This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.
Testing the association between copy number variation 80 arm-level events and 14 clinical features across 462 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.
-
17p gain cnv correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.
Clinical Features |
Time to Death |
AGE |
NEOPLASM DISEASESTAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
GENDER |
KARNOFSKY PERFORMANCE SCORE |
HISTOLOGICAL TYPE |
RADIATIONS RADIATION REGIMENINDICATION |
NUMBERPACKYEARSSMOKED |
COMPLETENESS OF RESECTION |
RACE | ETHNICITY | ||
nCNV (%) | nWild-Type | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
17p gain | 78 (17%) | 384 |
0.0376 (1.00) |
0.0101 (1.00) |
0.245 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.143 (1.00) |
5.56e-06 (0.00622) |
0.158 (1.00) |
0.0603 (1.00) |
0.607 (1.00) |
1p gain | 123 (27%) | 339 |
0.852 (1.00) |
0.00172 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.0297 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.685 (1.00) |
1q gain | 272 (59%) | 190 |
0.482 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.988 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.887 (1.00) |
0.453 (1.00) |
2p gain | 142 (31%) | 320 |
0.195 (1.00) |
0.0998 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.892 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.355 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.0255 (1.00) |
2q gain | 128 (28%) | 334 |
0.555 (1.00) |
0.906 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.944 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.806 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.0836 (1.00) |
3p gain | 36 (8%) | 426 |
0.543 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.823 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0547 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.0336 (1.00) |
0.827 (1.00) |
0.0811 (1.00) |
3q gain | 77 (17%) | 385 |
0.947 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.707 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.84 (1.00) |
1 (1.00) |
0.809 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.0876 (1.00) |
4p gain | 76 (16%) | 386 |
0.273 (1.00) |
0.0142 (1.00) |
0.0523 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.0707 (1.00) |
1 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.284 (1.00) |
4q gain | 44 (10%) | 418 |
0.388 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.0121 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.944 (1.00) |
0.941 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.461 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.0273 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.492 (1.00) |
5p gain | 253 (55%) | 209 |
0.33 (1.00) |
0.0696 (1.00) |
0.277 (1.00) |
0.0941 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.092 (1.00) |
0.0627 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.024 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.973 (1.00) |
1 (1.00) |
5q gain | 112 (24%) | 350 |
0.818 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.947 (1.00) |
0.391 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.0384 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.991 (1.00) |
1 (1.00) |
0.863 (1.00) |
1 (1.00) |
6p gain | 131 (28%) | 331 |
0.107 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.806 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.046 (1.00) |
0.203 (1.00) |
6q gain | 56 (12%) | 406 |
0.804 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.993 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.96 (1.00) |
0.494 (1.00) |
0.999 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.227 (1.00) |
7p gain | 241 (52%) | 221 |
0.345 (1.00) |
0.0469 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.00165 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.0721 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.0335 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.71 (1.00) |
7q gain | 199 (43%) | 263 |
0.854 (1.00) |
0.00188 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.00624 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.301 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.46 (1.00) |
8p gain | 115 (25%) | 347 |
0.562 (1.00) |
0.0518 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.96 (1.00) |
0.00695 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.954 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.197 (1.00) |
8q gain | 222 (48%) | 240 |
0.114 (1.00) |
0.0192 (1.00) |
0.944 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.872 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.0223 (1.00) |
0.824 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.257 (1.00) |
1 (1.00) |
9p gain | 40 (9%) | 422 |
0.931 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.718 (1.00) |
1 (1.00) |
9q gain | 28 (6%) | 434 |
0.963 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.706 (1.00) |
0.956 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.846 (1.00) |
0.995 (1.00) |
1 (1.00) |
0.574 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
10p gain | 101 (22%) | 361 |
0.235 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.653 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.0269 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.00154 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.626 (1.00) |
10q gain | 73 (16%) | 389 |
0.34 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.0431 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.00483 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.553 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.43 (1.00) |
1 (1.00) |
11p gain | 88 (19%) | 374 |
0.812 (1.00) |
0.883 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.0433 (1.00) |
0.991 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.968 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.621 (1.00) |
11q gain | 108 (23%) | 354 |
0.887 (1.00) |
0.0313 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.0793 (1.00) |
1 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.366 (1.00) |
12p gain | 126 (27%) | 336 |
0.985 (1.00) |
0.0113 (1.00) |
0.0651 (1.00) |
0.955 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.355 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.681 (1.00) |
12q gain | 120 (26%) | 342 |
0.149 (1.00) |
0.0823 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.887 (1.00) |
0.733 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.287 (1.00) |
0.804 (1.00) |
0.527 (1.00) |
1 (1.00) |
0.507 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.685 (1.00) |
13q gain | 42 (9%) | 420 |
0.837 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.0934 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.0152 (1.00) |
1 (1.00) |
0.881 (1.00) |
0.974 (1.00) |
1 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.456 (1.00) |
14q gain | 112 (24%) | 350 |
0.526 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.92 (1.00) |
0.978 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.003 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.0567 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.745 (1.00) |
1 (1.00) |
