This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.
Testing the association between mutation status of 101 genes and 11 clinical features across 160 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.
-
CTNNB1 mutation correlated to 'GENDER'.
Clinical Features |
Time to Death |
AGE |
NEOPLASM DISEASESTAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
GENDER |
HISTOLOGICAL TYPE |
COMPLETENESS OF RESECTION |
RACE | ETHNICITY | ||
nMutated (%) | nWild-Type | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
CTNNB1 | 48 (30%) | 112 |
0.668 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.334 (1.00) |
0.168 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.266 (1.00) |
4.06e-05 (0.045) |
1 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.476 (1.00) |
1 (1.00) |
TP53 | 45 (28%) | 115 |
0.247 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.225 (1.00) |
1 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.00361 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00241 (1.00) |
1 (1.00) |
ARID1A | 19 (12%) | 141 |
0.0143 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.289 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.0961 (1.00) |
1 (1.00) |
RB1 | 14 (9%) | 146 |
0.875 (1.00) |
0.0894 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.089 (1.00) |
1 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.153 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0135 (1.00) |
0.333 (1.00) |
AXIN1 | 8 (5%) | 152 |
0.0473 (1.00) |
0.997 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.444 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.711 (1.00) |
1 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.792 (1.00) |
1 (1.00) |
KRTAP5-11 | 5 (3%) | 155 |
0.0136 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.00074 (0.818) |
1 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.65 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0266 (1.00) |
0.123 (1.00) |
1 (1.00) |
AHCTF1 | 12 (8%) | 148 |
0.173 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.417 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.134 (1.00) |
1 (1.00) |
0.694 (1.00) |
0.242 (1.00) |
1 (1.00) |
GPATCH4 | 10 (6%) | 150 |
0.704 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.0802 (1.00) |
0.956 (1.00) |
1 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.0905 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0467 (1.00) |
0.432 (1.00) |
1 (1.00) |
CD207 | 8 (5%) | 152 |
0.14 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.6 (1.00) |
0.214 (1.00) |
1 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.156 (1.00) |
1 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.0791 (1.00) |
1 (1.00) |
EEF1A1 | 8 (5%) | 152 |
0.284 (1.00) |
0.0651 (1.00) |
0.713 (1.00) |
0.706 (1.00) |
1 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.156 (1.00) |
1 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.281 (1.00) |
1 (1.00) |
BAP1 | 11 (7%) | 149 |
0.126 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.057 (1.00) |
0.0132 (1.00) |
0.215 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.000301 (0.334) |
0.195 (1.00) |
0.523 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
CHIT1 | 5 (3%) | 155 |
0.957 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.457 (1.00) |
1 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.65 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.503 (1.00) |
1 (1.00) |
PPIAL4G | 7 (4%) | 153 |
0.208 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.925 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.709 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0287 (1.00) |
1 (1.00) |
ALB | 23 (14%) | 137 |
0.438 (1.00) |
0.00183 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.491 (1.00) |
1 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.00132 (1.00) |
1 (1.00) |
PABPC1 | 8 (5%) | 152 |
0.121 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.165 (1.00) |
1 (1.00) |
0.261 (1.00) |
1 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.807 (1.00) |
1 (1.00) |
TREML2 | 6 (4%) | 154 |
0.927 (1.00) |
0.539 (1.00) |
0.883 (1.00) |
0.76 (1.00) |
1 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.675 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.131 (1.00) |
PRH2 | 6 (4%) | 154 |
0.24 (1.00) |
0.75 (1.00) |
0.235 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.659 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.504 (1.00) |
1 (1.00) |
MUC17 | 23 (14%) | 137 |
0.285 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.249 (1.00) |
1 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.145 (1.00) |
1 (1.00) |
AZIN1 | 11 (7%) | 149 |
0.996 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.543 (1.00) |
1 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.534 (1.00) |
1 (1.00) |
0.08 (1.00) |
0.0876 (1.00) |
1 (1.00) |
NBPF3 | 7 (4%) | 153 |
0.948 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.924 (1.00) |
1 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.253 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0684 (1.00) |
1 (1.00) |
BCLAF1 | 13 (8%) | 147 |
0.778 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.3 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.373 (1.00) |
1 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.032 (1.00) |
1 (1.00) |
SCRN3 | 9 (6%) | 151 |
0.268 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.516 (1.00) |
1 (1.00) |
0.736 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.0047 (1.00) |
1 (1.00) |
MUC6 | 21 (13%) | 139 |
0.322 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.932 (1.00) |
1 (1.00) |
0.221 (1.00) |
0.81 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0404 (1.00) |
0.0926 (1.00) |
1 (1.00) |
UGT2B28 | 10 (6%) | 150 |
