Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Liver Hepatocellular Carcinoma (Primary solid tumor)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
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doi:10.7908/C1G73CGS
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1G73CGS
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 80 arm-level events and 11 clinical features across 160 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No arm-level cnvs related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 80 arm-level events and 11 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		COMPLETENESS
OF
RESECTION 		RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
1p gain 24 (15%) 136 0.584
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		1
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.0725
(1.00) 		1
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.00756
(1.00) 		1
(1.00)
1q gain 91 (57%) 69 0.0397
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.00154
(1.00) 		0.00326
(1.00) 		0.0923
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.135
(1.00) 		1
(1.00)
2p gain 24 (15%) 136 0.881
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.0528
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.0106
(1.00) 		1
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.419
(1.00)
2q gain 20 (12%) 140 0.843
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.0119
(1.00) 		1
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.676
(1.00) 		1
(1.00)
3p gain 15 (9%) 145 0.558
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.17
(1.00) 		1
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00)
3q gain 17 (11%) 143 0.168
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.291
(1.00) 		1
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.558
(1.00) 		1
(1.00)
4p gain 13 (8%) 147 0.0811
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.459
(1.00) 		1
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.239
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.312
(1.00) 		1
(1.00)
4q gain 4 (2%) 156 0.804
(1.00) 		0.311
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.631
(1.00) 		1
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.42
(1.00) 		1
(1.00)
5p gain 62 (39%) 98 0.467
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.0815
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.464
(1.00) 		1
(1.00)
5q gain 48 (30%) 112 0.525
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.837
(1.00) 		1
(1.00)
6p gain 44 (28%) 116 0.337
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.718
(1.00) 		1
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.56
(1.00) 		1
(1.00)
6q gain 24 (15%) 136 0.631
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.922
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0913
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.404
(1.00)
7p gain 50 (31%) 110 0.312
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.132
(1.00) 		1
(1.00)
7q gain 51 (32%) 109 0.687
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.354
(1.00) 		1
(1.00)
8p gain 35 (22%) 125 0.99
(1.00) 		0.049
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.514
(1.00)
8q gain 83 (52%) 77 0.882
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.0092
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.196
(1.00) 		1
(1.00)
9p gain 7 (4%) 153 0.697
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.229
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.324
(1.00) 		1
(1.00)
9q gain 7 (4%) 153 0.175
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00)
10p gain 23 (14%) 137 0.614
(1.00) 		0.0553
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00) 		0.251
(1.00) 		1
(1.00) 		0.467
(1.00) 		1
(1.00) 		0.627
(1.00) 		1
(1.00)
10q gain 13 (8%) 147 0.358
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.849
(1.00) 		1
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.557
(1.00) 		1
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.872
(1.00) 		1
(1.00)
11p gain 11 (7%) 149 0.977
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.608
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.538
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		0.28
(1.00) 		1
(1.00)
11q gain 11 (7%) 149 0.73
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.53
(1.00) 		1
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.538
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0574
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00)
12p gain 17 (11%) 143 0.806
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.641
(1.00) 		1
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.0207
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00)
12q gain 21 (13%) 139 0.545
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.0552
(1.00) 		0.0331
(1.00) 		0.646
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
13q gain 8 (5%) 152 0.106
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.474
(1.00) 		1
(1.00) 		0.698
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
14q gain 9 (6%) 151 0.764
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.14
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00547
(1.00) 		0.0673
(1.00) 		0.312
(1.00) 		1
(1.00)
15q gain 15 (9%) 145 0.0878
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.466
(1.00) 		1
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.327
(1.00) 		1
(1.00) 		0.909
(1.00) 		1
(1.00)
16p gain 15 (9%) 145 0.806
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.682
(1.00) 		1
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.0434
(1.00) 		1
(1.00) 		0.406
(1.00) 		1
(1.00)
16q gain 7 (4%) 153 0.811
(1.00) 		0.0305
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.693
(1.00) 		1
(1.00) 		0.713
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00935
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.475
(1.00) 		1
(1.00)
17p gain 14 (9%) 146 0.363
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.567
(1.00) 		1
(1.00) 		0.485
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.788
(1.00) 		1
(1.00)
17q gain 42 (26%) 118 0.292
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0717
(1.00) 		0.196
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0612
(1.00) 		0.00333
(1.00) 		1
(1.00)
18p gain 10 (6%) 150 0.311
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.0933
(1.00) 		0.134
(1.00) 		1
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.744
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0366
(1.00) 		0.247
(1.00) 		1
(1.00)
18q gain 9 (6%) 151 0.358
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.281
(1.00) 		1
(1.00) 		0.14
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0256
(1.00) 		0.38
(1.00) 		1
(1.00)
19p gain 32 (20%) 128 0.332
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.0778
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.501
(1.00)
19q gain 37 (23%) 123 0.307
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.714
(1.00) 		1
(1.00)
20p gain 48 (30%) 112 0.332
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.675
(1.00) 		1
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.557
(1.00)
20q gain 50 (31%) 110 0.393
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.555
(1.00) 		1
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.554
(1.00)
21q gain 14 (9%) 146 0.401
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.217
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
22q gain 19 (12%) 141 0.29
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.37
(1.00) 		1
(1.00)
xq gain 28 (18%) 132 0.904
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.882
