.455
(1.00)
0.699
(1.00)
0.394
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.596
(1.00)
0.811
(1.00)
0.224
(1.00)
0.832
(1.00)
0.172
(1.00)
0.189
(1.00)
1
(1.00)
0.819
(1.00)
0.489
(1.00)
0.273
(1.00)
0.807
(1.00)
1
(1.00)
0.923
(1.00)
0.162
(1.00)
0.0795
(1.00)
0.638
(1.00)
0.482
(1.00)
0.894
(1.00)
0.0367
(1.00)
0.401
(1.00)
0.463
(1.00)
0.686
(1.00)
0.264
(1.00)
0.286
(1.00)
0.726
(1.00)
0.674
(1.00)
'del_3p14.2' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 6e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.14

Table S1.  Gene #29: 'del_3p14.2' versus Clinical Feature #6: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients ADENOSQUAMOUS CERVICAL SQUAMOUS CELL CARCINOMA ENDOCERVICAL ADENOCARCINOMA OF THE USUAL TYPE ENDOCERVICAL TYPE OF ADENOCARCINOMA ENDOMETRIOID ADENOCARCINOMA OF ENDOCERVIX MUCINOUS ADENOCARCINOMA OF ENDOCERVICAL TYPE
ALL 2 144 4 20 2 4
DEL PEAK 6(3P14.2) MUTATED 0 71 0 1 1 1
DEL PEAK 6(3P14.2) WILD-TYPE 2 73 4 19 1 3

Figure S1.  Get High-res Image Gene #29: 'del_3p14.2' versus Clinical Feature #6: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

Methods & Data
Input
  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = CESC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 176

  • Number of significantly focal cnvs = 57

  • Number of selected clinical features = 41

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)