Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p22.3	51 (25%)	157	4e-04	0.152	0.02677	1	0.00016	0.0619	0.00418	1	0.077519	1	0.36203	1	0.053679	1	0.04795	1
amp_1q22	153 (74%)	55	9.9999e-06	0.00424	9.9999e-06	0.00424	5e-05	0.0199	0.14799	1	0.063769	1	0.10022	1	0.077729	1	0.00473	1
amp_1q42.3	146 (70%)	62	0.00018	0.0693	0.00018	0.0693	0.00109	0.396	0.056379	1	0.55112	1	0.75347	1	0.36121	1	0.03837	1
amp_2p24.1	44 (21%)	164	0.0051499	1	0.77392	1	0.8214	1	0.33625	1	0.97521	1	0.53291	1	0.092729	1	0.82877	1
amp_2q31.2	41 (20%)	167	0.04205	1	0.7605	1	0.75564	1	0.79637	1	0.2987	1	0.17271	1	0.16932	1	0.63855	1
amp_3q26.31	44 (21%)	164	0.00013	0.0507	0.056329	1	0.65936	1	0.58542	1	0.02262	1	0.01727	1	0.16282	1	0.03186	1
amp_4q13.3	17 (8%)	191	0.35996	1	0.14207	1	0.74835	1	0.5381	1	1	1	0.64689	1	0.5419	1	0.84841	1
amp_5p15.33	95 (46%)	113	9.9999e-06	0.00424	0.02961	1	0.51545	1	0.18423	1	0.32577	1	0.26133	1	0.40398	1	0.34302	1
amp_5q35.3	68 (33%)	140	5e-05	0.0199	0.083139	1	0.70038	1	0.98033	1	0.82763	1	0.94133	1	0.95498	1	0.85863	1
amp_6p25.2	94 (45%)	114	9.9999e-06	0.00424	0.00013	0.0507	0.00047	0.177	0.098839	1	0.70134	1	0.42396	1	0.18328	1	0.69984	1
amp_6p21.1	93 (45%)	115	9.9999e-06	0.00424	9.9999e-06	0.00424	0.00027	0.103	0.69193	1	0.74976	1	0.098229	1	0.20997	1	0.42199	1
amp_6q12	67 (32%)	141	0.00034	0.13	0.01888	1	0.0095299	1	0.2432	1	0.50495	1	0.82786	1	0.24649	1	0.87065	1
amp_6q12	51 (25%)	157	5.9999e-05	0.0238	0.0079199	1	0.0019	0.674	0.11419	1	0.60432	1	0.39929	1	0.01093	1	0.31727	1
amp_7q21.2	75 (36%)	133	0.96653	1	0.10629	1	0.882	1	0.55314	1	0.34161	1	0.071859	1	0.16323	1	0.71855	1
amp_7q31.2	73 (35%)	135	0.80759	1	0.14491	1	0.69983	1	0.65429	1	0.12208	1	0.0211	1	0.0369	1	0.33611	1
amp_8q11.1	85 (41%)	123	9.9999e-06	0.00424	0.9301	1	0.13519	1	0.18921	1	0.44587	1	0.45947	1	0.33003	1	0.12991	1
amp_8q24.21	123 (59%)	85	9.9999e-06	0.00424	0.087999	1	0.062589	1	0.02473	1	0.26533	1	0.18258	1	0.29787	1	0.095689	1
amp_9q34.2	31 (15%)	177	0.04377	1	0.4862	1	0.0075599	1	0.03922	1	0.47802	1	0.11974	1	0.062319	1	0.17032	1
amp_10p15.1	46 (22%)	162	0.4704	1	0.03732	1	0.079159	1	0.00159	0.571	0.318	1	0.84465	1	0.02259	1	0.32937	1
amp_11q13.3	39 (19%)	169	0.14465	1	0.67627	1	0.083779	1	0.40262	1	0.28232	1	0.30104	1	0.67468	1	0.58301	1
amp_13q32.3	40 (19%)	168	9.9999e-06	0.00424	0.02035	1	0.00084999	0.311	0.04632	1	0.64224	1	0.21128	1	0.28065	1	0.29333	1
amp_15q26.3	33 (16%)	175	0.15901	1	0.19433	1	0.10194	1	0.13693	1	0.47327	1	0.17391	1	0.63238	1	0.38728	1
amp_17p11.2	30 (14%)	178	0.53679	1	0.12432	1	0.25655	1	0.29415	1	0.43742	1	0.7152	1	0.31572	1	0.83545	1
amp_17q25.3	88 (42%)	120	0.00313	1	0.00324	1	0.33607	1	0.94891	1	0.16494	1	0.55368	1	0.28936	1	0.34811	1
amp_19q13.11	58 (28%)	150	0.00185	0.659	0.00104	0.379	0.00052999	0.198	0.00183	0.653	0.13251	1	0.065729	1	0.0012	0.434	0.0104	1
amp_20q13.13	72 (35%)	136	4e-05	0.016	0.20195	1	0.0067699	1	0.00215	0.752	0.12757	1	0.01908	1	0.0052299	1	0.02343	1
amp_20q13.33	74 (36%)	134	9.9999e-06	0.00424	0.03452	1	0.00076999	0.283	0.00062999	0.234	0.15528	1	0.018	1	0.00091999	0.336	0.01836	1
