Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Liver Hepatocellular Carcinoma (Primary solid tumor)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
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Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1Z60MT1
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 101 genes and 11 clinical features across 160 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • CTNNB1 mutation correlated to 'GENDER'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 101 genes and 11 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features
Time
to
Death
AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE
PATHOLOGY
T
STAGE
PATHOLOGY
N
STAGE
PATHOLOGY
M
STAGE
GENDER HISTOLOGICAL
TYPE
COMPLETENESS
OF
RESECTION
RACE ETHNICITY
nMutated (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
CTNNB1 48 (30%) 112 0.668
(1.00)
0.429
(1.00)
0.334
(1.00)
0.168
(1.00)
0.176
(1.00)
0.266
(1.00)
4.06e-05
(0.045)
1
(1.00)
0.264
(1.00)
0.476
(1.00)
1
(1.00)
TP53 45 (28%) 115 0.247
(1.00)
0.184
(1.00)
0.821
(1.00)
0.225
(1.00)
1
(1.00)
0.512
(1.00)
0.00361
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.00241
(1.00)
1
(1.00)
ARID1A 19 (12%) 141 0.0143
(1.00)
0.562
(1.00)
0.332
(1.00)
0.289
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.224
(1.00)
0.0961
(1.00)
1
(1.00)
RB1 14 (9%) 146 0.875
(1.00)
0.0894
(1.00)
0.326
(1.00)
0.089
(1.00)
1
(1.00)
0.799
(1.00)
0.153
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0135
(1.00)
0.333
(1.00)
AXIN1 8 (5%) 152 0.0473
(1.00)
0.997
(1.00)
0.184
(1.00)
0.444
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.711
(1.00)
1
(1.00)
0.241
(1.00)
0.792
(1.00)
1
(1.00)
KRTAP5-11 5 (3%) 155 0.0136
(1.00)
0.418
(1.00)
0.28
(1.00)
0.00074
(0.818)
1
(1.00)
0.158
(1.00)
0.65
(1.00)
1
(1.00)
0.0266
(1.00)
0.123
(1.00)
1
(1.00)
AHCTF1 12 (8%) 148 0.173
(1.00)
0.381
(1.00)
0.23
(1.00)
0.417
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.134
(1.00)
1
(1.00)
0.694
(1.00)
0.242
(1.00)
1
(1.00)
GPATCH4 10 (6%) 150 0.704
(1.00)
0.464
(1.00)
0.0802
(1.00)
0.956
(1.00)
1
(1.00)
0.214
(1.00)
0.0905
(1.00)
1
(1.00)
0.0467
(1.00)
0.432
(1.00)
1
(1.00)
CD207 8 (5%) 152 0.14
(1.00)
0.407
(1.00)
0.6
(1.00)
0.214
(1.00)
1
(1.00)
0.313
(1.00)
0.156
(1.00)
1
(1.00)
0.241
(1.00)
0.0791
(1.00)
1
(1.00)
EEF1A1 8 (5%) 152 0.284
(1.00)
0.0651
(1.00)
0.713
(1.00)
0.706
(1.00)
1
(1.00)
0.209
(1.00)
0.156
(1.00)
1
(1.00)
0.24
(1.00)
0.281
(1.00)
1
(1.00)
BAP1 11 (7%) 149 0.126
(1.00)
0.771
(1.00)
0.057
(1.00)
0.0132
(1.00)
0.215
(1.00)
0.109
(1.00)
0.000301
(0.334)
0.195
(1.00)
0.523
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
CHIT1 5 (3%) 155 0.957
(1.00)
0.191
(1.00)
0.665
(1.00)
0.457
(1.00)
1
(1.00)
0.371
(1.00)
0.65
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.503
(1.00)
1
(1.00)
PPIAL4G 7 (4%) 153 0.208
(1.00)
0.936
(1.00)
0.383
(1.00)
0.925
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.709
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0287
(1.00)
1
(1.00)
ALB 23 (14%) 137 0.438
(1.00)
0.00183
(1.00)
0.32
(1.00)
0.211
(1.00)
0.376
(1.00)
0.635
(1.00)
0.491
(1.00)
1
(1.00)
0.799
(1.00)
0.00132
(1.00)
1
(1.00)
PABPC1 8 (5%) 152 0.121
(1.00)
0.274
(1.00)
0.367
(1.00)
0.572
(1.00)
0.165
(1.00)
1
(1.00)
0.261
(1.00)
1
(1.00)
0.528
(1.00)
0.807
(1.00)
1
(1.00)
TREML2 6 (4%) 154 0.927
(1.00)
0.539
(1.00)
0.883
(1.00)
0.76
(1.00)
1
(1.00)
0.659
(1.00)
0.675
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.173
(1.00)
0.131
(1.00)
PRH2 6 (4%) 154 0.24
(1.00)
0.75
(1.00)
0.235
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.659
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.106
(1.00)
0.504
(1.00)
1
(1.00)
MUC17 23 (14%) 137 0.285
(1.00)
0.886
(1.00)
0.145
(1.00)
0.399
(1.00)
0.376
(1.00)
0.634
(1.00)
0.249
(1.00)
1
(1.00)
0.157
(1.00)
0.145
(1.00)
1
(1.00)
AZIN1 11 (7%) 149 0.996
(1.00)
0.582
(1.00)
0.748
(1.00)
0.543
(1.00)
1
(1.00)
0.562
(1.00)
0.534
(1.00)
1
(1.00)
0.08
(1.00)
0.0876
(1.00)
