This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.
Testing the association between copy number variation 80 arm-level events and 13 clinical features across 417 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.
-
18p gain cnv correlated to 'GENDER'.
-
9p loss cnv correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.
Clinical Features |
Time to Death |
AGE |
NEOPLASM DISEASESTAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
GENDER |
HISTOLOGICAL TYPE |
RADIATIONS RADIATION REGIMENINDICATION |
NUMBERPACKYEARSSMOKED |
NUMBER OF LYMPH NODES |
RACE | ETHNICITY | ||
nCNV (%) | nWild-Type | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
18p gain | 95 (23%) | 322 |
0.492 (1.00) |
0.0407 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.000106 (0.11) |
0.494 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.342 (1.00) |
0.638 (1.00) |
1 (1.00) |
9p loss | 142 (34%) | 275 |
0.00706 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.98 (1.00) |
0.518 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.793 (1.00) |
1.09e-05 (0.0114) |
0.946 (1.00) |
0.752 (1.00) |
1 (1.00) |
1p gain | 53 (13%) | 364 |
0.922 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.804 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.0164 (1.00) |
0.419 (1.00) |
0.0236 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.256 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.272 (1.00) |
1q gain | 95 (23%) | 322 |
0.575 (1.00) |
0.0615 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.334 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.0503 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.0243 (1.00) |
0.262 (1.00) |
2p gain | 73 (18%) | 344 |
0.1 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.955 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.514 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.089 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.742 (1.00) |
0.0032 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.535 (1.00) |
2q gain | 58 (14%) | 359 |
0.361 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.255 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.437 (1.00) |
1 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.0442 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.305 (1.00) |
3p gain | 68 (16%) | 349 |
0.311 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.987 (1.00) |
0.467 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.309 (1.00) |
1 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.872 (1.00) |
0.18 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
3q gain | 207 (50%) | 210 |
0.17 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.906 (1.00) |
0.0807 (1.00) |
0.864 (1.00) |
0.0529 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0608 (1.00) |
0.856 (1.00) |
0.00743 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.635 (1.00) |
4p gain | 34 (8%) | 383 |
0.168 (1.00) |
0.0218 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.829 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.494 (1.00) |
0.663 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.0331 (1.00) |
0.145 (1.00) |
4q gain | 29 (7%) | 388 |
0.968 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.014 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.0621 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.911 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.0903 (1.00) |
0.104 (1.00) |
5p gain | 160 (38%) | 257 |
0.955 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.853 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.0756 (1.00) |
0.514 (1.00) |
0.0291 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.332 (1.00) |
5q gain | 53 (13%) | 364 |
0.461 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.0807 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.0891 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.866 (1.00) |
0.0654 (1.00) |
6p gain | 63 (15%) | 354 |
0.843 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.765 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0372 (1.00) |
0.196 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.738 (1.00) |
6q gain | 48 (12%) | 369 |
0.287 (1.00) |
0.178 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.427 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0174 (1.00) |
0.0427 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.133 (1.00) |
7p gain | 152 (36%) | 265 |
0.961 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.749 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.0505 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.0771 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.808 (1.00) |
7q gain | 103 (25%) | 314 |
0.908 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.553 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.532 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.874 (1.00) |
0.215 (1.00) |
0.402 (1.00) |
8p gain | 116 (28%) | 301 |
0.823 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.967 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.829 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0714 (1.00) |
0.0192 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.417 (1.00) |
1 (1.00) |
8q gain | 245 (59%) | 172 |
0.728 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.221 (1.00) |
0.443 (1.00) |
1 (1.00) |
0.8 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.522 (1.00) |
0.626 (1.00) |
9p gain | 83 (20%) | 334 |
0.201 (1.00) |
0.314 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.0891 (1.00) |
1 (1.00) |
0.137 (1.00) |
1 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.00812 (1.00) |
0.866 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.769 (1.00) |