(1.00) 		1
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.668
(1.00) 		1
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.447
(1.00)
1p loss 38 (24%) 122 0.714
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.0597
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.0988
(1.00) 		0.563
(1.00)
1q loss 13 (8%) 147 0.652
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.0189
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.32
(1.00) 		1
(1.00)
2p loss 14 (9%) 146 0.18
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.164
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.485
(1.00) 		1
(1.00)
2q loss 15 (9%) 145 0.422
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.228
(1.00)
3p loss 22 (14%) 138 0.0419
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.0494
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.00799
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.329
(1.00) 		1
(1.00)
3q loss 13 (8%) 147 0.0215
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.852
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
4p loss 35 (22%) 125 0.407
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.0567
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.0754
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.511
(1.00) 		1
(1.00)
4q loss 53 (33%) 107 0.342
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.0979
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.604
(1.00) 		1
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.0479
(1.00) 		1
(1.00)
5p loss 11 (7%) 149 0.365
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.73
(1.00) 		1
(1.00)
5q loss 15 (9%) 145 0.258
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.0445
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.58
(1.00) 		1
(1.00)
6p loss 17 (11%) 143 0.694
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.0103
(1.00) 		0.19
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.829
(1.00) 		1
(1.00)
6q loss 47 (29%) 113 0.998
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.0917
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.555
(1.00)
7p loss 8 (5%) 152 0.0674
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.501
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0533
(1.00) 		1
(1.00) 		0.75
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
7q loss 11 (7%) 149 0.193
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.335
(1.00) 		1
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.0205
(1.00) 		1
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.73
(1.00) 		1
(1.00)
8p loss 76 (48%) 84 0.266
(1.00) 		0.000603
(0.53) 		0.0297
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.0658
(1.00) 		0.441
(1.00) 		1
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.00036
(0.317) 		0.598
(1.00)
8q loss 16 (10%) 144 0.476
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.0754
(1.00) 		0.0211
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.0534
(1.00) 		0.346
(1.00) 		1
(1.00) 		0.484
(1.00) 		1
(1.00)
9p loss 48 (30%) 112 0.125
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.0521
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.0357
(1.00) 		0.212
(1.00) 		1
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.552
(1.00)
9q loss 50 (31%) 110 0.0575
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.031
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.0217
(1.00) 		0.0177
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.551
(1.00)
10p loss 20 (12%) 140 0.568
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.285
(1.00) 		1
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.0304
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.312
(1.00)
10q loss 34 (21%) 126 0.381
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.03
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.0953
(1.00) 		0.501
(1.00)
11p loss 27 (17%) 133 0.767
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.0528
(1.00) 		1
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.597
(1.00) 		1
(1.00)
11q loss 28 (18%) 132 0.876
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.0675
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.419
(1.00)
12p loss 27 (17%) 133 0.252
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.0754
(1.00) 		0.264
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0981
(1.00) 		0.403
(1.00) 		1
(1.00)
12q loss 16 (10%) 144 0.343
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.931
(1.00) 		1
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.415
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0876
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00)
13q loss 56 (35%) 104 0.462
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.00639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.371
(1.00) 		1
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.195
(1.00) 		1
(1.00)
14q loss 49 (31%) 111 0.697
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.0964
(1.00) 		1
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00)
15q loss 33 (21%) 127 0.984
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.0922
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.107
(1.00)
16p loss 46 (29%) 114 0.0261
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.0562
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.0392
(1.00) 		0.207
(1.00)
16q loss 57 (36%) 103 0.159
(1.00) 		0.0279
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.00125
(1.00) 		0.0461
(1.00)
17p loss 79 (49%) 81 0.0931
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.0509
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.245
(1.00)
17q loss 21 (13%) 139 0.981
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.0072
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.492
(1.00) 		1
(1.00)
18p loss 31 (19%) 129 0.871
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.0237
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.774
(1.00) 		1
(1.00)
18q loss 33 (21%) 127 0.785
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.0284
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.488
(1.00)
19p loss 17 (11%) 143 0.0328
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.291
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0387
(1.00) 		0.23
(1.00) 		1
(1.00)
19q loss 12 (8%) 148 0.118
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.537
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0834
(1.00) 		0.245
(1.00) 		1
(1.00)
20p loss 10 (6%) 150 0.372
(1.00) 		0.0701
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.669
(1.00) 		1
(1.00) 		0.277
(1.00) 		1
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.175
(1.00)
20q loss 6 (4%) 154 0.658
(1.00) 		0.201
(1.00) 		1
(1.00) 		0.913
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.0999
(1.00)
21q loss 44 (28%) 116 0.0431
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.0468
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.568
(1.00)
22q loss 36 (22%) 124 0.366
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.212
(1.00) 		1
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.0346
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.514
(1.00)
xq loss 22 (14%) 138 0.904
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.17
(1.00) 		1
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.328
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = LIHC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 160

  • Number of significantly arm-level cnvs = 80

  • Number of selected clinical features = 11

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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