15q gain | 34 (7%) | 428 |
0.121 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.0107 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.0273 (1.00) |
0.417 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.973 (1.00) |
0.0979 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.898 (1.00) |
0.454 (1.00) |
1 (1.00) |
16p gain | 118 (26%) | 344 |
0.167 (1.00) |
0.998 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.0492 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.679 (1.00) |
16q gain | 89 (19%) | 373 |
0.489 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.862 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.981 (1.00) |
0.0866 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.0778 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.126 (1.00) |
1 (1.00) |
17q gain | 176 (38%) | 286 |
0.271 (1.00) |
0.0557 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.129 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0134 (1.00) |
0.0369 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.707 (1.00) |
18p gain | 88 (19%) | 374 |
0.493 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.937 (1.00) |
0.56 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.000825 (0.921) |
0.779 (1.00) |
0.0954 (1.00) |
0.353 (1.00) |
18q gain | 63 (14%) | 399 |
0.764 (1.00) |
0.0405 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.97 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.0276 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.00471 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.079 (1.00) |
0.601 (1.00) |
19p gain | 29 (6%) | 433 |
0.0263 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.132 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.342 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.015 (1.00) |
1 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.697 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.418 (1.00) |
19q gain | 66 (14%) | 396 |
0.486 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.00734 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.0762 (1.00) |
0.943 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.301 (1.00) |
20p gain | 155 (34%) | 307 |
0.124 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.139 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.321 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0109 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.0391 (1.00) |
0.429 (1.00) |
20q gain | 178 (39%) | 284 |
0.031 (1.00) |
0.087 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.0813 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.000902 (1.00) |
0.67 (1.00) |
0.169 (1.00) |
1 (1.00) |
21q gain | 85 (18%) | 377 |
0.763 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.0734 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0916 (1.00) |
0.974 (1.00) |
0.484 (1.00) |
1 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.97 (1.00) |
0.6 (1.00) |
1 (1.00) |
22q gain | 60 (13%) | 402 |
0.36 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.423 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.914 (1.00) |
1 (1.00) |
xq gain | 66 (14%) | 396 |
0.882 (1.00) |
0.939 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.033 (1.00) |
0.38 (1.00) |
1 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.829 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1p loss | 75 (16%) | 387 |
0.815 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.0178 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.00524 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.687 (1.00) |
0.686 (1.00) |
0.926 (1.00) |
0.602 (1.00) |
1q loss | 28 (6%) | 434 |
0.381 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.153 (1.00) |
1 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.701 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.851 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.789 (1.00) |
1 (1.00) |
2p loss | 24 (5%) | 438 |
0.235 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.782 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.413 (1.00) |
1 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.427 (1.00) |
1 (1.00) |
2q loss | 23 (5%) | 439 |
0.16 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.0758 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.0688 (1.00) |
0.766 (1.00) |
0.381 (1.00) |
1 (1.00) |
3p loss | 193 (42%) | 269 |
0.398 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.0521 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.574 (1.00) |
1 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.47 (1.00) |
3q loss | 133 (29%) | 329 |
0.3 (1.00) |
0.0958 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.0606 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.837 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.438 (1.00) |
1 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.461 (1.00) |
0.0409 (1.00) |
0.105 (1.00) |
4p loss | 107 (23%) | 355 |
0.243 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.967 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.892 (1.00) |
0.507 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.14 (1.00) |
1 (1.00) |
4q loss | 121 (26%) | 341 |
0.49 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.955 (1.00) |
0.0157 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.801 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.363 (1.00) |
1 (1.00) |
5p loss | 38 (8%) | 424 |
0.483 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.975 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.754 (1.00) |
0.0166 (1.00) |
0.95 (1.00) |
0.334 (1.00) |
1 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.456 (1.00) |
5q loss | 133 (29%) | 329 |
0.225 (1.00) |
0.00284 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.0133 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.46 (1.00) |
0.0147 (1.00) |
0.082 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.0255 (1.00) |
6p loss | 95 (21%) | 367 |
0.0578 (1.00) |
0.817 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.935 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.978 (1.00) |
0.782 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.923 (1.00) |
0.675 (1.00) |
1 (1.00) |
6q loss | 194 (42%) | 268 |
0.346 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.711 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.92 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.98 (1.00) |
0.654 (1.00) |
0.462 (1.00) |
0.782 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
7p loss | 30 (6%) | 432 |
0.121 (1.00) |
0.834 (1.00) |
0.898 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.716 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.418 (1.00) |
7q loss | 35 (8%) | 427 |
0.672 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.885 (1.00) |
0.787 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.861 (1.00) |
0.774 (1.00) |
0.655 (1.00) |
1 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.431 (1.00) |
8p loss | 178 (39%) | 284 |
0.628 (1.00) |
0.656 (1.00) |
0.966 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.968 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.0551 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.00664 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.0888 (1.00) |