9q gain | 110 (26%) | 307 |
0.717 (1.00) |
0.135 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.237 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.271 (1.00) |
10p gain | 30 (7%) | 387 |
0.238 (1.00) |
0.893 (1.00) |
0.856 (1.00) |
0.916 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.16 (1.00) |
1 (1.00) |
0.382 (1.00) |
10q gain | 28 (7%) | 389 |
0.612 (1.00) |
0.701 (1.00) |
0.707 (1.00) |
0.964 (1.00) |
0.797 (1.00) |
1 (1.00) |
0.83 (1.00) |
1 (1.00) |
0.452 (1.00) |
0.989 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.365 (1.00) |
11p gain | 56 (13%) | 361 |
0.805 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.774 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.0654 (1.00) |
0.874 (1.00) |
1 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.0937 (1.00) |
1 (1.00) |
11q gain | 58 (14%) | 359 |
0.689 (1.00) |
0.828 (1.00) |
0.423 (1.00) |
0.769 (1.00) |
0.417 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.35 (1.00) |
1 (1.00) |
0.589 (1.00) |
0.0515 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.488 (1.00) |
12p gain | 118 (28%) | 299 |
0.412 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.942 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.0925 (1.00) |
0.872 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.606 (1.00) |
12q gain | 70 (17%) | 347 |
0.435 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.426 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.391 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.885 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.0298 (1.00) |
0.0906 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.524 (1.00) |
13q gain | 49 (12%) | 368 |
0.565 (1.00) |
0.0795 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.943 (1.00) |
1 (1.00) |
0.867 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0801 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.796 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.457 (1.00) |
14q gain | 123 (29%) | 294 |
0.284 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.858 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.995 (1.00) |
0.701 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.974 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.792 (1.00) |
15q gain | 64 (15%) | 353 |
0.734 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.0477 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.862 (1.00) |
0.782 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.495 (1.00) |
16p gain | 84 (20%) | 333 |
0.0999 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.992 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.461 (1.00) |
0.893 (1.00) |
0.687 (1.00) |
0.756 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.087 (1.00) |
0.0743 (1.00) |
0.762 (1.00) |
16q gain | 87 (21%) | 330 |
0.0841 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.663 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.232 (1.00) |
1 (1.00) |
0.878 (1.00) |
0.927 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.769 (1.00) |
17p gain | 53 (13%) | 364 |
0.512 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.598 (1.00) |
1 (1.00) |
0.518 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.921 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.0654 (1.00) |
17q gain | 69 (17%) | 348 |
0.686 (1.00) |
0.653 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.82 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.718 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.0966 (1.00) |
18q gain | 37 (9%) | 380 |
0.604 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.826 (1.00) |
1 (1.00) |
0.000449 (0.466) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.672 (1.00) |
19p gain | 40 (10%) | 377 |
0.0844 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.0913 (1.00) |
0.464 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.0788 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.699 (1.00) |
19q gain | 58 (14%) | 359 |
0.148 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.993 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.946 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.653 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.145 (1.00) |
1 (1.00) |
20p gain | 154 (37%) | 263 |
0.0648 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.823 (1.00) |
1 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.13 (1.00) |
20q gain | 162 (39%) | 255 |
0.55 (1.00) |
0.993 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.979 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.327 (1.00) |
21q gain | 27 (6%) | 390 |
0.709 (1.00) |
0.774 (1.00) |
0.046 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.046 (1.00) |
0.00325 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.38 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.104 (1.00) |
22q gain | 90 (22%) | 327 |
0.798 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.0919 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.0145 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.142 (1.00) |
xq gain | 70 (17%) | 347 |
0.685 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.0531 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.796 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.00676 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.026 (1.00) |
0.22 (1.00) |
1 (1.00) |
1p loss | 45 (11%) | 372 |
0.782 (1.00) |
0.064 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.498 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.00199 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.479 (1.00) |
1 (1.00) |
1q loss | 31 (7%) | 386 |
