This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.
Testing the association between copy number variation 75 focal events and 9 clinical features across 105 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.
-
amp_3q26.2 cnv correlated to 'RACE'.
Clinical Features |
Time to Death |
AGE |
NEOPLASM DISEASESTAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
GENDER | NUMBERPACKYEARSSMOKED | RACE | ||
nCNV (%) | nWild-Type | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | |
amp 3q26 2 | 70 (67%) | 35 |
0.123 (1.00) |
0.0384 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.0213 (1.00) |
1 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.0855 (1.00) |
0.0317 (1.00) |
0.000247 (0.166) |
amp 1p34 2 | 22 (21%) | 83 |
0.354 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.946 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.932 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.954 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 1q21 3 | 53 (50%) | 52 |
0.628 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.83 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.366 (1.00) |
1 (1.00) |
0.416 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.676 (1.00) |
amp 2q14 2 | 32 (30%) | 73 |
0.355 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.897 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.545 (1.00) |
1 (1.00) |
0.367 (1.00) |
amp 5p15 33 | 59 (56%) | 46 |
0.598 (1.00) |
0.0451 (1.00) |
0.0549 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.749 (1.00) |
1 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.0112 (1.00) |
amp 6p21 1 | 39 (37%) | 66 |
0.303 (1.00) |
0.589 (1.00) |
0.911 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.518 (1.00) |
amp 6q23 3 | 22 (21%) | 83 |
0.465 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.0869 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.786 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.794 (1.00) |
amp 7p22 3 | 71 (68%) | 34 |
0.446 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.336 (1.00) |
0.858 (1.00) |
1 (1.00) |
0.444 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 7p11 2 | 70 (67%) | 35 |
0.334 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.86 (1.00) |
1 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.826 (1.00) |
amp 7q21 2 | 66 (63%) | 39 |
0.761 (1.00) |
0.803 (1.00) |
0.922 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.317 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.28 (1.00) |
amp 8p11 23 | 42 (40%) | 63 |
0.534 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.526 (1.00) |
1 (1.00) |
0.393 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 8p11 21 | 51 (49%) | 54 |
0.561 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.916 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.3 (1.00) |
amp 8q24 21 | 82 (78%) | 23 |
0.433 (1.00) |
0.0423 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.0196 (1.00) |
0.0877 (1.00) |
0.000717 (0.483) |
amp 9p13 3 | 21 (20%) | 84 |
0.474 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.798 (1.00) |
amp 10p11 21 | 29 (28%) | 76 |
0.847 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.0138 (1.00) |
0.638 (1.00) |
0.944 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0625 (1.00) |
0.0932 (1.00) |
0.489 (1.00) |
amp 11p13 | 28 (27%) | 77 |
0.988 (1.00) |
0.535 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.0384 (1.00) |
1 (1.00) |
0.145 (1.00) |
1 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.815 (1.00) |
amp 11q13 3 | 58 (55%) | 47 |
0.842 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.625 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.906 (1.00) |
0.0352 (1.00) |
amp 12p13 33 | 42 (40%) | 63 |
0.743 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.0643 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.0804 (1.00) |
0.0555 (1.00) |
amp 12p12 1 | 48 (46%) | 57 |
0.479 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.077 (1.00) |
0.0192 (1.00) |
0.955 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.00993 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.0938 (1.00) |
amp 13q22 1 | 37 (35%) | 68 |
0.39 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.952 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.747 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 15q26 3 | 36 (34%) | 69 |
0.375 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.0784 (1.00) |
1 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.123 (1.00) |
amp 17q12 | 38 (36%) | 67 |
0.764 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.263 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 18p11 32 | 38 (36%) | 67 |
0.27 (1.00) |
0.215 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.0998 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.971 (1.00) |
0.0281 (1.00) |
amp 18q11 2 | 30 (29%) | 75 |
0.991 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.368 (1.00) |
amp 19p13 2 | 19 (18%) | 86 |
0.587 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.0672 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.593 (1.00) |
amp 19q12 | 27 (26%) | 78 |
0.527 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.639 (1.00) |
del 1p36 13 | 35 (33%) | 70 |
0.389 (1.00) |
0.671 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.959 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.373 (1.00) |
del 1p13 2 | 37 (35%) | 68 |
0.69 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.522 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.637 (1.00) |
1 (1.00) |
del 1q44 | 14 (13%) | 91 |
0.913 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.0187 (1.00) |
0.722 (1.00) |
1 (1.00) |
0.32 (1.00) |
1 (1.00) |
del 2q22 1 | 34 (32%) | 71 |
0.689 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.434 (1.00) |
0.826 (1.00) |
del 2q33 3 | 20 (19%) | 85 |
0.7 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.161 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.787 (1.00) |
1 (1.00) |
0.993 (1.00) |
1 (1.00) |
del 3p25 3 | 60 (57%) | 45 |
0.368 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.703 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.0886 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.0352 (1.00) |
del 3p14 3 | 71 (68%) | 34 |
0.829 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.000809 (0.544) |
del 3p14 2 | 70 (67%) | 35 |
0.466 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.795 (1.00) |
0.00364 (1.00) |
del 3q11 1 | 14 (13%) | 91 |
0.65 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.534 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.232 (1.00) |
del 3q26 31 | 8 (8%) | 97 |
0.125 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.0649 (1.00) |
0.313 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0931 (1.00) |
0.256 (1.00) |
del 4p15 2 | 58 (55%) | 47 |
0.0692 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.775 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.035 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.146 (1.00) |
del 4q21 23 | 55 (52%) | 50 |
0.18 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.916 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.535 (1.00) |
del 4q22 1 | 58 (55%) | 47 |
0.11 (1.00) |
0.0757 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.882 (1.00) |
