Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features
Head and Neck Squamous Cell Carcinoma (Primary solid tumor)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
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doi:10.7908/C1GB22SR
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1GB22SR
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 73 focal events and 13 clinical features across 417 patients, 3 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • amp_18p11.31 cnv correlated to 'GENDER'.

  • del_9p23 cnv correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.

  • del_11q23.1 cnv correlated to 'GENDER'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 73 focal events and 13 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 3 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test
amp 18p11 31 122 (29%) 295 0.9
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.00022
(0.208) 		1
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.0192
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.273
(1.00) 		1
(1.00)
del 9p23 186 (45%) 231 0.265
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.802
(1.00) 		7.64e-05
(0.0725) 		0.227
(1.00) 		0.146
(1.00) 		1
(1.00)
del 11q23 1 195 (47%) 222 0.26
(1.00) 		0.0611
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.0165
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.000149
(0.142) 		0.548
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.00133
(1.00) 		0.0543
(1.00) 		0.233
(1.00)
amp 2q11 2 86 (21%) 331 0.661
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.0615
(1.00) 		0.00179
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.0395
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.387
(1.00)
amp 2q31 2 90 (22%) 327 0.676
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.0429
(1.00) 		0.297
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0184
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.0337
(1.00)
amp 3q26 33 306 (73%) 111 0.358
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.0705
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.00497
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.0157
(1.00) 		0.59
(1.00) 		1
(1.00)
amp 5p15 33 190 (46%) 227 0.436
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.0856
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.0517
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.811
(1.00)
amp 5p12 165 (40%) 252 0.624
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.807
(1.00)
amp 6p12 1 81 (19%) 336 0.693
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.82
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.168
(1.00) 		1
(1.00)
amp 6q12 75 (18%) 342 0.629
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.535
(1.00)
amp 7p11 2 177 (42%) 240 0.308
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.0728
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.0203
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.293
(1.00) 		1
(1.00)
amp 7q21 3 141 (34%) 276 0.262
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.0839
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.0463
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.0207
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.00103
(0.968) 		0.445
(1.00)
amp 8p11 23 125 (30%) 292 0.292
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.0796
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.0357
(1.00) 		1
(1.00)
amp 8q11 21 244 (59%) 173 0.181
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.096
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.328
(1.00)
amp 8q24 21 305 (73%) 112 0.96
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.00666
(1.00) 		0.553
(1.00) 		1
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.00225
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.174
(1.00)
amp 9p24 1 103 (25%) 314 0.113
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.00382
(1.00) 		1
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.0113
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.0894
(1.00)
amp 9p23 103 (25%) 314 0.154
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.0248
(1.00) 		1
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.00514
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.171
(1.00)
amp 9p13 3 113 (27%) 304 0.24
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.105
(1.00)
amp 9q34 3 139 (33%) 278 0.405
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.0196
(1.00) 		0.231
(1.00) 		1
(1.00) 		0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.322
(1.00)
amp 11p13 87 (21%) 330 0.698
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.597
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0119
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.0661
(1.00)
amp 11q13 3 190 (46%) 227 0.334
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.0363
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.0331
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.0226
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.81
(1.00)
amp 12p13 33 131 (31%) 286 0.193
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.774
(1.00) 		1
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.8
(1.00)
amp 12q15 81 (19%) 336 0.541
(1.00) 		0.0645
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.069
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.544
(1.00)
amp 13q22 1 90 (22%) 327 0.65
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.236
(1.00)
amp 13q34 84 (20%) 333 0.552
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.381
(1.00)
amp 15q26 3 89 (21%) 328 0.52
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.774
(1.00)
amp 17q12 68 (16%) 349 0.253
(1.00) 		0.0536
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.716
(1.00) 		1
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.0754
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.0946
(1.00)
amp 18q11 2 82 (20%) 335 0.956
(1.00) 		0.0693
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.0412
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.0981
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00)
amp 20p12 2 156 (37%) 261 0.17
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.738
(1.00) 		1
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.13
(1.00)
amp 20q11 22 183 (44%) 234 0.0833
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.334
(1.00)
amp xq28 117 (28%) 300 0.47
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.0691
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0702
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.0247
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.425
(1.00)
del 1p36 21 78 (19%) 339 0.138
(1.00) 		0.0655
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.0251
(1.00) 		0.000379
(0.358) 		0.624
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.757
(1.00)
del 1p13 2 102 (24%) 315 0.575
(1.00) 		0.0326
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.00665
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.167
(1.00)
del 1q44 38 (9%) 379 0.445
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.71
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.685
(1.00)
del 2q21 2 58 (14%) 359 0.952
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00274
(1.00) 		1
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.0993
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.298
(1.00)
del 2q22 1 88 (21%) 329 0.621
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.555
(1.00)
del 2q36 2 126 (30%) 291 0.768
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.0679
(1.00) 		0.00661
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.0142
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.0195
(1.00) 		0.0325
(1.00)
del 3p24 1 301 (72%) 116 0.0122
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.015
(1.00) 		0.0726
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.00799
(1.00) 		0.00785
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.00105
(0.986) 		0.00632
(1.00) 		0.0424
(1.00) 		0.789
(1.00)
del 3p12 1 281 (67%) 136 0.00107
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.0211
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.00121
(1.00) 		0.0769
(1.00) 		0.0923
(1.00) 		0.198
(1.00)
del 4p15 2 171 (41%) 246 0.397
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.0628
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.00594
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.473
(1.00)
del 4q22 1 134 (32%) 283 0.918
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.0309
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.122
(1.00)
del 4q35 2 171 (41%) 246 0.499
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.0517
(1.00) 		0.0483
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.0791
(1.00) 		0.407
(1.00) 		1
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.471
(1.00)
del 5q11 2 171 (41%) 246 0.27
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.0193
(1.00) 		0.0818
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.0375
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.000589
(0.556) 		0.137
(1.00) 		0.0129
(1.00) 		0.0877
(1.00)
del 5q15 181 (43%) 236 0.668
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.0208
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.000926
(0.872) 		0.58
(1.00) 		0.0798
(1.00) 		0.145
(1.00)
del 5q35 3 160 (38%) 257 0.722
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.068
(1.00) 		0.115
(1.00) 		1
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.00513
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.327
(1.00)
del 6p25 3 78 (19%) 339 0.777
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.0833
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.216
(1.00) 		1
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.0204
(1.00) 		1
(1.00)
del 7q31 1 65 (16%) 352 0.779
(1.00) 		0.0595
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.137
(1.00) 		1
(1.00) 		0.882
(1.00) 		1
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.0349
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.506
(1.00) 		1
(1.00)
del 7q36 1 105 (25%) 312 0.449
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.135
(1.00) 		1
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.788
(1.00) 		1
(1.00)
del 8p23 2 241 (58%) 176 0.458
(1.00) 		0.018
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.0395
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.0619
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.00609
(1.00)
del 9p21 3 236 (57%) 181 0.00146
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.0901
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.000746
(0.704) 		0.32
(1.00) 		0.416
(1.00) 		1
(1.00)
del 9q21 11 76 (18%) 341 0.0801
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.449
(1.00) 		1
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.0417
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.751
(1.00)
del 9q34 3 62 (15%) 355 0.186
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.66
(1.00) 		1
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.305
(1.00)
del 10p15 3 135 (32%) 282 0.0216
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.0997
(1.00) 		0.0477
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.0178
(1.00) 		0.174
(1.00) 		1
(1.00)
del 10p11 21 126 (30%) 291 0.0454
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.52
(1.00) 		1
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.0575
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.0647
(1.00) 		0.189
(1.00)
del 10q23 31 100 (24%) 317 0.105
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.255
(1.00) 		1
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.0151
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.396
(1.00)
del 11p15 5 129 (31%) 288 0.287
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.0634
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.0386
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.0616
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.199
(1.00)
del 12q24 33 50 (12%) 367 0.205
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.193
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.457
(1.00)
del 13q12 11 180 (43%) 237 0.581
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0236
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.0817
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.0306
(1.00) 		0.0245
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.231
(1.00)
del 13q14 2 170 (41%) 247 0.351
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.806
(1.00)
del 14q11 2 52 (12%) 365 0.00218
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.0396
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.414
(1.00) 		1
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.00616
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.146
(1.00)
del 14q32 32 55 (13%) 362 0.977
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.0233
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.15
(1.00) 		1
(1.00) 		0.098
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.49
(1.00)
del 15q15 1 95 (23%) 322 0.932
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.0997
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.257
(1.00)
del 16q23 3 81 (19%) 336 0.44
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.767
(1.00)
del 17q25 3 58 (14%) 359 0.0904
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.0895
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.00549
(1.00)
del 18q21 2 218 (52%) 199 0.208
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.052
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.00147
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.00577
(1.00) 		0.00738
(1.00)
del 18q23 232 (56%) 185 0.504
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.0926
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.0193
(1.00) 		0.0526
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		0.0866
(1.00)
del 19p13 3 139 (33%) 278 0.463
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.315
(1.00)
del 19q13 43 81 (19%) 336 0.085
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.785
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.14
(1.00)
del 21q22 3 167 (40%) 250 0.667
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.0743
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.0218
(1.00) 		0.806
(1.00)
del 22q13 31 74 (18%) 343 0.345
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.0113
(1.00) 		0.75
(1.00)
del xp22 2 118 (28%) 299 0.000883
(0.832) 		0.488
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.00643
(1.00) 		0.0306
(1.00) 		1
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.072
(1.00) 		0.0361
(1.00) 		0.00029
(0.274) 		0.267
(1.00) 		0.791
(1.00)
del xp21 3 121 (29%) 296 0.00678
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.0328
(1.00) 		0.0236
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0551
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		0.00119
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.792
(1.00)
del xq21 33 61 (15%) 356 0.344
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.0121
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.313
(1.00)
'amp_18p11.31' versus 'GENDER'