0.489 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.858 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.82 (1.00) |
0.756 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.0587 (1.00) |
1 (1.00) |
2p loss | 27 (6%) | 390 |
0.953 (1.00) |
0.459 (1.00) |
0.535 (1.00) |
0.923 (1.00) |
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1 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.53 (1.00) |
0.549 (1.00) |
0.348 (1.00) |
2q loss | 34 (8%) | 383 |
0.989 (1.00) |
0.687 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.297 (1.00) |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
0.0409 (1.00) |
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3p loss | 240 (58%) | 177 |
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0.102 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.0863 (1.00) |
0.259 (1.00) |
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0.182 (1.00) |
0.0824 (1.00) |
0.226 (1.00) |
3q loss | 56 (13%) | 361 |
0.0527 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.0748 (1.00) |
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0.345 (1.00) |
1 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.0554 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.292 (1.00) |
1 (1.00) |
4p loss | 156 (37%) | 261 |
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0.334 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.693 (1.00) |
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0.8 (1.00) |
0.898 (1.00) |
0.0317 (1.00) |
0.518 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.139 (1.00) |
4q loss | 121 (29%) | 296 |
0.297 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.0835 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.0999 (1.00) |
0.178 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.184 (1.00) |
5p loss | 40 (10%) | 377 |
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0.254 (1.00) |
0.971 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.367 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0562 (1.00) |
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0.329 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.215 (1.00) |
5q loss | 133 (32%) | 284 |
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0.299 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.0657 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.852 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.773 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0152 (1.00) |
0.733 (1.00) |
0.0856 (1.00) |
0.801 (1.00) |
6p loss | 56 (13%) | 361 |
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0.493 (1.00) |
0.535 (1.00) |
0.666 (1.00) |
0.644 (1.00) |
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0.345 (1.00) |
1 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.0177 (1.00) |
0.0654 (1.00) |
6q loss | 57 (14%) | 360 |
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0.634 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.0862 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.716 (1.00) |
0.991 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.0782 (1.00) |
0.719 (1.00) |
7p loss | 21 (5%) | 396 |
0.894 (1.00) |
0.686 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.918 (1.00) |
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1 (1.00) |
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0.321 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.613 (1.00) |
7q loss | 37 (9%) | 380 |
0.324 (1.00) |
0.14 (1.00) |
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0.231 (1.00) |
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0.573 (1.00) |
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0.945 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.746 (1.00) |
1 (1.00) |
8p loss | 152 (36%) | 265 |
0.927 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.395 (1.00) |
1 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.129 (1.00) |
1 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.218 (1.00) |
8q loss | 25 (6%) | 392 |
0.906 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.973 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.738 (1.00) |
1 (1.00) |
0.37 (1.00) |
1 (1.00) |
0.597 (1.00) |
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0.638 (1.00) |
0.851 (1.00) |
0.296 (1.00) |
9q loss | 66 (16%) | 351 |
0.911 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.67 (1.00) |
0.36 (1.00) |
1 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.415 (1.00) |
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10p loss | 127 (30%) | 290 |
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0.567 (1.00) |
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0.443 (1.00) |
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0.604 (1.00) |
0.435 (1.00) |
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0.795 (1.00) |
10q loss | 85 (20%) | 332 |
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0.295 (1.00) |
0.537 (1.00) |
0.663 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.387 (1.00) |
11p loss | 109 (26%) | 308 |
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0.957 (1.00) |
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0.43 (1.00) |
0.542 (1.00) |
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0.776 (1.00) |
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0.0133 (1.00) |
0.218 (1.00) |
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11q loss | 134 (32%) | 283 |
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0.132 (1.00) |
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0.97 (1.00) |
0.118 (1.00) |
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1 (1.00) |
0.142 (1.00) |
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12p loss | 27 (6%) | 390 |
