Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p34.2 26 (21%) 100 0.50457 1 0.32485 1 0.8106 1 0.50916 1 0.3845 1 0.15941 1 0.26516 1 0.20536 1 amp_1q21.3 65 (52%) 61 0.00069999 0.386 0.03214 1 1 1 0.75361 1 0.10184 1 0.10883 1 0.01461 1 0.22262 1 amp_2q14.2 41 (33%) 85 0.58324 1 0.36797 1 0.61283 1 0.90712 1 0.5376 1 0.50739 1 0.49913 1 0.66881 1 amp_3q26.2 90 (71%) 36 9.9999e-06 0.006 9.9999e-06 0.006 0.00422 1 0.00024 0.135 9.9999e-06 0.006 9.9999e-06 0.006 9.9999e-06 0.006 9.9999e-06 0.006 amp_5p15.33 73 (58%) 53 0.00054999 0.306 0.074829 1 0.051689 1 0.070509 1 0.0071399 1 0.01454 1 0.00343 1 0.0059299 1 amp_6p21.1 43 (34%) 83 0.01047 1 0.31641 1 0.28772 1 0.73086 1 0.03152 1 0.0227 1 0.01226 1 0.02959 1 amp_6q23.3 27 (21%) 99 0.0342 1 0.17781 1 0.0079599 1 0.03158 1 0.15444 1 0.18776 1 0.11128 1 0.095669 1 amp_7p22.3 85 (67%) 41 0.089769 1 0.36758 1 0.00101 0.552 0.01857 1 0.00182 0.976 0.68536 1 0.01567 1 0.27221 1 amp_7p11.2 83 (66%) 43 0.14778 1 0.30853 1 0.04161 1 0.22742 1 0.01949 1 0.58005 1 0.02472 1 0.32502 1 amp_7q21.2 79 (63%) 47 0.078739 1 0.082469 1 0.98193 1 1 1 0.18812 1 0.68822 1 0.090139 1 0.38605 1 amp_8p11.23 49 (39%) 77 0.0088499 1 0.23153 1 0.28671 1 0.23481 1 0.52005 1 0.17502 1 0.24465 1 0.01465 1 amp_8p11.21 58 (46%) 68 0.00188 1 0.50715 1 0.25154 1 0.086459 1 0.58232 1 0.76724 1 0.48475 1 0.18871 1 amp_8q24.21 99 (79%) 27 0.00092999 0.511 0.02444 1 0.17299 1 0.23194 1 0.00355 1 0.01349 1 0.03427 1 0.0014 0.757 amp_9p13.3 27 (21%) 99 0.55571 1 0.1136 1 0.32756 1 0.26186 1 0.71402 1 0.16878 1 0.82488 1 0.88601 1 amp_10p11.21 34 (27%) 92 0.58122 1 0.01711 1 0.94033 1 0.84855 1 0.43442 1 0.82338 1 0.51609 1 0.57586 1 amp_11p13 37 (29%) 89 0.93869 1 0.93487 1 0.24464 1 0.27041 1 0.53828 1 0.60385 1 0.76105 1 0.78574 1 amp_11q13.3 75 (60%) 51 5e-05 0.0288 0.01827 1 0.17739 1 0.12367 1 0.00334 1 0.01337 1 0.03171 1 0.01051 1 amp_12p13.33 53 (42%) 73 3e-05 0.0174 0.017 1 0.0374 1 0.04413 1 0.053389 1 0.0305 1 0.054579 1 0.0368 1 amp_12p12.1 59 (47%) 67 0.00056999 0.316 0.18959 1 0.35768 1 0.11939 1 0.14 1 0.083759 1 0.13652 1 0.074629 1 amp_13q22.1 41 (33%) 85 0.12166 1 0.17323 1 0.30607 1 0.071219 1 0.00445 1 0.072649 1 0.0079699 1 0.0202 1 amp_15q26.3 42 (33%) 84 0.12705 1 0.01286 1 0.30731 1 0.24897 1 0.0050199 1 0.0269 1 0.0059999 1 0.00222 1 amp_17q12 46 (37%) 80 0.00413 1 0.26773 1 0.35559 1 0.27795 1 0.03198 1 0.35197 1 0.11659 1 0.12522 1 amp_18p11.32 45 (36%) 81 0.0084399 1 0.3106 1 0.81763 1 0.81201 1 0.11733 1 0.67529 1 0.45365 1 0.52034 1 amp_18q11.2 33 (26%) 93 0.062809 1 0.01305 1 0.36213 1 0.03326 1 0.0058299 1 0.00334 1 0.04131 1 0.00205 1 amp_19p13.2 22 (17%) 104 0.059639 1 0.21513 1 0.22072 1 0.41351 1 0.17384 1 0.46201 1 0.058889 1 0.60052 