0.689 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.873 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.507 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0641 (1.00) |
1 (1.00) |
CDHR5 | 11 (7%) | 149 |
0.187 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.145 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0339 (1.00) |
0.208 (1.00) |
1 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.037 (1.00) |
1 (1.00) |
KCTD3 | 6 (4%) | 154 |
0.866 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.036 (1.00) |
1 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.0833 (1.00) |
1 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.029 (1.00) |
1 (1.00) |
CDC27 | 13 (8%) | 147 |
0.962 (1.00) |
0.749 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.971 (1.00) |
0.287 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.562 (1.00) |
1 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.00577 (1.00) |
1 (1.00) |
CR1 | 18 (11%) | 142 |
0.973 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.887 (1.00) |
1 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.198 (1.00) |
1 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.0292 (1.00) |
1 (1.00) |
TCEAL6 | 4 (2%) | 156 |
0.363 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.881 (1.00) |
0.514 (1.00) |
1 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.299 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0449 (1.00) |
1 (1.00) |
LILRA6 | 11 (7%) | 149 |
0.28 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.893 (1.00) |
0.863 (1.00) |
1 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.208 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0334 (1.00) |
1 (1.00) |
BIK | 3 (2%) | 157 |
0.32 (1.00) |
0.359 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.827 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.643 (1.00) |
1 (1.00) |
SRRM3 | 4 (2%) | 156 |
0.527 (1.00) |
0.872 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.434 (1.00) |
1 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.299 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0143 (1.00) |
1 (1.00) |
MKI67 | 15 (9%) | 145 |
0.116 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.0314 (1.00) |
1 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.167 (1.00) |
1 (1.00) |
0.857 (1.00) |
0.0588 (1.00) |
1 (1.00) |
ALDH3B1 | 5 (3%) | 155 |
0.231 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.414 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.157 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0749 (1.00) |
1 (1.00) |
POTEG | 7 (4%) | 153 |
0.163 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.402 (1.00) |
1 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.709 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.141 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF658 | 7 (4%) | 153 |
0.377 (1.00) |
0.0925 (1.00) |
0.83 (1.00) |
0.752 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.028 (1.00) |
1 (1.00) |
TCHH | 20 (12%) | 140 |
0.926 (1.00) |
0.756 (1.00) |
0.0851 (1.00) |
0.0926 (1.00) |
1 (1.00) |
0.203 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.067 (1.00) |
0.41 (1.00) |
TMEM176A | 4 (2%) | 156 |
0.246 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.885 (1.00) |
0.51 (1.00) |
1 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.299 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
RP1L1 | 19 (12%) | 141 |
0.869 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.552 (1.00) |
1 (1.00) |
0.287 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.323 (1.00) |
1 (1.00) |
TSC2 | 13 (8%) | 147 |
0.923 (1.00) |
0.837 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.408 (1.00) |
1 (1.00) |
0.6 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.00802 (1.00) |
0.27 (1.00) |
PRKDC | 22 (14%) | 138 |
0.423 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.532 (1.00) |
1 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.102 (1.00) |
1 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.429 (1.00) |
NRD1 | 9 (6%) | 151 |
0.436 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.778 (1.00) |
1 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.484 (1.00) |
1 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.0123 (1.00) |
1 (1.00) |
TAS2R20 | 4 (2%) | 156 |
0.333 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.234 (1.00) |
1 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.299 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
PTEN | 7 (4%) | 153 |
0.0972 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.885 (1.00) |
0.924 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.429 (1.00) |
1 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.155 (1.00) |
CYFIP2 | 13 (8%) | 147 |
0.139 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.94 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.768 (1.00) |
1 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.0246 (1.00) |
1 (1.00) |
PRAMEF1 | 9 (6%) | 151 |
0.129 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.776 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.155 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0459 (1.00) |
1 (1.00) |
MST1 | 8 (5%) | 152 |
0.861 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.36 (1.00) |
1 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.711 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0683 (1.00) |
1 (1.00) |
ZC3H7A | 11 (7%) | 149 |
0.0856 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.355 (1.00) |
0.0395 (1.00) |
1 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.749 (1.00) |
1 (1.00) |
0.827 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
MLL3 | 27 (17%) | 133 |
0.659 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.311 (1.00) |
1 (1.00) |
0.608 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.016 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