1
(1.00)
NBPF3 7 (4%) 153 0.948
(1.00)
0.606
(1.00)
0.909
(1.00)
0.924
(1.00)
1
(1.00)
0.432
(1.00)
0.253
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0684
(1.00)
1
(1.00)
BCLAF1 13 (8%) 147 0.778
(1.00)
0.407
(1.00)
0.648
(1.00)
0.3
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.373
(1.00)
1
(1.00)
0.123
(1.00)
0.032
(1.00)
1
(1.00)
SCRN3 9 (6%) 151 0.268
(1.00)
0.407
(1.00)
0.891
(1.00)
0.516
(1.00)
1
(1.00)
0.736
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.776
(1.00)
0.0047
(1.00)
1
(1.00)
MUC6 21 (13%) 139 0.322
(1.00)
0.415
(1.00)
0.351
(1.00)
0.932
(1.00)
1
(1.00)
0.221
(1.00)
0.81
(1.00)
1
(1.00)
0.0404
(1.00)
0.0926
(1.00)
1
(1.00)
UGT2B28 10 (6%) 150 0.689
(1.00)
0.368
(1.00)
0.555
(1.00)
0.873
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.507
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0641
(1.00)
1
(1.00)
CDHR5 11 (7%) 149 0.187
(1.00)
0.351
(1.00)
0.181
(1.00)
0.145
(1.00)
1
(1.00)
0.0339
(1.00)
0.208
(1.00)
1
(1.00)
0.624
(1.00)
0.037
(1.00)
1
(1.00)
KCTD3 6 (4%) 154 0.866
(1.00)
0.736
(1.00)
0.183
(1.00)
0.036
(1.00)
1
(1.00)
0.22
(1.00)
0.0833
(1.00)
1
(1.00)
0.407
(1.00)
0.029
(1.00)
1
(1.00)
CDC27 13 (8%) 147 0.962
(1.00)
0.749
(1.00)
0.513
(1.00)
0.971
(1.00)
0.287
(1.00)
0.455
(1.00)
0.562
(1.00)
1
(1.00)
0.586
(1.00)
0.00577
(1.00)
1
(1.00)
CR1 18 (11%) 142 0.973
(1.00)
0.234
(1.00)
0.768
(1.00)
0.887
(1.00)
1
(1.00)
0.689
(1.00)
0.198
(1.00)
1
(1.00)
0.615
(1.00)
0.0292
(1.00)
1
(1.00)
TCEAL6 4 (2%) 156 0.363
(1.00)
0.478
(1.00)
0.881
(1.00)
0.514
(1.00)
1
(1.00)
0.606
(1.00)
0.299
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0449
(1.00)
1
(1.00)
LILRA6 11 (7%) 149 0.28
(1.00)
0.234
(1.00)
0.893
(1.00)
0.863
(1.00)
1
(1.00)
0.767
(1.00)
0.208
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0334
(1.00)
1
(1.00)
BIK 3 (2%) 157 0.32
(1.00)
0.359
(1.00)
0.728
(1.00)
0.827
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.212
(1.00)
0.643
(1.00)
1
(1.00)
SRRM3 4 (2%) 156 0.527
(1.00)
0.872
(1.00)
0.672
(1.00)
0.434
(1.00)
1
(1.00)
0.605
(1.00)
0.299
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0143
(1.00)
1
(1.00)
MKI67 15 (9%) 145 0.116
(1.00)
0.52
(1.00)
0.12
(1.00)
0.0314
(1.00)
1
(1.00)
0.647
(1.00)
0.167
(1.00)
1
(1.00)
0.857
(1.00)
0.0588
(1.00)
1
(1.00)
ALDH3B1 5 (3%) 155 0.231
(1.00)
0.172
(1.00)
0.738
(1.00)
0.414
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.157
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0749
(1.00)
1
(1.00)
POTEG 7 (4%) 153 0.163
(1.00)
0.819
(1.00)
0.562
(1.00)
0.402
(1.00)
1
(1.00)
0.432
(1.00)
0.709
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.141
(1.00)
1
(1.00)
ZNF658 7 (4%) 153 0.377
(1.00)
0.0925
(1.00)
0.83
(1.00)
0.752
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.253
(1.00)
0.128
(1.00)
0.681
(1.00)
0.028
(1.00)
1
(1.00)
TCHH 20 (12%) 140 0.926
(1.00)
0.756
(1.00)
0.0851
(1.00)
0.0926
(1.00)
1
(1.00)
0.203
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.223
(1.00)
0.067
(1.00)
0.41
(1.00)
TMEM176A 4 (2%) 156 0.246
(1.00)
0.373
(1.00)
0.885
(1.00)
0.51
(1.00)
1
(1.00)
0.606
(1.00)
0.299
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
RP1L1 19 (12%) 141 0.869
(1.00)
0.19
(1.00)
0.3
(1.00)
0.552
(1.00)
1
(1.00)
0.287
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.25
(1.00)
0.323
(1.00)
1
(1.00)
TSC2 13 (8%) 147 0.923
(1.00)
0.837
(1.00)
0.619
(1.00)
0.408
(1.00)
1
(1.00)
0.6
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.283
(1.00)
0.00802
(1.00)
0.27
(1.00)
PRKDC 22 (14%) 138 0.423
(1.00)
0.58
(1.00)
0.548
(1.00)
0.532
(1.00)
1
(1.00)
0.863
(1.00)
0.102
(1.00)
1
(1.00)
0.347
(1.00)
0.242
(1.00)
0.429
(1.00)
NRD1 9 (6%) 151 0.436
(1.00)
0.745
(1.00)
0.643
(1.00)
0.778
(1.00)
1
(1.00)
0.737
(1.00)
0.484
(1.00)
1
(1.00)
0.732
(1.00)
0.0123
(1.00)
1
(1.00)
TAS2R20 4 (2%) 156 0.333
(1.00)
0.903
(1.00)
0.499
(1.00)
0.234
(1.00)
1
(1.00)
0.607
(1.00)
0.299
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
PTEN 7 (4%) 153 0.0972