1 amp_19q12 32 (25%) 94 0.0084899 1 0.19022 1 0.43174 1 0.33627 1 0.04186 1 0.088749 1 0.073919 1 0.04278 1 del_1p36.13 43 (34%) 83 0.059769 1 0.0356 1 0.10791 1 0.051159 1 0.082239 1 0.087469 1 0.01014 1 0.2502 1 del_1p13.2 44 (35%) 82 0.0077099 1 0.39118 1 0.25927 1 0.35718 1 0.95939 1 0.11538 1 0.7017 1 0.83796 1 del_1q44 15 (12%) 111 0.73368 1 0.67392 1 0.26156 1 0.29792 1 0.82684 1 0.66237 1 0.4607 1 0.34185 1 del_2q22.1 46 (37%) 80 0.01043 1 0.00021 0.118 0.39549 1 0.30028 1 0.00071999 0.397 0.0015 0.81 0.00012 0.0682 0.00133 0.722 del_2q33.3 25 (20%) 101 0.84565 1 0.10888 1 0.26474 1 0.35814 1 0.099629 1 0.055969 1 0.17722 1 0.055079 1 del_3p25.3 77 (61%) 49 2e-05 0.0117 9.9999e-06 0.006 0.068369 1 0.01506 1 2e-05 0.0117 0.00012 0.0682 3e-05 0.0174 3e-05 0.0174 del_3p14.3 89 (71%) 37 9.9999e-06 0.006 5e-05 0.0288 0.01942 1 0.00367 1 9.9999e-06 0.006 2e-05 0.0117 2e-05 0.0117 2e-05 0.0117 del_3p14.2 89 (71%) 37 9.9999e-06 0.006 0.0011 0.601 0.30779 1 0.11487 1 7.9999e-05 0.0457 5.9999e-05 0.0344 0.00011 0.0626 9.9999e-05 0.057 del_3q11.1 18 (14%) 108 0.95009 1 1 1 0.46151 1 0.13759 1 0.9232 1 0.90819 1 0.59527 1 0.9235 1 del_3q26.31 11 (9%) 115 0.068309 1 0.01889 1 0.067639 1 0.096589 1 0.01479 1 0.01224 1 0.0069199 1 0.00165 0.889 del_4p15.2 68 (54%) 58 0.01355 1 0.22569 1 0.17619 1 0.37504 1 0.0078399 1 0.59419 1 0.00435 1 0.090619 1 del_4q21.23 60 (48%) 66 0.00379 1 0.18022 1 0.051929 1 0.52109 1 0.079999 1 0.50869 1 0.01733 1 0.062689 1 del_4q22.1 67 (53%) 59 0.00353 1 0.5194 1 0.03248 1 0.48426 1 0.058489 1 0.6367 1 0.0395 1 0.17426 1 del_4q31.3 65 (52%) 61 0.01442 1 0.04951 1 0.18845 1 0.59188 1 0.01322 1 0.19379 1 0.0117 1 0.050339 1 del_5q11.2 72 (57%) 54 0.063319 1 0.0051799 1 0.71568 1 0.65463 1 0.0090499 1 0.04221 1 0.22238 1 0.13919 1 del_5q15 72 (57%) 54 0.076359 1 0.051289 1 0.91529 1 1 1 0.0055199 1 0.076589 1 0.24885 1 0.21026 1 del_6p25.3 45 (36%) 81 0.058179 1 0.17152 1 0.6746 1 0.58592 1 0.1979 1 0.0088599 1 0.27789 1 0.13471 1 del_6q16.3 40 (32%) 86 0.20776 1 0.63543 1 0.37237 1 0.40472 1 0.22715 1 0.41188 1 0.45487 1 0.69824 1 del_6q26 36 (29%) 90 0.11174 1 0.48169 1 0.070779 1 0.14459 1 0.098149 1 0.26263 1 0.20336 1 0.43347 1 del_7q31.1 34 (27%) 92 0.56229 1 0.10761 1 0.31946 1 0.84707 1 0.43698 1 0.56197 1 0.26889 1 0.40436 1 del_7q36.2 41 (33%) 85 0.63399 1 0.33151 1 0.14617 1 1 1 0.28761 1 0.47335 1 0.1929 1 0.95621 1 del_8p23.2 57 (45%) 69 2e-04 0.113 0.10045 1 0.04272 1 0.26474 1 0.0098699 1 0.23534 1 0.12228 1 0.12219 1 del_9p21.3 98 (78%) 28 0.00039 0.218 0.32201 1 0.04534 1 0.02088 1 0.02455 1 0.072719 1 0.098339 1 0.03525 1 del_10p15.1 35 (28%) 91 0.094019 1 0.39617 1 0.53569 1 0.22895 1 0.31198 1 0.055539 1 0.1639 1 0.1667 1 del_10p11.21 32 (25%) 