HNRNPCL1 | 11 (7%) | 149 |
0.0722 (1.00) |
0.742 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.283 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.208 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0863 (1.00) |
0.216 (1.00) |
1 (1.00) |
TUBA3E | 7 (4%) | 153 |
0.133 (1.00) |
0.618 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.924 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0447 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0779 (1.00) |
1 (1.00) |
MUC21 | 15 (9%) | 145 |
0.388 (1.00) |
0.983 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.667 (1.00) |
1 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.785 (1.00) |
1 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.0805 (1.00) |
1 (1.00) |
HPS4 | 3 (2%) | 157 |
0.0852 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.823 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
OR2T4 | 12 (8%) | 148 |
0.0645 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.904 (1.00) |
1 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.538 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0549 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.248 (1.00) |
SPDYE1 | 4 (2%) | 156 |
0.595 (1.00) |
0.193 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0717 (1.00) |
0.299 (1.00) |
1 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.18 (1.00) |
1 (1.00) |
|
COG2 | 6 (4%) | 154 |
0.26 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.175 (1.00) |
1 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.0833 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0135 (1.00) |
1 (1.00) |
SEC63 | 10 (6%) | 150 |
0.659 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.697 (1.00) |
0.913 (1.00) |
1 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.0905 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.103 (1.00) |
1 (1.00) |
LILRA3 | 4 (2%) | 156 |
0.695 (1.00) |
0.0881 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.59 (1.00) |
1 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.299 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.181 (1.00) |
1 (1.00) |
CYP2A6 | 5 (3%) | 155 |
0.441 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.896 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0141 (1.00) |
0.65 (1.00) |
1 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.185 (1.00) |
1 (1.00) |
ZC3H11A | 3 (2%) | 157 |
0.882 (1.00) |
0.809 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.197 (1.00) |
1 (1.00) |
0.56 (1.00) |
0.558 (1.00) |
1 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.298 (1.00) |
1 (1.00) |
LCE4A | 9 (6%) | 151 |
0.0589 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.949 (1.00) |
1 (1.00) |
0.135 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0164 (1.00) |
0.0792 (1.00) |
1 (1.00) |
ATXN3 | 4 (2%) | 156 |
0.43 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.589 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.636 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.665 (1.00) |
1 (1.00) |
GTF2IRD2B | 5 (3%) | 155 |
0.363 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.589 (1.00) |
1 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.157 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0191 (1.00) |
1 (1.00) |
QRICH2 | 17 (11%) | 143 |
0.364 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.955 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0181 (1.00) |
1 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.0258 (1.00) |
1 (1.00) |
PLAU | 6 (4%) | 154 |
0.391 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.885 (1.00) |
0.758 (1.00) |
1 (1.00) |
0.659 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0345 (1.00) |
1 (1.00) |
MAPKAPK2 | 4 (2%) | 156 |
0.641 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.589 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.636 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.106 (1.00) |
NAP1L1 | 5 (3%) | 155 |
0.549 (1.00) |
0.0453 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.642 (1.00) |
1 (1.00) |
0.625 (1.00) |
0.65 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.706 (1.00) |
1 (1.00) |
FAM118A | 4 (2%) | 156 |
0.835 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.532 (1.00) |
0.759 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.475 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
SLC7A6OS | 4 (2%) | 156 |
0.0167 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.367 (1.00) |
1 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.299 (1.00) |
1 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.106 (1.00) |
|
NBPF10 | 9 (6%) | 151 |
0.264 (1.00) |
0.958 (1.00) |
0.48 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.422 (1.00) |
1 (1.00) |
ZXDC | 6 (4%) | 154 |
0.626 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.915 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.409 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
1 (1.00) |
TAS2R30 | 8 (5%) | 152 |
0.257 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.631 (1.00) |
1 (1.00) |
0.73 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.732 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
KRTAP10-2 | 6 (4%) | 154 |
0.985 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.914 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0348 (1.00) |
1 (1.00) |
PPA2 | 4 (2%) | 156 |
0.134 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.667 (1.00) |
1 (1.00) |
0.605 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.178 (1.00) |
1 (1.00) |
SEPT2 | 6 (4%) | 154 |
0.156 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.695 (1.00) |
1 (1.00) |
0.086 (1.00) |
0.409 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00562 (1.00) |
0.0121 (1.00) |
1 (1.00) |
DRD3 | 5 (3%) | 155 |
0.019 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.417 (1.00) |