(1.00)
0.113
(1.00)
0.885
(1.00)
0.924
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.429
(1.00)
1
(1.00)
0.681
(1.00)
0.789
(1.00)
0.155
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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1
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1
(1.00)
1
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(1.00)
1
(1.00)
1
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(1.00)
1
(1.00)
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1
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
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1
(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
CYP2A6 5 (3%) 155 0.441
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(1.00)
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1
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(1.00)
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1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
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1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
1
(1.00)
1
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.257
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
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(1.00)
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1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
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(1.00)
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SHROOM1 3 (2%) 157 0.577
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
1
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1
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(1.00)
0.0648
(1.00)
0.293
(1.00)
1
(1.00)
0.0431
(1.00)
0.636
(1.00)
1
(1.00)
0.0356
(1.00)
0.426
(1.00)
1
(1.00)
GLRX3 4 (2%) 156 0.1
(1.00)
0.327
(1.00)
0.499
(1.00)
0.234
(1.00)
1
(1.00)
0.606
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
HOXA4 5 (3%) 155 0.469
(1.00)
0.592
(1.00)
0.73
(1.00)
0.897
(1.00)
1
(1.00)
0.371
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.186
(1.00)
1
(1.00)
DENND4B 8 (5%) 152 0.00499
(1.00)
0.529
(1.00)
0.413
(1.00)
0.0792
(1.00)
1
(1.00)
0.467
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.353
(1.00)
0.283
(1.00)
1
(1.00)
ESX1 5 (3%) 155 0.646
(1.00)
0.14
(1.00)
1
(1.00)
0.702
(1.00)
1
(1.00)
0.372
(1.00)
0.65
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.185
(1.00)
1
(1.00)
SLFN12L 6 (4%) 154 0.824
(1.00)
0.576
(1.00)
0.661
(1.00)
0.525
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.675
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
FKBP4 4 (2%) 156 0.278
(1.00)
0.528
(1.00)
0.673
(1.00)
0.434
(1.00)
1
(1.00)
0.605
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.284
(1.00)
0.0342
(1.00)
1
(1.00)
AQP7 8 (5%) 152 0.046
(1.00)
0.809
(1.00)
0.493
(1.00)
0.936
(1.00)
1
(1.00)
0.729
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.109
(1.00)
1
(1.00)
MAP4K5 8 (5%) 152 0.0808
(1.00)
0.927
(1.00)
0.384
(1.00)
0.789
(1.00)
1
(1.00)
0.315
(1.00)
0.711
(1.00)
1
(1.00)
0.729
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
BCL11A 6 (4%) 154 0.099
(1.00)
0.405
(1.00)
0.653
(1.00)
0.594
(1.00)
1
(1.00)
0.413
(1.00)
0.0833
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0976
(1.00)
1
(1.00)
'CTNNB1 MUTATION STATUS' versus 'GENDER'

P value = 4.06e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.045

Table S1.  Gene #2: 'CTNNB1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'GENDER'

nPatients FEMALE MALE
ALL 61 99
CTNNB1 MUTATED 7 41
CTNNB1 WILD-TYPE 54 58

Figure S1.  Get High-res Image Gene #2: 'CTNNB1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'GENDER'

Methods & Data
Input
  • Mutation data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = LIHC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 160

  • Number of significantly mutated genes = 101

  • Number of selected clinical features = 11

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)