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0.103 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.577 (1.00) |
1 (1.00) |
0.381 (1.00) |
1 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.716 (1.00) |
0.884 (1.00) |
0.262 (1.00) |
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12q loss | 23 (6%) | 394 |
0.616 (1.00) |
0.539 (1.00) |
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0.0768 (1.00) |
0.963 (1.00) |
0.702 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.0965 (1.00) |
0.261 (1.00) |
13q loss | 130 (31%) | 287 |
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0.203 (1.00) |
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0.371 (1.00) |
0.595 (1.00) |
1 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.336 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.178 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.198 (1.00) |
1 (1.00) |
14q loss | 37 (9%) | 380 |
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0.694 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.177 (1.00) |
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1 (1.00) |
0.186 (1.00) |
1 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.535 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.411 (1.00) |
1 (1.00) |
15q loss | 76 (18%) | 341 |
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0.151 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.321 (1.00) |
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0.34 (1.00) |
1 (1.00) |
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0.995 (1.00) |
0.406 (1.00) |
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16p loss | 48 (12%) | 369 |
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0.00812 (1.00) |
0.759 (1.00) |
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0.453 (1.00) |
0.736 (1.00) |
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0.121 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.165 (1.00) |
1 (1.00) |
0.249 (1.00) |
16q loss | 60 (14%) | 357 |
0.411 (1.00) |
0.119 (1.00) |
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0.66 (1.00) |
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0.124 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.884 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.7 (1.00) |
1 (1.00) |
17p loss | 91 (22%) | 326 |
0.567 (1.00) |
0.285 (1.00) |
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0.793 (1.00) |
0.973 (1.00) |
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0.434 (1.00) |
1 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.467 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.0337 (1.00) |
17q loss | 30 (7%) | 387 |
0.128 (1.00) |
0.914 (1.00) |
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0.522 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.0913 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.41 (1.00) |
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0.987 (1.00) |
0.85 (1.00) |
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0.124 (1.00) |
18p loss | 85 (20%) | 332 |
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0.669 (1.00) |
0.97 (1.00) |
0.991 (1.00) |
0.426 (1.00) |
1 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.991 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.0144 (1.00) |
18q loss | 177 (42%) | 240 |
0.915 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.979 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.0348 (1.00) |
0.141 (1.00) |
19p loss | 80 (19%) | 337 |
0.251 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.678 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.365 (1.00) |
19q loss | 68 (16%) | 349 |
0.298 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.0444 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.309 (1.00) |
1 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.0897 (1.00) |
0.511 (1.00) |
20p loss | 42 (10%) | 375 |
0.71 (1.00) |
0.956 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.968 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.724 (1.00) |
1 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.492 (1.00) |
1 (1.00) |
20q loss | 25 (6%) | 392 |
0.651 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.76 (1.00) |
1 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.354 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0297 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.615 (1.00) |
21q loss | 159 (38%) | 258 |
0.523 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.0374 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.0159 (1.00) |
1 (1.00) |
22q loss | 64 (15%) | 353 |
0.789 (1.00) |
0.987 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.0839 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.0886 (1.00) |
0.32 (1.00) |
xq loss | 65 (16%) | 352 |
0.476 (1.00) |
0.0997 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.097 (1.00) |
0.608 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.359 (1.00) |
0.733 (1.00) |
0.0448 (1.00) |
0.069 (1.00) |
0.943 (1.00) |
1 (1.00) |
P value = 0.000106 (Fisher's exact test), Q value = 0.11
nPatients | FEMALE | MALE |
---|---|---|
ALL | 121 | 296 |
18P GAIN MUTATED | 13 | 82 |
18P GAIN WILD-TYPE | 108 | 214 |
P value = 1.09e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.011
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 233 | 46.8 (37.7) |
9P LOSS MUTATED | 85 | 55.7 (32.2) |
9P LOSS WILD-TYPE | 148 | 41.7 (39.8) |
-
Copy number data file = transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = HNSC-TP.merged_data.txt
-
Number of patients = 417
-
Number of significantly arm-level cnvs = 80
-
Number of selected clinical features = 13
-
Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.