0.14 (1.00) |
1 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.157 (1.00) |
1 (1.00) |
0.178 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
PSRC1 | 4 (2%) | 156 |
0.513 (1.00) |
0.0481 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.67 (1.00) |
1 (1.00) |
0.606 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
KRTAP10-9 | 3 (2%) | 157 |
0.104 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.372 (1.00) |
1 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SPATA12 | 6 (4%) | 154 |
0.592 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.597 (1.00) |
1 (1.00) |
0.412 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.043 (1.00) |
1 (1.00) |
GPR112 | 14 (9%) | 146 |
0.105 (1.00) |
0.196 (1.00) |
0.756 (1.00) |
0.432 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.198 (1.00) |
1 (1.00) |
CLTCL1 | 15 (9%) | 145 |
0.325 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.967 (1.00) |
0.928 (1.00) |
1 (1.00) |
0.647 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.857 (1.00) |
0.0404 (1.00) |
0.333 (1.00) |
OR2A14 | 4 (2%) | 156 |
0.126 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.438 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.636 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0345 (1.00) |
1 (1.00) |
OR4C16 | 7 (4%) | 153 |
0.15 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.615 (1.00) |
1 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.253 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0897 (1.00) |
1 (1.00) |
GBP1 | 7 (4%) | 153 |
0.907 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.614 (1.00) |
1 (1.00) |
0.697 (1.00) |
0.0447 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0284 (1.00) |
0.792 (1.00) |
1 (1.00) |
OR6B3 | 4 (2%) | 156 |
0.539 (1.00) |
1 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.512 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0186 (1.00) |
1 (1.00) |
OR2T27 | 9 (6%) | 151 |
0.351 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.522 (1.00) |
1 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.155 (1.00) |
1 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.109 (1.00) |
1 (1.00) |
RAET1E | 5 (3%) | 155 |
0.763 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.883 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.157 (1.00) |
1 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.185 (1.00) |
1 (1.00) |
SHROOM1 | 3 (2%) | 157 |
0.577 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.679 (1.00) |
1 (1.00) |
0.557 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0362 (1.00) |
1 (1.00) |
OR52I2 | 6 (4%) | 154 |
0.244 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.521 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.409 (1.00) |
1 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.34 (1.00) |
1 (1.00) |
OR13C2 | 4 (2%) | 156 |
0.825 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.585 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.258 (1.00) |
1 (1.00) |
LIPC | 5 (3%) | 155 |
0.416 (1.00) |
0.0121 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.702 (1.00) |
1 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.37 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.504 (1.00) |
1 (1.00) |
FAM22F | 4 (2%) | 156 |
0.139 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.0648 (1.00) |
0.293 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0431 (1.00) |
0.636 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0356 (1.00) |
0.426 (1.00) |
1 (1.00) |
GLRX3 | 4 (2%) | 156 |
0.1 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.234 (1.00) |
1 (1.00) |
0.606 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
HOXA4 | 5 (3%) | 155 |
0.469 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.897 (1.00) |
1 (1.00) |
0.371 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.186 (1.00) |
1 (1.00) |
DENND4B | 8 (5%) | 152 |
0.00499 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.0792 (1.00) |
1 (1.00) |
0.467 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.283 (1.00) |
1 (1.00) |
ESX1 | 5 (3%) | 155 |
0.646 (1.00) |
0.14 (1.00) |
1 (1.00) |
0.702 (1.00) |
1 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.65 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.185 (1.00) |
1 (1.00) |
SLFN12L | 6 (4%) | 154 |
0.824 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.525 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.675 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
FKBP4 | 4 (2%) | 156 |
0.278 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.434 (1.00) |
1 (1.00) |
0.605 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.0342 (1.00) |
1 (1.00) |
AQP7 | 8 (5%) | 152 |
0.046 (1.00) |
0.809 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.936 (1.00) |
1 (1.00) |
0.729 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.109 (1.00) |
1 (1.00) |
MAP4K5 | 8 (5%) | 152 |
0.0808 (1.00) |
0.927 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.789 (1.00) |
1 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.711 (1.00) |
1 (1.00) |
0.729 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
BCL11A | 6 (4%) | 154 |
0.099 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.653 (1.00) |
0.594 (1.00) |
1 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.0833 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0976 (1.00) |
1 (1.00) |
P value = 4.06e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.045
nPatients | FEMALE | MALE |
---|---|---|
ALL | 61 | 99 |
CTNNB1 MUTATED | 7 | 41 |
CTNNB1 WILD-TYPE | 54 | 58 |
-
Mutation data file = transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = LIHC-TP.merged_data.txt
-
Number of patients = 160
-
Number of significantly mutated genes = 101
-
Number of selected clinical features = 11
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.