1 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.535 (1.00) |
del 4q31 3 | 56 (53%) | 49 |
0.202 (1.00) |
0.0694 (1.00) |
0.0372 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.217 (1.00) |
1 (1.00) |
0.781 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.835 (1.00) |
del 5q11 2 | 60 (57%) | 45 |
0.294 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.57 (1.00) |
1 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.291 (1.00) |
del 5q15 | 60 (57%) | 45 |
0.106 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.527 (1.00) |
del 6p25 3 | 37 (35%) | 68 |
0.351 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.0546 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.887 (1.00) |
0.51 (1.00) |
del 6q16 3 | 29 (28%) | 76 |
0.18 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.992 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.796 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.162 (1.00) |
del 6q26 | 29 (28%) | 76 |
0.238 (1.00) |
0.824 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.827 (1.00) |
0.756 (1.00) |
0.892 (1.00) |
0.0616 (1.00) |
del 7q31 1 | 31 (30%) | 74 |
0.958 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.0369 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.818 (1.00) |
del 7q36 2 | 37 (35%) | 68 |
0.869 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.846 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.786 (1.00) |
0.826 (1.00) |
del 8p23 2 | 45 (43%) | 60 |
0.369 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.537 (1.00) |
0.0515 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.0216 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.529 (1.00) |
del 9p21 3 | 80 (76%) | 25 |
0.689 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.0489 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.46 (1.00) |
0.0444 (1.00) |
0.0439 (1.00) |
0.00127 (0.855) |
del 10p15 1 | 26 (25%) | 79 |
0.0304 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.837 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.342 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.816 (1.00) |
1 (1.00) |
del 10p11 21 | 21 (20%) | 84 |
0.0606 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.522 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.218 (1.00) |
0.0664 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.0722 (1.00) |
del 10q22 3 | 32 (30%) | 73 |
0.489 (1.00) |
0.994 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.0632 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.0703 (1.00) |
del 10q23 31 | 40 (38%) | 65 |
0.595 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.984 (1.00) |
0.277 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.131 (1.00) |
del 11p15 4 | 44 (42%) | 61 |
0.467 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.0119 (1.00) |
del 11q24 3 | 43 (41%) | 62 |
0.537 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.638 (1.00) |
1 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.0946 (1.00) |
del 12q21 2 | 24 (23%) | 81 |
0.177 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.0349 (1.00) |
0.665 (1.00) |
1 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.0401 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.0226 (1.00) |
del 13q12 11 | 44 (42%) | 61 |
0.953 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.926 (1.00) |
0.0119 (1.00) |
del 13q14 2 | 47 (45%) | 58 |
0.569 (1.00) |
0.0212 (1.00) |
0.979 (1.00) |
0.857 (1.00) |
0.355 (1.00) |
0.00661 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.487 (1.00) |
0.00163 (1.00) |
del 13q21 2 | 41 (39%) | 64 |
0.758 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.989 (1.00) |
0.961 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.0191 (1.00) |
del 14q31 1 | 36 (34%) | 69 |
0.46 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.268 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.373 (1.00) |
del 15q11 2 | 33 (31%) | 72 |
0.772 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.956 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.66 (1.00) |
del 16q23 1 | 47 (45%) | 58 |
0.486 (1.00) |
0.862 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.255 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.63 (1.00) |
1 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.208 (1.00) |
del 17p11 2 | 46 (44%) | 59 |
0.776 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.29 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.787 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.0928 (1.00) |
del 17q25 3 | 25 (24%) | 80 |
0.525 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.333 (1.00) |
del 18q12 2 | 56 (53%) | 49 |
0.325 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.987 (1.00) |
0.516 (1.00) |
0.45 (1.00) |
1 (1.00) |
0.781 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.682 (1.00) |
del 18q21 2 | 61 (58%) | 44 |
0.412 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.993 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.507 (1.00) |
0.876 (1.00) |
1 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.404 (1.00) |
del 19p13 3 | 46 (44%) | 59 |
0.18 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.834 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.0942 (1.00) |
0.207 (1.00) |
del 19q13 31 | 28 (27%) | 77 |
0.438 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.6 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.0567 (1.00) |
0.67 (1.00) |
1 (1.00) |
0.135 (1.00) |
0.00102 (0.687) |
del 20p12 1 | 21 (20%) | 84 |
0.0479 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.313 (1.00) |
1 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.606 (1.00) |
del 21q11 2 | 63 (60%) | 42 |
0.89 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.604 (1.00) |
1 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.0668 (1.00) |
0.525 (1.00) |
del 21q22 12 | 61 (58%) | 44 |
0.72 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.697 (1.00) |
1 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.0174 (1.00) |
0.0946 (1.00) |
del 22q11 1 | 42 (40%) | 63 |
0.297 (1.00) |
0.666 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.0546 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.523 (1.00) |
del xp21 1 | 41 (39%) | 64 |
0.571 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.0326 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.864 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.085 (1.00) |
del xp11 3 | 43 (41%) | 62 |
0.899 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.0654 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.911 (1.00) |
0.00272 (1.00) |
del xq21 33 | 23 (22%) | 82 |
0.436 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.0912 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.265 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.2 (1.00) |
P value = 0.000247 (Fisher's exact test), Q value = 0.17
nPatients | ASIAN | WHITE |
---|---|---|
ALL | 35 | 66 |
AMP PEAK 4(3Q26.2) MUTATED | 32 | 37 |
AMP PEAK 4(3Q26.2) WILD-TYPE | 3 | 29 |
-
Copy number data file = transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = ESCA-TP.merged_data.txt
-
Number of patients = 105
-
Number of significantly focal cnvs = 75
-
Number of selected clinical features = 9
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.