0.0964 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.113 (1.00) |
8q loss | 50 (11%) | 412 |
0.286 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.0911 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.928 (1.00) |
0.0698 (1.00) |
0.548 (1.00) |
9p loss | 240 (52%) | 222 |
0.59 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.963 (1.00) |
0.0465 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.0761 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.824 (1.00) |
0.306 (1.00) |
1 (1.00) |
0.681 (1.00) |
1 (1.00) |
9q loss | 226 (49%) | 236 |
0.986 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.323 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.852 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.0954 (1.00) |
0.953 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.72 (1.00) |
10p loss | 101 (22%) | 361 |
0.165 (1.00) |
0.878 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.866 (1.00) |
0.00928 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.0111 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.663 (1.00) |
10q loss | 121 (26%) | 341 |
0.438 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.0908 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.00318 (1.00) |
0.0806 (1.00) |
0.0394 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.385 (1.00) |
11p loss | 104 (23%) | 358 |
0.66 (1.00) |
0.0455 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.000507 (0.567) |
0.428 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.364 (1.00) |
11q loss | 83 (18%) | 379 |
0.939 (1.00) |
0.494 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.928 (1.00) |
1 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.00242 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.543 (1.00) |
0.355 (1.00) |
12p loss | 98 (21%) | 364 |
0.642 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.448 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.902 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.0222 (1.00) |
0.0042 (1.00) |
0.927 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.861 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.674 (1.00) |
12q loss | 87 (19%) | 375 |
0.678 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.00846 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.0423 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.102 (1.00) |
1 (1.00) |
13q loss | 223 (48%) | 239 |
0.999 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.852 (1.00) |
0.563 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.0197 (1.00) |
0.822 (1.00) |
0.0881 (1.00) |
0.72 (1.00) |
14q loss | 103 (22%) | 359 |
0.703 (1.00) |
0.135 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.0485 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.764 (1.00) |
1 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.0109 (1.00) |
0.674 (1.00) |
15q loss | 218 (47%) | 244 |
0.515 (1.00) |
0.000659 (0.737) |
0.908 (1.00) |
0.977 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.0412 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.634 (1.00) |
1 (1.00) |
16p loss | 101 (22%) | 361 |
0.214 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.0238 (1.00) |
0.426 (1.00) |
0.0446 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.323 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.56 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.173 (1.00) |
16q loss | 128 (28%) | 334 |
0.231 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.995 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.806 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.877 (1.00) |
0.093 (1.00) |
17p loss | 194 (42%) | 268 |
0.225 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.72 (1.00) |
0.539 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.824 (1.00) |
0.161 (1.00) |
0.0397 (1.00) |
0.0491 (1.00) |
0.911 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.13 (1.00) |
17q loss | 52 (11%) | 410 |
0.907 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.976 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.661 (1.00) |
1 (1.00) |
0.974 (1.00) |
0.837 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.598 (1.00) |
18p loss | 156 (34%) | 306 |
0.688 (1.00) |
0.09 (1.00) |
0.0123 (1.00) |
0.319 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.0186 (1.00) |
0.0057 (1.00) |
0.851 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.0226 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.831 (1.00) |
1 (1.00) |
18q loss | 191 (41%) | 271 |
0.996 (1.00) |
0.433 (1.00) |
0.00879 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.0607 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.037 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.006 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.439 (1.00) |
19p loss | 222 (48%) | 240 |
0.0386 (1.00) |
0.0698 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.0225 (1.00) |
0.009 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
19q loss | 142 (31%) | 320 |
0.0776 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.0484 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.00869 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.97 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.334 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.214 (1.00) |
1 (1.00) |
20p loss | 108 (23%) | 354 |
0.428 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.391 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.912 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.795 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.907 (1.00) |
0.189 (1.00) |
1 (1.00) |
20q loss | 64 (14%) | 398 |
0.634 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.0952 (1.00) |
0.787 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.243 (1.00) |
21q loss | 149 (32%) | 313 |
0.513 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.843 (1.00) |
0.781 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.787 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.0417 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.197 (1.00) |
1 (1.00) |
22q loss | 197 (43%) | 265 |
0.734 (1.00) |
0.00125 (1.00) |
0.788 (1.00) |
1 (1.00) |
0.893 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.0733 (1.00) |
0.0411 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.822 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.436 (1.00) |
1 (1.00) |
xq loss | 56 (12%) | 406 |
0.46 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.256 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.0385 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.601 (1.00) |
P value = 5.56e-06 (Wilcoxon-test), Q value = 0.0062
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 317 | 42.2 (27.2) |
17P GAIN MUTATED | 53 | 56.7 (29.6) |
17P GAIN WILD-TYPE | 264 | 39.2 (25.8) |
-
Copy number data file = transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = LUAD-TP.merged_data.txt
-
Number of patients = 462
-
Number of significantly arm-level cnvs = 80
-
Number of selected clinical features = 14
-
Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.