94 0.00039 0.218 0.00061999 0.343 0.10968 1 0.01478 1 0.00012 0.0682 0.00179 0.961 5.9999e-05 0.0344 0.00098999 0.543 del_10q22.3 39 (31%) 87 0.02406 1 0.01675 1 0.20829 1 0.12435 1 0.060309 1 0.02532 1 0.073079 1 0.073399 1 del_10q23.31 47 (37%) 79 0.1742 1 0.11753 1 0.53895 1 0.50886 1 0.47746 1 0.2479 1 0.36191 1 0.62604 1 del_11p15.4 54 (43%) 72 0.12093 1 0.27844 1 0.064479 1 0.04586 1 0.88732 1 0.235 1 0.71726 1 0.43737 1 del_11q24.3 56 (44%) 70 0.00022 0.124 0.15 1 0.67321 1 0.3956 1 0.067559 1 0.12326 1 0.16329 1 0.10013 1 del_12q21.2 29 (23%) 97 0.74293 1 0.19108 1 0.20752 1 0.16392 1 0.22478 1 0.17955 1 0.32972 1 0.22727 1 del_13q12.11 56 (44%) 70 0.0050899 1 0.02287 1 0.0227 1 0.061669 1 0.0050699 1 0.01291 1 0.01785 1 0.0095499 1 del_13q14.2 59 (47%) 67 0.01063 1 0.0052499 1 0.02625 1 0.0432 1 0.0098199 1 0.03062 1 0.02876 1 0.02752 1 del_13q21.2 51 (40%) 75 0.04216 1 0.11122 1 0.33973 1 0.45807 1 0.072709 1 0.14905 1 0.20118 1 0.1232 1 del_14q31.1 44 (35%) 82 0.00363 1 0.00325 1 0.02082 1 0.01466 1 0.01405 1 0.00405 1 0.00487 1 0.0063099 1 del_15q11.2 41 (33%) 85 0.41386 1 0.30452 1 0.8006 1 0.89923 1 0.51427 1 0.32372 1 0.31699 1 0.17363 1 del_16q23.1 53 (42%) 73 9.9999e-06 0.006 9.9999e-06 0.006 0.00125 0.681 0.0061999 1 9.9999e-06 0.006 9.9999e-06 0.006 9.9999e-06 0.006 9.9999e-06 0.006 del_17p11.2 57 (45%) 69 0.087099 1 0.00471 1 0.01525 1 0.03839 1 6.9999e-05 0.04 0.00287 1 0.00131 0.713 0.00062999 0.348 del_17q25.3 28 (22%) 98 0.79638 1 0.61242 1 0.16561 1 1 1 0.21456 1 0.77505 1 0.23198 1 0.79608 1 del_18q12.2 71 (56%) 55 0.50656 1 0.074759 1 0.11374 1 0.15107 1 0.13786 1 0.10531 1 0.074599 1 0.14588 1 del_18q21.2 77 (61%) 49 0.67721 1 0.0241 1 0.29626 1 0.36 1 0.062009 1 0.19722 1 0.058259 1 0.15243 1 del_19p13.3 56 (44%) 70 0.01327 1 0.59784 1 0.74656 1 0.74479 1 0.072539 1 0.095509 1 0.071579 1 0.25349 1 del_19q13.31 36 (29%) 90 0.053069 1 0.060189 1 0.33262 1 0.12174 1 0.10106 1 0.074049 1 0.11986 1 0.053329 1 del_20p12.1 23 (18%) 103 0.39315 1 0.62877 1 0.58041 1 0.16232 1 0.29271 1 0.073809 1 0.47066 1 0.13482 1 del_21q11.2 75 (60%) 51 0.27965 1 0.095299 1 0.31576 1 0.2471 1 0.04749 1 0.1602 1 0.10145 1 0.082729 1 del_21q22.12 73 (58%) 53 0.42794 1 0.01735 1 0.01586 1 0.0052599 1 0.02021 1 0.1507 1 0.0093299 1 0.02327 1 del_22q11.1 50 (40%) 76 0.0084599 1 0.00015 0.0847 0.01489 1 0.088399 1 0.00083999 0.462 0.02104 1 0.00026 0.146 0.00029 0.162 del_xp21.1 50 (40%) 76 0.01317 1 0.055699 1 0.04806 1 0.38244 1 0.083889 1 0.069199 1 0.03871 1 0.055319 1 del_xp11.3 52 (41%) 74 0.0248 1 0.11617 1 0.058779 1 0.090369 1 0.00136 0.737 0.00177 0.952 0.0034 1 0.00239 1 del_xq21.33 26 (21%) 100 0.67063 1 0.27329 1 0.53423 1 0.12491 1 0.12639 1 0.10348 1 0.26436 1 0.20721 1