P value = 0.00022 (Fisher's exact test), Q value = 0.21

Table S1.  Gene #25: 'amp_18p11.31' versus Clinical Feature #7: 'GENDER'

nPatients FEMALE MALE
ALL 121 296
AMP PEAK 25(18P11.31) MUTATED 20 102
AMP PEAK 25(18P11.31) WILD-TYPE 101 194

Figure S1.  Get High-res Image Gene #25: 'amp_18p11.31' versus Clinical Feature #7: 'GENDER'

'del_9p23' versus 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

P value = 7.64e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.072

Table S2.  Gene #48: 'del_9p23' versus Clinical Feature #10: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 233 46.8 (37.7)
DEL PEAK 19(9P23) MUTATED 111 52.8 (31.6)
DEL PEAK 19(9P23) WILD-TYPE 122 41.3 (41.9)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #48: 'del_9p23' versus Clinical Feature #10: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

'del_11q23.1' versus 'GENDER'

P value = 0.000149 (Fisher's exact test), Q value = 0.14

Table S3.  Gene #56: 'del_11q23.1' versus Clinical Feature #7: 'GENDER'

nPatients FEMALE MALE
ALL 121 296
DEL PEAK 27(11Q23.1) MUTATED 39 156
DEL PEAK 27(11Q23.1) WILD-TYPE 82 140

Figure S3.  Get High-res Image Gene #56: 'del_11q23.1' versus Clinical Feature #7: 'GENDER'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = HNSC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 417

  • Number of significantly focal cnvs = 73

  • Number of selected clinical features = 13

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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