amp_xq28	49 (24%)	159	0.01343	1	0.041	1	0.28201	1	0.073759	1	0.075089	1	0.2051	1	0.17858	1	0.067259	1
del_1p36.23	96 (46%)	112	2e-05	0.00812	9.9999e-06	0.00424	3e-05	0.0121	0.0074299	1	0.34873	1	0.01271	1	0.067379	1	0.055169	1
del_2q22.1	25 (12%)	183	0.03065	1	1	1	0.577	1	0.92355	1	0.01123	1	0.65473	1	0.89653	1	0.41056	1
del_2q37.3	42 (20%)	166	0.0077499	1	0.77245	1	0.02031	1	0.070689	1	0.00131	0.473	0.10334	1	0.1787	1	0.056479	1
del_3p13	43 (21%)	165	0.21443	1	0.065909	1	0.00072999	0.27	3e-05	0.0121	0.087749	1	0.04034	1	0.00072999	0.27	0.0057899	1
del_4p16.3	46 (22%)	162	0.0017	0.609	0.03687	1	0.20018	1	0.31722	1	0.04561	1	0.00379	1	0.15641	1	0.02792	1
del_4q24	98 (47%)	110	9.9999e-06	0.00424	0.00076999	0.283	0.00011	0.043	0.02952	1	0.67936	1	0.02051	1	0.10019	1	0.00196	0.69
del_4q34.1	89 (43%)	119	9.9999e-06	0.00424	9.9999e-06	0.00424	0.00017	0.0656	0.03775	1	0.85794	1	0.03694	1	0.28662	1	0.0093599	1
del_4q34.3	90 (43%)	118	9.9999e-06	0.00424	7.9999e-05	0.0315	6.9999e-05	0.0277	0.27478	1	1	1	0.04976	1	0.30895	1	0.02491	1
del_6q27	75 (36%)	133	0.11859	1	0.29827	1	0.44993	1	0.72448	1	0.94628	1	0.051869	1	0.87633	1	0.13526	1
del_8p23.2	134 (64%)	74	9.9999e-06	0.00424	0.01622	1	0.052489	1	0.85966	1	0.89717	1	0.32653	1	0.42951	1	0.38748	1
del_9p21.3	83 (40%)	125	7.9999e-05	0.0315	0.03395	1	0.7715	1	0.30362	1	0.87198	1	0.070769	1	0.39409	1	0.13461	1
del_10q23.31	62 (30%)	146	0.17632	1	0.28407	1	6.9999e-05	0.0277	0.079459	1	0.21876	1	0.00013	0.0507	0.2336	1	0.00195	0.688
del_10q25.2	64 (31%)	144	0.087799	1	0.56488	1	0.00021	0.0804	0.087579	1	0.41217	1	0.0035	1	0.44509	1	0.079129	1
del_11q14.1	46 (22%)	162	0.20973	1	0.50031	1	0.27309	1	0.27467	1	0.2536	1	0.60778	1	0.30347	1	0.68365	1
del_11q23.3	54 (26%)	154	0.02746	1	0.070739	1	0.090589	1	0.16677	1	0.079489	1	0.46709	1	0.11651	1	0.40564	1
del_12p12.1	49 (24%)	159	0.20456	1	0.1148	1	0.00273	0.953	0.34739	1	0.090039	1	0.14238	1	0.00469	1	0.12047	1
del_12q24.33	37 (18%)	171	0.062799	1	0.19935	1	0.83357	1	0.5859	1	0.73296	1	0.7507	1	0.62086	1	0.85059	1
del_13q14.2	100 (48%)	108	9.9999e-06	0.00424	0.12106	1	0.03224	1	0.00050999	0.191	0.95237	1	0.087539	1	0.01197	1	0.072059	1
del_13q22.2	80 (38%)	128	9.9999e-06	0.00424	0.14866	1	0.14322	1	0.00305	1	0.64539	1	0.31757	1	0.0189	1	0.23451	1
del_14q23.3	75 (36%)	133	0.00068999	0.256	0.35068	1	0.03473	1	0.0078999	1	0.5056	1	0.04768	1	0.13916	1	0.03277	1
del_14q32.33	74 (36%)	134	0.00051999	0.194	0.13319	1	0.068689	1	0.01466	1	0.19072	1	0.2394	1	0.0451	1	0.14358	1
del_16q23.2	88 (42%)	120	2e-05	0.00812	0.00042	0.159	2e-05	0.00812	0.00045	0.17	0.58865	1	0.03876	1	0.054569	1	0.0014	0.504
del_17p11.2	116 (56%)	92	0.00041	0.155	0.089969	1	0.076189	1	0.03896	1	0.00202	0.709	0.00192	0.68	7.9999e-05	0.0315	0.00443	1
del_19p13.3	47 (23%)	161	4e-05	0.016	0.04322	1	0.02842	1	0.03733	1	0.9541	1	0.01215	1	0.82168	1	0.059739	1
del_22q13.32	61 (29%)	147	0.85361	1	1	1	0.29685	1	0.57135	1	0.56993	1	0.36469	1	0.79121	1	0.43031	1